주 문

OOO세무서장이 2018.6.19. 및 2018.6.20. 청구법인에게 한 2015사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 및 OOO원의 소득금액변동통지는 OOO 외 4필지(OOO) 토지 및 건물의 임차료 시가를 임대사례 등을 토대로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 「학점인정 등에 관한 법률」에 의하여 OOO으로부터 학점인정 교육기관으로 인가받은 업체로, 2001.8.30. 설립되어 현재까지 방송학원업을 영위하고 있고, 청구법인의 지분 100%를 보유하고 있는 대주주인 OOO으로부터 OOO 외 4필지(OOO) 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 임차하여 OOO 등으로 사용하며 2014～2016사업연도 동안 총 OOO원의 임차료(이하 “쟁점임차료”라 한다)를 지급하였다.

또한, 청구법인은 2012.11.30. OOO이 운영하고 있는 ‘대학졸업과 방송취업을 동시에 OOO(이하 “OOO”라 한다)’의 사업을 포괄적으로 양수하는 내용의 계약(이하 “쟁점양수도계약”이라 한다)을 체결하고 위 계약에 따라 OOO원으로 평가한 영업권(이하 “쟁점영업권”이라 한다)을 무형자산으로 계상하여 2012～2016사업연도 동안 이에 대한 감가상각비를 손금에 산입하였다가 2018.3.10. 쟁점영업권을 OOO원으로 재평가하여 같은 해 4월 이에 대한 정산을 완료하였으나, 과대상각한 감가상각비에 대한 세무조정은 하지 아니하였다.

나. 처분청은 2018.2.26.～2018.3.27. 기간 동안 청구법인의 2015사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 특수관계자인 OOO에게 쟁점부동산을 시가보다 고가로 임차하고 쟁점영업권을 과대상각한 것으로 조사하여 임차료 과다지급분 OOO원 및 영업권 과대상각액 OOO원 등을 포함하여 총 OOO원을 손금불산입하여 2018.6.19. 및 2018.6.20. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하고 OOO에 대한 인정이자 OOO원을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인이 쟁점임차료를 특수관계자인 OOO에게 과다지급한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 이 건 처분을 하였으나, 아래와 같은 점 등에 비추어 쟁점임차료는 적정임차료로 볼 수 있으므로 이 건 처분은 부당하다.

  (가) 임대차 관계에 대한 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어서 적정임차료의 산정은 당해 부동산과 유사한 임대실례를 비교하여 계산함이 타당하고, 임대실례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상황, 사용범위는 물론 임대(또는 임대보증금)를 형성하는 개별적인 요인과 인접지역 내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 검토하여 합리적으로 계산하여야 할 것(조심 2015서2797, 2015.12.7. 등 참조)임에도 처분청이 위와 같은 검토나 고려 없이 막연히 「법인세법 시행령」 제89조 제4항에 따라 계산한 금액을 쟁점부동산의 적정임차료(시가)에 해당함을 전제로 쟁점임차료의 고가 여부를 판단하여 이 건 처분을 하였다.

  (나) 「법인세법 시행령」 제89조는 부당행위계산 부인규정의 적용과 관련한 시가에 대하여 해당거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을(제1항), 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우는 그 가액을(제2항 제1호), 「상속세 및 증여세법」 제38조․제39조․제39조의2․제39조의3․제61조부터 제66조가지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액을(제2항 제2호), 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을(제4항) 각각 순차적으로 적용하는 것으로 규정하고 있다.

  한편, 법인과 특수관계자 사이의 임대차거래가 「법인세법」 등에서 조세를 부당하게 감소시킨 사유인 “저가 임대”에 해당한다는 사실 및 위와 같은 저가 임대에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서 그 적용 기준이 되는 “시가” 내지 “적정임차료”에 관한 주장․증명책임은 모두 과세관청에게 있다고 할 것(대법원 1996.5.10. 선고 95누5301 판결 등 참조)인바, 처분청이 산정한 임차료가 시가에 해당한다는 의견을 제시하기 위해서는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항, 제2항 제1호 및 제2호를 모두 적용할 수 없다는 점을 밝혀야 할 것임에도 처분청은 이에 대한 아무런 검토 없이 같은 법 시행령 제4항에 따라 산정한 금액을 쟁점부동산에 대한 적정임차료로 보아 이 건 처분을 하였다.

