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심판청구재조사
쟁점토지가「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정 적용대상인 여부 등
조심-2017-중-4607생산일자 2017.12.28.
AI 요약
요지
청구인은 오랫동안 사업체를 운영해오던 자로 자기노동력의 2분의 1을 쟁점토지 자경에 투입했다고 보기 어려워 자경여부는 인정하기 어려우나, 청구인이 주장하는 쟁점토지의 취득가액이 설득력 있게 보이는 점 등에 비추어 취득가액 및 양도가액을 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함
질의내용

OOO세무서장이 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 전 817㎡ 및 OOO 전 1,319㎡의 취득가액과 관련하여 청구인이 제출한 부동산매매계약서가 실지 매매계약서인지 여부등과 위 토지의 수용에 따라 지급받은 보상가액에 포함된 지장물 손실보상금 등을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.1.21. OOO 전 817㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다), OOO 전 1,319㎡(이하“쟁점토지②”라하고, 쟁점토지①과 쟁점토지②를 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 2016.4.26. 및 2016.7.6. 토지수용을 원인으로 하여 OOO 주식회사에 양도하고「조세특례제한법」제69조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 각각 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 자경농지에 대한 양도소득세 감면신고에 대하여 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점토지를 자경한 사실이 불분명하여「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니하였다고 보아 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

 다. 청구인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

 (1) (주위적 청구) 청구인은 청구인의 배우자와 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작(땅콩, 고구마, 고추, 오이, 옥수수, 상추 등 밭작물)하였음에도 자경농지에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제한 처분은 부당하다.

 (2) (예비적 청구) 설령, 쟁점토지에 대하여 양도소득세 감면이 적용되지 않는다 하더라도 취득가액의 경우에 취득 당시 취득세를 절감할 목적으로 개별공시지가에 근접한 금액인 OOO원을 취득가액으로 하여 검인계약서에 기재하였으나 실제 취득가액은 OOO원이므로 이를 적용하고, 쟁점토지 중 OOO의 양도가액에 지장물가액 OOO원이 포함되어 있으므로 이를 양도가액에서 제외하여 양도가액을 산정하여야 한다.

나.처분청 의견

 (1) (주위적 청구) 청구인은 OOO라는 상호로 제조업을 영위하는 사업자로서 사업이력과 소득현황으로 보아 제조업을 주업종으로 하는 OOO 대표자로서 22년 동안 사업을 운영하면서「조세특례제한법 시행령」제66조 제13항에서 규정하고 있는 농작업의 1/2 이상 자기의 노동력에 의하여 자경하였다고 볼 수 없다.

 (2) (예비적 청구) 청구인은 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고시 매매대금이 OOO원으로 기재된 부동산매매계약서를 제출하였고, 실제 취득금액에 대한 매매계약서가 존재한다고 조사 당시 언급한 적이 없으므로 제출한 계약서상의 거래금액인 OOO원이 실지 취득가액인지 확인이 필요하고, 과수의 가액을 별도로 평가하여 토지의 양도가액과 구분하여 보상받은 경우 과수가액은 토지의 양도가액에 포함되지 아니하므로 양도가액에서 공제하는 것이 타당한바, OO청장으로부터 쟁점토지의 수용에 따른 보상가액에 대한 회신결과에 의하면 지장물 손실보상결정액은 OOO원으로 확인되고, 재결증액분 OOO원이 지장물 재결증액분으로 유선상으로 확인되어 OOO원이 양도가액에서 감액결정됨이 타당한 것으로보인다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

 ① (주위적 청구) 쟁점토지가「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정 적용대상인 여부

 ② (예비적 청구) 쟁점토지의 취득가액 및 양도가액의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다.사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

  (가) 청구인은 쟁점토지를 양도하고「조세특례제한법」제69조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세 신고를 아래 <표1>과 같이 하였다.

  (나) 처분청은 청구인에 대한 2016년 귀속 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 것으로 볼 수 없다고 판단하여 자경농지에 대한 감면신청을 부인하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

  (다) 양도소득세 조사종결보고서에 의하면, 청구인은 ‘OOO라는 상호로 1994.10.1.~2016.1.31. 기간 동안 사업을 영위하면서 매출이 발생하고 있고, 사업장 소재지로부터 농지 소재지까지 직선거리로 12.51㎞로서 상습정체구간을 지나는 점을 감안하면 상당한 시간이 소요되는 거리이며, 원재료를 받아 가공처리하여 주는 형태로 사업을 영위하고 있으므로 납기 등을 고려하면 농지를 방문하여 농사일을 하였다고 보기는 어려운 것으로 기재되어 있다.

