최근 항목
예규·판례
폐업전 양도 또는 사업양도의 판단
첫 결제 고객 500원 프로모션 진행 중!택스캔버스 AI에게 바로 물어보세요.
판례국승
폐업전 양도 또는 사업양도의 판단
청주지방법원-2018-구합-2419생산일자 2018.09.18.
AI 요약
요지
그 공급의 상대방, 시기, 가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상의 원인이 폐업전에 발생한 경우에는 부가가치세법에 의한 공급시기로 정해지는 시기가 폐업일 이후에 도래하더라도 폐업전 공급에 해당하고, 사업의 동일성을 유지하였다고 볼 근거가 없음
질의내용

사 건

2018구합2419 부가가치세부과처분취소

원 고

aaa

피 고

충주세무서장

변 론 종 결

2018. 7. 19.

판 결 선 고

2018. 9. 18.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 7. 1. 원고에 대하여 한 2016년 제1기 귀속 243,338,510원의 부가가치세

부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 이 사건 토지 및 건물 매입과 부동산업 임대업자 등록

1) 원고는 2006. 2. 10. 충주시 앙성면 bb리 72-3 대 1,822㎡, 같은 리 72-24

대 536㎡, 같은 리 72-25 대 440㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 위 72-3 토지 지상

철근콘크리트조 4층 의료시설 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 통

틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 매수하였고, 2006. 6. 23. 충청북도지사로부터

‘ccc요양병원’이라는 명칭의 의료기관(이하 ‘이 사건 요양병원’이라 한다) 개설허가

를 받아 이 사건 건물에서 면세사업인 요양병원을 운영하였다.

2) 원고는 2011. 9. 5. 부동산임대업자 등록을 하면서 소외 ddd에게 이 사건

건물을 임대하였고, 같은 날 이 사건 요양병원의 개설자가 소외 ddd으로 변경되였

다. 그 후 몇 차례의 개설자 변경을 거친 끝에 2015. 1. 1. 이 사건 요양병원의 개설자

는 소외 eee로 변경되었다.

나. 원고와 eee 사이의 임대차계약 체결과 해지

1) 원고는 2015. 1. 1. eee와, 이 사건 각 부동산, 의료장비 및 의료시설 일

체에 대하여 임대차기간 ‘2015. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지’, 임대차보증금 1억 원, 월

세 2,000만 원으로 하되, 특약사항 제3항으로 ‘보증금은 병원을 운영하면서 월 500만

원 ~ 1,000만 원 한도 내에서 차감한다’고 정한 부동산임대차계약을 체결하였고, eee

- 3 -

1. 목적

합의서 작성 목적은 원고 소유 부동산 및 의료시설을 의료법인 ff의료재단(가칭)에 원

고가 출자를 함에 있어 이해당사자인 eee가 이에 동의함으로써 원고의 의료법인 출자

를 원활히 하는 데 목적이 있다.

2. 합의내용

1) 부동산 및 의료장비 임대차계약은 2016. 6. 17.에 해지한다.

2) 해지일 이후 eee는 현재의 부동산 및 의료시설을 원고에게 인도한다.

3) eee는 현재 입원하고 있는 환자가 계속 의료행위 등을 받는 데 따른 불편함이 없

도록 적극 협조한다.

3. 원고와 eee는 본 계약 해지 합의서에 따른 계약의 해지는 당사자들의 자유로운 의사

와 합의에 의한 것으로서 임대차계약해지합의서에 명시되지 않은 일체의 위약금 또는

손해배상과 관련한 내용은 본 계약 해지에는 적용하지 않기로 합의한다.

는 2015. 1. 8. 이 사건 요양병원의 개업일을 2015. 1. 1.로 하여 부가가치세 면세사업

자 등록을 하였다.

2) 한편 원고는 의료법인 설립에 출자하여 그와 같이 설립된 의료법인에 이 사

건 각 부동산을 증여한 다음 의료법인으로 하여금 요양병원을 운영하게 할 계획을 세

웠고, 이에 2016. 6. 1. eee와 이 사건 임대차계약의 해지를 합의하였는데, 위 임대

차계약 해지합의서의 내용은 아래와 같다.

다. 의료법인의 설립 및 부담부증여계약의 체결과 그 이행

1) 충청북도지사는 2016. 6. 8. 비영리 의료법인인 의료법인 ff의료재단(이하

‘ff의료재단’이라고만 한다)에 대한 의료법인 설립허가를 하였고, ff의료재단은 의

료기간의 설치․운영 등을 목적으로 하여 2016. 6. 20. 설립등기되었다.

