주 문

OOO세무서장이 2015.7.31. 청구법인에게 한 2011～2013사업연도 법인세 경정청구 거부처분은

 1. 「조세특례제한법」제121조의2에 의한 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면이 적용되지 않는 사업에서 발생한 같은 법 제26조에 의한 고용창출투자세액공제액 중 비감면사업에 귀속되는 산출세액이 없어 공제받지 못한 세액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 각 사업연도의 비감면사업에 귀속되는 산출세액의 범위 안에서 공제하고,

 2. 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.8.2. OOO 주식회사와 OOO법인인 OOO 주식회사가 각각 50%를 투자하여 설립한 외국인투자기업으로 천연착색제 제조업 등을 영위하고 있고, OOO에 있는 ¹⁾OOO공장(이하 “OOO”이라 한다)과 전라남도 여수시에 있는 OOO공장(이하 “OOO”이라 한다)의 소득을 각각 구분하여 경리하고 있다.

나. 청구법인은 2011사업연도부터 2013사업연도까지(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 법인세를 신고하면서 아래 <표1>과 같이 외국인투자에 대한 세액감면(이하 “쟁점세액감면”이라 한다)을 적용하여 감면사업과 비감면사업을 영위하고 있는데, 청구법인은 비감면사업에서 발생한 고용창출투자세액공제(이하 “쟁점투자세액공제”라 한다)액을 당해 사업연도 산출세액에서 공제하지 아니하고 이월하였는바, 청구법인의 이 건 경정청구 전 공제 및 감면 현황은 아래 <표2>와 같다.

<표1> 청구법인의 외국인투자에 대한 세액감면 적용 현황

<표2> 청구법인의 경정청구 전 공제․감면 적용 현황

다. 청구법인은 비감면사업에서 발생한 쟁점투자세액공제액을 법인 전체의 산출세액(비감면사업은 귀속세액이 없으므로 결국 감면사업의 귀속세액)에서 공제하여야 한다고 하여 2015.1.28. 처분청에 쟁점사업연도의 법인세 합계 OOO의 감액을 구하는 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 감면사업과 비감면사업을 구분경리하는 경우 후자에서 발생한 투자세액공제는 동 사업에 귀속되는 세액을 한도로 하여야 하는데, 해당 세액이 없으므로 공제할 세액도 없다고 하여 2015.7.31. 경정청구를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) (주위적 청구) 비감면사업에서 발생한 투자세액공제는 외국인투자에 대한 세액감면과 중복적용이 가능하므로, 처분청의 경정거부처분은 취소되어야 한다.

  (가) 처분청은 사업별로 귀속되는 산출세액한도 내에서만 쟁점투자세액공제가 가능하다는 의견이나 이는 현행법상 근거가 없다.

  (나) 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제26조 제1항에 따르면 투자세액공제는 집계된 투자세액공제액을 개별 사업이나 사업장별 구분 없이 투자가 이루어지는 사업연도의 법인 전체의 산출세액에서 공제하는 것이다.

  (다) 비감면사업에서 발생한 투자세액공제액을 해당 사업의 귀속세액을 한도로 공제하기 위해서는 별도의 근거 조문이 있어야 한다.

   합병시 합병법인이 피합병법인의 이월투자세액공제를 승계하는 경우 승계한 이월투자세액공제액은 피합병법인으로부터 승계 받은 사업에서 발생한 법인세액의 범위 내에서 공제하도록(「법인세법」 제45조 제4항)규정하고 있으나, 그 외에 사업별(혹은 공장별) 산출세액을 한도로 투자세액공제를 적용하라는 근거규정은 없다.

  (라) 처분청은 조특법 제127조 제3항 및 제4항을 근거로 모든 세액공제 및 세액감면은 동시 적용이 불가능하고 제4항에 근거한 기획재정부 유권해석(재조특-284, 2010.3.23., 이하 “2010년 기재부해석”이라 한다)에 따라 사업별 귀속세액을 한도로 투자세액공제를 적용하여야 한다는 의견이나 이는 명백한 관련 법령 및 유권해석의 적용오류이다.

