[제 목]

청구법인이 외국법인과 임상시험을 위한 계약을 체결하여 국내 의료기관에게 임상시험을 의뢰하고 이를 관리하면서 그 용역 결과를 제공하였고, 외국법인이 국내 의료기관의 임상시험용역비를 청구법인을 통하여 지급하였으므로 그 대가 전부를 청구법인의 사업지원 서비스업 용역의 대가로 보아 부가가치세 영세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[결정요지]

2015.2.3. 개정(신설)된「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호 차목에서 보건업 중 임상시험용역을 공급하는 경우로 한정하여 영세율을 적용하도록 규정하고 있을 뿐 의료기관에 한정하여 영세율을 적용하도록 명시하고 있지 아니한바, 처분청 의견과 같이 동 조항을 의료기관에 한정하여 적용받을 수 있다고 유추해석할 경우 외화획득을 장려하기 위하여 임상시험용역을 영세율 적용대상에 추가한 위 신설 조항이 형해화될 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 위 신설 조항을 의료기관에게 한정하여 적용하여야 한다고 보아 그 시행 이후 청구법인이 ▣▣▣▣▣에게 공급한 임상시험 및 그 관리 용역에 대하여「부가가치세법」제24조 제1항에 따른 영세율 적용을 배제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과처분한 부분은 잘못이 있다고 판단됨

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO OOO이 OOO에 설립한 법인으로서 1983.6.1. 개업하여 OOO에서 의약품OOO 도매 등을 영위하는 사업자이다.

나. OOO장은 2017.5.26.부터 2017.11.1.까지 청구법인에 대한 법인세 통합 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 특수관계에 있는 OOO 소재 외국법인 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 ‘임상시험 연구개발 계약’을 체결하여 청구법인의 명의와 책임하에 의료기관에게 임상시험용역을 외주 의뢰하고 이를 관리하는 용역을 수행하여 그 결과를 OOO에게 제공하였는바, 그 주된 용역을 영세율 적용대상인「부가가치세법」제24조 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 아목에 따른 ‘사업지원 서비스업’에 해당하는 임상시험관리(수탁)용역이 아니라 ‘보건업’에 속하는 임상시험용역으로 보아 의료기관에 해당하지 않는 청구법인은 부가가치세 영세율을 적용받을 수 없다고 판단하고, 여타 조사결과를 포함하여 처분청에 이를 통보하였다.

다. 이에 처분청은 청구법인이 2012년 제2기부터 2016년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 OOO로부터 지급받은 용역대금 OOO원에 대하여 영세율 적용 배제 등을 하여 청구법인에게 2017.11.10. 아래 <표1>과 같이 부가가치세를 경정․고지하였다.

<표1> 처분청의 경정고지 내역

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.12.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인이 OOO와의 ‘임상시험 연구개발 계약’에 따라 제공한 용역은 보건업(임상시험용역)이 아니라 OOO표준산업분류표 및 「부가가치세법」제24조 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 아목에서 규정한 영세율 적용대상인 ‘사업지원 서비스업’에 해당하는 위탁받은 임상시험관리용역이고,

   청구법인이 임상시험 연구개발 계약에 따른 용역을 수행하기 위하여 단순히 의료기관에 외주 의뢰한 임상시험용역비의 집행만 OOO를 대신하여 한 것이 아니라 위 계약에 따른 수탁인으로써 국내에서 실시되는 임상시험과 관련하여 청구법인의 책임과 계산 하에 업무를 수행하였으므로 임상시험용역대가를 청구법인의 영세율 과세표준에 포함하여야 한다.

  (가)「부가가치세법」상 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 용역의 대가로써 대금, 요금, 수수료, 기타 금전적 가치가 있는 모든 것을 포함하고, 용역의 공급과 직접적인 대가관계가 있는 경우에 용역의 공급가액에 해당하는 것이다.

  (나) 해외제약회사인 OOO는 청구법인과 임상시험 연구개발 계약을 체결하고 청구법인에게 임상시험 업무관리를 위탁하였고, 청구법인은 수탁인으로써 국내에서 실시되는 임상시험에 관한 모든 것을 청구법인의 책임과 계산으로 업무를 수행하였다.

  (다) 청구법인은 OOO로부터 위탁받은 임상시험 관리용역을 제공하고 그 대가로 직접비, 간접비 및 간접비의 OOO에 해당하는 이윤을 가산하여 OOO에게 청구하였다. 여기서 직접비는 연구비와 의약품비 등으로 구성되는데 그 중 연구비는 국가에서 지정한 임상시험 실시기관(병원)이 환자 또는 일반인을 대상으로 임상시험을 실시하고 그 결과를 제공하는 용역에 대하여 청구법인이 임상시험 실시기관(병원)에게 지급하는 외주비용이다

  (라) 임상시험용역은 국가가 지정하고 일정규모의 시설과 전문인력을 가지고 있는 임상시험 실시기관(병원)만이 수행할 수 있는 것으로 청구법인이 임상시험을 직접 할 수 없기 때문에 임상시험 실시기관(병원)에게 외주용역을 줄 수 밖에 없는 거래구조를 가지고 있다.

  (마) 청구법인은 OOO로부터 임상시험 계획승인, 연구자 및 병원 선정, 연구자 및 병원과 체결할 계약을 협상하고 이행(예산과 지급의 모니터링), 시험약의 주문 및 배송, 임상시험 모니터링을 위탁받아 수행하였는데, 「약사법」에 따른 임상시험 의뢰자로서의 책임과 의무를 준수하기 위해서는 해외제약사로부터 포괄적 위임이 전제되어야 임상시험업무수행이 가능하여 포괄적 위임에 따라 업무를 수행하는 임상시험수탁기관은 영세율 적용대상 업종이라는 행정해석 사례(국세청 서면부가-22032, 2015.2.17.)가 있다.

  (바) 식품의약품안전처는「약사법령」등에 따라 의약품 임상시험 계획승인을 받은 자는 임상시험 의뢰자로서의 책임과 의무를 준수해야하므로 해외의 의뢰자는 국내의 임상시험 관련 규정에 따른 책임과 의무를 이행하기 어렵기 때문에 해외제약사 등이 의약품 임상시험을 실시하기 위해서는 국내에 설립된 법인이나 임상시험수탁기관과 위탁계약을 해야 한다는 것이 공식적인 견해이다.

  (사) 의약품 등의 안전에 관한 규칙 별표 의약품 임상시험 관리기준에서 OOO에 대하여 임상시험과 관련된 의뢰자의 임무나 역할의 일부 또는 전부를 대행하기 위하여 의뢰자로부터 계약에 의해 위임받은 개인이나 기관을 말하는 것으로 신약을 개발하고 있는 제약회사로부터 임상시험을 위임받아 연구하는 ‘임상시험전문기관’이라고 정의하고 있고, 임상시험수탁기관은 임상시험 진행의 설계, 컨설팅, 환자모집, 모니터링, 데이터관리, 허가대행 등의 업무를 대행하고 있으며, 청구법인이 임상시험 연구개발 계약에 따라 OOO에게 제공한 용역의 범위는 ‘임상시험수탁기관’의 업무영역과 거의 동일하다.

  (아) 청구법인이 OOO에게 제공한 전술한 임상시험 관리용역은 OOO표준산업분류표(2007.12.28. 9차 개정) 업종분류에 따르면 ‘759XX 기타 사업지원 서비스업’에 해당하고, 이는 사업운영에 관련된 지원서비스를 제공하는 산업활동을 말하며, 사무지원 서비스업(문서 작성업, 복사업, 기타 사무 지원 서비스업)과 그 외 기타사업지원 서비스업(콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 전시, 컨벤션 및 행사 대행업, 신용 조사 및 추심 대행업, 포장 및 충전업, 그 외 기타분류 안된 사업지원 서비스업)으로 구분된다.

