주 문

   OOO세무서장이 2018.3.26. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구법인이 OOO에 소재하는 제직2공장의 인건비누락액이라고 주장하는 OOO원에 대하여 제시된 장부 및 증빙자료 등을 토대로 기인정된 인건비와의 중복 여부 및 실제 인건비로 지출되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1994.1.20. 개업하여 섬유제조업 및 염색업을 영위하고 있는 업체로 OOO에서 염색공장(이하 “OOO”이라 한다)을, OOO에서 제직1공장(이하 “OOO”이라 한다)을, OOO에서 제직2공장(이하 “OOO”이라 한다)을 각각 운영하고 있다.

나. 처분청은 2016.6.10.～2016.9.13. 기간 동안 청구법인의 2012～2014사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 무자료매출 OOO원을 신고누락한 사실을 확인하여 익금산입하고 그에 대한 대응원가로서 무자료매입 OOO원 및 인건비 OOO원을 손금산입하여 2016.11.26. 청구법인에게 2012～2014사업연도 법인세 합계 OOO원(2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원 및 2014사업연도분 OOO원)을 각 경정․고지(이하 “증액경정처분”이라 한다)하고 매출누락액 등 OOO원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 한편, 청구법인은 2017.12.14. 손금에 산입되지 아니한 인건비 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)을 손금산입하여 2012～2014사업연도 법인세 합계 OOO원(2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원 및 2014사업연도분 OOO원)의 환급을 구하는 경정청구(이하 “1차 경정청구”라 한다)를 제기하였고, 처분청은 2018.1.11. 처분이 있음을 안 날로부터 90일을 경과한 것으로 보아 거부하였다.

라. 또한, 청구법인은 2018.2.21. 쟁점인건비는 당초 신고한 법인세 과세표준 및 세액에 반영되지 아니한 것이므로 5년의 경정청구기간을 적용하여야 한다는 취지로 재차 경정청구(이하 “2차 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2018.3.26. 1차 경정청구와 동일한 사유로 경정청구를 거부하였는데, 이를 일자별로 요약하면 아래 <표1>과 같다.

OOO

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.27. 심판청구를 제기하였다.

 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 심판청구기간의 기산점은 2차 경정청구에 대한 거부처분의 통지를 받은 날이므로 이 건 심판청구는 적법하고, 청구법인의 2차 경정청구는 처분청의 청구법인에 대한 세무조사에서 결정 또는 경정된 과세표준 및 세액에 대한 경정을 구하는 것이 아니라 당초 청구법인이 2012～2014사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고·납부하면서 반영하지 못한 외국인 노동자 등에 대한 인건비 중 증빙이 갖추어진 부분에 대하여 경정청구를 한 것이므로 당초 2012사업연도 법인세의 법정신고기한이 지난 후 5년 이내인 2018.2.21. 2차 경정청구가 제기되어 2차 경정청구는 적법한 청구에 해당한다. 한편, 2차 경정청구가 1차 경정청구와 동일한 내용의 경정청구에 해당하고 처분청이 1차 경정청구에 대하여 각하결정을 한 사실이 존재한다 하더라도 경정청구기간 이내라면 다시 동일한 사유로 청구할 수 있으므로 통상적 경정청구기간인 5년 이내에 이루어진 2차 경정청구는 적법하다. 따라서 청구법인의 2차 경정청구 거부처분에 대하여 제기한 이 건 심판청구는 적법성 요건을 모두 구비하였으므로 청구내용에 대한 판단이 이루어져야 한다.

  (가) 「국세기본법」 제68조 제1항에서 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있는바, 심판청구기간의 기산점은 2차 경정청구에 대한 거부처분의 통지를 받은 날이므로 이 건 심판청구는 적법하다. 처분청은 ‘경정청구기간 내에는 언제든지 과세관청에 동일한 경정청구를 할 수 있다고 인정된다면 결과적으로 경정청구 거부처분에 대한 불복기간이 경정청구기간으로 연장되는 등 불복기간을 불변기간으로 규정한 취지에 반한다’는 심판결정례(조심 2014광2558, 2014.10.14.)를 근거로 중복된 경정청구 거부처분에 대하여 불복을 제기하는 것은 부적합한 청구로서 각하대상이라는 의견이나, 위 결정이 잘못되었음을 지적하는 법원의 판결이 존재하므로 위 결정을 그대로 받아들일 수 없다.

