주 문

OOO세무서장이 2017.8.7. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 소재 임야 3,964㎡의 취득가액을 <별지>에 표시한 토지의 매매대금과 관련한 영수증상에 기재한 금액의 합계 OOO원(계약금 OOO원, 잔금 OOO원․OOO원)을 각 필지의 개별공시지가에 따라 안분한 가액’으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 1999.5.6. OOO(이하 “전소유자”라 한다)로부터 OOO 소재 임야(3,964㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 포함한 <별지> 기재 토지를 취득하였다가 2013.7.29. 쟁점토지를 OOO 외 11명에게 양도하고, 2013.9.30. 쟁점토지의 양도소득을 산정하면서 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원(이하 “당초신고가액”이라 한다)으로 보아 예정신고․납부하였다.

나. 처분청은 2017.4.17.～2017.6.5. 세무조사를 실시하여, 청구인이 쟁점토지의 양도소득세 산정시 취득가액으로 본 당초신고가액은 매매계약서 등 증빙서류가 없고, 청구인과 청구인의 전배우자가 지배하는 회사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다) 간의 민사소송 등에서 확인된 매매가액인 OOO원은 인정하기 어려우며, 쟁점토지와 관련하여 검인계약서로 신고된 OOO원은 그 취득시 개별공시지가 보다 낮아 인정하기 어려우므로 「소득세법」제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제1항의 ‘취득당시의 실지거래가액을 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비한 경우’에 해당한다고 보고, 「소득세법 시행령」제176조의2 제2항 제2호에 따른 환산가액인 OOO원(이하 “쟁점환산가액”이라 한다)을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 2017.8.7. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.11.3. 이의신청을 거쳐, 2018.3.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법」상 추계경정은 실지거래가액의 확인을 위한 필요서류가 없거나 중요한 부분이 미비한 경우에 불가피하게 최종적으로 선택할 수 있는 방법이라 할 것이나, 쟁점토지를 취득할 당시, 별지 기재 토지의 매매대금으로 총 OOO원을 지급한 영수증(계약금 OOO원, 잔금 OOO원․OOO원)이 확인되므로 이를 개별공시지가 비율로 안분한 OOO원(이하, “쟁점영수증가격”이라 한다)이 쟁점토지의 실지거래가액이라 할 것이고, 그 금액은 별지 기재 토지를 OOO원으로 감정평가한 것(청구인의 의뢰로 2017.8.21. OOO이 별지 기재 토지를 1999.3.10. 기준시점으로 평가한 것, 이에 쟁점토지에 해당하는 가액은 OOO원이고 이하 쟁점토지에 해당하는 가액을 “쟁점감정평가액”이라 한다) 등 거래시세 등에 비추어 타당하고 거래정황상 신빙성이 있다고 할 것이므로 쟁점영수증가격을 쟁점토지의 취득가액으로 보아야 할 것이다.

  당초신고가액(OOO원/㎡)은 인근 토지 현황 및 주변시세 등이 충분히 반영된 가액으로 쟁점감정평가액(OOO원/㎡)과 통상적으로 감정평가시 시세의 80% 정도로 평가되는 점에 비추어 당초신고가액은 당시 시세에 부합하는 가액이고, 취득시의 개별공시지가(OOO원/㎡)의 3.78배에 해당하며, 쟁점감정평가액 산정시 전례로 본 인근지역의 감정평가 및 매매사례에서 그 평가액이 개별공시지가의 4.13～7.12배 수준인 점에 비추어 보아도 당초신고가액이 터무니없이 과다한 것으로 볼 수 없다.

  처분청이 쟁점토지의 취득가액으로 본 쟁점환산가액(OOO원)은 쟁점토지의 취득당시 개별공시지가인 OOO원(OOO원/㎡)과 거의 동일한 것으로 취득시(1999년 3월)의 개별공시지가의 시가반영률에 비추어 극히 저가이고, 당초 신고시 제출한 쟁점잔금영수증(OOO원)을 기초로 한 가액인 OOO원보다도 낮은 가격으로 청구인에게는 극히 불합리한 가액인바, 쟁점토지의 실제매매계약서는 확인할 수 없으나 그에 준하는 영수증이 존재하고 그 가액이 쟁점감정평가액 등에 비추어 거래당시의 최소한의 시가를 반영하고 있다면 이를 인정하는 것이 타당하므로 「소득세법」상 추계사유인 ‘증빙서류가 없거나 중요부분이 미비한 경우’에 해당하지 않아 그 취득가액은 경정대상에 해당하여 쟁점영수증가격으로 경정하여야 한다.

