OOO세무서장이 2018.2.9. 청구법인에게 한 <별표1>의 2012～2016사업연도 법인세 합계 OOO원과 2012～2015년 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원의 부과처분은 <별표2>의 2012사업연도 OOO원의 복리후생비가 「법인세법」제25조의 ‘접대비’에 해당하지 않는 것으로 보아 각 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO과 매년 정비지원(C/S) 업무 용역계약을 체결하고, OOO이 개발·생산하여 군에 납품한 장비에 대한 AS, 리콜 등 정비지원(C/S) 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하는 자로, 청구법인은 기업부설연구소를 설치하여 2010.6.23. 사단법인 OOO으로부터 인정받은 후 2012～2016사업연도 법인세 산정시 그 소속직원으로 신고한 자의 인건비에 대하여 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상(이하 “연구인력개발비세액 공제대상”이라 한다)으로 보아 법인세에서 관련 세액공제액(합계 OOO원, 이하 “쟁점연구인력개발비 세액공제액”이라 한다)을 차감하여 신고·납부하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사관서”라 한다)은 2017.8.24.～2017.11.21. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 2012～2016사업연도 법인세와 관련하여 ① 청구법인이 연구·개발활동은 청구법인의 사업활동에 포함되는 통상적 업무이거나, 연구개발활동에 해당한다고 하여도 연구개발에만 전담하는 직원이 없으므로 연구인력개발비세액 공제대상에 해당하지 않고, ② 청구법인이 업무협의비 명목으로 복리후생비로 보아 손금으로 산정한 금액 중 합계 OOO원(이하 “쟁점접대비해당액”이라 한다)은 거래처와의 친목을 통해 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위한 비용으로 「법인세법」제25조에 따른 접대비에 해당하며, ③ 2012～2015년 청구법인이 그 소속 직원을 위하여 임차한 사택과 관련하여 월세 이외에 관리비로 가스비, 전기료, 인터넷 요금 등 합계 OOO원을 지급한 것(이하 “쟁점관리비해당액”이라 한다)은 「소득세법」제20조 및 같은 법 시행령 제38조 제1항 제6호에 따른 근로소득에 해당한다는 등의 내용을 처분청에 통보하였고, 처분청은 상기 세무조사 내용에 따라 2018.2.9. <별표1>와 같이 2012～2016사업연도 법인세 합계 OOO원(이하 “쟁점법인세처분”이라 한다)과 2012～2015년 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원(이하 “쟁점원천소득세처분”이라 한다)을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인이 OOO과의 계약에 따라 제공하는 용역을 살펴보면, OOO이 군에 납품한 장비의 정기정검과 고장을 수리하는 AS업무, OOO의 생산·조립과정에서 불량부품·조립에 의한 결함을 교체·수리하는 리콜(장비개선)업무 및 부대훈련 전후에 장비를 점검하여 훈련과 추후 운용에 지장이 없도록 하는 예방활동이 있는바 이는 청구법인의 AS팀에서 수행하는 업무이고, OOO에서 제작한 교육교제 따라 장비의 제원, 기능, 운용 및 정비에 대한 교육과 평가를 하는 교육업무와 장비와 운용실태를 관찰하고 현장의 요구사항을 상황관리 노트형식으로 작성하여 OOO에 전달하고 난해한 기능과 그 운용에 관한 요구사항을 서식에 따라 OOO에 요청하고 상호협력 하에 해결방안을 강구하고 현장지도에 적용하는 상황관리, VOC, 기술검토 업무가 있는바 이는 청구법인의 연구소 및 교육팀의 업무이다. 이와 같이 청구법인과 OOO간의 계약은 납품된 장비에 대한 유지, 보수, 교육 및 자문 등에 대한 것이나 OOO의 요구수준에 맞추는 수동적 업무로는 납품된 장비가 군 전투력 증강에 효과적으로 활용되지 못하여 청구법인은 독자적 연구 활동을 통하여 이를 보완하고 있다.

