주 문

 OOO세무서장이 2018.2.1. 청구인에게 한 종합소득세 2014년 귀속분 OOO원의 경정청구 거부처분은 OOO 관리단이 임차인들에게 부과한 관리비 OOO원 중 청구인의 지분인 11/13에 해당하는 OOO원에서 부가가치세 매입세액 상당액인 OOO원을 차감한 나머지 OOO원을 필요경비에 산입하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2013.12.18.부터 OOO 소재한 업무용 빌딩인 OOO(지하 3층, 지상 19층, 오피스텔 등 총 474실의 업무용 빌딩, 이하 “쟁점건물”이라 한다) 중 143실을 구분․소유[청구인과 OOO(청구인의 지분 11/13, OOO의 지분 2/13)이 ‘OOO’라는 사업자명으로 공동사업자로 등록하였고, 이하 "쟁점공동사업자"라 한다]하면서 부동산 임대업을 영위하면서 매월 임차인들에게 임대료 및 관리비를 받고 세금계산서를 발급하였다.

나. 쟁점건물의 관리업체인 OOO 관리단(대표 OOO, 2014.8.9. 설립된 것으로 이하 “쟁점관리단”이라 한다)은 쟁점건물에 관리용역을 제공하고, 입주자가 있는 경우에는 입주자에게 관리비(이하 “쟁점관리비”라 한다)를, 입주자가 없거나 입주자 정보가 없는 경우에는 청구인 등의 구분소유자인 쟁점공동사업자에게 관리비 수납의뢰서와 세금계산서를 발행․청구하였고, 쟁점공동사업자는 임차인들로부터 수령한 관리비를 쟁점관리단에게 지급하고자 쟁점관리비(총수입)에 상응하는 필요경비 처리를 위한 세금계산서 발급을 요청하였으나 쟁점관리단은 이를 거부하였고, 이에 청구인은 2014년 귀속 사업소득금액 산정시 쟁점관리단이 임차인들에게 부과한 관리비 OOO원(세금계산서 공급가액 OOO원, 부가가치세액 OOO원 및 계산서 공급가액 OOO원의 합계액) 중 11/13인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 필요경비로 산정하지 아니하였다.

다. 청구인은 2018.1.29. 처분청에 ‘2014년 귀속 사업소득금액 산정시 쟁점금액을 필요경비에 산입하여 종합소득세 OOO원을 경정·환급하여야 한다’는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2018.2.1. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.4.30. 이의신청을 거쳐, 2018.9.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점공동사업자는 쟁점건물의 오피스텔 143실의 입주자들에게 임대료와 관리비를 부과·징수하는 임대차계약을 체결하고 임대료와 관리비를 부과·징수하면서 세금계산서를 임차인들에게 교부하고 이를 사업소득의 총수입금액으로 산정하였으며, 다시 쟁점공동사업자는 쟁점관리단에 대하여 143실의 관리비를 입주자들이 아닌 쟁점공동사업자에게 청구하고 세금계산서를 교부해 줄 것을 요청하였으나 쟁점관리단은 이를 거절하고 2014년 중 입주자들에게 세금계산서·계산서를 교부하여 입주자들은 쟁점공동사업자와 쟁점관리단으로부터 모두 세금계산서·계산서를 교부받은 반면, 쟁점공동사업자는 쟁점관리단으로부터 세금계산서·계산서를 교부받지 못하고 이를 필요경비로 산입하지도 못하였다.

  2014.10.24. 쟁점관리단은 청구인을 상대로 법원에 ‘청구인이 입주자들을 상대로 관리비를 수령하는 행위를 금지하는 달라’는 가처분이의신청을 제기하였으나, 법원OOO은 ‘쟁점관리단은 입주자들에게 관리비를 직접 청구할 권한이 없고 청구인이 임대차계약에 따라 임차인들로부터 관리비를 지급받는 행위가 쟁점관리단의 업무권한을 침해하는 것이 아니다’라는 취지로 결정하였고 동 결정은 확정되었다. 이후 쟁점공동사업자는 쟁점관리단에 관리비와 관련한 세금계산서·계산서를 발행해 줄 것을 요청하였으나 쟁점관리단이 이를 거부하여, 쟁점공동사업자는 2016.6.14. OOO세무서장에게 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인을 요청하였고 OOO세무서장이 2016.8.22. ‘쟁점공동사업자와 쟁점관리단 간에 관리비 미납금 소송이 진행 중’이라는 이유를 들어 거래사실 확인 불가통지를 한 것에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하여 2017.8.9. ‘OOO세무서장이 거래사실확인 신청을 거부한 처분을 취소한다’는 결정(조심 2017서921)이 있어 현재는 쟁점관리단이 쟁점공동사업자에게 세금계산서·계산서를 직접 발행하고 있다.

