가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점매입세금계산서는 가공매입세금계산서가 아니다.

 대금흐름과정만 보면 실물거래 없이 대금만 수수한 것으로 볼 수 있으나, 실물거래가 존재하였으므로 가공거래라고 할 수 없고, 가공거래라고 하더라도, 쟁점매입세금계산서상의 거래로 청구법인은 부채가 증가하였고, 부채 상당액이 다시 유입되었으므로 청구법인의 순자산에는 영향이 없다.

 (2) 쟁점매출누락금액을 익금에 산입한 것은 부당하다.

 처분청은 쟁점매출처의 매입계산서합계표와 청구법인의 매출계산서합계표의 차액을 익금에 산입하여 법인세를 경정하였으나, 청구법인이 2013사업연도 법인세 신고시 작업진행률에 의해 계상한 공사수입금액은 적정하므로 쟁점매출누락금액을 익금에 산입하여 과세한 처분은 부당하다.

 (3) 2013사업연도 비용 중 결산서에 반영되지 아니한 퇴직금 OOO원, 2013년 5월 급여 OOO원 및 OOO에게 지급한 굴삭기 리스이자 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금에 산입하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점매입은 실물거래 없는 가공거래에 해당한다.

 청구법인은 (주)OOO의 매입장부OOO를 제시하면서 실거래라고 주장하나 (주)OOO는 2012년 제1기 및 2013년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 쟁점매입처에게 OOO원, 청구법인에게 OOO원 총 OOO원의 매출세금계산서를 발행하고 (주)OOO 등 25개 업체에게 OOO원 매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 (주)OOO의 매입, 쟁점매입처의 매출과 관련된 매입이 아닌 청구법인의 매출과 관련된 매입으로 보이므로 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없는 가공거래로 보아 과세한 처분은 정당하다.

 (2) 쟁점매출누락금액을 익금에 산입한 것은 정당하다.

 청구법인은 쟁점매출처의 매입계산서와 청구법인의 매출계산서와의 차액에 대하여 매출누락이 아니라는 사실을 입증 하지 못하였으므로 쟁점매출누락금액을 익금에 산입하여 과세한 처분은 정당하다.

  (가) 청구법인 및 (주)OOO의 대여금 장부를 제시하면서 청구법인의 순자산에는 영향을 미치지 않는다고 주장하나, (주)OOO 거래처 원장OOO의 전기이월금액 및 잔액과 청구법인의 거래처원장〔계정과목 : 단기대여금, 거래처 : (주)OOO〕의 전기이월금액 및 잔액이 일치하지 아니하고, 2012.11.9. 청구법인에게 재 입금된 금액OOO이 기재되어 있지 아니하며, 대여금과 관련된 증빙을 제출하지 아니하였다.

  (나) 청구법인의 OOO 해당 사업연도말 작업진행률은 99.67%OOO이나 67.03%로 신고하였고, 청구법인의 OOO공사 해당 사업연도말 작업진행률은 99.98%OOO이나 97.89%로 신고하였으며, 청구법인의 OOO공사 해당 사업연도말 작업진행률은 99.6%OOO이나 76.20%로 신고하였고, 청구법인의 2013사업연도 법인세 신고서상 전기말누적수입계상액과 2012사업연도 법인세 신고서상 누적익금산입액의 금액이 일치하지 않는 등 신고내역이 불분명하여 법인세 신고서상 작업진행률에 의해 계상한 공사수입금액을 신뢰하기 어려우므로 쟁점매출금액을 신고누락한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

 (3) 2013사업연도 비용 중 결산서에 반영되지 아니한 쟁점금액을 손금산입하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 해당 퇴직금 및 급여에 대하여 금융증빙 없이 퇴직금산정 및 급여․상여대장만을 제출한 것으로 보아 해당 퇴직금 및 급여는 현재까지 지급하지 아니하였고, 청구법인이 2013.6.30. 폐업됨에 따라 장래에 지급할 가능성도 보이지 않으며, 원천징수이행상황신고 및 지급조서가 제출되지 않아 청구법인이 제시한 증빙자료만으로 손금에 산입할 수 없고, 리스이자비용은 이자비용 산입 및 지급에 대한 금융증빙이 없어 청구법인이 제시한 증빙자료만으로는 손금에 산입할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

  ② 쟁점매출누락을 익금에 산입하여 과세한 처분의 당부

  ③ 쟁점금액을 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률제11608호로 개정되기 전의 것)

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항․제2항․제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 겨우의 매입세액은 제외한다.

 (2) 법인세법

제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (3) 법인세법 시행령

제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 처분청은 청구법인이 아래 <표1>과 같이 쟁점매입처로부터 가공세금계산서를 발급받은 것을 가공거래로 확정 및 쟁점매출누락금액을 익금에 산입하여, 법인세 및 부가가치세를 경정한 사실이 국세청 전산자료, 부가가치세 경정결의서, 법인세 경정결의서, 자료상조사종결보고서 등에 의하여 확인된다.

<표1> 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출금액 내역

  (나) 처분청이 제시한 청구법인과 쟁점매입처와의 공동구매 약정서의 주요내용은 다음과 같다.