  청구법인의 구체적 연구개발 활동 사례로서, 포사격 훈련시 장비에 이상이 없어도 사격 간에 사표 범위를 벗어나는 일부 이상 현상에 대한 원인을 밝히고 이를 해결하기 위한 ‘포구초속 데이터 분석연구’, 사격간 이상 발생시 현장 인원의 안전을 확보하기 위한 ‘무선 격발기 연구’, 사격 후 상용 통신프로그램을 통해 수동으로 다운로드 하였던 포구초속 측정데이터를 자동으로 송수신하기 위한 ‘포구초속 측정데이터의 다운로드 연구’ 및 자주포의 각 기능을 순차적으로 나열하여 교육하던 방식의 기존 교육교재를 각 기능이 유기적으로 상호 연결되어 운용될 수 있도록 하는 교육교재의 개발 등이 있다.

  위 사례 이외에도 청구법인의 연구개발은 OOO과의 계약과는 전혀 관련이 없는 연구가 다수를 차지하고 있고 이는 현재의 기술적 불확실성을 해결하기 위한 연구이며 기존에 시도하지 아니한 새로운 방법을 도입하기 위한 연구로서, 교육교재의 개발은 OOO의 요구수준을 뛰어 넘어 새로운 차원의 교육방법 개발에 끊임없이 연구하고 있는데 이는 납품 장비의 최대전력화를 추구하기 위한 청구법인의 자발적 연구이고 그 연구결과 중 일부는 군 관계기관과 공유하여 활용하고 있고 단기에 최대한의 숙련도를 높이기 위한 교육방법의 연구개발은 군 전문교육기관에서도 높은 평가를 받아 청구법인이 제작한 교재를 요청하여 활동하고 있으므로 청구법인의 연구개발활동이 OOO에서 도급 받은 통상적 업무에 불과하다는 처분청의 의견은 청구법인의 독자적 활동과 업무실태를 자세히 살피지 않고 청구법인이 OOO의 하청업체에 불과다고 단정한 것이다.

  또한 처분청은 청구법인에는 연구개발에 전담하는 직원이 없고 청구법인 교육팀 직원들은 일반 매출활동을 하는 직원들이라는 의견이나, 청구법인은 단순히 OOO에서 제공한 교육자료에 의지하지 않고 가장 효과적인 교육방법을 개발·활용하고 있으며 현재도 진행이 이루어지고 있으므로 청구법인의 연구직원은 보다 높은 수준의 교재를 추가로 만들기 위하여 계속적으로 연구개발과 자료수집을 하고 있고 연구직원의 출장은 연구결과에 대한 피드백을 위한 과정으로 연구활동의 일부이며 이는 연구자료의 수집, 분석 및 개발하여 교재에 반영·활용하는 연결된 업무로 보아야 하고, 이러한 연구결과는 청구법인과 OOO이 공유하는 것으로 OOO이 지불하는 금액에는 매출활동이 아니라 연구개발비의 부담으로 보아야 하므로 청구법인의 연구소 직원은 연구 전담직원으로 보아야 할 것이다.

 (2) 처분청은 청구법인의 업무협의비 명목으로 복리후생비로 계상한 금액 중 일부를 거래처에 대한 접대비로 보았으나, <별표2>로 제시하는 OOO원은 직원의 보수교육 출장비, 벽지근무 직원 위문 회식 및 팀별 업무회의후 식사 등 거래처와 관련 없는 회사 내부 업무를 위한 비용임에도 이를 접대비에 해당한다고 본 것은 부당하다.

 (3) 처분청은 「소득세법 시행령」제38조 제1항 제6호 단서규정에 따라 근로소득에서 제외되는 ‘사택을 제공받음으로써 얻은 이익’에는 근로자의 생활과 관련된 사적 비용(냉난방비, 전기·수도·가스요금 등)에 포함되지 않는다는 의견이나, 사적 비용이 아닌 공적 비용은 당연히 회사의 비용으로 처리하여야 할 것으로 종업원의 이익이 될 수 없으므로 사택을 제공받음으로써 얻은 이익이란 ‘사적 비용’을 의미한다고 할 것이고 상기 규정의 의미는 출자자인 임원의 경우 이러한 사적 비용을 회사가 부담함으로써 얻은 이익은 근로소득에 포함되나 소액주주인 임원이나 종업원은 근로소득에서 제외된다는 뜻으로 보아야 할 것이다.