   1) 이 건은 외국인투자세액감면과 고용창출투자세액공제의 동시적용에 대한 법리적 판단이 핵심으로서 조특법 제127조의 제4항이 아니라 제3항이 적용되어야 하므로 외국인투자세액감면과 고용창출투자세액공제는 동시적용이 가능하다.

   2) 조특법 제127조 제4항에 따른 지방이전감면과 투자세액공제의 동시적용 문제를 다룬 2010년 기재부해석을 이 건에 적용하기에는 목적이 적합하지 아니하다.

  (마) 조특법 제127조 제3항에 따르면 당해 사업연도에 발생한 투자세액공제액 중 내국인투자지분율 상당액은 조특법상 중복적용 대상이 아님을 규정하고 있는데 이는 내국인투자지분에 대해서는 감면을 미적용하였는 바, 그에 상응하는 해당 사업연도의 투자세액공제를 적용하여야 한다는 취지이다.

   1) 이러한 취지에 미루어 판단할 때, 외국인투자지분이라 할지라도 감면미개시 등을 사유로 해당 사업연도에 감면을 적용받지 아니하였다면 대응되는 투자세액을 공제하는 것은 당연한 논리적 귀결이다.

   2) 국세청도 이러한 점을 고려하여 감면미적용 외국인투자자의 소유주식을 내국인투자자의 소유주식으로 간주하라는 두 건의 유권해석을 생산하였으며, 그 중 한 건은 청구법인이 직접 국세청에 질의하여 회신받은 유권해석이다.

   3) 처분청도 감면미개시 사업의 외국인투자지분에 대해서는 내국인지분율로 간주하여 100% 투자세액공제를 적용할 수 있다고 인정하면서, 비감면사업의 산출세액이 없음을 근거로 투자세액공제를 적용하여서는 아니된다고 하였다.

   4) 위와 같은 논리를 근거로 한 청구법인의 연도별 경정세액의 계산 및 적용은 법령 및 유권해석에 근거한 것이다.

   5) 상기의 감면미개시사업에서 발생한 공제대상금액은 법령상 외국인투자세액감면과 중복이 가능하고, 사업별 귀속세액을 한도로 공제하여야 한다는 규정은 없으므로, 쟁점투자세액공제액을 법인 전체의 산출세액에서 공제하여야 한다.

 (2) (예비적 청구) 쟁점투자세액공제가 당해 사업연도에는 법인 내 사업별로 귀속되는 산출세액 한도 내에서만 공제가 가능하다고 할 경우에는 당해 사업연도에 공제받지 못한 세액공제액을 다음 사업연도에 이월하여 법인 전체 산출세액에서 공제하여야 한다.

  (가) 세액공제액이 결손금 등의 발생으로 이월된 경우에는 동일 과세연도에도 최저한세의 범위 내에서 세액감면과 해당 이월공제액은 중복하여 적용이 가능하다(조특법 제144조 제1항, 조특법 집행기준 127-0-5 및 127-0-2 제2항).

  (나) 현행 세법상 이월세액공제와 세액감면 간의 중복지원을 배제하는 명문화된 규정이 없고, 세액공제와 세액감면 간의 중복배제여부의 판정은 과세연도 단위로 결정하여야 하는 것이므로(조특법 제127조 제3항), 이월된 투자세액과 당해 연도의 세액감면은 동시적용이 가능하다(서이 46017-11535, 2003.8.25., 참조).

  (다) 처분청은 법령상 ‘사업부문’별 이월공제규정이 없어 비감면사업에 귀속되는 세액을 초과하는 투자세액공제액은 이월하여 공제할 수 없다는 의견이나 이는 당초 의견과 모순된다.

   1) 처분청은 투자세액공제는 해당 사업에 귀속되는 산출세액을 한도로 적용하여야 한다고 하나, 이는 세액공제의 적용과 관련하여 법인 단위가 아닌 사업별 구분 적용을 전제로 하고 있는 것이다.