2) 원고는 2016. 6. 20. ff의료재단과 ‘① 원고는 그 소유인 이 사건 각 부동

산 및 의료장비 등과 함께 이 사건 각 부동산을 담보로 한 원고의 hh은행에 대한 대

출금 22억 2,400만 원을 ff의료재단에게 부담부증여하고, ② 원고는 2016. 6. 28.까

지 이 사건 각 부동산에 대한 소유권이전등기를 신청한다’는 내용의 부담부증여계약(이

하 ‘이 사건 부담부증여’라 한다)을 체결하였다.

3) ff의료재단은 2016. 6. 24. 개업일을 ‘2016. 7. 1.’로 하여 면세법인 사업자

등록을 한 다음 2016. 6. 28. 이 사건 부담부증여에 따라 이 사건 각 부동산에 대한 소

유권이전등기를 마쳤고, 원고는 부동산 임대업자 사업자등록과 관련하여 폐업일을

‘2018. 6. 30.’로 신고하였다.

4) ff의료법인은 2016. 7. 1. 충청북도지사로부터 이 사건 요양병원의 설립구

분을 ‘개인’에서 ‘의료법인’으로, 개설자를 ‘eee’에서 ‘iii(법인 이사장)’으로, 명칭

을 ‘ccc요양병원’에서 ‘의료법인 ff의료재단 ccc요양병원’으로 변경하는 내용의

의료기관 개설 허가사항 변경허가를 받았다.

라. 이 사건 처분의 경위

1) 원고는 이 사건 부담부증여에 관한 양도소득세를 75,096,571원으로 산정하

여 이를 신고․납부하였다.

2) 피고는 원고가 이 사건 부담부증여에 관하여 부가가치세를 납부하여야 한다

고 판단하여 2017. 7. 6. 원고에 대하여 아래와 같이 2016년 1기분에 대한 부가가치세

경정처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

- 5 -

3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세

심판원은 2017. 12. 29. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을

제2 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장1)

1) 주위적 주장

가) 원고는 이 사건 임대차계약의 합의해지일인 2016. 6. 17. 부동산 임대업

을 사실상 폐업하여 더 이상 사업자가 아닌 상태에서 이 사건 각 부동산을 부담부증여

의 방법으로 양도하였고, 설령 2016. 6. 17.을 실제 임대사업 폐업일로 보지 않는다고

하더라도 이 사건 부담부증여계약을 체결한 2016. 6. 20. 또는 이 사건 부담부증여를

원인으로 ff의료재단에 이 사건 각 부동산의 소유권을 이전한 2016. 6. 28.에 임대사

업의 폐업이 이루어진 것으로 인정되어야 한다.

이와 같이 부동산 임대업을 영위하던 원고가 임대업 폐지 후 곧바로 이 사건 건물

을 양도한 이상, 이러한 양도는 대법원 1991. 2. 22. 선고 90누4785 판결의 법리에 따

를 때 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구

부가가치세법’이라 한다) 제10조 제6항에서 공급으로 간주(看做)하는 특례인 ‘사업 폐

지 후 잔존하는 재화의 자기(自己)에 대한 공급’으로 볼 수 없어 부가가치세 과세 대상

이 되지 않는다.

나) 구 부가가치세법 제10조 제8항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8.

31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라고만

한다) 제23조는 ‘사업을 양도하는 것’을 재화의 공급으로 보지 아니하여 부가가치세 과

세대상에서 제외하고 있는데, 원고는 이 사건 각 부동산을 포함하여 요양병원 운영에

필요한 시설과 비품 일체를 ff의료재단에 부담부증여하였으므로, 이는 ‘요양병원 사

업을 양도한 것’에 해당한다.

따라서 이 사건 부담부증여에 따른 건물의 양도는 이 점에서도 부가가치세의 과세

대상이 되는 재화의 공급이 될 수 없다.

다) 원고는 이 사건 부담부증여에 관하여 양도소득세를 신고․납부하였으므

로, 여기에 다시 부가가치세 과세처분을 하는 것은 이중과세의 원칙에 위배된다.

또한, ① 이 사건 부담부증여의 부담에 해당하는 이 사건 건물에 설정된 담보대출

금채무에서 건물의 취득비용을 공제하면 남는 양도차익이 없으므로 오히려 피고는 원

고에게 양도소득세를 환급하여야 하는 점, ② 원고는 이 사건 건물 취득 시 매입세액

을 공제받은 바 없음에도 이 사건 건물을 양도하면서는 매출세액을 부담하여야 하는

점, ③ 원고가 이 사건 건물을 매수하였을 당시 전(前) 양도인에 대하여 부가가치세가

부과되었고 원고가 매입세액을 공제받지 않았음에도, 이 사건 부담부증여에 관하여 원

고가 다시 부가가치세를 납부하는 것은 국가가 이 사건 건물에 관하여 중복하여 매출

세액만을 징구하는 불합리한 결과가 발생하는 점, ④ ff의료재단이 면세사업자이므

로 원고가 이 사건 부담부증여로 얻은 이익이 부가가치세만큼 감소함에도 양도소득세

산정 시 부가가치세액은 비용으로 공제되지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분

은 실질과세 원칙에 위배되거나 과세권의 남용에 해당하여 위법하다.