  처분청의 의견과 같이 ‘사택을 제공받음으로써 얻은 이익’이 임대료만을 의미하고 쟁점관리비해당액이 포함되지 않는다면, 청구법인이 부담한 쟁점관리비해당액은 「소득세법」상 근로소득으로 규정되어 있지 않으므로 열거주의 과세원칙에 위배된다고 할 것이고, 종업원의 입장에서도 사택에 거주한다고 하여 냉난방비 등을 절약되는 것이 없고 가족과 떨어져 지내는 것은 불편함과 불필요한 비용을 발생시켜 종업원의 소득이 증가된 것이 없음에도 이를 경제적 혜택으로 보는 것은 현실과 동떨어진 인식이라 할 것이다.

 (4)「엔지니어링산업 진흥법」제2조는 엔지니어링활동을 ‘과학기술의 지식을 응용하여 수행하는 사업이나 시설물에 대한 연구, 기획, 타당성 조사, 설계, 분석, 계약, 구매, 조달, 시험, 감리, 시험운전, 평가, 검사, 안전성 검토, 관리, 매뉴얼 작성, 자문, 지도, 유지 또는 보수’하는 것으로 정의하고 있고 청구법인은 이 중 ‘연구, 시험, 시험운전, 평가, 검사, 안전성 검토, 관리, 매뉴얼 작성, 자문, 지도, 유지 또는 보수’에 해당하고, 구체적으로 「엔지니어링산업 진흥법 시행령」[별표1]의 엔지니어링 기술 중 기계부문의 차량에 대한 것에 해당한다.

  처분청은 청구법인의 사업이 한국표준산업분류상 ‘타인의 의뢰에 의하여 당사자 일방이 어느 일을 완성할 것을 약정하고 그 일의 결과에 따라 대가를 받는 사업이나 기계조립, 고정, 배치, 시설개체서비스, 대형탱크 조립설치등 달리 분류되지 않는 도급업’인 기타사업지원 서비스업(749609)에 해당한다는 의견이나 이는 상기 쟁점①에서 살펴본 청구법인의 사업과 전혀 다른 사업이고, 한국표준산업분류에서 엔지니어링 서비스업을 ‘과학기술 지식을 응용하여 건축물 및 토목, 환경, 기계, 기기, 공정, 시스템 및 재료 부분의 설계, 개발 및 이용과 관련한 공학적 전문 기술을 제공하는 사업활동으로, 엔지니어링 대상 사업 및 시설물을 위한 기획, 타당성 조사, 설계, 분석, 시험, 감리, 시운전, 평가, 자문, 지도, 검사, 유지 및 보수와 이들의 활동들에 대한 사업관리를 포함한다’고 규정하고 있으므로 청구법인의 사업은 「조세특례제한법 시행령」제6조 제6항 제1호에서 정하는 지식기반사업인 엔지니어링사업에 해당하고 청구법인에 대하여 「조세특례제한법」제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면(10%)을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 「조세특례제한법」제9조에 비추어 과학기술분야의 연구개발은 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’으로, 지식기반서비스분야의 연구개발을 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’이라고 할 것이나, 청구법인의 CS(Customer Satisfaction, 고객만족)업무는 OOO이 연구･개발･제조하여 군부대에 납품한 군사용 장비의 무상수리 보증기간 동안 고장 수리(A/S)와 장비의 사용방법, 정비방법에 대해 국군 장병들에게 교육하는 업무 등이다.

  지식기반서비스분야의 연구개발활동이란 지식기반서비스분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 활동으로 연구개발활동이 되기 위해서는 연구개발활동에는 주목할 만한 신규성이 존재해야 하며 과학적 또는 기술적 불확실성에 대한 해결책이 존재하여야 하는 것이다. 청구법인은 ‘무기체계 성능 향상을 위한 연구 수행 및 데이터 수집과 배치장비의 사용자인 군에 기술에 대한 조언’이 연구개발활동의 영역이라고 주장하고 있으나 이는 OOO이 군에 납품한 장비와 관련하여 고장난 장비를 수리, 군장병에게 장비운용과 정비 매뉴얼 교육, 고객의 불만을 접수, 장비고장원인에 대한 기술검토, 리콜(장비개선) 대행 등을 수행하는 서비스센터의 역할을 하는 청구법인으로서는 그 업무수행상 당연하거나 통상적인 업무의 범위 내라고 할 것이고 청구법인의 연구개발 활동의 결과로서 연구자료 등을 제출하였으나 그 내용은 고장사례, 운용, 정비에 대한 방법 등 사용 및 운용에 관한 교보재들 뿐이지 성능개량과 품질개선에 대한 연구결과는 없는 점에 비추어 청구법인이 OOO과의 계약에 따라 CS 활동에 포함되는 통상적인 업무를 연구개발 활동이라고 한 주장하고 있는 것이다.