  양도소득세는 신고납세세목으로 국세청은 이에 대한 사후관리 및 검증을 위하여 신고시인제도를 운영하고 있고, 동 제도는 납세자가 제출한 양도소득세 신고서에 대하여 첨부된 증빙 등을 검토하여 신고사항이 적정하면 종결하고 신고내용이 상이하면 개별적으로 검토자 의견을 작성하고 납세자에게 관련서류를 요구하거나 세무조사 대상으로 전환하고 있으나, 이 건 양도소득세 신고서를 처리한 OOO세무서는 당초 신고시 제출한 증빙서류에 대하여 청구인에게 보완요구하거나 세무조사 대상으로 전환한 사실이 없었던 점 등에 비추어 당초 OOO세무서가 이 건 양도소득세 신고서를 처리할 당시에도 청구인이 제출한 증빙서류에 문제가 없다고 인정한 것이고 이후에는 증빙서류가 없었다면 그 책임은 처분청에 있다고 할 것이며, 청구인의 당초 양도소득세 신고서가 적정하다고 인정하였음에도 처분청은 청구인이 민사소송에서 제출하였던 계약서 등을 근거로 조사대상으로 선정한 것으로 보이나, 이러한 계약서 등은 아래에서 살펴볼 바와 같이 실제 계약서로 보기 어렵고, 처분청도 이러한 계약서 등이 실제 계약서에 해당하지 않는다고 인정한바, 이는 적정하다고 인정한 양도소득세 신고에 대하여 계약서 등을 조사대상 근거로 삼았다가 다시 이를 부인하는 모순된 처분을 하고 있는 것이므로 청구인의 신고내용을 전면 부인하고 추계경정한 것은 부당하다.

 (가) 청구인의 전배우자가 본인 명의로 작성하였다고 주장하는 ‘원래 계약서’ : 청구인도 본인 명의로 작성되었음을 주장하고 있고, 전배우자는 분실하였다고 주장하고 있으며, 실제 거래대금과 일치하는 원래 계약서이자 양도소득세 신고의 근거가 되는 계약서이나 실물이 확인되지 않고 있다.

 (나) 민사소송에서 ‘실제 계약서’로 주장한 ‘다운계약서’(총 매입가액 : OOO원, 이하, “쟁점소송제출계약서”라 한다) : 민사소송에서 청구인이 실제 계약서라고 제출된 것으로, 청구인이 양도소득세를 대비하여 작성한 이중계약서(다운계약서)에 불과하고, 표기된 총 매입가액이 해당필지의 개별공시지가(OOO원)에 맞추어 작성된 것으로 실제 계약서로 볼 수 없으나, 거래대금의 수수일자를 알 수 있는 것으로 계약금 수령의 근거가 되는 계약서이다.

 (다) 지방세 신고․납부를 위하여 작성된 ‘검인계약서’(총 매입가격 : OOO원, 이하, “쟁점검인계약서”라 한다) : 당시 취득세 등을 신고하기 위해 별도의 검인계약서를 작성하는 것이 관행이었던 시기로, 실제 거래대금과 관계없이 지방세 과세표준 산정을 위하여 공시가격보다 휠씬 낮은 가격이므로 임의로 작성된 계약서이다.

  청구인은 전배우자와의 이혼 및 민사소송 과정에서 전배우자가 재산관련서류의 대부분을 편취해간 관계로 쟁점토지의 취득가액을 입증할 방법이 없고 별지 기재 토지에 대한 가액도 기억만 있을 뿐 정확하게 얼마인지 알지 못하고 있으며 쟁점토지의 관련한 일부 서류 등을 제출할 수 없으나, 처분청의 쟁점토지와 관련된 전배우자 등에 대한 조사가 제대로 이루어졌다고 보기 어렵고, 쟁점토지를 청구인에게 양도한 전소유자와 중개인 OOO이 이미 사망하였으며, 이외 관련인들은 연락이 두절되었거나 전배우자 등은 민사소송상 대척점에 있어 관련자료를 제출하기 어려운 청구인의 사정과 청구인과 OOO(전배우자가 대표이사 및 대주주)간의 건물등철거에 관한 민사소송(OOO지방법원 2017.4.28. 선고 2015가합73951 판결)의 기재내용, 청구인이 제출한 준비서면(2016.9.1.), OOO의 답변서(2015.10.15.) 및 전소유자․중개인 OOO의 확인 등을 종합해 보면, 아래와 같이 청구인이 제시한 계약금영수증과 잔금영수증이 실제 거래대금의 일부로서 최소한의 실제거래가액임을 알 수 있으므로 청구인이 제시한 자료(쟁점영수증가격과 관련한 영수증)를 근거로 인정하는 것이 타당하다.

