1. 처분개요

가. 청구법인[1999.2.23. 설립당시 주식회사 OOO에서 2012.11.1. 주식회사 OOO로 법인명을 변경하였고, 같은 날 구 주식회사 OOO를 흡수합병함]은 금속가공 및 제조업과 자회사에 대한 투자업을 영위하는 회사로, 청구법인의 OOO사업부문에서는 프레스 기계용 구조물 제조에 소요되는 원재료인 후판을 매입 후 가공하여 자회사인 주식회사 OOO에 납품하고 있다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.1.19.부터 2017.4.4.까지 청구법인에 대한 2013～2015사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 아래 <표1>과 같이 기말재고자산 OOO원을 과소신고한 것으로 보아 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2017.4.25. 청구법인에게 2013․2014사업연도 법인세 합계 OOO원(2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.7.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인이 제출한 재고현황에는 원재료와 재공품이 모두 포함되어 있으므로, 실제 재고현황에서 장부상 원재료와 재공품을 모두 차감한 금액이 부외 재고자산이 되고, 동 금액이 청구법인이 작성한 부외자산 운용(안)상의 수치와 일치하는 것을 알 수 있음에도 원재료만 기재되어 있는 문서로 오해하여 부외 재고자산을 잘못 산정하였는바, 이를 반영하여 재산정하여야 한다.

<표4> 청구법인이 작성한 부외자산 운용(안)의 부외자산 현황

 (2) 과세관청은 조세법령에 따라 각 사업연도에 정당하게 계상되어야 할 소득금액을 기초로 특정사업연도의 익금금액을 산정하고 그에 따라 과세처분을 하여야 하는바(대법원 2006.6.9. 선고 2006두781 판결, 대법원 2004.12.9. 선고 2003두278 판결 등 참조), 처분청으로서는 과세대상이 된 사업연도의 조세법령에 따른 정확한 각 사업연도 소득금액을 산정하고 각 사업연도 소득금액과 청구법인의 신고소득의 차액을 증액 경정하여야 하는 것이다.

 법인세법상 법인의 손금으로 인정되는 매출원가는 ‘기초재고자산 + 당기재고매입액 - 기말재고자산’으로 산정되므로, 해당 사업연도의 정확한 각 사업연도 소득금액을 산정하기 위해서는 ‘실제 기말재고자산과 장부상 기말재고자산의 차이’ 뿐만 아니라, ‘실제 기초재고자산과 장부상 기초재고자산의 차이’까지 모두 반영하여야 함에도 처분청은 2013사업연도의 과세소득을 산정함에 있어 ‘실제 기초재고자산과 장부상 기초재고자산의 차이’를 전혀 반영하지 않았으므로 이를 반영하여 재산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 원재료와 재공품을 하나의 재고자산수불부에 함께 기재하고 있다고 주장하면서 ‘재고현황’을 제출하였으나, 청구법인은 원재료수불부, 상품수불부, 재공품수불부를 별도 관리 하였고, 그 관리 형태는 아래 <표5>와 같다.

 청구법인은 위 재고수불부를 기초로 법인세 신고 시 제조원가 명세서를 제출한 바 있고, 처분청은 청구법인이 재고자산을 보관하던 OOO 소재 보세창고인 OOO에 직접 현장 확인하여 징취한 사외재고내역을 기초로 과소신고 된 기말재고자산을 산정하였으며, 청구법인이 별도로 작성․관리한 ‘재공품리스트’의 중량 합계란을 보면 재고수불부의 재공품 합계란과 일치함(2014사업연도의 경우 993,937kg)을 알 수 있다.

 또한, 청구법인은 원재료인 철판(후판)을 수입하여 절단 및 용접 과정을 거쳐 프레임 완제품을 생산하는 구조로 절단 및 용접 용역을 외주업체에 가공의뢰하고 있으며 ‘재공품리스트’에 기재된 기말재공품의 중량은 보관창고로부터 반출되어 절단 작업이 이루어지는 재고자산으로써 분명한 재공품임을 알 수 있고, OOO의 보관창고는 원재료를 수입 후 통관되기 직전, 원재료의 임시보관을 위한 보세창고로써 재공품(절단작업 중인 재고자산)이 보세창고에 보관될 수 없다 할 것이다.

 (2) 청구법인은 2013사업연도 기말재고자산 누락을 결정하면서 2013사업연도 기초재고를 반영하지 않았다고 주장하고 있으나, 청구법인의 주장대로 2013사업연도의 기초재고를 세무조정하기 위해서는 2012사업연도의 기말재고부터 세무조정(익금산입)하고, 2013사업연도의 기초재고 차이를 손금산입해야 할 것이므로 2012사업연도의 기말재고에 대한 세무조정(익금산입) 없이 2013사업연도의 기초재고를 세무조정(손금산입)하는 것은 논리 모순이며, 세법을 위반하는 것이다.