  청구법인은 교육서비스 분야 연구개발활동으로 무기체계에 대한 교육서비스 제공을 위한 연구개발활동을 수행한다고 주장하면서 구체적으로 콘텐츠개발 조합을 통합 교재·교보재 연구개발, 학습관리·평가 인프라 구축을 위한 교육체계를 연구하고 있다고 주장하나, 교육서비스란 교수활동과 학습활동의 기본 활동의 효율성을 증대시키고 전달의 체계를 개선하거나 혁신하는 활동인데, 청구법인이 군부대 교육시 사용하는 교재는 제조업체인 OOO에서 제작한 교재이고 OOO에는 없는 만화 또는 동영상으로 제작하여 교육시 사용하고 있고 청구법인이 발간한 교육용 고재는 장비가 처음 개발되었을 때 발간되어 현재는 장비운영/정비에 노하우만 조금씩 수정, 업그레이드 하여 발간하고 있는 것이며 청구법인이 교육서비스 분야의 연구결과라고 제시한 결과를 보면 군사용장비의 정비·운용교재, 장약 적재·보급 절차 등 장비운용과 정비에 대한 매뉴얼 책자가 대부분이고 이 또한 현재는 노하우만 업그레이드 하여 수정, 편집하여 발간되고 있어 이러한 청구법인의 활동을 연구개발활동으로 보기는 어렵다.

  설령, 청구법인의 주장과 같이 청구법인 교육팀 직원들이 연구개발 활동을 한다고 하더라도, 교육팀 직원들은 교육, 기술검토, 교재발간, 군부대 사격･훈련지원, 리콜 대행 등 여러 가지 업무를 하고 있는 것이 확인되고 주된 업무는 교재·교보재 개발을 위한 연구업무가 아니라 군부대에 출장하여 이루어지는 장비운용과 정비 관련 교육이며, 교재 등의 개발을 위한 자료수집은 일정기간에 한하여 자료 수집과 정비노하우를 반영하여 기존 교재를 일부 수정하여 발간하는 것으로 교육팀 직원 중에는 연구개발에만 전담하는 직원은 없다. 또한 청구법인이 연구인력개발비세액 공제대상으로 본 직원들 중 경영지원팀 소속 송OOO은 청구법인을 대표하여 OOO과 계약을 체결는 업무와 청구법인의 인사, 총무, 자금 등 사업관리를 총괄하고 있고 같은 경영지원팀의 홍OOO 차장은 송OOO 부장을 도와 경영지원팀에서 실무를 하고 있는 등 교보재개발 등 업무를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정사무만 담당하고 있으며, 나머지 교육팀 직원들의 업무는 청구법인과 OOO과의 계약에 따라 예방활동과 교육업무를 하고 있어 청구법인의 A/S팀 직원들과 같이 청구법인의 매출을 발생시키는 CS활동을 하고 있는 점에 비추어 청구법인이 연구인력개발비세액 공제대상으로 본 직원 중에는 연구개발에 전담하는 직원이 없다고 할 것이므로 쟁점연구인력개발비 세액공제액을 부인한 처분은 정당하다.

 (2) 청구법인은 쟁점접대비해당액 중 일부가 청구법인 직원의 점심식대와 저녁 업무회의 식대이므로 접대비성격의 비용으로 처분한 것을 부당하다고 주장하나, 조사관서의 세무조사시 청구법인이 소명한 내역을 살펴보면 청구법인의 대표이사가 사용한 부분에 대해서는 사용처를 밝히지 못하였고 A/S 팀장들의 사용 내역은 군부대 A/S 활동을 하면서 군부대의 정비관들과의 식사대로 청구법인의 업무상 군사용 장비 A/S와 교육시 군부대 등에서 청구법인 직원들이 거래처 직원들과 대면하여 하는 업무가 대부분으로 거래처와 식사를 하는 경우도 많아질 수밖에 없을 것이다.