 (1) 청구인의 전배우자는 청구인과의 이혼, 재산분할소송 및 명의신탁 관련소송에서, 쟁점소송제출계약서 이외에 원래 계약서를 1999.1.7. 전배우자 명의로 작성하였다가 잔금을 지급한 후 해약(1999.3.9.)하고 1999.3.10. 청구인 명의로 쟁점소송제출계약서를 재작성한 것이라고 주장하였고, 전소유자, 중개인 OOO 등도 같은 내용의 확인서를 제출하였으며, 실제 거래금액이 기재된 원래 계약서가 존재한 것은 사실이나 이를 비롯한 관련서류를 전배우자가 가져가 실물을 확인할 수 없다고 주장하고 있으므로 실제 거래금액이 기재된 원래 계약서는 분명히 존재하고 그 계약일은 1999년 1월이며, 잔금일은 1999.3.9.이다.

 (2) 쟁점영수증가액과 관련한 잔금영수증(작성일자가 1999.3.9.로 기재된 OOO원 1매, OOO원 1매로, 이하 “쟁점잔금영수증”이라 한다) : 청구인이 당초 양도소득세 신고시 첨부한 쟁점잔금영수증은 그 작성일자가 1999.3.9.로 이는 민사소송에서 청구인의 전배우자가 주장한 계약해지일자(잔금청산일자)와 일치하고 전소유자가 자필로 서명한 것으로 실제계약서에 의한 잔금이 분명하며, 처분청이 잔금영수증이 전체필지에 대한 가액임에도 토지지번을 일부 지우고 제출하였다하여 신고내용에 오류가 있었다고 한 것은 한편으로 그 영수증이 실제 거래대금의 증빙임을 반증한다고 볼 수 있고, 그 가액은 처분청의 환산가액 보다 높은 것으로 최소한 실제거래대금이 개별공시지가보다 높게 거래되었으므로 처분청의 환산가액이 부당하다는 것을 반증하고 있다.

    잔금영수증과 관련하여 처분청은 쟁점잔금영수증의 작성일자인 1999.3.9. 이후에 쟁점토지의 등기부등본상 가처분결정(매매에 의한 소유권이전 등기청구권 1999.3.16.)과 소유권 이전등기(1999.5.6.)가 접수되어 잔금과 동시에 소유권이전이 이루어지는 점에 비추어 이를 인정하기 어렵다는 의견이나, 개별적 특정거래에 일반적인 상황을 적용․비교하여 거래의 실질을 부인하는 것은 타당하지 않고, 쟁점토지의 경우 청구인의 이혼진행 중 재산분할 문제 등 사정으로 잔금지급일 이후 등기접수를 미루어달라는 요청이 있어 재산권 보전차원에서 가처분을 신청한 것이며, 전소유자의 입장에서도 잔금을 지급받지 않는 상황에서 쟁점잔금영수증을 작성할 이유도 가처분 권리 설정을 용인할 이유도 없는 점에 비추어 처분청의 의견은 타당하지 않고, 오히려, 청구인과 전배우자간의 이혼 및 재산분할 소송 등에서 제출된 서류 등에 비추어 확인되는 잔금 영수일자(1999.3.9.)와 일치한 유일한 영수증으로 거래정황 및 관련인들의 진술 등에 종합해 보면 쟁점잔금영수증은 실제 수령한 일자와 금액에 따라 작성된 것이고, 전소유자가 자필로 서명한 것으로 사후 재작성한 서류가 아니며 당초 양도소득세 신고서에 첨부된 증빙으로 실제내용에 근거하여 거래금액과 영수증일자로 작성된 증빙에 해당한다.

