1. 처분개요

가. 청구법인은 휴대폰용 액정필름 등 플라스틱필름 제조업을 영위하는 법인이다.

나. OOO지방국세청장(이하, “조사관서”라 한다)은 2017.4.27.～2017.9. 1. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인의 법인세 각 사업연도 소득의 과세표준 산정과 부가가치세 각 과세기간의 과세표준에서 공제하는 매입세액 산정시 특수관계인 ㈜OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 OOO 고가로 매입한 것으로 보아 익금산입(기타사외유출)하고, 청구법인이 OOO으로부터 GDP장비 등을 구입하면서OOO만원이, 기계장치 등을 구입하면서OOO만원이 과다하게 기재된 세금계산서를 수취한 것으로 보아 익금산입(기타사외유출)하였으며, 청구법인이 중국지사 운영비와 해외법인OOO에 대한 외주용역비OOO원을 거짓으로 지출한 것으로 보아 손금불산입(상여)하였고, 청구법인이 특수관계인 OOO(전 대표이사 OOO의 처제)으로부터 구내식당 음식용역OOO백만원을 고가로 매입한 것으로 보아 익금산입(기타사외유출)하였으며, 청구법인이 ㈜OOO외 6개 사업자로부터OOO원의 거짓 세금계산서를 수취한 것으로 보아 손금불산입(상여․유보처분)하고 매입세액 부인하였으며, 청구법인 전 대표이사 OOO의 법인카드 사용액 OOO만원에 개인적인 골프연습장 사용액 등OOO백만원이 포함된 것으로 보아 손금불산입(상여)하였고, 청구법인은 「조세특례제한법」제10조의 연구․인력개발비에 대한 세액공제(이하, “연구인력개발비 세액공제”라고 한다) 요건을 충족하지 못한 재료비OOO만원에 대하여 세액공제를 받은 것으로 보아 세액공제액을 다시 산정하는 등의 세무조사 결과를 처분청에 통지한 바, 처분청은 세무조사내용에 따라 청구법인에게 2017.10.10. 2012년 제1기～2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(이하 “쟁점부가가치세처분”이라 한다)을, 2017.11.1. 2012사업연도～2015사업연도 법인세 합계 OOO원(이하 “쟁점법인세처분”이라 하고, 쟁점부가가치세처분과 합하여 이하 “쟁점처분”이라 한다)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 조사관서는 이 건 세무조사시 2017.4.27.～6.25. 약 2개월간 세무조사를 실시하였다가 2017.7.31.까지 1개월 세무조사를 연장하였고, 2017.7.15.～7.31.과 2017.8.8.～8.22.에는 세무조사를 중지하는 등 4개월 동안 1차례의 연장과 2차례의 중지를 통해 조사기간을 2개월 이상 연장하였고, 청구법인은 조사관서에서 요구하는 자료를 성실하게 제출하였음에도 탈세사실을 확인할 것을 강요하였으며, 세무대리인의 조력이 이루어지지 못하게 하였고, 조사결과에 대한 구체적 설명 없이 과세예고하거나 세무조사가 종료(2017.9.1.)된 후 상당한 시일이 경과한 2017. 9.28.에 청구법인의 서류를 반환하는 등 부당한 세무조사를 실시하는 등 이러한 세무조사에 근거한 쟁점처분은 위법․부당하다.

(2) 청구법인은 OOO(주)로부터 금형(양산용 : 개당OOO을 구입하여 양산․개발용으로 사용한바, 양산용 금형의 단가는 매우 고가로, 동일한 기능이나 가격이 저렴한 금형원단을 <표1>과 같이 구입하여 이를 복제하여 양산에 사용하였고, (주OOO로부터 일본산 금형원단을 구입하였다가 특수관계인 OOO이 국산화에 성공하여 이를 구입하여 금형 복제하여 양산에 이용한 것으로, 고가의 금형(개당 OOO)을 매입하는 대신 똑같은 기능을 하는 금형원단을 특수관계인 OOO으로부터 타업체와 비교할 수 없는 개당OOO원에 구입하여 원가절감을 통한 이익창출에 크게 기여하였고, 상기 단가에는 OOO이 허위로 계상한 인건비와 재료비가 포함된 금액으로 청구법인은 정상적으로 매입한 거래이다.

  OOO은 금형원단의 국산화 성공으로 많은 이익이 창출되자 그 소득을 줄이기 위하여 허위 인건비와 재료비를 계상한 것으로 보이나, 이는 OOO에게 과세할 내용임에도 청구법인이 특수관계인으로부터 고가매입한 것으로 보아 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것은 부당하다.

  조사관서는 청구법인이 OOO으로부터 2013사업연도에 OOO원을 고가매입하였다는 의견이나 그 시가의 근거를 제시하지 못하고 있는바, 이는 청구법인의 감사실에서 2014년 3월 당시 대표이사였던 OOO를 해임할 용도로 작성한 “주식회사 OOO 감사결과(부정적발)”(이하 “감사보고서”라 한다)에서 OOO과의 부당거래로 추정한 금액인 OOO원을 근거로 한 것으로, 이는 「법인세법」규정에 따른 것이 아니라 대표이사의 해임을 위한 임의추정치에 불과함에도 이를 과세근거로 삼는 것은 불합리하다.

 (3) 청구법인이 2013.10.30. OOO으로부터 구입한 GDP장비의 OOO은 계약금(전체 대금의 30%)으로 감사보고서에 따르면 정상적인 가동이 불가능하여 2013.12.23. OOO에 계약해제 통보(내용증명) 하였으나 이후 청구법인이 추가적인 대금지불 없이 인수(OOO이 잔금 일부를 납품처에 지급하였음)하여 현재까지 보관하고 있고, GDP데모장비의 매입내역은 아래 <표2>와 같이 청구법인이 OOO으로부터 발주하여 정상가격으로 인수하여 정상적으로 사용하고 있음에도, 조사관서는 GDP장비와 GDP데모장비의 시가를 제시하지 아니한 채 두 장비를 특수관계인 OOO으로부터 고가(청구법인 매입가액 합계액OOO천원)로 매입하였다는 본 것은 그 근거가 없다.

  또한, 청구법인은 업무에 필요한 기계장비들은 아래 <표3>과 같이 OOO에 발주하면 OOO이 제조공급업체를 선별하여 장비를 공급요청하여 매입하고 이에 일정한 이익을 붙여 청구법인에 납품(납품업체가 청구법인에 직접 납품)하여 왔고, OOO이 실무적인 업무와 중간역할에 대하여 정상적인 ‘핸들링 차지’를 수입으로 가져간 것으로 기업거래에서 수없이 발생하는 정상거래임에도 이를 타당한 이유 없이 고가매입(청구법인의 매입가액 합계액OOO천원)으로 본 것은 부당하다.

  (4) 조사관서는 청구법인의 당시 대표이사인 OOO가 해외지사 운영비OOO을 허위로 사용하고 이를 청구법인에 반납하지 않았다는 의견이나, 중국에 납품하는 제품의 검수조건이 매우 까다로워 그 대응책으로서 해외지사(OOO창사)에서 현지 직원을 채용하여 검수를 실시하였다가 2013.10.18.부터는 OOO이라는 회사를 설립하여 전문적인 품질관리업무를 수행하면서 증빙이 없는 품질관리 검수비용(중국측에서 요구한 비용)이 발생하였음에도 증빙이 없다는 이유만으로 실제 지출한 품질관리검수비용이 허위라는 처분청 의견은 부당하다.

  또한, 아래 <표4>과 같이 청구법인이 OOO에게 지출한 금액은 장부상 가지급금과 가지급금 반제로 정상적으로 회계처리 되었고, 현실적으로 가지급금 반제시 그 자금출처를 반드시 밝혀야 하는 경우가 없었으며, 가지급금과 가지급금 반제 사실은 보조장부와 OOO은행의 입출금내역에 확인됨에도 해외지사 운영비를 허위 지급한 것으로 본 것은 불합리하다.