 (라) 청구인의 주소지 변동 내역은 아래 <표2>와 같다.

 (마) 청구인의 소득금액증명원에 기재된 소득내역은 아래 <표3>과 같다.

 (바) 청구인은 쟁점토지에서 자두, 매실, 사과, 포도나무, 옻나무 등을 경작하면서 모든 씨앗과 묘목을 인터넷에서 구입 후 계좌이체로 대금 지급하였고, 땅고르기 비용과 비닐하우스 설치, 비료구입, 관정비용 등 농작물을 자경하는데 관련된 일체의 비용은 계좌이체 또는 현금으로 지급하였으나 거래내역 확인은 불가하며, 또한 재배한 경작물은 수확 후 판매하지 않고 자가소비하였으나 재배일지와 농지 조합원 출자내역은 없다고 소명한 것으로 문답서에 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 증빙은 다음과 같다.

 (가) 청구인은 2007.7.10. 최초 작성된 농지원부에 의하면 청구인은 농업인으로 기재되어 있고, 주소지는 OOO로 되어있으며, 소유농지 현황은 아래 <표4>와 같다.

  (나) 청구인은 쟁점토지의 경작사실을 확인하는 OOO의 인우보증서(확인자 통장 이성길) 및 쟁점토지의 항공사진 20매(2004~2014년 기간 동안)를 제출하였다.

  (다) 청구인이 쟁점토지의 취득당시 실지 부동산매매계약서라고 주장하며 제출한 계약서에는 ‘매매대금 OOO원(2004.1.6. 계약금 OOO원, 2004.1.30. 중도금 OOO원)이며, 특약사항으로 소유권 이외의 은행융자 및 모든 권리는 매도인이 잔금지급일 전에 말소 조치하고, 본 계약은 관할구청의 토지거래 허가를 득함으로써 법적인 효력이 발생한다’고 기재되어 있다.

  (라) 쟁점토지의 취득 당시(2004.1.21.) 개별공시지가는 OOO원, 쟁점토지② ㎡당 OOO원)으로 나타나고, 국토교통부 실거래가 공개시스템에 나타나는 쟁점토지의 소재지인 OOO의 2006년도의 개발제한구역내의 답은 ㎡당 OOO원(2006년 6월), 생산녹지지역의 답은 ㎡당 OOO원(2006년 1분기)인 것으로 나타난다.

  (마) OO청장이 발행한 쟁점토지 손실보상금 결정내역서, 영농손실보상금 청구서(청구인 작성) 사본을 각 1부 제출하였다.

  (바) 쟁점토지의 수용에 따른 보상가액 및 보상명세서에 의하면, 쟁점토지①의 손실보상금은 OOO원, 쟁점토지②의 손실보상금은 OOO원, 지장물(비닐하우스, 매실나무 등)의 손실보상금은 OOO원으로 결정되었으며, 이후에 재결증액분으로 OOO원이 추가된 것으로 나타난다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 제조업을 영위하는 자로 사업이력 및 매출규모, 종업원 현황 등의 사업운영 형태로 보아 농작업의 1/2 이상 자기 노동력을 투여하여 쟁점토지를 자경하였다고 보기 어려운 점, 쟁점토지의 농작물 재배 및 자경과 관련하여 객관적인 증빙제시지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 자경하였다는 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 (4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 먼저 취득가액은 청구인이 제출한 쟁점토지의 부동산매매계약서상 취득가액이 ㎡당 OOO원이고, 국토교통부 실거래가 공개시스템에 나타나는 쟁점토지 소재지인 OOO의 2006년도의 개발제한구역내 전의 ㎡당 가액이 OOO원(2006년 6월)으로 나타나는 점, 2004년도 당시에는 양도차익의 산정이 기준시가 과세 원칙이었던 점 등에 비추어 쟁점토지의 취득가액이 OOO원이라는 청구주장은 신빙성이 있어 보이므로 청구인이 제출한 부동산매매계약서가 실지 매매계약서인지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

  다음으로 양도가액 또한 쟁점토지의 수용에 따른 보상가액 및 보상명세서에 지장물의 손실보상금으로 OOO원이 기재되어 있고, 이후에 재결증액분 OOO원이 추가된 것으로 나타나는바 위 토지의 수용에 따라 지급받는 보상가액에 포함된 지장물 손실보상금 등을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 소득세법

  제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

  제96조(양도가액) ① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

  제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

(2) 조세특례제한법

 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역・상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

 (3) 조세특례제한법 시행령

  제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의「소득세법」제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

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