   2) 세액공제를 적용할 때에는 법령상 명확한 근거 없는 사업별 구분 적용을 전제로 하고, 그 결과 해당 사업에 산출세액이 없어 공제 받지 못한 세액공제 금액이 발생하였을 때, 엄격해석의 원칙에 따라 ‘사업부문별 이월세액공제 규정이 없음’을 근거로 한도 초과세액을 이월할 수 없다고 하는 것은 그 주장에 일관성이 없다.

나. 처분청 의견

 (1) (주위적 청구) 감면사업과 비감면사업을 동시에 영위하는 사업자가 사업별로 구분경리를 하는 경우에는 사업별로 각각 세액감면과 투자세액공제를 적용할 수 있으나, 사업별로 귀속되는 세액의 범위내에서 각각 세액감면과 투자세액공제를 적용하는 것인데, 청구법인의 경우 쟁점사업연도에는 비감면사업에 귀속되는 소득 및 세액이 없으므로 투자세액공제를 적용할 수 없다.

  (가) 감면규정 간 중복지원 여부는 구분경리를 전제로 사업장 단위로 판정하고, 세액공제규정 간 중복지원 여부는 투자자산을 기준(기업 단위 기준)으로 하는 것이 원칙인데, 감면규정과 세액공제규정 간 중복지원 여부의 판정기준을 무엇(사업장 또는 기업)으로 할 것인지에 대하여 논란이 있어 왔다.

  (나) 기획재정부는 2010년 기재부해석에서, 동일 사업연도에 세액감면과 세액공제규정을 동시에 적용할 수 없다는 종전의 입장을 일부 수정하여 동일한 과세연도에 세액감면과 세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우 원칙적으로 한 가지만 선택하여 적용할 수 있으나, 제조공정이 서로 무관한 2개의 공장을 영위하는 법인이 각각의 공장을 구분하여 경리함에 따라 산출세액 중 공장별 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우에는 1개의 공장에서 세액감면을 적용하더라도 다른 공장에 투자를 함에 따른 세액공제는 해당 공장에 귀속되는 세액을 한도로 공제할 수 있다고 해석하여 사업장을 기준으로 중복지원 여부를 판정하여야 한다는 입장이다.

  (다) 2010년 기재부해석을 보면, 비감면사업의 투자세액공제는 해당 투자를 실시한 사업에 귀속되는 세액을 한도로 공제한다고 해석하고 있는바, 이는 법인 전체의 산출세액에서 제한없이 세액감면과 세액공제를 적용하는 경우에는 같은 사업연도에 대한 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 결과가 되어 중복적인 조세지원을 배제하기 어렵기 때문이다.

  (라) 2013년 세법 개정시 2010년 기재부해석을 반영하여, 감면사업과 비감면사업을 구분경리하는 경우로서 비감면사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다고 규정(조특법 제127조 제10항)함으로써, 세액감면과 세액공제 모두 사업장 단위를 기준으로 적용하게 되었다.

  (마) 법원도 조특법 각 규정의 취지상 조세혜택의 중복지원인지 여부는 내국인이나 거주자가 아니라 사업장을 기준으로 판단하여야 하므로, 동일 사업연도 내에서도 각각의 사업장을 구분경리하였다면 세액감면과 세액공제를 동시에 적용할 수 있다고 판시하였다(서울고등법원 2014.12.3. 선고 2014누55016 판결).

  (바) 청구법인은 소득이 발생하지 아니한 비감면사업에서 발생한 쟁점투자세액공제액을 전체 산출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나 이는 결국 감면사업에 귀속되는 세액에서 비감면사업의 투자세액을 공제해달라는 주장으로서 세액감면과 세액공제의 중복지원에 해당하므로 받아들이기 어렵다.

  (사) 청구법인의 쟁점사업연도에는 비감면사업에서 소득이 발생하지 아니하여 비감면사업에 귀속되는 세액이 전혀 없으므로 공제할 세액도 존재하지 않는다.