 (3) 계약금영수증(작성일자가 1999.1.10.로 기재된 OOO원 1매, 이하, “쟁점계약금영수증”이라 한다) : 쟁점소송제출계약서는 원래 계약서를 기초로 하여 작성된 다운계약서로 공시가격(OOO원)과 유사한 가액인 OOO원으로 작성된 것이고, 계약금이 OOO원으로 큰 이유는 전소유자가 개인사정(이혼으로 인한 재산의 급처분) 뿐만 아니라 원래 계약서를 기초로 한 다운계약서이기에 1999.3.10. 작성된 OOO원의 영수증은 그대로 하고 잔금만을 임의로 변경하여 작성되었고, 처분청은 이를 정상적인 것으로 보지 않은 것이다. 한편 이는 쟁점계약금영수증이 실제 거래대금에 기초하여 작성되었음을 반증하는 것이고, 쟁점소송제출계약서의 계약일자(1999.3.10.)와 계약금 영수일자(1999.1.10.)가 상이한 이유는 계약금 영수증(OOO원)이 원래 계약서(1999년 1월 계약체결)를 기초로 작성되었기 때문으로 1999.1.10. OOO원을 영수한 것으로 작성된 것이 분명하며, 만일 계약금 영수증도 다시 작성하였다면 쟁점소송제출계약서와 일치하게 그 영수일자도 1999.3.10.로 작성하였을 것이다.

  처분청은 청구인이 쟁점토지의 취득자금의 원천인 소득 등의 자금여력이 없고 금융증빙이 확인되지 않는다는 의견이나, 청구인의 쟁점토지의 취득자금 원천은 실제 취득거래가격을 다투는 이 건과 별개의 문제이고, 쟁점토지의 취득자금으로 지급된 자금은 전소유자의 요구에 따라 현금 등으로 지급된 것으로 알고 있으며, 십여년이 지난 오래된 과거의 거래자료일 뿐만 아니라 이혼소송 과정에서 본래의 계약서나 관련증빙자료 등을 전배우자가 편취해가 영수증 이외에는 증빙을 찾을 수 없을 뿐이다.

  또한, 처분청은 쟁점토지를 취득할 당시 청구인이 쟁점토지를 포함한 전체토지의 취득가액으로 OOO원은 1997년 외환위기 당시 OOO아파트 13채의 가격으로 사회통념과 경험칙상 인정하기 어렵다는 의견이나 이는 특정지역의 아파트시세를 OOO원이라고 단순히 가정하고 이를 쟁점토지의 취득가격과 단순비교한 것으로, 부동산에는 지역별 편차가 존재하고 시기별로 특정 사안에 따라 개별적으로 형성될 밖에 없고 쟁점토지도 지역․시기․개별적인 요건에 의해 달리 책정될 수 있는 것임에도 외환위기의 일반적 경향을 단순비교하여 쟁점토지의 가격이 과다하다는 의견은 타당하지 아니하다.

 (2) 쟁점감정평가액은 청구인이 2017.8.21. OOO(OOO)에 의뢰하여 쟁점토지의 계약체결일 1999.3.10.을 기준시점으로 별지 기재 토지를 소급하여 감정평가한 것으로, 쟁점토지와 인근에 있는 토지로서 취득당시 쟁점토지와 지목 등이 유사한 토지에 대한 감정평가와 매매사례를 비교하면 공장부지, 학교용지 등으로 개발되어 쟁점토지를 취득한 1998～2000년 당시에는 그 가격이 점진적으로 상승하기는 하나 그 가격범위는 쟁점토지와 일정 범위내 수준으로 나타나고 있으므로, 비록 소급감정한 평가액이라도 취득당시 인근토지에 대한 매매사례, 감정평가액 등을 감안한 합리적인 가격으로서, 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되어 거래 당시 객관적 교환가치를 반영한 공신력 있는 감정가액은 시가로 인정할 수 있다고 본 대법원의 판례를 고려하여 쟁점감정평가액을 취득가격으로 인정하여야 한다.