  처분청은 쟁점금액에 대하여 관리비 미납금 소송이 진행중으로 그 가액이 확정되지 않았다는 의견이나, 상기 조세심판원의 결정에 비추어 관리비 미납금 소송이 진행중이라 하더라도 관리용역이 제공된 사실이 있으므로 그 공급시기는 이미 도래한 것이라 할 것이고, 확정이란 공급자가 세금계산서를 발행함에 있어 필요적 기재사항인 공급가액란을 기재할 수 있는 정도의 잠정가액을 산정할 정도면 충분한 것으로 처분청의 의견과 같이 그 의미를 당사자간의 더 이상의 다툼이 없는 경우로 해석하게 되면 당사자간에 다툼는 경우에는 공급시기가 도래되지 않는 것이 되어 소송을 통해 임의로 공급시기를 조절할 수 있게 될 것이다. 이 건에서도 집합건물의 공동관리비와 같이 매월 발생되는 비용은 매월 징수하여야 집합건물의 유지관리가 가능함에도 입주자가 소송을 제기하면 공급시기가 도래하지 않은 것이 될 것이고 기발행된 세금계산서도 공급시기가 도래하지 않은 것으로 해석되어야 하는 문제가 있다. 또한, 이후 소송결과에 따라 공급대가 등에 차액이 있다고 하더라도 그 판결이 확정된 때에 수정세금계산서를 발행하면 되는 것이다.

  처분청은 쟁점관리단이 임차인들에게 직접 발행한 세금계산서·계산서를 청구인의 증빙서류로 볼 수 없다는 의견이나, 쟁점관리단이 발행한 기존의 세금계산서·계산서는 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」제25조에 따라 ‘공용부분의 관리비를 각 호실의 전유면적 비율로 배분한 금액’에 대한 것으로, 원칙적으로 같은 법 제42조 제2항에 따라 구분소유자인 쟁점공동사업자가 부담하여야 하고 임차인들은 규약 또는 관리단 집회의 결의에 따라 구분소유자와 동일한 부담의무를 지는 것이므로 쟁점관리단이 세금계산서·계산서를 임차인들에게 발행하였더라도 그 관리비는 구분소유자인 쟁점공동사업자에게 부담의무가 있다 할 것이므로 쟁점관리단이 임차인들에게 청구한 관리비를 청구인에게 납부하라는 소송OOO을 제기한 점과 사업자가 「소득세법」제160조의2 제2항에 해당하는 증빙서류를 수취하지 못한 경우라 하더라도 다른 객관적 자료로 지급사실이 확인된다면 청구인의 소득금액 산정상 필요경비에 해당한다고 할 것이다.

  처분청은 청구인이 세금계산서를 발급받지 못한 부분에 대하여 매입자발행세금계산서의 발행을 신청하지 않았다는 의견이나, 이는 청구인이 쟁점관리단이 임차인들에게 발행한 관리비에 대한 세금계산서·계산서 발행내역을 알 수 없었기 때문으로, 청구인이 2014년의 관리비 부과금액을 처음 안 것은 2015.10.29. 쟁점관리단이 소송OOO 과정에서 제출한 계정별 원장을 받아보고 난 이후로 그 이전에는 쟁점관리단이 청구인에게 관리비 부과에 관한 정보를 일체 제공하지 않아 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인을 신청할 수 없었던 것이다.

