주 문
1. OOO세무서장이 2013.8.7. 청구법인에게 한 법인세 OOO 및 부가가치세 OOO의 각 부과처분은 (가) OOO의 입점업체들로부터 2009년 3월부터 2010년 12월까지 사용료에 대한 감면금액인 OOO, 청구법인이 지출한 OOO 구매고객 특성 조사용역비 OOO 및 청구법인의 협력사 직원들에게 특별공로 성과금으로 지급한 OOO을 접대비에서 제외하고, (나) 청구법인이 2000.11.11. 준공한 남․북측 방조제도로와 2000.8.4. 준공한 북측진입도로와 관련하여 2008～2012년 기간 동안 발생한 전기, 조경 및 유지보수비용 합계 OOO과 2000.10.11. 준공한 남측, 북측 및 동측 배수갑문시설과 관련하여 2008～2012년 기간 동안 발생한 유지관리비 합계 OOO을 당기 비용으로 하여 손금에 산입하고 방조제도로와 북측진입도로 관련 매입세액 OOO과 배수갑문시설 관련 매입세액 OOO을 공제하며, (다) 청구법인의 체력단련시설인 OOO에서 2010.12.31.～2011.12.31. 기간 동안 발생한 비용과 관련하여 청구법인 외 직원의 등록인원비율(28%)에 해당하는 세액공제금액 OOO을 「조세특례제한법」 제94조의 근로자복지증진을 위한 시설투자 세액공제를 적용하여 그 세액을 경정하고, (라) OOO은행이 청구법인에 출연한 OOO은 2011사업연도 잡이익으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하며, (마) 청구법인이 OOO 주식회사와 당초 체결한 임대료 부과방식의 변경에 따른 임대수익 차액 합계 OOO을 매출누락에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, (바) OOO 2단계 확장사업에 참여한 외부업체 및 컨소시엄 중 일부 업체로부터 2008년 제2기 및 2010년 제1기 과세기간 중 수령한 세금계산서 OOO에 대해 2008년 제1기로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분을 취소하며, (사) OOO 2단계 확장사업 중 2～6공구 총사업비를 2008년 제2기 과세표준에 포함하면서 부과한 가산세를 취소하고, (아) OOO 건설사업으로 인해 발생한 주변지역 어민의 피해를 보상하기 위한 어업보상비 OOO을 1단계 건설사업에 대한 사업비에 포함하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며, 2. 나머지 심판청구는 기각한다. | |||||||||||||||||||||||
[이 유] | |||||||||||||||||||||||
가. 청구법인은 1999.2.1. OOO」에 따라 국토교통부(이하 “국토부”라 한다)가 100% 출자하여 설립된 법인으로 운수 관련 서비스업과 임대업을 영위하고 있다. 나. 중부지방국세청장은 2013.3.11.부터 2013.7.18.까지 청구법인에 대한 법인제세통합조사를 실시하여, 아래와 같은 조사적출사항과 기타 조사내용을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2013.8.7. [별지1]과 같이 법인세 및 부가가치세 합계 OOO을 경정․고지하였다. (1) (쟁점① 관련) OOO 내 교통센터에 위치한 OOO는 주주인 국토부의 지시에 의하여 청구법인이 건축하여 소유권을 취득하였으나, 국토부는 민자사업자인 OOO와 ‘OOO 민간투자사업 실시협약’을 체결하여 공항철도가 쟁점철도역사를 무상사용·수익하게 하였다. 처분청은 쟁점철도역사가 특수관계자(국토부)의 지시에 의하여 취득한 부당행위계산부인의 대상인 무수익자산에 해당한다고 보아 「법인세법」 제52조의 규정을 적용하여 무수익자산(쟁점철도역사)의 취득가액 상당액OOO을 특수관계자(국토부)에 대한 대여금(업무무관가지급금)으로 보아 인정이자 상당액OOO 및 공항 내 토지무상사용액OOO을 익금산입하고, 쟁점철도역사의 감가상각비OOO, 지급이자OOO 및 유지보수비용OOO을 손금불산입하였다. (2) (쟁점② 관련) 2008년 8월 기획재정부 산하 공공기관 운영위원회는 공기업 선진화 추진계획의 일환으로 청구법인의 지분 49%를 매각하기로 함에 따라 국토부는 OOO를 구성하였다. 청구법인은 2009.3.5. 개최된 제2차 OOO 결정에 따라 OOO를 컨설팅업체로 선정하였고 경영진단 및 경영구조개선 용역비 명목으로 OOO에 OOO을 지급하였으며 법률자문 용역비 명목으로 법무법인(유)OOO에게 OOO을 지급하였고 매각이 무산된 후 조사일 현재까지 주주인 국토부에게 이를 청구하지 않았다. 처분청은 OOO가 민영화를 위한 주식매각과 관련한 컨설팅 및 법무비용으로 결국 청구법인의 주주인 국토부가 보유한 주식을 민간기관에게 매각하기 위해 필요한 비용이므로 당연히 주주인 국토부가 부담하여야 할 비용임에도 청구법인이 부담한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 손금을 부인하였다. (3) (쟁점③ 관련) 청구법인은 공항에 입점해 있는 입점업체로부터 상업시설사용료, 토지사용료, 구내영업료 등을 받아 이를 수익으로 계상하고 있는데, 2009년 제2차 이사회를 통하여 입점업체 영업정상화 지원방안을 수립하고 2009년 3월부터 2010년 12월까지 사용료의 10% 상당액인 OOO을 감면하였다. 이에 처분청은 청구법인이 쟁점사용료감면액을 정당한 사유 없이 포기한 채권(접대비)으로 보아 한도초과액을 손금불산입하였다. (4) (쟁점④ 관련) 청구법인은 2008.1.31. 제2기 면세점 사업자 입찰에 참여한 주식회사 OOO와 OOO 임대차계약을 체결하였고, 2011.2.8. OOO 입점과 관련하여 변경계약을 체결하였다. 처분청은 청구법인이 OOO와의 최초 계약시 정한 해당기간 최소보장액이 있음에도 계약변경을 하면서 기존 최소보장액보다 적은 OOO만을 위한 최소보장액을 별도 적용하였으므로 OOO 입점 전 OOO의 총면적(4,679.6㎡)과 총 최소보장액을 기준으로 산출한 단위면적당(㎡) 최소보장액(청구법인이 계약변경시 신라면세점에게 요구하여야 할 최소보장액을 기준으로 산정)에 OOO 사용면적을 곱하여 산출한 임대료와 OOO이 해당기간 실제 납부한 임대료OOO와의 차액 2011년(2011.9.10.∼2011.12.31.) OOO을 매출처인 OOO와의 거래관계를 위한 접대비로 보아 접대비 시부인하였다. OOO (5) (쟁점⑤ 관련) 청구법인은 2011.9.9. OOO 입점 만족도 조사시행안을 수립하고 2011.11.30. 주식회사 OOO와 총 용역비 OOO의 OOO 구매객 특성 조사분석 용역계약을 체결하였는바, 조사목적은 OOO 입점 후 고객특성 분석이고 조사대상은 공항면세점 구매자이며 2011.12.31.까지 시행하였다. 처분청은 청구법인이 부담한 OOO 구매고객 특성 조사용역비OOO를 거래처를 위해 대신 부담한 접대비로 보아 2011년 OOO을 법인세 손금불산입한 후 관련 매입세액을 불공제하였다. (6) (쟁점⑥ 관련) 청구법인은 2012년 6월 청구법인이 OOO에서 제정한 “명예의 전당”에 첫 번째로 등재된 것을 기념하여 협력사에 소속 직원 1인당 일정금액OOO을 특별공로 성과금으로 지급하기로 하고 39개 분야 43개 업체에 OOO을 지급하였다. 처분청은 쟁점특별성과금을 접대비로 보아 접대비 한도초과액 OOO을 손금불산입하고 관련 매입세액을 불공제하였다. (7) (쟁점⑦ 관련) 청구법인은 2008년부터 2012년까지 협력사 직원 등을 위하여 명절․성수기 격려품, 하계휴양소 제공, 단합대회 지원, 협력사의 날 행사지원․기념품․포상, 협력사 직원의 해외공항 견학, OOO 교육지원, 간담회 식사제공, 국제민간항공기구 초청비용 부담, 협력사 자녀 초청 공항견학 등의 비용으로 2008년 OOO을 부담하고, 협력사 또는 유관기관 종사자의 OOO을 감면하였다. 처분청은 쟁점협력사경비와 쟁점교육비감면액을 접대비로 보아 접대비 한도를 초과하는 OOO을 손금불산입하고 OOO을 접대관련 매입금액으로 하여 관련 매입세액을 불공제하였다. (8) (쟁점⑧ 관련) 청구법인은 2008.6.20. OOO 2단계 개항과 관련하여 취득한 자산 중 통신시스템·통합정보시스템·운항정보표출설비·운항정보데이터통신설비·운항정보전송설비·통합경비보안설비(이하 “쟁점통신설비등자산”이라 한다)와 쟁점통신설비등자산을 운영하는데 필요한 소프트웨어(이하 “쟁점소프트웨어”라 한다)를 기구 및 비품으로 보아 「법인세법 시행규칙」 별표5 규정에 의한 기구 및 비품의 내용연수인 5년을 적용하여 감가상각하였다. 또한, 청구법인이 2008.1.1.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산 중 기구 및 비품으로 분류한 통신시스템·통합정보시스템·운항정보표출설비·운항정보데이터통신설비·운항정보전송설비·통합경비보안설비 중 쟁점통신설비등자산을 제외한 자산(청구법인 내 수십여 개 부서의 6천여 개의 항목으로 구성, 이하 “쟁점보안설비등자산”이라 하고, 쟁점통신설비등자산 및 쟁점소프트웨어와 합하여 “쟁점설비등자산”이라 한다)을 「법인세법 시행규칙」별표 5 규정에 의한 기구 및 비품의 내용연수인 5년을 적용하여 감가상각하였다. 처분청은 쟁점설비등자산을 업종별자산으로 보아 「법인세법 시행규칙」 별표6에 의하여 청구법인이 업종별 자산의 내용연수로 신고한 10년을 적용하여 감가상각비를 재계산하고 아래 <표2>와 같이 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하였다. OOO (9) (쟁점⑨ 관련) 청구법인은 공항을 운영하기 위하여 구입한 소방관련차량, 제설차량, 시설점검유지보수차량, 셔틀버스, 환경조사차량, 항공등화관련차량, 시험용차량, 이동지역관련차량, 무인궤도열차(이하 “쟁점차량”이라 한다)의 감가상각을 하면서 「법인세법 시행규칙」 별표5에 의한 차량운반구로 보아 5년의 내용연수를 적용하여 감가상각하였다. 처분청은 청구법인의 업종은 운수업의 일종으로 「법인세법 시행규칙」 별표6 운송관련서비스업에 해당하므로 쟁점차량의 내용연수를 업종별자산의 신고내용연수인 10년으로 보아 아래 <표3>과 같이 쟁점차량에 대한 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하였다. OOO (10) (쟁점⑩ 관련) 청구법인이 2008년 6월 2단계 개항을 위하여 건설한 탑승동이 기존 여객터미널과 약 1km 떨어져 있어 공항이용여객수송을 위하여 기존 여객터미널과 탑승동간의 지하터널을 건설하고 무인열차 자동운행시스템OOO으로 열차를 운행하고 있으며, 청구법인은 OOO을 기계장치로 분류하여 청구법인이 업종별자산의 내용연수로 신고한 10년을 적용하여 감가상각하였고 OOO를 차량운반구로 분류하고 OOO와 함께 취득한 예비부품(이하 “쟁점예비부품”이라 한다)을 비품으로 분류하여 「법인세법 시행규칙」 별표5의 규정에 의한 5년의 내용연수를 적용하여 감가상각하였다. 처분청은 OOO의 궤도시설(이하 “쟁점궤도시설”이라 한다)을 구축물로 분류하고 25년의 내용연수를 적용하여 감가상각하여 한도초과액을 손금불산입하였으며, OOO와 쟁점예비부품을 「법인세법 시행규칙」 별표6의 규정에 의한 업종별자산으로 분류하고 10년의 내용연수를 적용하여 감가상각하고 아래 <표4>․<표5>와 같이 쟁점궤도시설 및 쟁점예비부품에 대한 연도별 감가상각비 한도초과액을 손금불산입하였다. OOO (11) (쟁점⑪ 관련) 청구법인은 1992.5.4. OOO로부터 신공항건설을 위한 공유수면매립승인을 받을 당시 조건에 따라 OOO와 OOO를 잇는 연륙도로를 대체하기 위하여 2000.11.11. 남․북측 방조제도로를, 2000.8.4. 북측진입도로(이하 각 도로를 합하여 “쟁점도로”라 한다)를 각각 준공한 다음, 2001.4.1. 개항과 함께 쟁점도로의 취득가액 OOO을 구축물로 계상한 다음, 2001～2007사업연도 법인세 신고시 쟁점도로의 내용연수(50년)에 따라 각 사업연도별로 OOO을 감가상각비로 손금산입하였고, 아래 <표6>과 같이 쟁점도로와 관련한 비용(이하 “쟁점도로비용”이라 한다)을 청구법인이 부담하였다. OOO 처분청은 쟁점도로의 유지․관리비용에 대한 부가가치세를 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하고 법인세 신고시 당기 비용으로 처리한 유지․관리비용의 손금 귀속시기를 자산 기부시로 조정하여 손금불산입(유보)하였다. (12) (쟁점⑫ 관련) 청구법인은 1992년 5월 OOO로부터 공유수면 매립권을 부여받아 1992년 11월부터 OOO 주변 4개섬OOO 사이 공유수면을 매립하여 OOO를 하기 위한 물막이 공사로서 방조제공사 및 배수갑문(남측, 북측 및 동측 배수갑문시설로, 이하 “쟁점배수갑문시설”이라 한다) 공사를 시작하여 2000.10.11.(준공확인일) 이를 완료하였다. 이후 청구법인은 이와 관련된 감가상각비는 손금불산입으로 세무조정하였으나 유지관리비는 손금산입하였는바, 처분청은 OOO 건설허가 조건에 따라 건설된 쟁점배수갑문시설은 OOO나 국가 등에 기부예정인 자산으로 동 자산의 유지관리비 OOO은 토지에 대한 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 관련 부가가치세 OOO을 매입세액 불공제하고 유지관리비용의 손금귀속시기를 당해 자산의 기부시로 조정하여 손금불산입(유보)하였다. (13) (쟁점⑬ 관련) 청구법인은 공항 및 합동청사 직원이 사용하게 할 목적으로 체력단련시설인 OOO를 2011.12.29. 증축 및 준공하고 2010.12.31～2011.12.31. 기간 동안에 발생한 비용 OOO을 2011사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」 제94조의 근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용하여 OOO을 공제받았다. 처분청은 쟁점체력단련시설을 청구법인의 직원 외에 협력사 직원이 무료로 이용하고 있다는 사실을 확인하고 「조세특례제한법」 제94조 제4항에 따라 쟁점체력단련시설을 다른 목적에 전용한 것으로 보아 당초 공제받은 세액에서 청구법인 외 직원의 등록인원 비율(28%)에 해당하는 33,152천원을 쟁점세액공제 대상에서 차감하였다. (14) (쟁점⑭～쟁점⑮ 관련) 청구법인은 2000년 중 아래 <표7>과 같이 OOO 등 8개 법인(이하 “쟁점①임차인”이라 한다)과 OOO 국제업무지역내 업무용시설(이하 “쟁점①건축물”이라 한다)의 설계․시공․분양과 관련하여 ‘쟁점①임차인이 위 지역 내에 쟁점①건축물을 신축하여 사용하되 토지사용기간(5년～50년)이 경과한 이후에는 이를 청구법인에게 기부채납하고, 토지의 사용에 대한 대가로 쟁점①건축물의 사용승인일 이후부터 쟁점①건축물이 점유하는 토지 부분의 개별공시지가의 50/1000을 지급한다’라는 내용의 실시협약을 체결한 다음, 2009년 제2기～2012년 제2기 부가가치세 신고시 토지에 대한 임대료 부분을 부가가치세 과세표준에 산입하면서 쟁점①건축물의 임대와 관련한 부분은 포함하지 아니하였다. OOO 처분청은 쟁점①건축물 소유권이전 시점의 시가(이하 “쟁점①건축물시가”라 한다)를 임대기간으로 안분한 금액을 후불임대료로 보고 2009년 OOO을 부가가치세 과세표준에 가산하였다. (15) (쟁점⑯～쟁점⑰ 관련) 청구법인은 주식회사 OOO 외 20개 민간시설사업자(이하 “쟁점②임차인”이라 한다)에게 청구법인이 소유한 토지 위에 아래 <표8>의 시설(이하 “쟁점②건축물”이라 한다)을 신축하게 한 뒤 일정기간 사용하게 하고 토지사용기간 종료 후 무상으로 청구법인에 귀속시키는 계약을 체결하였고 쟁점②임차인은 건물을 신축한 후 현재 사용 중에 있다. OOO 처분청은 쟁점②건축물 소유권이전 시점의 시가(이하 “쟁점②건축물시가”라 한다)를 임대기간으로 안분한 금액을 후불임대료로 보고 2008년 제1기 OOO을 부가가치세 과세표준에 가산하고 같은 금액을 해당 사업연도 익금에 산입하였다. (16) (쟁점⑱ 관련) 청구법인은 2002년 7월 OOO와 청구법인이 소유한 토지에 골프장을 조성하여 2020년까지 골프장 운영권을 갖기로 하는 협약을 체결하였고 골프장은 OOO로 구성되어 있다. 청구법인은 처분청의 2008년 세무조사 이후 OOO의 선수임대료와 관련한 법인세를 2008년부터 2012년까지 소득금액으로 신고하였고 2008년 제2기부터 2009년 제1기까지 부가가치세를 신고하였으나, 2009년 제2기부터 2012년 제2기까지 부가가치세는 신고를 누락하였다. 처분청은 우리 원의 선결정례OOO에 근거하여 OOO 조성비를 선수임대료로 판단하고, 이를 임대차 기간으로 안분한 금액 2009년 제2기부터 2012년 제2기까지 각각 OOO을 부가가가치세 과세표준에 가산하였다. (17) (쟁점⑲ 관련) 청구법인은 여객터미널 및 탑승동 내 제3사업구역의 은행/환전소 운영사업자 모집공고를 2007년 4월에 시행하였고, 기존은행OOO과 신규은행OOO이 입찰에 참가하여 기존 3개 은행OOO과 신규 1개 은행OOO이 운영사업자로 선정되었다. OOO은행은 2007년 5월 OOO 입찰에 참여하기 위한 사업제안서에서 공항이용객 및 종사자와 주변거주자에 대한 편의시설 제공을 통한 OOO의 환경개선을 목적으로 OOO 및 보행도로 조성사업시OOO을 청구법인에게 출연하겠다고 제안하였다. 청구법인의 자전거도로의 사업기간은 2009년 3월～2009년 12월이고 주요 공사내용은 공항지역내 자전거도로(총연장 18.6㎞)이며 건설공사 도급금액 OOO에 공사를 진행하여 완공하였다. OOO은행은 2011.7.8. 청구법인에게 OOO을 현금출연하여 청구법인에게 지급하였고 청구법인은 동 금액을 2011사업연도 잡이익으로 인식하였다. 처분청은 쟁점출연금을 후불임대료로 보아 이를 2011사업연도 법인세 과세표준에서 차감하고 OOO은행의 임차기간인 2007.7.1.부터 2012.6.30.까지 5년간 안분하여 부동산임대 매출누락으로 아래 <표9>와 같이 부가가치세 및 법인세 과세표준을 경정하였다. OOO (18) (쟁점⑳ 관련) 청구법인은 2002.7.24. OOO 예정지역 민간투자개발사업 실시협약을 체결하였다가 2005.6.3. 제1차 실시협약변경을 체결하면서 수익은 최소보장액과 영업료에 따른 임대료를 비교하여 징수하되 영업료율은 OOO가 해당 사업권 시설을 운영하여 발생한 연간 총 매출액에 OOO를 적용하기로 하였다. OOO은 직영으로, 골프장 내 식음료점, 골프샵, 스크린골프, 편의점, 골프클리닉 등은 위탁운영ㆍ임대하고 있다. 청구법인은 당초 임대료 산정 시 최초 사업계획서상에 제안된 주식회사 OOO 임대사업장을 제외한 추가된 직영ㆍ위탁ㆍ임대시설 모두 OOO의 총매출액의 일정요율 만큼을 징수하여 왔으나, OOO는 추가된 직영ㆍ위탁ㆍ임대시설의 2005년∼2006년 귀속 임대료를 매출이 아니라 원가를 차감한 금액인 임대수익에 일정요율을 적용하여 징수하는 방식으로 변경하도록 수차례 요구하였고 청구법인은 이를 회신하지 않다가 2007.4.17. 