    특히, 그 중 ‘75919. 기타 사무지원 서비스업’의 경우 업종 예시사례로 문서발송 대리서비스, 연구활동 사무지원서비스, 일일사무행정 지원서비스, 차량등록대행서비스 등을 열거하고 있는데 청구법인이 제공한 임상시험관리(수탁)용역은 연구활동 사무지원서비스와 유사하다. 최근 연구활동 사무지원서비스는 OOO표준산업분류표 10차 개정(2017.1.13. 개정)에 따라 대분류 71XXX. 전문, 과학 및 기술서비스업, 세세분류 71600. 기타전문 서비스업에 해당하는 것으로 변경되었다.

    청구법인은 임상시험 실시용역(외주용역)을 수행한 것이 아니라 임상시험 관리용역을 수행한 것이므로 청구법인의 업종은「부가가치세법」제24조 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 아목에서 규정한 영세율 적용대상인 사업지원 서비스업에 해당한다. 따라서, 청구법인이 OOO에게 제공한 임상시험 관리(수탁)용역을 부가가치세 과세거래로 보아 과세한 처분은 위법하다.

 (2)「부가가치세법」상 ‘그 밖의 외화 획득 용역의 공급 등’을 영세율 적용대상으로 규정하고 있는 것은 해당 거래가 국내에서 이루어진다고 하더라도 실질적으로 수출의 효과가 있고 외화획득을 장려하기 위한 조세정책적 목적을 달성하려는 데 그 이유가 있는 것이므로 임상시험 관련 사업에 영세율을 계속 적용하여 국내시장을 더욱 활성화하고 장려함이 바람직하다.

 (3) 따라서, 청구법인은 보건업에 속하는 임상시험용역이 아니라 임상시험관리용역을 수행하므로 영세율 적용대상인 사업지원 서비스업에 해당하고, OOO와의 임상시험 연구개발 계약에 따라 국내에서 실시되는 임상시험 관련 업무를 포괄적으로 위임받아 청구법인의 책임과 계산 하에 수행하였으므로 의료기관에 외주를 주고 OOO에게 청구하여 지급한 임상시험용역대가를 청구법인의 영세율 과세표준에 포함하여야 하므로, 이와 어긋나는 이 건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

 (1) 처분청의 주위적 의견은 다음과 같다.

  (가) 외화 획득 용역에 대한 영세율은 「부가가치세법 시행령」제33조에 열거된 업종만 적용받을 수 있고, 보건업에 속하는 ‘임상시험용역’에 대한 영세율 적용은 2015.2.3. 개정(신설)된「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호 차목에 최초로 추가되어 동 개정 법령 시행 이후 최초로 공급하는 분부터 영세율을 적용받을 수 있는 것이므로 그 이전에 공급한 임상시험용역대가에 대하여 영세율을 적용할 수 없다.

  (나) 또한, 관련 개정세법 해설서상 ‘의료기관이 제공하는 임상시험용역’에 대하여 영세율을 적용한다고 되어 있으므로「약사법」상 의료기관에 해당하지 아니하는 사업자에 대하여는 위 개정 법령이 시행된 2015.2.3. 이후에 최초로 공급한 임상시험용역이라 할지라도 영세율을 적용하기 어렵다.

  (다) 주된 용역과 부수 용역을 결합하여 함께 공급하는 경우 주된 용역을 기준으로 해당 업종을 판단하여야 한다.

   1) 임상‘시험’용역은 사업지원 서비스업에 속하는 임상‘지원’용역에 포함될 수 없다. 사업지원 서비스는 주된 용역을 수행하지 않는 경우에 적용되는 것인바, 임상시험용역을 주된 업무로 하면서 지원용역을 수행하는 경우 그 주된 업무를 기준으로 영위 업종을 판단하여야 한다.

   2) 청구법인은 OOO와 체결한 임상시험 연구개발 계약에 따른 주된 용역인 임상시험용역을 자기의 책임과 계산 하에 국내 병원에 외주을 주어 수행하고 있고, 부수 용역인 임상지원용역을 포함하여 함께 결합된 용역을 OOO에게 제공하고 있다.

   3) OOO표준산업분류(9차 개정, 2008.2.1.시행) 제3항에서 산업활동이 결합되어 있는 경우 주된 활동에 따라서 분류하여야 한다고 규정하고 있고, 제5항에서 자기가 직접 실질적인 생산활동을 하지 않고 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산케 하고 이를 자기명의로 자기책임 하에서 판매하는 단위는 이들 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류한다고 규정하고 있다.

  (라) 청구법인이 임상시험 연구개발 계약에 따라 청구법인의 명의와 책임 하에서 OOO에게 결합하여 공급하는 임상시험 및 임상시험관리 용역 중 주된 용역은 임상시험용역이다.

   1) 청구법인이 OOO에게 제공하는 임상시험용역비의 구성을 보면, 임상 직접비와 임상 간접비로 되어 있다. 청구법인이 제출한 OOO에게 임상시험용역비를 청구한 세부내역에 의하면, 직접비는 의료기관이 수행한 것으로서 발생원가로 청구하고, 간접비는 청구법인이 수행한 것으로서 발생원가에 일정한 이윤(OOO)를 가산하여 청구한 것으로 되어 있다.

   2) 임상시험의 직접비와 간접비의 구성항목을 보면, 임상시험 직접비는 의료기관이 수행한 임상시험비(병원수수료)와 임상시험에 소요되는 임상약품비로 구성되어 있고, 임상시험 간접비는 직접비 이외의 비용으로 청구법인의 임상부서의 인건비와 기타 부대비용으로 구성되어 있으며, 그 직접비 비율은 OOO이고 간접비(이윤포함) 비율은 OOO로 직접비의 비율이 높다.

   3) OOO가 청구법인과 임상시험 연구개발 계약을 체결하고 임상시험 관련 업무를 포괄적으로 위임하는 주된 목적은 청구법인이 국내 의료기관을 통하여 외주로 수행하는 임상약 투약시험의 결과를 얻기 위한 것이므로 임상지원이 아니라 임상시험을 주된 용역으로 보아야 하고, 임상시험 연구개발 계약서상에도 임상시험 관련 업무를 청구법인이 완전히 포괄적으로 위임을 받아 자기의 책임 하에서 임상시험용역을 수행하는 것으로 되어 있다.

   4) 청구법인은 임상시험 연구개발 계약에 따라 OOO에게 임상시험용역을 제공하기 위해 임상개발기획, 병원선정, 모니터링, 결과데이터 제공 등 국내에서 수행되는 임상시험의 전 과정의 모든 업무를 수행하고 있고, 청구법인은 임상시험 관리(수탁)용역을 제공하고 있다고 주장하고 있으나 임상시험 연구개발 계약서상 임상시험을 할 국내의료기관과 임상시험계약을 체결할 권한을 가지고 직접 계약을 체결하며 그 결과를 제공받아 지속적이고 완전한 정보와 데이터를 OOO에게 제공하는 것으로 되어 있다.

   5) 청구법인은 임상시험 연구개발 계약에 따라 임상시험 결과를 포함한 임상시험 관련 모든 용역을 OOO에게 제공하여야 하고, 의료기관에 대한 임상시험 의뢰자로서의 국내 「약사법」상 책임을 직접 부담하고 있으며, 단순히 관리용역만을 제공하는 것이 아니라 임상시험용역을 국내 병원에 외주를 주는 방법으로 수행하여 그 결과를 OOO에게 직접 제공하고 있고, 이와 관련한 모든 비용도 청구법인이 OOO에게 청구하고 있다.

 (2) 처분청의 예비적 의견은 다음과 같다.

  (가) 청구법인이 제공하는 임상시험관리(지원)용역은 임상시험용역과 독립되는 별개의 것으로 보고 사회지원 서비스업에 해당하는 것으로 보더라도 이에 한하여 영세율을 적용하여야 하고, 보건업에 속하는 임상시험용역(직접비)의 대가에 대하여는 영세율을 적용할 수 없다.

