[주 문]

 OOO장이 2016.11.25. OOO에 한 2009～2010년 귀속 종합소득세 OOO원 및 2009년 제2기～2010년 제2기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분, 사단법인 OOO에 한 OOO원의 각 부과처분 및 청구법인의 대표 OOO에게 한 2011～2014년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지는 청구인들이 지부장으로부터 수령한 지부 등록비를 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 차감하고, 청구인들이 주장하는 미싱 렌탈료 입금액 OOO원 중 수입금액에서 제외되는 부분이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 및 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정하며, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. OOO(이하 “청구단체”라 한다) 및 사단법인 OOO(이하 “청구법인”이라 하고, 청구단체와 합하여 “연합회” 또는 “청구인들”이라 한다)의 대표자 OOO은 1994.5.11. 「사회단체신고에 관한 법률」에 따라 OOO에 청구단체를 사회단체로 신고하여 운영하다가 2005.8.12. 처분청에 비영리평생교육기관으로 고유번호 신청을 하였고, 2010.11.22. OOO으로부터 청구법인의 법인설립 허가를 받은 후, 2010.12.24. 처분청에 비영리내국법인인 청구법인의 고유번호를 신청하여 평생교육사업 등을 운영하고 있다.

나. OOO은 2015.7.20.부터 2015.11.22.까지 OOO의 2008∼2014년 과세기간에 대한 개인통합조사결과, OOO이 연합회 명의의 자격증을 발급하면서 응시료를 받고, 각 지역의 OOO로부터는 가입비, 광고료 등을 받은 사실 등을 확인하고, OOO이 연합회의 명의를 이용하여 개인적으로 수익사업을 영위한 것으로 보아 OOO을 과세사업자로 직권등록하고, 2016.3.3. OOO에게 2008∼2014년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 결정․고지하였으며, 처분청에게 과세자료를 통보하여 처분청은 2016.3.9. OOO에게 2008년 제2기∼2014년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 결정․고지하였다.

다. OOO은 이에 불복하여 2016.4.4. 이의신청을 제기하였고, OOO은 다음과 같은 사항을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 결정하였다.

라. 이의신청 결정에 따라 OOO은 2016.8.16.부터 2016.8.30.까지 OOO에 대해 재조사를 실시하여 다음과 같은 내용으로 2016.9.12. 과세예고통지를 하였고, 청구인들은 2016.10.11. 과세전적부심사 청구를 하였으나, 2016.11.11. 심사제외 결정되었다.

마. OOO은 재조사에 따른 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 청구단체를 ‘1거주자로 보는 단체’로 보아 2016.11.25. 청구단체에게 OOO원을 결정․고지하였으며, 청구법인의 대표 OOO에게 2011～2014년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.

바. 청구인들은 이에 불복하여 2016.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

 (1) 연합회의 사업 개관

  (가) 연합회의 사업내용은 다음과 같다.

  (나) 평생교육활동을 위한 조직은 연합회, OOO(전국 지부, 지부장은 정회원임), 분과협의회(강사협의체, 강사는 정회원임)가 서로 유기적으로 협력하고 있는데, OOO는 교육장소를 제공 및 운영하고, 분과협의회는 교육강사를 공급하며, 연합회는 총회ㆍ이사회 및 지부장(확대)회의 등의 의결기구를 활용하여 전국지부와 분과협의회를 지원ㆍ관리ㆍ감독하고 있다.

 (2) (쟁점①) 지부공동 광고비 입금액 OOO원을 부가가치세 및 법인세 과세표준에서 차감하여야 한다.

  (가) 전국 OOO(이하 “지부”라고 한다)는 인터넷 포털 노출광고를 공동으로 하고 있다. 연합회는 전국 지부를 대표하여 인터넷 포털 광고매체와 계약을 체결한 후, 전국 지부로부터 광고비 분담금을 취합하여 광고사에 납부하였다. 처분청은 광고비 분담금 취합금액을 연합회가 전국 지부를 상대로 광고용역을 제공하고 받은 대가에 해당한다고 보아 과세하였으나, 이는 부당하다.

  (나) 과거에는 전국 지부에서 독자적으로 광고를 하였으나 같은 단체 내에서 광고 경쟁이 심화되는 문제가 발생하여 지부장확대회의에서 지부공동 광고비를 연합회에서 주관할 것을 요청하였다. 당초에는 연합회에서 전담직원을 두고 전담직원 명의의 계좌를 사용하여 관리하였으나, 전담직원의 잦은 이직으로 인한 관리상의 문제점이 발견되어 대표자 OOO 명의의 계좌로 관리하였다. 경영상태가 어려운 지부는 광고비를 납부하지 못하여, 부족한 부분은 연합회에서 지원하고 있다.

