1. 처분개요

가. 청구법인은 2001.4.2. OOO의 화력발전 부문이 물적분할․설립되어 OOO에서 석탄․중유․LNG 등을 원료로 하여 생산한 전기를 OOO퍼센트 모회사인 OOO에 공급하는 사업을 영위하는 사업자로, 산하에 6개 발전소를 보유하면서 각 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 2012～2015사업연도에 대하여 2017.1.23.～2017.5.25. 기간 동안 법인통합조사를 실시한 결과,

 (1) 청구법인이 2012～2015사업연도 기간 동안 토지에 정착된 태양광설비(이하 “쟁점설비”라 한다)를 기계장치로 보고「법인세법 시행령」제26조 및 제28조에 따라 아래 <표1>과 같이 감가상각비를 손금으로 계상하였으나, 동 설비를 기계장치(정률법에 의한 내용연수 16년)가 아니라 구축물(정액법에 의한 내용연수 20년)로 보아 과다하게 계상한 감가상각비 합계 OOO을 손금불산입하였다.

<표1> 쟁점설비에 대한 감가상각비 계상

 (2) 청구법인이 2007.2.21. 설립한 OOO OOO(이하 “OOO 현지법인”이라 한다)가 OOO OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 지분 OOO%에 상당하는 우선주 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 인수하는 과정에서 자문사인 OOO (이하 “OOO”이라 한다) 등과 컨설팅용역에 대한 계약(이하 “쟁점컨설팅용역”)을 체결하고, 2012～2013사업연도에 그 대가로 지급한 수수료 OOO원(아래 <표2> 참조, 이하 “쟁점자문수수료”라 한다) 등을 손금으로 계상하였으나,

  동 수수료는 청구법인이 아니라 OOO 현지법인이 지출하여야 할 비용으로 보아 손금불산입하고 OOO 현지법인에게 기타로 소득처분함과 동시에 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출이므로 그 부가가치세액(2012년 제1기 및 2013년 제1기 합계 OOO원)을 OOO 등으로부터 징수하여야 할 대리납부세액으로 보았다.

<표2> 쟁점자문수수료 지급내역

 (3) 청구법인이 OOO 건설공사를 위하여 OOO(이하 “OOO”라 한다)의 예비타당성조사에 앞서 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 건설 타당성조사 관련 용역계약을 체결하고 동 OOO 준공검사 후인 2012.12.10. 그 대가로 지급한 OOO원(이하 “쟁점조사비용”이라 한다)을 손금으로 계상하였으나, 쟁점조사비용을 토지인 OOO의 취득원가로 보아 손금 불산입하였다.

 (4) 청구법인이 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 ‘OOO 기매립회(灰, ‘재’를 말함) OOO 이송공사’ 계약을 체결하고 석탄회를 OOO까지 이송하여 매립하는데 발생한 회 이송비용 OOO원을 2012.1.18. 지급하고 2012년 제1기 부가가치세를 신고하면서 관련 부가가치세액 OOO원(이하 “쟁점부가가치세액”이라 한다)을 매입세액으로 공제하였으나, 장부상 회 이송비용을 건설중인 자산으로 계상하였다가 준공 후인 2013.2.28. 토지의 취득원가에 가산한 것으로 나타나므로 동 비용을 회처리장의 조성에 필요한 자본적 지출로서 토지의 취득원가를 구성하는 것으로 보아 쟁점부가가치세액을 불공제하였다.

 (5) 그밖의 근로자복지증진투자세액공제 감액 등의 과세자료를 처분청에게 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2017.6.15. 아래 <표3>과 같이 청구법인에게 부가가치세, 법인세 및 농어촌특별세를 경정․고지하였고, 2017.8.7. 위 나의 (2)와 같이 OOO 현지법인 등에게 기타로 소득처분하고 소득금액변동통지를 하였다.

<표3> 청구법인에 대한 부과처분 및 통지 내용

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점설비는 사업용자산인 기계장치에 해당한다.

  (가) 쟁점설비는 세법상 구축물로 분류될 수 없는 자산이다.

 「법인세법 시행규칙」[별표 5]에서 구축물은 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로, 교량, 도크, 방벽, 철탑, 터널 기타 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함하도록 규정하고 있고, 일반적으로 토목이란 건설공사를 총칭하고 토목설비는 건설공사를 통해 완공된 구조물을 의미하는 것이며, 공작물이란 인위적으로 지상 또는 지중에 만든 댐, 교량, 옹벽 등의 토목 구조물 등과 같이 토지에 고정된 인공적 구조물을 의미하는바,

  쟁점설비는 햇빛을 받아 직류전기를 생성하는 모듈을 지상에 고정하기 위하여 지지구조물의 위 또는 건물 옥상에 단순 설치하는 것일 뿐, 최초부터 지상에 만들어진 설비는 아니라는 점에서 위 공작물의 정의를 충족하지 않고 건설공사를 통해 완공된 구조물이 아닌 외주업체를 통하여 제작된 설비를 단순히 설치․조립한다는 점에서도 토목설비에 해당하지 않는바, 동 규칙 [별표 5]의 구축물로 볼 수 없어 세법상 구축물로 분류가 불가능하므로 사업용 고정자산인 기계장치로 분류하여 감가상각비를 계산하는 것이 합리적이다.