 청구법인은 처분청의 주장에 의하는 경우 2013사업연도에 OOO원 많은 소득금액을 인식하는 결과가 발생된다며 아래 <표8>을 제시하고 있으나, 2012사업연도 기말재고를 2013사업연도 기초재고에 반영하는 경우 손금산입은 2013～2016 4개 사업연도에 걸쳐 발생하는 반면 익금산입은 2013～2015 3개 사업연도만 이루어져 부외재고자산을 만들어 장기간에 걸쳐 법인세 신고를 누락한 청구법인에게 국가가 기 납부한 법인세를 환급해 주어야 하는 터무니없는 결과가 발생하게 되는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 원재료에 대한 재고자산 누락분 산정 시 재공품 재고를 차감하여 달라는 청구주장의 당부

 ② 2013사업연도 재고자산 누락에 따른 익금산입액 산정 시 세무조정 하지 아니한 2012사업연도 기말재고자산 누락액의 손금 추인 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 조사청은 2017.1.19.부터 2017.4.4.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 원재료에 대한 기말재고자산 OOO원을 과소계상한 것으로 보아 익금에 산입한 후 다음 사업연도의 기초재고자산 누락액으로 손금에 추인하는 것을 포함하여 조사결과를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2013․2014사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정․고지하였으며, 세무조사 당시 청구법인이 작성한 확인서 및 재고자산 차이내역 등은 아래와 같다.

 (2) 청구법인은 위 확인서에 첨부된 재고현황에 따르면 실제 재고자산 중량의 합계가 위 <표3>과 같이 2013사업연도 4,765,962kg, 2014사업연도 11,571,907kg, 2015사업연도 9,863,833kg으로 나타나고, 동 재고자산에는 재공품 재고자산(2013사업연도 1,017,833kg, 2014사업연도 5,692,337kg, 2015사업연도 3,285,426kg)이 포함되어 있으므로 이를 차감한 금액을 익금에 산입함이 타당하며, 재공품 재고를 차감한 부외재고의 중량이 청구법인의 부외자산 운용(안)에 기재된 2013～2014사업연도말 부외자산 중량과 일치하는 것을 보더라도 청구법인이 제출한 재고현황에는 재공품 재고가 포함되어 있음이 확인되므로 이를 차감하여야 한다는 주장이다.

 (3) 이와 관련하여 처분청은 절단 및 용접 등은 외주업체에서 가공의뢰하고 있으므로 처분청이 재고자산을 보관하던 OOO에 현장 확인 후 징취한 재고현황에는 재공품이 포함된 것으로 볼 수 없고, 청구법인은 위 <표5>와 같이 원재료, 상품, 재공품에 대하여 따로 관리하고 있음이 확인되며, 동 재고수불부에 기재된 금액이 위 <표6>과 같이 청구법인의 법인세 신고서상 제조원가 명세서 금액과 일치하므로 청구법인이 작성한 재고현황에는 재공품 재고가 포함되어 있지 아니한다는 의견이다.

 또한, 2014․2015사업연도 실제 재고자산의 중량에 대하여는 이견이 없으나, 2013사업연도의 경우 재고실사 시 징취한 재고현황에는 5,070,223kg(후판 4,837,563kg, 극후판 232,660kg)으로 작성되었으나, 이후 확인서 작성 시 착오로 재고량이 4,765,962kg으로 기재된 재고리스트를 첨부하였으나, 확인서에 기재된 2013사업연도 실제 기말재고금액은 OOO원으로서 5,070,223kg에 단가 OOO원을 적용한 금액임이 확인되므로 2013사업연도 원재료의 실제 재고 중량은 5,070,223kg으로 적용함이 타당하다는 의견이다.