  (나) 청구법인의 주장대로 직접비와 간접비로 구성된 임상시험용역대가 전부를 사업지원 서비스업에 해당하는 것으로 볼 경우, 사업지원 서비스를 수행하는 사업자는 모든 해외 공급분이 영세율이 적용되게 되는바, 이는 부가가치세법상 영세율 적용대상 외화 획득 용역의 열거 규정을 사문화시키게 된다.

  (다) 청구법인의 주장을 따를 경우 사업지원 서비스업을 영위하는 사업자가 지원업과 건설업을 함께 공급하는 경우 그 건설 대가에 대하여까지 영세율을 적용하게 되는 결과가 초래된다. 예를 들면, OOO 여행객이 국내에서 성형수술을 받는 경우 사업지원 서비스업자가 이를 포괄위임 계약으로 수행하면 성형수술비까지 영세율이 적용되는 결과를 초래하는바, 청구주장이 타당하지 아니함을 쉽게 알 수 있다.

  (라) 청구법인과 유사한 임상시험수탁업무를 수행하는 사업지원 서비스업자는 의료기관이 수행한 주된 부분인 임상시험비용에 대해 부가가치세 영세율이 아닌 일반세율을 적용하여 신고하고 있다. 청구법인이 제시한 예규(국세청 서면2014부가-22032, 2015.2.17.)의 납세자 질의내용 중 사실관계 내용을 보면 임상시험 관리(지원)용역수수료에 대하여 부가가치세 신고시 영세율로 신고하고 있으나, 병원에게 지급하는 수수료(임상시험대가)의 경우 의료기관이 수행한 용역부분에 대한 대가를 해외 제약사에 재청구하는 금액으로 보아 부가가치세 신고시 과세매출로 신고하고 있다고 되어 있다.

  (마) 청구법인이 수행한 임상시험관리용역은 전문, 과학 및 기술서비스업에 해당하지 않는다. 통상적인 전문, 과학 및 기술은 전문가의 연구를 통하거나 과학적인 진전을 이루어 내거나 새로운 기술을 개발하는 과정인데 반해, 임상시험은 그 결과가 좋든 나쁘든 관계없이 그 결과만을 기록할 뿐이므로 임상시험용역은 부가가치세가 면제되는 의료보건용역 및 학술연구용역, 기술연구용역에 해당하지 아니하는바(기획재정부 부가가치세과-236, 2014.3.17. 참조), 청구법인은 연구인력개발비 세액공제를 신청한 사실이 없다.

 (3) 결론적으로 청구법인은 OOO로부터 임상시험업무를 포괄적으로 위임받아 수행하여 주된 업무는 임상시험용역에 해당하고 임상시험지원(관리)용역은 부수적인 것으로써 이를 함께 제공하였으므로 청구법인이 OOO에게 공급한 용역은 전부가 보건업에 속하는 임상시험용역에 해당하는 것으로 보아야 하고, 보건업(임상시험용역)은 2015.2.3. 「부가가치세법 시행령」개정으로 최초로 영세율 적용대상에 포함되어 그 후 최초로 공급하는 용역부터 영세율이 적용되나 의료기관에 한하여 이를 적용받을 수 있으므로 처분청의 이 건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 외국법인과 임상시험을 위한 계약을 체결하여 국내 의료기관에게 임상시험을 의뢰하고 이를 관리하면서 그 용역 결과를 제공하였고, 외국법인이 국내 의료기관의 임상시험용역비를 청구법인을 통하여 지급하였으므로 그 대가 전부를 청구법인의 사업지원 서비스업 용역의 대가로 보아 부가가치세 영세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 부가가치세법

제14조【부수 재화 또는 용역의 공급】① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

제24조【외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등】① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령이 정하는 경우

 (2) 부가가치세법 시행령

제33조【그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위】② 법 제24조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.

1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에 공급되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것.

 나. 전문, 과학 및 기술 서비스업[수의업, 제조업 회사본부 및 기타 산업 회사본부는 제외한다]

 아. 사업시설관리 및 사업지원 서비스업(조경 관리 및 유지서비스업, 여행사 및 기타 여행보조 서비스업은 제외한다.)

차. 보건업(임상시험용역을 공급하는 경우로 한정한다)(2015.2.3. 신설)

부칙 <제26071호, 2015.2.3>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제37조 제2호가목 단서의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하고, 제40조 제1항제1호 사목, 제2호 라목ㆍ사목, 제7호 및 제8호, 제71조 제1항 제8호, 제73조 제1항 제13호ㆍ제14호, 같은 조 제3항ㆍ제5항 및 제96조의2의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.

 (3) OOO표준산업분류(9차 개정, 2008.2.1시행)

Ⅰ. 총설

 3. 표준산업분류 개요

  사. 산업분류의 원칙

   3) 산업활동이 결합되어 있는 경우에는 그 활동단위의 주된 활동에 따라서 분류하여야 한다.

   5) 자기가 직접 실질적인 생산활동은 하지 않고, 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산케 하고, 이를 자기명의로, 자기책임 하에서 판매하는 단위는 이들 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류하며, 제조업의 경우에는 그 제품의 고안에 중요한 역할을 하고 자기계정으로 재료를 제공하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 OOO와 ‘임상시험 연구개발 계약’을 체결하여 청구법인의 명의와 책임하에 국내 의료기관에게 임상시험용역을 외주 의뢰하여 수행하도록 하고, 이를 지원․관리하는 용역은 직접 수행하며, 그에 따른 임상시험결과를 OOO에게 제공하고 있고, 청구법인이 주장하는 그 거래의 흐름도는 다음과 같다.

 (2) 청구법인은 위 계약에 따라 임상시험용역의 지원 및 관리 등에 소요되는 간접비와 외주 의뢰한 의료기관이 임상시험용역을 수행하는데 필요한 직접비(의료기관의 연구비, 수수료, 약품비 등 임상시험비), 청구법인의 간접비 OOO 상당액을 청구법인의 이윤으로 하여 OOO에게 지급을 청구하고 그 용역대가를 OOO에게 지급할 외화매입채무와 서로 상계하였으며, 임상시험 및 관리 용역과 관련하여 청구법인이 OOO에게 청구한 대금과 청구법인이 신고한 부가가치세 영세율 과세표준 현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구법인이 OOO에 청구한 용역대금 구성 등

 (3) 청구법인은 OOO로부터 지급받은 위 대금 총액을 「부가가치세법」상 영세율 적용대상 외화획득 용역인 ‘사업지원 서비스업’에 해당하는 용역의 공급가액으로 보아 그 전부를 영세율 과세표준으로 하여 부가가치세 신고하였고,

   처분청은 청구법인이 OOO로부터 임상시험 연구개발 계약에 따라 임상시험에 관한 일체의 용역을 포괄적으로 위임받은 후, 임상시험용역을 의료기관에 외주 의뢰하고 이를 지원․관리한 용역의 결과를 결합하여 OOO에게 제공한 것으로써 그 주된 용역을 보건업에 해당하는 임상시험용역으로 보았으며,

   2015.2.3. 관련 「부가가치세법 시행령」이 개정되어 보건업 중 임상시험용역을 부가가치세 영세율 적용대상에 포함한다는 조항이 신설된 이후에도 의료기관만 동 신설 규정을 적용받을 수 있는 것으로 보아 청구법인의 이 건 임상시험 및 관리 용역과 관련하여 OOO로부터 지급받은 공급가액 전부를 영세율 과세표준에서 제외하여 이 건 부가가치세를 부과하였다.

 (4) 청구법인의 심판청구 이유서상 임상시험과 관련한 구체적인 사실관계는 다음과 같다.