  (나) 쟁점설비는 국내에서 적용되는 기업회계기준 및「건축법」에서 정하고 있는 건축물 또는 구축물의 정의에 부합하지 아니한다.

 「국세기본법」제20조 및「법인세법」제43조에서 일반적으로 인정되는 기업회계기준을 적용한 경우에는「법인세법」또는「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 것을 제외하고는 그 기준을 따르도록 규정하고 있고, 기업회계기준 및「건축법」은 기계장치와 구축물을 아래 <표4>와 같이 정의하고 있다.

<표4> 기계장치 및 구축물의 정의

  쟁점설비는 태양에너지를 전기에너지로 변환시키는 태양전지모듈과 모듈에서 생산된 직류전기를 교류전기로 변환시키는 인버터로 구성되어있는 것으로 태양광 발전설비는 지상 별도공간에 설치하기도 하고, 특성상 경량화하기 쉽기 때문에 기존 건축물의 외벽 또는 지붕에 부착하여 설치도 가능하다.

  위의 회계기준 및「건축법」상 토목공사를 통해 토지에 정착된 경우 구축물로 분류하고 있으나, 쟁점설비는 설치시 별도의 토목공사가 필요하지 않고 기존 건축물에 부착되는 형태로도 쉽게 설치가 가능한 것 등으로 볼 때 구축물의 정의에 부합하지 않으며,

  쟁점설비 중 가장 가치가 큰 부분은 태양광 모듈에 포함된 태양전지로 태양의 빛 에너지를 전기 에너지로 변환하는 역할을 수행하는 데, 이는 태양의 빛이라는 원재료를 빛 에너지(동력)를 이용하여 물리적, 화학적으로 변환시켜 전기라는 제품을 생산해 내는 생산설비로 회계기준상 기계장치의 정의에 부합한다.

  따라서, 과거부터 계속적으로 청구법인에게 적용되어 온 기업회계기준에 근거하여 쟁점설비를 기계장치로 분류하고 감가상각한 것에 대하여 별도의 명확한 근거 법령 없이 임의적으로 구축물로 분류하는 것은 부당하다.

  (다) 쟁점설비는「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」(이하 “신재생에너지법”이라 한다)에 따라 설치한 것으로 전기를 생산하는 필수적인 발전설비에 해당한다.

  기획재정부에서 지역난방공사의 열수송관은 구축물이 아니라「법인세법 시행규칙」[별표 6]의 업종별 자산에 해당하는 것으로 해석(재법인-860, 2010.10.8.) 하고 있고, 국세청에서 이동설치의 가능여부를 업종별 자산의 조건으로 해석(법인-116, 2011.2.15.)하고 있으며, 조세심판원 심판례(조심 2015부3917, 2016.4.11.)에서도 가스관 배관시설물의 경우 해당 시설물의 구조·용도 및 기능과 시설물의 준거법령이 무엇인지에 따라 구축물인지 업종별 자산인지를 구분하여, 생산설비의 일부에 해당하는 경우 구축물이 아니라 업종별 자산으로 보아야 한다고 결정하고 있다.

  쟁점설비는 한번 건축하면 철거 외에는 이동이 불가능한 구축물 과 달리 해체 후에도 쉽게 이동설치가 가능하며, 쟁점설비의 주된 목적은 전기를 생산하는 용도 및 기능을 갖추는 것으로 이는 전기를 생산하는 방식에 있어 차이만 있을 뿐 화력발전의 증기터빈 및 기타 발전시설과 차이가 없고

 「조세특례제한법」상 에너지절약시설투자세액공제 대상이 되는 투자와 관련 신재생에너지법 제2조의 신에너지 및 재생에너지를 이용하여 연료·열 또는 전기를 생산하는 시설을 규정하고 있고 청구법인은 「법인세법 시행규칙」[별표 6]의 업종분류 상 35. 전기, 가스, 증기 및 공기조절 공급업체에 해당하고 쟁점설비는 전기를 생산 및 공급하기 위한 것인바, 직접적으로 사업에 사용되는 자산으로 업종별 자산에 해당하는 것이다.

  또한, 쟁점설비는「건축법」상 신고, 검사, 감리 등을 받는 것이 아니라 신재생에너지법에 따라 규제 및 감독을 받는 자산으로 신재생에너지법 시행규칙 제2조에서 쟁점설비를 아래 <표5>와 같이 “설비”라고 규정하고 있다.