  (5) 조사관서는 청구법인의 구내식당을 통한 구내 음식용역비가 임직원의 복리후생을 위한 정상적인 업무관련비용임에도OOO원을 부당하게 고가로 지급하였다는 의견이나, 청구법인의 구내식당을 운영한 OOO(개인사업자, 사업자명 : OOO)은 전 대표이사 OOO의 배우자와 자매관계이나 청구법인과는 특수관계인으로 보기 어렵고 감사보고서에서 OOO이 부당하게 식당을 운영한다고 기재(감사보고서상 부당금액 : OOO되어 있지만 이는 당시 제한된 시간에 충분한 자료를 수집하지 못하여 특식 제공 등의 내용을 파악하지 못한 것에 따른 것이다.

  특식은 2013년 10월부터 2014년 4월까지 매달 평균 네 번 정도 제공되었고 이러한 특식 제공은 그 횟수와 단가를 계약서에 포함시키지 않으나 OOO의 요청으로 보전금 형태로 지급하기로 구두합의된 것으로 특식제공현황, 임직원 생산성 향상을 위한 복리후생 및 사회통념 등에 비추어 구내식당 운영을 위한 정상적인 업무관련 지출임에도 계약서 및 약정서가 없다는 이유만으로 이를 부인한 처분은 부당하다.

 (6) 청구법인은 (주)OOO부터 증착기 7대(정상가격 : 대당 OOO천원)를 구매하여 보유하면서 정상적으로 업무에 활용하고 있는바, 이와 관련하여 2013년 중 5대분(대당OOO)에 대하여 대금을 지불하고 세금계산서를 수령하였으며, 감사보고서를 통해 지적된 후 7대의 정상가격 합계인 OOO천원)에 대하여 2014.11.28. 추가지급하고 세금계산서도 수령하여 정상적으로 정산이 완료된 거래이다.

  이와 같이 청구법인은 비록 증착기 5대에 대하여 그 금액을 시가(OOO원)으로 부풀러 받았으나, 2014년 11월 증착기 2대에 대한 정산을 통해 전체적으로는 정확하게 처리되었음에도, 이를 가공거래로 보아 증착기의 5대분의 기존 지불액인 OOO과 감사보고서상 정상가격인OOO원을 상여처분하고, 거래금액이 과다하게 기재된 세금계산서를 수령한 것으로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 증착기와 관련한 정산을 무시한 것으로 부당하다.

  또한, 조사관서는 OOO의 재무이사OOO이 작성한 메모 등을 근거로 아래 <표5>와 같이 ㈜OOO 등으로부터 청구법인이 재화와 용역을 공급받지 않거나 과다하게OOO원의 세금계산서를 수령하였다는 의견이나,OOO은 2012～2014년 당시 OOO의 재무이사로서 OOO와 업무를 유기적으로 진행하였으나 2015.4. 27. 갑작스럽게 사망하였고 사망하기 전에 “OOO 관련 전달 및 처리사항 요약”이라는 문서를 작성한 것으로 보이나 청구법인은 이를 잘 알지 못하다가 세무조사시에 이르러 알게 되었다.

   청구법인은 ㈜OOO등으로부터 실제 재화와 용역을 정상적으로 제공받고 대금을 지급한 후 세금계산서를 수령하였고, 관리가 철저히 이루어지지 않아 일부 거래처에 대한 견적서나 계약서 등이 미비한 점은 있으나 거래 자체는 정상적으로 이루어졌다. OOO에 있어 판매대행수수료와 장려금에 대하여 계약서를 갖추지 못하였으나 실제로 판매장려금과 영업수수료를 지급하였고, OOO)와 관련하여 감사보고서상 항공화물요금 증가에 대하여 기재되어 있으나 최근 “제품 눌림시 불량 발생할 수 있어 화물칸 공간확보 필요와 야간 운송이 빈번하여 야간수당 발생과 항공사 대기로 인한 인건비 상승요인 등”으로 파악되었다. OOO이 작성한 문서에는 (주)OOO에 대하여 “정확한 내역은 모름”, OOO에 대하여 “실질 사용 여부는 확인이 어려움”, OOO에 대해서는 “OOO 직접 회수 내용 확인 어려움_추정분임”이라고 기재되어 있으나 이는 신뢰할 수 없는 문서이다. 처분청은 비케이티 등에 대하여 금융거래를 확보하였다고 의견이나 이는 OOO가 전적으로 관여한 OOO과 관련한 사항으로 정상거래한 청구법인에게 과세할 사항이 아니며, 대금지급 이후 일부 대금이 OOO에게 지급되었다고 하나 이는 OOO의 자금이 OOO에게 지급된 것임에도 이에 터잡아 증거도 없이 청구법인에게 손금불산입하고 정상적으로 매입세액 공제 받은 것을 매입세액 불공제한 처분은 취소되어야 한다.

 (7) 처분청은 청구법인의 전 대표이사 OOO의 골프 관련 비용 OOO원을 업무와 관련 없는 비용으로 본바, 감사보고서상 OOO가 과다한 골프로 인한 업무 공백․부실을 초래하였다고 기재되어 있으나 이는 단순히 대표이사 해임을 위한 막연한 지적으로 업무 관련성을 추가검토하여야 한다고 기재되어 있고, 일반적으로 기업의 대표이사 골프비용은 업무 관련성을 갖는다고 볼 수 있으므로 이를 무조건 업무무관비용으로 볼 수 없으며 공사를 실무적으로 구분하기도 매우 어려운 현실이다. 청구법인이 2013년에 회사내에 간이 골프연습장을 임직원 체력단련 및 복지차원에서 설치 운영한 바 있고 OOO의 골프비용 중 골프이용권료 OOO은 일반적으로 골프연습장을 출근 전 또는 퇴근 후 자택 근처에서 사용하였으므로 대표이사의 처우 측면에서 복리후생비로, 골프비용OOO원은 접대비로 처리하는 것이 타당하다 할 것이다.

 (8) 청구법인은 2012.11.12. 연구개발 전담부서를 설립하여 현재까지 활발한 연구개발활동을 계속하고 있는 회사로, 처분청은 연구인력개발비 세액공제 중 재료비 일부인OOO원을 연구활동과 관련 없는 비용으로 보아 세액공제 대상금액에서 제외한바, 그 내역을 보면 <표6>과 같다.

  상기 <표6>에서 전담부서로 인정되기 이전에 지출한 재료비(이하 “① 전담부서 인정 이전 지출 재료비”라 한다)는 청구법인이 연구개발 전담부서의 요건을 갖추고OOO에 인정서 신청시 연구개발을 위하여 2012.10.19.～2012.10.31. 지출한 재료비 OOO원으로 인정서 발급에 1개월도 소요되지 않았고 실제 연구개발활동에 사용된 비용이고, OOO(주)에서 매입한 금형 중 연구인력개발비 세액공제대상 제외한 금액(이하 “②OOO 매입 금형 중 부인액”이라 한다)은 처분청은 동 모델에서 매출이 발생하였다는 이유로 연구인력개발비 세액공제대상에서 제외하였으나 이는 모델에서 매출이 발생하여도 제품의 품질향상, 업그레이드를 위해 계속적으로 개발을 진행하여야 하는 개발업무의 특성을 파악하지 못한 것이고 양산을 목적으로 구입하였다면 양산용(단가 OOO원)이 있음에도 고가의 개발용 금형(단가OOO천원)을 구입할 이유가 없다는 점에서 양산이 아닌 개발을 위한 재료비에 해당한다.