  (다) 지부공동광고비는 OOO을 초과하여 사업성이 없다. 또한, 불특정다수에게 평생교육사업을 알리기 위한 목적이지 전국 지부를 상대로 부가가치를 얻고자 함이 아니며, 광고내용을 보더라도 연합회가 주관하는 민간자격시험 관련 광고가 아닌 지부에서 운영하는 평생교육사업과 관련된 것이다.

  (라) 지부당 광고비 분담액은 당초 OOO원이었으나, 지부가 점차 증가하면서 OOO원으로 하향조정되었고, 광고량이나 광고기간에 관계없이 각 지부에게 일정한 금액을 분배하였다. 광고비 금전출납부는 연합회가 아닌 전국 지부 공동체가 기록하였고, 광고비 수입․지출 내역에 대해서도 지부장들에게만 보고되고 있다.

  (마) 광고비는 미싱 렌탈료와 같은 금전출납부에 기록하였는데, 미싱 렌탈료의 경우에는 재조사 당시 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 제외되었다. 광고비 역시 이와 달리 취급될 이유가 없다.

 (3) (쟁점②) 반환대상인 지부 등록비 OOO원은 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 차감하여야 한다.

  (가) 지부 등록비OOO는 전국 지부의 지부장으로 새로 임명되는 자가 납부하고 지부장에서 해임되는 자는 환불받는 것으로, 지부장이 해임되거나 행방불명되는 등의 사유가 발생하였을 때 강사비나 수강료가 미지급상태로 남아 있으면 이를 변제하기 위한 것이다.

  (나) 이러한 내용은 지부약정서에 명시되지는 않았으나, 지부설립 시점부터 지부장회의 등 교류과정에서 지부장들은 지부 등록비가 반환대상임을 알고 있었다. 처분청은 각 지부에 서면으로 지부 등록비가 반환대상인지를 질문하였고, 회신한 OOO 지부가 반환대상임을 알고 있었다고 하였으며, 익명의 1개 지부가 돌려받지 못했다고 회신하였다고 하였는바, 해당 지부에 다른 미지급금이 있어서 예치금에서 상계된 것으로 생각된다.

  (다) 아래 <표1>에서 확인되는 것처럼 지부 등록비는 실제로 반환되고 있다.

  (라) 연합회는 지부 등록비 반환을 위한 자금을 은행예금으로 보유하고 있고, 청구일 현재 지부 등록비 총액은 OOO원으로 확인된다.

 (4) (쟁점③) 정회원비 OOO원은 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 차감하여야 한다.

  (가) 연합회는 정회원으로부터 회비OOO를 받아 고유목적사업에 사용하고 있으나, 처분청은 이를 응시료의 일부라고 보고 법인세 및 부가가치세를 부과하였다.

  (나) 연합회의 정관에 회원자격과 회원의 의무에 관하여 정하고 있고, 홈페이지·OOO에 회비에 관한 내용을 상시 공지하고 납부를 독려하고 있다. 정회원의 회비 납부의무는 회원가입신청서를 제출하면서 발생하나, 원활한 회비 징수를 위해 OOO에서 주관하는 민간자격시험에 응시하려고 하는 경우에는 꼭 회비를 납부하도록 하고 있다.

  (다) 민간자격시험에 응시할 때에는 시험응시원서 겸 정회원가입신청서를 제출하고, 총 OOO을 납부한다. 지부에서 OOO원을 수납하면 지부 귀속분인 OOO원을 공제하고 OOO원을 연합회로 송금하고, 연합회에서는 시험장 발생비용 OOO원은 현금으로 인출하여 시험당일 현장에서 심사위원 수당·현장식대·스탭 수당 등으로 사용한 후, 정회원회비 OOO원은 연합회 총괄계좌에 입금하여 연합회 운영비로 사용하며, 회비 수입 및 사용내역은 별도의 금전출납부를 작성하여 관리한다.

  (라) 정회원비는 통상 응시료와 함께 수령하였기 때문에 응시료라고 불러왔으나, 세무조사기간 이후부터는 정회원비라고 명칭을 정상적으로 사용하고 있는바, 명칭사용문제를 기준으로 부과처분 대상여부를 결정하는 것은 부당하다.

  (마) 연합회는 회원의 회비 수입 및 연합회 운영경비 지출내역을 기록한 현금출납부에 회비 납부자를 “정회원”이라고 기록하여 정회원의 회비임을 명확히 하고 있고, 정회원 등록원서 겸 응시원서 서식을 네이버카페에 공시하여 회원들이 수시로 다운로드 하여 사용할 수 있게 하고 있다.

 (5) (쟁점④) 사외로 유출되지 아니하고 법인의 자산을 증가시킨 것으로 확인되는 금액인 OOO원을 인정상여 처분금액에서 감액하여야 한다.

 처분청은 익금(입금액)에서 손금(출금액)을 차감한 금액을 대표자에게 인정상여로 소득처분하였다. 이는 사외로 유출되지 아니하고 예금자산을 증가시킨 금액을 고려하지 아니한 것이므로 추가로 고려한 후 인정상여로 소득처분한 금액을 감액하여야 한다.