2006년 귀속 임대료부터는 관련 변경된 계약서 작성 없이 청구법인 OOO의 내부 검토를 거쳐 이를 수용하기로 통보하고 변경된 임대료 부과방식을 적용하였다. 한편, 당초 협약서 제4조 제8항에 따르면 OOO가 사업계획서에 제안한 사업 이외의 추가사업을 영위하거나, 본 사업 운영과 관련하여 여건 변화시 매출액 기준은 별도 합의로 정하기로 하였다. 처분청은 청구법인이 위 협약 제4조 제8항에 따라 ‘여건 변화 시 별도 합의하여 정하여야 함’에도 객관적으로 인정할 만한 특별한 여건 변화가 없음에도 임대료 부과기준을 변경하여 기존의 부과방식으로 당초 성숙·확정된 임대수익을 포기하였으므로 임대료 부과방식의 변경에 따른 임대수익 차액 OOO의 매출을 누락한 것으로 보아 부가가치세 및 법인세 과세표준에 가산하였다. (19) (쟁점 관련) 청구법인은 OOO을 마무리하고 2008.6.20. 확장시설을 본격 운영 개시하였다. 청구법인은 OOO 준공 전에 이를 사용하고자 OOO에 준공전 사용허가를 받아 사용하였고 외부업체 및 컨소시엄(이하 “도급업체”라 한다)에 공사를 위임하여 2단계사업을 진행하였으며 2단계사업에 참여한 도급업체 중 일부 업체(이하 “쟁점도급업체”라 한다)의 경우 OOO 개항일이 속하는 2008년 제1기 이후인 2008년 제2기와 2010년 제2기에 기성금 및 잔금 관련 세금계산서를 청구법인에 발행하였고 청구법인은 세금계산서 수령일이 속하는 부가가치세 과세기간에 매입세액으로 공제받았다. 처분청은 2단계사업과 관련한 재화와 용역의 공급 시기는 2단계 개항일에 속하는 2008년 제1기이므로 2008년 제1기 이후에 청구법인에 발행한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 공급시기와 작성연월일이 다르므로 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에 따른 ‘필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다’고 보아 2008년 제2기 기성관련분 매입세액 OOO, 2010년 제1기 준공관련분 매입세액 OOO의 매입세액을 불공제하였다. (20) (쟁점 관련) 청구법인은 「영유아보육법」 제14조 및 같은 법 시행령 제20조의 규정에 따라 OOO을 2012년 8월 착공하여 2013년 3월 준공하였고, 2012.10.18. OOO 쟁점어린이집시설 운영에 대한 위탁계약을 체결한 후 2013.2.25. OOO으로부터 「영유아보육법」에 의한 어린이집 인가OOO를 받아 2013.3.1. 개원하여 운영하고 있으며, 2008년 제2기∼2012년 제2기 부가가가치세 과세기간 중 쟁점어린이집시설의 설치와 관련하여 교부받은 세금계산서OOO의 매입세액 OOO을 전액 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과 쟁점매입세액은 「부가가치세법」 제12조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제30조에 따라 부가가치세가 면제되는 교육용역과 관련한 매입세액에 해당하는 것으로 보아 전액 불공제하였다. (21) (쟁점～쟁점 관련) 청구법인은 1992년 9월 OOO로부터 공유수면매립권을 부여받아 1992년 11월부터 공유수면을 매립하여 1단계 공항토지의 소유권을 2001년 취득하였고 2002년 이후 2단계 사업에 따라 추가로 공유수면을 매립하여 조성된 토지의 소유권을 취득하였다. (가) 2단계사업은 지역별로 나누어 공사가 진행되었고 각 공구(2단계 1～9공구 및 2단계 자유무역지역)별 공유수면매립공사완료일, 국토부 산하 OOO의 준공전사용승인일 및 준공인가일은 2008.5.1.～2012.4.6.이다. 처분청은 2008년 청구법인에 대한 통합세무조사(이하 “직전조사”라 한다)에서 공유수면매립이 부가가치세 과세대상 용역거래이므로 1～9공구 사업비에 이윤을 가산한 금액(이하 “총사업비”라 한다)을 과세표준에 포함하여 1공구의 공급시기를 2005년 제1기로, 2～9공구의 공급시기를 2008년 제1기로 보아 부가가치세를 과세하였고 이에 대한 과세전적부심사 결과 2008년 제1기 이후에 공사가 완료된 7～9공구는 과세대상에서 제외되었으며, 청구법인은 7～8공구는 실제 공사완료일(처분청 직전조사 과세방식기준)을 공급시기로 보아 2008년 제2기로, 9공구는 준공인가일을 공급시기로 보아 2011년 제1기로 하여 각각 부가가치세를 신고·납부하였다. 자유무역지역은 2009년 11월 OOO의 실시계획을 승인받아 착공되었고 2012년 4월 준공전사용허가를 득한 후 2013년 2월 운영시기가 공고(국토부)되었으며 2013년 5월 OOO 주식회사와 임대차계약을 체결하여 부지 일부가 사용되고 있고 2013년 10월 현재 OOO 준공인가는 미확정된 상태이다. (나) 한편, 1992년부터 2001년까지 진행된 공항 1단계 건설사업(이하 “1단계사업”이라 한다)으로 인해 발생한 주변지역 어민의 피해를 보상하기 위해 어업보상비(이하 “쟁점어업보상비”라 한다)를 지급하였고 1994년 공항지역 지표조사 과정에서 신석기주거유적지(이하 “유적지”라 한다)가 발견되어 OOO의 요구에 따라 유적지 주변을 공원(이하 “쟁점공원”이라 한다)으로 조성하였다. (다) 처분청은 2～9공구의 공급시기가 준공인가일이고 자유무역지역의 공급시기는 2012년 9월이며 어업보상비는 청구법인이 시행하는 모든 공유수면매립용역과 관련된 사업비이고 쟁점공원 조성비용(이하 “쟁점조성비용”이라 한다)은 자유무역지역의 매립공사 관련 사업비이며, 2단계 실시설계용역비(이하 “쟁점용역비”라 한다) 중 9공구에 귀속되는 금액이 과세표준에 누락되었으므로 2～6공구 관련 직전조사에 따른 과세처분을 취소한 후 2～6공구 총사업비를 2008년 제2기 과세표준에 포함하고 쟁점어업보상비를 공항지역 총 매립지 면적으로 배분한 후 2～9공구 및 자유무역지역 귀속분을 과세표준에 포함하는 등2008년 제2기～2012년 제2기 부가가치세 과세표준을 아래 <표10>과 같이 경정하였다. OOO 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점철도역사는 청구법인의 의사결정에 따라 시공사와 공사계약을 체결하여 취득한 업무용 유형자산으로 청구법인이 소유권 등기를 완료하였고 거래예정 당사자인 국토부 역시 공문을 통해 청구법인의 소유권을 인정하고 있다. 향후 소유권 이전시 공사비 정산이 아닌 유형자산 매매거래에 해당하는바, 매매계약 체결이 지연된 것에 불과한 것이고 국토부에 건설비 상당액의 채권은 존재하지 않는다. 채권의 존부와 상관없이 청구법인은 국토부와 수차례에 걸친 소유권 이전 협의 및 공항철도에 대한 부당이득반환청구소송 제기 등의 노력을 지속적으로 수행하였으나, 국토부의 빈번한 입장 변경으로 매매계약 체결 및 임대료 수취가 지연되었다. 정부기관인 국토부 지시에 따른 정당한 사유가 있어 부당행위계산부인대상이 아니고 실질적인 금전소비대차 전환이 이루어졌다고도 볼 수도 없으므로 인정이자를 익금산입한 처분은 부당하다. 쟁점철도역사는 공항 이용객이 반드시 거쳐야 하는 시설로서 청구법인의 사업과 업무관련성이 상당하고 외부감사인으로부터 감사받은 재무제표에도 감가상각대상 유형자산으로 분류되어 있는바, 이를 업무무관가지급금으로 간주하여 관련 지급이자 및 감가상각비용을 부인한 것은 부당하다. (2) OOO는 경영전략 및 재무구조 분석 등을 통하여 청구법인의 성장 전략 수립 및 경쟁력 강화를 목적으로 수행되었고 용역에서 다루어진 주요 사안들이 실제로 추진·이행되었는지 2011년 경영실적보고서를 통해 보고되었으므로 그 효익이 청구법인에 귀속됨이 명백하다. 국토부가 청구법인의 주식 매각업무를 진행하고 관련 사무를 청구법인에게 위탁한 것은 OOO를 수행한 이후로서 OOO는 청구법인의 지분매각과 관련이 없다. (3) 사용료의「법인세법」상 손익의 귀속시기는 임대용역이 제공된 후 지급일이 도래하는 시점이고 해지시(계약서 제36조) 입점업체는 최대 3개월분의 사용료만을 위약금으로 지급하는바, 임대기간 도래 이전에 사전적으로 청구법인의 이사회에서 결정된 쟁점사용료감면액은 성숙·확정된 채권의 포기(접대비)에 해당하지 않는다. 쟁점사용료감면액은 항공수요가 급감하는 위기상황에서 아래 <표11>에서 보는 바와 같이 연도별 국제여객수 및 출국자수 증감율 등의 구체적인 수치를 근거로 결정되었다. OOO 아래 <표12>에서 보는바와 같이 전체 97개의 임차업체 중 79개 업체를 대상으로 동일한 감면율(10%)을 적용하였고 나머지 18개 업체는 신규계약, 여신유예적용, 무상임대, 철수 등의 정당한 사유로 쟁점사용료감면액 대상에서 제외하였다. OOO 면세점 감면액이 상대적으로 크지만 이는 청구법인의 매출에서 면세점의 비중이 매우 높기 때문에 모든 업체에 동일한 감면율을 적용할 경우 당연하게 발생하는 차이로 감면 전 사용료 대비 감면액을 비교하면 면세점과 그 외 업체 간 감면율에 차이가 없다. OOO 쟁점사용료감면은 2009년 국토부의 한시적 규제 유예대상에 포함된 정부의 경제활성화 정책의 일환으로 시행된 것으로 청구법인이 임의로 특정 대기업에게 대규모 혜택을 제공한 것이 아니다. (4) OOO는 청구법인의 수익 증진을 위한 정상적인 경영판단에 따라 세계 최초로 공항 면세점에 OOO을 입점시키기 위한 것이므로 이를 유사 접대비로 본 것은 부당하다. 백화점의 경우에도 OOO은 타 입점업체보다 낮은 수수료를 부담하는 것이 관행이다. 설령, OOO가 접대비에 해당한다고 하더라도 그 비교기준은 OOO의 입점 전 OOO 구역에 대한 단위 면적당 임대료가 아니라 OOO이 입점한 후 OOO의 단위 면적당 임대료를 기준으로 산출하는 것이 합리적이다. (5) 시장조사용역은 명품브랜드 구매고객의 특성을 파악해 향후 청구법인의 사업시설 운영에 활용하고자 수행하였고 해당 용역결과는 OOO에 제공되지 않았으므로 청구법인이 부담한 OOO는 접대비가 아니다. (6) 계약서상 특수계약조건 제32조 제2항에서 ‘공항공사는 협력사가 공항공사에 기여한 공로 등 용역수행실적이 우수한 경우에는 협력사에 대하여 특별성과금을 지급할 수 있다’고 규정하고 있는바 쟁점특별성과금은 사전약정에 따라 집행되었다. 대고객 서비스 직종이 아닌 세관과 출입국사무소, 협력사로 볼 수 없는 은행 및 식당을 제외한 모든 협력사를 대상으로 지급하였고 지급액은 1인당 OOO으로서 사회통념상 정상적인 금액이므로 접대비에 해당하지 않는다. 아울러, 친목도모가 아닌 업무효율성 증대에 따른 수익 창출이 지출 목적이므로 접대비와 그 성격이 전혀 다르다. 서비스수준평가OOO는 특수계약조건 제22조에 규정된 항목으로 쟁점특별성과금과 별개이고 OOO는 정기적으로 지급되는 반면 쟁점특별성과금은 사유 발생시 비정기적으로 지급되는 것으로 OOO를 근거로 쟁점특별성과금에 합리성이 없음을 주장하는 것은 부당하다. (7) 쟁점협력사경비와 쟁점교육비감면액은 정부의 공정사회 구현, 대·중소기업 동반성장 및 사회적 약자배려 정책에 부응하고 동시에 공기업으로서의 사회적 책임 수행을 위한 상생프로그램의 일환으로 지급되었는바, 협력사와의 친목도모 등을 위해 집행된 것이 아니다. 쟁점협력사경비와 쟁점교육비감면액은 2013년 기준으로 1인당 연간 약 OOO으로 사회통념상 정당한 수준이고 모든 거래처에 대하여 동일한 기준을 적용하였는바, 「법인세법」상 접대비 요건에 해당하지 않는다. (8) 통신시스템, 통합정보시스템, 운항정보설비, 경비보안장치 등의 경우 아래 <표14>에서 보는 바와 같이 공항운영 뿐만 아니라, 타 사업자도 공통적으로 보유하여 같은 목적으로 쓰이는 범용성 있는 자산이므로 비품에 해당한다. OOO 아래 <표15>에서 보는 바와 같이 자산명세서에 정보통신장비 및 보안장비로 분류된 자산 역시 대부분 청구법인의 주업종과 관련이 없는 범용성 있는 자산이므로 비품에 해당한다. OOO 처분청은 각 설비가 통합배선을 통해 유기적으로 연결되어 공항운영에 사용되므로 업종별 자산이라는 의견이나, 통합배선은 건물 내부 또는 건물 간 각종 통신망을 일원화시켜 어떠한 정보기기라도 자유롭게 접속될 수 있도록 한 것에 불과하고 각 자산의 본질적인 기능은 노트북, 서버, 모니터 등 비품을 통해 발현되므로 업종별 자산의 내용연수를 적용하는 것은 부당하다. (9) 아래 <표16>에서 보는 바와 같이 쟁점차량은 제설, 소방차량 등 운송용역과 전혀 관련 없는 지원 차량으로 업종별자산에 해당하지 않는다. OOO 쟁점차량은 사업과 직접적인 관련이 없이 단지 부수적·보조적으로 이용될 뿐이고 공항운영사업자에 한정하여 제공되는 것이 아니므로 청구법인의 수익창출과 직접적 연관성이 없다. (10) 쟁점궤도시설은 열차의 물리적 안내를 위한 ‘안내 및 억류 장치’, 전기 공급을 위한 OOO, 콘크리트 노면을 일컫는 ‘주행면’ 등으로 구성되고 OOO을 위한 전용시설이다. 즉, 쟁점궤도시설 없이 OOO은 운영이 불가능하며 OOO과 별개의 독립된 자산이 아니므로 기계장치로 분류된 OOO과 동일한 내용연수를 적용하여야 한다. 쟁점궤도시설은 지하터널(구축물) 안에 설치되어 있어 토지에 정착된 시설이 아니고 OOO은 일반적인 궤도가 아닌 콘크리트 노면 위를 운행하므로 구축물에 해당하지 않는다. 그리고 쟁점예비부품은 OOO 구동을 위한 부품으로 업종별자산이 아닌 차량운반구와 동일한 내용연수(5년)를 적용해야 한다. (11) 기부채납 시기는 소유권이전등기일 또는 기부채납을 승인한 날 중 빠른 날이다. 쟁점도로는 2015년에 비로소 OOO에 기부채납이 완료되었는바, 그 전까지 실질적인 소유권은 청구법인에 있으므로 쟁점비용은 청구법인이 당연히 부담해야 하는 비용이다. 쟁점도로는 공항 이용객들의 공항 접근 및 청구법인 다른 시설과의 연계를 위해 사용되고 있다. 따라서 청구법인의 업무에 직·간접적으로 기여하는 사업용 고정자산에 해당한다. 청구법인은 당초 쟁점도로를 OOO에 이관하려 하였으나, 국토부가 효율성 측면에서 청구법인이 쟁점도로를 관리할 것을 권고하였다(2007.1.3.). 따라서 정부의 지시에 따라 쟁점도로의 관리의무를 부담했음에도 관련 비용을 손금 부인하는 것은 부당하다. (12) 공유수면매립 승인조건OOO 제9항에서 아래 <표17>과 같이 시설의 귀속 주체를 규정하고 있는바, 공공시설에 한해 국가 또는 OOO에 소유권이 이전된다. OOO 그러나 쟁점배수갑문시설은 공공시설에 해당하지 않고 OOO는 이를 도시계획시설로 고시한 바 없으며 국가 또는 OOO가 쟁점배수갑문시설이 이관대상 자산임을 인정한 바도 없으므로 쟁점배수갑문시설의 실질적 소유권은 청구법인에 있다. 쟁점배수갑문시설은 외해(外海)로부터의 해수 침입을 방지하고 공항지역 내 빗물 등 불필요한 물을 배출시켜 수해를 방지하는 기능을 하는 공항 존속 및 사업영위에 필수적인 자산이므로 쟁점배수갑문시설의 유지관리비를 업무무관비용으로 간주한 처분은 부당하다. (13) 청구법인은 고용노동부 권고에 따라 협력업체와 상생 목적으로 2012년 쟁점체력단련시설의 이용 범위를 협력사까지 확대하였다. 이는 쟁점체력단련시설을 다른 목적에 전용한 것에 해당하지 않으므로 쟁점세액공제 사후관리 요건을 위배한 것이 아니다. 관련 예규OOO에서도 직장어린이집이 본래의 목적대로 운영되고 있다면 세액공제를 적용할 당시의 이용인원 비율이 이후 감소하더라도 추징사유에 해당하지 않는다고 판단하였고 처분청은 쟁점세액공제 중 협력사 직원의 이용률만큼 추징하였으나 관련법령상 안분 규정은 없으므로 조세법규의 엄격해석원칙을 위배한 것이다. (14) 토지임대기간은 최소 25년에서 최대 50년으로 과세관청이 후불임대료 산정을 위하여 사용한 대체취득법에 의한 감정가액은 소유권이전 시점의 시가를 적정하게 반영하지 못하였다. 대체취득법에 따른 감정가가 소유권이전 시점의 시가보다 클 경우 토지 임대기간동안의 과다신고세액을 환급받을 수 없는 문제점이 발생한다. (15) 청구법인이 주식회사 OOO와 체결한 협약서(이하 “쟁점협약서”라 한다)에 의거 토지사용기간의 연장 및 토지원상복구 가능성이 존재하므로 OOO에 대한 소유이전 여부가 확정되는 시점에 과세표준에 산입하는 것이 타당하다. (16) 조세심판원 선결정례OOO에서 OOO에 대해 협약에 따라 철거가 가능한 당해 시설이 청구법인에 귀속된다고 단정할 수 없어 과세대상에서 제외하였는바, 쟁점②건축물 역시 철거 및 원상복구 조항이 존재하고 소유권 이전 여부가 불확실하므로 후불임대료가 아니다. 청구법인은 「국유재산법 시행령」 제26조에 따른 적정한 토지임대용역대가를 이미 수취하고 있고 소유권이전조항은 분쟁해결의 수단일 뿐 토지 사용에 대한 대가가 아니다. (17) 관련 판례OOO에서 ‘토지임대용역의 시가’와 실제 수취한 사용료와의 차액을 과세하도록 판시한 것으로 해석되는바, 쟁점②건축물의 감정가액에서 청구법인이 수령한 토지사용료를 차감한 금액을 기준으로 과세되어야 한다. (18) 실시협약에 의거 토지임대기간 종료 시 OOO 골프장 부지(이하 “쟁점부지”라 한다)의 원상회복을 요구할 수 있는바 쟁점부지의 조성비용은 임대용역의 대가가 아니다. 그리고 골프장 건설에 따른 토지가치증가의 효익은 골프장이 유지된 상태여야 발현되므로 골프장 철거 없이 소유권 이전이 확정되는 시점에 과세소득이 발생된다. (19) 쟁점출연금은 입점은행이 지역사회에 공헌할 목적으로 지급한 것인바, 임대용역과 무관하고 해당 자전거도로는 지역주민이 이용 가능한 편의시설이므로 과세대상 임대소득이 아닌 기부금에 해당한다. OOO은행의 임대요율은 1,128.28%로 비슷한 시기에 입점한 타 은행의 임대요율을 상회하고 「법인세법」상 적정임대료보다 크므로 이미 시가에 상응하는 임대료를 수취하고 있다. (20) 기존임대매장의 수익구조는 재임차 업체로부터 OOO가 수수료를 받아 매출로 인식하고 OOO 매출액의 일정비율을 청구법인이 임대료로 수취하는 형태로서 면세점사업자와 동일하다. 또한, 추가임대매장은 골프샵, 편의점 등으로서 기존임대시설과 그 성격이 매우 유사한 바, 청구법인의 OOO 임대료 부과방식은 적정하며 이를 과소 징수하였다고 간주하는 것은 부당하다. 실시협약서에 추가임대매장의 임대료 산정 기준은 당사자 간 합의하여 결정하되, 합의란 청구법인과 OOO가 문서 또는 회의를 통하여 상호 의견의 일치를 본 결과로 규정하고 있으므로 형식상 계약서 변경이 없더라도 당사자 간 합의로 임대료 산정 기준을 정한 것은 정당한 계약변경에 해당한다. (21) 2008년 제2기에 발행된 세금계산서(기성금, 준공금)의 경우, 처분청이 청구법인에 용역을 제공한 OOO에도 부가가치세를 경정·고지하였으나 조세심판원은 이에 대한 공급시기를 검사를 완료하고 대금의 지급여부가 확정된 2008년 제2기로 결정하였다OOO. 