 (2) 처분청은 쟁점금액에 부가가치세 매입세액인 OOO원(전체 OOO원 중 OOO원)이 포함되어 있다는 의견이나, 「소득세법」제33조 제1항 제9호, 같은 법 시행령 제74조 제2호 및 같은 법 시행규칙 제39조 제1호에 비추어 부가가치세 매입세액은 원칙적으로 필요경비에 포함되지 않는 것이나 당해 사업자가 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 공제대상이 아닌 금액은 예외적으로 필요경비로 인정되는 것으로, 이 건과 같이 쟁점관리단이 쟁점공동사업자에게 발행하여야 할 세금계산서를 입주자들에게 잘못 발행하여 쟁점공동사업자가 부가가치세를 포함한 관리비를 모두 부담하여야 함에도 그 매입세액을 공제 받을 수 없게 된 경우에는 공제받지 못한 매입세액을 사업소득 산정시 필요경비로 인정하여야 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 2014년 제1기～제2기 중 쟁점관리단으로부터 관리비 부과와 관련한 정보를 제공 받지 못해 매입자발행세금계산서의 발행을 위한 거래사실확인 신청을 하지 못하였다고 주장하나, 해당 관리비는 청구인이 임차인들로부터 수령하고 세금계산서를 발행한 금액과 다르지 않아 이를 알 수 없었다는 주장은 타당하지 않고, 쟁점관리단과 청구인간의 제출된 자료만으로는 관리규약이나 건물관리용역과 관련된 계약내용이 존재하지 않는 것으로 보이며, 청구인이 제출한 경정청구에 따른 소명서상 ‘쟁점관리단이 청구인이 구분소유한 물건에 부과한 관리비 부과금액이 부당하게 과다하여 청구인이 그 지급을 보류하자 쟁점관리단이 청구인을 상대로 관리비 청구소송을 제기하였고 법원은 쟁점건물에서 실제 발생한 공용부분 관리비 산정을 위한 실사작업을 진행하고 있다’고 기재되어 있어 쟁점금액의 기초가 되는 관리비 금액이 확정되었다고 보기 어렵다.

  청구인이 임차인들로부터 수령하여 쟁점관리단에 지급하여야 할 관리비인 쟁점금액은 관리규약 등에 의하지 않고 지출할 비용으로서 「소득세법 시행령」제48조 제10의4호에서 정하고 있는 계약 또는 관습에 의하여 그 정하여진 날 혹은 그 지급받은 날을 총수입금액이나 필요경비의 수입시기로 볼 수 없고, 또한, 그 가액이 청구인과 쟁점관리단 간에 진행 중인 소송의 확정판결에 의하여 비로소 확정되는 것으로 보이며, 청구인과 쟁점관리단간의 민사소송은 2019.1.16. 변론기일이 예정되어 있는 등 현재 확정되지 않고 진행 중이므로, 그 소송이 확정된 이후 일반적 경정청구 또는 후발적 사유에 의한 경정청구를 제기하여 필요경비에 산입되어야 할 것인 점 등에 비추어 임차인들로부터 수령하여 쟁점관리단에게 지급하여야 할 금액이 확정되었다고 보기 어려우므로 이를 2014년 귀속 사업소득금액 산정시 필요경비로 산입하기 어렵다.

  또한, 「조세특례제한법 시행령」제121조의4 제2항은 매입자발행세금계산서의 발행을 위한 거래사실확인 신청기간을 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내로 규정하고 이를 경과한 것이 명백한 경우에는 그 신청을 거부하도록 규정하고 있는데, 이는 관할세무서장으로부터 거래발생일로부터 빠른 시일 내에 실제 거래사실을 검토하여 확정하기 위한 것으로, 청구인이 거래사실확인 신청기한을 도과하여 신청하지 못한 쟁점금액은 적격증빙서류 요건을 충족하지 못한 것이다.

 (2) 청구인이 제시한 쟁점금액에는 부가가치세 매입세액 상당액이 포함되어 있는바, 부가가치세 매입세액은 원칙적으로 필요경비에 포함되지 않는 것으로 당해 사업자가 부담한 사실이 확인되고 매입세액으로서 공제대상이 아닌 금액을 예외적으로 필요경비로 인정되는 것으로, 사실과 다른 세금계산서나 세금계산서를 교부받지 아니하여 공제받지 못한 부가가치세 매입세액은 사업소득의 필요경비로 산입할 수 없으므로 세금계산서 수수의무를 이행하지 않아 공제 받지 못한 이 건 부가가치세 매입세액은 의무위반에 대한 제재로서 필요경비에 산입할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 청구인이 소유한 건물의 임차인들로부터 수령한 관리비와 관련하여, 청구인과 그 건물의 관리업체 간에 관리비의 지급과 관련한 민사소송이 진행 중인 경우, 청구인이 관리업체에 지급하였거나 지급할 관리비인 쟁점금액이 발생한 연도에 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

 ② 상기 쟁점금액에 부가가치세 매입세액이 포함된 경우, 이를 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인이 제시한 쟁점공동사업자와 임차인들간의 쟁점건물 임대차계약 중 일부 내용은 아래 <표1>과 같고, 쟁점공동사업자는 동 계약에 따라 건물 임대료와 관리비를 임차인들에게 직접 부과․징수하고 관련 세금계산서 등을 교부하였다.