위 결정에 대하여 법원은 ‘거부처분은 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고 그 이후 동일한 내용의 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 명백히 한 경우에는 새로운 처분이 있는 것으로 보아야 하며, 이 경우 행정심판 및 행정소송의 제기기간은 각 처분을 기준으로 진행되고 종전 처분에 대한 쟁송기간이 도과했다 하여 그 이후의 새로운 거부처분에 대하여 행정쟁송을 할 수 없게 되는 것은 아니다. 따라서 1차 경정청구에 대하여 이미 한 번 거부처분을 받았다고 하더라도 경정청구기간 내라면 동일한 사유로 다시 경정청구를 할 수 있고 그에 대한 거부처분에 관하여 불복할 수 있다고 판시하였다(OOO고등법원 2016.11.21. 선고 2016누1023판결 참조).

  (나) 쟁점인건비는 당초 신고한 과세표준과 세액에 반영되지 못한 부분이므로 5년의 경정청구기간이 적용되어야 한다. 처분청은 청구법인의 이 건 2차 경정청구는 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대한 것이므로 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 제기하여야 한다는 의견이나, 결정·경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있음이 「국세기본법」이 2010.12.27. 법률 제10405호로 개정될 때 제45조의2 제1항 단서에 추가되었는데, 이는 결정·경정이 있는 경우에도 경정 등에 따른 증가분에 한하여 90일의 경정청구기간이 적용될 뿐 최초·수정신고분에 대한 경정청구기간은 3년임을 명확히 한 것이다. 법원도 이와 같은 개정취지를 반영하여 당초처분에 관한 경정청구기간이 경과하지 않았다면 증액경정처분에 의하여 증가된 세액뿐 아니라 당초처분에 의한 세액의 취소도 구할 수 있다고 해석하고 있다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12855 판결 등 참조).

(다) 위에서 제시된 대법원 판결을 구체적으로 살펴보면, 당초처분과 증액경정처분이 존재하는데 당초처분에 대한 경정청구기간이 경과하지 아니한 경우 증액경정처분에 의하여 증액된 세액뿐만 아니라 당초에 신고한 세액에 대한 처분의 취소를 구할 수 있는 이유에 대하여 법원은 ‘2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 구「국세기본법」 제45조의2 제1항은 과세관청의 결정 또는 경정이 있었는지 여부와 상관없이 경정청구기간을 3년으로 규정하고 있었고, 2010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 「국세기본법」 제45조의2 제1항도 과세관청의 결정 또는 경정이 있는 경우에 그로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 90일 내에 경정청구를 제기하여야 하나, 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여는 3년의 경정청구기간을 허용하고 있는바, 이와 같이 「국세기본법」이 여러 차례 개정되면서도 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대한 3년의 경정청구기간을 유지하고 있는 것은 납세자의 절차적 권익을 보장하려는 것이라고 판시하고 있다.

  또한, 법원은 증액경정처분이 있는 경우에 당초의 신고 등은 증액경정처분에 흡수되는 것이지만 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단이므로 납세의무자는 증액경정처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 항고소송으로 다툴 수 있을 뿐만 아니라 경정청구기간 내에서는 경정청구로도 다툴 수 있다. 그런데 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자에게 결정이나 경정으로 인한 처분을 불복대상으로 삼아 하나의 불복절차에서 다툴 수 있도록 한 것은 소송경제나 납세자의 권익보호를 위한 것이지 납세자의 경정청구권을 제한하려는 것은 아니고, 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아 있는 도중에 과세관청의 결정이나 경정이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 가지는 별개의 불복수단인 경정청구권 행사가 제한된다고 보는 것도 불합리하며, 조세법률관계의 조속한 안정을 도모하고자 하는 개정 전 규정의 입법목적은 새로이 증가된 과세표준과 세액에 관한 경정청구권의 행사만을 제한하는 것으로 충분히 달성할 수 있다고 해석하고 있다.