 (6) (쟁점⑤) 미싱 렌탈료 입금액 OOO원을 부가가치세 및 법인세의 과세표준에서 차감하고, 지부지원 렌탈료 OOO원을 기타사외유출로 소득처분하여야 한다.

  (가) 처분청은 당초 부과처분시 미싱 렌탈료 입금액과 출금액을 각각 익금과 손금에서 제외하였으나 연합회가 금전출납부를 근거로 집계한 금액과 차이가 있다.

  (나) 지부지원 렌탈료(미싱 렌탈료 초과지출액)는 연합회에서 각 지부에 지원한 금액으로, 연합회의 회비 등과 관련한 다른 계좌에서 출금하여 지급되고 있는 것으로 확인되고, 지출처도 미싱렌탈회사로 확인되고 있으므로 기타사외유출로 소득처분하여야 한다.

 (7) (쟁점⑥) 수익사업에서 발생한 이익금 중에서 이익발생 당해 연도에 고유목적사업비로 지출된 금액은 수익사업에서 발생한 이익금의 50% 범위 내에서 고유목적사업준비금 설정 및 사용액에 해당하므로 손금에 산입하여야 한다.

 청구법인의 수입과 지출은 아래 <표4>와 같이 구분된다. 수익사업회계에 대하여만 부가가치세와 법인세가 부과되어야 하고, 수익사업회계에서 고유목적사업회계로 전입된 고유목적사업준비금은 이익금의 50% 범위 내에서 손금에 산입하여야 한다.

 (8) (쟁점⑦) 처분청의 부과처분은 「국세기본법」제15조(신의·성실)에 위배되므로 취소되어야 한다.

  (가) 고유번호증을 발급하는 담당공무원은 고유번호증을 발급하는 과정에서 고유번호신청인에게 질문하여 평생교육사업과 민간자격시험사업에 대하여 인지하였으면서도 고유번호증을 발급하였고, 고유번호증 발급신청은 지부가 새로 설치되거나 인수인계되는 경우마다 매년 수없이 계속되는바, 전국 관할 세무서에서 현재까지도 동일한 과정을 거쳐 고유번호증을 발급하고 있다.

  (나) 연합회는 관할 세무서로부터 발급받은 고유번호로 세금계산서 또는 계산서를 발급하고도 부가가치세를 신고납부한 적이 없는바, 관할 세무서에서 국세통합시스템을 통하여 이런 사실을 충분히 알 수 있었다고 보이는데도 관련 자료를 제출하게 하거나 부가가치세를 과세하지 아니하였다.

  (다) 과거에 관할 세무서에서 전국 각 지부장들에게 발급받은 고유번호로 카드가맹점에 가입할 것을 권유하였고, ‘고유번호를 발급받은 비영리사업자는 신용카드가맹점에 가입하여도 납세의무가 없다’고 안내하였다.

  (라) 이처럼 연합회가 설립된 이후 현재까지 전국에서 계속적‧반복적인 과정을 거쳐 당연한 것으로 알게 하였다고 보여지므로 청구인들에게 이와 다른 납세의무에 대한 안내 없이 이루어진 당초 부과처분은 취소되어야 한다.

 (9) (쟁점⑧) 청구단체는 OOO에 등록된 단체이고, 수익을 구성원(회원)에게 분배하지 아니하여, 「국세기본법」제13조 제1항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하므로 「법인세법」을 적용하여 비영리법인으로 과세하여야 한다.

 (10) (쟁점⑨) 이 건 처분은 「국세기본법」에서 정한 납세자의 권리보호절차를 거치지 아니하여 부당하다.

  (가) OOO은 당초 연합회가 아닌 OOO을 조사대상자로 선정한 상태에서 연합회의 세무조사를 실시하였고, 「국세기본법」제81조의6 제1항(세무조사관할), 같은 법 제81조의7 제1항(세무조사의 사전통지)을 위반하였다. 연합회를 조사대상자로 추가하였다면, 관련 조사는 관할세무서인 OOO에서 진행되었어야 하고, 만약 OOO에서 세무조사절차를 진행하려면 같은 법 제81조의6 제1항에 따라 국세청장의 조정을 거쳐야 하나, 이러한 절차 없이 OOO에서 조사를 진행하였다.

  (나) 조사담당자는 조사대상자에게 의견진술 기회를 부여하지 아니하고 확인서 등의 증거서류를 징취하지 아니하였으며 사후 과세근거자료의 열람도 거부하여 「조사사무처리규정」제41조 제1항(의견진술 기회부여)과 제4항(확인서 등의 징취)을 위반하였다.

  (다) 처분청은 과세근거자료의 열람을 거부하였는바, 「국세기본법」제81조의14 제1항을 위반하여 위법하다.

