1. 처분개요

가. 청구인은 2006.12.29. 및 2009.7.29. OOO 외 1 토지 6,757㎡를 취득하고, 2009.4.27. 위 토지 지상에 창고건물 5개동 연면적 4,756.79㎡를 신축한 후, 2013.1.14. 창고건물 3개동 연면적 2,603.88㎡ 및 그 부속토지 3,289㎡를 OOO원에 양도하였으며, 2016.8.16. 나머지 창고건물 2개동 연면적 2,152.91㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다) 및 그 부속토지 2,954㎡를 OOO원에 양도한 후, 쟁점건물의 양도가액을 실거래가 OOO원으로 하고, 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.9.1.부터 2017.9.30.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점건물에 대하여 청구인이 신고한 양도가액 OOO원과 환산취득가액을 각 부인하고, 기준시가로 안분한 OOO원을 양도가액으로, 청구인이 취득세 신고 등을 하기 위해 관할 지방자치단체에 제출한 창고건물 5개동 신축공사 도급계약서상 공사금액을 실지취득가액으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2018.3.16. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.6.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인이 신고한 쟁점건물의 양도가액은 매매당사자간의 자유로운 의사에 따라 합의․결정한 실거래가로서 정당한 가액이다.

  처분청은 쟁점건물 양도가액 산정시 청구인이 매수자와 상의한 것 외에는 뚜렷한 안분기준이 없다는 의견이나, 청구인이 창고건물 5개동을 2차례에 걸쳐 양도하면서 첫 번째 양도시에 매수자와 상의하여 안분하려고 하였으나 매수자의 거부로 안분을 할 수 없었고, 두 번째 양도시에는 매수자와 합의하여 안분하였던 것으로서, 매매계약은 매매당사자간 자유로운 합의와 계약에 의해 그 효력이 발생․유지되는 것임을 간과한 것이다.

  만약, 쟁점건물의 양도가액을 기준시가로 안분하였다면, 이에 따라 청구인이 신고한 관련 부가가치세에 대하여도 환급결정하여야 할 것이다.

  또한 조사청 의견대로 쟁점건물의 양도가액을 기준시가로 안분할 경우, 건물의 1㎡당 양도가액은 OOO원이 되어 이는 2년이나 지난 2018년 현재의 건물 신축비용과 유사하고, 단층 공장 평균건축비 1㎡당 OOO원보다 더 낮은 금액이 되어 불합리하다 할 것이다.

  상식적으로 건물을 신축하여 매각시 토지가치의 상승폭이 크고 건물가치 상승은 상대적으로 작은 것이 당연한 것인데, 청구인과 조사청의 양도가액 대비 취득가액을 비교하면 청구인의 경우 토지가치 상승은 2.88배, 건물가치 상승은 1.19배로, 조사청의 토지가치 상승 2.38배, 건물가치 상승 3.87배와 큰 차이가 있다 할 것이다.

  위와 같은 사실을 감안하면, 매매당사자간 합의에 의해 쟁점건물의 양도가액을 안분한 것은 실거래가로서 정당한 것이며, 조사청이 쟁점건물과 그 부속토지의 양도가액 구분이 불분명하다고 본 것은 부당하다.

 (2) 처분청은 쟁점건물의 취득가액을 도급계약서상 공사금액으로 보았으나, 「건설산업기본법」 제41조에 의하면 건축허가를 받기 위해서는 종합건설면허를 가진 자와의 도급계약서가 반드시 필요하여, 청구인은 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)와 면허대여를 통해 임의로 도급계약서를 작성할 수밖에 없었으나, 도급계약서대로 공사를 시행한 것이 아니며, 이는 OOO이 쟁점건물 신축과 관련하여 세금계산서를 발행하거나 청구인이 OOO에 공사대금을 지급하지 아니한 사실을 통해 입증된다 할 것이다.

  따라서, 청구인이 직접 상가건물 5개동을 신축함에 따라 정확한 신축비용을 계산할 수가 없어서 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 신고한 것은 정당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인이 신고한 쟁점건물의 양도가액은 매수자와 상의한 것 외에는 뚜렷한 기준없이 건물과 토지가액을 안분한 것으로 부당하다.

  청구인은 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 책정한 것은 건물신축 공사비에 10% 정도의 수익을 더하여 산출한 것이라고 주장하나, 청구인은 2013년 창고건물 3개동 및 그 부속토지를 OOO원에 양도하면서 기준시가로 안분하여 양도소득세를 신고하였는데 청구주장과 같이 신축비용에 10% 정도의 수익을 더하여 쟁점건물의 양도가액을 산출하였다면 2013년에 양도한 창고건물 3개동의 건물가액 OOO원(<표>③)이 실지 양도가액 OOO원(<표>④)을 초과하게 된다.

OOO

  또한, 청구인은 처분청이 산출한 창고건물 5개동의 가액 OOO원(㎡당 OOO원)은 2018년 현재 쟁점건물을 다시 신축할 경우의 신축비용과 유사하므로 2016년에 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 신고한 것은 적정하다고 주장하면서 견적서를 제출하였으나 동 견적서는 조사일 이후 작성되어 이를 신뢰하기 어렵다.

  따라서, 청구인이 동일한 신축공사를 통해 취득한 창고건물 3개동을 2013년 양도할 당시 기준시가에 따른 안분가액으로 신고한 사실에 비추어 쟁점건물과 그 부속토지의 양도가액 구분이 불분명하다고 보아 「소득세법」 제100조 제2항에 따라 기준시가로 안분하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

 (2) 청구인은 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 신고하였으나, 청구인이 신축한 창고건물 5개동의 건축허가, 취득세 신고 등을 위해 관할 지방자치단체에 스스로 제출한 도급계약서상에서 쟁점건물의 실지취득가액을 확인할 수 있다.