따라서 이러한 경정청구제도에 관한 「국세기본법」의 개정 경과와 경정청구제도의 취지 및 관련 법리 등에 비추어 보면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자가 그 후 이루어진 과세관청의 결정이나 경정으로 인한 처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 다투지 아니하였다 하더라도 경정청구기간 내에서는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사하는 데에는 아무런 영향이 없다고 봄이 「국세기본법」의 개정취지에 부합하는 법해석이라 할 수 있다.

  (라) 「국세기본법」 제45조의2에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 법정신고기한 후 5년 이내 경정청구를 할 수 있으나, 결정 등으로 증가된 세액에 대하여는 경정청구 기간이 90일로 제한하고 있다. 처분청은 2016.11.11. 청구법인에게 2012～2014사업연도 법인세를 증액하는 취지의 과세처분을 하였는바, 이는 2012～ 2014사업연도 매출 누락액을 익금산입하는 처분과 이에 대응하는 인건비 등을 손금산입하는 처분으로 구성되어 있고, 이 때 익금산입금액이 손금산입금액을 상회하기에 결과적으로 신고세액 이상의 세액이 추가로 고지된 것이다.

  익금산입처분과 손금산입처분이 같은 날 이루어진 것이지만, 매출누락을 원인으로 한 익금산입처분과 대응원가로 인정받은 손금산입 처분은 그 처분사유가 상이한 것으로 단순히 같은 날 이루어지고 익금산입금액이 많기 때문에 결과적으로 세액이 증액되는 효과가 발생하였다 하더라도 별개인 각 처분이 하나의 증액경정처분이 되는 것은 아니다. 만약 매출누락이라는 익금산입처분과 그에 대응하는 원가의 손금산입처분이 각 다른 날 이루어진 경우라면 각 처분이 별개의 처분이 되어야 함은 보다 명확하다.

  또한, 익금산입금액보다 손금산입금액이 더 과다한 경우 익금산입처분과 손금산입처분이 상쇄된 결과 하나의 감액경정처분이 발생되는데, 이 경우에는 90일의 경정청구기간이 적용되지 않아야 한다. 90일의 경정청구기간을 정한 취지가 불가쟁력이 발생하는 불복기간과의 일치에 있음을 감안하면 익금산입금액보다 손금산입금액이 상대적으로 많아 90일의 경정청구기간이 적용되지 않는다면 손금산입금액에 상쇄된 익금산입금액은 90일 경과로 불가쟁력이 발생하게 될 것임에도 3년의 경정청구기간이 허용되어 개정취지와 상반된 결과가 발생하게 된다.

  즉, 2016.11.11. 이루어진 청구법인의 2012～2014사업연도 법인세 부과처분은 별개의 익금산입처분과 손금산입처분이 존재하는 것이지 각 처분이 상쇄되어 익금산입이 더 많은 경우에는 하나의 증액처분으로, 손금산입이 더 많은 경우에는 하나의 감액처분으로 되는 것이 아니다. 따라서 매출누락으로 익금산입된 데 대한 경정청구의 경우에만 증액경정처분에 관한 것으로서 90일의 경정청구기간이 적용되어야 한다.

 (2) 청구법인은 당초 2012～2014사업연도 법인세 신고시는 증빙을 갖추지 못하여 쟁점인건비를 손금산입할 수 없었으나, 경정청구기간 내에 증빙을 갖추어 쟁점인건비가 세법상 손금에 해당함을 다음과 같이 입증하고 있다. 국세청은 외국인 불법체류자를 고용하여 근로를 제공받고 그 대가로 지급한 금액은 「법인세법」에 의한 인건비로서 소득금액 계산상 손금에 산입하는 것이라고 유권해석(법인 46012-1896, 1995.7.11.)한 바 있고, 조세심판원도 위탁가공업은 이른바 OOO 업종으로서 내국인의 취업 기피현상이 심하여 모자라는 인력을 외국인 근로자로 대체할 수밖에 없는 현실이라서 불법체류로 인해 단속을 당하여 과태료를 부과받은 사실이 확인되는 등의 사유가 있다면 인건비를 손금에 산입함이 타당하다고 결정(조심 2016중3784, 2017.1.9.)하였다.