  (라) 재조사결과 납세의무자가 OOO 개인이 아닌 연합회로 확정되었다면 그 이후의 조사절차는 연합회의 관할인 OOO에서 계속되어야 하나 OOO에서 이루어졌으므로, 「국세기본법」제81조의6 제1항(세무조사관할)과 같은 법 제81조의7 제1항(세무조사의 사전통지)을 재차 위반하였다.

  (마) 연합회는 과세적부심사청구를 하였으나, 심사제외 결정되었는바, 연합회가 주장한 쟁점에 대하여 전혀 심리하지 않고 ‘청구대상인지의 여부’만을 쟁점으로 상정하여 심사한 것은 부당하며, 과세전적부심사청구에 대한 심리는 연합회의 관할세무서인 OOO에서 수행되었어야 하는데도 당초 부과처분관서인 OOO에서 이루어졌으므로 「국세기본법」제81조의6 제1항을 재차 위반하여 위법하다.

나. 처분청 의견

 (1) (쟁점①) “광고비 입금액을 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 차감할 것”에 대해

  (가) 연합회가 인터넷 광고매체와 계약을 하고 그 광고효과로부터 발생된 부가가치는 주된 수입과 직접 대응원가 관계에 있으므로 연합회가 각 지부로부터 받는 광고료도 당연히 부가가치 과세대상인 수익사업에 해당된다. 영리 프랜차이즈의 경우에도 가맹자로부터 받는 광고비와 반환의무가 없는 가맹비는 부가가치세 과세대상이다.

  (나) 인터넷 홈페이지 제작 및 파워링크 등으로 광고하고 지역별로 차등하여 광고비를 받고 일부 지부의 경우 할인하여 준 사실이 ‘광고금전출납부’에서 확인되며, 네이버 등에 광고한 후 연합회가 매입세금계산서를 수취하고 OOO 지하철노선 인근 지부로부터는 지하철노선에 광고하는 대가로 추가요금을 받은 반면, OOO이 관리하는 OOO로부터는 광고비를 받은 내역이 확인되지 않는다.

  (다) 연합회가 각 지부로부터 광고비를 수령한 계좌에서 다른 계좌로 이체한 후, OOO의 펀드와 적금가입, 생활비 사용, 자녀인 OOO 계좌로 신용카드결제금액 이체하거나 친족에게 이체하는 등 대부분 사적용도로 사용한 사실이 확인된다.

  (라) 연합회는 각 지부로부터 수령한 광고비가 실제 광고에 지출되는 비용보다 적으므로 수익 목적이 아니라고 주장하나, 손익여부에 관계없이 대가관계가 있는 거래는 수익사업에 포함된다.

 (2) (쟁점②) “지부 등록비를 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 차감할 것”에 대해

  (가) 지부약정서에 지부 등록비의 반환과 관련된 내용이 없고, OOO이 인터넷 카페에 남긴 글에서도 “지부 등록비는 임명장 발급후에는 환불되지 않는다”고 하여 예치금 성격이 아닌 소멸성이라는 것이 확인된다(OOO은 해당 내용을 잘못 작성한 것이라고 주장함).

  (나) 지부 등록비 반환에 대한 질문지를 OOO에 발송(2016.8.18)하였고 이 중 OOO 지부(38.2%)에서 회신하였는바, 국세청 전산상 자진폐업이 아님에도 ○○지부의 ○○○은 “지부 등록비를 돌려받지 못했다”고 회신하였으므로, 지부를 인수인계할 경우 지부 등록비를 반환한다는 주장도 신빙성이 없다.

  (다) 지부 등록비를 반환받는다고 회신한 지부들도 대부분은 구두상으로만 “반환이 될 것”이란 막연한 기대를 갖고 있지 “약정서로 작성된 것은 없다”고 답변한바, 「민법」상 계약이란 일정한 법률효과의 발생을 목적으로 당사자간에 체결하는 의사표시의 합의로 체결되면 양당사자가 구속되는 법적인 효과가 발생하는 것으로, 계약서에는 반환의무를 명시하지 않고 구두로 보증금을 약속하였다는 주장은 납득하기 어렵다.

  (라) 연합회는 지부 등록비 사후반환을 위해 예금계좌를 가지고 있었다고 주장하나, OOO 명의의 예금계좌는 총 OOO개, 2014년말 예금잔액은 OOO원이고, 이 중 연합회용(명의는 OOO) 계좌는 OOO개에 불과하며 나머지는 대표자 OOO의 순수개인계좌인데, 지부 등록비가 소멸성이 아닌 예치금 성격이라고 주장하기 위해 개인명의의 예금상품 등을 예치금 보관계좌라고 뒤늦게 주장하는 것에 불과하다.

  (마) 연합회는 지부 등록비 환불자 명단을 제출하였으나, ① 연도별 지부가입비 내역(지부별, 일자별 금액), ② 연도별 지부가입비 반환내역(금융거래 등 증빙), ③ 연도별 지부가입비 잔액내역 등 상세내역이 확인되지 않고, 환불확인서 명세상 “반환완료”라고만 표기되어 있는 것은 “언제 어떻게” 반환되었는지에 대한 구체적인 자료가 없으며 “반환신청”의 경우도 2011년 제1기에 지부미설치에 따른 반환으로 기재한바, “반환신청”의 지부에서 반환신청하였으나 반환하지 않았음을 의미한다면 결국 예치금성격이 아니라는 것을 방증하는 것이다.