<표5> 신재생에너지법 시행규칙 제2조

  처분청이 쟁점설비를 구축물로 보는 근거인 국세청 예규(법인-582, 2010.6.25.)는 명확한 사실관계에 따라 해석한 것이 아니고 단순히 토지에 정착하였다는 사유만으로「법인세법 시행규칙」[별표 5]를 적용하여야 한다고 회신한 것으로, 동 해석은 일반적으로 법적 구속력이 없을 뿐더러 해당 질의를 한 법인에게만 그 구속력이 있는 것이고 예를 들어, 동 규칙 [별표 5] 상 구축물에 대하여 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다라는 문구 그대로를 적용한다면, 아래 <표6>과 같이 고정식 크레인도 토지에 정착된 공작물이므로 구축물로 보아야 하나, 관련 법령은 이를 ‘건설기계’로 규정하고 있는바, 단순히 하나의 유권해석으로 쟁점설비를 구축물로 보는 것은 타당하지 않다.

<표6> 건설기계 안전기준에 관한 규칙 제95조의 주요내용

  (라) 처분청은 청구법인의 발전설비현황표상 쟁점설비의 내용연수가 25년으로 기재되어 있음을 근거로 하여 기계장치로 보고 내용연수 16년(정률법)을 적용하여 감가상각하는 것은 부당하다는 의견이나, 발전설비현황표는 청구법인의 내부관리 목적상 사용되는 내용연수표로 실제 내용연수와 일치하는지 여부가 불확실하고 내용연수 25년으로 기재되어 있다 하더라도 이를 근거로「법인세법 시행규칙」[별표 5]의 구축물로 분류하는 것은 부당하다.

   1) 처분청의 쟁점설비 관련 유권해석을 보면, 수상에 설치된 태양광설비도 구축물(국세청 서면-2017-법인-1779, 2017.11.30.)이고 태양광설비에 부속되는 에너지저장장치를 구축물과 구분하여 업종별자산으로 회계처리하는 경우 이를 인정하고 있는바, 처분청이 토지의 정착여부와 관계없이 쟁점설비가 장기간 사용할 수 있다고 보아 구축물로 보는 것은 타당하지 않다.

   2) 업종별자산은 건물 등과는 달리 법인의 주된 사업에 직접적으로 사용되는 자산으로 산업의 성격상 내용연수를 차등하고 있는「법인세법 시행규칙」에 따라 동일한 자산도 법인이 사용하는 형태 등을 고려하여 달리 적용하여야 한다. 예를 들어 운수업에 사용하는 차량은 차량운반구가 아니라 업종별자산으로 분류하는 것과 같이 전기를 생산하여 판매하는 업을 영위하는 청구법인의 경우 쟁점설비는 전기생산에 필수적인 자산이므로 업종별자산에 해당한다.

  (마) 쟁점설비 관련 국세청 등 해석 사례는 다음과 같다.

   1) 콘크리트 등으로 건설한 구축물 내에 폐수처리용 정화처리시설을 설치한 경우 2000년 7월 26일 전까지는 이를 구축물로 보도록 해석(법인 22601-3893, 1988.12.30.)하였으나, 정화처리시설이 필수적인 사업용 고정자산에 해당하므로 당해 기계장치에 대하여는 구축물과 구분하여「법인세법 시행규칙」[별표6]의 업종별 자산의 기준내용연수를 적용하는 것으로 변경(법인46012-1644, 2000.7.26.)하였다.

   2) 해상에서 채굴한 천연가스를 육상의 자체생산시설로 운반하는 가스관은 광업용 유형고정자산에 해당하므로「법인세법 시행령」제26조 제1항 제4호 규정에 따라 감가상각하는 것이고, 생산된 천연가스를 판매용 법인에게 공급하기 위한 가스관은 업종별 자산의 내용연수를 적용하는 것으로 해석(서이 46012-10042, 2004.1.8.)하고 있다.

   3) 농지 위에 설치되어 있는 태양광 시설의 경우 딸린 시설물로 보기에는 그 전제가 되는 ‘지붕과 기둥 또는 벽이 있는 공작물’이 없는 상태로 볼 수 있으며, 아울러 지방세법령에서 건축물로 보는 시설에 대하여 레저시설, 저장시설, 도관시설 등 일정 시설을 열거하고 있으나 이에 해당되지 않는 것으로 해석(지방세 운영-3354, 2015.11.9.)하고 있다.

   4) 전기사업자가 전력을 생산ㆍ판매하기 위하여 옥외주차장 또는 토지 위에 태양광 발전시설을 설치한 경우 취득세 과세대상에 해당하지 않는 것으로 해석(지방세 운영-4095, 2009.9.28.)하고 있다.