  (아) 청구법인은 현행 세법상 투자세액공제액을 사업별로 귀속되는 세액을 한도로 공제하여야 한다는 근거규정이 없다고 주장하나, 2010년 기재부 해석에서 구분경리를 전제로 세액감면과 동시에 사업별로 투자세액공제도 적용받을 수 있도록 해석함에 따른 당연한 논리적 귀결이다.

  (자) 청구법인이 국세청장으로부터 회신받은 유권 해석OOO은 감면미개시 사업장(OOO)에 대한 외국인투자지분에 해당하는 투자세액공제액도 내국인 지분율로 간주하여 100% 투자세액공제를 적용할 수 있다는 해석이지, 비감면사업의 투자세액공제액을 감면사업에 귀속되는 세액에서 공제할 수 있다는 해석은 아니므로 이 건 쟁점과 관련이 없다.

 (2) (예비적 청구) 청구법인은 쟁점투자세액공제액이 당연히 이월된다는 전제에서 예비적 주장을 하고 있으나, 쟁점투자세액공제액은 조특법 제144조에 따른 이월공제대상 자체가 아니다.

  (가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 1998.3.27. 선고 1997누20090 판결).

  (나) 조특법 제26조에 따른 투자세액공제액이 발생하였다고 하여 발생 사업연도의 미공제세액이 다음 사업연도로 당연히 이월되어 공제할 수 있는 것은 아니고, 조특법 제144조에 따라 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액이 있는 경우에만 해당 세액을 이월하여 공제할 수 있도록 규정하고 있다.

  (다) 청구법인의 경우 쟁점사업연도에 납부할 세액이 없는 경우에 해당하지도 않고, 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액이 있는 경우에도 해당하지 않으므로 쟁점투자세액공제액은 이월공제대상 자체가 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 법인이 감면대상사업과 그 밖의 사업(비감면사업)을 구분경리한 경우 비감면사업에서 발생한 고용창출투자세액공제액은 동 사업에서 발생한 세액을 한도로 공제하여야 하는지 여부

 ② 비감면사업에서 고용창출투자세액공제액이 발생하였고 그 비감면사업에는 귀속세액이 없어 해당 사업연도에 투자세액공제를 적용받지 못한다 하더라도 다음 사업연도로 이월하여 법인의 전체 산출세액에서 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법률

 (1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것)

 제26조【고용창출투자세액공제】① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

 제127조【중복지원의 배제】② 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제94조 및 제104조의18 제2항이 동시에 적용되는 경우와 동일한 과세연도에 제26조 및 제30조의4가 동시에 적용되는 경우에는 각각 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18 제2항을 적용할 때 제121조의2또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다.

④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항 및 제121조의22 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제8조의3, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 제2항, 제104조의22, 제104조의25 및 제126조의7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제85조의6 제1항·제2항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항과 제121조의2 또는 제121조의4에 따른 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다.

 제143조【구분경리】제143조(구분경리) ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

 제144조【세액공제액의 이월공제】① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.

 (2) 법인세법 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

④ 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료의 주요 내용은 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 외국인지분율이 50%이고, OOO과 OOO의 소득을 구분경리하고 있다.

  (나) 청구법인의 쟁점사업연도 투자구분별 투자세액공제액 내역은 아래와 같다.

   1) 감면사업(OOO 및 OOO 일부)

   2) 비감면사업(OOO 일부)

  (다) 청구법인은 쟁점사업연도 법인세 신고시 감면사업에 대해서는 외국인지분에 대한 외국인투자세액감면과 내국인지분에 대한 고용창출투자세액공제를 신청하여 세액감면 및 세액공제를 받았으나, 비감면사업에 대해서는 신규투자만 이루어지고 소득이 발생하지 아니하여 세액감면 및 세액공제를 적용받지 아니하였다.

  (라) 국세청장은 OOO지방국세청장으로부터 과세기준자문신청을 받아 아래와 같이 회신한 것으로 나타난다.