  (다) 처분청이 제시한 (주)OOO와 쟁점매입처와의 공동구매 약정서의 주요내용은 다음과 같다.

  (라) (주)OOO는 2001.4.2. 개업한 농산물 도․소매업을 주업종으로 하는 법인으로 2013.4.23. 직권으로 폐업되었고, 청구법인과 (주)OOO의 2012사업연도말 현재 주주현황은 아래 <표2>․<표3>과 같이 구「법인세법 시행령」제87조 제1항 제4호 소정의 특수관계자에 해당함이 국세청 전산자료에 의하여 확인된다.

<표2> 청구법인의 2012사업연도말 현재 주주현황

<표3> (주)OOO의 2012사업연도말 현재 주주현황

  (마) 청구법인이 쟁점매입처에게 대금결제한 내용을 보면, 청구법인은 아래 <표4>․<표5>․<표6>과 같이 기업구매자금 대출을 받아 쟁점매입처의 계좌에 송금하였고, 쟁점매입처는 (주)OOO에 재송금, (주)OOO는 다시 청구법인에게 재송금하였으며, 이와 관련된 세금계산서를 발행 및 수수한 사실이 확인된다.

<표4> 세금계산서 수수내역 및 대금의 흐름

<표5> 거래처 결제대금 지급내역

<표6> 국세청 전산자료에 의해 확인되는 세금계산서 수수내역

  (바) 쟁점매출처와 청구법인간에 공사현장별 매출내역 및 OOO전산자료에 의하여 확인되는 매출누락 내역은 아래 <표7>․<표8>과 같다.

<표7> 쟁점매출처의 공사현장별 매출내역

<표8> 매출계산서합계표 및 매입계산서합계표 불부합 내역

  (사) 2013.3.29. 청구법인의 부도로 인한 쟁점매출처의 직불금액 중 처분청이 대응원가로 인정하여 2013사업연도에 손금으로 산입한 내역은 아래 <표9>와 같다.

<표9> 쟁점매출처의 하도급업체에 대한 직불금액 손금산입내역

  (아) 쟁점매출처와 청구법인간의 2013사업연도 기성고조서를 정리한 내역은 아래 <표10>과 같다.

<표10> 기성고내역

  (자) 쟁점매출처가 청구법인에게 2013.5.21. 내용증명으로 하도급계약해지 통보를 하였다.

  (차) 청구법인의 2013사업연도 법인세 신고서 수입금액조정명세서상 확인되는 공사현장별 수입금액 계상내역은 아래 <표11>과 같다.

<표11> 2013사업연도 공사현장별 수입금액 내역

  (카) 청구법인 및 (주)OOO의 2012사업연도 법인세 신고내역은 아래 <표12>와 같다.

<표12> 2012사업연도 법인세 신고내역

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2012.6.7. 및 2012.11.9. OOO에서 구매자금대출로 쟁점매입처의 계좌에 OOO원 및 OOO원을 송금하였고, 쟁점매입처는 2012.6.7. 및 2012.11.9. (주)OOO에게 수수료를 제외한 OOO원 및 OOO원을 송금하였으며, (주)OOO는 2012.6.7. 및 2012.11.9. 청구법인에게 OOO원 및 OOO원을 송금하였음이 확인되었으나 청구법인은 이와 관련된 증빙을 제출하거나 해명을 하지 못한 점, 청구법인과 (주)OOO가 특수관계에 해당하고, 청구법인이 재화의 이동내역 등 실물거래와 관련한 증빙을 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인은 관계사대여금에 대하여도 주장만 할 뿐 관련 증빙을 제출하지 않은 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

 (3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청이 쟁점매출처의 매입계산서합계표와 청구법인의 매출계산서합계표의 차액을 매출누락한 것으로 보아 익금에 산입하여 법인세를 경정한 처분에 대하여, 청구법인은 2013사업연도 법인세 신고시 작업진행률에 의해 계상한 공사수입금액은 적정하므로 쟁점매출누락금액을 익금에 산입한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인의 2013사업연도 법인세 신고서상 전기말누적수입 계상액과 2012사업연도 법인세 신고서상 누적익금산입액의 금액이 일치하지 않는 등 신고내역이 불분명하여 법인세 신고서상 작업진행률에 의해 계상한 공사수입금액을 신뢰하기 어려운 점, 청구법인은 2013.6.30. 직권으로 폐업되었으므로 2013사업연도 작업진행률 계산의 실익이 없어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 2013사업연도 법인세 신고시 작업진행률에 의해 계상한 공사수입금액이 적정하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 (4) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 손금산입하여야 한다는 퇴직금 및 급여에 대한 금융증빙 등 없이 퇴직금산정 및 급․상여 대장만을 제출한 것으로 보아 해당 퇴직금 및 급여는 현재까지 지급하지 아니한 것으로 보이고, 청구법인이 2013.6.30. 폐업됨에 따라 장래에도 지급할 가능성이 없으며, 원천징수이행상황신고 및 지급명세가 제출되지 아니하여 청구법인이 제시한 증빙자료만으로 손금에 산입할 수 없고, 리스이자비용은 이자비용 산입 및 지급에 대한 금융증빙 등이 없는 점 등에 비추어 쟁점금액을 손금산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.