  청구법인은 대표이사 등 팀별로 업무용 식대 외에 외부 활동에 사용할 수 있는 경비인 업무협의비에 대한 예산을 설정하고, 그 사용실적을 관리하고 있는데, 청구법인의 연도별 업무협의비 예산, 실제 협의비 사용액, 장부상 계상한 접대비 및 세무조사시 확인한 접대비(청구법인이 장부에 계상한 접대비와 세무조사시 조사관서가 접대성 경비로 추가확인한 금액의 합계액)를 비교해 보면 아래 <표1>과 같이 세무조사시 확인한 접대비는 청구법인의 업무협의비 사용실적 금액과 거의 일치하고, 장부상 계상한 접대비는 업무협의비 사용실적 보다 매년 OOO원 이상 과소하게 계상되어 있는 것을 확인할 수 있다.

<표1> 청구법인의 사업연도별 업무협의비 예산･사용실적, 장부상 계상한 접대비와 세무조사시 확인한 접대비

OOO

  이에 비추어 청구법인은 거래처와의 친목을 두텁게 하고 거래관계를 원활한 진행을 도모하는데 사용하는 비용(식사비 등)은 접대비에 해당함에도 장부상 접대비로 계상하지 않고 세무조정시에도 접대비로 보지 않은 것으로 보이므로 거래처와의 식대비를 접대비성 경비로 보아 접대비 한도액을 재계산하여 그 한도초과액 손금불산입한 쟁점법인세처분은 정당하다.

 (3)「소득세법 시행령」제38조 제1항 제6호 나목 및 같은 법 시행규칙 제42조의3에서 규정하는 ‘사택’이란 사용자가 소유하고 있는 주택을 종업원들에게 무상 또는 저가로 제공하거나, 사용자가 직접 임차하여 종업원등에게 무상으로 제공하는 주택인데, 청구법인은 직원들에게 주택을 임차하여 사택으로 무상 제공하였고 이로 인하여 직원들이 받은 이익은 「소득세법」제38조 제1항 제6호에 따라 근로소득으로 보지 않는 것이나 그 사택에 거주하는 근로자의 생활과 관련된 사적 비용(냉난방비, 전기료 등 관리비)을 지급하였다면 이는 근로소득에 해당하는 것으로 청구법인이 사택 유지비로 보아 손금으로 계상한 금액 중 월세를 제외한 쟁점관리비해당액을 근로소득으로 본 쟁점원천소득세처분은 정당하다.

 (4) 청구법인은 수도권인 경기도 양주시에 소재한 기업으로, 수도권에 소재한 기업이 「조세특례제한법」제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 받기 위해서는 소기업이거나 지식기반산업을 영위하여야 할 것이다.

<표2> 수도권 소재 기업이 「조세특례제한법」제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 받기 위한 요건을 정리한 것

OOO

  청구법인은 OOO으로부터 도급 받은 CS활동을 하는 군수장비유지 보수 전문업체로 전체직원 39명 중 24명이 군수장비 A/S를 담당하고, 대표이사 및 일반 관리인원이 7명, 교육담당 직원이 8명으로 청구법인의 사업자등록상 업종도 ‘서비스/군수장비정비’이고 한국표준산업분류상 대분류 N(사업시설관리, 사업지원 및 임대 서비스업)에 속하고 국세청장이 정한 업종코드는 749609(그외 기타 사업지원 서비스업/그외 기타 분류 안된 사업지원서비스업)으로 이는 청구법인의 실제 사업과도 일치하며, 지식기반산업이란 「조세특례제한법」제6조 제6항에 규정한 엔지니어링사업, 전기통신업, 연구개발업 등을 말하는 것인데, 청구법인의 대부분의 직원들은 CS활동을 하고 엔지니어링사업으로 볼 수 없고 상기에서 살펴본 것과 같이 청구법인은 연구개발활동을 하고 있지 않으므로 지식기반산업이 아닌 제조업 등 기타 감면업종을 영위하고 있다고 할 것이다.