 청구법인이 OOO 외 4명에 대하여는 인건비를 기신고한 사실도 있으나, 이는 인건비 중 현금으로 지급된 일부만이 신고누락되었기에 OOO 외 4명의 인적사항은 기신고한 인건비에도 포함되어 있는 것이고, 청구법인은 이에 따라 신고누락한 인건비 중 조사 당시 인정된 인건비를 제외한 금액을 경정청구한 것이지 조사 당시 인정된 인건비를 재청구한 부분은 없다.

따라서 조사 이후 자동화되고 있는 직물제조업계의 변화에 기인하여 인건비 비율이 점차 감소하고 있는 추세이기는 하나, OOO 업종을 영위하는 청구법인으로서는 외국인 근로자 등과 같이 정당하게 급여를 신고할 수 없는 자들을 고용할 수밖에 없는 실정이고, 청구법인이 작성․보관하고 있는 각종 장부 및 증빙에 의하여 쟁점인건비를 지급한 사실이 객관적으로 입증되므로 처분청은 청구법인이 최초 법인세 과세표준 및 세액 신고시 반영하지 못한 쟁점인건비를 손금으로 인정함이 타당하다.

  (가) 쟁점인건비 중 OOO에서 지출된 인건비는 모두 신용불량자 또는 외국인 근로자에게 지급된 것으로서, 현금으로 직접 지급하거나 수급자가 지정하는 계좌로 (무통장)입금하는 방식으로 지급되었고, 청구법인이 제시한 지급내역은 OOO에서 매일 작성되고 있는 현금출납일보의 금액을 급여대장·급여명세서·출금전표·급여이체명세서·입금확인증 금액 등과 대사하여 정리한 것이다. OOO은 현금출납일보 상에 작성 전일과 작성일의 시제를 각 서랍시제와 통장시제(통장시제는 다시 계좌별로 구분하여 관리)로 구분하여 일별로 현금잔액을 관리하고 있다. 예를 들어, 2012.1.2. 일보를 보면 전일 통장시제(2011.12.30.)가 OOO 계좌에 OOO원이 있는 것으로 확인되는데¹⁾, 해당 금액은 동일자의 해당계좌 잔액과 정확히 일치한다.

또한, 2012년 기초 잔액 뿐 아니라 2014년까지 매년 말 현금출납일보 상의 통장잔액과 해당 계좌의 잔액이 모두 일치하는 점에 비추어 청구법인의 현금출납일보는 세무상 장부에 해당한다 할 것이며, 동 현금출납일보에는 매일의 입출금 거래에 관하여 입출금 사유, 지급받은 자, 금액 등도 상세히 기록되어 있고, 쟁점인건비에 관하여도 지급일, 수급자, 금액이 모두 구체적으로 명기되어 있으므로 위 일보상의 쟁점인건비 내역은 신뢰할만한 자료라고 보아야 한다.

  청구법인은 외국인 근로자나 신용불량자에 대하여도 기본급, 각종 수당, 각종 공제내역이 포함된 급여대장을 작성․보관하고 있고, 급여지급일(근로제공 월의 익월 말일)에 즈음하여 위 급여대장 상의 지급 결정액을 기재한 출금전표를 작성하여 담당 실장과 부장의 결재를 거쳐 인건비를 지급하였다. 한편, 지급 이후에는 지급 사실의 확인을 위하여 급여명세서란 이름의 확인증을 작성하여 수급자들로 하여금 지급받은 내역을 직접 확인하도록 하였으며, 내부적으로는 수급자 성명, 소속 부서, 지급방법(계좌 입금의 경우 계좌번호 및 예금주), 금액이 구체적으로 기재된 ‘급여 이체 명세서’를 별도로 작성․보관하고 있는바, 위 각 증빙에서 일관되게 확인되는 ‘최종 지급액’은 현금출납일보 상의 지급금액과 일치한다.

  따라서 OOO의 경우 매월 지급된 급여에 관한 현금출납일보, 급여대장, 출금전표, 급여명세서, 급여이체명세서, 송금확인증의 지급 내역이 모두 일치하므로 쟁점인건비가 실제 지급되었다고 보아 손금에 산입함이 타당하다.

