주 문
OOO세무서장이 2017.9.29. 청구인에게 한 종합소득세 2008년 귀속분 OOO원의 경정청구거부에 대한 심판청구는 각하하고, 2005년 귀속분 OOO원, 2006년 귀속분 OOO원의 경정청구거부에 대한 심판청구는 기각한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구인은 2005.4.16.부터 2009.5.4.까지 강원도 OOO에서 OOO 도매업을 영위하던 사업자로, 전시판매장 방문자에게 제품을 판매하고 계좌입금 등의 방법으로 대금을 수취한 후 관련 부가가치세 및 종합소득세를 신고․납부하였다.
나. 청구인의 사업장 관할 세무서장인 OOO세무서장은 청구인이 현금매출을 누락한다는 탈세제보에 따라 현지확인을 한 후 타인 명의 계좌로 제품 판매대금을 송금 받고 부가가치세 등을 누락한 것으로 보아 세무조사를 실시하였고, 수입금액 누락을 확인하여 청구인에게 2005년 제1기～2008년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2005년～2007년 종합소득세 합계 OOO원을 과세하였으며, 이후 청구인은 부가가치세에 대하여 소송을 제기하여 위 현지확인은 사실상 세무조사이므로 그 이후에 이루어진 세무조사는 금지되는 재조사(중복 조사)에 해당한다는 판결(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360)을 받았다.
다. 이에 OOO세무서장은 위 대법원 및 서울고등법원(2017.8.21. 선고 2017누317)의 판결에 따라 부가가치세를 일부 감액하였고, 청구인은 2017.8.25. 부가가치세가 감액되었으므로 종합소득세 2005년～2008년 귀속분 합계 OOO원(2005년 귀속분 OOO원, 2007년 귀속분 OOO원)도 경정하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기 하였으나 처분청은 2017.9.29. 「국세기본법」제45조의2 제2항의 후발적 경정청구의 대상에 해당하지 않는다는 취지의 거부처분을 하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2017.10.10. 이의신청을 거쳐 2017.11.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
처분청은 대법원의 판결에 의하여 부가가치세만 감액하였는바 그에 따른 종합소득세도 감액하여야 할 것이고, 몸통인 부가가치세가 감액되었는데 그에 부수되는 꼬리인 종합소득세가 감액되지 않는 것은 부당하다. 또한 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무의 성립 후 일정한 사유의 발생으로 과세표준 및 세액 산정에 변동이 생긴 경우에 감액 청구를 할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는데 그 목적이 있다 할 것이다.
이 건은 종합소득세의 전단계인 부가가치세가 법원의 판결로 감액되어 논리필연적인 결과로 종합소득세 부과처분의 근거가 없어졌다 할 것이고, 부가가치세 감액에 대한 판결은 과세표준과 세액의 계산근거에 직접적인 영향을 주는 것이므로 종합소득세는 후발적 경정청구 사유로 감액되어야 할 것이다.
나. 처분청 의견
부가가치세 처분에 대한 대법원의 판결은 종합소득세 처분과는 별개의 처분을 대상으로 한 것으로 법원 판결의 기판력은 부가가치세에 한정되므로 이 건 종합소득세와는 관련이 없다.
비록 부가가치세 및 소득세 처분이 동일한 중복조사에 기초하여 이루어졌고 그 중 부가가치세 처분이 절차적 위법성을 이유로 취소되어야 한다고 하더라도, 그 판결로 인하여 종합소득세 처분 당시 과세의 기초가 된 거래 또는 행위자체 여부 및 과세표준에 변동이 생겼다고 볼 수는 없으므로 이 건은 「국세기본법」제45조의2 제2항에 의한 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다. 또한 2008년 귀속 종합소득세는 처분청이 과세한 내용이 아닌 청구인이 자진신고한 것이므로 이 건 세무조사 및 대법원 판결과는 관련이 없다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
이 건이 후발적 경정청구 대상에 해당하는지 여부
나. 관련 법률
(1) 국세기본법(2010.12.27. 대통령령 제10405호로 개정된 것) 제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
(2) 국세기본법(2016.12.20. 대통령령 제14382호로 개정된 것) 제45조의2[경정 등의 청구] ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
다. 사실관계 및 판단
(1) 당초 청구인에게 과세된 부가가치세 과세표준 및 대법원의 판결 후 감액경정된 과세표준의 내역은 아래 <표1>과 같다.
(2) 이 건 종합소득세에 대하여 당초 신고한 내역, 조사 이후 고지된 내역, 청구인이 경정청구한 내역은 아래 <표2>와 같고, 처분청이 2008년 귀속 종합소득세에 대하여 세무조사에 따른 과세를 한 내역은 없으며, 청구인이 자진신고한 것으로 나타난다.
(3) 이 건 부가가치세와 관련한 대법원 판결(2017.3.16. 선고 2014두8360)에서, 처분청 소속 세무공무원이 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따라 이 사건 1차 조사를 하였다고 하더라도, 그것은 실질적으로 청구인의 총 매출누락 금액을 확인하기 위하여 청구인의 사업장에서 청구인이나 그 직원들을 직접 접촉하여 9일간에 걸쳐 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 매출사실에 대하여 포괄적으로 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 것이어서, 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이므로 이 사건 2차(세무) 조사는 구 「국세기본법」제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당하므로 그에 기초하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다는 내용이 나타난다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 우선 청구인의 2008년 귀속 종합소득세에 대하여 보면, 처분청은 현지확인 및 세무조사를 실시하여 2008년 제1기분 매출누락액에 관하여 부가가치세는 과세하였으나 2008년 귀속 종합소득세를 과세한 내역은 없는 것으로 나타나므로 청구인은 2008년 귀속 종합소득세의 법정신고기한인 2009.5.31.을 기준으로 경정청구의 기간(3년)을 도과하여 이 건 경정청구(2017.8.25.)를 한 것으로 나타나는바, 이는 부적법한 경정청구로서 이에 대한 처분청의 거부회신은 민원회신에 불과하여 동 거부처분을 근거로 한 이 건은 부적법한 심판청구로 판단된다.
또한 2005년～2007년 귀속 종합소득세에 대하여 보면, 처분청은 청구인의 수입금액 누락을 확인하여 그 누락액에 대하여 부가가치세 및 종합소득세를 각각 과세하였는바 종합소득세는 부가가치세와는 별개의 세목으로 청구인은 부가가치세에 대해서만 소송을 제기한 점, 대법원 판결 등은 ‘절차적 하자(중복조사)’로 인하여 부가가치세가 감액된 것에 불과하므로 이 판결로 인하여 청구인이 수입금액을 신고누락한 사실 및 그 가액이 달라진 것은 아니므로 누락된 매출액에 대한 ‘과세표준과 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 다른 것으로 확정’된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 위 대법원 판결 등이 「국세기본법」제45조의2 제2항의 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 부적합한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.