OOO세무서장이 2017.7.6. 청구법인에게 한 2015사업연도 원천징수분 근로소득세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 전대표이사 OOO에게 2003.12.31. 지급한 퇴직금 OOO원 및 2005.12.31. 지급한 퇴직금 OOO원이 OOO에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 지급된 것인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1995.1.2. 설립된 화학물질 및 화학제품 도매업체로, 전대표이사인 OOO에 대하여 2003.12.31. 근무기간을 1999.1.5.～2003.12.31.로 하여 퇴직금 OOO원 및 2005.12.31. 근무기간을 2005.1.1.～2005.12.31.로 하여 퇴직금 OOO원 합계 OOO원(이하 “종전퇴직금”이라 한다)을 각각 중간정산하여 지급하였음에도 2015.6.30. 근무기간을 1999.1.5.～2015.6.30.로 하여 퇴직금 OOO원(이하 “쟁점퇴직금”이라 한다)을 재차 중간정산하여 퇴직소득세 등을 제외한 OOO원을 OOO의 가지급금과 상계처리하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.10.26.부터 2017.11.14.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 OOO에 대한 퇴직금 중간정산을 2003년 및 2005년 2회 실시하였음에도 근무기간을 법인설립일로 소급하여 쟁점퇴직금을 지급한 사실을 확인하여 청구법인에게 해명안내문을 발송하였다.

다. 청구법인은 쟁점퇴직금 중간정산시 근무기간을 2006.1.1.～2015.6.30.로 하여 임원퇴직금지급규정에 따라 산정한 퇴직금 OOO원을 초과하여 지급한 OOO원을 대표이사에 대한 상여로 소득처분을 하는 한편, 2012.1.1. 이후 근무기간에 대하여 지급한 퇴직소득에 대하여는 「소득세법」 제22조에 따라 산정한 퇴직소득금액을 초과하는 OOO원을 대표이사의 근로소득으로 보아 근로소득세를 산정한 계산표와 수정분 퇴직소득 및 근로소득 지급명세서를 소명자료로 제출하였고, 이후 2018.1.16. 이 건 상여처분액을 손금불산입하여 2015사업연도 법인세 수정신고서를 제출하였으나, 위 상여처분액 및 근로소득에 대한 원천징수분 근로소득세에 대하여는 기한 내 신고하지 아니하였다.

라. 처분청은 이에 따라 2017.7.6. 청구법인에게 2015사업연도 원천징수분 근로소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO는 청구법인의 전대표이사로서 1999.1.5.부터 2016.1.25.까지 업무의 단절 없이 연임하였으므로 2003년 및 2005년에 퇴직금을 지급할 사유가 없었다. 처분청은 청구법인이 2003년 및 2005년 중간정산한 종전퇴직금을 ‘현실적 퇴직’으로 인하여 지급한 것으로 보았으나, 임원(대표이사)의 연임은 ‘비현실적 퇴직’ 사유에 해당하므로 당초 지급한 퇴직금을 ‘업무무관 가지급금’으로 봄이 타당하다. 즉, 현실적인 퇴직이 아님을 처분사유로 하는 경우 법인세 부과처분 역시 당해 퇴직금을 업무무관 가지급금으로 보아 관련 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여야 한다.

 OOO는 청구법인 설립일부터 2016.1.25.까지 청구법인을 지배·운영하였고, 중요문서에 결재를 하는 등 현실적으로 퇴직하지 아니한 것으로 확인되므로 종전퇴직금을 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원에 대하여 지급한 것으로 보아야 한다. 「법인세법 시행령」 제44조 제1항은 ‘법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다’고 규정하고 있다. OOO는 청구법인의 중요한 의사결정 및 내부 문서 등에 최종 결재자로서 서명하였을 뿐 아니라 매사업연도마다 전년도보다 인상된 연봉을 지급받았으므로 현실적으로 퇴직한 것으로 볼 수 없다.

 한편, 처분청은 청구법인이 종전퇴직금에 대하여 중간정산을 하였으므로 연봉제로 전환한 것으로 보고 있으나, 「법인세법 시행령」 제44조 제2항에서 연봉제로 전환하는 경우를 현실적 퇴직으로 본다고 규정하고 있다 하여도 단순히 청구법인이 중간정산을 하였다는 사실만으로 연봉제로 전환한 것으로 볼 수는 없다.