  (나) 쟁점인건비 중 OOO에서 지출된 인건비는 대부분 소규모 영세수급자들에 대한 급료 상당액이고, 매월 지출되는 소액의 실비(OOO 세척대, 폐수장 관리비, 야식비 등)도 일부 포함되어 있다. 청구법인이 제시한 인건비 지급내역은 OOO에서 매일 작성되고 있는 수기장부의 금액과 지출결의서 금액을 대사하여 정리한 것이다. OOO의 경우 매일 지출금액, 지출 사유, 수급자가 구체적으로 기재된 장부를 수기로 작성․보관하고 있고, 비록 수기로 작성된 것이지만 그 기재 내용이 매우 구체적이므로 수기로 작성되었다는 사실만으로 장부로서의 증거능력을 부인할 수는 없다.

또한, 위 장부 기재 내역과 지급일, 수급자 및 금액이 모두 일치하는 지출결의서도 존재한다. 청구법인은 지출결의서를 작성하여 담당 과장과 사장의 결재를 받은 후 지출을 실행하였고, 수급자들에게 인건비를 지급할 때에도 수급자들에게 직접 또는 수급자들을 대표하여 지급받는 자(반장 OOO 등)에게 해당 지출결의서를 확인토록 하여 수급자(또는 영수자)의 영수 날인을 받아 보관하고 있다. 따라서 OOO의 경우 수기장부 및 지출결의서 상의 지급내역이 모두 일치한다는 사실만으로도 쟁점인건비가 실제 지급되었음이 충분히 입증되므로 이를 손금으로 인정해 주어야 한다.

  (다) 쟁점인건비 중 OOO에서 지출된 인건비는 모두 신용불량자나 외국인 근로자에게 지급된 것으로 현금으로 직접 지급하거나 수급자가 지정하는 계좌로 (무통장)입금하는 방식으로 지급되었다. 청구법인이 증빙으로 제시한 지급내역은 경산공장에서 매월 작성된 일용직 근로자 임금대장, 휴가비·상여 이체명세서, 송금확인서 금액 등을 대사하여 정리한 것이다. 경산공장의 경우 일용직 근로자를 채용하기 전 신분을 확인하기 위하여 여권이나 외국인등록증, 주민등록등본 등을 확인하고 복사하여 사본을 보관하고 있으므로 지급내역에 나타나는 수급자 대부분의 신분 확인 관련 자료를 현재도 보관하고 있으며 특히, 주민등록등본의 경우 발급일이 쟁점인건비가 지급된 시점과 일치한다.

  청구법인은 수급자 성명, 소속 부서, 주민등록번호(외국인등록번호 또는 출생연월일, 국적), 근무일수, 공제액 및 최종 영수액이 구체적으로 명시된 ‘일용직 근로자 임금대장’을 매월 작성하여 본부장의 결재를 거쳐 현재까지 보관하고 있다. 비록 현재 현금출납장부를 보관하고 있지 아니하나, 위 임금대장에 기재된 임금 지급내역이 매우 구체적이라서 장부로서의 증거능력이 인정될 수 있다. 청구법인은 작성된 임금대장에 따라 최종 영수액을 지급함에 있어 수급자들로 하여금 임금대장 내역을 확인하게 하고 비고란에 날인을 받은 후 급여를 지급하였다. 대부분의 경우 현금으로 직접 지급하였고, 일부 수급자들에게는 계좌로 송금하는 방식으로 지급하기도 하였다.

  또한, 청구법인은 일용직 근로자들에게도 하계 휴가비 및 설·추석 상여금을 지급하고 있는바, 지급시 지급일, 수급자, 직책, 지급방법 및 금액이 기재된 휴가비이체명세서를 작성하였고, 급여와 마찬가지로 수급자들에게 날인을 받았다. 따라서 청구법인이 제시한 증빙에 의하면 그 지급내역이 매우 구체적으로 기재되어 있고, 각 증빙에 수급자 본인의 확인 날인이 모두 검인되어 있는 점 등에 비추어 처분청은 쟁점인건비가 실제 지급되었다고 보아 손금으로 인정함이 타당하다.