  또한OOO중 연구인력개발비 세액공제대상 제외한 금액(이하, “③ OOO 중 부인액”이라 한다)은 금형개발시 보호용 원단으로 수불부상 ‘양산’이 아닌 ‘증착’으로 기재되어 있고 실제 개발에 사용하였음에도 처분청은 이를 양산용으로 오인한 것이고, OOO에서 매입한 재료 중 연구인력개발비 세액공제대상 제외한 금액(이하, “④ OOO 매입 재료 중 부인액”이라 한다)은 개발전담부서에서 사용한 재료비에 해당함에도 이를 연구인력개발비 세액공제 대상금액으로 인정하지 아니한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인에 대한 세무조사는 당초 조사기간이 2017.4.27.～2017. 6.25.이었으나, ‘특수관계자인 거래처 동시조사, 주식변동 거래 등에 대한 관련서류 준비에 상당한 시일이 필요’하여 청구법인으로부터 2017.6.12. 신청을 받아 2017.6.26.～2017.7.31. 그 기간이 연장되었으므로 이는 「국세기본법」제81조의8 제1항 제6호에 따른 적법한 것이라 할 것이고, 청구법인은 주식변동 거래 등과 관련하여 2017년 7월 과세사실판단자문을 신청하고 이에 대한 납세자 의견을 제출하는 등 부당한 세무조사에 해당하지 아니한다.

 (2) OOO은 청구법인에 100% 매출을 의존하고 있는 하청업체로서, 청구법인에 공급하는 제품(금형원단 등) OOO원의 거래가격에는 아래 <표7>과 같이 거짓세금계산서 수취금액 OOO백만원의 허위원가가 포함되어 있다. OOO의 대표이사 OOO의 진술에 의하면, 청구법인이 OOO으로부터 구입하는 제품의 가격 결정은 청구법인의 전 대표이사 OOO와 재무이사 OOO이 결정하였고, OOO은 OOO의 거래처로부터 거짓 세금계산서를 수취하는 등 허위원가를 가산한 세금계산서를 청구법인에게 발급하였으며, OOO가 거래처로부터 현금을 되돌려 받아 OOO을 통해 OOO에게 전달하였다.

  조사관서가 OOO에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구법인의 전 대표이사인 OOO와 재무이사인 OOO이 OOO의 대표이사 OOO와 서로 공모하여 OOO을 이용하여 거래처로부터 거짓세금계산서 OOO백만원 수취 및 거짓 인건비OOO만원의 허위원가를 계상한 후 법인자금 OOO만원을 부당유출하여 조세를 포탈한 사실을 확인하였고, OOO는 조세포탈 통고처분에 대해 범칙금 납부를 이행하였다.

  이와 같이 청구법인의 대표이사와 재무이사가 의도적으로 특수관계인 OOO에게 부당하게 이익을 분여한 후 OOO을 이용하여 법인자금을 부당유출하고 조세를 포탈하기 위해 거짓 원가로 부풀린 가액은 특수관계자 간에 거래에 대해 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 청구법인의 각 사업연도의 소득금액을 재계산하여야 한다.

  또한, 조사관서는 이 건 세무조사 후 통고처분을 불이행한 OOO를 「조세법처벌법」위반으로 OOO청에 고발한바, 이에 대하여OOO지방검찰청(2018.4.18. 혐의없음, 증거불충분)으로 불기소처리 결정(OOO호)하였고, 불기소 결정의 의견서(OOO경찰서)에는 “OOO는 OOO의 제안을 받고 OOO의 법인등기부상 대표이사 명의를 빌려주었고, OOO는 자신이 OOO의 실제 운영하지 않았다고 주장하나, 처 OOO이 최대주주로 통고처분을 이행하였고, OOO에서 업무를 담당하였던 OOO 등의 진술에 비추어 OOO가 OOO을 통하여 회사를 실제로 운영한 사실이 확인된다”는 취지로 기재되어 있다.

 (3) 청구법인은 GDP데모장비 및 GDP장비를 원납품업체인 (주)OOO와 계약을 한 후, 아래 <표8>과 같이 공급받았고, OOO은 (주)OOO의 매입 세금계산서를 수취한 후 청구법인에OOO백만원의 매출세금계산서를 발급한 후 부당하게OOO백만원의 이익을 분여 받은바, OOO의 OOO에 의하면 OOO에서는 GDP 장비 개발하여 청구법인에 공급한 사실이 없고, OOO 명의로 세금계산서가 수수되고 있는 사실에 대해서도 알지 못하다가 나중에 청구법인의 재무이사 OOO으로부터 그 이야기를 들었으며, 세금계산서를 수취 및 발급은 청구법인의 재무이사OOO이 한 것으로 진술하였고, OOO은 GDP장비 등이나 아래의 추가 장비 등을 구매하거나 판매할 영업조직을 갖추고 있지도 아니한다.

  이와 관련하여 청구법인은 ㈜OOO ‘비밀유지계약서’를 2013.4.8. 작성한 후 2013.4.18. ‘독점공급 및 판매계약서’는 OOO 명의로 작성하도록 하였고, 이에 대해 OOO 선행개발팀장 이사OOO가 주고받은 이메일에 의하면OOO는 ‘OOO 명의를 사용한 계약이 유효한 지 여부’에 대해 청구법인의 OOO 이사에게 질문하였고, OOO은 ‘청구법인과 OOO은 동일시 하셔도 무방합니다’라고 답변하였으며, ㈜OOO 거래사실 확인에 의하면, ‘거래상대방의 개발 담당자는 OOO이 아닌 청구법인의 OOO 부장이고, 청구법인에 GDP장비를 공급하였다’고 확인하고 있다.

  또한, 청구법인은 <표9>과 같이 ‘추가 장비 및 원단’을 원납품업체인 (주)OOO외 4개 업체와 계약을 한 후 공급받았고, OOO은 (주)OOO백만원의 매입 세금계산서를 수취한 후 청구법인에 OOO의 매출세금계산서를 발급한 후 부당하게OOO백만원의 이익을 분여 받은바, OOO의 대표이사 OOO에 의하면, OOO에서는 OOO외 물품을 구매하여 청구법인에 공급한 사실이 없고, OOO 명의로 세금계산서가 수수되고 있는 사실에 대해서도 알지 못하며, 세금계산서를 수취 및 발급은 청구법인의 재무이사 OOO이 한 것으로 진술하였다. 이와 관련하여 원납품업체에서는 청구법인에서 물품을 주문하여 청구법인에 공급하였고, 다만 세금계산서만 OOO에서 발급해 준 것으로 진술하였다.

 (4) 청구법인은 <표10>과 같이 청구법인 전 대표이사 OOO의 처남 OOO이 관리하는 중국 심천지사의 외주용역비를 과다 지급하고 허위 경비OOO백만원을 계상한바, 청구법인은 OOO 지사에 OOO을 지사장으로 파견하여OOO에 공급하는 비산방지필름의 불량검수 등 서비스를 제공하던 중 전 대표이사 OOO의 처남OOO의 명의로 2013.10.18. OOO를 설립하였고, 청구법인의 OOO에 대한 해외 외주용역비 지급내역 자료에 의하면 2013년 6월 이전에 OOO지사에서 현지 채용한 직원들이 제공하던 불량검수 용역 제공을 2013년 7월부터 OOO이 용역을 제공한 것처럼 서류를 꾸며서 제출하면서 해외 외주용역비가 급증하였고, OOO은 2013.10.18. 설립되어 용역제공이 불가능함에도OOO 명의로 2013년 7～9월 해외용역비를 계상하였기에 거짓 해외 외주용역비에 해당한다.