 (2) 청구법인이 2005년 퇴직소득세 신고시 OOO의 근무기간을 2005.1.1.부터 2005.12.31.까지로 하여 신고한 것은 잘못된 것이다. 2003년 퇴직소득세 신고시 2003.12.31.까지의 기간에 대하여 퇴직금을 정산하였으므로 2005년 퇴직소득세 신고시 기산일은 2004.1.1.이어야 함에도 2005.1.1.로 하는 오류를 범하였다. 또한, 2003년과 2005년에 지급한 종전퇴직금은 각각 OOO원과 OOO원으로 정상적인 퇴직금으로 볼 수 없다. OOO는 청구법인의 전대표이사로서 일반 임직원에 비하여 높은 수준의 급여를 지급받았는데, 2003년과 2005년에 신고된 평균급여는 각 OOO원과 OOO원에 불과하고 이는 상식적으로 납득되지 않는 부분이다.

 (3) 청구법인은 2015년 이OOO에게 실질적으로 퇴직금을 지급한 사실이 없다. 청구법인은 OOO의 과도한 투자로 인하여 경영악화에 이르렀고, 추가적인 투자유치 및 채권단으로부터 기업회생에 대한 승인을 받기 위하여 OOO에 대한 과다한 가지급금을 정리할 필요가 있었으며, 그에 따라 가지급금과 대표이사의 퇴직금을 상계처리하였다. 통상적으로 임원에 대한 퇴직금을 규제하는 이유는 근로 등의 대가로서 퇴직급여를 지급하려는 것이 아니라 퇴직급여의 형식을 빌려 특정 임원에게 법인의 자금을 분여하기 위한 방편으로 사용되기 때문일 것이나(대법원 2016.2.18. 선고 2015두50153 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점퇴직금을 OOO에게 실제 지급한 사실이 없고, 동 퇴직금은 기업회생 및 투자유치를 위한 불가피한 상황에서 이루진 것이므로 통상적인 퇴직금에 대한 규제와는 달리 보아야 한다. 청구법인은 기업회생을 위하여 신규투자자를 모집하고 자금을 유치하기 위하여 쟁점퇴직금과 가지급금을 상계하기로 약정하고 퇴직금을 정산하기로 한 것이지 다른 의도가 있었던 것은 결코 아니다.

 (4) 퇴직금 과다지급액을 상여로 소득처분을 하도록 한 취지는 그 실질이 단기간의 급여임에도 퇴직금이라는 편법을 통한 조세회피를 방지하고, 통상 용인되는 퇴직금을 상회하여 과다한 금액을 지급하는 것을 방지하기 위함으로 보인다. 쟁점퇴직금은 2003년 및 2005년에 지급한 종전퇴직금을 정상적인 것으로 인정한다 하더라도 16년이라는 근속연수에 비하여 OOO원에도 미치지 아니하는 쟁점퇴직금은 타법인의 임원퇴직금에 비하여 그 금액이 너무 적어서 이는 통상 용인되는 퇴직금의 범위 이내일 것이다. 또한, 현재 OOO는 퇴직 이후 보유하던 청구법인 발행주식 전부를 제3자에게 매각한 상태라서 청구법인과는 무관한 관계가 되었음에도 청구법인의 전대표이사였다는 사유만으로 지분을 인수하여 대규모 차입과 자산처분 등을 통하여 어렵게 회생하고 있는 청구법인에게 원천징수의무를 부과하여 이 건 처분을 한 것은 너무나 가혹하다 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 「법인세법 시행령」 제44조 제2항 제4호의 임원퇴직금 중간정산은 1999.1.1.부터 2015.12.31.까지 계속하여 적용되던 규정으로 청구법인은 2015년까지 OOO의 퇴직금을 중간정산할 수 없다고 주장하나, 이는 사실과 다르고 오히려 청구주장대로라면 OOO가 2016.1.25.까지 계속하여 대표이사직을 수행하였으므로 2015년 퇴직금 중간정산도 잘못이라는 결과가 된다. 2003년 및 2005년 당시 대표이사인 OOO를 포함한 전직원이 퇴직금 중간정산을 하였고, 청구법인이 그 당시 임원퇴직금의 지급률을 모르는 상태에서 2011년 시행된 임원퇴직금지급규정상 지급률을 적용하여 OOO의 급여수준이 낮다고 주장하는 것은 앞뒤가 맞지 아니하며, 2003년 및 2005년의 중간정산이 회계상의 오류라고 주장한다면 이는 청구법인이 입증하여야 한다.