2010년 제1기에 발행된 세금계산서OOO의 경우, 소음문제 등을 이유로 청구법인과 공사업체 간 분쟁이 발생하였고 공사업체는 2010년 OOO의 중재가 결정된 시점을 공급시기로 하여 세금계산서를 발행하였는바, 중재결정에 따라 대가지급이 확정되는 2010년 제1기가 공급시기에 해당한다. (22) 과세사업을 영위하는 청구법인은 「영육아보육법」에 따라 직원의 복리후생을 목적으로 어린이집을 건립하였으므로 관련 매입세액은 청구법인의 과세사업 영위를 위해 발생하였는바, 청구법인의 매출세액에서 공제가 가능하다. 청구법인은 OOO에게 어린이집 운영을 위탁하였고 어린이집에 관한 모든 권리·의무는 수탁자에 있으므로 청구법인이 면세대상인 교육용역을 직접 제공한다는 처분청의 의견은 근거가 없다. (23) 청구법인의 매립공사는 「수도권신공항건설 촉진법」 및 OOO의 적용을 받는바, 청구법인이 직접 매립하여 토지를 원시취득하여 아래 <표18>․<표19>에서 보는 바와 같이 대가관계가 성립되지 아니하므로 「공유수면매립법」에 따른 매립과는 달리 부가가치세 과세대상에 해당되지 아니한다. OOO (24) 처분청이 2∼6공구 귀속시기를 2008년 제2기로 변경한 처분은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사에 해당한다. 그리고 OOO이 청구법인에 대해 「조세범처벌법」의 기소여부를 검토하고 불기소를 결정하면서 조세탈루혐의가 없음을 인정하였으므로 정당한 사유 없이 행해진 중복조사에 해당한다. 2008년 후 5년이나 지난 2013년에 이르러야 기존 처분을 취소하고 새로운 처분을 하는 것은 과세관청의 세무조사결과를 믿고 이에 따른 청구법인의 신뢰를 무너뜨리는 처사로서 「국세기본법」상의 신의성실의 원칙 및 신뢰보호의 원칙에 어긋나는 위법한 처분이다. (25) 청구법인은 직전조사를 통해 2∼6공구 공급시기를 2008년 제1기로 귀속시켜 추징하였으므로 이러한 과세관청의 처분에 성실히 응한 청구법인으로서는 2008년 제2기로 귀속시켜 세금계산서를 교부해야 한다는 것을 당시 시점에서 도저히 상정할 수 없었고 이에 청구법인이 2008년 제2기까지 세금계산서를 교부하지 않은 것은 그 의무해태에 대해 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 처분청이 2∼6공구 귀속시기를 2008년 제2기로 변경시키고 직전조사 결과를 신뢰한 청구법인에게 세금계산서미교부가산세 등을 부과하는 것은 가산세 부과의 법리에 어긋나는 위법한 처분이다. (26) 쟁점어업보상비는 1단계 건설시 4개 섬을 제방으로 막는 과정에서 발생하였고 아래 <표20>에서 보는바와 같이 OOO은 총 3단계로 구성되며 각 사업은 별도의 실시계획승인을 통해 추진되어 계속성이 없는바, 2·3단계 공사와 무관한 어업보상비를 이연·배부하는 것은 불합리하다. OOO (27) 처분청은 쟁점어업보상비를 사전에 계획된 매립면허면적으로 안분하였는바, 이는 실제매립면적과 상이하여 추정치를 과세표준에 포함시키는 불합리한 결과를 초래하였다. 쟁점어업보상비는 공항부지를 조성하기 위해 4개 섬을 제방으로 막음에 따라 발생하였고 공항부지는 기존에 섬으로 존재하던 토지를 매입하고 공유수면을 매립한 후 별도의 공사를 통해 조성하였으며, 쟁점어업보상비는 공유수면매립이 아닌 공항부지 조성을 원인으로 발생하였으므로 청구법인의 총 부지면적으로 배부한 후 공급시기가 도래하는 부분만 과세하는 것이 타당하다. (28) 2단계 자유무역지역은 일반적인 공유수면매립지역과 달리 OOO으로부터 준공전사용허가를 받아도 바로 사용이 가능하지 않고 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제27조에 의거 관세청과의 협의를 거쳐 운영시기가 결정되므로 운영시기가 공고되기 전인 2012년 9월은 자유무역지역의 공급시기가 될 수 없다. (29) 유적지는 1994년 OOO 예정지역에 대한 지표조사를 실시하여 OOO 부근 OOO에서 발견되었고 2003년 발굴작업이 완료되었다. 이후 청구법인은 유적지 주변에 펜스 등을 설치하여 유적지를 보호하였으나 2006년 5월 OOO의 문화재 보존대책 수립 지시에 따라 외부용역을 통해 유적지 주변지역에 쟁점공원을 조성하기로 하고 OOO 쟁점공원 조성공사를 2011.2.17. 시작하여 2011.10.16. 완료하였다. 유적지의 발견 및 발굴시점 모두 OOO을 건설하기 이전이고 문화재청이 지시한 문화재 보호 절차를 따르지 않을 경우 OOO이 진행되지 못함에 따라 청구법인은 유적지 발굴완료 직후부터 유적지를 보호하고 있었다. 유적지가 OOO 부근에 존재한다는 사실 이외에 유적지와 OOO과 직접적인 연관성은 없고 유적지 보호는 청구법인이 영위하는 사업과 관련이 있는 것으로 쟁점조성비용은 OOO의 매립공사와는 무관하다. 부가가치세 과세표준에 포함되는 총 사업비는 「공유수면매립법 시행령」 제20조 제4항에 열거되어 있는데 쟁점조성비용은 동 조항에 열거되어 있지 않으므로 쟁점조성비용을 자유무역지역 매립공사의 사업비로 보아 부가가치세 과세표준에 포함한 처분은 부당하다. (30) 2단계사업의 부지조성공사 기본 및 실시설계용역은 2단계사업 지역 전체를 대상으로 하여 2002년 2월 착수되었고 쟁점용역비는 공통비용에 해당하며 직전조사에서 쟁점용역비를 포함한 1∼9공구 사업비를 부가가치세 과세표준에 포함하여 과세하였다. 청구법인이 신청한 과세전적부심사에서 공급시기가 미도래한 7∼9공구 사업비는 과세대상에서 제외하는 것으로 결정되었고 이 과정에서 쟁점용역비는 제외되지 않고 전액 과세되었으므로 쟁점용역비 중 9공구 귀속분이 누락되었다는 처분청의 의견은 사실과 다르다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점철도역사는 청구법인과 특수관계자인 국토부의 예산으로 건설할 예정이었고 사후정산을 조건으로 우선 청구법인의 자금으로 하였으며 공사 사장은 국정감사에서 채권의 존재를 인정하였는바 건설비 상당액의 채권이 존재한다. 국토부가 쟁점철도역사는 국가에서 관리할 시설물이라고 통보하고 관리운영권을 OOO에 부여하여 실질적 소유권으로 배타적 사용․수익권을 행사하였다. 교통센터를 완공한 2001년 10월까지 공사대금을 회수하고 있지 않은 점, 압류나 강제집행 등 적극적인 노력을 한 흔적은 없는 점, 국토부는 공사대금을 지급할 여력이 있음에도 특수관계를 이용하여 장기간 공사대금지급을 지연한 점, 청구법인은 국토부가 공항철도에 쟁점 철도역사를 32년간 무상사용할 수 있도록 허가한 행위를 묵인하고, 청구법인의 권리를 포기하여 쟁점철도역사를 통한 실질적인 이익과 기회비용을 상실한 것은 경제적 합리성을 무시한 행위이다OOO. (2) OOO는 2009.3.5. 개최된 제2차 OOO의 결정에 따라 OOO 및 법무법인(유) OOO에 용역비로 지급된 것으로 주주인 국토부가 성공적인 지분 매각을 위한 로드맵을 도출하기 위해 청구법인에게 위탁하여 용역을 수행한 것이다 OOO는 민영화를 위한 지분매각과 관련한 비용이고 주식매각 사무 위탁서에는 컨설팅, 회계, 법무 등에 대한 자문비는 매각대금에서 지출한다고 명시하였는바, 주주인 국토부가 당연히 부담해야 할 비용이다. (3) 청구법인이 입점업체와 체결한 면세점 특약 제2조에 따르면, ‘입점업체가 영업환경의 변화 등을 이유로 임대료 조정을 요구할 수 없다’고 되어 있음에도 위 특약을 위반하면서까지 사용료를 감면해주었고 사전약정이 없었을 뿐만 아니라 청구법인의 감면이 생존과 상생이라는 추상적인 당위에만 근거할 뿐 항공수요가 실제 감소하였는지, 임대료를 감면할 정도로 입점업체들의 매출이 감소한 것인지 또는 감면율 10%가 합리적인지 등에 대한 구체적인 자료에 근거하였다는 점을 입증하지 못하고 있다. 쟁점사용료감면액을 결정할 당시의 이사회 회의록(2009.2.6.)에 따르면, 당일 예정에 없었던 입점업체 임대료 감면 안건이 긴급안건으로 상정되었고 당해 회의에서 항공수요의 감소여부 및 정도, 입점업체의 매출감소 등에 관한 구체적 자료에 관한 검토가 없어 최선의 예측치에 근거한 감면이 아니었으며 면세점 3개 업체에 실질적 감면이 되는지를 중점적으로 논의하고 일률적으로 10%를 감면할 경우 오히려 수익이 적은 소규모 사업자와 재력이 풍부한 대기업 사이에 불공정이 발생할 수 있다는 의견이 있었던 점, 청구법인은 매년 출국자 수와 환승객 수를 포함한 국제여객수의 증감에 관한 자료를 국정감사에 제출하여 온 점 등에 비추어 쟁점사용료감면액의 혜택이 3개 면세점업체에 집중될 것임을 충분히 예측가능하였음에도 불구하고 차등을 두면 불만이 야기될 수 있으므로 일률적 감면을 시행하자는 이OOO 사장의 발언OOO으로 충분한 논의 없이 쟁점사용료감면액을 결정하였다. 쟁점사용료감면액은 2009년 신규입찰 사업권자, 사단법인 OOO 등의 영업료율 매장은 사용료 감면 입점업체에서 제외하는 등 그 감면이 일률적이라 볼 수 없고 사전약정이나 입점업체의 명시적 감면요청도 없이 쟁점사용료감면액 중 특정 대기업OOO의 감면액이 OOO으로 대부분을 차지(총 감면액의 86%)하여 이들 업체에 혜택이 집중되었다. 쟁점사용료감면액은 항공수요 감소를 주된 이유로 이루어졌으나 면세점은 출국자뿐 아니라 환승객도 이용할 수 있으므로 청구법인이 증빙으로 제출한 출국자수 감소 자료는 환승객을 포함하지 아니한 것으로 채택하기 부적합하다. 청구법인이 국회에 제출한 국정감사자료 등에 의하면 2008년 대비 2009년 항공수요는 5% 감소한 것은 사실이나 이에 반해 환승객은 17.6% 증가하여 확정된 사용료 채권을 포기할 정도로 급격히 감소하지 않았고 추가 감면을 시행한 2010년에는 오히려 2009년 대비 17.3%, 2008년 대비 11.5%가 증가하였음에도 사용료를 감액한 것이어서 쟁점사용료감면액은 감면 당시는 물론 감면 이후 사정에 비추어 보아도 입주업체와 거래관계를 원활하게 하기 위한 접대비에 해당한다. (4) 2008년 3월 당초 입찰계약을 통해 당시 정해진 5년간(2008년 3월∼2013년 2월)의 각 기간별 최소보장액을 정하였음에도 불구하고 청구법인이 2011년 2월 OOO과 당초 계약을 변경하면서 OOO이 신라면세점에 요구한 9가지 조건 중 8가지 조건을 전면수용하고 OOO 사업장만 별도로 당초 정해진 최소보장액과 영업료율보다 현저하게 낮게 적용한 것은 명백한 접대비이다. 당초 과세처분의 취지는 청구법인이 OOO과의 계약변경을 통한 지원액을 산출하여 과세한 것이므로 계약 변경 전·후의 임대료 차액을 산출함에 그 기준은 계약 변경 전 최초 계약시 정해진 임대료와 면적이 기준이 되어야 하는 것이고 계약변경으로 이미 낮게 조정된 것을 기준으로 할 수 없다. OOO 중 OOO 품목만 타 품목(20%)에 비하여 현저하게 낮은 영업요율(6.95∼7.56%)을 적용하여 주었다. 그 결과 OOO은 탁월한 입지OOO에도 불구하고 아래 <표21>에서 보는 바와 같이 단위면적(㎡)당 최소보장액이 계약변경 전 단위면적(㎡)당 최소보장액(계약변경 후 타매장의 단위면적당 최소보장액과 동일)보다 OOO 낮게 적용함으로써 총 면적 550㎡에서 매년 OOO을 감액하여 주게 되었다. OOO (5) OOO 구매고객 특성 분석보고서는 OOO 구매객 500명을 대상으로 이루어졌고 타브랜드의 경우 그러한 설문용역비를 지원한 적이 없으며 설문내용 및 청구법인의 보고서 활용 실적이 없는 점 등에 비추어 신라면세점에 대한 접대비이다. (6) 청구법인이 사전약정의 근거로 주장하는 아웃소싱용역특수 계약조건 제32조 제2항은 지급여부, 기준 및 금액 등이 전혀 정해지지 않은 것으로 거래상대방이 이 조항을 들어 청구법인에게 어떠한 의무의 이행을 촉구할 수 없으므로 위 조항은 사전약정이라고 볼 수 없고 아웃소싱 관련 협력사에게만 지급한 것은 차별 없는 지급이라고 볼 수 없다. 특별성과금을 통해 성과에 기여한 협력사 직원을 격려하고 새로운 10년을 향한 가치 창출 동기부여 및 정부 동반성장 정책을 뒷받침한다고 되어있는바, 이는 쟁점특별성과금 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 기업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위한 것이므로 쟁점특별상여금은 접대비에 해당한다. 청구법인이 유사한 사유로 2004년 지급한 특별성과금을 지급한 부분을 2008년 세무조사시 접대비로 판단한 것이 정당하다는 조세심판원의 결정이 있다OOO. (7) 협력사의 날 행사는 상생파트너로서 한가족이라는 공동체의식 형성에 있다고 표방하는 등 쟁점협력사경비는 협력사 직원의 복지만족도 향상, 공동체의식 조성으로 공항서비스의 제고 효과를 목적으로 하고 있는바, 협력사 직원은 청구법인의 직원이 아닐 뿐만 아니라 파견근로자에도 해당되지 않으므로 복리후생이 아닌 사업관계자들과 친목을 도모할 목적으로 보아야 한다. 협력사 포상계획 등은 상호간에 그 약정이 없이 청구법인의 일방적인 계획에 따라 거래처에 지급된 것이고 견학일정 대부분이 관광에 할애되어 있으며 우수한 일부 업체만 보내는 것은 단순한 격려차원의 견학으로 접대비에 해당한다. OOO 대상자 역시 공항 내 상주하는 상가, 은행, 기타 종사자 전체가 아닌 공항 내 상주기관만을 대상으로 하고 있고 간담회 비용은 협력사 대표 또는 관리자를 대상으로 통상 회의시 지급되는 다과의 수준을 넘는 지출이며 협력사 자녀 또는 인근 도서지역 학생들을 상대로 한 초청비는 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모할 목적으로 지출되었으므로 접대비로 봄이 타당하다. (8) 청구법인의 업종은 공항설비운영서비스업 및 별정통신업이고 「법인세법 시행규칙」 [별표6] 업종별자산 분류 기준인 한국표준 산업분류에 의한 중분류 코드 63인 운송관련서비스업과 64인 통신업에 해당한다. 쟁점설비등자산은 개인용 컴퓨터가 아닌 통신시스템 등으로서 공항운영에 직접 사용되어 수익을 창출하고 있으므로 [별표6]에 의한 업종별 자산에 해당한다. 시스템 통합사업은 청구법인의 사업을 면밀하게 분석하여 이를 효율적으로 운용하기 위하여 시행된 것으로 동 사업에 지출된 금액은 업종별 자산에 해당하고 범용성을 가지는 소프트웨어의 경우 비품으로 처리할 수도 있으나, 쟁점보안설비등자산을 운영하기 위한 소프트웨어는 업종고유 목적달성에 필수적이고 청구법인의 수익창출에 기여하는바 쟁점보안설비등자산과 분리하여 따로 내용연수를 5년으로 할 수 없다. (9) 청구법인은 운수업에 사용되는 차량운반구의 구분 기준을 사람 및 화물의 운반에 대한 대가 수령여부로 한정하고 있으나 위와 같이 한정하여 볼 근거가 없고 한국산업분류표상 운수업에는 운송업, 운수관련서비스업이 있으며 공항설비운영서비스업은 운수관련서비스업에 해당한다. 쟁점차량은 OOO 등이고 쟁점차량이 없다면 공항의 정상적인 운영이 불가능한 필수자산이므로 업종별 내용연수를 적용하여 감가상각비를 계산함이 타당하다. (10) OOO 계약서를 보면 주행면, 안내레일, 급전레일 등을 궤도시설로 분류하여 시설하였음을 알 수 있고 쟁점궤도시설은 OOO가 운행하는 주행선로와 선로보조레일로서 철도의 궤도시설과 같은 역할을 하는 구축물에 해당한다. 일반기업회계기준 제10장 유형자산에서는 구축물을 교량, 궤도, 갱도, 정원설비 및 기타의 토목설비 또는 공작물 등이라고 규정하고 있어 쟁점궤도시설은 구축물에 해당한다고 해석하는 것이 합리적이다. 기계장치의 필수적 예비부품으로서 기업회계기준상 유형자산으로 분류되고 범용성이 없어 다른 기계장치에 전용할 수 없는 등 해당 기계장치에 전적으로 종속되는 쟁점예비부품은 취득시부터 해당 기계장치의 내용연수를 적용해야 한다. (11) 쟁점도로는 OOO 건설허가조건으로 건설된 OOO 도시계획도로이고 관리주체도 OOO이며 OOO에 기부채납되어야 할 도시계획시설로서 청구법인이 보유한 토지의 효용을 증가시키는 자본적 지출에 해당하는 도시계획도로이므로OOO 유지․보수․관리비용을 기부채납 시까지 손금불산입 유보처분하고 토지관련 매입으로 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다. 쟁점도로에 대한 지출은 청구법인이 보유한 토지의 가치를 상승시키는 작용을 한 것이므로 손금불산입한 처분은 정당하고 법인세 신고 시 당기 비용으로 처리한 유지․관리비용의 손금 귀속시기를 자산 기부시로 조정하기 위해 손금불산입 유보처분하고 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다. (12) 배수갑문시설은 공유수면매립 승인조건에 따라 공공시설은 국유로 하고 도로, 공원, 녹지 등 도시계획시설은 준공과 동시에 지방자치단체OOO에 귀속하여야 하며 유지보수는 5년간 피승인자의 부담으로 한다고 명시되어 있다. 청구법인이 제기하였던 조세심판청구OOO에서 ‘방조제도로는 장래 OOO에 기부채납되어야 할 도시계획시설로서 청구법인이 보유한 토지의 효용을 증가시키는 자본적 지출에 해당’한다고 결정된 것과 같이 쟁점배수갑문시설은 장래에 국가 및 지방자치단체OOO에 기부채납 되어야 할 시설이다. 따라서 국가 및 OOO에 기부채납 되어야 할 시설인 쟁점배수갑문시설의 유지관리비용 또한 지출시가 아닌 기부시점에 손금으로 산입해야 한다. (13) 조세법규의 해석은 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석이 허용되지 않는바, 「조세특례제한법」제94조 및 같은 법 시행령 제94조의 종업원에 협력사 직원을 포함한다는 규정이 없고 파견근로자도 아닌 협력사 직원은 청구법인의 직원과 같이 취급할 수 없다. 쟁점체력단련시설을 협력사 직원이 이용함으로써 오히려 실제 혜택을 누려야 할 청구법인 종업원의 시설이용 선택권이 제약되고 있어 「조세특례제한법」 제94호 제1항 제5호의 입법취지인 종업원의 복지증진 목적을 저해하고 있으므로 감면세액 추징은 정당하다. (14) 청구법인이 토지임대료로 수취하는 부분은 매분기 현금으로 수령하는 금액과 토지임대기간 종료시점에 수취하는 쟁점①건축물 가액으로 과세표준은 동 금액의 합계로 보아야 하고 후불임대소득이 발생할 권리가 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되어 있다고 할 수 있어 과세요건을 충족한다. 이 건과 유사한 선결정례OOO에서 조세심판원은 소유권 이전 전의 가액을 평가한 후 그 가액을 임대기간으로 안분하여 각 과세기간별로 과세표준에 산입하는 것으로 결정하였다. (15) 직전 세무조사시 동일 시설을 협약서상 토지사용 종료시점에 무상으로 소유권이전 받는 것은 후불임대료로 과세하는 것이 정당함이 조세심판원의 선결정례OOO에서 확인되는바 당초 처분은 정당하다. (16) 조사종결일 현재 쟁점②건축물의 계약내용은 임대기간 종료 후 쟁점②건축물을 청구법인이 무상으로 소유권을 이전받는데 제약이 없는바, 이는 쟁점②건축물 관련 후불임대소득이 발생할 권리가 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되어 있다고 할 수 있으므로 과세요건을 충족한다. 