 (3) (쟁점③) “응시료 또는 정회원비 OOO원에 대하여 법인세 수입금액 및 부가가치세 과세표준에서 차감할 것”에 대해

  (가) 연합회는 회원들이 일정 교육과정을 거친 후 자격취득 응시를 위해서는 정회원 가입이 필수사항이기 때문에 전체응시료 중 일정금액이 정회원비OOO이고 연합회를 운영하는 최소 경비라고 주장하나, 실제로는 명칭만 정회원비일 뿐 교육용역 제공에 따른 대가성 있는 수입 또는 자격취득을 위한 응시료에 해당한다.

  (나) OOO 지부장 또는 강사에게 알리는 글에서 “정회원비는 OOO원으로 각분과별 수강회원이 시험에 응시하실 때 내는 것입니다.”라고 하였다. 또한, 연합회 정관 5조에 ‘정회원은 사범 이상의 자격을 가진 자로 년 2회 이상 회의 참석자로 한다’고 되어 있는바, 년 2회 이상 회의 참석자는 현실적으로 임원 또는 이사회 참석자일 뿐이므로, 시험에 응시할 때마다 응시자가 납입하는 정회원비는 자격취득을 위한 대가의 일부일 뿐이다.

 (4) (쟁점④) “사외로 유출되지 아니하고 법인의 자산을 증가시킨 것으로 확인되는 금액을 인정상여처분금액에서 차감”하여야 한다는 주장 관련

  (가) 연합회는 연도별 전기말 예금계좌잔액에서 당기말 예금잔액을 차감한 금액이 사내에 유보되었다고 주장하나, 연합회가 제출한 계좌는 수시로 입출금이 빈번하게 이루어지고 있고, 수입금액으로 반영된 금액이 익일이나 수일 내에 출금되는 경우가 빈번하여 수입금액으로 산정한 금액이 기말에 그대로 유보되어 있을 가능성이 희박하다.

  (나) 설령, 사내에 유보되어 있다고 하더라도 대차를 기록한 자료가 전무한 상태이고 재조사시에도 일부 지출증빙이 없는 확인서 등을 반영하여 필요경비를 추인하였는바, 청구주장과 같이 단순 계좌상의 기말잔액을 상여처분 금액에서 차감해야 하는 경우는 금융증빙에 의해 확인된 금액을 필요경비로 인정하였을 때에 가능한 것이므로 이러한 주장은 이유 없다.

 (5) (쟁점⑤) “미싱 렌탈료 입금액 OOO원을 부가가치세 및 법인세의 과세표준에서 차감하고, 지부지원 렌탈료 OOO원을 기타사외유출로 소득처분”하여야 한다는 주장 관련

  당초 조사시에는 미싱렌탈료를 수입금액에 포함시켜 과세하였으나 재조사 과정에서 OOO이 “렌탈계약의 당사자는 렌탈회사와 각 지부이며 연합회는 렌탈회사에 먼저 결제하고 지부로부터 실비부담액을 수령한 것”으로 주장하였고 조사팀도 실비와 관련된 것으로 판단하여 수입금액에서 제외하였다.

  그러나 연합회는 재조사 과정에서 언급하지 않던 내용을 심판 쟁점사항에 포함시켰고 이에 대한 구체적인 증빙은 확인할 방법이 없으며, 당초 조사 및 재조사과정에서 필요경비에 이미 포함되어 있는지 여부도 확인할 수 없으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

 (6) (쟁점⑥) “고유목적사업비로 지출된 금액은 수익사업에서 발생한 이익금의 50% 범위 내에서 고유목적사업준비금 설정 및 사용액에 해당되므로 손금에 산입하여야 한다”는 주장 관련

 고유목적사업준비금은 비영리법인이 수익사업을 영위하고 발생한 소득에 대해 과세이연 혜택을 부여하는 것으로 결산조정사항이고 예외적으로 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사인의 회계감사를 받는 경우 잉여금처분에 의한 신고조정을 허용하고 있으며, 또한 당초 조사 및 재조사시 인건비 등 지출이 확인되는 금액은 필요경비 또는 손금에 산입하였으므로 청구인들의 주장은 이유 없다.

 (7) (쟁점⑦) 신의성실 원칙 위배 여부

 신의성실원칙이 적용되기 위해서는 과세관청의 공적견해표명이 있어야 하나 사업자등록시 세무공무원의 안내는 일반적인 상담행위에 불과하여 공적인 견해표명이라고 볼 수 없다(조심 2016중321, 2016.4.14. 참조).