 (2) 또한, 청구법인은 당초 지급한 종전퇴직금을 업무무관 가지급금으로 보아야 한다고 주장하나, 이는 현실적인 퇴직의 요건을 위배함으로써 당초 중간정산하여 지급한 종전퇴직금을 업무무관 가지급금으로 본다는 세법상의 제재조치일 뿐 통상적으로 지급되는 퇴직금을 초과(당초 중간정산 퇴직금의 근무기간을 중복적용하여 증가된 퇴직금)하여 지급한 금액에 대하여 상여로 소득처분하여 손금불산입하는 것과는 별개의 사안이다. 즉, 퇴직금 중간정산을 한 이후 근무기간을 소급하여 재차 퇴직금을 지급할 수 있다고 가정한다면 중간정산을 사유로 퇴직금을 수령한 후 상당기간이 경과한 시점에 퇴직(중간정산 포함)하면서 근무기간을 소급하여 고액의 퇴직금을 중복지급하고, 제척기간 이내 사업연도만 당초 중간정산 퇴직금에 대하여 세무조정을 하여 수정신고를 하면 되는 등 불합리성이 발생하고, 급여 상승으로 인한 평균임금 증가와 사규 개정으로 인한 지급률 증가 등으로 추후 지급될 퇴직금 산정 단가가 상승하여 당초 중간정산한 퇴직금이 변동되므로 기존퇴직금은 미확정 상태로 존재하게 될 뿐 아니라 법인에 지배력을 행사하는 지배주주의 경우 언제든지 호봉제 전환, 관련 사규 개정 등을 이용하여 이미 지급한 중간정산 퇴직금의 효력을 상실하게 할 수 있다는 문제점이 있다.

 (3) 위와 같은 문제점을 방지하고자 「법인세법 시행령」 제44조 제2항 제3호 및 제5호, 「근로자퇴직급여보장법」 제8조 제2항과 같이 향후 퇴직금을 재지급할 사유가 있는 경우에는 중간정산 시점부터 새로 근무연수를 기산하도록 명시하고 있다. 따라서 청구법인의 경우 2003년 및 2005년에 전임직원이 퇴직금 중간정산을 하였으므로 OOO도 연봉제로 전환한 것으로 보아야 하고, 2006년 이후 연봉제 이전의 방식으로 재전환한 것으로 보이므로 재전환된 시점부터 근무기간을 산정하여야 하며, 청구법인도 그 내용을 인정하였기에 퇴직소득 및 근로소득 지급명세서 수정신고서를 제출하고 법인세도 수정신고한 것으로 볼 수 있다.

 (4) 또한, 청구법인은 이 건 근로소득세를 OOO에게 과세하여야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」 제192조 제1항 단서에 의한 소득 귀속자인 OOO에게 직접 부과할 수 있는 사유에 해당하지 아니하고, 청구법인 스스로 과다지급한 퇴직금을 상여로 소득처분하고 손금불산입하여 2015사업연도 법인세 수정신고서를 제출하였으며, 중간정산된 퇴직금은 이미 OOO에게 지급되었으므로 지급시점에 과다지급액에 대한 상여처분은 정당하고, 설령 과다지급한 퇴직금을 OOO로부터 회수한다 하더라도 회수한 사업연도의 이월익금으로서 익금불산입으로 세무조정을 하여야 할 사항이다.

 (5) 청구법인은 이 건 과다지급액을 특별공로금으로 인정할 수 있다고도 주장하나, 청구법인은 임원퇴직금지급규정 제8조에서 “임원의 공로의 정도에 따라 이사회의 의결을 얻어 퇴직금과는 별도로 특별공로금 및 퇴직위로금을 지급할 수 있다.”고 규정하고 있음에도 이사회의 의결과 관련한 증빙 또는 공로의 정도를 평가한 어떠한 자료도 제출한 사실이 없다. 또한, OOO가 청구법인을 창업하고 매출액을 성장시켰다고 하더라도 청구법인이 퇴직금 중간정산 전부터 이익이 악화되고 2015년부터 매출액 급감 및 손실이 누적된 점을 감안하면 청구법인은 OOO에게 특별공로금을 지급할 여력이 없고 공로를 인정할 여지도 없어 보인다. 따라서 청구법인은 동 법인을 사실상 지배하는 과점주주(2015년 지분율 99.58%)였던 OOO에게 임원퇴직금지급규정에 따라 퇴직금 산정시 근무기간을 당초 중간정산일이 아닌 법인설립일로 소급하여 함으로써 퇴직금을 과다하게 지급하였으므로 과다지급된 퇴직금을 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 금액과 퇴직소득 한도초과금액을 합산하여 청구법인에게 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점퇴직금의 근무기간을 종전 중간정산일 이후부터 기산하는 것으로 하여 퇴직급여한도액을 산정하여 그 초과액 등을 손금불산입하고 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 근로소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 법인세법

  제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

  제26조[과다경비 등의 손금불산입] 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

2. 복리후생비

3. 여비(旅費) 및 교육·훈련비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

 (2) 법인세법 시행령

  제44조[퇴직급여의 손금불산입] ① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(괄호 생략)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

② 현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.