청구법인이 토지임대료로 수취하는 부분은 매분기 현금으로 수령하는 금액과 토지임대기간 종료시점에 수취하는 쟁점②건축물의 가액으로 과세표준은 「부가가치세법 시행령」 제48조 제1항에 따라 동 금액의 합계로 보아야 한다. (17) 청구주장대로 소유권 이전시점의 건물시가가 정상임대료라면 쟁점②건축물이 소유권 이전시점에 경제적 가치가 없다는 청구주장과 연계하여 볼 때 민간시설사업자에게 무상으로 토지를 임대해 준다는 것이고, 쟁점②건축물의 가액을 임대기간으로 나눈 금액이 분기별 수취하는 토지가액보다 작은 경우 마이너스 임대료가 발생하는 등 청구주장은 건전한 사회적 통념이나 상관행에 비추어 부적정하다. (18) OOO 골프장 OOO는 임대기간 종료 이후에도 계속 골프장으로 존치되는 시설물임이 확인되는 이상 청구법인에 이전될 것이 확실하고 소유권을 이전받은 후 청구법인이 직접 운영하거나 임대하는 등의 방식으로 사용·수익하게 되어 사업시행자의 골프장 조성으로 인해 청구법인의 토지가치가 증가된 부분은 선수임대료에 해당한다. 동일사안에 대하여 선수임대료에 해당한다는 조세심판원의 선결정례OOO가 있고 향후 OOO가 철거될 가능성이 높다고 해도 제3터미널이 쟁점부지 위에 건설되는 것이 아니어서 제3터미널 건설계획과 OOO의 철거는 관련이 없으며 매월 임대료를 수수하는 것에 더하여 조성된 골프장을 양도받는 것은 금적적인 가치가 있는 것으로 과세표준에 포함되어 한다. (19) OOO은행의 2011사업연도 기부금명세서를 확인한 바, 청구법인에게 기부금으로 OOO을 기부한 사실을 확인할 수 없고 이에 대한 계정과목 및 회계처리 내용을 확인한 결과 세분류명 영업권, 물품명 점포임차권OOO으로 기재되어 있다. OOO은행이 청구법인에게 출연금을 지급한 것은 사업과 직접 관련하여 지급한 것으로서 기부금에 해당되지 않고 선불 또는 후불임대료에 해당한다. 청구법인이 주장한 OOO은행의 임대료율은 당초 OOO은행이 기존은행으로 낙찰받아 OOO은행이 인수한 영업점에 대한 것으로서 OOO은행과 동일한 요건으로 비교할 수 있는 대상이 될 수 없고 OOO은행이 신규 은행/환전소 운영사업자에 대한 낙찰대가로 OOO을 청구법인에게 현금으로 지급하여 이익을 제공한 것이므로 쟁점출연금은 선불 또는 후불임대료에 해당한다. 쟁점출연금은 OOO은행이 영업점을 유치하기 위하여 지급하기로 한 것으로 임대용역과 대가관계에 있고 부가가치세 과세표준은 금전적 가치가 있는 모든 것을 포한하는 것이므로 쟁점출연금 또한 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다. (20) 당초 협약서에 명시된 임대료 부과 기준 변경의 사유인 특별한 여건 변화가 객관적으로 존재하지 않음에도 추가된 사업 또한 최초 제안된 사업과 동일하게 임차인에게 일방적으로 유리한 임대수익을 기준을 요구하자 장기간 이를 수용하지 않다가 당초 부과방식으로 부과한 임대료를 임차인이 연체한 상태에서 담당부서인 허브화추진단 팀장의 결재 없이 실장 전결로 임대료 부과방식의 변경을 수용한 것은 계약변경의 효력이 없는 것이다. 따라서 당초 성숙·확정된 채권과의 차액인 임대료 과소 부과액은 효력이 없는 계약의 변경에 따른 매출누락에 해당한다. 임대수익 차액을 매출누락으로 보지 않더라도 골프장 사업 운영을 통해 막대한 이익을 보고 있는 임대인을 위해 당초 약정된 임대인의 매출을 기준으로 부과한 임대료 대신에 매출에서 원가를 차감한 임대수익을 기준으로 임대료 부과방식을 변경한 것은 정당한 사유가 없으므로 결국 계약상대방과의 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모한 것으로 접대비에 해당한다. (21) OOO 주식회사에서 2008.6.26. 생산한 2단계 시운전기술지원 용역 최종보고서의 개별시운전 수행일정 및 기계분야 개별시운전 종합평가 내용을 보면, 이미 공사가 완료되어 시운전을 수행한 사실이 확인되고 OOO으로부터 2008.5.26. 준공전사용허가를 받아 사용하였음이 확인되므로 쟁점세금계산서는 건설용역의 제공이 완료된(2008.6.30.) 이후 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 건설업을 영위하는 사업자가 건설용역을 제공하는 경우 공급시기는 용역의 제공이 완료되는 때이고 준공검사일 이전에 가사용승인에 의하여 사용이 가능한 때에는 가사용승인일이 당해 공급시기가 되는 것으로 규정하고 있는바, 2008.5.26. 준공전사용허가를 받은 것이 확인되므로 쟁점세금계산서는 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서에 해당한다. (22) 청구법인은 2013.2.25. OOO으로부터 「영유아보육법」에 의한 어린이집 인가OOO를 받고 2013.3.1. 개원하여 쟁점어린이집시설을 운영하면서 이용하는 아동의 보호자로부터 보육료 및 필요경비를 징수받아 보육용역을 제공하고 있고 보육용역은 부가가치세 면제용역에 해당한다. 수탁업체가 위탁운영하는 보육시설의 운영이나 운영비 집행 등을 사실상 청구법인이 통제·감독하고 있고 어린이집 인가를 받을 당시 청구법인을 경영자(사업장)로 하였으며 당시 청구법인의 사장인 이OOO을 대표자로 하였으므로 위탁의 형식을 가졌다고 하여도 임대료 징수나 위탁수수료 등을 지급한 사실이 없으므로 실제사업자는 청구법인이며 보육용역의 제공자도 청구법인이라 할 것이고 관계부처에서도 직장보육시설의 대표자를 사업주로 간주하고 있으므로 청구법인이 쟁점어린이집시설의 실질적 운영주체로서 보육용역을 제공하는 것으로 봄이 타당하다. (23) 청구법인은 매립조성부지를 국가로부터 현물출자를 받은바 없고 「부가가치세법 시행령」제48조 및「공유수면매립법」제26조에 의하여 총사업비 상당의 매립조성부지를 취득한 것인바 이는 청구법인이 국가에게 부가가치세 과세대상인 매립공사용역을 제공하고 그 대가로 매립 조성된 부지를 취득하는 부가가치세 과세대상인 거래를 한 것이라고 보아야 한다OOO. (24) 「공유수면매립법」 제25조 등에 비추어 당초 청구법인의 신고 및 최초 경정에 명백한 오류가 있어 납세자에 대하여 다시 질문하거나 조사하지 아니하고 위 법률에 부합하도록 공사용역의 공급시기를 준공인가일로 귀속시기만을 변경한 것으로서 단순한 오류정정(경정)에 해당한다. 귀속시기를 정정할 때 납세자에 대한 부분 질문권 등을 행사하지 아니하였으므로 조사사무 처리규정 제3조의 세무조사 자체가 아니고OOO, 「부가가치세법」 제57조 제3항에 근거한 경정권 행사에 불과한 바, 경정처분 이후에 탈루 또는 오류를 정정하기 위하여 실지조사를 수반하지 않는 재경정은 세무조사권 남용금지 및 중복조사의 금지에 해당하지 않으며 「국세기본법」 제81조의4 제2항에서 재경정을 금지하는 명시적 규정도 없다. 판례OOO도 세무조사 대상기간의 조사에서 이미 확보한 자료를 검토하는 등 과세자료의 처리를 위한 일회성 확인업무 또는 단순한 사실관계의 확인 등의 현지확인을 하는 경우에는 중복조사 금지원칙에 위배되지 아니한다고 판시하고 있다. 처분청이 공급시기의 적용에 오류가 있음을 발견하고 착오과세를 바로잡아 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다. (25) 청구법인은 1999.2.1 설립일로부터 부가가치세 과세사업자이고 법률적인 원인으로 인하여 국가에 공유수면의 매립용역을 제공하고 국가소유의 토지를 용역제공대가로 수령하였으므로 부가가치세가 과세되는 용역의 공급에 해당되므로 세금계산서를 미교부한 사실이 확인되어 세금계산서미교부가산세를 부과하였다. 청구법인의 공유수면매립용역 공급시기가 1∼6공구는 사용이 가능한 때(2008년 제1기)로 직전조사시 과세하였고 청구법인은 7∼8공구는 공사완료일로 하여 2008년 제2기로 세금계산서를 발행하였으며 9공구는 준공인가일로 하여 2011년 제1기로 세금계산서를 발급하였다. 처분청은 2단계 공유수면매립공사의 공구마다 공급시기의 적용에 오류가 있음을 발견하고 이러한 착오과세를 바로잡아 공유수면매립공사의 공급시기를 준공인가일로 보아 2～6공구는 2008년 제1기를 2008년 제2기로, 7～8공구는 2008년 제2기에서 2010년 제1기로 공급시기를 조정하여 과세한 처분은 정당하다. 신고과세방식인 부가가치세의 신고의무는 어디까지나 청구법인에게 있는 것이고 청구법인의 2∼6공구 매립공사에서 소요된 총사업비 중 어업보상비 및 이윤, 제세부담금을 과세표준에 포함하지 않고 부가가치세를 신고·납부하여 총사업비 중 누락한 어업보상비 및 이윤, 제세부담금을 과세표준에 포함하여 세금계산서미교부가산세를 부과한 처분은 정당하다. (26) 「공유수면매립법」제26조 제1항 제3호에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 대통령령이 정하는 당해 매립공사에 소요된 총사업비(조사비·설계비·순공사비·보상비 기타 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지는 매립면허를 받은 자가 소유권을 취득하고 「공유수면매립법 시행령」 제20조 제4항 제4호에서 보상비는 당해 매립공사의 시행을 위하여 실제 소요된 보상비 및 손실방지시설의 설치비라고 규정하고 있다. 청구법인의 2011년도 자산명세서에 9공구에 대한 어업보상비 OOO을 2011.4.30. 토지로 자산이동한 사실 등으로 보아 어업보상비를 총 허가면적에서 단계별 매립시 총사업비에 포함하여 과세한 처분은 정당하다. (27) 「공유수면매립법」 제2조 제1호에서 공유수면이라 함은 하천, 바다, 호소 기타 공공용으로 사용되는 수류 또는 수면으로서 국가의 소유에 속하는 것을 말한다고 되어 있고 제3호에서 매립이라 함은 이 법에 의하여 공유수면을 매립 또는 간척하는 것을 말한다고 규정하고 있다. 같은 법 제26조 제1항에서 매립의 면허를 받은 자는 제25조의 규정에 의한 준공의 인가를 받은 날에 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 매립지중 준공인가신청시에 본인이 원하는 위치의 매립지로서 그 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득한다고 규정하고 있으므로 면허를 받은 자가 소유권을 취득하는 범위는 실제로 매립되어 준공인가를 받은 매립지 자체에 국한된다고 보아야 한다. (28) 청구법인의 자유무역지역 2단계 조성공사의 준공전사용허가는 2012.4.16.OOO인 사실이 확인되고 OOO 제거에 대하여는 청구법인이 세무조사시 자유무역지역 2단계공사와 관련된 준공확인필증OOO을 함께 제출하였다. 청구법인의 자유무역지역 2단계 조성공사는 2012.4.16. 준공전사용허가를 승인 받고 2012.6.30. 공사가 완료되었으며 2012.9.25. 준공확인필증을 교부받았으므로 2단계 자유무역지역의 공급시기는 2012년 9월이다. (29) 청구법인이 2006.8.10. OOO에게 발송한 공문OOO에 ‘우리 공사는 OOO 등 주변국가와의 물류 경쟁에서 우위를 점하기 위해 2단계 공항물류단지OOO의 개발을 서두르고 있습니다. 관련하여, 동 사업지역 내에서 발견된 신석기 유적지의 보존대책을 붙임과 같이 송부하오니 동 유적지가 문화재로 조속히 지정되어 보존될 수 있도록 하시되, 국가적 사업인 공항물류단지 개발사업에 지장이 초래되지 않도록 하는 측면에서도 충분히 고려하여 주시기 바랍니다’라고 되어 있다. 청구법인이 2009.2.13.OOO에게 발송한 공문OOO에 ‘우리 공사에서는 OOO 문화재로 지정된(2006.9.11.) 선사주거지를 보존하기 위한 대책으로 2단계 공항물류단지 개발계획과 연계하여 동 주거지와 주변지역을 유적공원으로 조성하기 위한 사업을 추진 중에 있다’고 되어 있어 청구법인이 유적지와 자유무역지역 간 직접적인 연관성이 없다고 주장한 내용은 사실과 다르다. 청구법인이 2010.12. 작성한 내부 문건OOO에서도 ‘자유무역지역(2단계) 단지조성공사와 인터페이스 고려시행’이라 기재되어 있고 OOO 공원조성 공사비는 OOO임을 확인할 수 있다. 청구법인의 OOO 공원조성공사는 2단계 OOO과 관련하여 발생한 쟁점조성비용으로서 「공유수면매립법」 제26조 제1항 제3호에서 정하는 당해 매립공사에 소요된 총사업비(조사비·설계비·순공사비·보상비 기타 비용을 합산한 금액으로 한다)에 해당되고 쟁점조성비용은 2단계 자유무역지역 사업을 진행하는 과정에서 불가피하게 발생한 공사비로서 이를 과세표준에 포함하여 과세한 처분은 정당하다. (30) 청구법인이 7∼8공구에 대한 공급시기를 공사완료일로 보아 2008.10.31 작성한 세금계산서의 공급가액 OOO의 상세내역에 직접비, 취득세, 간접비OOO를 포함하여 세금계산서를 발행한 사실을 확인할 수 있고 7∼8공구의 취득세는 「공유수면매립법」상 총사업비에 포함되지 않아 이번 세무조사시 OOO을 감액결정하였다. 청구법인은 9공구의 공급시기를 2011.2.25.(준공확인일)로 공급가액을 OOO으로 하여 세금계산서를 발행하면서 간접사업비 OOO을 기과세완료라고 비고에 기재하고 제외하였으나 직전조사시 7∼9공구는 청구법인이 과세전적부심사를 제기하면서 ‘과세기간 미도래’라고 주장한 내용이 인용되어 전액 감액결정 후 환급받은 후 7∼8공구는 간접사업비를 포함하여 세금계산서를 발행하고 9공구는 간접사업비를 제외하여 세금계산서 발행한 것은 청구주장에 모순이 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인이 쟁점철도역사 건설비 상당액의 채권을 특수관계자인 국토교통부로부터 지연회수한 것으로 보아 이를 부당행위계산부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부 ② OOO를 지분매각을 위해 주주(국토부)가 부담하여야 할 비용으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부 ③ 쟁점사용료감면액을 접대비로 보아 과세한 처분의 당부 ④ OOO을 입점시키기 위해 청구법인이 면세점운영사업권자인 OOO의 임대료를 감액 조정한 것이 접대비에 해당하는지 여부 ⑤ OOO 구매고객의 특성을 분석하기 위한 외주용역비를 입점 면세점이 아닌 청구법인이 대신 부담한 접대비로 보아 과세한 처분의 당부 ⑥ 협력사 직원에 지급한 쟁점특별성과금을 접대비로 보아 법인세 및 부가가치세(접대 관련 매입세액 부인)를 과세한 처분의 당부 ⑦ 쟁점협력사경비와 쟁점교육비감면액을 접대비로 보아 과세한 처분의 당부 ⑧ 쟁점설비등자산이 업종별 자산에 해당하는지 여부 ⑨ 쟁점차량이 업종별 자산에 해당하는지 여부 ⑩ 쟁점궤도시설이 구축물에 해당하는지 여부와 OOO의 쟁점예비부품이 업종별 자산에 해당되는지 여부 ⑪ 쟁점도로 유지·관리비용에 대한 부가가치세 매입세액공제 및 손금산입 여부 ⑫ 쟁점배수갑문시설 유지관리비에 대해 매입세액 불공제하고 손금불산입하여 과세한 처분의 당부 ⑬ 쟁점체력단련시설을 협력사 직원이 이용하는 경우에 근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제 적용 대상인지 여부 ⑭ 쟁점①임차인이 쟁점①건축물을 신축하여 일정기간 사용한 후 토지소유자인 청구법인에게 기부채납OOO하는 경우, 쟁점①건축물시가를 후불임대료로 볼 수 있는지 여부 ⑮ 쟁점①건축물시가를 후불임대료로 보는 경우에도 주식회사 OOO의 신축가액을 제외할 수 있는지 여부 ⑯ 쟁점②임차인이 쟁점②건축물을 신축하여 일정기간 사용후 토지소유자인 청구법인에게 기부채납OOO하는 경우, 쟁점②건축물시가를 후불임대료로 볼 수 있는지 여부 ⑰ 후불임대료로 보는 경우에도 쟁점②임차인의 신축가액을 제외할 수 있는지 여부 ⑱ 쟁점부지의 조성비용이 선수임대료에 해당하는지 여부 ⑲ 쟁점출연금이 선불 또는 후불임대료에 해당하는지 여부 ⑳ 청구법인의 OOO에 대한 추가 사업 사용료 부과기준의 변경을 정상적인 계약의 변경으로 볼 수 있는지 여부 및 청구법인의 사용료 부과기준 변경으로 인한 채권의 포기를 정당한 것으로 볼 수 있는지 여부 OOO 2단계 개항과 관련하여 수취한 쟁점매입세금계산서의 공급시기의 적정성 여부 쟁점어린이집시설의 신축에 따라 수취한 매입세금계산서가 면세관련 매입세액에 해당하는지 여부 청구법인이 수행하는 공유수면매립공사가 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부 처분청의 2～6공구 관련 직전조사에 따른 과세처분 취소 및 재추징과 관련하여 재추징이 「국세기본법」상의 세무조사권 남용금지 및 신뢰보호원칙에 위배되는지 여부 처분청의 2～6공구 관련 직전조사에 따른 과세처분 취소 및 재추징과 관련하여 재추징을 통해 추가로 가산세를 부담시킨 것이 위법한 처분인지 여부 쟁점어업보상비가 매립지별 배부대상에 해당하는지 여부 쟁점어업보상비에 대한 배부방법이 적정한지 여부 자유무역지역 매립공사의 공급시기가 언제인지 쟁점조성비용이 자유무역지역 매립공사에 대한 사업비에 해당하는지 여부 쟁점용역비 중 9공구 귀속분이 누락되었는지 여부 나. 관련 법령 등 : [별지2] 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인의 교통센터 및 쟁점철도역사의 현황은 아래 <표22>와 같다. OOO (나) 국토부장관(당시 건설교통부장관)이 1997.11.18. OOO에게 발송한 ‘교통센터 민자유치 방안통보’ 공문의 주요 내용은 아래 <표23>과 같다. OOO (다) 위탁자인 OOO과 수탁자인 수도권 OOO이 1997년 11월 OOO 1단계지역 내 철도노반시설공사 위·수탁 협약서를 작성하였고 그 협약의 주요 내용은 아래 <표24>와 같다. OOO (라) 국토부장관이 1998.6.29. 수도권 OOO 이사장에게 보낸 OOO 교통센터 골조공사 시행공문을 보면 민자유치사업으로 추진하고 있는 교통센터 건설사업은 사업시행자 선정이 다소 지연되고 있으나 금년말까지는 사업시행자를 선정할 계획으로 추진하고 있고 OOO에서 건의한 민자사업시행자 선정시까지의 공정에 대하여는 공항개항일정에 차질이 없도록 예산당국과 협의된 대로 자체조달재원으로 시행하기 바란다고 기재되어 있다. (마) 국토부장관이 1999.5.3. 청구법인에게 보낸 OOO직접시행 준비 지시공문을 보면 1998년 민자유치사업으로 추진되었던 OOO은 민자유치 사업으로 재고시 추진할 경우에는 절대공기 부족으로 2001년 공항개항시 준공이 어려울 것으로 예상됨에 따라 청구법인의 의견대로 청구법인에서 직접 시행하는 방안으로 방침을 결정하여 관계부처와 협의 중에 있다고 되어 있다. (바) OOO는 2001년 3월 OOO도 민간투자사업 실시협약서를 작성하였고 그 주요 내용은 아래 <표25>와 같다. OOO (사) 국토부의 업무협의에 대한 회신공문(2006.2.2.)에서 OOO은 정부출자금 및 청구법인의 차입금 등으로 건설한 청구법인의 재산으로 현물출자는 고려하지 않고 있음을 통보한 것으로 나타나고 청구법인이 2007.1.4. 