  (바) 설령, 쟁점설비를 구축물로 본다고 하더라도, 토지에 정착된 기둥의 역할을 하는 철구조물 및 콘크리트 기초에만 적용하여야 하고 모듈 등 기자재는 기계장치로 분류하여야 한다.

  어레이, 지지구조물 및 전기실의 설치공사비는 아래 <표7>과 같이 불과 OOO원으로 총 계약금액인 OOO원의 OOO%에 불과하고 모듈 등 기자재비가 차지하는 비중은 OOO%이며, 설치공사비가 적은 이유는 지지구조물 사진(아래 <표8> 참조)과 같이 브라킷과 볼트를 사용한 조립식이고 토지에 정착되는 부분 역시 콘크리트 위에 조립식으로 설치하였기 때문이다.

<표7> OOO 구매계약서 가격명세표

<표8> 쟁점설비의 지지구조물 사진

 (2) 쟁점자문수수료는 청구법인의 목적사업 및 수익과 직접적으로 관련된 비용으로「법인세법」상 당연 손금에 해당하는 것이고 업무와 관련된 비용이므로「부가가치세법」상 대리납부대상이 아니다.

 (3) 쟁점조사비용은 OOO의 취득여부를 결정하기 위하여 예비타당성조사에 앞서 OOO과 용역계약을 체결하고 실시한 건설 타당성 조사비용으로 동 부두의 취득원가에 포함되지 아니하고「법인세법」상 손금에 해당한다.

 (4) 회 이송비용 및 쟁점부가가치세액은 토지의 취득이 아니라 영업활동상 발생하는 폐기물 처리를 위하여 용량확보에 사용한 비용으로 토지인 OOO의 매입에 따른 자본적 지출이 아니고, 다만 해당 예산을 청구법인의 자본예산으로 신청하다 보니, 회계처리 시에도 단순히 ‘토지의 취득원가를 증가시키는 자본적 지출’로 처리하였을 뿐이다.

  (가) 회 이송비용은 다음과 같이 추진하였다.

   1) 청구법인의 폐기물 처리시설 사용개시 신고수리내용을 보면, OOO 도지사는 2001년에 OOO 일원 1,980,230㎡에 폐기물처리시설 신고를 수리하면서 회매립고가 수면 하에 유지되도록 균일매립 등 허가조건을 부관으로 부가하였으며, 동 소재지는 환경영향평가서 상 사업부지(아래 <표9> 참조)이고 회처리장은 동 사업부지 상단(북쪽)에 있는 OOO일부 및 구 공유수면이며, OOO는 동 사업부지 하단(남쪽)에 있는 OOO(OOO, OOO)의 일부이다.

<표9> 환경영향평가서상 사업부지 등의 표시

   2) 청구법인은 2001년부터 OOO의 발전소에 인접한 회처리장에 석탄회 매립을 하였으나, 2011년 OOO 회처리장 잔여 매립용량 측량결과, 잔여매립용량이 대폭 감소되어 그에 대한 대책으로 제방증고, 석탄회 재활용 증대, 잔여 매립지(OOO)에 기존 매립회 이송을 추진하게 되었고 OOO는 이미 폐기물 처리시설의 일부로 허가받았으며, 균일매립 등 부관을 준수하는 차원에서 OOO에서 다소 멀리 떨어진 OOO로 불가피하게 폐기물이송을 하였던 것이다.

   3) 법원도 폐기물의 처리를 목적으로 건설된 제방은 토지의 취득과 관련없는 구축물로 인정하면서 동 제방의 경제적 가치가 폐기물 처리장 조성에 있는 것으로, 매립완료 후 조성되는 토지와는 무관하다고 판시하였다(대법원 2018.1.31. 판시 2017두66121 판결, 참조).

   4) 위와 같은 내용을 종합해 볼 때, 회 이송비용은 그 실질이 회처리장인 토지의 조성 등을 위하여 발생한 자본적 지출로 볼 수 없고 토지의 가치를 증가시키는 비용에도 해당하지 아니하는바, 쟁점부가가치세액은 청구법인의 폐기물처리에 따른 사업과 관련하여 단순 매립용량의 확보를 위하여 발생한 비용으로 부가가치세 매입세액 공제대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점설비는 토지에 정착되어 건설된 공작물이므로 국세청 예규(법인세과-582, 2010.6.25.)에 따라「법인세법 시행규칙」[별표 5]의 자산(구축물)으로 보아 감가상각비를 재계산하여야 한다.

  (가) 쟁점설비는 토지에 정착된 철구조물로 설치되어 있어 이동이 용이하지 않을 뿐더러 건물 외부에 건설된 태양광시설은 제외하였다.

  (나) 청구법인이 쟁점설비를 기계장치로 분류하여 정률법의 상각방법 및 16년의 내용연수를 적용하였으나, 청구법인의 발전설비현황표 상 태양광 발전시설의 수명이 25년으로 기재되어 있다.