2) 예비적 주장2)

- 7 -

가) 면세사업자에게 사업을 양도하는 경우로서 사업의 양도를 폐업으로 보

아 ‘잔존재화에 대하여 공급의제’하여야 하는 사안에 해당하므로, 세액은 건물기준시가

에서 부담부 채무를 공제한 나머지 잔액인 446,066,722원을 과세표준으로 하여 부과되

어야 한다.3)

나) 이 사건 부담부증여에 따른 양도를 재화의 공급으로 본다면, 부담에 해

당하는 채무액 상당이 공급가액이 되는데, 이 사건의 경우 원고의 이 사건 건물에 관

한 취득비용을 제외하면 잔존하는 양도차익은 없으므로, 양도소득세는 환급되어야 한

다.

다) 보통 매매계약상 매매대금은 부가가치세를 포함하는 것으로 해석하므로,

이 사건 과세표준 중 이 사건 건물에 관한 부분은 이 사건 건물의 공급가액

1,743,674,667원4)이 아니라 위 공급가액에 부가가치세 10%를 공제한 1,585,158,789원

(= 1,743,674,667원× 100/110)을 기준으로 삼아야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 처분의 적법(適法)

1) 주위적 주장에 관한 판단

가) 원고의 임대사업의 폐업 시기

(1) 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 법상의 등록, 신고 여부

와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정된다(대법원 1997. 6. 27. 선고

96누16193 판결 등 참조).

(2) 위 법리를 바탕으로 이 사건을 보건대, 앞서 인정한 사실에 을 제5

호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합

하면, 비록 이 사건 임대차계약이 2016. 6. 17. 해지되었고, 이 사건 부담부증여계약이

2016. 6. 20. 체결되었으며, 그에 따른 ff의료재단 명의의 소유권이전등기가 2016. 6.

28. 마쳐졌다고 하더라도, 폐업시점은 위 세 날짜가 아닌 이 사건 임대사업의 실제 종

료일인 2016. 6. 30.로 봄이 타당하다.

(가) 원고가 eee로부터 2016. 6월분 차임 2,000만 원을 전부 지

급받은 사실을 자인하고 있으므로, 이 사건 각 부동산에 관하여 2016. 6. 30.까지의 임

대소득이 원고에게 귀속되었다.

이에 대하여 원고는, eee가 이 사건 임대차계약에 따른 임대차보증금을 지급하

지 않았음에도 원고가 보증금에 대한 이자를 요청하지 않고 이를 양해한 사정으로 말

미암아, 위 임대차계약이 2016. 6. 17. 해지되었음에도 eee가 6월 임대료 전액을 지

급한 것이라는 취지로 주장하나, 앞서 본 이 사건 임대차계약 특약사항 제3항에 의하

면, 원고와 eee 사이에 애초 임대차보증금을 수수하는 것을 예정하지 않고, 임대차

보증금 중 매월 500만 원에서 1,000만 원을 차감하는 방식으로 임대차보증금을 정산하

기로 약정한 사실이 인정될 뿐이므로, 이에 비추어 볼 때 원고는 2016. 6. 30.까지 이

사건 각 부동산에 관한 임대소득을 받았다고 봄이 타당하다.

(나) 원고는 폐업일을 2016. 6. 30.로 하여 부동산 임대사업에 관하

여 폐업신고를 하였고, eee 역시 폐업일을 2016. 6. 30.로 하여 요양병원의 폐업신

고를 하였으며, ff의료재단은 개업일을 2016. 7. 1.로 신고하였다.

- 9 -

이와 관련 이 사건 임대차계약 해지합의서에 따르면 eee가 해지일 이후 이 사건

각 부동산을 원고에게 인도한다고 기재되어 있는 사실은 인정되나, 원고 스스로도 이

인수가 6. 30.까지 이 사건 각 부동산을 점유하였음을 전제로 임대차계약 해지 후 소

유권이전일까지의 eee의 부당점유를 주장하고 있음을 확인할 수 있다.5) 이러한 사

정에 이 사건 임대차계약 해지합의서 제2조 제3항의 문언(eee는 현재 입원하고 있

는 환자가 계속 의료행위 등을 받는 데 따른 불편함이 없도록 적극 협조한다) 및 위와

같이 eee가 폐업일을 2016. 6. 30.로 신고한 점이나 6월분 차임이 전액 지급된 점

등을 더하여 보면, eee가 이 사건 임대차계약의 해지 후 2016. 6. 30.까지 요양병원

을 사실상 임차인의 지위에서 관리한 것으로 추단할 수 있을 뿐이다.