나.처분청 의견

  (1) 청구법인은 법원 판례(대법원 2014.6.26. 선고 2012두12822 판결)를 근거로 쟁점인건비가 당초 신고한 과세표준과 세액에 반영되지 못한 부분이므로 5년의 경정청구기간을 적용하여야 한다고 주장하나, 최근 판례(OOO지방법원 2017.8.17. 선고 2016구합53498 판결)에서는 2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전에는 경정청구기간 3년을 인정하면서도 2007.12.31. 법률 제8830호로 개정된 구「국세기본법」 제45조의2 제1항은 ‘각 세법에 따른 결정이 있는 경우 이의신청·심사청구 또는 심판청구기간 이내’에 경정청구를 할 수 있고, 2010.10.27. 법률 제10405호로 개정된 같은 법 제45조의2 제1항 단서는 ‘결정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내’에 경정청구를 할 수 있도록 하여 과세관청의 결정에 대한 불복기간과 경정청구기간을 일치시킴으로써 결과적으로 경정청구기간이 단축되었다고 판시하고 있다.

청구법인은 2016년 9월 법인세 조사 과정에서 매출누락분에 대한 대응원가로서 인건비 부분에 대하여 처분청에 소명자료를 제출하여 입증된 금액은 손금으로 인정받았고, 현금지출 등 입증되지 아니한 쟁점인건비는 손금 부인된 것이므로 쟁점인건비의 심판청구대상은 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분에 흡수되어야 한다.

 한편, 불복기간(90일)은 불변기간이라서 기간이 경과한 경우 불가쟁력이 발생하여 과세관청의 과세처분이 확정되는바, 경정청구기간을 3년으로 허용한다면 상호모순이 발생하므로 쟁점인건비에 대한 경정청구는 2010.10.27. 법률 제10405호로 개정된 구「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서 규정을 적용하여 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준에 대하여 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내’에 제기되어야 한다. 따라서 청구법인은 납세고지서를 수령한 2016.11.11.로부터 90일 이내에 경정청구를 제기하여야 함에도 청구기한을 경과하여 한 이 건 청구는 부적법하다.

(2) 청구법인은 쟁점인건비는 보관 중이던 자료로 세무조사가 종료된 이후 추가로 발견되어 증액경정에 포함된 것이 아니라 당초 과세표준 신고시 누락된 것이라고 주장하나, 쟁점인건비는 처분청의 조사과정에서 증가된 과세표준과 세액에 포함되어 있는 것이다. 청구법인이 당초 조사시 처분청에 제출한 ‘본점 및 영천공장의 연도별․인별 인건비 내역서’와 이 건 심판청구시 쟁점인건비 누락에 대하여 추가로 제시한 내역에 나타나는 근로자의 인적사항이 일치하고, ‘2012년 OOO 인건비 지급내역’에는 OOO원 이상을 지급받은 OOO, OOO 및 OOO가 포함되어 있고, OOO과 OOO의 인건비는 조사시 손금추인금액과도 유사한 것으로 나타난다.

 또한, 쟁점인건비중 OOO의 경우 일일 지급금액이 OOO원으로 계좌거래가 아닌 현금으로 직접 지급하였다는 주장은 신뢰할 수 없다. 청구법인의 결산서상 손익계산서와 제조원가명세서의 인건비 계정을 살펴보면, 세무조사로 증액경정된 사업연도(2012～2014년)의 매출액 대비 인건비 비율이 세무조사 이후 청구법인이 신고한 사업연도(2015～2017년)의 인건비 비율보다 오히려 높은 점 등으로 보아 세무조사 결과에 반영된 인건비 손금인정액은 적정수준으로 보아야 하며, 쟁점인건비의 지출사유 대부분이 ‘도급료 또는 통경대금’으로 기재되어 있는 점으로 보아 이는 인건비가 아니라 거래처가 불분명한 외주가공비 또는 무자료 매입으로 보인다. 따라서 쟁점인건비를 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 이 건 경정청구는 증액경정처분이 아닌 최초신고분에 대한 것이므로 5년의 경정청구기간을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점인건비를 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령

(1) 국세기본법

  제22조의2[경정 등의 효력] ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

  제45조의2[경정 등의 청구] 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 (2) 법인세법

  제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 (3) 법인세법 시행령

  제19조[손비의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

3. 인건비

제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리 내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다.사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 제직․가공한 원단을 OOO 외 다수의 매출처에 공급하면서 OOO원(공급가액)의 대금을 대표이사 및 그 배우자 명의의 차명계좌로 송금받거나 현금 등으로 수령하는 방법을 통하여 신고누락한 사실을 확인하여 익금산입 및 대표자에 대한 상여로 소득처분하고, 수입금액 누락액에 대응하는 무자료 매입액 OOO원 및 인건비 OOO원을 손금추인하여 아래 <표2>와 같이 2012～2014사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