  또한, 각 지부는 최종 소비자를 대상으로 하는 업종에 해당되고 소비자가 응시료 등에 대해 대가를 지불할 때 신용카드를 선택할 가능성이 대단히 크기 때문에 신용카드가맹점 권유는 신의성실원칙 위배와는 무관하며 “제세 납세의무가 없다”는 것은 비영리법인의 권리와 의무에 대한 일반적인 경험칙을 안내하는 것이지 청구인들의 구체적 수익활동에 대해 설명하는 것은 아니다.

 (8) (쟁점⑧) 청구단체가 ‘법인으로 보는 단체’에 해당되므로 「법인세법」을 적용하여야 한다는 주장 관련

 청구단체는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체에 해당되지 아니하므로 청구주장은 이유 없다.

 (9) (쟁점⑨) 「국세기본법」에서 정한 납세자의 권리보호절차를 거치지 아니하였다는 주장 관련

  (가) 당초 부과처분은 재조사결정에 따라 취소되었으므로 당초 세무조사의 절차에 대한 청구주장은 이유 없다. 또한, 당초 OOO에 대한 개인통합조사시 OOO의 금융계좌에 입금된 응시료, 회원비 등이 연합회와 연관되었고, OOO은 연합회의 대표자로서 금원 및 소득의 실지 소유자를 구분하기 위해 연합회의 소명이 필요했으므로 당초 조사는 위법하지 않다.

  (나) 청구인들은 당초 조사과정에서 의견진술의 기회를 부여 받지 못하였다고 주장하나, 조사 착수일부터 종결일까지 조사담당자는 수차례에 걸쳐 서면, 전화 등으로 조사내용에 대한 주장과 소명을 요구하고자 하였으나 청구인들이 조사의 부당성을 제기하며 조사를 기피하였으며 조사에 소극적으로 대처하였음에도, 의견진술의 기회를 부여받지 못했다고 주장하는 것은 납득하기 어렵다.

  (다) 조사담당자는 재조사 착수시 당초 조사와 관련된 과세근거 자료를 청구인들에게 제공하였고 청구인들도 그 자료를 근거로 해서 소명자료를 준비하는 등 조사 착수 이후 전반적인 과정에서 납세자의 권리행사에 필요한 정보를 성실히 제공하였다.

  (라) 당초 조사시 개인 OOO을 조사대상자로 선정하여 OOO에게 과세가 되었고, 이후 이의신청 단계에서 재조사 결정이 이루어졌으며, 재조사 과정에서 납세의무자가 변경되었다. 재조사 착수시 납세의무자가 변경될 가능성을 배제할 수 없어 연합회를 현장확인대상자로 선정한 후 현장확인통지서를 전달하였다.

  「조사사무처리규정」제3조의2에서 정의하는 ‘현장확인’이란 ‘각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 따라 세원관리, 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목의 어느 하나에서 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 세무조사에 의하지 아니하고 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위’이다. 즉, 조사와 직접 관련된 자료는 이미 확보된 상태이고 확보된 자료를 근거로 납세의무자를 누구로 결정하고 과세표준은 얼마가 되는지 여부만을 판단하는 것이라면 현장확인만으로도 충분하다고 판단된다.

  청구인들은 연합회의 관할이 사업장소재지인 “OOO장”라고 주장하나, 당초 OOO장의 조사과정에서 조사관련서류나 금융조회 등이 모두 완료된 상태였고 그 내용의 판단과 결정만 남은 경우였으므로, 조사의 연속성 측면에서 볼 때, 새로이 조사관할과 조사절차를 시작하는 것 보다는 당초 조사관서에서 진행하는 것이 효율적이다. 「조사사무처리규정」제5조는 조세불복 청구의 결정에 따라 재조사를 하는 때에는 당초 조사관서에서 관할한다고 규정하고 있다.

  (마) 이의신청 결정에 따른 재조사 후속 처분에 대하여 다시 과세전적부심사청구를 하는 것은 불필요한 행정력 낭비가 발생하기 때문에 허용되지 않으며(국심 2006서2898, 2007.1.8. 참고), 그에 따라 2017.2.7. 「국세기본법 시행령」제63조의14 제3항이 개정되었다.

 과세전적부심사 사무처리규정 제15조 제1항에서 “세무서장 또는 지방국세청장에게 청구한 과세전적부심사청구의 결정은 세무조사결과 등 통지를 한 세무서장 또는 지방국세청장이 한다”고 정하였으므로, OOO이 재조사하여 통지한 것에 대한 불복청구의 재결청은 OOO이 된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ①～③ 지부공동 광고비OOO, 지부 등록비OOO, 정회원비OOO가 법인세 및 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부

 ④ 매년 예금잔액 증가분OOO이 사내유보된 것으로 보아 인정상여 처분금액에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

 ⑤ 미싱 렌탈료 입금액OOO을 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 차감하고, 지부지원 렌탈료OOO는 기타사외유출로 소득처분하여야 하는지 여부

 ⑥ 수익사업에서 발생한 이익 중 고유목적사업비로 지출된 금액의 50%를 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

 ⑦ 신의성실원칙 위배 여부

 ⑧ 청구단체가 「국세기본법」제13조 제1항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하는지 여부

 ⑨ 당초 조사 및 재조사시 「국세기본법」및 「조사사무처리규정」을 위반하였는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 연합회는 전국에 OOO 지부를 두고 공예 등 민간자격증 취득을 위한 강좌를 운영하는 단체 또는 법인으로서, 이 건 과세처분 전에 연합회에서 종합소득세, 법인세 또는 부가가치세를 신고한 내역은 없다.