  (다) OOO이 쟁점부동산 중 주된 3필지인 OOO 소재 토지 및 건물에 대하여 2015.7.1.을 기준시점으로 하여 평가한 임차료는 OOO원이나, 처분청이 적정임차료로 평가한 금액은 위 금액의 10.95%에 불과한 OOO원인바, 이는 처분청이 「법인세법 시행령」 제89조 제4항에 따라 산정한 금액이 적정임차료와 상당한 차이가 있음을 반증하는 것이라 할 수 있다.

 (2) 청구법인과 OOO은 이 건 포괄양수도 대가에 관하여 쟁점양수도계약 제2조에서 “갑”은 2012년 11월 30일 현재의 장부상 사업용 자산총액에서 부채총액을 차감한 금액과 영업권평가액[2011년 11월 30일 현재의 영업권 평가액과 실제 영업권 양도 후 향후 5년(2012년부터 2017년까지) 동안 발생한 초과이익(2010년부터 2012년까지의 OOO의 가중평균 각 사업연도소득금액의 50%, 「상속세 및 증여세법」상의 영업권 평가규정 준용평가)의 합계 중 작은 금액]을 합산한 금액을 대가로 하여 “을”에게 사업 일체를 포괄적으로 양도한다고 규정하였다.

 또한, 처분청은 2008년 2학기부터 OOO의 수입금액이 전부 청구법인의 수입금액에 해당한다고 보아 2012.4.13. 청구법인의 2008～2010사업연도에 대한 법인세를 모두 경정하였으므로 쟁점양수도계약이 체결된 2012.11.30. 당시에는 OOO이 영위하던 교육사업의 주체가 ‘OOO’인지 ‘OOO’인지에 대한 다툼이 있었다. 이러한 이유 등으로 청구법인과 OOO은 쟁점양수도계약 제12조에 “갑은 현재 2007년부터 2010년까지의 거래내역에 대하여 세무 등에 관한 결정이 이루어지고 있다. 이 결과에 따라 갑과 을 간의 양수도 대가는 변경될 수 있으며, 변경된 양수도대가는 영업권평가액이 최종 결정된 후에 정산키로 한다.”는 내용을 삽입하게 되었다. 따라서 설령 쟁점영업권가액이 과대상각되거나 과소상각된 금액이 있다 하더라도 그 차액과 관련된 귀속시기는 쟁점영업권이 최종적으로 확정된 때가 속하는 2018사업연도로 보아야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 처분청이 쟁점부동산에 대한 적정임차료를 산정함에 있어서 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항이 모두 적용될 수 없다는 점을 밝히지 아니하고 곧바로 제4항을 적용한 것은 부당하다고 주장하나, 처분청은 이 건 조사과정에서 쟁점부동산과 유사한 임대실례나 쟁점부동산과 특성이 유사(전체 임대, 학원업 영위, 건물신축연월, 주변환경 등)한 인근 지역에 위치한 건물의 임대실례를 확인하였으나 이를 찾을 수 없었고, 쟁점부동산(혹은 쟁점부동산의 임차료)에 대한 감정평가법인의 감정평가액 또한 확인할 수 없었으므로 「법인세법 시행령」 제89조 제4항을 적용하여 시가를 산정한 것이다.

 한편, 청구법인은 처분청의 시가산정이 부당하다는 근거로 OOO의 감정평가액을 제시하고 있으나, 동 감정평가액은 소급감정된 것이고, 해당 감정평가서(p.32)에는 최근의 경기 동향에 따른 인근 건물 등의 임대상황, 본건의 위치, 이용상황, 주변환경 등을 고려하여 이 건 임대료 산정에 적용할 기대이율을 4.0%로 결정하였다고 기재되어 있으나, 산출근거를 살펴보면 토지 및 건물가액을 산출하기 위한 여러 요인들을 검토하고 있을 뿐이고, 임대사례비교법에 의한 비준임료 산정시 별다른 이유 기재 없이 임대사례 5건 중 가장 임대료가 높은 OOO(소매점, 133.67㎡)을 유사임대사례로 선정하였는데(감정평가서 p.35), 동 비교대상부동산은 쟁점부동산과 달리 OOO 및 대로변 주변 대학상권 중심에 위치하는 소매점이라 비교가능성이 떨어진다 할 수 있다.