<표1> 쟁점공동사업자와 임차인들간 쟁점건물 임대차계약 중 일부

 (2) 쟁점관리단은 2014.5.19. OOO법원에 청구인 등을 상대로 업무방해금지 등에 대한 가처분 신청을 하였고 이에 법원이 쟁점관리단의 주장을 일부인용하는 결정(OOO을 하자, 이에 청구인은 쟁점건물 관리비에 대한 부과징수 권한이 구분소유자인 청구인을 포함한 쟁점공동사업자에게 있다는 주장하면서, 서울고등법원에 항고하였고, 서울고등법원은 '신청인 구분소유 건물의 임차인들에 대한 관리비 청구 및 수령 금지를 구하는 부분은 이유 없어 기각하여야 할 것이다'고 판단(2015.10.13. 선고 2015라471 결정)한바, 동 결정요지는 동 사건에 대한 제1심 결정에서 청구인이 패소하였던 부분인 '청구인이 쟁점건물에 대한 관리비를 청구인 구분소유 건물의 임차인들에게 청구하거나 그 임차인들로부터 수령하는 행위의 각 금지 명령을 인가한 결정을 취소한다'는 취지로 그 주요한 내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2> OOO법원의 결정(2015.10.13. 선고 2015라471 결정) 내용

  상기 OOO법원 결정 이후 쟁점관리단은 2016.4.19. 청구인 등을 상대로 OOO법원에 ‘관리비’(2015가합521820)에 관한 별도의 소를 제기하였는바, 당해 소장에 나타난 주요 내용은 아래 <표3>과 같고 현재 계류 중이다.

<표3> ‘관리비’(2015가합521820) 사건의 소장

 (3) 청구인은 2016년 2월분과 3월분 관리비와 관련하여, 임차인들로부터 받은 관리비를 쟁점관리단에 지급하고자 그에 관련된 세금계산서의 발급을 요청하였으나 쟁점관리단은 이를 거부하였고, 이에 청구인은 2016.6.14. OOO세무서장에게「조세특례제한법」제126조의4에 따른 매입자발행세금계산서의 발급을 위해 '거래사실 확인'을 신청하였으나, 2016.8.22. OOO세무서장은 '대금증빙 및 계약서 등 필수서류가 미비하고 관리비에 대한 소송이 진행 중으로 공급가액이 확정되지 아니하였다'는 이유를 들어 이를 거부하였고, 청구인은 2017.2.7. 우리원에 심판청구를 제기하였으며, 우리원은 2017.8.9. 청구주장을 인용하여 'OOO세무서장의 거래사실확인 신청을 거부한 처분을 취소한다'고 결정한바, 그 인용이유는 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구인이 OOO세무서장의 거래사실확인 신청 거부처분과 관련하여 제기한 심판청구에 대한 결정

 (4) 처분청의 답변서와 이의신청 결정문에 따르면, 쟁점공동사업자의 부가가치세 신고와 세금계산서 합계표에 비추어 쟁점공동사업자는 임차인들에게 임대료와 관리비 세금계산서를 발급하여 부가가치세 및 종합소득세를 신고하였고, 그 신고내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점공동사업자의부가가치세․청구인의 종합소득세신고내용

 (가) 쟁점공동사업자의 부가가치세 신고내용

 (나) 청구인의 종합소득세 신고내용

 (5) 청구인은 2018.1.29. 2014년 종합소득세와 관련하여 '사업소득금액 산정시 쟁점관리단이 임차인들에게 부과한 관리비 OOO원(세금계산서 공급가액 OOO원, 부가가치세액 OOO원 및 계산서 공급가액 OOO원의 합계액) 중 11/13인 쟁점금액을 필요경비로 인정하여야 한다'는 내용의 경정청구를 제기하였고, 이와 함께 쟁점관리단이 2014년 1월 이후 청구인이 구분·소유하는 쟁점건물의 임차인들에게 관리비에 대한 세금계산서 등을 발급하고 있다고 주장하면서, 월별 관리비 내역을 제출한바, 이를 집계한 것은 아래 <표6>과 같고, 청구인이 처분청에 제출한 경정청구 소명서 중 일부내용(143실 관리비 부과 금액의 적정성에 대한 분쟁)은 아래 <표7>과 같다.

<표6> 쟁점관리단이 청구인이 소유한 쟁점건물의 임차인들에게 발행한 관리비 집계내역

<표7> 청구인이 제출한 경정청구 소명서 중 일부내용

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 「소득세법」제27조 제1항은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다고 규정하면서 같은 법 시행령 제55조 제1항 제7호는 이와 같이 총수입에 대응하는 필요경비로서 사업용 자산에 대한 비용인 관리비와 유지비 등을 열거하고 있는바, 이 건에서 쟁점건물의 구분소유자인 청구인은 임차인들에게 관리비를 수령한 것을 총수입금액으로 하여 사업소득금액을 산정하였고, 쟁점관리단은 쟁점건물에 관리용역을 제공하고 있으므로 청구인이 쟁점관리단에 지급할 쟁점금액은 총수입금액에 대응하는 비용으로 보이고 달리 일반적으로 용인되는 통상적인 것이라 할 것이다.