  (다) 청구법인은 국세청 예규(법인세과-582, 2010.6.25.)가 명확한 사실관계에 근거하여 판단한 내용이 아니라고 주장하나, 동 예규는 청구법인과 동일 업종인 타사 발전소가 태양광 발전시설 중 토지 매입 후 지상에 설치한 태양광 발전설비의 감가상각 계산방법에 대한 질의․답변으로 쟁점설비와 사실관계가 일치한다.

 (2) 쟁점자문수수료는 청구법인이 아니라 OOO 현지법인이 지출하여야 할 비용으로 동 수수료를 손금불산입한 이 건 처분은 정당하다.

  (가) 청구법인이 설립한 OOO 현지법인이 쟁점주식을 취득하는 것과 관련하여 OOO으로부터 매도자인 OOO과의 협상 지원 및 조언, 구매가격 평가를 위한 자문, 기타 평가를 위한 자료확보 등의 용역을 제공받고 쟁점자문수수료를 지급한 것이다.

  (나) 청구법인은 목적사업의 하나인 해외시장진출 및 투자의사결정을 위하여 쟁점자문수수료를 지출한 것으로 청구법인의 비용에 해당한다고 주장하나, 청구법인에게 이와 대응하는 수익이 없는 점, 쟁점주식의 취득을 위한 용역을 제공받을 필요가 있는 주식인수의 직접적인 거래당사자가 OOO 현지법인 점, OOO 현지법인이 2007년에 이미 설립된바 해외현지법인을 설립하기 위한 시장조사의 비용이 아니한 점(서면2팀-96, 2007.1.12., 참조) 등을 볼 때, 청구주장은 받아들이기 어렵다.

  (다) 또한, 쟁점자문수수료는 OOO 등 국내사업장이 없는 외국법인으로부터 용역을 제공받고 그 대가로 지급한 것이고 청구법인의 업무와 관련없는 비용으로「부가가치세법」제39조 및 같은 법 제52조에 따라 ‘부가가치세 매입세액이 공제되지 아니하는 용역’에 해당되어 관련 부가가치세를 징수하고 대리납부할 의무가 있는 것이다.

 (3) 청구법인은 OOO의 건설 타당성조사에 따라 사업의 경제성이 있는 것으로 보고 동 부두의 사업을 집행하면서 이를 건설중인 자산으로 회계처리하였을 뿐, 실제는 쟁점조사비용이 예비타당성조사에 앞서 수행한 비용으로 손금에 해당한다고 주장하나, 고정자산의 취득과 관련하여 지출한 비용은 당해 자산의 자본적 지출로, 쟁점조사비용은 청구주장과 같이 OOO의 취득여부를 결정하기 위하여 사용된 비용이고 동 부두의 건설과 관련 현황조사, 기술검토, 건설계획, 경제성 분석 등의 용역을 수행한 대가이므로 자산의 취득과 관련하여 지출된 사전평가용역비에 해당하며, 건설 타당성조사를 거쳐 동 부두가 건설된바, 손금이 아니라 자산의 취득원가에 포함되어야 한다.

 (4) 청구법인은 회 이송비용 등에 폐기물의 매립용량을 확보하기 위한 목적만이 있었다고 주장하나, 폐기물의 매립으로 공유수면에 토지가 조성되므로 토지의 조성 목적이 없었다고 할 수 없고 청구법인이 토지의 자본적 지출이 아님에도 예산신청 및 집행을 위하여 회 이송비용 등을 토지의 취득원가로 단순 회계처리하였다는 주장에 신빙성이 없는바, 회 이송비용이 토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 관련 쟁점부가가치세액을 매입세액 불공제하는 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁점

  ① 쟁점설비를 기계장치가 아니라 구축물로 보아 과다하게 계상한 감가상각비를 손금불산입한 처분의 당부

  ② 쟁점자문수수료의 부담주체가 청구법인인지 아니면, OOO 현지법인인지 여부

  ③ 쟁점조사비용을 토지 관련 취득원가로 보아 손금불산입한 처분의 당부

  ④ 회 이송비용을 토지 관련 취득원가로 보아 관련 쟁점부가가치세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 이 건과 관련하여 청구법인에게 부가가치세, 법인세 및 농어촌특별세를 부과하거나 소득금액변동통지한 내용은 아래 <표10>과 같다.

<표10-1> 부가가치세 부과처분 내용

<표10-2> 법인세(농어촌특별세 포함) 부과처분 내용

<표10-3> 소득금액변동통지 내용

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

  (가) 처분청은 쟁점설비의 사진(아래 <표11> 참조)를 제시하면서 동 설비의 이동이 용이하지 아니하다는 의견이다.

<표11> 쟁점설비의 사진

  (나) 청구법인의 발전설비현황표를 보면, 각 산하 발전소의 태양광설비 수명이 25년이라고 기재되어 있는 반면, 청구법인은 쟁점설비를 기계장치로 보아 16년의 내용연수를 적용하여 감가상각비를 계산하였다.