3. 「근로자퇴직급여 보장법」제8조 제2항에 따라 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)

4. 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때

5. 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 장기 요양 등 기획재정부령으로 정하는 사유로 그 때까지의 퇴직급여를 중간정산하여 임원에게 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)

  제53조[업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입] ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

 (3) 소득세법

  제22조[퇴직소득] ③ 퇴직소득금액은 제1항 각 호에 따른 소득의 금액의 합계액으로 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 임원의 퇴직소득금액(괄호 생략)이 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과하는 금액은 근로소득으로 본다.

  제128조[원천징수세액의 납부] ① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

  제131조[이자소득 또는 배당소득 원천징수시기에 대한 특례] ② 「법인세법」 제67조에 따라 처분되는 배당에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.

1. 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우 : 대통령령으로 정하는 소득금액변동통지서를 받은 날

2. 법인세 과세표준을 신고하는 경우 : 그 신고일 또는 수정신고일

  제135조[근로소득 원천징수시기에 대한 특례] ④ 「법인세법」 제67조에 따라 처분되는 상여에 대한 소득세의 원천징수시기에 관하여는 제131조 제2항을 준용한다.

 (4) 소득세법 시행령

  제192조[소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지] ①「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(괄호 생략)되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(소득금액 변동내용은 포함하지 아니한다)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다.

 (5) 법인세법 시행규칙

  제22조[현실적인 퇴직의 범위 등] ② 영 제44조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직급여는 당해 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직할 때까지 이를 영 제53조 제1항의 규정에 해당하는 것으로 본다.

③ 영 제44조 제2항 제5호에서 "정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 장기요양 등 기획재정부령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 중간정산일 현재 1년 이상 주택을 소유하지 아니한 세대의 세대주인 임원이 주택을 구입하려는 경우(중간정산일부터 3개월 내에 해당 주택을 취득하는 경우만 해당한다)

2. 임원(임원의 배우자 및 「소득세법」 제50조 제1항 제3호에 따른 생계를 같이 하는 부양가족을 포함한다)이 3개월 이상의 질병 치료 또는 요양을 필요로 하는 경우

3. 천재ㆍ지변, 그 밖에 이에 준하는 재해를 입은 경우

⑤ 영 제44조 제4항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수"란 역년에 의하여 계산한 근속연수를 말한다. 이 경우 1년 미만의 기간은 월수로 계산하되, 1개월 미만의 기간은 이를 산입하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 조사청은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 OOO에 대한 퇴직금 중간정산을 2003년 및 2005년 2회 실시하였음에도 근무기간을 종전 중간정산일 이후가 아닌 법인설립일로 소급하여 적용함으로써 퇴직금을 과다지급한 것으로 보아 청구법인에게 해명안내문을 발송하였고, 청구법인은 이에 따라 쟁점퇴직금 중간정산시 근무기간의 기산일을 종전 중간정산일 이후로 하여 임원퇴직금지급규정에 따라 산정한 퇴직금 OOO원을 초과하여 지급한 OOO원을 대표이사에 대한 상여로 소득처분을 하는 한편, 「소득세법」 제22조에 따라 산정한 퇴직소득금액을 초과하는 OOO원을 대표이사의 근로소득으로 보아 소명자료를 제출한 이후 2018.1.16. 이 건 상여처분액은 손금불산입하여 2015사업연도 법인세 수정신고서를 제출하였으나, 원천징수분 근로소득세에 대하여는 기한 내 신고하지 아니함에 따라 처분청이 아래 <표1>과 같이 이 건 처분을 한 것으로 나타난다.

 (2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 국세청의 대내포털시스템에 의하면, 청구법인이 OOO에 대한 퇴직소득 지급명세서를 신고한 내역을 요약하면 아래 <표2>와 같다.

(나) 청구법인이 이 건 소명시 조사청에 제출한 수정분 퇴직소득 지급명세서 및 근로소득 지급명세서를 요약하면 아래 <표3>․<표4>와 같고, 청구법인은 2018.1.16. 쟁점퇴직금 한도초과액 OOO원을 상여로 소득처분하고 손금불산입하여 2015사업연도 법인세 과세표준에 대하여 수정신고를 하였으나, 결손법인이라 납부할 세액은 없는 것으로 확인된다.