 (4) 청구법인은 2013사업연도의 실제 기말재고자산과 장부상 기말재고자산의 차이는 익금에 산입하면서 기초재고자산의 차이는 손금으로 추인하지 아니하는 것은 정확한 각사업연도 소득금액을 산정하지 아니하는 것이고, 기간과세의 원칙에도 위배된다고 주장하며 아래 <표11>과 같이 재고자산 관련 소득금액 재산정 내역을 제출하였고, 처분청은 이에 대하여 2012사업연도의 기말재고자산 누락분에 대한 익금산입이 없이 2013사업연도의 기초재고자산 차이 분을 손금에 추인하는 것은 세법에 위배되는 것이고, 재고자산을 장부에 누락하는 방법으로 법인세 신고를 누락한 법인에게 법인세를 환급해 주는 결과를 초래하므로 받아들일 수 없다는 의견이다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 제출한 재고현황에는 재공품 재고가 포함되어 있으므로 이를 차감한 후 기말재고자산 누락액을 산정하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 원재료인 철판(후판)을 수입하여 절단 등 가공과정을 거쳐 자회사에 납품하는 것으로 조사되었는바, 처분청이 재고실사를 위하여 현장 확인한 OOO의 보관창고는 원재료를 수입 후 통관되기 직전, 원재료를 임시로 보관하기 위한 보세창고로서 절단 등 가공 업무를 외주업체에 의뢰하는 청구법인이 재공품 재고자산을 위 보세창고에 보관하고 있었다고 보기 어려운 점, 청구법인이 원재료, 상품, 재공품에 대한 수불부를 별도로 관리하고 있는 것으로 나타나고, 동 수불부에 기재된 원재료 및 재공품 원가에 기재된 금액이 청구법인이 제출한 제조원가명세서상의 금액과 일치하는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 또한, 청구법인은 2013사업연도의 실제 기말재고량을 4,765,962kg으로 적용하여야 한다고 주장하나, 조사청에서 재고실사 시 OOO에 현장확인 후 징취한 재고현황에는 5,070,223kg(후판 4,837,563kg, 극후판 232,660kg)으로 작성된 후 청구법인의 직인이 날인되어 있는 점, 확인서에 기재된 2013사업연도 실제 기말재고금액은 OOO원으로서 5,070,223kg에 단가 OOO원을 적용한 금액임이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 이에 대한 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 (6) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 2013사업연도 기말재고자산 누락분을 익금산입하면서 2013사업연도 기초재고 과소계상분을 반영하지 아니한 것은 부당하다는 청구주장에 대하여 처분청은 2012사업연도의 기말재고에 대한 세무조정 없이 2013사업연도의 기초재고를 세무조정할 수 없다는 의견이나, 청구법인에 대한 조사청의 조사보고서 등에 의하면 이 건 기말재고자산 누락분은 무자료 매입에 의한 것이 아니라 연말 재고파악 과정상의 누락분에 불과한 점, 무자료 매입 없이 장부에 기말재고의 계상을 누락하였다면 다음 사업연도 기초재고의 증가로 이어져야 하고, 조사청도 2014～2015사업연도 법인세 경정 시 직전 사업연도의 기말재고자산누락에 의한 익금산입액을 다음 사업연도에 추인한 점, 재고자산의 오류가 2개 사업연도 이상의 손익에 영향을 미치고, 그 중 일부 사업연도 부과제척기간 이내인 경우에는 부과제척기간이 경과한 사업연도에 발생한 재고자산의 오류는 재계산은 하되, 다만 그 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하지 않는 것이며, 이 경우 부과제척기간이 경과하지 아니한 나머지 사업연도의 재고자산은 세법의 규정에 따라 올바르게 수정하여 이를 기초로 그 사업연도의 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하여야 하는 것인 점(국심 2005서2639, 2006.8.31. 같은 뜻임) 등에 비추어 볼 때, 처분청이 2013사업연도의 기초재고자산의 과소계상된 금액을 손금에 산입하지 아니한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 다만, 2012사업연도 기말재고자산 누락액이나 2013사업연도 기초재고자산 과소계상액에 대한 조사가 이루어지지 아니하였으므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 법인세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11607호로 일부개정된 것)

 제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

 제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

 제42조【자산·부채의 평가】① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

 (2) 법인세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 일부개정된 것)

 제73조【평가대상 자산 및 부채의 범위】법 제42조 제1항 제2호에서 "재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채"란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 재고자산

 가. 제품 및 상품(부동산매매업자가 매매를 목적으로 소유하는 부동산을 포함하며, 유가증권을 제외한다)

 나. 반제품 및 재공품

 다. 원재료

 라. 저장품

 제74조【재고자산의 평가】① 제73조 제1호의 규정에 의한 재고자산의 평가는 다음 각호의 1에 해당하는 방법(제1호의 경우에는 동호 각목의 1에 해당하는 방법을 말한다)중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.

1. 원가법：다음 각목의 1에 해당하는 방법에 의하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법

 가. 재고자산을 개별적으로 각각 그 취득한 가액에 따라 산출한 것을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "개별법"이라 한다)

 나. 먼저 입고된 것부터 출고되고 그 재고자산은 사업연도종료일부터 가장 가까운 날에 취득한 것이 재고로 되어 있는 것으로 하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "선입선출법"이라 한다)

 다. 가장 가까운 날에 입고된 것부터 출고되고 그 재고자산은 사업연도종료일부터 가장 먼 날에 취득한 것이 재고로 되어 있는 것으로 하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "후입선출법"이라 한다)

 라. 자산을 품종별·종목별로 당해 사업연도개시일 현재의 자산에 대한 취득가액의 합계액과 당해 사업연도 중에 취득한 자산의 취득가액의 합계액의 총액을 그 자산의 총수량으로 나눈 평균단가에 따라 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "총평균법"이라 한다)

 마. 자산을 취득할 때마다 장부시재금액을 장부시재수량으로 나누어 평균단가를 산출하고 그 평균단가에 의하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "이동평균법"이라 한다)

 바. 재고자산을 품종별로 당해 사업연도종료일에 있어서 판매될 예정가격에서 판매예정차익금을 공제하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "매출가격환원법"이라 한다)

2. 저가법：재고자산을 제1호의 규정에 의한 원가법과 기업회계기준이 정하는 바에 따라 시가로 평가한 가액중 낮은 편의 가액을 평가액으로 하는 방법