  (가) 임상시험은 신약후보물질을 사람에게 처음 투여하고, 약물의 흡수, 분포, 대사, 배설검토, 부작용 및 안전한 약물용량을 확인하며, 건강한 성인 20～80명을 대상으로 하는 제1상 임상시험, 약물의 유효성과 안전성을 증명하고, 약리효과 확인, 적정용량 및 용법을 결정하며, 해당 경증환자 OOO명을 대상으로 하는 제2상 임상시험, 시험약의 유효성 확립 후 최종적으로 확증시험하고, 2～3년간의 장기간 관찰로 자료를 수집하며, 해당 환자 OOO명을 대상으로 하는 제3상 임상시험, 신약시판허가를 받은 신약의 실제 임상경험상의 안정성, 유효성, 부작용 자료를 수집하고, 새로운 약리효과(추가 적응질환)등을 시험하며, 신약의 최적 사용을 위한 연구를 위해 하는 제4상 임상시험으로 구분된다.

  (나) 국내에서 이러한 임상시험을 하기 위해서는 인체를 대상으로 한 안전성·유효성 자료 수집을 목적으로 해당 의약품을 사용하여 임상시험을 실시하고자 하는 자(의뢰자)가 「약사법」제34조에 따라 임상시험계획승인신청을 하여 식품의약품안전처장의 승인을 받아야 한다. 특히, 해외제약사 등이 의약품 임상시험을 실시하기 위해서는 국내에 설립된 법인이나 임상시험수탁기관과 계약을 통하여 임상시험 실시의 권한과 책임을 전부 위임하고 임상시험 의뢰자가 되어 식품의약품안전처장에게 임상시험계획 승인신청하여 승인을 받을 수 있다.

  (다) 식품의약품안전처는 「약사법령」등에 따라 의약품 임상시험 계획승인을 받은 자는 임상시험 의뢰자로서의 책임과 의무를 준수해야하므로 해외에 소재하는 의뢰자는 국내의 임상시험 관련 규정에 따른 책임과 의무를 이행하기 어렵다고 판단하고 있고,「약사법」 제34조 제3항 및 제34조의2 제1항에 따른 임상시험 실시기관이란 식품의약품안전처장이 별도로 지정하는 의료기관 또는 특수연구기관으로 실제 임상시험이 실시되는 기관을 말하며, 임상시험을 하려는 자는 지정된 임상시험 실시기관에서 임상시험을 실시하여야 한다고 규정하고 있다.

  (라) 2015년 12월 발간된 임상시험 관련 자주 묻는 질의·응답문 중 관련 부분의 내용은 다음과 같다.

  (마) 전 세계 임상시험개발 업무를 수행하는 해외관계회사 OOO는 청구법인과 임상시험 연구개발 계약을 체결하여 청구법인은 임상시험계획, 연구자 및 병원선정, 계약체결 및 협상, 임상시험용 의약품 배송, 모니터링, 연구개발 보고 등의 서비스를 제공하여 왔다.

  (바) 청구법인의 해외관계회사인 OOO은 1896년 설립되어 OOO에 본사를 두고 있고, OOO은 종양학, 면역학, 감염질환, 안과학, 신경과학에 강점을 지닌 세계 최대의 바이오 제약 기업이며, 체외진단 및 세포기반 암진단, 당뇨관리 등의 분야에서 선두기업이다.

  (사) 청구법인과 OOO간의 임상시험 연구개발 계약서 주요 부분을 발췌하여 번역한 내용은 다음과 같다.

○ 임상시험 연구개발 계약(번역본)

  (아) 청구법인은 상기의 모든 서비스를 제공하고 그 대가로 관리 등의 ‘간접비’와 간접비에 OOO를 가산한 이윤, 임상시험을 수행하는데 필요한 연구비 및 의약품비 등의 ‘직접비’를 OOO에게 청구하고 그 용역대가를 OOO에게 지급할 외화매입채무와 서로 상계하고 있다.

  (자) 임상개발계약에 따라 청구법인, 그 직원, 대리인 및 사내외 협력업체들이 생성, 취득, 제작하거나 고안한 모든 임상 및 약리학적 데이터, 발명, 발견, 개발물, 개량물, 지식, 저작권, 데이터 보호 및 기타 지식재산권, 데이터, 결과 및 기타 제품의 안전성과 효능에 관한 정보 등 청구법인이 수행한 작업의 모든 결과인 임상개발결과는 OOO의 독점적, 비제한적 자산이다.

   (차) 청구법인은 임상시험의 종류 및 목적, 임상시험 의뢰자에 따라 내부적으로 ‘글로벌 임상시험’과 ‘로컬 임상시험’으로 구분하고 있고, 글로벌 임상시험은 OOO와 임상시험개발계약에 따라 주로 신약시판 승인 전에 수행하는 임상시험의 경우를 말하며, 로컬 임상시험은 주로 신약시판 승인 후에 수행하는 의약품의 실제 임상경험상의 안정성, 유효성, 부작용 자료를 수집하고, 새로운 약리효과(추가 적응질환)등을 수행하는 것을 말한다.

  (카) 글로벌 임상시험은 OOO와 임상시험개발계약에 따라 신약시판 승인 전에 수행하는 임상시험으로 신약후보물질을 사람에게 처음 투여하고, 약물의 흡수, 분포, 대사, 배설검토, 부작용 및 안전한 약물용량을 확인하는 임상시험을 수행하기 위하여 청구법인이 임상시험 의뢰자가 되며 다음과 같이 순차적으로 업무가 진행된다.

   1) OOO에서 다국적 임상시험을 계획하면, 청구법인의 글로벌 임상시험 업무수행 부서와 미팅을 통해 연구목적, 연구방법 그리고 예상 진행기간 등을 공유한다.

   2) 청구법인은 해당분야의 의사 등을 대상으로 임상시험에 적합한 환자가 존재하는지, 연구자(의사)의 연구참여 의사가 있는지 등을 조사하고, 실행가능성을 검토하여 OOO에게 다국적 임상시험 참여의사를 확정하고, OOO로부터 임상시험계획 등 다국적 임상시험 관련 자료를 수령하여 OOO 내 임상시험승인을 위한 서류를 준비한다.

   3) 청구법인은 임상시험계획승인신청서와 검토에 필요한 서류를 식약처에 제출한다.

   4) 식약처 및 임상시험심사위원회로부터 임상시험계획의 승인을 받으면, 임상시험실시기관(병원)을 선정, 각 기관 및 연구자들과 임상시험계약을 체결하고, 환자등록절차를 거쳐 임상시험을 개시한다.

   5) 임상시험실시기관의 각 담당자(연구간호사, 담당약사 등)들은 등록한 환자 수, 공급된 의약품과 투여된 의약품에 대한 정보 등을 OOO가 운영하는 임상시험용 의약품관리시스템에 입력한다.

   6) OOO는 OOO의 임상시험실시기관에서 OOO를 통해 입력된 정보를 바탕으로 적정재고수준으로 의약품 양을 자동적으로 산정하고 임상시험실시기관에 의약품을 제공한다.

   7) 청구법인은 OOO에 대한 접속권한을 가지고 시스템을 통해 임상용 의약품이 각 임상시험실시기관에 잘 전달이 되는지 확인한다.

   8) 임상시험이 진행됨에 따라 연구자는 수집한 데이터(증례보고서)를 전자문서 형태로 OOO가 운영하는 보고시스템OOO에 입력하고, OOO는 시스템에 입력된 전 세계의 데이터를 분석한다.

   9) 청구법인은 임상시험실시기관에서 임상시험이 적절한 방법과 절차에 의해 실시되고 있는지 OOO에 위탁하여 모니터링을 하고 있다.