  청구법인의 전 대표이사 OOO는 OOO개인계좌에 2013.9.26. OOO을 현금 입금한 후 2013.09.27. 청구법인 계좌로 이체하여 가지급금 반제처리하였고, 2013.12.18. 청구법인 계좌로 OOO을 무통장 현금 입금 후 가지급금 반제처리하였으며, 이와 관련하여 청구법인의 전 대표이사 OOO는 현금OOO백만원의 출처를 밝히지 못하였다. 청구법인의 재무이사OOO간의 2013.4. 17. 이메일 내용에 의하면,OOO사에 지급할 사회질서에 반하는 불법적인 뇌물 등을 마련할 목적으로 해외지사 인건비를 부풀려 지급하기로 공모한 것이 확인된다. 2013.9.26.과 2013.12.18.에 청구법인의 재무이사OOO과 전무이사가 주고받은 메일내용에 의하면, MO(불량) 관련하여 가지급금을 반제한 내용이 확인된다.

 (5) 청구법인은 구내식당 음식용역을 전 대표이사 OOO의 처제 OOO이 운영하는 구내식당 OOO로부터 공급받으면서 식수인원OOO만원을 지급하여 계약 단가OOO만원을 과다지급한바, 청구법인과 OOO이 2013.3.27. 작성한 계약서에는 건당 식대 단가가OOO원이고, 계약기간은 2013.4.8.～2018.3. 7까지이었음에도 2013.8.6. 단기간에 계약내용을 변경하여 2013.8.1부터 건당 식대 단가를OOO원으로 증액하였으며, 청구법인과 OOO(OOO)의 계약변경 조건에는 식단의 품질 개선과 후식을 지급하는 조건 등이 포함되어 있으나, 특식에 대한 요금할증 또는 매월 일정금액을 보존해 주는 약정을 포함되어 있지 않았다. 또한 특수관계인 OOO(OOO)과 계약해지 이후 제3자 사업자에게도 특식에 대한 요금할증이나 보존금을 지급한 사례가 없었다. 이와 같이 특수관계인간 거래에 있어 계약상 정해진 가격 보다 정당한 사유 없이 추가로 대가를 지급하는 것은 부당행위계산 부인규정의 적용 대상이라 할 것이다.

  청구법인의 감사보고서에 따르면 “대표이사 OOO가 처제 OOO에게 OOO만원의 식대를 추가로 지급한 사실과 그 외 주방설비 무상제공 등 특혜를 제공하고 있다”고 지적하고 있고, 청구법인의 전 대표이사 OOO도 처제에게 식대를 과다하게 지급한 것이 해임 사유가 되었다는 것을 인정하였으며, OOO의 처제 OOO이 청구법인으로부터 음식용역 대금을 받으면 OOO의 배우자 OOO에게 일부 금액을 되돌려 준 내역이 있고, 청구법인도 2017년 7월 조사관서의 과세사실판단자문 위원회에 감사보고서의 사후관리한 내역에 대해 OOO의 부당한 식당 운영에 대한 검증하였다고 의견 제시를 한 바 있다.

  (6) 청구법인은 아래 <표11>과 같이 ㈜OOO외 6개 업체로부터 2012년 제2기부터 2014년 제1기까지 거짓 세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제 받았고, 관련 법인세를 과소신고한바, 조사관서는 청구법인의 재무이사 OOO이 작성한 “OOO지급처리 건”에 대한 사실관계 확인을 위하여 금융거래내역 조사 및 거래처에 사실관계를 확인하여 청구법인이 거래처로부터 거짓세금계산서를 수취한 사실을 확인하였고, 이에 대해 「조세범처벌법」제10조를 적용하여 통고처분하였으며, 청구법인 및 범칙행위자 OOO는 통고처분된 범칙금을 납부한 바 있다.

  OOO는 2013년 4월 청구법인에 증착장비(e-beam multi coating equipment) 5대를 공급하면서 청구법인 재무이사 OOO만원으로 부풀려 거짓 기재하여 OOO백만원의 세금계산서를 허위로 과다 발행한 사실이 있고, 청구법인은 감사보고서에서 위 거짓세금계산서 수취 사실에 대해 지적하였다. 청구법인에서는 감사보고서의 지적 이후에도 거짓 세금계산서 수취분에 거래 취소를 하지 아니하고 있다가(2014년 3월 당시 주문한 5대 이외 추가 2대의 증착기 실물을 청구법인의 자산대장에 등재하지 않은 채 보유), 2014년 12월 거래처인 OOO가 구매계약서상 5대 이외에 추가분 2대의 증착기에 대해 잔금 지급을 요청하자 청구법인은 중고기계 구입 대금 명목으로 세금계산서를 수취하고 소유권을 이전 받았다.

  ㈜OOO에 의하면, 위 거래금액에 대해 청구법인의 대표이사 OOO가 요청하여 2012년 12월 개인사업자 OOO(대표 OOO)으로부터 세금계산서 OOO만원의 세금계산서를 발급한 것으로 진술하였고, ㈜OOO은 청구법인으로부터 대금을 받자마자 OOO의 개인사업자 통장으로 송금하였으며, 청구법인의 전 대표이사 OOO의 개인사업장 소재지는 OOO과 동일한 장소이나 그 곳에서 개인사업을 영위하지 아니하였다.

  OOO는 위 거래금액에 대해 개인사업자 사업용 계좌 비고란에 ‘BM커미션’이라고 메모 후 OOO의 개인통장으로 이체한 후 현금으로 출금하였고, OOO은 위 거래금액에 대해 개인사업자 사업용계좌에서OOO의 개인통장으로 이체 한 후 현금으로 출금하였다. OOO가 위 거래금액에 대해 청구법인의 재무이사 OOO 개인통장에 입금하였고, OOO은 청구법인의 대표이사 OOO의 개인통장에 송금하였다.

  OOO은 위 거래금액에 대해 현금 출금하여 청구법인은 OOO에서 제공한 거래내역에 대한 자료를 전혀 제시하지 못하였고,OOO에서 청구법인을 위하여 영업활동을 하였다고 하나, 영업활동에 대한 결과물이나 용역 활동에 관한 서류 등 증빙자료를 전혀 제출하지 아니하였고OOO은 청구법인의 지사가 있어 직원들이 상주하고 있는 곳이다.

  ㈜OOO)는 청구법인에게 2013년 8월～2014년 3월 항공운송용역 제공하는 명목으로OOO원의 세금계산서를 발급하면서, 다시 ㈜OOO부터 항공운송용역을 제공받으면서OOO백만원의 세금계산서를 수취하였고, OOO의 세금계산서를 수취하였다. OOO진술에 의하면 법인에서 수행하는 업무는 ‘청구법인과 직접 연락하는 경우는 없고, 청구법인의 업무담당자나 항공용역제공 계약내용에 대해 알지 못하며, OOO을 통해서만 연락을 주고받았고,OOO에게 연락받은 대로 OOO에 선적의뢰하면서 서류를 꾸미는 것이며, OOO에서 세금계산서를 수취한 이유에 대하여 법인자금을 그냥 빼줄 수 없어서이고, 8개월 거래기간 동안 ㈜OOO 남는 마진을OOO에 재하청) 서류만 꾸며주고 8개월 동안 OOO의 고액을 받은 근거와 소액의 마진을 제외한 나머지 금액의 사용처나 청구법인에 대한 용역제공 자료를 분실하였다는 이유로 제출하지 아니하였고, 이에 대해 청구법인에서도 조사기간에OOO에서 제공받은 항공운송 용역 내역을 제출한 적이 없다. 이후 OOO은 자료상으로 확정된 자들로부터 거짓세금계산서를 수취하여 허위원가를 계상한 후 운송료 명목으로 받은 금액을 현금으로 출금하였다. ㈜OOO는 2013년 7월까지 청구법인에 항공운송용역을 제공하던 중 2013년 8월부터 ㈜OOO를 경유하여 항공운송용역을 제공한바, 그 사유에 대해OOO는 유선통화에서 브로커 OOO이 결정하여 그 내용에 대해 알지 못한다고 답변하였다.