  또한, 청구법인은 제조업등 기타 감면업종을 영위하는 기업이므로 「중소기업기본법 시행령」[별표3]의 ‘37. 사업시설관리, 사업지원 및 임대 서비스업(N)’의 업종을 영위하고 있는 법인으로 연간 매출액이 30억원 이하인 경우만 감면대상이라 할 것이나 청구법인은 연간 매출은 30억원 이상으로 소기업에 해당하지 않는 점에 비추어, 청구법인이 수도권에 소재한 중기업으로 지식기반산업을 영위하지 않는 것으로 보아 쟁점법인세처분시 「조세특례제한법」제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 않은 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 청구법인의 직원 인건비에 대한 연구·인력개발비 세액공제와 관련하여, 연구개발활동이 없거나 전담직원이 없었던 것으로 보아 세액공제를 부인한 처분의 당부

 ② 청구법인이 지출한 업무협의비와 관련하여, 거래처와의 친목을 통해 거래관계의 원활한 진행을 도모하기 위한 비용으로 접대비에 해당한다고 본 처분의 당부

 ③ 청구법인 소속직원에게 제공된 사택과 관련하여, 그 월세 이외에 관리비(가스·전기료, 인터넷 요금 등)를 지급한 것에 대하여 이를 근로소득에 해당하는 것으로 본 처분의 당부

 ④ 청구법인이 지식기간산업을 영위하는 한 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : 별지 참조

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 청구법인이 제공하는 쟁점용역의 범위 등과 관련하여 OOO과 체결한 ‘정비지원(C/S) 업무 용역계약서’를 제출하였고, 청구법인이 2016년 9월 작성한 ‘2017년 CS(SE) 운영 계획’에는 청구법인의 활동을 A/S활동, B/S활동, 리콜 작업, 납품 지원, 전담지원 활동 등으로 나누고 쟁점용역과 관련한 각 활동별 활동 내용에 대하여 구체적으로 기재되어 있으며, 2013년 작성된 ‘13년 CS센터 세부업무처리기준’에는 CS센터 업무에 있어 OOO과 청구법인의 업무분장에 대한 세부업무처리기준이 기재되어 있다.

  청구법인이 2015.6.16. 작성한 청구법인의 조직도에 따르면 당시 임직원은 총 39명으로, 대표이사 이외에 경영지원팀(11명), 교육팀(8명), 서부팀(6명), 중부1팀(8명), 중부2팀, 동부팀(5명) 및 CS지원실(3명)으로 부서가 구성되어 있다.

 (2) 청구법인은 2012～2016사업연도 법인세 신고시 청구법인의 인건비 중 전담부서·연구소에 전담 근무하는 자의 인건비 합계액은 아래 <표3>과 같고, 이를 연구인력개발비세액 공제대상에 해당한다고 보아 정부출연금 등을 지출한 연구개발비를 차감하여 쟁점연구인력개발비 세액공제액을 산정하고 각 사업연도 법인세 납부세액에서 차감하였다.

<표3> 청구법인이 연구인력개발비세액 공제대상으로 본 사업연도별 인건비 및 쟁점연구인력개발비 세액공제액

OOO

 (3) 청구법인은 쟁점연구인력개발비 세액공제액과 관련하여, 2010.6.23. OOO으로부터 청구법인내의 기업부설연구소로 인정하는 기업부설연구소인정서와 연구소 설립 필요성, 연구소 운용개념 등이 기재된 ‘기업부설 연구소 운영 및 연구자료’를 제출하였고, 청구법인이 2012.4.12. 제출한 기업부설연구소 신고서에는 업종(주요생산품)에 대하여 ‘건설엔지니어링(기계 및 군수장비정비업)’, 부설연구소의 신청분야·연구분야·주 연구내용에 대하여 ‘지식서비스·공학(엔지니어링)·기계 및 군수장비정비’, 연구개발인력에는 ‘전담요원 5명, 연구보조원 1명’으로 연구시설기자재에는 ‘10종’이 기재되어 있다.