  (타) 로컬 임상시험은 연구자 임상시험이라고도 하며, 의약품의 실제 임상경험상의 안정성, 유효성, 부작용 자료를 수집하고, 새로운 약리효과(추가 적응질환)등을 시험하며, 신약의 최적 사용을 위한 연구를 위해 임상시험을 실시하고, 연구자가 임상시험 의뢰자가 되며 다음과 같이 순차적으로 업무가 진행된다.

   1) 임상시험 실시기관(병원) 소속 연구자가 필요한 시험연구항목에 대하여 청구법인에게 임상시험을 제안한다.

   2) 제안을 받은 청구법인은 제안된 임상시험을 검토하고 임상시험계획을 OOO에게 보내어 승인을 요청하며, 승인요청을 받은 OOO는 시험의 필요성과 타당성을 검토하여 임상시험계획을 승인한다.

   3) 승인 결과에 따라 연구자는 임상시험계획승인신청서와 검토에 필요한 서류를 식약처에 제출하여 승인을 받고, 임상시험기관 내 임상시험심사위원회의 승인과정을 임상시험 실시기관(병원) 또는 연구자가 직접 수행한다.

   4) 청구법인은 연구자 및 임상시험 실시기관(병원)과 임상시험계약을 체결한 후 연구비를 요양기관에게 지급하고 그 대가로 임상시험결과를 제공받는다.

   5) 청구법인은 임상시험에 필요한 의약품을 무상으로 요양기관에게 제공하고, 연구자는 환자동의 후 임상시험을 실시한다.

   6) 연구자의 임상시험결과보고서는 청구법인을 통하여 OOO에게 제출된다.

  (파) 글로벌 임상시험의 임상시험 실시기관(병원)과 청구법인이 체결한 임상시험연구계약서상 주요내용을 보면, 임상시험계획승인을 받은 청구법인은 임상시험 실시기관(병원)과 임상시험연구 계약을 체결하고, 계약서상에는 OOO는 임상시험 연구결과에 따른 지적재산권을 소유하며, OOO가 연구자에게 임상시험 의약품을 무상으로 제공하고, 청구법인이 식품의약품안전처로부터 임상시험계획승인을 받으며, 임상연구비 지급계획에 따라 연구비용은 임상시험 실시기관(병원)에 지급된다는 등의 내용이 포함되어 있다.

  (하) 로컬 임상시험의 임상시험 실시기관(병원)과 청구법인이 체결한 임상시험연구계약서상 주요내용을 보면, 청구법인은 임상시험계획승인을 받은 연구자(시험자) 및 임상시험 실시기관(병원)과 임상시험연구 계약을 체결하는 것으로 되어 있고, 연구자(시험자)는 청구법인에게 임상연구결과 보고서를 제공해야 하며, 청구법인은 연구자에게 임상시험 의약품을 무상으로 제공하고, 연구자(시험자)는 식품의약품안전처로부터 임상시험계획승인을 받고, 임상연구비 지급계획에 따라 연구비용은 임상시험 실시기관(병원)에 지급된다는 내용이 포함되어 있다.

 (5) 처분청이 발췌하여 제시한 청구법인과 OOO 간의 임상시험 연구개발 계약서의 주요 부분은 다음과 같다.

 (6) 처분청은 2015년 기획재정부 발간 개정세법 해설서상 「부가가치세법 시행령」 제33조 제2항 제1호를 개정하여 영세율 적용대상 외화획득 용역에 임상시험용역을 추가하였으나, 그 개정내용에 대하여 의료기관이 제공하는 임상시험용역을 영세율 적용대상에 추가하였다고 되어 있으므로 의료기관이 아닌 경우에는 위 개정 규정에 의하여 영세율을 적용받을 수 없다는 의견이다.

 (7) 청구법인이 처분청의 답변에 항변(1차)하여 추가한 주요 청구주장은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 임상시험용역과 임상시험 관리(수탁)용역을 함께 수행하거나 주된 용역에 부수하여 용역을 제공한 것이 아니므로 이를 전제로 하는 처분청의 의견은 타당하지 않고, 청구법인은 하나의 임상시험 관리(수탁)용역을 독립적으로 수행하면서 청구법인의 계산과 책임으로 임상시험용역을 의료기관에게 외주하는 방법으로 관련 용역을 수행하였다.

  (나) 청구법인은 자체적으로 임상시험을 하는 것이 불가능하므로 의료기관으로부터 임상시험용역을 공급받는 매입자이지 임상시험용역을 공급하는 매출자에 해당하지 않는다.

  (다) 그러나,「부가가치세법」상 용역의 공급가액은 용역 공급과 직접적인 대가관계가 있는 금전적 가치가 있는 모든 것을 포함하는 것이므로 청구법인이 OOO에게 청구한 직접비(외주 의료기관의 임상시험용역대가)와 간접비(청구법인의 임상시험 지원․관리비) 및 간접비에 OOO에 상당하는 청구법인의 이윤을 포함한 모든 용역대가가 ‘사업지원 서비스업’에 해당하는 것으로 보아 영세율 매출 과세표준에 포함하여야 한다.

  (라) 「부가가치세법」상 주된 공급의 부수적인 공급은 거래의 관행상 통상적으로 포함되어 공급되는지를 기준으로 구분하므로 위 직접비와 간접비의 비중은 임상시험 및 관리 용역이 독립된 용역인지 함께 공급하는 주된 용역과 부수 용역인지를 구분하는 기준이 될 수 없고, 처분청 의견과 같이 청구법인이 임상시험 및 관리 용역을 주된 용역과 부수 용역으로써 함께 OOO에게 제공한 것으로 볼 경우청구법인이「약사법」을 위배한 것이 되며, 청구법인이 OOO에게 공급하는 용역의 주된 목적도 임상시험 자체가 아니라 임상시험을 관리하는 수탁업무이다.

  (마) 청구법인은 임상시험을 실시할 의료기관을 선정하여 계약을 체결하고, 이를 모니터링하면, 임상시험에 사용되는 의약품을 주문, 배송, 관리하는 등의 업무를 수행하는 것은 수탁사무를 이행하는 것으로 이를 이유로 청구법인이 임상시험용역을 제공한 것으로 보는 것은 타당하지 않다. 예를 들어, 지방자치단체의 체육시설 수탁관리 사업자가 체육시설 관리 인력을 인력공급업자에게 외주를 주어 인력을 파견 받아 체육시설을 관리 운영하는 경우, 수탁관리 사업자는 위탁자인 지방자치단체에게 시설관리용역을 제공하는 것이지 인력공급용역까지 제공하는 것이 아니다.

  (바) 청구법인은 OOO와의 위탁계약에 따라 수탁자의 지위에서 임상시험 관리(수탁)를 수행하면서 임상시험에 관하여 모두 자기의 책임과 계산으로 의료기관에게 임상시험을 외주하였고, 청구법인에게 발생한 비용(의료기관에게 지급한 임상시험용역비)은 청구법인의 임상시험 관리(수탁)용역 공급에 따른 수익창출에 기여하므로 서로 직접적인 대가관계가 있다고 보아야 하며, 청구법인이 임상시험 관리용역의 대가에 의료기관의 임상시험용역비를 포함하여 OOO에게 청구하였으므로 그 대가 모두를 ‘사회지원 서비스업’에 해당하는 청구법인의 부가가치세 영세율 과세표준에 포함하여야 하고, 이러한다고 하여 「부가치세법」상 외화획득 용역의 열거규정을 사문화 시키는 것은 아니다.

  (사) 청구법인은「약사법」에 따라 임상시험용역을 직접 수행할 수 없고, 국가가 지정한 의료기관만이 임상시험을 실시할 수 있어 위탁하여야 하는 제한적인 거래조건 하에 있는 반면, 처분청이 청구주장을 반박할 목적으로 성형수술 의료행위를 위수탁한다는 가정하에서 제시한 예시는 진료행위가 일신전속(一身全屬)되는 것이어서 위탁할 수 없다는 점에서 차이가 있으므로 이와 비교하는 것은 부적절하다.