 (7) 청구법인 전 대표이사 OOO가 사용한 법인카드 중 업무 관련성이 없는 사적사용 금액에 대해 손금불산입(상여)한바, 청구법인은 조사 과정에서 자체적으로 검토하여 제출한 전 대표이사OOO이 사용한 법인카드 내용 중 사적사용 금액을 아래 <표12>와 같이 제출한바, 조사관서는 청구법인이 제출한 내역 중 골프경기장 사용금액 OOO백만원은 청구법인의 당초 신고 내용대로 업무관련성을 인정하였고, 전 대표이사 OOO의 자택 인근 골프연습장과 골프용품에 대한 지출은 개인의 사적사용 금액으로 보아 손금불산입한 것이다.

 (8) 조사관서는 청구법인이 2012～2014사업연도 연구인력개발비 세액공제 대상으로 신청한 재료비 총OOO원 중에서 ‘개발완료된 금형, 타사에 공급한 금형, 원재료 수불부 상 양산등 사용 원재료, 전담부서 인정 이전 발생 비용 및 OOO 매입 원재료에 사용된 재료비’로 세액공제 요건을 충족하지 못한 총OOO원에 대해 연구인력개발비 세액공제를 부인하였다.

 청구법인의 연구개발 전담부서 운영 실태를 볼 때, 조직도나 비상연락망에 의하면 상당수의 직원들이 구매, 일반관리, 품질, 시설 부서의 직원으로 표기되어 있으며, 구매팀의 원재료나 금형의 수불부 관리 및 보고 현황에 의하면, 제품 양산에 투입된 원재료나 금형이 회계 전표상에만 개발비로 기재한 점을 볼 때, 청구법인은 연구인력 전담부서를 적정하게 운영하지 않은 것으로 확인된다.

  ① 전담부서 인정 이전 지출 재료비와 관련하여 경상연구개발비의 경우 법인의 비용으로 인정을 받은 후 「조세특례제한법」제10조에서 규정하는 요건(연구개발 전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우 신고일 이후 발생하는 비용으로, 전담부서의 연구용으로 사용되는 견본품․부품․원재료 등)을 충족한 경우에만 세액공제 적용대상에 해당한다고 할 것이고, ② OOO 매입 금형 중 부인액과 관련하여 조사관서는 구매팀의 원재료나 금형의 수불부 관리 및 보고 현황에서 개발완료된 금형이 제품 생산에 사용된 것을 확인하였기에 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 것이며, ③ OOO매입 PET FILM 중 부인액과 관련하여 처분청은 수불부상 양산 등 사용된 원재료과 관련하여 조사관서는 청구법인이 개발에 투입한 원재료 비용에 대해 부인한 것이 아니라 구매팀의 원재료나 금형의 수불부 관리 및 보고 현황에서 ‘개발’ 이외에 ‘양산, 인쇄’에 사용된 원재료 비용에 대해서만 세액공제 부인한 것이나, ④ OOO 매입 재료 중 부인액은 원재료 수불부상에도 ‘개발’로 분류되어 있어 청구주장에 이유가 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 (1) 이 건 세무조사에 있어 무리한 세무조사 기간이 연장되었고, 납세자의 권리가 보호되지 않았으며, 구체적인 과세근거를 알지 못한채 쟁점처분이 이루어졌으므로 위법․부당하다는 청구주장의 당부

 (2) 청구법인이 특수관계인으로부터 매입한 금형원단의 가격에 허위원가가 포함된 것으로 보아 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용한 처분의 당부

 (3) 청구법인의 특수관계인이 제3자로부터 취득하여 청구법인에 공급한 장비 등에 대하여, 특수관계인이 아무런 역할을 하지 않은채 과다한 가액으로 공급한 것으로 보아 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용한 처분의 당부

 (4) 청구법인이 중국에 소재한 해외법인과 해외지사에 대하여 외주용역비를 거짓으로 지출한 것으로 보아 이를 법인세 산정시 손금불산입한 처분의 당부

 (5) 청구법인이 특수관계인으로부터 구내식당 음식용역을 고가로 제공받은 것으로 보아 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용한 처분의 당부

 (6) 청구법인이 거래처로부터 공급가액이 과다하게 기재된 세금계산서를 수취한 것으로 보아, 부가가치세 산정시 관련 매입세액 공제를 부인하고, 법인세 산정시 손금불산입한 처분의 당부

 (7) 청구법인의 대표이사의 법인카드 사용액 중 골프연습장 사용액 등에 대하여 법인의 사업과 관련없는 사적 비용으로 보아 법인세 산정시 손금불산입한 처분의 당부

 (8) 청구법인의 연구인력개발비 세액공제의 대상이 되는 연구관련지출 중 연구에 필요한 비용이 아닌 것이 포함된 것으로 보아 이를 제외하여 연구인력개발비 세액공제액을 재산정한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : 별지 참조

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 감사실이 2014.3.28. 작성한 감사보고서 중 이 건 쟁점과 관련이 있는 내용은 아래와 같다.

 (2) 청구법인이 이건 심판청구에서 제출한 증빙 등과 그에 대한 주장은 다음과 같다.

  (가) 쟁점 (2)에서 OOO으로부터 매입한 금형원단의 성능과 관련하여 청구법인은 고가의 외국산 금형 보다 똑같은 기능을 하는 OOO의 국산 금형원단을 구입하여 원가 절감을 통한 수익성 향상에 기여하였고 각 금형원단의 성능은 아래 <표13>과 같다고 주장한다.

   (나) 청구법인은 OOO에게 지출한 금액은 상기 <표4>와 같이 ‘대표이사 가지급금’과 ‘가지급금 반제’로 회계처리하였다고 주장하면서 <표4>에 기재된 일자에 청구법인 명의의 계좌에 청구법인이 회계처리한 현금이 입출금된 기업은행의 입출금 거래내역을 제시하였다.

  (다) 청구법인은 OOOOOO)에게 지급한 금액은 특식제공의 대가라고 주장하면서 청구법인과 OOO이 체결한 ‘사내식당 조건 변경 계약서’와 ‘특식 제공현황’을 제출한바, 사내식당 조건 변경 계약서에는 2013.4.8. 체결한 원계약서상의 식당 단가를 2013.8.7.부터 1식OOO으로 변경한다는 취지와 특식 제공 현황에는 청구법인 관리팀이 2013년 초중반 전직원의 노고에 대한 보답을 시행배경으로 비수기 직원의 사기 진작을 위한 목적으로 매주 수요일 주간중식, 야간야식으로 2013년 10월～2014년 4월에 걸쳐 소불고기 정식 등을 중식 OOO을 제공하였다는 취지가 기재되어 있다.

  (라) 청구법인은 처분청이 상기 <표5>와 <표11>과 같이 (주OOO외 6개 업체로부터 허위로 과다하게 세금계산서를 교부받은 것으로 본 것과 관련하여,OOO이 작성한 ‘OOO 관련 전달 및 처리사항 요약’은 신뢰할 수 없는 것이고 거래가 실제로 이루어졌다고 주장하고 있는바, ‘OOO 관련 전달 및 처리사항 요약’에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

  (마) 청구법인은 (주)OOO로부터 증착기 7대를 구매하여 보유하면서 2013년 중 5대분 대금을 우선 지불하였다가 감사보고서를 통해 정상가격과 기지불된 금액의 차액을 2014.11.28. 추가지급하고 세금계산서를 수령하였다고 주장하면서, 2014.11.28. (주)OOO가 청구법인에게 교부한 수정전자세금계산서와 회계원장를 제시한 바, 동 세금계산서에는 품목 OOO이 기재되어 있고, 회계원장에는 2014.11.28. 계정과목 기계장치, 적요 OOO만원이 기재되었다가, 2014.12.8. 공급가액과 부가가치세의 합계인OOO만원이 지급된 것으로 기재되어 있다.