 위와 같은 점을 종합할 때 청구법인이 적자가 심해지는 상황에서도 OOO에게 합리적인 협상과정 없이 해마다 상승된 고액의 임차료를 지급한 행위는 각자 경제적 이익의 극대화를 도모하는 비특수관계인 간에는 발생하기 어려운 비정상적인 거래로 보이므로, 청구법인과 OOO 간의 거래가액인 쟁점임차료를 객관적 교환가치가 반영된 시가로 인정할 수 없고, 쟁점부동산의 임대실례나 객관적이고 합리적으로 평가된 감정평가액이 존재하지 아니하므로, 「법인세법 시행령」 제89조 제4항에 따라 산정한 이 건 임차료를 시가로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

 (2) 청구법인은 쟁점영업권 등을 양수할 당시 OOO의 소득금액과 관련한 소송이 진행 중이였으므로 포괄양수도 계약서상 2013년부터 2017년까지 발생한 청구법인의 초과이익을 기준으로 한 사후정산 조항(제2조) 및 세무 등에 대한 결정에 따라 정산하는 조항(제12조)을 삽입할 수밖에 없었으므로 쟁점영업권의 수입시기를 2018년으로 보아야 한다고 주장하나, 청구주장은 당초 보고서상 영업권 평가가 적정하게 이루어진 것을 전제로 하고 있는 것인데, 당초 보고서상 영업권 평가액은 소득세 및 지방소득세 등에 대한 최소한의 차감조정도 이루어지지 아니하였을 뿐 아니라 교육사업과 무관한 임대료 수익도 포함되어 있는 등 세법에 따라 적정하게 평가된 가액으로 볼 수 없고, 이에 대하여는 청구법인도 이의가 없음을 이미 확인한 바 있다.

 또한, 청구법인은 2012.3.20. OOO와 관련한 심판청구(조심 2012서1789, 2012.3.20.)가 진행 중이어서 귀속주체와 소득금액이 확정되지 아니하였음에도(즉, 세법에 따른 적정한 영업권 평가가 사실상 불가능한 상황) 사후정산이라는 조건까지 삽입하여 쟁점양수도계약을 체결하였는바, 이는 일반적인 제3자 간에는 발생하기 어려운 거래조건임에도 청구법인은 그러한 거래를 할 수밖에 없었던 합리적인 이유를 전혀 제시하지 못하고 있으며, 청구법인은 이 건 조사과정에서 최초 보고서상 영업권 평가액을 포함한 양수도 대가를 2014년에 이미 지급 완료하였다고 소명하였다.

 위와 같이 청구법인이 최소한의 조정과정도 거치지 아니한 순손익액을 기준으로 쟁점영업권을 산정하고, 그 금액을 모두 OOO에게 지급한 것으로 확인되는 점, 청구법인도 최초 보고서의 영업권 평가가 부적정하다는 사실을 인정하고 조사과정에서 2차 평가보고서를 제시한 점, 일반적인 제3자 간의 거래라면 가액 산정이 사실상 불가능한 상황에서 무리하게 영업권을 양수받지 않았을 것으로 보이는 점, 최초 보고서에서 최소한의 조정과정을 거친 영업권 가액이 2차 평가보고서의 평가액과 유사한 점, 일반적으로 정산조건은 계약시점 이후 변동상황을 반영하기 위한 것으로, 당초 부적절한 평가로 인한 차액까지 정산대상으로 보기는 어려운 점 등을 종합적으로 고려하면 청구법인은 특수관계자인 OOO에게 이익을 분여할 목적으로 당초 평가보고서상 영업권을 고가로 산정하여 양수한 후 영업권을 과대상각한 것으로 보아 법인세 등을 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 「법인세법 시행령」 제89조 제4항을 적용하여 산정한 쟁점부동산의 임차료를 시가로 볼 수 있는지 여부

 ② 사업의 포괄적 양수도시 포함된 쟁점영업권의 귀속시기

나. 관련 법령 등

 (1) 법인세법

  제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 법인세법 시행령

  제68조[자산의 판매손익 등의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[괄호 생략]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

  제71조[임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도] ⑦ 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)ㆍ「조세특례제한법」 및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다.