  (아) 청구법인이 제시한 질의회신문(국세청 서면2014부가-22032, 2015.2.17.)에서 임상시험수탁회사가 포괄적으로 위임을 받았는지와 자기계산과 책임 하에 임상시험 지원용역을 제공하였는지에 따라 「부가가치세법」상 과세표준은 대가 총액 또는 순수한 제공용역의 대가가 되는 것이므로 이는 계약서 등 거래내용에 따라 사실 판단하는 것이라고 회신하였으므로 자기 계산과 책임 하에 임상시험지원용역을 제공한 청구법인 사례의 경우는 외국법인에게 청구한 대가총액이 과세표준이 되는 것이다.

  (자) 청구법인이 OOO로부터 임상시험과 관련하여 포괄위임을 받아서 자기의 계산과 책임 하에 용역을 수행하였다는 사실은 처분청의 답변내용에 의하더라도 인정되는 사실이며, 청구법인이 실제 수행한 용역은 이를 관리하는 용역이므로 영위업종은 영세율 적용대상인 ‘사업지원 서비스업’으로 보고, 청구법인이 의료기관에 임상시험용역(‘보건업’ 해당)을 외주한 후 그 대가를 포함하여 OOO에 청구하였으므로 그 대가 총액을 청구법인의 영세율 과세표준에 포함하여야 한다.

  (차) 처분청이 임상시험은 의학의 기술 및 연구개발에 해당하지 않는다고 하면서 근거로 제시한 기획재정부 예규(부가가치세과-236, 2014.3.17.)는 임상시험용역이 부가가치세 면제대상 업종에 해당하지 않는다는 것이므로 영세율 적용 관련 이 건과는 무관하다.

  (카) 외국법인이 청구법인을 거치지 아니하고 국내 의료기관으로부터 직접 임상시험용역을 제공받은 경우, 국내 의료기관이 제공한 용역은 「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호 차목(2015.2.3. 신설)에서 규정한 보건업 중 임상시험용역에 해당하여 영세율이 적용되므로 국가 입장에서는 이 건과 같이 계약 및 거래하는 경우와 비교할 때 부가가치세 세수에 차이가 없다.

 (8) 처분청이 청구법인의 항변(1차)에 대하여 추가한 주요 답변 내용은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 자기 계산과 책임으로 주된 용역인 임상시험용역과 부수 용역인 임상시험지원용역 모두를 OOO에게 공급하여 왔고, 일반적으로도 하나의 법인이 수행하는 주된 용역과 부수 용역은 결합되어 복합적으로 이루어지며, OOO표준산업분류에서도 산업활동이 결합되어 있는 경우 주된 활동에 따라서 분류하여야 한다고 규정하고 있고, 청구법인 스스로 의료기관에 대한 외주 임상시험용역비를 청구법인의 직접비로 관리비용 등을 청구법인의 간접비로 인정하고 있는바, 청구법인의 주된 용역을 사회지원 서비스업이 아니라 보건업에 해당하는 임상시험용역으로 보아야 하며, 용역의 외주 의뢰는 그 업무수행 방식의 하나에 불과하다.

  (나) 청구법인과 OOO 간의 ‘임상시험 연구개발 계약서’ 제1조 1-1항에서도 “본 계약에 따라 (청구법인이) OOO에서 임상시험 및 의학 및 임상연구를 수행한다.”고 명시하고, “OOO의 표준작업지침서에 따라 대한민국에서 임상시험을 개시하고 수행하는 것”으로 영업의 목적과 대상을 명확히 규정하고 있다.

  (다) OOO표준산업분류(9차 개정, 2008.2.1.시행) 상의 산업분류 적용원칙을 보면 총설 제5항에서는 자기가 직접 실질적인 생산활동을 하지 않고 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산케 하고 이를 자기명의로 자기책임 하에서 판매하는 단위는 이들 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 국내 의료기관과 외주용역계약을 체결하고 임상시험용역결과를 제공받아 이를 청구법인 자기의 명의로 자기의 책임 하에서 제공하는 경우에는 청구법인이 임상시험용역(보건업 해당)을 제공한 것으로 보아야 한다.

  (라) 가사, 청구주장과 같이 청구법인의 제공하는 임상시험 및 그 관리 용역을 각각 독립적인 별개의 것으로 볼 경우, 청구법인 임상시험 관리(지원)용역은 ‘사업지원 서비스업’에 해당하여 영세율 적용대상으로 볼 수 있다 할지라도, 2015.2.13.「부가가치세법 시행령」 개정으로 임상시험용역(보건업)에 대하여 영세율을 적용하도록 하는 규정이 신설되기 이전에는 본래 임상시험용역(보건업)은 영세율 적용대상으로 열거하고 있지 아니하여 영세율을 적용받을 수 없는 것이므로 임상시험용역(보건업)대가까지 ‘사업지원 서비스업’에 해당하는 것으로 보아 영세율 적용대상에 포함시켜 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다는 예비적 의견을 제시하는 것이다.

  (마) 또한, 설령 청구주장과 같이 청구법인이 임상시험용역을 포함하여 포괄적으로 임상관리용역을 제공한 것으로 보더라도 임상시험용역은 의료기관에 외주를 주어 발생한 비용 등을 단순히 OOO에게 재청구하는 행위를 한 것일 뿐이므로 이를 영세율이 적용되는 사업지원 서비스업에 해당하는 용역의 실질적인 국외공급 및 그 대가로 볼 수는 없는 것이다.

  (바) 청구주장은 영세율 적용대상인 사업지원 서비스업을 영위하므로 이에 해당하지 아니하는 용역의 대가도 영세율 과세표준에 포함하여야 함을 전제로 하고 있으나, 「부가가치세법 시행령」제33조 (그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위) 제2항 제1호에서 규정한 영세율의 적용대상은 ‘각 목에 어느 하나에 해당하는 사업에 해당하는 용역’이라고 규정하고 있는바, 납세자가 수행하는 용역의 성격에 따라 영세율 적용대상 여부를 판단하여야 하는 것이다. 즉, 명목상 어떠한 업종을 영위함을 표방하더라도 그 실질적인 용역의 내용이 법령상 열거하고 있는 영세율 적용대상 업종의 용역에 해당하지 않는 경우에는 영세율을 적용받을 수 없는 것이다.

  (사) 청구법인이 항변서에서 제시한 조세심판례(조심 2015중1439, 2016.3.14.)에서도 “위탁받아 운영하는 사업비 부분 중 단순집행으로 볼 수 있는 항목을 평가하여 이를 과세표준에서 제외한 것”이 타당하다고 설시한바, 납세자가 영세율 대상이 아닌 용역과 해당하는 용역을 함께 위수탁하는 계약을 체결하였다 하여 영세율 대상이 아닌 용역대가까지 그 전부를 영세율 과세표준에 포함하여야 한다는 청구주장은 타당하지 아니한다는 처분청의 의견과 부합한다.

  (아) 청구법인이 사례로 들고 있는 건물신축 위탁계약 사례에서 직접 건설활동을 수행하지 않고 다른 건설업자에게 일괄 도급하는 경우에는 이를 ‘부동산업’으로 OOO표준산업분류에서 별도로 규정하고 있어 위탁용역의 여부에 따른 업종의 구분을 논할 필요가 없고, 시설수탁관리업자가 관리인력을 인력공급업자에게 외주를 주는 사례는 인력공급업의 경우 산업분류상 명백하게 사업서비스업(7512. 인력공급업)으로 규정함에 따라 외주한 시설수탁관리업자가 사업서비스업에 해당하는 것과 관련이 없는 문제이다.

  (자) 처분청이 임상시험용역의 경우 영세율 대상 전문, 과학 및 기술서비스업에도 해당하지 않는다는 의견을 제시한 데에 대하여는 청구주장이 없으므로 답변을 생략한다.