  (바) 쟁점(8)의 연구인력개발비 세액공제와 관련하여, 2012년 9월, 2012년 11월, 2013년 1월, 2013년 12월 및 2014년 6월 청구법인의 조직도에는 청구법인의 조직도에는 생산, 품질, 금형부서 이외에도 연구실에 5명 또는 6명의 직원이 소속된 것으로 기재되어 있고, 청구법인이 연구직원 명단, 인건비 및 경상연구 개발비에 대하여 청구법인의 경상연구개발비 원장과 함께 아래 <표14>과 같이 제시하였다.

   청구법인은 ① 전담부서 인정 이전 지출 재료비와 관련하여, 자신의 연구개발과 관련하여 2015.10.22. OOO이 청구법인의 연구개발실에 대하여 2012.11.12.을 최초인정일로 하여 연구개발전담부서로 인정한 인정서를 제출하였고, ② OOO 매입 금형 부인액과 관련하여, 청구법인은 금형 중 개당OOO만원의 경우 양산용으로, 개당 OOO 이상의 경우에는 개발용으로 사용하였다고 주장하면서 ‘2013년 1～12월 OOO 금형 입고 list件’과 동 리스트와 관련된 전자세금계산서 또는 수정전자세금계산서, ‘2014년 1～12월 OOO 금형 입고 list件’과 전자세금계산서를 제출한바, 상기 리스트에는 금형 단가가OOO원인 품목의 경우에는 우측에 수기로 양산용으로, 그 이상인 OOO원 등의 경우에는 우측에 수기로 개발용으로 기재되어 있고 상기 리스트에 입고된 일자에 OOO로부터 교부받은 전자세금계산서 등을 첨부하였다.

   ③ OOO 매입 PET FILM 중 부인액과 관련하여, 청구법인은 ‘2013년 8월 OOO Pet film 사용처 및 사용방법’을 제출한바, ‘금형 개발시 바닥판 이물로부터 금형 원단의 찍힘을 보호하기 위해 보호용 pet 원단으로 사용’으로 기재되어 있고, ‘2013년 주력 양산품의 금형개발시 보호용 원단으로 사용’, ‘보호용 pet 사용으로 불량이 감소’의 취지 등으로 기재되어 있다.

 (3) 처분청이 이건 심판청구에서 제출한 증빙 등과 그에 대한 의견은 다음과 같다.

  (가) 처분청이 제출한 청구법인의 정기 주주총회 의사록(2014.3.28. 14:00-15:00) 중 ‘제5호 의안 : 임원 해임의 건’에는 감사보고서와 함께 김시만 감사와 감사인 공인회계사OOO가 OOO의 회사의 대표이사로서는 문제점이 있는 횡령 및 배임을 비롯한 부도덕함을 이유로 공동대표이사인 OOO의 해임을 건의하였고, OOO가 이에 변명 또는 시인하였으나 주주 70.59%로 찬성으로 해임하였다는 취지로 기재되어 있다.

  (나) 청구법인,OOOOOO 합의서에는 2014.8. OOO가 소유한 청구법인 발행주식OOO 이전받고, OOO가 2011.9.1.～2014.3.28. 청구법인의 대표이사로 직무상 집행한 모든 행위로 인하여 회사에 초래한 민형사상 책임을 면제하는 취지가, 주식양도계약서 등에는 2014.8.29. OOO가 (주OOO에 양도하는 취지가 기재되어 있다.

  (다) 조사관서는 2017년 4월 청구법인에 대한 조사과정에서 청구법인의 컴퓨터에서 “대표이사 노트북 자료 백업 폴더”를 확인한바, 그 내용은 청구법인이 제시한 상기 ‘OOO 관련 전달 및 처리사항 요약’과 동일하고, 처분청은 동 내용이 상기 문서가 저장된 일자, 동일하게 저장된 내용 등에 비추어 청구법인의 전 대표이사OOO이 업무상 보고를 받은 후 보관한 것이라는 의견이다.

  (라) 쟁점(8)의 연구인력개발비 세액공제와 관련하여 ① 전담부서 인정 이전 지출 재료비와 관련하여, OOO이 청구법인의 연구개발실에 대하여 연구개발전담부서로 인정(2012.11.12.)하기 이전인 2012.10.19.～2012.10.31. 도림금속 등으로부터 취득한 재료비 내역 등을, ② OOO 매입 금형 중 부인액과 관련하여 청구법인이 JO-MINI 및 JO-WHITE 제품과 관련하여 OOO(주)으로부터 구입한 2013사업연도OOO이 개발이 완료된 금형과 관련한 재료비에 해당한다는 의견으로 청구법인이 OOO로부터 구입한 내역 등을, ③OOO 매입 PET FILM 중 부인액과 관련하여, 청구법인의 수불부상 구분란에 개발, 관리, 증착 및 양산으로 구분기재되어 있는바,OOO로부터 2013.7. 24.～2013.8.11. 매입한 제품의 경우 그 구분이 “증착”으로 기재된 내역 등을 제시하였고, ④ OOO 매입 재료 중 부인액과 관련하여, 2013.1.1.～2013.1.18. OOO로부터 매입한 원재료 내역을 제시한바, 수불부상 구분에 개발로 기재되어 있다.

  (마) OOO는 조사관서에서 작성한 진술서(2017.6.21.)에서 ‘OOO 설립시 자신은 기술을 가지고 있고 자재나 인력을 공급을 위해 OOO를 섭외하였고, OOO에게 일임하였으며, 청구법인의 주주총회에서 구내식당에 대한 식대 과대지출 등을 이유로 해임되었으나 감사보고서상 기재내용 및 자신이 보유한 청구법인 보유주식의 양도 금액 결정 등에 대해서는 알지 못한다’는 취지로, 범칙혐의자 심문조서(2017.9.1.)에서 ‘OOO은 OOO와 OOO이 설립하였을 뿐 자신을 알지 못하고, 유출된 법인자금 중 일부는 자신에게 들어왔으나 OOO이 청구법인과 OOO에서 거짓 수취한 세금계산서 등에 대하여 알지 못한다’는 취지로 진술하였다.

  (바) OOO는 조사관서에서 작성한 2017.5.31. 작성한 진술서에서 ‘OOO의 자금이나 GDP개발과 관련된 부분을 알지 못하고, 이는OOO과 OOO가 진행한 것이며, OOO이 청구법인에 납품한 원단가격은 마진은 다소 크지만 가격이 과하다고 생각하지 않고, (주)OOO 등에 대하여는 알지 못한다’는 취지로, 2017.6.15. 작성한 진술서에는 ‘원단이나 PET필름의 주문․생산 및 납품은 자신이 관리하였으나 이와 관련된 부가가치세 신고 등은 알지 못하고, 거래업체 중 (주)OOO 등은 알지 못하거나 OOO과 거래가 없는 업체이다’라는 취지로 진술하였다.

  (사) OOO이 조사관서에서 2017.7.12. 작성한 진술서에서 ‘OOO와 청구법인의 공동 대표이사로 재직할 당시 OOO가 주로 업무진행을 하였고 자신은 별로 한 일이 없으며, OOO의 해임 이전에는 OOO에 대하여 알지 못하였고, (주)OOO OOO의 청구법인 발행주식을 매수한 것과 관련하여 관여하지 않았다’는 취지로 진술하였다.

  (아) OOO은 조사관서에서 2017.6.12. 작성한 진술서에서 ‘OOO 지급처리 건은 OOO이 작성한 후 이를 자신의 컴퓨터에 넣는다고 애기하였으나 그 목적과 내용 등은 알지 못하고, (주)OOO 청구법인 발행주식의 매매와 관련하여 일부 알고 있다’는 취지로, 2017.8.28. 작성한 참고인 심문조서에서 ‘청구법인의 감사로 재직하였으나,OOO으로부터 보고 등을 받을 수 있는 권한이 없었고, 청구법인의 회계재무내용에 대하여 검증할 수가 없었으며, OOO의 해임 이후 업무의 연속상 부득이하게 OOO등을 재취업시켰으나 거짓 세금계산서 등에 대한 문제점을 알지 못하였다’는 취지로 진술하였다.