  제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

  제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등은 제외하며, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

(3) 상속세 및 증여세법 시행령

  제56조[1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법] ④ 제1항 제1호의 규정에 의한 순손익액은 「「법인세법」」 제14조의 규정에 의한 각 사업연도소득에 제1호의 규정에 의한 금액을 가산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액에 의한다. 이 경우 각 사업연도소득 계산시 손금에 산입된 충당금 또는 준비금이 세법의 규정에 따라 일시 환입되는 경우에는 당해금액이 환입될 연도를 기준으로 안분한 금액을 환입될 각 사업연도소득에 가산한다.

1. 「법인세법」 제18조 제4호에 따른 금액, 같은 법 제18조의2․제18조의3에 따른 수입배당금액 중 익금불산입액, 같은 법 제24조제4항, 「조세특례제한법」(법률 제10406호 조세특례제한법 일부개정 법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제73조 제4항에 따라 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액 및 그 밖에 기획재정부령이 정하는 금액

2. 다음 각 목의 규정에 의한 금액

 가. 당해 사업연도의 법인세액(「법인세법」 제57조에 따른 외국법인세액으로서 손금에 산입되지 아니하는 세액을 포함한다), 법인세액의 감면액 또는 과세표준에 부과되는 농어촌특별세액 및 지방소득세액

 나. 「법인세법」 제21조 제3호 및 제4호 및 동법 제27조에 규정하는 금액과 각 세법에서 규정하는 징수불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액

 다. 「법인세법」 제24조부터 제26조까지, 같은 법 제28조의 금액 및 「조세특례제한법」(법률 제10406호 조세특례제한법 일부개정 법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제73조 제3항에 따라 기부금 손금산입 한도를 넘어 손금에 산입하지 아니한 금액, 같은 법 제136조의 금액, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 금액

  제59조[무체재산권의 평가] ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 감안하여 기획재정부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의한다. 다만, 매입한 무체재산권으로서 그 성질상 영업권에 포함시켜 평가되는 무체재산권의 경우에는 이를 별도로 평가하지 아니하되, 당해 무체재산권의 평가액이 환산한 가액보다 큰 경우에는 당해 가액을 영업권의 평가액으로 한다.

  [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 당해 연수로 한다)의 순손익액의 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본 × 1년 만기 정기예금이자율을 감안하여 기획재정부령이 정하는 율)]

③ 제2항을 적용함에 있어서 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제56조 제1항 및 제2항을 준용하여 평가한다. 이 경우 같은 조 제1항 중 “1주당 순손익액”과 같은 조 제2항 중 “1주당 추정이익”은 “순손익액”으로 본다.

⑦ 제2항의 규정에 의하여 영업권을 평가함에 있어서 제시한 증빙에 의하여 자기자본을 확인할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액 중 많은 금액으로 한다.

1. 사업소득금액 ÷ 「소득세법 시행령」 제165조 제10항 제1호에서 규정하는 자기자본이익률

2. 수입금액 ÷ 「소득세법 시행령」 제165조 제10항 제2호에서 규정하는 자기자본회전율

 (4) 법인세법 시행규칙

  제36조[기타 손익의 귀속사업연도] 영 제71조 제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

 (5) 상속세 및 증여세법 기본통칙

  64-59…1[영업권의 평가] ① 개인으로서 경영하는 사업체의 영업권을 평가하는 경우 영 제59조 제2항에 따라 평가기준일 전 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 계산할 때 영 제56조 제3항에 따른「법인세법」상 각 사업연도소득은 「소득세법」상 종합소득금액으로 보며 같은 조 같은 항 각 호의 1에 규정하는 금액은 「소득세법」상 동일한 성격의 금액을 적용하여 계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 2015사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 특수관계자인 OOO에게 쟁점부동산을 시가보다 고가로 임차하고 쟁점영업권을 과대상각한 것으로 조사하여 임차료 과다지급분 OOO원 및 영업권 과대상각액 OOO원 등을 포함하여 총 OOO원을 손금불산입하여 이 건 처분을 하였는바, 처분청의 ‘법인사업자 조사종결 보고서(2018년 3월)’에 의하면, 처분청이 이 건 조사시 적출한 내용은 아래 <표1>과 같다.