 (9) 청구법인이 2차로 항변하여 새로이 제시한 주요 청구주장은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 임상시험용역의 공급자인 병원(의료기관)으로부터 임상시험결과를 제공받고 이를 기초하여 외국법인에게 임상시험관리용역을 공급하였으므로 청구법인은 하나의 용역을 공급한 것으로 보아야 하고 처분청이 이를 결합한 용역을 청구법인이 제공한 것으로 판단한 것은 잘못된 것이다.

  (나) 청구법인과 OOO간의 임상시험 연구개발 계약서 제1조 1-1항은 청구법인이 OOO에서 임상시험을 관리하기 위한 용역수행범위를 규정하고 있는 조항이므로 이를 근거로 임상시험용역을 관리 용역과 결합하여 수행한 것으로 처분청이 본 것은 자의적이다.

  (다) 자기가 직접 실질적인 생산 활동을 하지 않고 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산케 하고 이를 자기명의로 자기책임 하에서 판매하는 단위는 이들 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류한다는 OOO표준산업분류상의 산업분류 적용원칙은 자기계정으로 생산하게 하고 판매한다는 사실관계를 전제로 하는 것이나, 청구법인은 임상시험 실시기관으로부터 임상시험용역을 제공받은 자에 불과하고 자기 명의로 임상시험용역을 제공할 수 없으므로 위 산업분류 적용원칙을 이 건에 적용하는 것은 타당하지 않고, 같은 맥락으로 임상시험 실시기관이 제공하는 임상시험용역과 임상시험 수탁기관이 제공하는 임상시험 실시자의 역할은 차이가 있는 것이다.

  (라) 청구법인이 의료기관에 외주를 주어 발생한 임상시험용역비는 단순한 그 비용을 OOO에 재청구한 것이 아니라 임상시험 관리용역을 수행하면서 청구법인의 책임과 계산 하에 의료기관에게 임상시험용역을 외주 의뢰한 것이고, 의료기관에 외주 의뢰한 임상시험용역비가 청구법인이 임상시험관리용역을 수행하여 수익을 창출하는 것과 직접적인 대가관계가 있다고 보아야 하므로 청구법인이 의료기관에게 외주한 임상시험용역이 영세율 적용대상인 ‘사업지원 서비스업’에 해당하지 않는다는 이유로 그 대가를 영세율 과세표준에서 제외하여야 한다는 의견은 법적 근거가 없는 것으로 보아야 한다.

  (마) 청구법인이 제공한 임상시험 관련 용역은 그 업종 구분에 있어서 사업지원 서비스업에 해당하면서, 전문․과학 및 기술서비스업으로 분류될 수도 있고, 그 용역비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 받지 않았다고 하여 전문․과학 및 기술서비스업에 해당하지 않는다고 보는 것은 타당하지 않으며, 국세청 예규(부가가치세과-895, 2010.7.14.)에서 통계청은 임상시험관리용역을 전문, 과학 및 기술서비스업에 해당한다는 의견을 제시하고 있다.

 (10) 처분청이 청구법인의 2차 항변에 대하여 새로이 제시한 주요 답변 내용은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 자기 계산과 책임으로 주된 용역인 임상시험용역과 부수 용역인 임상지원용역을 모두 공급하여 독립적이고 완전한 임상시험결과를 OOO에게 제공한 것을 청구주장과 같이 단순히 하나의 부차적 용역인 임상시험관리용역만을 제공한 것으로 볼 수는 없고, 주된 산업활동에 따라 그 업종을 보건업으로 구분하여야 한다.

  (나) 청구법인이 국내 의료기관과 외주용역계약을 체결하고 임상시험용역결과를 제공받아 이를 청구법인이 자기의 명의와 책임으로 제공하는 경우에는 청구법인이 임상시험용역을 제공한 것으로 보아야 하고, 청구주장과 같이 외주를 통해 임상시험용역을 수행하였다 하여 청구법인이 OOO에게 임상시험관리용역만 제공한 것으로 볼 수는 없는 것이다.

  (다) 청구법인과 OOO 간의 임상시험 연구개발 계약서상 첫째항과 마지막항에서 OOO의 표준작업지침서(SOP)에 따라 임상시험을 개시하고 수행하여 최종 SOP에 의하여 임상시험을 종료한다고 약정하고 있는바, 이는 청구법인이 자신의 명의와 계산과 책임으로 임상시험을 개시․수행․종료하는 것이고, 청구법인이 이를 외주의 방법으로 수행하는 것이며, 그 외 둘째항부터 다섯째항까지는 임상시험지원용역에 관한 약정내용이다.

  (라) 또한, 위 계약서 제1조 1-1항 뿐만 아니라 제2조(보고 및 비밀유지)에서 청구법인은 계약에 따른 활동을 통하여 수행된 임상개발 작업과 진행상황 및 결과에 대하여 당사자간 합의한 규칙과 양식에 따라 완전하고 지속적인 정보를 외국법인에 제공한다고 정하고,

    제3조(임상개발결과)에서 청구법인, 그 직원, 대리인, 사내외 협력업체들이 생성, 취득, 제작하거나 고안한 모든 임상과 결과 및 기타 제품의 안전성과 효능에 관한 정보와 그에 대한 수정과 기타 본 계약에 따라 청구법인이 수행한 작업의 모든 임상개발결과는 OOO의 독점적, 비제한적 자산이라고 정하고 있는바,

    본 계약에 따라 청구법인이 외국법인에 제공한 임상개발결과의 용역은 임상시험용역과 임상지원용역을 모두 포함하는 것으로써 결합된 용역에 해당함에도 단순히 임상시험을 관리․지원하는 용역으로써 영세율 적용대상인 ‘사업지원 서비스업’에 해당하는 용역만 청구법인의 수탁용역이라는 청구주장은 타당하지 않다.

  (마) 위의 주위적 의견과 관련된 내용 이외에 처분청의 보조적․예비적 의견 등의 내용은 당초 추가로 제출한 답변서의 내용과 그 취지가 같다.

 (11) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 청구법인은 외국법인인 OOO와 임상시험을 위한 계약을 체결하여 국내 의료기관에게 임상시험을 의뢰하고 이를 관리하면서 그 용역 결과를 제공하였고, 외국법인이 국내 의료기관의 임상시험용역비를 청구법인을 통하여 지급하였으므로 그 대가 전부를 청구법인의 사업지원 서비스업 용역의 대가로 보아 부가가치세 영세율을 적용하여야 한다고 주장하나,

  (나) 외화 획득 용역에 대한 부가가치세 영세율을 「부가가치세법 시행령」제33조에 열거된 업종에 해당하는 용역에 대하여만 적용받을 수 있는 것이고, 보건업에 속하는 임상시험용역에 대한 영세율 적용은 2015.2.3. 개정(신설)된 「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호 차목에 최초로 추가되어 동 개정 법령 시행 이후 공급하는 분부터 영세율을 적용받을 수 있는 것인바,

    그 이전에 공급한 임상시험용역의 경우 의료기관 등 임상시험실시기관이라 하더라도 영세율을 적용받을 수 없음에도 의약품의 도소매 및 사업지원 서비스업 등을 영위하는 외국 제약회사의 국내법인인 청구법인과의 위수탁 계약을 매개로 임상시험용역의 대가가 청구법인을 통하여 수수되었다는 등의 이유로 이에 대하여 청구법인에게 영세율을 적용하기는 어려워 보이는 점,

  (다) 청구법인은 OOO로부터 임상시험 및 그 관리 용역을 포괄적으로 위임받아 청구법인의 책임과 계산으로 업무를 수행하였으므로 청구법인이 위수탁 계약을 통하여 OOO로부터 지급받아 국내 의료기관에게 지급한 임상시험용역의 대가를 청구법인의 영세율 과세표준에 포함하여야 한다고 주장하면서도