 (4) 조사관서는 청구법인에 세금계산서 발급의무 위반으로 2017.9. 19. 합계OOO원을 OOO에 세금계산서 발급의무 위반 등과 조세포탈로 2017.9.21. 합계 OOO 및 OOO에 세금계산서 발급의무 위반 등과 조세포탈로 2017.9.21. 합계 OOO원을 「조세법처벌절차법」제15조에 따른 통고처분을 하였고, 청구법인과 OOO는 2017.10.13. 이를 이행하였다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 우선 쟁점(1)과 관련하여, 청구법인은 이 건 세무조사는 2017.4.27.～2017. 9.1.에 걸쳐 실시되었으나, 청구법인의 신청이 있었던 것으로 보이고, 「국세기본법」제81조의8 제1항 제2호는 ‘거래처 조사가 필요한 경우’에 세무조사 기간을 연장할 수 있다고 규정하고 있는바, 이 건 세무조사에서 청구법인 이외에도 거래처이자 특수관계인 OOO에 대한 세무조사도 이루어진 것으로 보이는 점 등에 비추어 달리 세무조사 기간연장 등에 잘못이 있다고 보기 어렵다고 보이는 점, 이 건 세무조사 기간 중인 쟁점처분과 관련된 것은 아니나 2017년 7월 중 청구법인이 과세사실판단자문을 신청하고 이에 대한 납세자의 의견을 제출하였고 세무조사가 종결된 후 청구법인에게「국세기본법」제81조의12에 따른 세무조사의 결과를 통지하여 달리 청구법인이 「국세기본법」제81조의15에 따른 과세전적부심사의 청구를 하기 곤란하였다고 보기 어려운 점, 이 건 세무조사시 OOO, OOO, OOO이 조사관서에서 작성한 진술서 등에는 스스로 세무대리인의 조력을 받을 권리를 행사하지 않거나 세무대리인이 참석하여 조력을 받은 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 세무조사가 위법․부당하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 보인다.