OOO

 (2) 청구법인 및 처분청이 쟁점임차료와 관련하여 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인이 OOO으로부터 쟁점부동산을 임차하고 지급한 사업연도별 임차료 지급내역은 아래 <표2>와 같다.

OOO

  (나) 쟁점부동산의 임대차 현황은 아래 <표3>과 같다.

OOO

  (다) 청구법인이 신고한 쟁점임차료와 처분청이 산정한 적정임차료를 비교하면 아래 <표4>와 같다.

OOO

  (라) 청구법인이 쟁점부동산 중 OOO 외 2필지에 대하여 OOO에 의뢰하여 2015.7.1.로 소급하여 감정한 감정평가서상 연간임대료 평가액은 OOO원으로 확인되고, OOO의 매매가액은 OOO원이며, OOO이 감정한 OOO의 가용담보금액으로서의 감정평가액은 OOO원으로 나타난다.

  (마) 청구법인의 사업연도별 법인세 신고내역을 요약하면 아래 <표5>와 같다.

OOO

 (3) 청구법인 및 처분청이 쟁점영업권과 관련하여 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

OOO

  (나) 청구법인과 OOO은 2018.3.10. 위 쟁점양수도계약 제12조를 근거로 쟁점영업권을 아래 <표6>과 같이 당초 OOO원에서 OOO원으로 정산함에 따라 이 건 포괄양수도가액을 변경하여 같은 해 4월 이에 대한 정산을 완료하였는바, 쟁점영업권의 당초 및 정산시 평가내역을 비교하면 아래 <표7>과 같다.

OOO

OOO

  (다) 청구법인이 이 건 조사시 제시한 쟁점영업권과 관련된 재평가보고서의 주요 내용은 아래 <표8>과 같다.

OOO

  (라) 청구법인의 사업연도별 쟁점영업권 상각액은 아래 <표9>와 같고, 처분청은 재산정한 OOO원을 쟁점영업권의 가액으로 인정하는 한편, 청구법인이 OOO원을 과다상각한 것으로 보아 이를 손금불산입하여 이 건 처분을 하였다.

OOO

 (4) 청구법인은 처분청이 적정임차료 산정에 있어서 쟁점부동산과 유사한 임대실례를 비교하거나 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상황, 사용범위 등 임대를 형성하는 개별적인 요인 및 인접지역 내 다른 부동산의 임대가격 등에 대한 검토 없이 「법인세법 시행령」 제89조 제4항을 적용함은 부당하고, 쟁점양수도계약이 체결된 2012.11.30. 당시에는 양수도대금이 확정되지 아니한 상태였으며 2018년 4월경 쟁점영업권을 재평가하여 이에 대한 정산을 완료한 때에 쟁점영업권가액이 최종적으로 확정되었으므로 그 귀속시기를 2018사업연도로 보아야 한다고 주장한다.

 (5) 한편, 처분청은 청구법인이 적자가 누적되는 상황에서 특수관계자인 OOO에게 합리적인 협상과정 없이 매년 상승된 고액의 임차료를 지급한 행위는 비정상적인 거래에 해당되어 쟁점임차료를 객관적 교환가치가 반영된 시가로 인정할 수 없고, 쟁점부동산의 임대실례나 감정평가액 등이 존재하지 아니하는 것으로 조사되었으므로 「법인세법 시행령」 제89조 제4항을 적용하여 산정한 임차료를 시가로 봄이 타당하며, 일반적으로 정산조건은 계약시점 이후 변동 상황을 반영하기 위한 것이나 당초 쟁점영업권은 최소한의 차감조정도 이루어지지 아니하고 교육사업과 무관한 수익 등을 포함하는 등 적정한 평가가 전제되지 아니하여 이를 정산대상으로 보기는 어려우므로 청구법인이 쟁점영업권을 사용․수익한 2012사업연도를 귀속시기로 보아야 한다는 의견을 제시하고 있다.