 (2) 청구단체의 정관 주요내용은 다음과 같다.

 (3) 청구법인의 정관 주요내용은 다음과 같다.

 (4) 연합회의 대표자와 각 지부의 지부장이 체결하는 지부약정서의 양식은 다음과 같다.

 (5) 연합회의 대표 OOO이 OOO의 공지사항 게시판에 작성한 ‘OOO’ 게시글 중 회비에 대하여 설명한 내용은 다음과 같다.

 (6) OOO은 OOO의 지부에 다음과 같이 자료제출을 요구하였고, OOO 지부(38.2%)로부터 회신을 받았다. 지부등록비 반환과 관련하여 대부분의 지부는 지부등록비를 보증금으로 알고 있고, 폐업시에는 소멸되며, 인수인계시에는 환불받는 것으로 알고 있다고 회신하였으나, 1개 지부에서는 반환되지 않는다고 회신하였다.

 (7) 처분청이 연합회에 발급한 고유번호증에 기재된 유의사항의 내용은 다음과 같다.

 (8) 청구단체가 OOO에게 사회단체(지부)의 설립을 신고한 것에 대한 신고증과 OOO이 청구단체의 신고를 수리하면서 통지한 공문은 다음과 같다.

 (9) 연합회가 제출한 자료는 다음과 같다.

  (가) 지부 등록비의 반환과 관련하여, 자료 제출일 현재를 기준으로 추가로 확인된 반환내역은 다음과 같다.

  (나) OOO 등의 ‘지부 가입비 환불 확인서’에 따르면, 이들은 연합회에 지부 가입비 OOO원을 각 입금하였으나 지부 설립이 확정되지 아니하는 등의 사유로 이를 반환받았다고 확인하였다.

  (다) OOO 등의 ‘지부 가입비 환불 요청서’에 따르면, 이들은 지부를 새로 설립하기 위해 지부 신청금을 납부하였으나, 설립을 하지 못했으므로 신청금을 환불해달라는 요청서를 연합회에 제출하였다.

  (라) OOO 인터넷 홈페이지OOO의 메인화면에서 다음과 같이 민간자격과정을 안내하고 있다.

  (마) OOO 게시글 중, 정회원비에 대하여 안내하고 있는 내용은 다음과 같다.

 (10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 각 쟁점들에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 연합회는 각 지부를 대신하여 광고회사와 계약을 체결하고, 각 지부로부터 광고비를 지급받아 광고회사에 납부하였다고 주장하나, 광고는 주로 홈페이지 제작 및 인터넷 포털의 파워링크 방식으로 이루어져서 광고에 따른 효익을 각 지부뿐만 아니라 연합회에서도 얻게 되는 점, 연합회는 광고계약의 주체로서 광고회사로부터 매입세금계산서를 발급받은 점, 연합회의 재량으로 일부 지부의 광고비를 할인한 점 등에 비추어 연합회가 각 지부에게 광고대행용역을 제공한 것으로 보이므로, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, OOO장이 각 지부에 대하여 한 자료제출 요청에 따른 회신내용에 따르면, 대부분의 지부에서 지부 등록비를 반환대상으로 인식하고 있는 점, 일부 지부장은 지부 등록비를 실제로 반환받았다고 확인한 점, 2012년 이후부터 지부약정서에 “가입비는 전액 환불받는다”라고 명시한 점 등에 비추어 연합회가 각 지부의 지부장으로부터 받는 지부 등록비는 반환대상으로 보이므로, 이를 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 차감하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