  또한, 건축허가 당시 도급계약서와 설계도면이 같이 제출된 것으로 보아 도급계약서상 공사금액은 창고건물 5개동을 신축하기 위하여 적정하게 산출된 금액으로 판단되며, 청구인이 임대업자로 사업자등록 후에 2012년 신고한 대차대조표상 장부가액도 OOO원(2013년 양도분 OOO원, 2016년 양도분 OOO원)으로 도급계약서상의 공사금액과 차이가 많이 나지 않는다.

  청구인은 건축허가를 위해 OOO(2013.12.31. 폐업)과 임의로 도급계약서를 작성하였다고 하며 OOO 대표자의 명의대여사실확인서를 제출하였으나, 이는 조사 중에 작성한 것으로 OOO은 폐업하기 이전까지 정상적으로 사업을 영위하던 법인으로 확인되는 등 실제 공사가 가능하였을 것으로 보인다.

  또한, 청구인은 건설업자의 명의를 빌려 건축허가 후 본인이 직접 시공하였다고 주장하며 H빔 구입처, 철물 및 잡자재 구입처의 대표자 확인서, 목수 및 철근작업자의 자필 확인서 등을 제출하였으나 구체적인 금액 및 금융증빙 등 확인서를 뒷받침할 만한 증빙서류를 제출하지 않았다.

  조사청은 청구인이 스스로 관할 지방자치단체에 제출한 도급계약서 등을 근거로 과세하였는데, 이는 경험칙에 비추어 처분청이 쟁점건물의 실지취득가액을 추정할 수 있는 수준까지 입증한 것으로 볼 수 있고, 청구인은 본인이 건설업자의 명의를 빌려 당해 도급계약서를 작성하였다고 주장하면서 건설업체 대표자의 확인서 등을 제출하였는데 확인서가 있다고 하여 공사금액까지 부정되는 것으로 볼 수 없으며(대법원 2007.9.6. 선고 2007다31990 판결 참조), 쟁점건물의 취득가액이 불분명하다는 주장에 대하여 청구인이 그 입증책임을 다하였다고도 볼 수 없다.

  따라서, 도급계약서 등에서 쟁점건물의 실지취득가액을 확인할 수 있으므로 처분청이 청구인이 신고한 쟁점건물의 환산취득가액을 부인하고 실지취득가액을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 청구인이 함께 양도한 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 쟁점건물의 양도가액을 계산하고, 도급계약서상 확인되는 공사금액을 쟁점건물의 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

 (1) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

   1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

    가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

    나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

  ⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

  ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 (2) 건설산업기본법

제41조(건설공사 시공자의 제한) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 건축 또는 대수선에 관한 건설공사(제9조 제1항 단서에 따른 경미한 건설공사는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)는 건설업자가 하여야 한다. 다만, 다음 각 호 외의 건설공사와 농업용, 축산업용 건축물 등 대통령령으로 정하는 건축물의 건설공사는 건축주가 직접 시공하거나 건설업자에게 도급하여야 한다.

   1. 연면적이 200제곱미터를 초과하는 건축물

   2. 연면적이 200제곱미터 이하인 건축물로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

    가. 「건축법」에 따른 공동주택

    나. 「건축법」에 따른 단독주택 중 다중주택, 다가구주택, 공관, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

    다. 주거용 외의 건축물로서 많은 사람이 이용하는 건축물 중 학교, 병원 등 대통령령으로 정하는 건축물

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

  (가) 쟁점건물 및 그 부속토지의 양도에 대하여 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역은 아래와 같다.

OOO

  (나) 청구주장과 관련하여 청구인은 OOO이 2018년 1월 작성한 견적서(OOO), 2012년 대차대조표 산정 기준시가계산서, 2009년 신축시 취득세 과세표준 등을 제출하였다.

  (다) 창고건물 5개동에 대한 도급계약서를 제출하지 아니하여 도급계약서상 공사금액을 알 수는 없으나 동 금액에 대하여 청구인과 처분청간 이견은 없다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 자신이 신고한 쟁점건물의 양도가액이 매매당사자간의 자유로운 의사에 따라 합의․거래한 실거래가로서 정당한 가액이고, 쟁점건물의 정확한 신축비용을 계산할 수 없어 환산취득가액을 적용한 것이 정당하다고 주장하나, 청구인은 2009.4.27. 일괄 신축한 창고건물 5개동에 대하여 2회에 걸쳐 분할 양도하면서 2013.1.14. 양도분(창고건물 3개동)에 대해서는 양도가액을 기준시가로 안분하여 신고한 사실이 있고, 2016.8.16. 양도분(창고건물 2개동, 쟁점건물)에 대해서는 토지와 건물의 가액을 임의적으로 구분(청구인은 쟁점건물 신축비용에 10% 정도의 수익을 더하여 양도가액을 산출하였다고 주장한다)하였으나 그 구분 근거가 부족하여 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, 이에 따라 처분청이 「소득세법」 제100조 제2항의 규정에 의해 양도당시의 기준시가로 안분한 것이 정당해 보이는 점, 청구인이 스스로 취득세 신고 등을 위해 관할 지방자치단체에 도급계약서를 제출한 사실이 있고 이에 대해 세법상 납세의무자가 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 한 도급계약서 등을 특별한 사정이 없는 한 부인할 수가 없어 보이는 바, 도급계약서상 공사금액을 부인한 만한 특별한 사정이 객관적으로 증빙되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 기준시가로 안분한 금액을 양도가액으로, 도급계약서상 공사금액을 취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.