  (마) 2010년 기재부해석(조세특례제도과-284, 2010.3.23.)은 아래와 같은 내용이다.

  (바) 조특법 제127조 제10항을 신설한 2012년 간추린 개정세법은 아래와 같은 내용이다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 세부쟁점들에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 쟁점① 법인이 감면대상사업과 그 밖의 사업(비감면사업)을 구분경리한 경우 비감면사업에서 발생한 고용창출투자세액공제액은 동 사업에서 발생한 세액을 한도로 공제하여야 하는지 여부에 대하여 보면,

   조특법 제127조 제3항은 동일 사업에서 감면과 공제가 동시에 적용되는 경우에 관한 규정이며 이 건과 같이 감면사업과 비감면사업이 구분되는 경우에는 같은 조 제10항과 함께 적용하는 것으로, 2013.1.1. 신설된 조특법 제127조 제10항에서 제3항을 적용할 때 감면사업과 비감면사업을 구분경리하는 경우 사업장별로 세액감면(감면사업)과 세액공제(비감면사업)를 각각 적용할 수 있는 것으로 규정하고 있는 점,

   2013.1.1. 신설된 조특법 제127조 제10항은 2010년 기재부해석을 반영한 것으로, 동 해석은 구분경리로 인하여 사업장별 산출세액을 합리적으로 구분할 수 있어야 하고, 세액공제는 구분된 비감면사업의 귀속세액을 한도로 적용함을 들고 있어 중복지원에 대한 우려가 없을 정도로 독립된 사업장(곧, 회계적으로는 사실상 별개의 회계단위로 볼 정도로 구분경리됨)을 전제로 하고 있는 점,

  세액공제는 개별 법인의 산출세액을 한도로 적용하는 것이어서 청구법인의 감면사업과 비감면사업을 각각 사실상 독립된 회계단위로 본다면 비감면사업에 대한 세액공제는 해당 사업에 대한 산출세액을 한도로 적용하는 것이 타당한 점,

   만일 비감면사업의 귀속세액을 한도로 하지 않고 감면사업 귀속세액에서의 세액공제를 허용할 경우 구분경리할 경우와 구분경리하지 않은 경우의 결과가 동일해져 세액공제는 사업장별 구분경리 여부에 상관 없이 인별로 모두 해주어야 할 뿐만 아니라 중복지원의 문제도 발생할 수 있는 점 등에 비추어 비록 법령상 명확한 근거는 없다고 하더라도 납세자가 사업별(감면사업․비감면사업)로 외국인투자에 대한 세액감면과 고용창출투자세액공제를 적용하는 경우에는 해당 사업(비감면사업)에 귀속되는 산출세액을 한도로 고용창출투자세액공제를 적용하는 것이 실질적인 측면에서 합리적이라고 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점② 비감면사업에서 고용창출투자세액공제액이 발생하였고 그 비감면사업에는 귀속세액이 없어 해당 사업연도에 투자세액공제를 적용받지 못하더라도 다음 사업연도로 이월하여 법인의 전체 산출세액에서 공제할 수 있는지 여부에 대하여 보면,

   2010년 기재부해석 및 2013.1.1. 신설된 조특법 제127조 제10항은 중복지원을 배제하기 위하여 엄격한 구분경리를 전제로 각 사업장별로 세액감면과 공제를 허용하고 있는 점, 통상 세액공제는 세액감면과는 달리 5년간 이월공제가 적용되는 점, 쟁점①에 대한 판단에서 사업장별 구분경리의 경우 비감면사업의 귀속세액을 한도로 세액공제를 허용하였으므로 세액공제액의 이월도 구분경리한 비감면사업에 한정하여 이월된다고 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 해당 사업연도 비감면사업에 귀속되는 산출세액이 없어 공제받지 못한 고용창출투자세액공제액이 있는 경우에는 이를 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인의 전체 산출세액이 아니라 비감면사업에 귀속되는 산출세액의 범위 안에서 공제하는 것이 세액공제의 원리상 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.