OOO

 (2) 한편, 청구법인은 2018.2.21. 당초 신고한 법인세 과세표준 및 세액에 반영되지 아니한 쟁점인건비를 손금산입하여 2012～2014사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 환급하여 줄 것을 요구하는 2차 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2018.3.26. 처분이 있음을 안 날로부터 90일을 경과한 것으로 보아 이를 거부하였다.

(3) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인이 당초 법인세 신고시 손익계산서상 인건비로 계상한 내역과 처분청이 이 건 조사시 수입금액 신고누락액에 대응하여 손금으로 인정한 인건비 손금추인액의 내역은 아래 <표3>과 같다.

OOO

  (나) 청구법인이 당초 법인세 신고시 과세표준 및 세액에 반영되거나 이 건 조사시 추인되지 아니하였다고 주장하는 쟁점인건비의 사업연도별 산정내역은 아래 <표4>와 같다.

OOO

 (4) 청구법인은 신용불량자나 불법체류 외국인 근로자 등과 같이 정당하게 급여를 신고할 수 없는 자들에게 쟁점인건비를 지급한 사실이 각종 장부 및 증빙에 의하여 객관적으로 입증되므로 당초 법인세 과세표준 및 세액 신고시 반영되지 아니한 쟁점인건비를 손금으로 인정함이 타당하다고 주장하며 현금출납일보상 금액을 아래 <표5>․<표6>․<표7>과 같은 증빙자료 등과 대사하여 작성한 사업연도별 쟁점인건비 지급내역을 제시하고 있다.

OOO

OOO

OOO

 (5) 한편, 처분청은 쟁점인건비는 이 건 조사시 이미 손금으로 추인된 것이므로 중복하여 손금으로 인정할 수 없다는 의견이며, 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.

(가) 청구법인이 아래 <표8>과 같이 이 건 조사시 처분청에 제출한 OOO의 연도별․인별 인건비 내역서에 나타나는 근로자가 쟁점인건비 지급내역서에도 포함되어 있다.

OOO

  (나) 청구법인이 이 건 심판청구시 제시한 공장별 쟁점인건비 지급내역에는 OOO 외 2명이 OOO원 이상을 지급받은 것으로 기재되어 있고, OOO과 OOO의 경우 조사시 손금추인금액과 유사한 금액이 지급된 것으로 나타나며,OOO의 경우 아래 <표9>와 같이 1일 OOO원 이상의 금액을 지급받은 것으로 되어 있어서 동 지급내역을 신뢰하기 어렵다.

OOO

  (다) 청구법인의 손익계산서 및 제조원가명세서상 인건비 계정을 살펴보면, 아래 <표10>과 같이 이 건 조사로 증액경정된 사업연도의 매출액 대비 인건비비율이 조사 이후 사업연도의 신고비율보다 큰 수치를 보이고 있는 상황에서 쟁점인건비를 손금으로 추가인정한다면 그 차이가 더 증가할 것으로 나타난다.

OOO

 (6) 기획재정부가 발표한 「국세기본법」 제45조의2에 따른 결정․경정이 있는 경우의 경정청구기간과 관련한 ‘2010년 간추린 개정세법’의 주요 내용은 아래 <표11>과 같다.

OOO

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 증액경정처분이 있는 경우에 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되므로 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 불복기간(90일)은 불변기간이라서 기간이 경과한 경우 불가쟁력이 발생하여 과세관청의 과세처분이 확정되므로 쟁점인건비에 대한 경정청구는 2010.10.27. 법률 제10405호로 개정된 구「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서 규정을 적용하여 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준에 대하여 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내’에 제기하여야 함에도 청구법인은 납세고지서를 수령한 날(2016.11.11.)로부터 90일을 경과한 2018.2.21. 2차 경정청구를 제기하였으므로 이 건 청구는 부적법하다고 주장하나,