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 「법인세법 시행령」 제89조 제4항에 의하여 쟁점부동산의 임차료 시가를 적법하게 산정하였다는 의견이나,

「법인세법」 제52조 제2항은 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조는 매매사례가액, 감정평가액을 적용할 수 없는 경우에 한하여 제4항에서 ‘유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’을 시가로 한다고 규정하고 있으며, 이 경우 부당행위계산부인의 적용 기준이 되는 ‘시가’에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다고 할 것(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 등 참조)이다.

 한편, 부당행위계산 부인규정상 부동산의 임차료 시가는 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 의한 낮은 가액에 50%를 곱하고 임대보증금을 차감한 후 정기예금이자율을 곱하여 산출하므로 시세에는 훨씬 미달하고, 이러한 관계로 특수관계자로부터 부동산을 임차하여 사용함에 있어 현실적인 시세를 반영하여 임차료를 책정하게 되면 「법인세법」상으로는 고율의 임차료를 지불하게 되는 결과를 초래할 가능성이 커지게 된다. 이 건의 경우도 처분청이 시가로 산정한 임차료(㎡당 OOO원)는 쟁점임차료(㎡당 OOO원)와 10배 정도 차이가 나는 금액으로, OOO이 ‘상업용부동산 임대동향조사 보고서’를 통하여 고시한 ㎡당 임대료(OOO지역 2015년 3분기 OOO원, 2015년 4분기 OOO원)와도 과도한 차이를 보이고 있어 현실성이 결여되었다 할 것이다.

 따라서 위와 같이 법 규정에 의하여 산출되는 임차료 시가와 비교하여 그 액수에 차이가 있다고 하더라도 부당행위계산부인 대상인지의 여부를 판단함에 있어서는 임차료 지급행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 대하여 고려할 필요가 있으며, 임대차 관계에 대한 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 시가는 당해 부동산과 유사한 임대사례를 비교하여 산정하여야 하고, 임대사례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용상 실태, 사용범위는 물론, 임대료를 형성하는 개별적인 요인과 인접지역내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 검토하는 것이 합리적이라고 할 것이므로 처분청은 쟁점부동산 인근의 임대사례 등을 토대로 임차료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점양수도계약이 체결된 2012.11.30. 당시에는 양수도대금이 확정되지 아니하였고, 2018년 4월경 쟁점영업권을 재평가하여 이에 대한 정산을 완료한 때에 이르러 쟁점영업권가액이 확정되었으므로 쟁점영업권의 귀속시기를 2018사업연도로 보아야 한다고 주장하나,

「법인세법」 제40조 제1항은, “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있고, 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다고 보아야 한다.

 이 건의 경우 쟁점양수도계약 제2조에서 OOO은 2012년 11월 30일 현재의 장부상 사업용 자산총액에서 부채총액을 차감한 금액과 영업권평가액을 합산한 금액을 대가로 하여 청구법인에게 사업 일체를 포괄적으로 양도한다고 하여 양도대금을 확정하였고, 일반적으로 정산조건은 계약시점 이후 변동 상황을 반영하기 위한 것인데, 이 건은 당초 소득세 등을 차감하지 아니하고 교육사업과 무관한 임대료 수익을 포함하는 등 영업권을 적정하게 평가하지 아니함에 따라 차액이 발생한 경우라서 대금이 확정되지 아니한 경우로 보기 어려우며, 대금이 확정되지 아니한 경우라 하더라도 청구법인 스스로 이 건 양수도자산을 사용․수익하며 쟁점영업권을 OOO원으로 계상하여 감가상각비를 손금산입하고 있음이 법인세 신고 내역 등을 통하여 확인되므로 쟁점영업권의 귀속사업연도는 쟁점영업권에 대한 청구법인의 권리가 확정적으로 발생한 2012사업연도로 봄이 타당하다 할 것이다.

 따라서 처분청이 쟁점영업권의 귀속시기를 2012사업연도로 보아 과대상각액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.