국토부장관에게 보낸 OOO 내 철도시설물 사업비 정산 촉구 및 임대차계약 추진계획 통보공문OOO에 청구법인이 2007년 3월 OOO가 임박함에 따라 국토부에 수차례 요청한 교통센터 내 철도시설물 사업비 정산이 금년 1월말까지 이루어질 수 있도록 재차 협조요청한 내용과 동 사업비 정산을 위하여 국토부에서의 예산확보 또는 여타의 방안을 강구하여야 하는 사인임을 감안하여 사업비 정산이 완료될 시점까지 동 시설을 직접 사용수익하게 되는 공항철도와 우선 유상 임대차계약을 체결할 수밖에 없음을 통보한 것으로 나타난다. (아) OOO가 청구법인에게 2007.3.9. 보낸 OOO 철도시설물 관련 의견 및 상업시설 운용계획알림공문OOO을 보면 교통센터 내 철도시설물 임대료 부과에 대하여 공항철도는 정부재정으로 건설․운영되어야 할 국가사회간접시설을 민간의 자본으로 시행하는 사업으로 교통센터 내 철도시설물은 정부와 맺은 협약에 정부가 사업시행자에게 제공토록 명시되어 있고 편의시설에 대한 영업료 납부 및 시설의 사전승인요구에 대하여 교통센터 내 철도시설물에 대한 관리운영권이 정부로부터 공항철도에 이관될 경우 고객서비스 및 경미한 수익사업을 위한 편의시설의 영업행위는 청구법인에 대한 승인사항이 아니라 업무의 원활한 협력면에서 상호 협의할 사항이라고 답변한 내용이 나타난다. (자) 국토부장관이 2007.3.12. 청구법인에게 보낸 공문을 보면 OOO 내 철도시설물의 사용에 따른 사업비 정산에 대하여 검토한 결과, OOO는 사업의 준공과 동시에 소유권이 국가로 이전되므로 동 철도 중 OOO으로 사용하기 위하여 설치된 교통센터 내 철도시설물은 OOO부칙 제8조의 규정에 의거 국가에서 관리할 시설물로 청구법인 설립시 출자대상에서 제외 되었어야 하는 것으로 사업비 정산은 곤란한 실정이므로 동 철도의 개통으로 OOO 이용객의 편의증진 등 귀 사 경영에도 도움이 되는 점을 감안하여 무상사용할 수 있도록 적극 협조하여 주시기 바라고 아울러 청구법인에서 추진 중인 동 시설물 사용에 대한 임대차 계약체결의 건은 협의가 완료될 때까지 유보하여 주시기 바란다고 기재되어 있다. (차) 청구법인이 2007.3.21. OOO에 보낸 OOO 내 철도시설물 임대차계약 체결 요청공문OOO을 보면 청구법인이 공항철도에게 연간 임대료 OOO을 산정하여 임대차계약의 체결을 요청한 것으로 나타난다. (카) OOO가 2007.3.19. 국토부장관에게 보낸 사회기반시설 관리운영권 등록신청서에 의하면 OOO가 교통센터 내 철도시설물OOO을 포함하여 관리운영권 등록을 신청하였고 국토부장관이 2007.3.22. OOO에 보낸 OOO 1단계 사회기반시설관리운영권 등록알림공문OOO을 보면 국토부장관이 OOO에게 OOO 등록을 통보하였고 관리운영권의 존속기간은 2007.3.23.∼2039.12.31.인 것으로 나타난다. (타) OOO가 2007.4.3. 청구법인에게 보낸OOO 내 철도시설물 임대차계약 체결 요청 회신공문OOO을 보면 청구법인은 임대차계약체결의 주체가 될 수 없고 국토부와 협의사항임을 통보하였고 청구법인은 2007.12.26. OOO에게 보낸 OOO 내 철도시설물 임대차계약 체결 촉구공문OOO에는 OOO가 실질적으로 철도시설물을 점유 사용․수익하고 있는 것이 명백하므로 향후 임대차계약이 이루어지지 않을 경우 청구법인은 임대료 시가 상당의 부당이득을 청구할 수 있으니 상호 협의에 의해 해결될 수 있도록 촉구한 내용이 나타나고 OOO는 이에 대하여 2008.1.7. 교통센터 내 철도시설물의 임대차계약은 주무관청인 국토부와 청구법인이 해결하여야 한다는 취지로 회신한 내용이 나타난다. (파) 2013년 청구법인에 대한 국정감사회의록에서 OOO의 교통센터, 철도승강장이나 대합실 등 철도시설물에 대해 원래 정부가 부담하여야 하고 이와 관련하여 미회수된 금액에 대한 국회의원의 질의에 대하여 청구법인의 사장이 동 내용을 인정하는 것으로 답변하였다. (하) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점철도역사를 원시취득하였으므로 쟁점철도역사는 청구법인의 업무관련 시설로 국토부 지시로 쟁점철도역사 건설비 상당액의 채권을 회수하지 못한 정당한 사유가 있으므로 부당행위계산부인대상이 아니라고 주장하나, 쟁점철도역사는 당초 국토부의 예산으로 건설하기로 하였다가 청구법인의 자금으로 건설되었고 동 시설의 관리운영권을 국토부가 민간사업자인 OOO에게 부여함으로써 청구법인이 OOO로부터 임대료를 수령하지 못하는 등 청구법인 명의의 자산에 대응하는 수익이 발생하지 아니하고 있는 점과 이로 인해 조세부담을 부당하게 회피한 것으로 보이는 점, 국토부장관이 2007.3.12. 청구법인에게 보낸 공문에서 쟁점철도역사는 국가에서 관리할 시설물이라고 밝히고 있는 점, 청구법인이 수차례 OOO에 쟁점철도역사에 대해 임대료 계약체결을 요청하고 있으나, OOO는 임대차 계약체결의 주체가 될 수 없고 국토부와 협의할 사항이라고 답변하고 있는 점, 국정감사회의록에서 청구법인의 사장이 OOO, 철도승강장이나 대합실 등 철도시설물에 대해 정부가 비용을 부담하여야 하고 이와 관련해 미회수된 금액을 인정한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 2007.1.4. 국토부장관에게 보낸 OOO 내 철도시설물 사업비 정산 촉구 및 임대차계약 추진계획 통보공문 등에 의해 청구법인이 교통센터 내 철도시설물(쟁점철도역사) 사업비 정산에 대해 요청한 것으로 나타나나 현재까지 이에 대해 아직 정산이 이루어지지 아니하였고 회수지연의 정당한 사유가 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 쟁점철도역사 사업비에 관하여 청구법인과 특수관계에 해당되는 국토부에 대한 청구법인의 채권이 존재하지 않는 것으로 보기 어려우므로 청구법인이 쟁점철도역사 사업비를 지연회수한 것으로 보고 이를 업무무관 가지급금으로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단OOO된다. (2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 공기업 선진화 추진계획안(1차, 2008.8.11.)을 보면 청구법인의 지분 49% 매각 등을 국토부에서 결정한 것으로 나타난다. (나) OOO 회의 결과보고서(2009.3.5.)를 보면 기업가치, 법률자문 등의 용역의 제공할 업체로 OOO및 법무법인(유)OOO으로 선정한 것으로 나타나고 주식매각 사무 위탁서에는 컨설팅, 회계, 법무 등에 대한 자문비는 매각대금에서 지출한다고 되어 있으며 청구주장에 대한 입증자료로 그 밖에 OOO 및 경영구조개선 용역 보고서, 법무법인(유)OOO 법률자문 용역보고서 및 OOO 용역 준공 내역서 등을 제출하였다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO는 청구법인의 경쟁력 강화 등을 목적으로 수행되었고 청구법인의 지분매각과 전혀 관련이 없다고 주장하나, OOO는 주주인 국토부의 공기업 선진화 추진계획에 따라 청구법인의 지분매각을 원활히 하기 위해 발생한 것으로 보이는 점, 주식매각에 관한 사무 위탁서를 보면 컨설팅, 회계 및 법무 등에 대한 자문비는 매각대금에서 지출하는 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 OOO는 지분매각을 위해 국토부가 부담하여야 할 비용으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (3) 쟁점③에 대하여 살펴본다 (가) 공항 내 입점업체의 사용료 종류는 아래 <표26>과 같다. OOO (나) 쟁점사용료감면액에 대한 세부내역은 아래 <표27>과 같다. OOO (다) 면세점 입점 계약서(상업시설 임대차 표준계약서 상 면세점 특약) 제2조를 보면 계약상대자는 항공수요의 감소, 대한민국 정부의 항공정책의 변경 등과 같은 외부 요인으로 발생하는 영업환경의 변화와 그에 따른 매출 감소를 사유로 임대료 및 임대보증금의 조정, 사업대상시설에 대한 부분 반납(계약의 일부 해지) 등을 요구할 수 없다고 기재되어 있다. (라) 2009∼2010년 OOO의 OOO의 매출액 현황은 아래 <표28>과 같고 처분청은 쟁점사용료감면액의 사업연도인 2009∼2010년에 OOO의 OOO의 매출이 매년 큰 폭으로 증가하고 있으므로 청구주장이 사실과 다르다는 의견이다. OOO (마) 2008년 청구법인 입점 면세점 2기 연간임대료 현황은 아래 <표29>와 같다. OOO (바) 국토부 보도자료(2009.5.27.)를 보면 최근 경기침체로 OOO 이용객이 감소함에 따라 공항에서 징수하는 각종 사용료가 공항 입주업체들에게 큰 부담으로 작용하고 있어 금년말까지 공항사용료를 일시적으로 감면할 계획이라고 기재되어 있다. (사) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점사용료감면액이 접대비로 보아야 한다는 의견이나, 국토부 보도자료에 의하면 사용료가 공항 입주업체들에게 큰 부담이 되어 일시적으로 감면할 계획이라고 되어 있어 청구법인이 정부시책의 일환으로 사용료를 감면한 것으로 보이는 점, 전체 97개의 입점업체 중 신규계약 등의 정당한 사유로 제외한 18업체를 제외한 79개 업체에 대해 2009년 3월부터 2010년 12월까지 사용료의 10% 상당액인 OOO을 감면하여 특정업체에게 선별적으로 제공된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점사용료감면액을 접대비로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (4) 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가) OOO 입점 제안사항에 대한 청구법인의 의견서는 아래 <표30>과 같다. OOO (나) OOO 매장 이전 도면을 보면 OOO의 임대면적을 5,104.9㎡으로 변경(기존보다 425.3㎡ 증가)하고 OOO 입점 조건으로 OOO의 계약면적(124.7㎡)을 425.3㎡ 확장하여 550㎡으로 확정하기 위해 인근에 입점해 있는 서점과 식음료 매장을 이전하였다. (다) OOO에 대한 변경계약서에 따르면 아래 <표31>에서 보는 바와 같이 면적(425.3㎡)의 증가에 따라 OOO에 적용한 최소보장액은 OOO 매장만 별도로 총 면적 550㎡에 OOO으로 적용하였으며, 타매장은 단위면적당 최소보장액에 있어서 계약변경 이전과 동일하게 적용하였다. OOO (라) 면세점 매장별 최소보장액 현황(2012.12.31. 기준)은 아래 <표32>와 같다. OOO (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO는 청구법인의 수익 증진을 위해 OOO에 OOO을 입점시키기 위한 것이므로 접대비가 아니라고 주장하나, OOO이 OOO에 입점하기 위해 유리하게 계약을 변경해 준 것은 OOO와의 원만한 사업관계를 위해 OOO가 부담하여야 할 비용을 대신 부담한 것으로 보이는 점, OOO의 사업장에 대해서만 당초 정해진 최소보장액과 영업요율 보다 낮게 적용한 것은 OOO에 특별한 혜택을 제공한 것인 점, 계약변경 전․후의 임대료 차액을 산출함에 있어 그 기준은 계약변경 전 계약시 정해진 임대료와 면적을 기준으로 하여야 하는 것인 점 등에 비추어 OOO를 접대비로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (5) 쟁점⑤에 대하여 살펴본다. (가) OOO 구매고객 특성 분석보고서를 보면 명품구매에 관한 특성파악을 통해 향후 명품브랜드 입점을 비롯한 상업시설 운영에 활용할 목적으로 진행되었고 타 명품브랜드를 제외하고 OOO 구매자 500명을 대상으로 2011.12.5.～2011.12.18. 기간 동안 1대 1개별 면접조사 방식으로 이루어진 것으로 나타난다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO 구매고객의 특성을 분석하기 위한 외주용역비를 입점 면세점이 아닌 청구법인이 대신 부담하였으므로 접대비로 보아야 한다는 의견이나, OOO 구매고객 특성분석보고서의 목적을 보면 명품브랜드 구매고객의 특성을 파악해 청구법인의 사업시설 운영에 활용하고자 수행된 것으로 보이는 점, 동 보고서가 OOO이나 OOO에 제공된 적이 없는 것으로 소명한 점 등에 비추어 OOO를 접대비로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (6) 쟁점⑥에 대하여 살펴본다. (가) 아웃소싱용역계약 특수조건 제32조 제2항을 보면 청구법인은 협력사가 기여한 공로 등 용역수행 실적이 우수한 경우에는 협력사에 대하여 특별성과금을 지급할 수 있다고 되어 있다. (나) 협력사 특별 공로 성과급 지급계획(2012.6.20.)을 보면 정부는 협력사의 성과기여를 도급대금에 반영하여 협력사 근로자에 혜택이 가도록 가이드라인을 제시하였고 공공부문 고용개선대책(2011.11.29.)을 통해 비정규직에 대한 복리후생을 개선토록 유도함에 따라 아웃소싱 계약조건에 따라 상시근무를 기준으로 차별 없이 정액으로 지급한 것으로 나타난다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점특별성과금이 거래처와의 친목을 두텁게 하기 위해 지급한 접대비라는 의견이나, 아웃소싱용역계약 특수조건상 청구법인에 기여한 공로 등 용역수행 실적이 우수한 경우에는 협력사에 특별성과금을 지급할 수 있다고 규정하고 있는 점, 협력사 특별 공로 성과급 지급계획 등에 의하면 협력사 소속직원에 대해 OOO을 근무연수에 따라 지급하여 사회통념상 정상적인 수준이고 업무효율성 증대에 따른 수익창출이 주된 목적으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점특별성과금을 접대비로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (7) 쟁점⑦에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOO의 운영, 시설보수관리 및 시스템 유지·보수 등을 위하여 40여개의 협력사와 계약을 하고 있고 협력사에 근무하는 직원은 약 6천여명이다. (나) 아웃소싱 상생협력 프로그램과 상생프로그램과 함께 운영하는 프로그램의 주요내용은 아래 <표33>․<표34>와 같다. OOO (다) 쟁점협력사경비와 쟁점교육비감면액에 대한 접대비 한도초과액 계산내역은 아래 <표35>와 같다. OOO (라) 청구법인이 제시한 쟁점협력사경비와 쟁점교육비감면액에 대한 주요내용은 아래와 같다. 1) 성수기 격려, 하계휴양소, 단합대회 지원와 관련하여 청구법인은 설날, 추석 및 여름휴가철 성수기에 협력사 직원의 근로시간 연장, 휴일근로 등 근무 강도가 급증하므로 공항 운영 향상을 위하여 아래<표36>과 같은 상생프로그램을 시행하고 있다. OOO 2) 협력사의 날 행사비와 관련하여 아웃소싱 특수계약서 제32조 제3항에는 OOO는 매년 5월 셋째주 수요일을 협력사의 날로 지정하여 기념행사 등을 개최할 수 있으며 협력사는 용역 수행에 지장을 주지 않는 범위 내에서 이에 적극 협력하여야 한다고 규정하고 있다. 3) 청구법인은 윤리경영이 우수한 것으로 평가되거나 협력사의 날에 선정된 협력사 및 협력사 직원에게 기념품 및 포상비를 지급하고 있고 서비스 수준 평가에 따른 우수 협력사 직원에게 해외 선진공항 견학기회를 제공하고 있다. 4) 청구법인은 고객서비스(CS : Customer Service) 강화를 위하여 임직원과 더불어 협력사 직원에 대해 교육을 시행하였으며, 교육 내용은 아래 <표37>과 같다. OOO 5) 청구법인은 협력사 직원과 대화를 통한 업무의 애로사항 청취 및 서비스 개선을 목적으로 정기적으로 간담회를 가지고 있고 유관기관 등을 초청하여 국제회의를 개최하고 있다. 6) 청구법인은 OOO 견학을 위한 협력사 직원 자녀 및 도서지역 분교생을 초청하였고 청구법인의 행사에 지역주민의 참여를 독려하고자 행사 지원용 차량을 대여하는 등의 비용을 지출하였다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점협력사경비와 쟁점교육비감면액은 모든 거래처에 대하여 동일한 기준을 적용하였고 공기업으로서의 사회적 책임을 수행하기 위한 상생프로그램의 일환으로 지급된 것이므로 접대비가 아니라고 주장하나, 쟁점협력사경비 및 쟁점교육비감면액은 계약서상 명시되어 있지 않아 반드시 부담해야하는 비용으로 보기 어렵고 지출의 주된 의도가 거래처 직원들의 노고를 치하하고 사기를 진작하여 친목을 두텁게 함으로써 거래관계를 보다 원활하게 진행하기 위한 것에 있는 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (8) 쟁점⑧에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점설비등자산과 관련하여 청구법인이 2008.6.30. 