「국세기본법」 제45조의2 제1항에서 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있고, 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다”고 규정하고 있는바, 청구법인은 2012～2014사업연도 법인세 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출하여 최초신고한 법인세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있는 경정청구권이 있는 점,

 2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 구「국세기본법」 제45조의2 제1항은 과세관청의 결정 또는 경정이 있었는지 여부와 상관없이 경정청구기간을 3년으로 규정하고 있었고, 개정된 「국세기본법」 제45조의2 제1항도 과세관청의 결정 또는 경정이 있는 경우에 그로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 90일 내에 경정청구를 하여야 하지만 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여는 3년의 경정청구기간을 허용하는 등 「국세기본법」이 여러 차례 개정되면서도 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대한 3년의 경정청구기간을 유지하고 있는 것은 납세자의 절차적 권익을 보장하려는 것인 점,

 증액경정처분이 있는 경우에 당초의 신고 등은 증액경정처분에 흡수되는 것이지만 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단이므로 납세의무자는 증액경정처분에 대하여 소정의 불복기간 내에 항고소송으로 다툴 수 있을 뿐 아니라 경정청구기간 내에는 경정청구로도 다툴 수 있다 할 것(대법원 2013.4.18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 참조)인바, 이 건과 같이 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아 있는 도중에 처분청의 경정이 있었다 하더라도 청구법인이 당초의 신고 등에 관하여 가지는 별개의 불복수단인 경정청구권의 행사를 제한하는 것은 불합리하고, 조세법률관계의 조속한 안정을 도모하고자 하는 구「국세기본법」 제45조의2의 입법목적은 새로이 증가된 과세표준과 세액에 관한 경정청구권의 행사만을 제한하는 것으로 충분히 달성할 수 있는 점 등에 비추어 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 청구법인은 5년의 경정청구기간 내에는 당초 신고한 과세표준과 세액에 대한 경정청구권을 행사할 수 있다 할 것이므로 이 건 심판청구는 적법하다고 판단된다.

 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 신용불량자나 불법체류 외국인 근로자 등과 같이 정당하게 급여를 신고할 수 없는 자들에게 쟁점인건비를 지급한 사실이 각종 장부 및 증빙에 의하여 객관적으로 입증되므로 당초 법인세 과세표준 및 세액 신고시 반영되지 아니한 쟁점인건비를 손금으로 인정함이 타당하다고 주장하나,

청구법인이 이 건 조사시 처분청에 제출한 OOO의 연도별․인별 인건비 내역서에 나타나는 근로자가 쟁점인건비 지급내역서에도 포함되어 있어서 이미 손금으로 추인되었을 가능성을 배제하기 어렵고, 쟁점인건비의 지출사유 대부분이 ‘도급료 또는 통경대금’으로 기재되어 있어서 인건비라기보다는 거래처를 밝히기 어려운 외주가공비 또는 무자료 매입으로 볼 수도 있는 점, 청구법인이 제시한 공장별 쟁점인건비 지급내역에 의하면, OOO 외 2명이 인건비로 OOO원 이상을 지급받은 것으로 기재되어 있고, OOO과 OOO의 경우도 조사시 손금으로 추인된 금액과 유사한 금액을 새로이 지급한 것으로 나타나며, OOO은 1일 OOO원 이상의 금액을 지급받은 내역도 포함되어 있어서 청구법인이 작성한 위 지급내역을 전적으로 신뢰할 수 없는 점, 청구법인의 손익계산서 및 제조원가명세서상 인건비 계정을 살펴보면, 이 건 조사로 증액경정된 사업연도의 매출액 대비 인건비 비율이 조사대상기간 이후 사업연도의 신고비율보다 이미 더 큰 수치를 보이고 있는 상황에서 쟁점인건비를 손금으로 추가인정한다면 그 차이는 더 증가할 것으로 나타나는 점, 그 밖에 쟁점인건비를 손금으로 인정할 수 있는 객관적 증빙의 제시가 부족한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비를 손금불산입하여 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. 다만, 쟁점인건비 중 청구법인이 주장하는 경산공장의 인건비누락액에 대하여는 이 건 조사시 처분청이 조사한 사실이 없으므로 제시된 장부 및 증빙자료 등을 근거로 실제 인건비로 지출되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.