  쟁점(2)와 관련하여, 부당행위계산 부인이라 함은 법인이 특수관계인과의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 「법인세법 시행령」제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계인 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 할 것(대법원 1997.5.28. 선고 95누18697 판결 등 같은 뜻)인바, OOO은 청구법인 전 대표이사인 OOO의 배우자가 최대주주이자 OOO가 실제 경영을 지배한 것으로 보이는 점, 조사관서의 이 건 세무조사결과에 따르면 청구법인이 OOO으로부터 구입한 금형원단의 가격은 OOO와 OOO이 허위의 원가를 가산한 금액으로 결정한 것으로 이는 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 해당하고 그러한 금형원단의 가격이「법인세법」상 시가에 해당한다고는 보기 어렵다고 할 것인 점, OOO은 그 모든 매출이 청구법인에게 이루어지고 있어 달리 이러한 금형원단의 시가를 확인하기 어렵다고 한다면「법인세법」제52조 제2항, 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호,「상속세 및 증여세법」제62조 제2항 및 같은 법 시행령 제52조 제2항 제1호의 취지에 비추어 금형원단의 거래가격에서 허위의 원가를 차감한 금액이 시가에 해당한다고 보는 것이 타당한 점, 청구법인이 달리 OOO이 청구법인에 공급한 금형원단의 시가로 볼 만한 금액을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인이 특수관계인 OOO으로부터 구입한 금형원단의 가격에서 OOO이 계상한 허위의 원가를 차감한 금액을 시가로 보고 부당행위계산 부인의 규정을 적용한 쟁점법인세처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  쟁점(3)과 관련하여, 청구법인은 OOO에 GDP장비 등을 발주하고 정상가격으로 인수하였다고 주장하나, OOO의 대표이사 OOO의 진술내용, GDP장비 등을 개발한 (주)OOO간의 이메일 내용 및 (주)OOO가 조사관서에 답변한 내용 등에 비추어 OOO이 청구법인에 GDP장비 등을 개발․공급하였다고 보기 어렵고 OOO이 청구법인의 GDP장비 등 취득과정에서 별다른 경제적 활동을 하였다고 보기도 어려우며 (주)OOO가 GDP장비 등을 개발하여 청구법인에게 직접 공급한 것으로 보이는 점, OOO이 (주)OOO 외 4개 업체로부터 취득하여 청구법인에 공급하였다는 추가 장비 및 원단도 청구법인은 OOO에 업무에 필요한 장비 등을 발주하면 OOO이 공급업체를 선별하여 일정한 이익을 붙여 공급한 것으로 이는 정상적인 수수료라고 주장하나, OOO의 대표이사 OOO의 진술내용 등에 비추어 OOO이 청구법인이 (주)OOO 외 4개 업체로부터 추가 장비 및 원단을 구매하는 과정에서 별다른 경제적 활동을 하였다고 보기 어렵고 (주)OOO 외 4개 업체가 청구법인에게 직접 공급한 것으로 보이는 점 및 OOO은 상기의 GDP장비 등의 개발과 추가 장비 및 원단의 공급관리 등을 담당할 수 있는 정도의 인적․물적 시설을 갖추고 있다고 보기 어려운 점, 그럼에도 불구하고 상당한 이익을 가산한 세금계산서만을 OOO이 청구법인에게 교부한 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 OOO이 특수관계가 없는 (주)OOO 등으로부터 취득한 금액을 「법인세법」상 시가로 보고 부당행위계산 부인의 규정을 적용한 쟁점법인세처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  쟁점(4)와 관련하여, 청구법인은 OOO가 지출한 비용은 청구법인이 중국에 납품하는 제품의 검수와 관련하여 해외 지사와 해외 자회사에서 제품을 검수하면서 발생한 비용임에도 증빙이 없다는 이유로 부인하는 것은 부당하고, 지출한 비용은 청구법인의 장부상 OOO에 대한 가지급금 지급과 그 반제로 회계처리가 이루어졌다고 주장하나, 청구법인은 2013년 7월～2013년 9월 중 제품의 검수에 대하여 외주비용을 지급한 거래상대방은 OOO의 처남OOO명의로 2013.10.18. OOO에서 설립된OOO로서 그 설립시기에 비추어 외주용역의 공급이 이루어졌다고 보기 어려운 점, 이후 2013.9.27. 및 2013.12.18.에 이루어진 OOO의 가지급금 현금 반제에 대하여 OOO는 그 출처를 밝히지 못하고 있는 점,OOO과 청구법인 해외지사 부장OOO간의 이메일 내용 등에 비추어 볼 때, 청구법인이OOO에 지급한 해외외주용역비용은 허위 비용으로 보이고 이를 OOO가 가지급금 현금 반제의 방식으로 사외유출한 것으로 보이므로 처분청에서 이를 손금불산입하고 상여처분한 쟁점법인세처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  쟁점(5)와 관련하여, 청구법인은 OOO으로부터 음식용역(구내식당)을 제공받고 보전금으로 지급한 비용에 대하여 특식 제공에 따른 정상적인 비용이라고 주장하나, OOO은 청구법인의 주주인 OOO의 처제로서 친족관계에 해당하는 자라고 할 것이므로 「법인세법 시행령」제87조 제1항에 따라 청구법인과 특수관계에 해당한다고 할 것인 점, 청구법인과 OOO이 체결한 계약상 특식에 대한 보전금 지급내용이 별도로 존재하지 않고 제3자로부터 음식용역을 제공 받은 때에는 특식에 대하여 별도로 보전금을 지급한 사실이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인이 특수관계인 OOO에 대하여 계약 이외에 별도로 보전금 용역으로 지급한 금액에 대하여 부당행위계산 부인의 규정을 적용한 쟁점법인세처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  쟁점(6)과 관련하여, 청구법인은 (주OOO를 구매하면서 정상가격 대당 OOO원)에 대하여 대금 지불하고 세금계산서를 수령하였다가 이후 나머지 2대분에 대한 대금 지급시 정상가격 합계액OOO 만을 지급하여 증착기 7대 전부에 대하여 정상가액으로 정산이 이루어졌다는 주장이나, 2013년 제1기에 증착기 5대분에 대하여 공급가액이 과다하게 기재된 세금계산서를 (주)OOO부터 교부받아 그 관련매입세액을 부가가치세 신고시 공제한 것인 점, 이후 2014년 제2기에 청구법인이 (주)OOO로부터 나머지 2대분에 대한 잔금 지급을 요청받고 이때 다시 정상가격을 기준으로 하여 그 차액에 해당하는 세금계산서를 교부받아 정산이 이루어졌다고 하더라도 2013년 제1기에 교부 받은 세금계산서까지 거슬러 정당한 세금계산서에 해당하게 된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 2013년 제1기 귀속 부가가치세에서 관련 매입세액을 불공제한 쟁점부가가치세처분에 달리 잘못이 없고 2013사업연도 법인세에서 과다하게 지급된 금액을 손금불산입(유보)한 쟁점법인세처분도 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  (주)OOO 외 5개사로부터 교부받은 세금계산서와 관련하여 청구법인은 일부 거래 증빙 등이 없으나 실제 재화와 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서라고 주장하나, 조사관서가 세무조사시 확인한 내용에 따르면, (주)OOO은 OOO의 요구에 따라 OOO가 대표인 개인사업자OOO)으로부터 세금계산서를 교부받고 청구법인에게 세금계산서를 교부하였고, OOO는 그 거래대금을 대표자의 개인통장으로 이체한 후 현금으로 출금하였으며, (주)OOO는 그 거래대금을 OOO의 개인통장에 입금하자 OOO이 이를 다시 OOO의 개인통장에 입금하였고,OOO는 청구법인을 위하여 중국에서 영업활동을 하였다고 주장하나 그 결과에 대하여 아무런 증빙을 제시하지 못하고 있으며, (주)OOO는 청구법인과 직접 연락하거나 청구법인측의 업무담당자와 계약내용에 대하여 알지 못한다고 답변하면서 청구법인에 제공한 용역의 내용에 대하여 분실을 이유로 제출하지 않았고 청구법인 역시 (주)OOO로부터 제공받은 용역 내용에 대하여 제출하지 못한 것으로 확인되는 점과 청구법인은 OOO이 작성한 ‘OOO 관련 전달 및 처리사항 요약’에 대하여 신뢰할 수 없는 것이라고 주장하고 있으나 (주)OOO외 5개사로부터 세금계산서를 교부받고 부가가치세에서 관련매입세액을 공제하거나 법인세에서 손금으로 산정한 것은 청구법인임에도 상기의 조사관서의 조사내용과 달리 (주)OOO 외 5개사로부터 교부 받은 세금계산서가 적법한 것임을 입증할 수 있는 구체적인 증빙 등을 청구법인이 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 관련 매입세액을 불공제한 쟁점부가가치세처분에 달리 잘못이 없고 법인세에서 과다하게 지급된 금액을 손금불산입(상여)한 쟁점법인세처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  쟁점(7)과 관련하여, 청구법인은 OOO의 골프비용 중 골프이용권료OOO원은 일반적으로 골프연습장을 출근 전 또는 퇴근 후 자택 근처에서 사용하였으므로 대표이사의 처우 측면에서 복리후생비로, 골프비용OOO 접대비로 처리하여야 한다는 주장이나, 골프이용권료가 손금으로 인정되기 위해서는 「법인세법 시행령」제45조 제1항 각 호에 해당하여야 할 것인데 청구법인이 회사 내부에 간이 골프연습장을 설치․운영한 바 있다고 하나 청구법인의 대표이사였던 OOO가 지출한 골프이용권료가 직장체육비 등에 해당한다고 보기 어렵고, 골프비용이 「법인세법」제25조 제5항에 따른 접대비로 인정되기 위해서는 ‘법인이 업무와 관련하여 지출한 금액’에 해당하여야 할 것인데 청구법인이 OOO가 사적으로 법인카드를 사용하여 지출한 이 건 골프비용에 대하여 청구법인의 업무와 관련하여 지출된 것인지 여부를 확인할 수 있는 구체적인 증빙 등을 제출하지 못한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 이를 업무와 관련 없는 비용으로 보아 법인세에서 과다하게 지급된 금액을 손금불산입(상여)한 쟁점법인세처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  쟁점(8)과 관련하여, ① 전담부서 인정 이전 지출 재료비와 관련하여 청구법인의 연구개발실이「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 등에 따라 기업의 연구개발전담부서로 인정을 받은 것은 2012.11. 12.로 확인되는바, 처분청이 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 것은 그 인정일로부터 13～25일전인 2012.10.19.～2012.10. 31. 도림금속 등으로부터 취득한 재료비 OOO원인 점, 청구법인은 상기 재료비에 대하여 경상연구개발비로 장부에 계상하고 있고 처분청도 동 재료비가 연구개발 이외의 목적으로 사용된 것이라고는 제시하고 있지는 아니한 점 및 청구법인이 자신의 연구개발실에 대하여 연구개발전담부서로 인정을 받기 위한 신청시 연구개발을 위하여 지출한 비용이라고 주장하고 있고 이후 실제 연구개발전담부서로 인정 받은 사실이 있는 점 등에 비추어 전담부서 인정 이전 재료비인 OOO을 연구인력개발비 세액공제대상에서 제외한 쟁점법인세처분은 잘못이 있다고 판단된다.

   ② OOO 매입 금형 중 부인액과 관련하여 청구법인은 청구법인이 개발한 모델에서 매출이 발생하였다 하더라도 제품의 품질향상 등을 위하여 계속적으로 개발을 진행할 필요가 있으므로 OOO(주)로부터 구입한 금형 중 개발용으로 사용한 2013사업연도의 OOO원은 연구인력개발비 세액공제대상으로 인정하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인의 장부에 따르면 OOO(주)로부터 OOO등과 관련한 금형개발비가 개발 항목으로 분류되어 있기는 하나 조사관서는 청구법인의 구매팀의 원재료나 금형의 수불부 관리 및 보고 현황에서 개발완료된 금형이 제품 생산에 사용된 것을 확인하고 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 점 등에 비추어 볼 때, ② OOO 매입 금형 중 부인액인 OOO 연구인력개발비 세액공제대상에서 제외한 쟁점법인세처분은 잘못이 없다고 판단된다.

   ③ OOO 매입 PET FILM 중 부인액과 관련하여, 청구법인은 금형개발시 보호용 원단으로 사용하였다고 주장하나, 청구법인의 원자재 수불부에는 양산, 개발, 관리 및 증착으로 구분하여 관리하고 있고 청구법인이 개발에 사용되었다고 주장하는 PET FILM은 조사관서가 이러한 원자재 수불부 등에서 양산 등으로 기재된 사실을 확인하고 연구인력개발비 세액공제대상에서 제외한 점, 청구법인이 제시한 PET FILM의 사용방법과 관련한 증빙으로는 PET FILM이 실제 연구개발에 사용되었는지를 구체적으로 확인하기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, ③OOO매입 PET FILM 중 부인액인OOO을 연구인력개발비 세액공제대상에서 제외한 쟁점법인세처분은 잘못이 없다고 판단된다.

   ④ OOO에서 매입한 재료비인OOO과 관련하여, 청구법인의 원재료 수불부에 ‘개발’로 기재되어 있고, 처분청도 청구주장에 이유가 있다고 인정하고 있으므로 이를 연구인력개발비 세액공제대상에서 제외한 쟁점법인세처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.