  (다) 청구법인은 쟁점설비가 구축물이 아니라 사업용자산인 기계장치라고 주장하면서 태양광발전의 원리, 태양광발전 시스템 구성도 및 태양광 설비내역서(아래 <표12> 참조)를 제시하였다.

<표12> 태양광발전의 원리 및 시스템 구성도

 (6) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인이 2007.2.9. 재정경제부장관에게 신고한 해외직접투자신고(수리)서를 보면, 투자방법은 ‘증권취득’으로, 투자목적은 ‘해외중간지주회사’로, 투자비율은 OOO로, 현지법인명은 ‘OOO 현지법인’으로, 설립등기일은 ‘2007.2.1’.로 각 기재되어 있고,

  OOO 현지법인의 ‘OOO회사 사업계획서’을 보면, 사업개요는 ‘OOO OOO에 위치한 110MW

OOO% 이상 직접 소유한 자회사 현황을 보면, 자회사에 OOO OOO(OOO%)’이라고 기재되어 있다.

  (다) 청구법인이 OOO과 체결한 OOO 인수합병을 위한 금융자문 서비스계약의 주요내용은 아래 <표14>와 같다.

<표14> 금융자문 서비스계약의 주요내용

  (라) 청구법인은 2007.2.21. 설립한 OOO 현지법인을 통하여 OOO OOO의 쟁점주식을 인수하면서 아래 <표15>과 같이 쟁점자문수수료를 지급하였다.

<표15> 쟁점자문수수료 지급내역

 (마) 처분청은 쟁점주식의 실제 인수자가 OOO 현지법인이고 관련 쟁점자문수수료를 청구법인이 지출하여야 하는 비용으로 인정할 만한 근거가 없다는 의견이다.

 (바) 청구법인의 등기사항전부증명서상 목적사업에 전력자원의 개발 및 이와 관련한 연구기술개발, 해외사업․투자 또는 출연 등 부대사업이 등재되어 있고, 해외투자시 사업성의 판단은 OOO% 지분을 갖고 있는 청구법인의 주관 하에 이루어지고 주주의 의사결정에 따라 청구법인이 OOO 전력시장 진출 및 신성장동력의 창출을 위하여 OOO OOO의 자문(아래 <표16> 참조)을 거친 후 OOO 현지법인을 통해 쟁점주식을 취득(간접투자방식)한 것으로, 청구법인은 쟁점자문수수료가 업무와 관련한 비용이고「부가가치세법」상 대리납부의무가 없다고 주장한다.

<표16> 자문 용역의 범위

 (7) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인이 2012.7.30. OOO과 체결한 OOO 건설타당성 조사용역에 대한 도급계약서의 주요내용은 아래 <표17>과 같고, 2012.12.12. 타당성조사 및 정책연구과제비 명목으로 OOO원(부가가치세 포함)을 지급하였음이 청구법인의 용역 준공대금 지급 관련 문서 등을 통해 확인된다.

<표17> 용역 도급계약서의 주요내용

  (나) 청구법인은「법인세법」상 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 부대비용을 포함한 금액으로 부대비용에는 취득세, 등록면허세, 그밖의 부대비용을 가산한 금액이라고 정의하고 있고 쟁점조사비용이 구체적인 예비타당성조사에 앞서 현재 상황을 검토한 이후 OOO 건설을 위한 경제성 등을 조사하여 사업시행 여부 결정을 위한 기초자료를 확보하기 위한 목적에 사용되었으며,

  또한, 기업회계기준에서 자산인식의 요건을 충족하지 못하는 경우 발생기간의 비용으로 처리하도록 규정하고 있고 비용 발생시점에 투자 여부를 결정하지 아니한 경우 자산인식의 요건을 충족하지 못하는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점조사비용이 자산의 취득원가가 아니라 비용으로 손금에 해당하는 것이라고 주장한다.

  (다) 청구법인은 공기업의 경우 OOO원 이상의 신규사업에 대하여 예비타당성조사 후 예산을 집행하도록 규정되어 있는바, OOO의 예비타당성조사 실시에 앞서 위 (가)와 같이 건설타당성 조사를 실시한 것으로 쟁점조사비용은 OOO인 자산과 관련없는 영업활동상 비용에 해당한다고 주장한다.

  (라) 처분청은 쟁점조사비용이 현장조사․기술검토․건설계획․ 경제성 분석 등을 수행한 용역의 대가로 OOO의 예비타당성 조사와 같이 자산의 취득과 관련하여 사전에 지출한 평가용역비이고, 동 용역의 수행 결과 타당성이 있어 OOO를 건설하게 된바, 자산의 취득과 관련한 비용을 보아 손금이 아니라 자산의 취득원가에 포함하여야 한다는 의견이다.