 청구인의 감정평가 의뢰는 쟁점토지의 취득당시 실제 매매계약서를 확보할 수 없는 상황에서 평가기준일 전후 3개월 내의 감정평가를 현실적으로 의뢰할 수 없어 부득이 소급감정하여 거래당시의 시가를 파악하기 위한 것으로 감정평가액은 영수증가격을 상회하고 있고 실제 거래가액에 근접하여 신뢰성이 있는 가격임을 알 수 있고 공신력 있는 감정기관으로서 객관적․합리적 방법으로 평가된 것에 해당하며, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제25조에 비추어 감정평가업자는 신의와 성실로서 공정하게 감정평가를 하고 있고, 청구인도 의뢰자의 지위에서 감정가액을 통제한 사실이 없이 객관적이고 공정한 감정가액이 도출되도록 요청하여 그 결과를 제출한 것이고, 감정평가시 평가전례로 본 사례도 매도자가 의뢰한 것이 없음에도 매도자가 평가의뢰하여 시세를 높이기 위한 의도로 사용된 예외적이고 특수한 경우로 과다평가한 가능성이 있다는 처분청의 의견은 감정평가제도의 신뢰성을 부정하고 왜곡하는 지나친 억측이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 당초 양도소득세 신고시 쟁점토지의 취득가액을 당초신고가액(OOO원)으로 신고하였으나 이와 관련한 계약서는 제출하지 아니하였고, 쟁점잔금영수증만이 첨부되어 달리 쟁점토지의 취득가액이 OOO원이라는 근거서류는 제시되지 아니하였으며, 청구인은 양도소득세 신고시, 쟁점잔금영수증에 대하여 별지 기재 토지 전체에 대한 영수증임에도 마치 쟁점토지에 대한 영수증인 것처럼 고의로 다른 지번을 삭제하는 방법으로 변조하여 제출하였고, 취득세 영수증 역시 별지 기재 토지에 대한 취득세를 마치 1필지에 대한 취득세인 것처럼 고의로 다른 지번을 삭제․변조하여 제출하였다.

  이와 같이 청구인은 사술(詐術)에 의한 허위서류를 제출한 것으로 처분청은 실제 취득가액을 확인할 수 있는 매매계약서, 금융증빙 등의 제출을 요구하였으나 청구인은 쟁점소송제출계약서가 실제 계약서가 아닌 다운계약서라고 주장하면서도 원래 계약서를 제시하지 아니하고 있고, 쟁점잔금영수증 이외에 취득대금의 자금원천이라는 취지로 OOO원의 OOO은행 대출금에 대한 원장을 제시하면서 쟁점영수증가격을 인정해 달라고 주장하고 있다.

  이에 쟁점토지의 등기부등본을 살펴보면, 1999.5.6. 청구인이 쟁점토지를 취득하기 이전인 1999.3.16. 매매에 의한 소유권이전등기청구권을 보존하기 위하여 가처분을 한 것을 보면 쟁점토지에 대한 매매계약 등 법률관계는 최소한 1999.3.16. 이전에 발생하였고, 당사자간 대금 문제 등으로 다툼이 발생한 것으로 보이는데, 청구인이 쟁점토지의 잔금이라는 쟁점잔금영수증의 발행일자는 1999.3.9.이고 통상적으로 잔금을 지급한 것이라면 전소유자의 인감증명서 등 소유권이전에 필요한 서류를 동시에 교부받으면서 잔금을 지급하는 것임에도 잔금을 모두 지급하면서도 소유권을 이전하지 아니하였다는 주장은 논리와 경험칙상 수긍하기 어려우므로 쟁점잔금영수증과 쟁점소송제출계약서의 진정성립을 인정하기 어렵고 쟁점토지의 취득 당시 청구인은 가정주부로 전배우자가 대표로 있는 OOO에서 급여소득(1993～1999년 합계 OOO원)을 지급한 것으로 신고되었으나 생활비 정도에 불과하여 쟁점토지를 취득할 만한 자금의 출처가 존재하지 아니한다.

  이와 같이 청구인은 원래 계약서를 제출하지 아니하면서도 실제 지급한 내역을 확인할 수 있는 최소한의 금융증빙도 제시하지 않고 OOO와의 민사소송에서 제출되는 사실관계와 쟁점토지의 등기부등본의 가처분 기재내역, 청구인의 소득내역 등을 종합하면 쟁점잔금영수증과 쟁점소송제출계약서의 기재내역을 인정하기 어렵다고 보아 처분청은 ‘실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우’에 해당하는 것으로 보아 「소득세법」제176조의2 규정에 따라 취득가액을 쟁점환산가액으로 본 것이다.

