주 문

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.8.1. OOO(이하 “쟁점건물”라 한다)를 OOO원에 취득하였고, 2015.12.18. 동 번지의 토지 2.93㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 국가로부터 불하받아 2016.1.7. 쟁점토지와 쟁점건물을 OOO원에 일괄 양도하였으며, 2016.3.31. 매매계약서에 각 작성한 토지 및 건물의 가액대로 2016년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다.

나. 처분청은 위 상가의 양도가액은 「소득세법」제100조 제3항에 의하여 토지․건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액을 기준시가에 의한 안분계산 방법을 적용하여 2018.1.3. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.2.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 국유재산인 기획재정부의 소유로, 당초 청구인은 쟁점토지에 대한 사용료를 지불하면서 쟁점건물만 소유한 상태였고, 쟁점건물을 매도하는 과정에서 매수인이 쟁점토지도 함께 넘겨 줄 것을 요구하여 총 양도가액은 OOO원으로 하되, 우선 건물은 2015.11.10. OOO원에 계약을 하고 잔금은 2016.1.7.로 하였다.

  이후 청구인은 2015.11.26. 기획재정부로부터 쟁점토지를 OOO원에 매수하고, 2015.12.15. 소유권이전 등기를 마쳤으며, 청구인은 위 토지 매입금액에 취득세 정도만 추가하여 2015.12.19. 매수인과 쟁점토지를 OOO원에 계약하여 잔금을 쟁점건물과 같은 날인 2016.1.7. 받은 것이다.

 (2) 기획재정부는 쟁점토지를 청구인에게 매도하기 위하여 두 곳의 감정평가법인에게 의뢰하였고, 감정평가법인들은 2015.11.4.을 기준으로 쟁점토지를 평가하였으며, <표1>과 같이 토지의 감정가액을 OOO원으로, 건물의 감정가액은 OOO원으로 산정하였다.

OOO

  기획재정부의 토지감정평가서는 청구인을 계약당사자로 하여 매매를 목적으로 평가한 것이고, 청구인의 상가 양도일이 속하는 과세기간의 직전 과세기간에 평가한 것이며, 건물의 감정가액도 나타므로, 이 건 상가의 양도가액 안분시 이 감정가액이 적용되어야 할 것이다.

 (3) 이 건 상가는 OOO 안에 위치하고 있고, 입주자들은 수 십년동안 상가의 가치상승분(권리금)을 건물에 반영하여 거래해 왔으며, 토지를 취득하여 토지·건물을 함께 매매한 경우도 권리금을 건물에 반영하여 온 것이 통상적인 거래관행이다.

  청구인도 2000.8.1. 이 건 상가 매입시 권리금이 반영된 가액인 OOO원에 건물만 매입하였고, 이 가액이 건물 자체의 물리적인 가격만 반영한 것이 아니며, 만약 당시 청구인이 상가의 쟁점토지를 취득하였다면 그 가액은 OOO원으로 이 토지가액대비 건물가액(OOO원)은 3.5배에 달한다 할 것이다.

  토지는 권리관계를 건물과 일치시키고자 한 것일 뿐 기획재정부의 불하가격 정도에서 거래되고 있고, 건물에 권리금을 반영하고 있으므로 청구인도 통상 거래관행에 따라 합리적으로 토지와 건물가액을 구분한 것으로 조세회피 목적으로 한 것이 아니며, 감정평가액도 매매사례가액과 크게 다르지 않으므로, 감정평가액을 적용하여 쟁점토지 및 쟁점건물 가액을 산정하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점건물은 1975년에 준공되어 양도일 현재 40년이 경과된 OOO 내에 위치한 상가로서 건물의 속성상 감가상각이 누적되어 낡고 노후화되어 있는 상태이며, 청구인의 상가는 다른 집단 상가들과 마찬가지로 건물이라고 하기에는 빈약한 일시적인 구조물의 형태로 속성상 영구적이거나 반영구적인 외벽과 같은 구조는 사용할 수 없는 것이 현 상황이다.

  결국 해당 양도물건의 가치는 구조물의 가치라기보다는 “땅 한 평의 가치”에 달려 있다고 보아야 하므로 청구주장과 같이 집단상가 내에 1평도 안되는 쟁점토지 위의 쟁점건물이 OOO원의 가치가 된다는 것은 일반적인 사회통념상 받아들이기 어렵다.

 (2) 청구인이 제시한 감정평가법인 두 곳에서 산정한 감정평가액은 쟁점토지의 감정평가액을 산출하기 위한 것으로, 건물부분과 대지사용권을 일괄하여 평가한 후 토지배분비율을 적용하여 산정한 것이므로, 당초 평가대상이 아니었던 쟁점건물의 감정가액을 신뢰하기 어렵다할 것이다.

  따라서 청구인의 양도소득세 결정시 일괄양도가액을 기준시가로 안분계산하여 과세한 당초 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 토지 및 건물의 양도가액을 기준시가로 안분 계산한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법 제100조[양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분 계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

 (2) 소득세법 시행령 제166조[양도차익의 산정 등] ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조에 따라 안분계산 한다.

 (3) 부가가치세법 시행령 제64조[토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산] 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조 제9호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점토지 및 쟁점건물에 대하여 청구인이 신고한 양도가액과 기준시가로 안분 계산한 가액이 30%이상 차이가 있으므로 「소득세법」제100조 제3항에 의하여 토지․건물 등의 가액 구분이 불분명하다는 사실에 대하여 청구인과 처분청 간에 이견이 없으나,

  청구인은 같은 법 및 「부가가치세법 시행령」제64조 제1호 단서에 의한 감정평가가액을 적용하여 안분 계산하여 달라는 주장이고, 처분청은 같은 호 본문의 기준시가를 적용하여 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

 (2) 기획재정부는 쟁점토지를 OOO에 위탁관리하고 있고, OOO가 감정평가법인에게 의뢰하여 작성된 쟁점토지의 감정평가서의 주요내용은 아래와 같다.

OOO

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 건축된 지 40여년이 지난 쟁점건물이 전체 양도가액의 86%에 달한다고 보기 어려운 측면은 있으나, 보통 건물만 양도하는 것이 집단상가의 특성으로 보이고, 토지는 건물과 권리관계를 일치시키는 것에 불과하여 쟁점건물의 양도가액에 권리금이 반영된 것으로 보이는 점,

  「소득세법」제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항, 「부가가치세법 시행령」제64조에 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 일괄양도가액을 안분 계산(按分計算)하여야 하나 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액을 적용한다고 규정되어 있는바, 이 건 상가의 특성상 OOO가 의뢰하여 평가한 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액은 이 건 양도시기 직전 과세기간에 평가된 감정가액으로 기준시가보다는 우선 적용하는 것이 합리적인 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지와 쟁점건물의 일괄양도가액을 기준시가에 의하여 안분 계산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.