취득한 주요 자산의 분류, 취득가 및 취득부서의 업무에 대한 주요내용은 아래 <표38>과 같다. OOO (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점통신설비자산은 타 사업자도 공통적으로 보유하고 쟁점보안설비등자산은 청구법인의 주업종과 관련이 없으며 쟁점소프트웨어는 어떤 정보기기도 자유롭게 접속할 수 있으므로 쟁점설비등자산을 업종별 자산이 아닌 기구 및 비품으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 공항의 통신회선을 통해서 수익사업을 영위하는 등 청구법인의 업종은 한국표준산업분류에 따라 운송관련 서비스업 및 통신업에 해당하는 점, 쟁점설비등자산은 통신시스템 등으로서 공항운영에 직접 사용되어 수익을 창출하고 있으므로 업종별 자산에 해당되는 점, 「법인세법 시행규칙」상 운송관련 서비스업 및 통신업에 사용되는 자산은 사업용 자산으로 분류하는 점 등에 비추어 쟁점설비등자산을 업종별자산으로보아 내용연수 10년을 적용하여 감가상각비를 계산하고 감가상각비 한도초과액을 손금불산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (9) 쟁점⑨에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인의 정관 제2조를 보면 「수도권신공항건설촉진법」 제2조의 규정에 의한 수도권신공항OOO의 건설사업과 OOO의 관리·운영 및 유지·보수등의 사업을 영위하는 것을 목적으로 한다고 기재되어 있다. (나) 청구법인의 매출은 운항수익, 여객수익, 상업수익 및 임대·유틸리티 수익 등으로 구성되며 항목별 성격 및 2012년 현재 매출액(2012년 감사보고서)은 아래 <표39>와 같다. OOO (다) 쟁점차량의 용도에 따른 분류는 아래 <표40>과 같다. OOO (라) 운송관련서비스업 관련 한국표준산업 분류상 정의는 아래 <표41>과 같다. OOO (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점차량이 운송용역과 관련이 없는 지원자량이므로 사업과 직접적 관련이 없어 업종별 자산에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구법인의 정관을 보면 OOO의 관리․운영 및 유지․보수에 대한 사업을 영위한다고 되어 있는 점, 한국산업 분류표상 운수업에는 운송업, 운송관련서비스업이 있고 청구법인의 공항설비운영서비스업은 운송관련서비스업으로 볼 수 있는 점, 여객공항이용료가 청구법인의 수익 중 하나이고 쟁점차량이 없다면 공항의 정상적인 운영이 불가능한 점 등에 비추어 쟁점차량을 업종별자산으로보아 내용연수 10년을 적용하여 감가상각비를 계산하고 감가상각비 한도초과액을 손금불산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (10) 쟁점⑩에 대하여 살펴본다. (가) OOO과 관련한 청구법인의 자산분류 및 취득내역은 아래 <표42>와 같다. OOO (2) OOO 구축사업 계약서에 의하여 확인되는 쟁점궤도시설의 세부내역은 아래 <표43>과 같다. OOO (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점궤도시설은OOO에서 독립된 자산이 아니므로 OOO과 동일한 내용연수(10년)를 적용하여야 하고 쟁점예비부품은 업종별 자산이 아닌 차량운반구와 동일한 내용연수(5년)를 적용하여야 한다고 주장하나, OOO 계약서를 보면 주행면, 안내레일 및 급전레일 등을 궤도시설로 분류하여 시설하였음을 알 수 있고 기업회계기준상 궤도시설은 구축물에 해당하는 점, 쟁점예비부품은 OOO과 결합하여 기능을 발휘하는 부품으로 범용성이 없어OOO와 동일하게 업종별 자산으로 보아야 하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (11) 쟁점⑪에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점도로는 OOO의 건설로 인하여 철거된 OOO 사이의 연륙도로를 대체하기 위하여 설치되어 지역주민 등 불특정 다수인이 이용하는 것으로, OOO의 도시계획결정고시OOO로 도시계획시설에 편입되었다. (나) 쟁점도로의 이관과 관련한 주요경과는 아래 <표44>와 같다. OOO (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점도로가 OOO에 기부채납되어야 할 시설이고 유지․보수․관리비용은 토지의 효용을 증가시키는 자본적 지출이므로 기부채납시까지 쟁점도로비용을 손금불산입하고 매입세액 불공제하여야 하여야 한다는 의견이나, 쟁점도로는 2015년에 OOO에 소유권이 이전되어 그 전까지 청구법인이 쟁점도로의 관리의무를 부담한 것으로 보이는 점, 쟁점비용은 유지보수비 등으로 구성되어 수익적 지출의 성격을 가지고 있는 점 등에 비추어 쟁점도로의 유지․관리비용에 대한 부가가치세를 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제하고 유지․관리비용의 손금귀속시기를 자산 기부시로 조정하여 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (12) 쟁점⑫에 대하여 살펴본다. (가) OOO 건설사업에 대한 공유수면매립 승인조건 제9조 국유화 및 유지보수의 내용을 보면 공항지역 내 호안, 수로, 유수지, 도로 등 기타 공공시설은 국유로 하고 배후지원단지내 도시계획시설인 도로, 공원, 녹지 등 기타의 공공시설은 도시계획시설 결정 후 준공과 동시에 지방자치단체OOO에 귀속하여야 하며, 이의 유지보수는 5년간 피승인자의 부담으로 한다고 되어 있다. (나) 쟁점배수갑문시설 등에 대한 OOO의 관리방안 검토보고서(2002.1.18.)를 보면 쟁점배수갑문시설 등을 청구법인에서 관리함이 타당하다고 검토한 것으로 되어 있다. (다) 국토부의 OOO 방조제 등 소유 및 유지관련 회의결과 통보공문(2006.12.5.)을 보면 쟁점배수갑문시설 등은 청구법인의 일부로 건설되어 공항시설의 유지․보호를 위한 필수 시설이므로 청구법인이 소유 및 유지 관리함이 타당하다고 기재되어 있다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점배수갑문시설은 장래에 국가 및 OOO에 기부채납되어야 할 시설로 유지관리비용은 기부시점에 손금으로 산입해야 한다는 의견이나, 당시 청구법인이 쟁점배수갑문시설을 소유하고 있었고 국토부에서도 청구법인이 소유 및 유지․관리해야 한다는 입장이었던 점, 쟁점배수갑문시설의 유지관리비용은 수익적 지출의 성격을 가지고 있는 점 등에 비추어 쟁점배수갑문시설의 유지관리비 관련 부가가치세를 매입세액 불공제하고 유지․관리비용의 손금귀속시기를 자산 기부시로 조정하여 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (13) 쟁점⑬에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점체력단련시설의 현황 및 운영방법은 아래 <표45>와 같다. OOO (나) 쟁점체력단련시설 이용현황 및 운영 개선계획안 보고서(2012년 3월)를 보면 2011.9.23.～2012.2.29. 기간 동안 이용자는 일평균 주중 64명, 주말 5명이 이용하였고 협력사 직원의 복지증진을 위해 이용대상을 확대(기존 1,200명에서 7,500명으로 대상 증가)한 것으로 나타난다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 협력사 직원이 쟁점체력단련시설을 이용함에 따라 종업원의 시설이용 선택권이 제약되어 종업원의 복지증진 목적을 저해하였으므로 다른 목적으로 이용된 것으로 보아야 한다는 의견이나, 이용대상이 협력사 직원으로 확대되었다고 하더라도 쟁점체력단련시설이 체력단련을 위한 목적으로 운영된 것에는 변화가 없는 점, 청구법인의 직원들의 복지증진을 위한 목적으로 현재도 쟁점체력단련시설을 운영하고 있어 다른 목적으로 전용하였다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 「조세특례제한법」 제94조 제4항에 따라 쟁점체력단력시설을 전용한 것으로 보아 쟁점세액공제에서 청구법인 외 직원의 등록인원비율(28%)에 해당하는 OOO을 차감하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (14) 쟁점⑭～⑮에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 제시한 쟁점①건축물에 대한 취득가, 감정가 및 예상잔존가는 아래 <표46>과 같다. OOO (나) 협약서 제5조(토지사용기간)에 따르면 토지사용기간은 2034.3.30.까지로 하되 협의를 통해 10년씩 두 번 연장할 수 있고 제10조(입주자시설의 소유, 귀속 및 원상회복의무)를 조면 청구법인이 쟁점창고의 철거를 요구할 경우 주식회사 OOO는 쟁점창고를 철거하고 토지를 원상 복구하여야 한다고 기재되어 있다. (다) 쟁점⑭～⑮에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」제29조 제3항에 부가가치세 과세표준은 금전적 가치가 있는 모든 것으로 포함한다고 규정하고 있고 청구법인은 쟁점①건축물을 설치한 사업자로부터 토지임대료를 금전으로 수취할 뿐 아니라 임대기간 종료 후에는 건물의 소유권을 이전받는 것이므로 이들 모두의 금전적 가치가 과세표준이 되는 점, 쟁점①건축물의 임대차계약 종료시점의 감정가액으로 시가를 산정한 점, 주식회사 OOO는 입주자 시설을 사용기간 만료 후 무상으로 귀속시켜야 하고, 단서조항에서 철거를 요구할 경우 원상회복을 시켜야할 의무가 있어 쟁점창고는 임대기간 이후 소유권을 청구법인에게 이전할 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점①건축물과 관련한 후불임대료 과세표준을 산정함이 있어 쟁점①건축물시가를 임대기간으로 안분한 금액을 후불임대료로 보아 부가가치세 과세표준에 산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (15) 쟁점⑯～⑰에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점②건축물과 관련하여 쟁점②임차인과 체결한 협약서상 주요내용은 [별지3]과 같다. (나) 쟁점⑯～⑰에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점②건축물도 철거 및 원상복구 조항이 존재하고 소유권 이전 여부가 불확실하므로 후불임대료가 아니고 쟁점②건축물의 감정가액에서 청구법인이 수령한 토지사용료를 차감한 금액으로 과세하여야 한다고 주장하나, 협약서상 토지사용기간이 만료되면 입주자시설을 무상으로 이전하여야 한다고 되어 있어 임대기간 종료 후 쟁점②건축물을 청구법인이 무상으로 소유권을 이전받는데 제약이 없는 것으로 보이는 점, 임대기간 종료 후에는 건물의 소유권을 이전받는 것이므로 처분청이 후불임대료 과세표준을 산정함에 있어 쟁점②건축물 및 토지사용기간 종료시 쟁점건축물의 감정가액을 사용기간으로 안분한 각 과세기간별 금액에서 동일 과세기간에 기 수취한 토지사용료를 가산하여야 하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (16) 쟁점⑱에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인과 OOO 주식회사가 2005.6.3. 체결한 OOO 신불지역 민간투자개발사업 실시협약(1차 변경)을 보면, 쟁점부지는 청구법인 소유이고 사업시행자가 건설하는 시설과 시설의 운영을 위하여 취득한 장비는 사업시행자의 소유이며 토지사용기간은 2020.12.31.까지로 하고 건설한 시설의 소유권은 토지사용기간이 종료됨과 동시 국가 또는 청구법인에 귀속되나 다만 시설물을 철거하여야 할 경우에는 토지사용기간 종료 후 6개월 이내에 모든 시설을 철거하되 그 비용은 사업시행자가 부담한다고 기재되어 있다. (나) OOO와 바다․아카데미코스(5활주로예정지)로 구성되어 있고 조성비용, 준공일자 및 임대기간은 아래 <표47>과 같으며 그 밖에 쟁점부지 관련 공항내 위치도(평면배치계획보고서) 등을 제출하였다. OOO (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 토지임대기간 종료시 쟁점부지의 원상회복을 요구할 수 있고 골프장 철거 없이 소유권 이전이 확정되는 시점에 과세소득이 발생하는 것이라고 주장하나, OOO 신불지역 민간투자개발사업 실시협약상 시설물을 철거하여야 할 경우 토지사용기간 종료 후 6개월 이내에 모든 시설을 철거하여야 한다고 되어 있으나, 쟁점부지에서 임대기간 종료 이후에도 계속 골프장으로 시설물이 존치될 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점부지 조성비를 선수임대료로 판단하여 부가가치세 과세표준에 산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO. (17) 쟁점⑲에 대하여 살펴본다. (가) 낙찰은행 협력사업 내용을 보면 OOO은행이 자전거도로 및 보행도로 조성하는 것으로 되어 있다. (나) 청구법인의 자전거도로의 사업기간은 2009년 3월～2009년 12월이고 주요 공사내용은 공항지역 내 자전거도로(총연장 18.6㎞)이며 건설공사 도급 금액 OOO에 공사를 진행하여 완공하였다. (다) 쟁점출연금과 관련하여 후불임대료 계산내역은 아래 <표48>과 같다. OOO (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO은행의 기부금 명세서상 기부한 사실이 없고 점포임차권으로 기재되어 있어 선불임대료에 해당한다는 의견이나, 쟁점출연금은 입점을 하기 위한 목적으로 지역사회에 기부한 것으로 보아야하는 점, 실제 자전거 도로를 만드는데 사용되어 이는 지역주민이 사용하는 편의시설인 점 등에 비추어 쟁점출연금을 후불임대료로 보아 2011사업연도 법인세 과세표준에서 차감하고 OOO은행 임차기간 동안 안분하여 부동산 매출누락으로 하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (18) 쟁점⑳에 대하여 살펴본다. (가) 2005.6.3. OOO와 체결한 제1차 실시협약(1차변경) 제2조를 보면 합의라 함은 본 사업수행과 관련하여 문서 또는 회의를 통하여 청구법인과 사업시행자가 상호 의견을 일치를 본 결과를 말한다고 되어 있고, 제4조 제8항을 보면 총매출액이라 함은 사업시행자가 본 사업의 운영에 따라 얻게 된 전체 수익을 말하고 부가가치세를 포함한 예수대납의 성격을 갖는 조세 및 제반 기금 등의 준조세는 제외하며 시설물을 임대하는 경우에는 해당분야의 매출은 임대인의 총매출액을 의미한다. 다만, 사업계획서상에 제안한 임대시설(대식당, 라운지, 티하우스, 기사대기실내 식당, 카페테리아)의 경우에는 임대수익을 매출액으로 하고 사업계획서에 제안한 사업 이외의 추가사업 및 본사업 운영과 관련하여 여건 변화시 매출액 기준은 별도 합의하여 정한다고 기재되어 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 형식상 계약서 변경 없이 임대료 부과방식을 변경한 것은 계약변경의 효력이 없는 것으로 보아야 하고 임대료를 과소징수한 부분은 접대비에 해당하는 것이라는 의견이나, 사업계획서에 제안한 사업 이외의 추가사업 및 본사업 운영과 관련하여 여건 변화시 매출액 기준은 별도 합의하여 정한다고 협약하여 합의에 따라 임대료 부과방식을 변경한 것이고 계약서를 다시 작성하지 않았다고 하더라도 청구법인 측과 합의를 하여 변경한 것으로 보이는 점 등에 비추어 임대료 부과방식 변경에 따른 임대수익 차액을 매출누락한 것으로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (19) 쟁점에 대하여 살펴본다. (가) OOO 2단계사업 추진현황은 아래 <표49>와 같다. OOO (나) OOO 주식회사에서 2008.6.26. 생산한 2단계 시운전기술지원 용역 최종보고서의 OOO 개별시운전 수행일정은 아래 <표50>과 같다. OOO (다) 처분청이 제시한 OOO 2단계사업 준공전 사용허가일은 아래 <표51>과 같다. OOO (라) 청구법인이 제시한 외부감리 검사조서일과 준공검사조서일은 아래 <표52>와 같다. OOO (마) 우리 원 선결정례OOO를 보면 청구법인의 거래상대방인 OOO 주식회사와 주식회사 OOO이 제공한 공사용역에 대해 계약조건에 따라 발주자가 기성을 확인하고 공사대금 지급여부가 확정된 날인 2008.7.10. 및 2008.7.30.을 공급시기로 봄이 타당하다고 판단하였고, 우리 원 선결정례OOO를 보면 청구법인의 거래상대방인 OOO 주식회사가 제공한 공사용역에 대해 계약조건에 따라 발주자가 기성을 확인하고 공사대금 지급여부가 확정된 날(19회 기성의 경우 감사원의 지적에 따라 대한상사중재원의 중재판정일)인 2008.7.7., 2008.7.22., 2008.10.29. 및 2010.5.24.을 공급시기로 봄이 타당하다고 판단하였다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO 2단계사업과 관련하여 도급업체가 제공한 공사용역에 대해 청구법인이 준공검사를 확인한 날이 속하는 2008년 제2기를 쟁점세금계산서와 관련한 용역의 공급시기로 보이는 점, OOO와 관련하여 2010년 OOO의 중재판정에 따라 공사대금 지급여부가 확정된 날을 공급시기로 보아야 하는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서의 공급시기를 2008년 제1기로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (20) 쟁점에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2013.2.25. OOO로부터 어린이집 인가OOO를 받고 2013.3.1. 개원하였다. (나) 청구법인은 2012.10.18. 수탁업체와 쟁점어린이집시설 운영에 대한 위탁계약을 체결하였고 그 내용은 아래 <표53>과 같다. OOO (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점어린이집시설의 운영을 위탁하여 어린이집에 관한 권리·의무는 수탁자에 있으므로 청구법인이 면세대상인 교육용역을 직접 제공하지 아니하였다고 주장하나, 청구법인이 어린이집 인가를 받아 교육용역을 제공하였고 위탁계약 체결내용 등을 고려하였을 때 청구법인을 쟁점어린이집시설의 실질적인 운영주체로 보육용역을 제공한 것으로 보아야 하므로 쟁점매입세액을 부가가치세가 면제되는 교육용역과 관련한 매입세액에 해당하는 것으로 보아 이를 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (21) 쟁점～에 대하여 살펴본다. (가) 2단계사업은 지역별로 나누어 공사가 진행되었고 각 공구(2단계 1～9공구 및 2단계 자유무역지역)별 공유수면매립공사완료일, 국토교통부 산하 서항청의 준공전사용승인일 및 준공인가일은 아래 <표54>와 같으며 이에 대한 입증자료로 부지조성공사 공구 분할도, 준공검사조서, 준공전사용허가서 및 준공확인필증 등을 제출하였다. OOO (나) OOO이 1992.5.4. 