  따라서, ① 취득가액 등 필요경비와 금융자료는 청구인이 지배․관리하고 있어 입증책임 분배의 원칙상 필요경비가 정당하다는 것은 이를 주장하는 청구인이 입증하여야 함에도 쟁점검인계약서와 쟁점소송제출계약서는 모두 허위의 계약서라고 주장할 뿐 이에 대한 최소한의 금융증빙을 제시하지 않고 있는 점, ② 청구주장처럼 쟁점잔금영수증이라면 1999.3.9. 소유권이전등기가 되어야 함에도 잔금을 지급하였다고 주장하면서도 소유권이전등기 절차를 진행하지 않아 그 진위를 인정하기 어려운 점, ③ 양도소득세 신고시 쟁점잔금영수증과 취득세 영수증을 사술로 변조하여 제출하였고, 쟁점소송제출계약서의 기재내용과 쟁점잔금영수증의 발행일자․금액․발생서식 등이 모두 상이한 것에 비추어 청구주장을 신뢰하기 어려운 점, ④ 청구인의 소득․재산·직업 등에 비추어 쟁점토지를 취득할만한 자력이 존재하지 않고 가처분 등의 소유권분쟁 내용을 볼 때 당초부터 실제 취득계약은 존재하지 않고 대물변제 또는 증여로 취득한 것으로 볼 여지가 다분한 점, ⑤ 청구인이 취득자금 원천이라고 제출한 1999.2.18. OOO 대출금 OOO원도 쟁점토지를 담보로 한 담보대출이 아니고 연12.75%의 가계대출로 쟁점토지와 관련된 자금으로 볼 수 없으며 상기 대출은 2001.2.18.에 상환되어 전배우자가 운영한 OOO에 대한 대출로 보이는 점, ⑥ 쟁점토지 취득당시인 1999년초는 1997년 금융위기 이후 부동산가격이 가장 저점에 있을 때로 쟁점토지를 OOO 아파트 13채 가격 상당인 OOO원에 취득하였다는 주장 자체를 사회통념과 경험칙상 받아들이기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다.

 (2) 쟁점감정평가액과 관련하여, ① 「소득세법 시행령」제176조의2 제3항 제2호에서 감정가액은 “전후 각 3개월 이내 해당 자산에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액”을 말하므로 쟁점감정평가액은 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것도 아니고 소급감정에 해당하여 당연히 취득가액으로 인정할 수 없는 점, ② 법원의 재판장이 감정인을 지정하고 감정평가를 하여 산정된 감정평가액을 인정하는 경우는 있으나 쟁점감정평가액은 청구인 스스로 의뢰자의 지위에서 특정 감정평가업자에게 의뢰한 것으로 법원의 것과 달리 객관성·공정성·신뢰성 자체를 인정하기 어려우므로 받아들이기 어려운 점, ③ 쟁점감정평가액에 관한 감정평가서에 기재된 감정평가 전례는 그 평가목적이 아파트 부지나 단독주택 부지로서 지목이 대지이거나 학교용지 등 감정평가 목적물이 공공용지 등으로의 수용 등이 예정되어 있어 인근단지 보다 비교우위에 있고 수용 등 예정지이므로 평가의뢰자가 매도인으로 보이므로 수용보상가액을 높이기 위하여 과다하게 평가하였다는 합리적 의심이 가능하므로 이는 특수한 사정을 가진 극히 예외적인 사례일 뿐이므로 이를 근거로 16년이나 지나 소급하여 감정하면서 비교대상으로 삼는 것 자체가 의도적이고 합리성도 찾을 수 없으므로 쟁점감정가액은 취득가액으로 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점토지의 취득가액이 불분명하다고 보아 환산취득가액으로 본 처분에 대하여, 쟁점토지의 취득대가 중 영수증으로 확인되는 계약금․잔금을 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 청구인이 제시한 쟁점감정평가액에 대하여 취득당시의 시가 등이 반영된 합리적인 가액이므로 이를 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

 제97조 (양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

 1. 취득가액

  가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

  나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

 ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

 ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 (2) 소득세법 시행령

 제163조 (양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

 제176조의2 (추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

 2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

 ② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

 2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

 ③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

 1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

 2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

 3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

 4. 기준시가

 ④ 법률 제4803호 「소득세법개정법률」 부칙 제8조에서 정하는 날(이하 "의제취득일"이라 한다)전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)에 대하여 제3항 제1호부터 제3호까지의 규정을 적용할 때에 의제취득일 현재의 취득가액은 다음 각 호의 가액 중 많은 것으로 한다.