  (다) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 연합회의 회원들은 자격시험에 응시할 경우에 한하여 정회원비 명목으로 OOO원을 납부하는바, 자격시험에 합격하지 못하는 경우에도 정회원비 명목의 OOO원을 반환하지 않고 있으므로 이는 사실상 자격 취득을 위한 응시료 성격으로 보이는 점, 연합회에서 정회원을 별도로 관리하거나 정회원비의 사용내역을 구체적으로 정리한 자료를 확인할 수 없는 점, 청구단체의 정관 제5조에 ‘정회원은 사범 이상의 자격을 가진 자로 년 2회 이상 회의 참석자로 한다’고 되어 있는바, 여기서의 ‘정회원’은 정회원비를 납부한 자와 다른 개념으로 이해되는 점, 교육과정과 관련된 과목별․분과별로 정회원비를 별도로 납부하도록 하고 있는 점 등에 비추어 정회원비를 응시료와 구분되는 것으로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (라) 다음으로, 쟁점④에 대하여 살피건대, 연합회는 수익사업 및 고유목적사업에 관한 모든 거래 사실을 객관적으로 파악할 수 있는 장부를 기록․관리하지 아니하여 연합회 및 대표자 OOO의 계좌 입출금액 등을 바탕으로 법인세 수입금액이 산정되었고, 연합회 및 대표자 OOO의 계좌 거래내역에는 연합회의 사업과 관련된 내역뿐만 아니라 OOO이 개인적으로 사용한 내역이 혼재되어 있으므로, 관련 계좌의 기말잔액이 증가되었다고 하여 해당 금액이 사내에 유보되었다고 단정하기는 어려운 것으로 판단된다.

  (마) 다음으로, 쟁점⑤에 대하여 살피건대, OOO장은 이의신청 결정에 따른 재조사 과정에서 미싱 렌탈료 입금액은 연합회의 수입금액에서 제외하는 것이 타당한 것으로 인정하였음에도 불구하고, 연합회가 청구한 금액의 일부만을 수입금액에서 제외하였고, 심판청구 과정에서 연합회가 미싱 렌탈료 입금액이라고 주장하는 OOO원에 대하여 처분청이 구체적으로 반박하지 못하므로, 수입금액에서 제외되는 미싱 렌탈료 입금액이 얼마인지를 재조사하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

  한편, 청구인들은 미싱 렌탈료 입금액에서 출금액을 차감한 OOO원은 연합회에서 각 지부에 지원한 금액이므로 기타사외유출로 소득처분하여야 한다고 주장하나, 해당 금액이 지부 지원금으로 지출되었다고 단정하기 어려우므로 이와 관련된 청구주장은 이유 없는 것으로 판단된다.

  (바) 다음으로, 쟁점⑥에 대하여 살피건대, 연합회는 수익사업에서 발생한 소득을 해당 사업연도의 고유목적사업에 사용하였으므로 고유목적사업준비금 설정과 관계없이 고유목적사업준비금 한도액의 범위 내에서 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 연합회가 수익사업과 고유목적사업에서 발생된 손익에 대하여 구분경리하지 아니하였고, 수익사업에서 발생한 소득을 실제로 고유목적사업에 사용하였음을 입증할 수 있는 구체적인 증빙을 제시하지 못하므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (사) 다음으로, 쟁점⑦에 대하여 살피건대, 세무공무원이 고유번호증을 발급하거나 신용카드가맹 안내를 한 것은 과세관청의 공적인 견해표시로 보기 어려우므로 신뢰의 대상이 될 만한 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 성립하였다고 볼 수 없는 점, 처분청이 연합회에게 교부한 고유번호증에는 수익사업을 하고자 하는 경우에는 사업자등록 신청 및 수익사업개시신고를 하여야 한다고 기재되어 있는 점, 연합회가 영위하는 사업이 부가가치세 등의 과세대상인지 여부는 연합회가 판단하여야 하는 점 등에 비추어 이 건 과세처분이 「국세기본법」제15조에서 규정하는 신의․성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (아) 다음으로, 쟁점⑧에 대하여 살피건대, 청구단체는 「사회단체신고에 관한 법률」에 따라 OOO에 사회단체로 ‘신고’하여 ‘수리’된 단체일 뿐, 「국세기본법」제13조의 제1항에서 규정하는 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 단체’에는 해당되지 아니하므로, 청구주장은 이유 없는 것으로 판단된다.

  (자) 마지막으로, 쟁점⑨에 대하여 살피건대, 연합회는 OOO이 OOO에 대한 개인통합조사를 하면서 「국세기본법」및 「조사사무처리규정」을 위반하였다고 주장하나, OOO에 대한 부과처분은 이의신청에 따른 재조사 결정에 따라 취소되었으므로 이와 관련된 청구주장은 이유 없는 것으로 판단된다.

  또한, 당초 OOO에 대하여 OOO이 개인통합조사를 실시하였고, OOO의 이의신청에 따라 재조사가 이루어졌으므로 당초 조사관서인 OOO이 재조사를 실시한 것은 관련 규정에 부합하며, 그 과정에서 연합회를 현장확인대상자로 선정하였고, 재조사 결과에 따라 납세의무자가 연합회로 변경됨에 따라 과세자료를 처분청에 통보하여 과세한 이 건 처분의 절차에 달리 잘못이 없는 것으로 판단되며,

  이의신청 결정에 따른 재조사 후속 처분에 대하여 다시 과세전적부심사를 청구하는 것은 부적법한 측면이 있으므로 심사제외 결정은 타당하고, 과세전적부심사청구의 결정은 세무조사결과 등 통지를 한 OOO이 하는 것이 「과세전적부심사사무처리규정」에 부합하므로, 이와 관련된 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.