시행한 공문에 의하면 당초 정부는「공유수면매립법」제29조에 의하여 OOO으로부터 공유수면 매립승인을 받았다. (다) 쟁점에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 직접 매립하여 토지를 원시취득하여 대가관계가 성립되지 아니하므로 매립공사용역에 대해서는 부가가치세 과세대상에 해당되지 아니한다고 주장하나, 당초 정부가 OOO으로부터 공유수면매립승인을 받았고 「공유수면매립법」제29조에 의하여 매립승인을 받은 청구법인이 국가에게 부가가치세 과세대상이 되는 매립공사 용역을 공급하고 그 대가로 매립조성부지를 취득하였다고 봄이 합리적이라고 보이므로OOO 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (라) 쟁점에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 처분이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사에 해당하고 2008년 후 5년이나 지나 기존 처분을 취소하고 새로운 처분을 하는 것은 신의성실의 원칙에 위반된다고 주장하나, 공사용역의 공급시기를 준공인가일로 귀속시기만을 변경하여 재경정한 처분은 중복조사를 한 것으로 보기 어려운 점, 귀속시기를 경정하는 처분은 국세부과제척기간 내 가능한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (마) 쟁점에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 신고과세방식인 부가가치세의 신고의무는 어디까지나 청구법인에게 있고 2단계 공유수면매립공사의 공구마다 공급시기의 적용에 오류가 있음을 발견하고 착오과세를 바로잡아 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, 2008년 세무조사 당시 처분청은 2～6공구에 대한 공급시기를 2008년 제1기로 보아 청구법인이 이를 신뢰할 수밖에 없었던 것으로 보이는 점, 처분청이 당초에 제대로 경정하였다면 청구법인은 추가적인 가산세를 부담하지 아니하여도 되는 것이어서 청구법인에게는 귀책사유가 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 세금계산서미교부가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (바) 쟁점에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점어업보상비가 총 허가면적에서 단계별 매립시 총사업비에 포함하여 과세하여야 한다는 의견이나, 1992년부터 2001년까지 진행된 공항 1단계 건설사업으로 인해 쟁점어업보상비를 지급하게 되었고 실제 지급된 시점도 1단계 건설사업이 이루어졌을 때 이므로 2～3단계 공사까지 안분할 수 없는 것으로 보이므로 쟁점어업보상비를 총 허가면적에서 단계별 매립시 총사업비에 포함하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (사) 쟁점～에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점어업보상비의 배부대상은 매립지가 아닌 공항지역 전체 부지이고 자유무역지역공사의 실제 준공일은 2015년 3월이며 쟁점조성비용은 매립공사와는 무관하므로 자유무역지역 총사업비에서 제외되어야 하고, 쟁점용역비 중 9공구 귀속분의 누락되지 않았다고 주장하나, 공유수면매입공사를 시행하는 과정에서 쟁점어업보상비가 발생하였고 청구법인은 매립지의 소유권을 취득하게 되었으므로 배부대상은 실제 매립지로 보아야 하는 점, 자유무역지역 2단계 조성공사의 준공전사용허가는 2012.4.16.이고 준공확인필증은 2012.9.26. 교부받았으므로 자유무역지역 매립공사의 공급시기는 2012년 9월로 보는 것이 타당한 점, 청구법인이 OOO에게 보낸 공문 및 내부문서에 의하면 자유무역지역 단지조성공사와 유적지 보호는 사업적 연관성이 있는 것으로 보이는 점, 청구법인은 9공구의 간접사업비를 제외하고 세금계산서를 발급하여 9공구 귀속분이 누락된 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. OOO [별지2] 관련 법령 등 <쟁점①～②> (1) 법인세법 제15조[익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 제27조[업무와 관련 없는 비용의 손금불산입] 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액 2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것 제28조[지급이자의 손금불산입] ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다) 가. 제27조 제1호에 해당하는 자산 나. 제52조 제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금(假支給金) 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제53조[업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입] ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. 제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다. 9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 ② 제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. (3) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조[민간투자사업의 추진방식] 민간투자사업은 다음 각 호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다. 1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우를 제외한다) 2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용·수익하는 방식 3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식 4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되는 방식 5. 민간부문이 제9조의 규정에 의하여 사업을 제안하거나 제12조의 규정에 의하여 변경제안을 하는 경우 당해 사업의 추진을 위하여 제1호 내지 제4호 외의 방식을 제시하여 주무관청이 타당하다고 인정하여 채택한 방식 6. 기타 주무관청이 제10조의 규정에 의하여 수립한 민간투자시설사업기본계획에 제시한 방식 제20조[주식의 매각방법 등] ⑤ 제1항의 규정에 의하여 정부가 소유하는 주식을 매각하는데 소요되는 비용은 「국가재정법」 및 국고금관리법에 불구하고 그 매각대금에서 지출할 수 있다. <쟁점③～⑦> (1) 법인세법 제25조[접대비의 손금불산입] ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 접대비로서 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 합한 금액을 초과하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에서 “접대비”란 접대비 및 교제비, 사례금, 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 성질의 비용으로서 법인의 업무와 관련하여 지출한 금액을 말한다. (2) 부가가치세법 제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액 (3) 법인세법 시행령 제42조[접대비의 범위] ④ 법 제52조에 따른 특수관계자 외의 자에게 지급되는 판매장려금ㆍ판매수당 또는 할인액 등으로서 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 정상적인 거래라고 인정될 수 있는 범위의 금액은 접대비로 보지 아니한다. 제45조[복리후생비의 손금불산입] ① 법인이 그 임원 또는 사용인을 위하여 지출한 복리후생비중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용 외의 비용은 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 사용인에 「파견근로자보호 등에 관한 법률」 제2조에 따른 파견근로자를 포함한다. 1. 직장체육비 2. 직장연예비 2의2. 직장회식비 3. 우리사주조합의 운영비 5. 「국민건강보험법」 및 「노인장기요양보험법」에 따라 사용자로서 부담하는 보험료 및 부담금 6. 「영유아보육법」에 의하여 설치된 직장어린이집의 운영비 7. 「고용보험법」에 의하여 사용자로서 부담하는 보험료 8. 기타 임원 또는 사용인에게 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위안에서 지급하는 경조사비 등 제1호 내지 제7호의 비용과 유사한 비용 (4) 법인세법 시행규칙 제10조[판매부대비용의 범위] 영 제19조 제1호의 규정에 의한 판매한 상품 또는 제품에 대한 부대비용은 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 정상적인 거래라고 인정될 수 있는 범위안의 금액으로서 기업회계기준(영 제79조 각 호의 규정에 의한 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따라 계상한 금액으로 한다. <쟁점⑧～⑩> (1) 법인세법 제23조[감가상각비의 손금불산입] ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다.(단서 생략) 제43조[기업회계기준과 관행의 적용] 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (2) 법인세법 시행령 제24조[감가상각자산의 범위] ① 법 제23조 제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다. 1. 다음 각 목의 1에 해당하는 유형고정자산 가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 "건축물"이라 한다) 나. 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품 다. 선박 및 항공기 라. 기계 및 장치 마. 동물 및 식물 바. 기타 가목 내지 마목의 자산과 유사한 유형고정자산 제28조[내용연수와 상각률] ① 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 다음 각 호의 규정에 의한다. 1. 기획재정부령이 정하는 시험연구용자산과 제24조 제1항 제2호 가목 내지 라목의 규정에 의한 무형고정자산 기획재정부령이 정하는 내용연수와 그에 따른 기획재정부령이 정하는 상각방법별 상각률(이하 "상각률"이라 한다) 2. 제1호 외의 감가상각자산(제24조 제1항 제2호 바목부터 아목까지의 규정에 따른 무형고정자산은 제외한다) 구조 또는 자산별·업종별로 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 기획재정부령으로 정하는 내용연수범위(이하 "내용연수범위"라 한다)안에서 법인이 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 "신고내용연수"라 한다)와 그에 따른 상각률. 다만, 제3항 각 호의 신고기한내에 신고를 하지 아니한 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률로 한다. ③ 법인이 제1항 제2호 및 제6항에 따라 내용연수를 신고할 때에는 기획재정부령으로 정하는 내용연수신고서를 다음 각호의 날이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준의 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 1. 신설법인과 새로 수익사업을 개시한 비영리내국법인의 경우에는 그 영업을 개시한 날 2. 제1호외의 법인이 자산별·업종별 구분에 의한 기준내용연수가 다른 고정자산을 새로 취득하거나 새로운 업종의 사업을 개시한 경우에는 그 취득한 날 또는 개시한 날 ④ 법인이 제1항 제2호 및 제6항에 따라 자산별·업종별로 적용한 신고내용연수 또는 기준내용연수는 그 후의 사업연도에 있어서도 계속하여 그 내용연수를 적용하여야 한다. 제29조[내용연수의 특례 및 변경] ① 법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제28조 제1항 제2호 및 같은 조 제4항에도 불구하고 기준내용연수에 기준내용연수의 100분의 50(제5호 및 제6호에 해당하는 경우에는 100분의 25)을 가감하는 범위에서 사업장별로 납세지 관할지방국세청장의 승인을 얻어 내용연수범위와 달리 내용연수를 적용하거나 적용하던 내용연수를 변경할 수 있다. 1. 사업장이 위치한 지리적·환경적 특성으로 자산의 부식·마모 및 훼손의 정도가 현저한 경우 2. 영업개시후 3년이 경과한 법인으로서 당해 사업연도의 생산설비(건축물을 제외하며, 이하 "생산설비"라 한다)의 기획재정부령이 정하는 가동률(이하 이 항에서 "가동률"이라 한다)이 직전 3개 사업연도의 평균가동률보다 현저히 증가한 경우 3. 새로운 생산기술 및 신제품의 개발·보급 등으로 기존 생산설비의 가속상각이 필요한 경우 4. 경제적 여건의 변동으로 조업을 중단하거나 생산설비의 가동률이 감소한 경우 5. 제28조 제1항 제2호에 해당하는 감가상각자산에 대하여 국제회계기준을 최초로 적용하는 사업연도에 결산내용연수를 변경한 경우(결산내용연수가 연장된 경우 내용연수를 연장하고 결산내용연수가 단축된 경우 내용연수를 단축하는 경우만 해당하되 내용연수를 단축하는 경우에는 결산내용연수보다 짧은 내용연수로 변경할 수 없다) 6. 제28조 제1항 제2호에 해당하는 감가상각자산에 대한 기준내용연수가 변경된 경우. 다만, 내용연수를 단축하는 경우로서 결산내용연수가 변경된 기준내용연수의 100분의 25를 가감한 범위 내에 포함되는 경우에는 결산내용연수보다 짧은 내용연수로 변경할 수 없다. ② 법인이 제1항에 따라 내용연수의 승인 또는 변경승인을 얻고자 할 때에는 제28조 제3항 각 호의 날부터 3월 또는 그 변경할 내용연수를 적용하고자 하는 최초 사업연도의 종료일까지 기획재정부령으로 정하는 내용연수승인(변경승인)신청서를 납세지 관할 세무서장을 거쳐 관할 지방국세청장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 내용연수의 승인·변경승인의 신청은 연단위로 하여야 한다. ③ 제2항에 따른 신청서를 접수한 납세지 관할세무서장은 신청서의 접수일이 속하는 사업연도 종료일부터 1개월 이내에 관할 지방국세청장으로부터 통보받은 승인 여부에 관한 사항을 통지하여야 한다. ⑤ 제1항의 규정에 의하여 감가상각자산의 내용연수를 변경(재변경을 포함한다)한 법인이 당해 자산의 내용연수를 다시 변경하고자 하는 경우에는 변경한 내용연수를 최초로 적용한 사업연도종료일부터 3년이 경과하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제15조[내용연수와 상각률] ① 영 제28조 제1항 제1호의 규정에서 "기획재정부령이 정하는 시험연구용자산"이라 함은 별표2에 규정된 자산을 말한다. ② 영 제28조 제1항 제1호에서 "기획재정부령이 정하는 내용연수"라 함은 별표2 및 별표3에 규정된 내용연수를 말하고, 동호에서 "기획재정부령이 정하는 상각방법별 상각률"이라 함은 별표4에 규정된 상각률을 말한다. ③ 영 제28조 제1항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 내용연수범위"란 별표5 및 별표6에 규정된 내용연수범위를 말한다.
별표6 업종별자산의 기준내용연수 및 내수범위표(제15조 제3항 관련)
(4) 조세특례제한법 제26조[임시투자세액공제] ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 경우에는 제1호의 금액과 제2호의 금액을 합한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한정한다) 또는 법인세에서 공제한다. 제2조[정의] ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다. (5) 조세특례제한법 시행령 제23조[임시투자세액공제] ① 법 제26조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 투자”란 농업, ----물류산업---, 「관광진흥법」에 따라 등록한 관광숙박업ㆍ국제회의기획업ㆍ전문휴양업ㆍ종합휴양업 및 유원시설업, 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 2009년 12월 31일까지 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자를 말한다. (6) 조세특례제한법 시행규칙 제3조[사업용자산의 범위] ① 영 제4조 제2항에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 자산을 말한다. 1. 「법인세법 시행규칙」 별표6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산(차량 및 운반구와 선박 및 항공기를 제외한다) 제14조[고용창출투자세액공제 대상 사업용자산의 범위] 영 제23조 제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용자산"이란 제3조에 따른 사업용자산과 다음 각 호의 자산을 말한다. (단서 생략) (7) 부가가치세법 시행령 제4조[사업의 구분] ① 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다. <쟁점⑪～⑫> (1) 법인세법 제41조[자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액 ② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제72조[자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 2. 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액 (3) 부가가치세법 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 3. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (4) 부가가치세법 시행령 제80조[토지에 관련된 매입세액] 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액” 이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제65조[개발행위에 따른 공공시설 등의 귀속] ② 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로이 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고,(이하 생략) 제99조[공공시설 등의 귀속] 제65조의 규정은 도시계획시설사업에 의하여 새로이 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에 이를 준용한다.(이하 생략) <쟁점⑬> (1) 조세특례제한법 제94조[근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제] ① 대통령령으로 정하는 내국인이 그 종업원의 주거 안정 등 복지 증진을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 2012년 12월 31일까지 취득(신축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 경우에는 해당 시설의 취득금액의 100분의 7에 상당하는 금액을 취득일이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 5. 