  1. 의제취득일 현재 제3항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 가액

  2. 취득 당시 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액이 확인되는 경우로서 해당 자산의 실지거래가액이나 제3항 제1호 및 제2호에 따른 가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 직전일까지의 보유기간동안의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1999.5.6. OOO로부터 쟁점토지를 포함한 별지 기재 토지를 취득하였고, 쟁점토지의 등기부등본상 전소유자와 청구인간의 거래와 관련한 사항은 아래 <표1>과 같다.

OOO

 (2) 청구인은 쟁점토지를 양도하고 그 양도소득에 대하여 2013.9.30.양도소득세를 신고·납부하면서 그 취득가액을 ‘OOO원’으로 하면서 쟁점토지의 취득가액과 관련하여 쟁점잔금영수증, 취득세 영수증 및 OOO은행의 대출금 원장조회(2011.7.27. 출력된 것, 대출일 : 1999.2.18., 대출금액 OOO원, 대출금리 12.75% 및 최종상환일자 2001.2.18.)을 첨부하였고, 쟁점잔금영수증의 기재내용은 아래 <표2>와 같고, 취득세 영수증상 등기물건란에는 “OOO”과 “2.00㎡”이 기재되어 있어 구체적인 지번과 면적은 기재되어 있지 아니하다.

OOO

 (3) 처분청은 쟁점토지의 양도소득에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 당초 양도소득세 신고시 첨부한 쟁점잔금영수증을 확인한바, 그 기재내용은 아래 <표3>과 같다는 의견이고, 취득세 영수증상 등기물건란에는 “OOO 대지 192.00㎡외 3”으로 기재되어 있는바, 처분청은 청구인이 1999.5.6. 별지 기재 토지를 일괄취득한 것으로 보이고, 실제 취득가액을 확인할 수 있는 원래 계약서 등을 제시하지 못하고 있으며, 청구인이 제출한 쟁점잔금영수증과 취득세 영수증 등에 비추어 쟁점토지의 취득가액은 OOO원으로 볼 수 없다는 이유로 쟁점토지의 취득가액을 쟁점환산가액으로 보아 이 건 처분을 하였다.

OOO

 (4) 쟁점소송제출계약서는 1999.3.10. 전소유자와 청구인간 작성한 것으로 매매대금은 OOO원, 계약금 OOO원은 1999.3.10. 지급하고, 잔금은 1999.6.10. 지급하며 쟁점토지를 명도하기로 기재되어 있고 그 주요한 내용은 아래 <표4>와 같다.

OOO

 (5) 청구인은 OOO에 대하여 건물등 철거와 관련한 민사소송을 제기하였고, 그에 대한 OOO의 판결(2017.4.28. 선고 2015가합73951 판결) 중 이 건과 관련이 있는 내용은 아래 <표5>와 같다.

OOO

  상기 민사소송에서 청구인이 제출한 준비서면(2016.9.1.)에서 쟁점토지의 취득가액과 관련한 주요한 내용은 아래 <표6>과 같다.

OOO

  상기 민사소송에서 OOO가 제출한 답변서(2015.10.15.)에서 쟁점토지의 취득가액과 관련한 주요한 내용은 아래 <표7>과 같고, 같은 답변서에 그 증명방법으로 제출된 것 중 전소유자와 청구인의 전배우자간의 확인서(1999.3.9.), 전소유자의 확인서(2011.5.16.), 중개인 OOO의 확인서(2011.5.16.) 및 중개인 OOO의 확인서(2016.2.18.)는 각 아래 <표8>～<표11>와 같다.

OOO

 (6) 청구인은 별지 기재 토지에 대하여 OOO(OOO)에 감정평가를 의뢰하여 받은 감정평가서를 제출한바, 감정평가서에는 감정평가목적 ‘시가참고’, 기준가치 ‘시장가치’로, 기준시점 1999.3.10., 조사기간 2017.8.18.～2017.8.21. 및 작성일 2017.8.21.이 기재되어 있고, 감정평가액은 OOO원이고, 이중 쟁점토지는 OOO원(OOO원/㎡)이며, 상기 감정평가서상 감정평가전례로 기재된 가액은 아래 <표12>과 같고, 감정평가에 있어 쟁점토지의 비교사례로 선정한 것은 ③의 감정평가 전례이다.