  (라) 청구법인이 제시한 대체전표(2015.10.31.)에 의하면, 청구법인은 쟁점퇴직금 중간정산시 아래 <표5>와 같이 쟁점퇴직금을 대표이사 가지급금으로 반제한 것으로 회계처리를 하였다.

 (3) 청구법인은 종전퇴직금은 OOO의 현실적인 퇴직을 사유로 지급된 것이 아닌 회계상 오류에 해당하므로 이를 업무무관 가지급금으로 처리하여야 하고, OOO는 퇴직 이후 보유하던 청구법인 발행주식 전부를 제3자에게 매각한 상태라서 청구법인과는 무관한 관계가 되었음에도 전대표이사였다는 사유만으로 청구법인에게 이 건 원천징수세액을 부담시키는 것은 부당하다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

  (가) 이 건 처분을 사유로 청구법인과 OOO가 수수한 내용증명문서의 주요 내용은 다음과 같다.

(나) 청구법인은 쟁점퇴직금 중간정산 전후의 주주구성은 아래 <표6>과 같아서 청구법인과 OOO 간에는 특수관계가 성립하지 아니하므로 OOO에게 직접 이 건 근로소득세를 부과함이 타당하다는 주장이다.

(4) 한편, 처분청은 청구법인이 이 건 중간정산시 당해 법인을 사실상 지배하던 과점주주인 OOO에게 임원퇴직금지급규정에 따라 퇴직금 산정시 근무기간의 기산일을 종전 중간정산일 다음날이 아닌 법인설립일로 소급하여 적용함으로써 퇴직금을 과다하게 지급하였고, 이에 대하여 청구법인 스스로 과다지급된 퇴직금을 OOO에 대한 상여로 소득처분하고 손금불산입하여 2015사업연도 법인세를 수정신고하였으므로 과다지금된 퇴직금 및 근로소득에 대하여 청구법인에게 원천징수의무를 부과함이 타당하다는 의견을 제시하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO에게 2003년 및 2005년 중간정산을 통하여 종전퇴직금을 지급하였음에도 쟁점퇴직금 중간정산시 근무기간의 기산일을 종전 중간정산일의 다음날이 아닌 법인설립일로 소급하여 적용함으로써 퇴직금을 과다하게 지급하였다고 보아 이 건 처분을 하였으나,

「법인세법 시행령」 제44조 제1항 및 제2항 제4호에서 법인이 임원에게 지급하는 퇴직급여는 임원이 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입하고, 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때를 현실적인 퇴직으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제53조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제22조 제2항에서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원에게 지급한 퇴직급여는 당해 임원이 현실적으로 퇴직할 때까지 이를 업무무관자산에 대한 가지급금으로 본다고 규정하고 있는바,

 청구법인의 경우 임원퇴직금지급규정이 2011.12.15.부터 최초 시행되었다고 주장하고 있어서 종전퇴직금을 사전에 정해진 지급규정에서 정하는 사유로 중간정산을 하였다고 보기는 어렵고, OOO가 종전퇴직금 정산 이후에도 정산 전 업무를 계속하며 실질적인 임원으로 연임하며 근무한 사실이 확인되므로 실제로 퇴직하지 아니하였으므로 OOO에 대한 급여를 연봉제로 전환한 경우가 아니라면 종전퇴직금은 청구법인이 업무와 관련이 없는 자금을 OOO에게 대여한 것으로 볼 수밖에 없으며, 종전퇴직금이 업무무관가지급금에 해당한다면 쟁점퇴직금 중간정산시 근무기간의 기산일은 법인설립일로 봄이 타당한 점,

 처분청은 단순히 2003년 및 2005년 청구법인의 전임직원이 퇴직금 중간정산을 하였으므로 OOO도 연봉제로 전환하였음을 전제로 이 건 처분을 하였으나, 연봉제 전환은 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 지급하는 것인데, 청구법인은 2015년에 이르러 재차 퇴직금을 지급하여 실제로 연봉제로 전환하지 아니하였을 가능성을 배제하기 어렵고, 종전퇴직금 지급시 신고된 OOO의 평균급여는 2003년 OOO원 및 2005년 OOO원으로 법인의 대표이사가 통상적으로 지급받는 급여 수준에 미치지 못하여 종전퇴직금은 정상적인 퇴직금이라기보다는 회계상 오류에 불과하다는 청구주장이 오히려 신빙성이 있는 점 등에 비추어 청구법인이 실제로 연봉제 전환을 사유로 OOO에게 종전퇴직금을 지급하였는지 여부가 불분명하여 이에 대한 재조사가 필요하다 할 것이다.

 따라서 처분청은 청구법인이 OOO에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 종전퇴직금을 중간정산한 것인지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.