종업원용 휴게실 또는 체력단련실 ④ 제1항 및 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 해당 자산의 준공일 또는 구입일부터 3년 이내에 그 자산을 다른 목적에 전용한 경우에는 전용한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 그 자산에 대한 세액공제액 상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. (2) 근로기준법 제2조[정의] 1. “근로자”란 직업의 종류와 관계없이 임금을 목적으로 사업이나 사업장에 근로를 제공하는 자를 말한다. 4. “근로계약”이란 근로자가 사용자에게 근로를 제공하고 사용자는 이에 대하여 임금을 지급하는 것을 목적으로 체결된 계약을 말한다. <쟁점⑭～⑰> (1) 부가가치세법 제7조[용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 제9조[거래시기] ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 제13조[과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 (2) 부가가치세법 시행령 제50조[시가의 기준] ① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각 호에 정하는 가격으로 한다. 1. 사업자가 특수관계에 있는 자(「소득세법 시행령」 제98조 제1항 각호 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격 제48조[과세표준의 계산] ⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다. ⑥「공유수면매립법」에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다. 제49조의2[부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례] ④ 사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 소득세법시행령 제51조 제2항의 규정을 준용한다. 제22조[용역의 공급시기] 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 4. 제49조의2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 (4) 법인세법 시행령 제89조[시가의 범위 등] ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액 (5) 국유재산법 제9조[기부채납] ① 총괄청 및 관리청은 제3조 제1항 각호의 재산을 국가에 기부하고자 하는 자가 있는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 이를 채납할 수 있다. ② 총괄청 및 관리청은 제1항의 규정에 의하여 국가에 기부하고자 하는 재산이 국가가 관리하기 곤란하거나 필요로 하지 아니하는 것인 경우 또는 기부에 조건이 수반된 것인 경우에는 이를 채납하여서는 아니된다. 제25조[사용료] ① 행정재산을 사용허가한 때에는 대통령령으로 정하는 요율과 산출방법에 따라 매년 사용료를 징수한다. (6) 국유재산법 시행령 제26조[사용료율과 사용료 산출방법] ① 법 제25조 제1항에 따른 연간 사용료는 해당 재산의 가액에 다음 각 호의 요율을 곱한 금액으로 하되, 월할 또는 일할 계산할 수 있다. 다만, 다른 법령에서 국유재산의 사용료에 대하여 달리 규정하고 있는 경우에는 그 법령에 의한다. 5. 기타의 경우 : 1천분의 50 이상 ② 제1항의 규정에 의하여 사용료를 계산함에 있어서의 재산가액은 다음 각호의 방법에 의하여 산출한다. 이 경우 제1호 및 제2호 단서의 규정에 의한 재산가액은 사용․수익허가기간 중 연도마다 결정하고, 제2호 본문의 규정에 의한 재산가액은 결정후 3년 이내에 한하여 이를 적용할 수 있다. 1. 토지의 경우 : 「지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률」에 의한 해당 토지의 개별공시지가(해당 토지의 개별공시지가가 없는 경우에는 동법 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 금액을 말한다)를 적용한다. <쟁점⑱> (1) 부가가치세법 제13조[과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 (2) 부가가치세법 시행령 제48조[과세표준의 계산] ① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다. <쟁점⑲～⑳> (1) 부가가치세법 제13조[과세표준] ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액” 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. (2) 부가가치세법시행령 제48조[과세표준의 계산] ① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다. 제49조의2[부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례] ④ 사업자가 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해 금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 소득세법시행령 제51조 제2항의 규정을 준용한다. <쟁점> (1) 부가가치세법 제9조[거래 시기] ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다. 1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때 2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 : 재화가 이용가능하게 되는 때 3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우 : 재화의 공급이 확정되는 때 ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. ③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급 하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. ④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제22조[용역의 공급시기] 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때 2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 <쟁점> (1) 부가가치세법 제12조[면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 6. 교육용역으로서 대통령령이 정하는 것 제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제30조[교육용역의 범위] 법 제12조 제1항 제6호에 규정하는 교육용역은 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록 또는 신고된 학교ㆍ학원ㆍ강습소ㆍ훈련원ㆍ교습소 또는 그 밖의 비영리단체나「청소년활동진흥법」제10조 제1호에 따른 청소년수련시설에서 학생ㆍ수강생ㆍ훈련생ㆍ교습생 또는 청강생에게 지식ㆍ기술등을 가르치는 것으로 한다. 다만, 다음 각 호의 학원에서 가르치는 것은 제외한다. (3) 영유아보육법 제14조[직장어린이집의 설치 등]① 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업장의 사업주는 직장어린이집을 설치하여야 한다. 다만, 사업장의 사업주가 직장어린이집을 단독으로 설치할 수 없을 때에는 사업주 공동으로 직장어린이집을 설치․운영하거나, 지역의 어린이집과 위탁계약을 맺어 근로자 자녀의 보육을 지원하거나, 근로자에게 보육수당을 지급하여야 한다. 제34조[무상보육]① 국가와 지방자치단체는 영유아에 대한 보육을 무상으로 하되, 그 내용 및 범위는 대통령령으로 정한다. ③ 제1항에 따른 무상보육 실시에 드는 비용은 대통령령으로 정하는 바에 따라 국가나 지방자치단체가 부담하거나 보조하여야 한다. 제36조[비용의 보조 등] 국가나 지방자치단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제10조에 따른 어린이집의 설치, 보육교사(대체교사를 포함한다)의 인건비, 초과보육에 드는 비용 등 운영 경비 또는 지방육아종합지원센터의 설치·운영, 보육교직원의 복지 증진, 취약보육의 실시 등 보육사업에 드는 비용의 전부 또는 일부를 보조한다. 제37조[사업주의 비용 부담]제14조에 따라 어린이집을 설치한 사업주는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 어린이집의 운영과 보육에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 부담하여야 한다. (4) 영유아보육법 시행령 제20조[직장어린이집의 설치]① 법 제14조 제1항에 따라 사업주가 직장어린이집을 설치하여야 하는 사업장은 상시 여성근로자 300명 이상 또는 상시근로자 500명 이상을 고용하고 있는 사업장으로 한다. <쟁점～> (1) 부가가치세법 제2조[용역의 범위] ① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 그 밖의 행위로 한다. 1. 건설업 제7조[용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 제57조[결정과 경정] ③ 납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제22조[용역의 공급시기] 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때 제48조[과세표준의 계산] ⑥ 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다. (3) 공유수면매립법 제26조[매립지의 소유권취득등] ① 국가·지방자치단체 또는 면허를 받은 자는 제25조의 규정에 의한 준공검사를 받은 날에 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 각각 취득한다. 1. 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체 2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가중 매립공사의 시행으로 인하여 새로이 설치된 공용시설 또는 공공시설의 용지에 포함된 바닷가를 제외한다)을 집합구획한 매립지는 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 제25조의 규정에 의하여 매립면허를 받은 자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다. 3. 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지중 대통령령이 정하는 당해 매립공사에 소요된 총사업비(조사비·설계비·순공사비·보상비 기타 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지는 매립면허를 받은 자 (4) 공유수면매립법 시행령 제20조[매립지의 소유권취득 및 총사업비] ④ 법 제26조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 당해 매립공사에 소요된 총사업비"란 해당매립공사의 준공검사신청일을 기준으로 하여 당해 매립공사와 관련된 다음 각 호의 비용을 합산한 금액을 말한다. 1. 조사비 : 당해매립공사의 시행을 위한 측량비 기타 조사에 소요된 비용으로서 순공사비에 포함되지 아니한 비용. 이 경우 대가의 산정은「엔지니어링 기술진흥법」 제10조의 규정에 의한 엔지니어링사업대가의 기준에 의한다. 2. 설계비 : 당해매립공사의 시행을 위한 설계에 소요된 비용. 이 경우 대가의 산정은 「엔지니어링 기술진흥법」 제10조의 규정에 의한 엔지니어링사업대가의 기준에 의한다. 3. 순공사비 : 당해 매립공사의 시행을 위한 재료비ㆍ노무비 및 경비의 합계액. 이 경우 순공사비의 산정은 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제9조의 규정에 따른 예정가격의 결정기준 및 표준품셈ㆍ단가(정부고시가격이 있는 경우 그 가격을 말한다)에 의한다. 4. 보상비 : 당해매립공사의 시행을 위하여 실제 소요된 보상비 및 손실방지시설의 설치비 5. 기타 비용 : 다음 각 목의 비용의 합계액 가. 「엔지니어링 기술진흥법」 제10조의 규정에 의한 엔지니어링사업대가의 기준에 의한 시공감리비 나. 「산업재해보상보험법」 제4조에 따른 보험료 다. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제9조의 규정에 의한 예정가격결정을 위한 기준을 적용하여 산정한 관리활동부문의 일반관리비. 이 경우 일반관리비는 제3호의 규정에 의한 순공사비를 기준으로 한다. 라. 천재지변으로 인한 피해액 마. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제64조를 준용하여 산정한 물가상승액. 이 경우 물가상승액은 제16조 제6항에 따라 고시된 해당매립공사의 시행기간(매립공사의 착수일부터 준공검사신청일까지의 기간을 말한다. 이하 이조에서 같다)을 기준으로 하되, 천재지변 또는 국가계획의 변경등 면허관청이 매립면허를 받은 자의 귀책사유가 없는 것으로 인정하는 준공연장기간외의 기간은 이를 산입하지 아니한다. 바. 법령의 규정에 의한 제세공과금 및 부담금 사. 환경영향평가비, 피해영향조사비, 매립면허수수료, 제2항 및 제3항의 규정에 의한 매립지의 감정평가비 및 매립면허 부관의 이행에 소요되는 제비용 6. 공정별 건설이자 : 제1호부터 제5호까지의 비용합계액에 대하여 면허관청이 정하는 바에 따라 산정한 건설이자(이자율은 수신고를 기준으로 한 전국 상위 6개 시중은행의 1년만기 정기예금 금리의 산술평균으로 한다). 이 경우 건설이자는 제16조 제6항에 따라 고시된 당해 매립공사의 시행기간을 기준으로 하되, 천재지변 또는 국가계획의 변경등 면허관청이 매립면허를 받은 자의 귀책사유가 없는 것으로 인정하는 준공연장기간외의 기간은 이를 산입하지 아니한다. 7. 이윤 : 제1호 내지 제5호의 비용합계액의 100분의 10에 상당하는 금액 (5) 수도권신공항건설 촉진법 제12조의3[시설의 귀속등] ① 신공항건설사업으로 조성 또는 설치된 토지 및 시설은 준공과 동시에 국가에 귀속된다. 다만, 대통령령이 정하는 토지 및 시설의 그러하지 아니하다. ② 제1항의 규정에 의하여 국가에 귀속되는 시설의 사용ㆍ수익등에 대하여는 「항공법」 제105조 제3항 및 제4항의 규정을 준용한다. ③ 사업시행자가 OOO인 경우와 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 의한 민자유치사업의 시행자인 경우 신공항건설사업으로 조성 또는 설치되는 토지 및 시설의 귀속에 관하여는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 각각 OOO 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」이 정하는 바에 의한다. (6) OOO공사법 부칙 <법률 제5689호, 1999.1.26.> 제8조[토지와 시설등의 출자 등] ① 공사가 OOO의 시행으로 조성하는 토지와 설치하는 시설(제2항 및 제3항의 규정에 의하여 공사에 출자하는 것으로 보는 출연금ㆍ보조금등에 상당하는 가액의 토지와 시설은 이를 제외한다)은 당해 사업의 준공과 동시에 국가가 공사에 현물출자한 것으로 본다. 다만, 국가 또는 지방자치단체가 관리할 토지와 시설은 그러하지 아니하며, 공사가 조달한 차입금에 상당하는 토지와 시설은 「수도권신공항건설 촉진법」 제12조의3의 규정에 불구하고 준공과 동시에 공사에 귀속한다. ② 이 법 시행전에 수도권신공항건설촉진법 및 종전의 수도권신공항 건설공단법에 의하여 정부가 수도권신공항건설공단에 출연하거나 지급한 출연금 또는 보조금등(수도권신공항건설공단에서 차입하여 조달한 자금외의 투자분을 포함한다)은 이 법 시행일에 국가가 공사에 출자한 것으로 본다. ③ 이 법 시행전에 정부가 수도권신공항건설공단에 출연금 또는 보 조금을 출연하거나 지급하기로 한 것은 공사에 출자하기로 한 것으로 본다. ④ 제1항 본문의 규정에 의하여 국가가 공사에 현물출자하는 것으로 보는 토지와 시설의 출자가액은 준공시점에서 국유재산의현물출자에 관한법률에 따라 산정하되, 이 경우 재정경제부장관은 건설교통부장관으로 본다. (7) 문화재보호법 제12조[건설공사 시의 문화재 보호] 건설공사로 인하여 문화재가 훼손, 멸실 또는 수몰(水沒)될 우려가 있거나 그 밖에 문화재의 역사문화환경 보호를 위하여 필요한 때에는 그 건설공사의 시행자는 문화재청장의 지시에 따라 필요한 조치를 하여야 한다. 이 경우 그 조치에 필요한 경비는 그 건설공사의 시행자가 부담한다. 제70조[시·도지정문화재의 지정 등] ① 시·도지사는 그 관할구역에 있는 문화재로서 국가지정문화재로서 국가지정문화재로 지정되지 아니한 문화재 중 보존가치가 있다고 인정되는 것을 시·도지정문화재로 지정할 수 있다. ② 시·도지정문화재와 문화재자료의 지정 및 해제절차, 관리, 보호·육성, 공개 등에 필요한 사항은 패당 지방자치단체의 조례로 정한다. (8) 국세기본법 제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제47조[가산세 부과] ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 제81조의4[세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우 5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (9) 국세기본법 시행령 제63조의2[중복조사의 금지] 법 제81조의4 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우 2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우 | |||||||||||||||||||||||
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