 (8) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

  (가) 청구법인이 2011.9.6. OOO과 체결한 ‘OOO 기 매립회 OOO 이송공사’ 계약을 보면, 계약금액은 OOO원(부가가치세 별도), 착공일은 2011.9.8., 준공일은 2012.1.5.로 각 기재되어 있고, 첨부된 공사설명서상 목적은 ‘OOO 매립용량 확보를 위한 기 매립회를 OOO로 이송매립’으로, 공사개요는 ‘펌프준설 OOO, 펌프선 조립, 해제 및 운반, 배송관 접합 및 철거, 배송관 부함 접합 및 철거, 배송관 진수, 장비운반, 부설자재운반, 현황측량, 수심측량’ 등으로 기재되어 있다.

  (나) OOO는 OOO 외 48필지 잡종지 등 면적 128,901㎡이다.

  (다) 청구법인은 OOO까지 석탄회를 이송하여 매립하는 일련의 과정을 담은 전경사진을 제시하였다.

  (라) 청구법인은 OOO 소재 OOO을 설치하여 목적사업을 영위함에 있어 필수적으로 발생하는 회를 매립하고 있으며, OOO은 25년 이상 청구법인의 영업폐기물을 매립할 수 있는 용량을 보유하고 있고 매립이 완료되어 조성되는 토지는 기부채납하는 것으로 지방자치단체장과 협약되어 있으며, OOO의 회 이송비용을 토지 원가인 자본적 지출로 회계처리하였으나, 이는 예산신청을 위한 것일 뿐이며,

  회 이송비용은 OOO의 매립회를 OOO까지 이송하기 위하여 배송관 및 펌프 등을 매설하는데 소요된 비용으로 토지의 취득원가가 아니라 쟁점제방과 유사한 구축물이고, 관련 법령상 토지의 취득 및 형질변경 등 토지 관련 매입세액만을 부가가치세 매입세액 불공제대상으로 규정하고 있는바, 회 이송비용 관련 쟁점부가가치세액은 부가가치세 매입세액 공제대상에 해당한다고 주장한다.

  (마) 처분청은 청구법인이 회 이송비용을 장부상 OOO인 ‘토지의 자본적지출 전표’로 처리한바, 토지의 취득원가에 가산한 회 이송비용 관련 쟁점부가가치세액이 부가가치세 매입세액 불공제대상이라는 의견이다.

 (9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 쟁점설비가 토지에 정착되어 건설된 공작물로「법인세법 시행규칙」[별표5]의 구축물에 해당하는바, 그 감가상각비를 계상할 때 정액법에 의한 내용연수 20년을 적용하여야 한다는 의견이나,

  쟁점설비는 건설공사를 통해 완공된 구조물이 아니라 외주업체를 통해 제작된 설비를 지상에 고정된 지지구조물 위 등에 단순 설치․조립된 것인 점,「국세기본법」제20조 및「법인세법」제43조는 일반적으로 인정되는 기업회계기준을 적용한 경우 세법에서 달리 규정하고 있는 것을 제외하고는 그 기준을 따른다고 규정하고 있고 쟁점설비가 기업회계기준 및「건축법」상 규정하고 있는 건축물 또는 구축물의 정의에 부합하지 아니한 것으로 보이는 점, 구축물인지 또는 업종별 자산인지를 구분함에 있어 시설물의 구조․용도 및 기능과 시설물의 준거법령에 따라야 하되 생산설비의 일부에 해당하는 경우 구축물이 아니라 사업용 자산으로 보아야 하고(조심 2015부3917, 2016.4. 11., 같은 뜻임), 쟁점설비의 구성도 및 내역서 등을 볼 때 구축물보다는 사업용자산인 기계장치로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점설비를 구축물로 보고 감가상각비 합계 OOO원을 손금불산입한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점자문수수료가 동 법인의 목적사업 및 수익과 직접 관련있는 비용으로 손금산입 대상이라고 주장하나,

  청구법인에 쟁점자문수수료와 직접적으로 대응하는 수익이 없는 점, 쟁점주식 인수의 직접적인 거래당사자가 청구법인이 아니라 OOO 현지법인인 점, 쟁점자문수수료가 청구법인이 지출하여야 할 해외현지법인의 설립을 위한 시장조사 등 관련 비용에 해당하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점자문수수료를 청구법인의 사업과 직접 관련없는 비용으로 보아 손금불산입하고 OOO 현지법인에게 기타로 한 소득처분 및 징수하지 아니한 부가가치세 대리납부세액을 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점조사비용이 토지인 OOO의 취득원가로 손금불산입 대상이라는 의견이나,