  청구법인이 연구개발활동의 결과물로서 ‘자주포 사격간 탄두 미방출 관련 개선방안 보고’, ‘포구초속 데이터 분석연구’, ‘무선 격발기 연구개발’, ‘MVR 데이터 다운로더 연구개발’, ‘K-55 성능개발(K-55A1) 교육교재(초도배치부대교육용)’[2011년 5월, OOO(주)가 발행한 종전의 것]과 ‘K-55A1 운용자 교육 교재[2017년 4월, 제작·편집 : 청구법인, 발행 : OOO] 등을 제출하였다.

 (4) 조사관서는 청구법인이 연구인력개발비세액 공제대상으로 본 인건비와 관련하여, 청구법인의 조직도 등에 비추어 그 대상이 된 청구법인 직원 중 교육팀의 이OOO외 7명의 담당업무는 ‘운용 정비교육과 교재 제작’이고 경영지원팀의 송OOO 외 1명의 담당업무는 ‘인사, 총무 등’이라고 제시하였고, 이와 관련하여 청구법인 교육팀 직원이 작성한 ‘월간 교육계획’, ‘교육파트 주간업무 계획’ 및 이 건 세무조사시 청구법인 직원 송OOO(경영지원실 부장)과 이OOO(경영지원실 교육팀 차장)의 진술서를 제시하면서, 청구법인 교육팀의 구체적 업무는 ‘OOO의 장비가 신규 납품된 부대 에대한 장비사용, 정비방법에 대한 교육’, ‘고장원인에 대한 원인파악과 OOO에 대한 의뢰 및 회신에 따른 교육’, ‘OOO으로부터 받은 교재를 기초로 청구법인이 얻은 노하우를 접목하여 업데이트된 교재 발간’ 및 ‘기타 업무’이라는 의견이다.

 (5) 조사관서는 이 건 세무조사시 청구법인이 손익계산서상 복리후생비로서 손금으로 산정한 금액 중 상기 <표1> 중 ‘세무조사시 추가로 확인한 접대비’는 청구법인으로부터 그 지출내역을 제출받아 검토한 결과 ‘거래처(군부대의 정비관 등)와의 식사대 등’으로 접대비에 해당한다는 의견이고, 청구법인은 쟁점접대비해당액 중 <별표2>의 OOO원은 청구법인 직원의 출장비, 직원간의 회식 등 내부적인 업무 비용으로 이는 접대비에 해당하지 않는다는 주장이다.

 (6) 청구법인이 그 소속직원에게 사택으로 제공할 목적으로 OOO에 소재한 주택을 임차하면서, 월세와 쟁점관리비해당액을 전력비, 수도광열비, 통신비 및 지급수수료에 대하여 손금으로 산정하면서 사택 거주자인 직원에 대한 근로소득세 원천징수시 근로소득에 포함하지 않았고, 쟁점관리비해당액은 12개 사택에 대해 OOO원이다.

 (7) 중소기업특별세액감면과 관련하여 청구법인은 ‘공학기술을 이용한 지식기반산업으로서 군수장비의 성능을 평가하고 개량하기 위한 자료를 수집분석하는 업종’이라는 주장이다.

  처분청은 이 건 과세기간 중 청구법인의 사업장 소재지는 “OOO”로 수도권에 소재하고 있고, 청구법인의 「부가가치세법」상 사업자등록시 기재한 업종은 ‘서비스/군수장비정비’, 국세청의 기준경비율표상 업종코드는 749609이며, 청구법인이 2012～2016사업연도 법인세 신고시 제출한 ‘중소기업 등 기준검토표’(「법인세법 시행규칙」별지 제51호 서식)에 기재된 사업수입금액은 아래 <표4>와 같다고 제시하였다.