  쟁점관리단이 청구인이 구분․소유한 쟁점건물 중 각 호실의 임차인들에게 관리용역을 제공하고 청구인에게 그 지급을 청구한 쟁점관리비 중 일부인 쟁점금액을 필요경비로 산입함에 있어 그 귀속시기를 다투는 이 건에서, 「소득세법 시행령」제48조 제10의4호의 다목은 ‘임대차계약 및 지역권·지상권 설정에 관한 쟁송에 대한 판결·화해 등으로 소유자 등이 받게 되어있는 이미 지난 기간에 대응하는 임대료상당액’과 관련한 사업소득의 수입시기를 ‘판결·화해 등이 있은 날’로 규정하면서, 다만 그러한 쟁송이 ‘미지급임대료 및 미지급 지역권·지상권의 설정대가의 청구에 관한 쟁송’에 해당하는 경우에는 상기 규정에 불구하고 ‘계약 또는 관습에 따라 정해진 지급일’을 수입시기로 규정하고 있다.

  이에 청구인과 쟁점관리단은 현재 OOO법원에서 쟁점관리비와 관련하여 민사소송(2015가합521820)을 진행 중인바, 그와 관련한 원고인 쟁점관리단의 소장, 청구인과 임차인들간의 임대차계약서상의 내용, 쟁점관리단이 2016년 2월․3월분 관리비를 청구인에게 발행하지 않아 청구인이 매입자발행세금계산서의 발급을 위한 거래사실 확인을 신청하였으나 OOO세무서장이 이를 거부함에 따라 우리원에 심판청구를 제기하여 우리원이 결정한 내용(조심 2017서921, 2017.8.9.) 등에 비추어 볼 때, 상기 민사소송은 쟁점관리비의 금액을 확정하기 위한 것이라기 보다 청구인이 쟁점관리단에 지급할 관리비의 미납에 따른 것으로 보이므로 쟁점금액의 귀속시기를 판단함에 있어서 상기 민사소송의 판결이 확정된 때가 아닌 청구인이 쟁점금액을 지급할 의무가 확정된 2014년으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

  그리고 쟁점②에 대하여 살피건대, 「소득세법」제33조 제1항 제9호는 사업자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액이라 하더라도 원칙적으로 부가가치세의 매입세액은 사업소득금액 계산시 필요경비에서 산입하지 않는다고 규정하고 있는바, 이와 같이 부가가치세의 매입세액을 필요경비로 인정하지 않는 것은 재화나 용역을 공급받을 당시 이를 사업자가 부담하였다고 하더라도 이후 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제되어 이를 부담하지 않게 되는 것을 감안한 것으로 보이고, 다만 이와 같이「부가가치세법」상 매입세액으로 공제받지 못한 것이라 하더라도 「소득세법 시행령」제74조 및 같은 법 시행규칙 제39조는 ‘접대비 및 이와 유사한 비용’ 등에 대하여는 한정적으로 필요경비로 인정한다고 열거하여 규정하고 있다.

  이러한 규정 등에 비추어 쟁점관리단이 임차인들에게 부과한 쟁점관리비OOO 중 청구인의 지분인 11/13에 해당하는 쟁점금액OOO에는 부가가치세 매입세액 상당액OOO이 포함되어 있는데, 비록 청구인이 이와 관련한 세금계산서를 발급받지 못한 것은 쟁점관리단이 세금계산서 발행을 거부함에 따른 것이라는 사정이 있다고 하나, 쟁점금액에 포함된 부가가치세 매입세액은 「소득세법 시행령」제74조 및 같은 법 시행규칙 제39조에서 인정하는 예외적인 부가가치세 매입세액의 범위에 해당하지 않는 것으로 보이고 달리 필요경비로 인정할 수 있는 사정은 보이지 않는다고 할 것이므로, 상기 쟁점①에서와 판단한 바와 같이 쟁점금액의 귀속시기를 2014년으로 인정한다고 하여도 그 중 필요경비로 산입할 수 있는 금액은 쟁점금액에서 부가가치세 매입세액 상당액을 차감한 나머지 OOO원으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.