  일반적으로 자산취득과 관련한 예산집행 과정에서 이루어지는 예비타당성조사와 달리, 쟁점조사비용은 그 이전에 사업의 경제성 등 기초자료를 확보하기 위하여 소요된 비용으로 토지인 OOO의 취득과 직접적으로 관련한 것으로 볼 수 없는 점에 비추어 처분청이 쟁점조사비용을 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 회 이송비용이 손금대상으로 관련 쟁점부가가치세액을 부가가치세 매입세액으로 공제하여야 한다고 주장하나,

  회 매립에 따른 공유수면에 토지가 조성되는 점, 청구법인이 회 이송비용을 장부상 토지의 취득원가로 계상한 점 등에 비추어 처분청이 동 이송비용을 회 처리장 조성에 필요한 자본적 지출인 토지의 취득원가로 보아 관련 쟁점부가가치세액을 매입세액 불공제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

 (1) 국세기본법

제20조(기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

 (2) 부가가치세법

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

 4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

제52조(대리납부) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 국내에서 용역 또는 권리(이하 이 조 및 제53조에서 “용역등”이라 한다)를 공급(국내에 반입하는 것으로서 제50조에 따라 관세와 함께 부가가치세를 신고ㆍ납부하여야 하는 재화의 수입에 해당하지 아니하는 경우를 포함한다. 이하 이 조 및 제53조에서 같다)받는 자(공급받은 그 용역등을 과세사업에 제공하는 경우는 제외하되, 제39조에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 용역등을 공급받는 경우는 포함한다)는 그 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여야 한다.

 1.「소득세법」제120조 또는「법인세법」제94조에 따른 국내사업장 (이하 이 조에서 “국내사업장”이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인

 2. 국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장과 관련없이 용역등을 공급하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우만 해당한다)

 (3) 부가가치세법 시행령

제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

 2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

 (4) 법인세법

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

 2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

 (5) 법인세법 시행령

제26조(상각범위액의 계산)① 법 제23조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 “상각범위액”이라 한다)을 말한다.

 1. 건축물과 무형고정자산 : 정액법

 2. 건축물외의 유형고정자산 : 정률법 또는 정액법

제28조(내용연수와 상각률) ① 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 다음 각호의 규정에 의한다.

 1. 기획재정부령이 정하는 시험연구용 자산과 제24조 제1항 제2호 가목 내지 라목의 규정에 의한 무형고정자산 기획재정부령이 정하는 내용연수와 그에 따른 기획재정부령이 정하는 상각방법별 상각률(이하 “상각률”이라 한다)

 (6) 법인세법 시행규칙

제15조(내용연수와 상각률)① 영 제28조 제1항 제1호의 규정에서 “기획재정부령이 정하는 시험연구용자산”이라 함은 별표 2에 규정된 자산을 말한다.

② 영 제28조 제1항 제1호에서 “기획재정부령이 정하는 내용연수”라 함은 별표 2 및 별표 3에 규정된 내용연수를 말하고, 동호에서 “기획재정부령이 정하는 상각방법별 상각률”이라 함은 별표 4에 규정된 상각률을 말한다.

③ 영 제28조 제1항 제2호에서 “기획재정부령이 정하는 기준내용연수” 및 “기획재정부령이 정하는 내용연수범위”라 함은 각각 [별표 5] 및 [별표 6]에 규정된 기준내용연수 및 내용연수범위를 말한다.

[별표 5] 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표(제15조 제3항 관련)

1. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물이 기준내용연수 및 내용연수범위가 서로 다른 2 이상의 복합구조로 구성되어 있는 경우에는 주된 구조에 의한 기준내용연수 및 내용연수범위를 적용한다.

2. 부속설비에는 당해 건물과 관련된 전기설비, 급배수․위생설비, 가스설비, 냉방․통풍 및 보일러설비, 승강기설비 등 모든 부속설비를 포함하고, 구축물에는 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로, 교량, 도크, 방벽, 철탑, 터널 기타 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다. 다만, 부속설비를 건축물과 구분하여 업종별 자산으로 회계처리하는 경우에는 [별표 6]을 적용할 수 있다.

3. 건물 중 변전소, 발전소, 공장, 창고, 정거장․정류장․차고용 건물, 폐수 및 폐기물처리용 건물, 유통산업발전법 시행령에 의한 대형점용 건물(당해 건물의 지상층에 주차장이 있는 경우에 한한다), (중략) 축사, 구축물 중 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로와 폐수 및 폐기물처리용 구축물과 기타 진동이 심하거나 부식성 물질에 심하게 노출된 것은 기준내용연수를 각각 10년, 20년으로 하고, 내용연수범위를 각각(8～12년), (15～25년)으로 하여 신고내용연수를 선택적용할 수 있다.

[별표 6] 업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표

 ※ 이 표는 별표 3이나 별표 5의 적용을 받는 자산을 제외한 모든 감가상각 자산에 대하여 적용한다.

제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 “법인의 업무”란 다음 각 호의 업무를 말한다.

 1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

 2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가·허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무