<표4> 청구법인의 중소기업 등 기준검토표상 기재된 사업연도별 사업수입금액

OOO

 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 우선 쟁점①과 관련하여, 청구법인과 처분청이 제출한 증빙 등에 비추어 청구법인은 OOO이 군에 납품한 장비에 대한 사후관리, 유지보수 및 교육용역을 제공하고 있고, 그러한 과정에서 습득한 애로사항이나 노하우 등을 보고서 등을 통해 관리하거나 이를 OOO에 통보하거나 매년 교육교재 등에 반영하고 있는 것으로 보이나 이러한 것으로는 「조세특례제한법」제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’인 연구개발에는 미치지 못하는 것으로 판단된다. 설령 청구법인이 이러한 활동이 연구개발에 해당한다고 하더라도 청구법인이 연구인력개발비 세액공제대상으로 본 직원들의 인건비는 경영팀과 교육팀에 소속된 직원들의 것으로 이들은 청구법인의 인사, 총무, 사업관리 등의 업무나 장비의 운용·정비교육에 종사하고 있으므로 이들이 연구개발에 전담하고 있다고 보이지 않고 달리 청구법인에 연구개발을 전담하는 부서나 전담하는 직원이 있다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점법인세처분시 쟁점연구인력개발비 세액공제를 부인한데에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  쟁점②와 관련하여, 조사관서가 청구법인에 대한 세무조사시 복리후생비와 관련하여 접대비에 해당하는 금액이 포함되어 있다고 본 쟁점접대비해당액에 있어 그 중 일부 금액에 대하여 청구법인은 청구법인 소속 직원들의 복리후생을 위한 식사비에 해당한다고 주장하면서 제출한 <별지2>를 살펴보면, 접대비에 해당한다기 보다 청구주장과 같이 청구법인에 소속된 직원들간의 식사비 등으로 보이고 달리 이러한 금액이 「법인세법」제25조 제5항에서 정한 접대비 성격을 가지고 있다고 보기도 어려우므로 처분청이 쟁점법인세처분시 OOO원을 접대비에 해당한다고 본 것은 잘못이 있다고 판단된다.

  쟁점③과 관련하여,「소득세법 시행령」제38조 제1항은 주택을 제공받음으로써 얻은 이익이 근로소득에 포함된다고 규정하면서 임원이 아닌 종업원이 사택을 제공받은 경우에는 제외한다고 규정하고 있고 같은 법 시행규칙 제15조의2 제1항은 사택이란 ‘사용자가 직접 임차하여 종업원등에게 무상으로 제공하는 주택’으로 규정하고 있다. 이에 쟁점관리비해당액은 청구법인이 그 직원에게 제공하는 사택 자체의 임차료가 아니라 사택을 이용하는 직원이 사용한 가스비, 전기료, 인터넷 요금 등을 청구법인이 부담한 것으로, 이러한 쟁점관리비해당액은 사택을 제공하는 경우에 있어 필연적으로 제공될 수밖에 없거나 청구법인의 직원이 부담할 성격의 것이 아니라고 보기 어렵다고 판단된다. 따라서, 쟁점관리비해당액은 근로소득에서 제외되는 ‘사택을 제공받음으로써 얻은 이익’에 해당한다고 보기 어렵고 처분청에서 이를 「소득세법」제20조 제1항 제1호에서 정하는 근로소득인 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여로 보고 청구법인에게 원천징수의무가 있는 것으로 본 쟁점원천소득세처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  마지막으로 쟁점④와 관련하여, 수도권인 OOO에 소재한 청구법인에게 「조세특례제한법」제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하기 위해서는 지식기반산업이나 소기업에 해당하여야 할 것이다. 그러나, 상기 쟁점①에서 살펴본바와 같이 청구법인은 OOO이 군에 납품한 장비에 대한 사후관리, 유지보수 및 교육 용역을 제공하고 있어, 이를 지식기반산업인 연구개발업이나 「엔지니어링산업 진흥법」제2조 제1항에서 규정하는 ‘과학기술의 지식을 응용하여 수행하는 사업이나 시설물에 관한 활동’인 엔지니어링사업에 해당한다고 보기 어렵다고 판단된다. 이에 청구법인이 제공하고 있는 용역 등에 비추어 청구법인의 사업은 「중소기업법 시행령」별표3에서 ‘37. 사업시설관리, 사업지원 및 임대 서비스업’에 해당한다고 판단되는바, 사정이 그러하다면 청구법인이 「조세특례제한법」제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하기 위해서는 평균매출액이 30억원 이하인 소기업에 해당하여야 할 것이나 쟁점법인세처분과 관련한 사업연도의 매출액은 모두 OOO원을 초과하고 있으므로, 처분청에서 쟁점법인세처분시 「조세특례제한법」제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니한 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.