    2015.2.3.「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호 차목에 임상시험용역이 영세율 적용대상으로 신설되기 이전에 공급한 임상시험용역의 대가에 대하여 영세율을 적용받을 목적으로 청구법인은 사업지원 서비스업에 속하는 임상시험관리용역만 수행한 것으로 보아야 한다는 서로 모순되는 주장을 하고 있는 점,

  (라) 청구법인은 임상시험용역의 경우「약사법」상 인가된 임상시험실시기관만이 수행할 수 있어 청구법인으로서는 임상시험을 의료기관에게 외주로 의뢰할 수 밖에 없으므로 임상시험관리용역만 수행한 것으로 보아야 한다고 주장하나,

    만일 그렇다고 인정할 경우 애당초 영세율 적용대상에 해당하는 용역이 아니었고, 의료기관이 아니어서 수행하지도 않은 임상시험실시용역의 대가를 청구법인의 영세율 과세표준에 포함하기는 어렵다 할 것이며,

    해외 제약사가 국내에서 의약품 임상시험을 실시하기 위해서는「약사법」등에 따라 임상시험 의뢰자로서 책임과 의무의 준수를 담보할 수 있는 임상시험수탁기관 등의 국내법인과 위탁계약을 체결하여야 하고,

    청구주장에서 인정하는 바와 같이 청구법인이 임상시험수탁기관과 거의 동일한 지위에서 OOO로부터 적법․유효하게 국내에서 실시되는 임상시험에 관한 모든 업무를 포괄적으로 위탁받은 후 「약사법」에 저촉되지 않도록 그 업무의 일부인 임상시험을 국내 의료기관에게 외주를 주고 청구법인이 이를 관리하는 방법을 택하여 청구법인의 책임과 계산으로 임상시험 및 그 관리 용역을 포괄적으로 수행하였으므로 임상시험용역에 관하여 청구법인이「부가가치세법」상 도관에 불과한 것으로 취급할 수 없다고 보이는 점,

  (마) 청구법인은 임상시험관리용역을 수행하고, 동 용역이 영세율 적용대상인 사업지원 서비스업에 해당하므로 청구법인이 OOO로부터 임상시험관리용역과 함께 포괄적으로 위임받은 임상시험용역의 대가 전부에 대하여 청구법인에게 영세율을 적용하여야 한다고 주장하나,

    부가가치세 영세율을 적용받을 수 있는 사업을 영위하는 법인이라 하여 모든 용역의 대가에 대하여 영세율을 적용받을 수 있는 것이 아니라「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호의 법문에 따라 영세율 적용대상 사업에 해당하는 용역에 대하여만 영세율을 적용받을 수 있는 것인바,

    임상시험용역의 경우 2015.2.3.「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호 차목이 신설되기 이전에는 영세율 적용대상이 아니었음에도 불구하고 청구법인이 해당 사업을 지원하는 서비스업을 영위하면서 이와 관련한 사업 전체에 관한 포괄적인 위수탁계약을 체결하였다 하여

   「부가가치세법」상 영세율 적용대상이 아닌 사업에 해당하는 주된 용역의 대가를 포함하여 그 전부를 영세율 과세표준에 포함하여야 한다는 취지의 청구주장을 받아들일 경우 사업지원 서비스를 영위하는 업체와 포괄적인 위수탁계약을 체결하면 모든 용역을 영세율 적용대상에 포함시킬 수 있게 되어 수긍할 수 없는 결과를 초래하는 점,

  (바) 처분청의 주위적 의견과 같이 청구법인과 OOO 간의 임상시험 연구개발 계약내용에 따라 청구법인이 OOO로부터 임상시험 및 그 관리 용역을 포괄적으로 위임받아 청구법인의 명의 및 책임과 계산으로 임상시험 및 그 관리 용역을 수행하고, 그 결합으로 도출된 용역의 결과를 청구법인이 OOO에게 직접 제공하였으며,

    OOO가 위와 같이 임상시험에 관하여 청구법인에게 포괄적으로 위임을 하는 주된 목적은 청구법인이 국내 의료기관을 통하여 수행하는 임상약 투약시험의 결과를 얻기 위한 것이므로 그 주된 용역은 임상지원이 아니라 임상시험으로 보아야 할 것이고,

    청구법인은 임상시험실시에 관하여 OOO와의 계약에 따른 권한(임상시험을 실시할 국내 의료기관 선정 및 임상시험 계약체결 권한 등)과 의무(지속적이고 완전한 임상시험 정보를 OOO에게 제공할 의무 등)만을 갖는 것이 아니라 임상시험 의뢰자로서 국내「약사법」상 임상시험 관련 규정에 따른 책임도 직접 부담하고 있는 점 등에 비추어

    청구법인이 OOO로부터 포괄적으로 위임받아 청구법인의 책임과 계산으로 수행한 임상시험 및 그 관리 용역 중 주된 용역은 임상시험용역이라 할 것이다.

  (사)「부가가치세법」제14조 제1항 제1호 및 제2호에서 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역과 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다고 규정하고 있는바,

    보건업 중 임상시험용역에 한정하여 부가가치세 영세율 적용대상 용역에 추가하는 것으로 2015.2.3. 개정(신설)된 「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호 차목의 규정은 그 부칙 제2조에 따라 동 개정 법령 시행 이후 용역을 공급하는 분부터 적용되므로 청구법인이 동 개정 법령 시행 이전에 OOO에게 공급한 임상시험 및 그 관리 용역에 대하여 처분청이 영세율 적용을 배제하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

  (아) 다만, 처분청은 위 개정(신설) 법령은 2015년 기획재정부 발간 개정세법 해설서상 의료기관이 제공하는 임상시험용역을 영세율 적용대상에 추가한 것으로 설명하고 있으므로 「약사법」상 의료기관에 해당하지 아니하는 청구법인과 같은 사업자는 관련 법령의 개정에 불구하고 영세율을 계속하여 적용받을 수 없는 것으로 해석하여야 한다는 의견이나,

    2015.2.3. 개정(신설)된 「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호 차목에서 보건업 중 임상시험용역을 공급하는 경우로 한정하여 영세율을 적용하도록 규정하고 있을 뿐 의료기관에 한정하여 영세율을 적용하도록 명시하고 있지 아니하고,

    식품의약품안전처가 2015년 12월 발간한 임상시험 관련 질의․회신에 의하면 「약사법」등에 따라 의약품 임상시험 계획의 승인을 받은 자는 임상시험 의뢰자로서의 책임과 의무를 준수하여야 하므로 해외의 의뢰자는 국내의 임상시험 관련 규정에 따른 책임과 의무를 이행하기 어렵다고 판단하여, 해외 제약사 등이 국내에 설립되어 있는 임상시험수탁기관 등과 계약을 통하여 임상시험 실시의 권한과 책임을 전부 위임한 경우 임상시험을 실시할 수 있으며, 이와 같은 경우 의약품 임상시험 계획 승인을 받은 임상시험수탁기관이 임상시험 관련 규정에 따른 임상시험 의뢰자가 된다고 해석하고 있는바,

    처분청 의견과 같이 2015.2.3. 개정(신설)된 「부가가치세법 시행령」제33조 제2항 제1호 차목의 조항을 의료기관에 한정하여 적용받을 수 있다고 유추해석할 경우 외화획득을 장려하기 위하여 임상시험용역을 영세율 적용대상에 추가한 위 신설 조항이 형해화될 것으로 보이는 점 등에 비추어

    처분청이 위 신설 조항을 의료기관에게 한정하여 적용하여야 한다고 보아 그 시행 이후 청구법인이 OOO에게 공급한 임상시험 및 그 관리 용역에 대하여「부가가치세법」제24조 제1항에 따른 영세율 적용을 배제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과처분한 부분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호․제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.