1. 처분개요

가. 청구인은 2016.4.19. 대전광역시 OOO 답 2,261㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고, 「조세특례제한법」제69조에 따라 양도소득세 감면대상인 8년 이상 자경농지로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점토지에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점토지를 보유하는 기간 동안 대리경작한 사실을 확인하고 ‘8년 이상 자경농지에 대한 감면요건’을 충족하지 못한 것으로 보아 2017.12.6. 양도소득세 OOO원을 과세(이하 “1차과세”라 한다)하였다.

다. 처분청은 OOO장의 감사지적에 따라 쟁점토지가 비사업용토지에 해당됨에도 1차과세 시 「소득세법」제104조 제1항 제8호에 따른 비사업용토지에 대한 세율을 적용하지 아니한 사실을 확인한 후, 2018.2.20. 청구인에게 「소득세법」제104조 제1항 제8호에 따른 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2018.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 1998.5.27. 쟁점토지를 취득하여 2016.4.19. 양도하면서 8년 이상 자경농지로 하여 양도소득세를 감면받았으나, 처분청이 쟁점토지 양도는 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 양도소득세를 1차과세하였고, 이후 중부방국세청장의 감사지적을 받고 쟁점토지가 비사업용토지에 해당된다며 이 건 양도소득세를 추가로 과세하였다.

 (2) 처분청은 청구인이 농가소득보전 직불금(이하 “직불금”이라 한다)을 수령하지 않았다는 이유만으로 쟁점토지를 직접경작하지 않은 것으로 보아 쟁점토지를 비사업용토지로 보고 8년 자경감면을 부인하였으나, 청구인이 직불금을 수령하지 않은 것은 해당 제도가 있었는지 몰랐기 때문이고, 사실상 인부들을 동원하여 모내기 등의 모든 경작을 하였으므로 쟁점토지는 비사업용토지에도 해당하지 아니하고 8년 자경감면대상에 해당한다.

 (3) 청구인은 1차과세 당시 처분청 담당공무원으로부터 더 이상의 세금은 부과되지 않는다는 말을 신뢰하여 과세된 세금을 모두 납부하였음에도, 이후 처분청이 상급관청의 감사지적에 의하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세하였는데, 이는 처분청이 1차과세를 하면서 비사업용토지에 대한 세율을 적용하여야 함에도 이를 적용하지 아니하여 이 건 양도소득세가 과세된은 처분청의 잘못이다.

 따라서, 처분청이 1차과세 시 양도소득세를 제대로 과세하였다면 가산세 없이 모두 납부하였을 것이고, 더 이상 부과할 세액이 없다는 처분청 담당공무원의 말을 신뢰한 것은 결코 청구인의 과실이 아니므로 청구인에게 가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 양도소득세 조사과정에서 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하지 않고 대리경작한 사실이 확인되었고, 이는 청구인이 쟁점토지 보유기간 중 80%를, 양도일 직전 3년 중 2년을, 양도일 직전 5년 중 3년을 자경하여야 한다는 자경농지 감면요건을 충족하지 못한 것이므로 양도소득세 감면을 배제한 1차과세와 비사업용토지에 대한 세율을 적용한 이 건 양도소득세 과세처분은 정당하다.

 (2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납부의무 등을 위반하는 경우에 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 무지나 오인 또한 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 없는바, 이 건 가산세는 청구인이 양도에 따른 양도소득세 신고・납부의무를 제대로 이행하지 않았기 때문에 부과된 것이므로 가산세 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점토지의 양도가 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다는 청구주장의 당부

 ② 가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청의 양도소득세 조사복명서 등에서 확인된 주요내용은 다음과 같다.

  (가) 청구인은 쟁점토지를 1998.6.3. 취득하여 2016.4.19. 양도시까지 보유기간 동안 논갈이․모판․육묘․모이양․벼베기 등의 농작업을 OOO에게 위탁 영농하여 농작업의 2분의 1이상을 타인 대리경작하였다.

  (나) 대전광역시 OOO장이 2016.11.15. 처분청에 회신한 ‘직불금 지급내역 조회결과’에 의하면, 2006년～2008년 기간 중에는 OOO가 쟁점토지에 대한 농가소득보전 직불금을 수령한 사실이 나타난다.

 (2) 처분청은 2017.12.6. 쟁점토지의 양도가 ‘8년 이상 자경농지에 대한 감면요건’을 충족하지 못한 것으로 보아 감면을 배제하여 양도소득세 OOO원을 과세하였고, 2018.2.20. OOO장의 감사지적에 따라 「소득세법」제104조 제1항 제8호에 따른 비사업용토지에 대한 세율과 가산세를 적용하여 양도소득세 OOO을 추가 고지하였다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

 「조세특례제한법」제69조 및 같은 법 시행령 제66조에 따른 양도소득세 감면대상이 되기 위해서는 8년 이상 재촌하면서 직접 경작하여야 하고, 직접 경작의 방법으로는 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하여야 할 것이다.

 처분청의 양도소득세 조사복명서 등에 의하면 1998.6.3.～2016.4.19. 기간 동안 청구인이 아닌 OOO 등이 쟁점토지를 경작한 것으로 조사된 점, 대전광역시 OOO장이 회신한 ‘직불금 지급내역 조회결과’에 의하면 청구인이 아닌 김영배 등이 쟁점토지에 대한 직불금을 수령한 것으로 나타나는 점, 달리 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였다고 볼만한 입증자료 등이 제출되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점토지 양도에 대하여 감면을 배제하고 비사업용토지에 대한 세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구인이 쟁점토지 보유기간 내내 쟁점토지를 직접 경작하지 아니하였다고 보았다면 1차과세 시 당연히 비사업용토지 세율을 적용하여야 했음에도 불구하고 이를 누락한 것으로 보인다.

  처분청조차 쟁점토지 양도에 대하여 비사업용토지에 대한 세율을 적용하지 아니한 사항에 대하여 청구인으로 하여금 이에 대한 신고납부의무의 이행을 기대하기는 어려워 보이는 점, 1차과세 시 더 이상의 세금이 부과되지 않을 것이라는 처분청 담당공무원의 말을 신뢰하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 볼 때 이 건 과세처분은 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 적용하지 않는 것으로 하여 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 소득세법

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지

제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

(3) 소득세법 시행령

제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

(4) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)

(5)조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년(괄호 생략) 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(괄호 생략)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재「소득세법」제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다. (각 호 생략)

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (각 호 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는「소득세법 시행령」제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. (단서 및 각 호 생략)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의「소득세법」제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득,「소득세법」제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.