OOO

 (7) 청구인은 OOO세무서 재산법인세과에서 작성한 ‘양도소득세 신고서처리 따라하기’를 제출한바, 동 문서는 양도소득세 신고서가 제출된 경우, 세무서 담당직원이 이를 국세청 전산시스템에 입력·관리하는 방법 등이 기재된 것으로 이중 ‘Ⅱ. 양도소득세 신고서 입력’ 등에는 아래 <표13>과 같은 내용이 기재되어 있다.

OOO

 (8) OOO세무서장이 쟁점토지의 양도소득세 신고서를 국세청 전산시스템에 입력하면서, 양도계약서와 취득계약서에 대하여 각각 ‘중개사실가(01)’로 입력한 것으로 확인된다.

 (9) 청구인의 대리인은 심판관회의에 출석하여, 상기의 청구주장 이외에 ‘쟁점토지를 포함한 전체 토지의 전체 거래금액은 정확히 기억할 수 없으나OOO원이 넘었던 것으로 기억하고, 쟁점계약금영수증과 쟁점잔금영수증은 실제 증빙이다’는 내용의 청구인의 진술서를 제출하였고, 청구인은 쟁점토지를 포함한 전체 토지의 중개수수료로 OOO에게 OOO원을 지급한바, 이는 당시(1999년)의 부동산중개수수료 요율표[매매 및 교환OOO원 이상 : 1만분의 15이내(한도 OOO원)]에 비추어 청구인의 진술은 사실과 부합한다는 내용으로 진술하였다.

 (10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①과 관련하여 살피건대, 「소득세법」제97조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제176조의2는 양도소득의 필요경비인 취득가액으로 자산 취득에 든 실지거래가액을 규정하면서, 이러한 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액 및 환산취득가액을 순차로 적용하도록 규정하고 있는바, 동 규정에 의하면 취득가액은 실지거래가액을 우선으로 하되 이를 확인할 수 없고 매매사례가액과 감정가액을 적용할 수 없는 경우에 한하여 환산취득가액을 적용하여야 할 것이다.

  당초 청구인은 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였으나 당초 그 증빙으로 제출된 쟁점잔금영수증 등만으로는 OOO원이 쟁점토지의 실지거래가액인지를 인정 또는 확인할 수 없고 당초 계약서가 확인되지 아니하는 점에 비추어 처분청이 「소득세법」제114조 제2항에 따라 양도소득세를 경정한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이나, 쟁점토지와 관련하여 청구인과 전배우자 간의 민사소송에서 제출된 증빙, 민사소송 판결문 등에 비추어 쟁점잔금영수증의 기재내용은 양도소득세 신고시 변조되어 제출되었다 하더라도 변조되기 전의 내용이 쟁점토지의 거래와 관련한 제반사항과 합치되어 쟁점토지의 실제거래가액 중 일부를 입증 또는 확인할 수 있는 증빙에 해당한다고 보이는 점, 쟁점토지에 대한 청구인의 자금출처는 쟁점토지의 양도에 따른 양도차익과 관련된 이 건 처분과 관련이 적다고 보이는 점, 실제거래가액의 일부가 확인되고 납세자가 스스로 이를 실제거래가액의 전부로 하여 양도차익을 산정하여 줄 것을 주장하는 경우에도 실제거래가액이 확인되지 않는다고 보아 환산취득가액을 적용하는 것은 취득가액에 있어 실지거래가액을 우선 적용하도록 한 관련 법령의 취지에 반하는 것으로 보이는 점에 비추어 쟁점토지의 취득가액을 쟁점영수증가격으로 보아야 한다는 청구주장은 타당하다고 판단된다.

  쟁점②와 관련하여 살피건대, 「소득세법 시행령」제176조의2 제3항 제2호는 취득가액에 해당하는 감정가액으로 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 aa것으로 인정되는 감정가액의 평균액을 규정하고 있는바, 청구인이 제시한 쟁점감정평가액은 하나의 감정평가법인이 취득일로부터 16년 이상 경과한 2017.8.21.에 소급하여 감정평가한 것이므로 쟁점감정평가가액을 쟁점토지의 취득가액으로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

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4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.