나) 부가가치세 과세 대상에 해당하는지 여부

(1) 관련법리

(가) 부가가치세의 부과대상이 되는 재화의 공급이라 함은 계약상

또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하고, 그 납세

의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는

자이므로, 사업자가 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경

우에는 부가가치세를 면제하거나 부과하지 아니한다는 특별한 규정이 없는 한 모두 부

가가치세를 납부할 과세대상이 되고, 사업자가 주된 사업으로서 계속적으로 반복하여

재화 또는 용역을 공급하는 것이 아니라 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으

로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에도 과세대상이 되며, 부가가치세법상 재화 또는

용역의 공급에 해당하는 이상 그 공급의 목적이 사업의 유지 · 확장을 위한 것이든 아

니면 사업의 청산 · 정리 또는 폐지를 위한 것이든 관계없이 과세대상이 된다(대법원

2008. 7. 24. 선고 2006두2459 판결 등 참조).

(나) 구 부가가치세법 시행령 제28조 제9항은 ‘폐업 전에 공급한 재

화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다’고

규정하고 있는바, 위 단서 규정의 입법 취지 및 문맥에 비추어 볼 때, 위 규정 중 ‘폐

업 전에 공급한’의 의미는 재화의 인도 또는 양도의 원인이 되는 행위, 즉 그 공급의

상대방, 시기, 가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상의 원인이 폐업 전에 발생한 경우

에는 구 부가가치세법 시행령 제28조 제1항의 각 호에 의하여 공급시기로 정해지는 시

기가 폐업일 이후에 도래하더라도, 위 ‘폐업 전에 공급한’ 경우에 해당한다(대법원

2006. 1. 13. 선고 2005두10453 판결).

(2) 위와 같은 법리를 바탕으로 이 사건을 보건대, 앞서 인정한 사실에

을 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을

종합하면, 이 사건 건물 양도의 계약상 원인인 부담부증여계약이 임대업 폐업을 목적

으로 폐업 전에 이루어진 이상, 원고가 이 사건 건물을 ‘사업(임대업) 폐지 전에 양도

한 경우’에 해당하고, 그와 같이 사업의 폐지를 위한 것이더라도 부가가치세의 과세대

상이 되는 재화의 공급에 해당한다. 나아가 이에 의할 때 그 당연한 논리적 연장선에

서 이 사건 건물은 ‘사업 폐지 후 잔존하는 재화’로 볼 여지 자체가 없으므로, 이와 관

련한 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.

(가) 원고는 부동산 임대업자의 지위에서 자신의 임대업에 제공되

던 이 사건 건물을 임대업 폐지의 목적으로 부담부증여하였으므로, 이는 사업자가 사

업 폐지의 목적으로 계약상의 원인에 의하여 재화를 공급한 경우에 해당하고, 이와 같

- 11 -

은 재화의 공급이 일회적이라고 하더라도 부가가치세의 과세대상이 된다.

(나) 원고는 2016. 6. 30. 이 사건 임대업을 폐업하였고, 이 사건 부

담부증여의 계약체결은 폐업일 전인 2016. 6. 20. 이루어졌으므로, 위 대법원 2006. 1.

13. 선고 2005두10453 판결의 법리에 따를 때 원고는 실제 공급시기와 관계없이 ff

의료재단에게 폐업 전 이 사건 건물을 공급하였다고 볼 것이다.

(다) 정리한 바와 같이 원고는 대법원 1991. 2. 22. 선고 90누4785

판결을 원용하고 있으나, 위 판결은 ‘임대업의 사실상 폐지 후 건물을 양도한 경우 그

양도는 부동산임대사업자로서의 지위의 소멸을 가져오는 정도의 것으로서 부가가치세

의 과세근거가 없다’는 취지인바, 위 두 판결 이전에 나온 판결일 뿐만 아니라 이 사건

과 동일한 사안을 대상으로 한다고 보기 어려워 이 사건에 그대로 원용할 수 없다.

다) 이 사건 부담부증여를 ‘사업의 양도’로 볼 수 있는지 여부

(1) 구 부가가치세법 제10조 제8항 제2호, 구 부가가치세법 시행령

23조가 규정하고 있는 ‘재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도’라 함은 사업용 재

산을 비롯한 물적․인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을

유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 의미하므로, 그 사업은 인적․물적시설의

유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이

어야 한다(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 참조).

(2) 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수

있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 각 부동산을 이용하여 부동산임대업

을 한 반면, ff의료재단은 이 사건 각 부동산에서 부동산임대업이 아닌 요양병원을

운영하고 있으므로, 그 사실 자체만 고려하더라도 사업의 동일성이 유지되었다고 볼

- 12 -

수 없는 점, ② ff의료재단이 이 사건 각 부동산에 관하여 임대차계약을 체결하는

등 임대업을 하였음을 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 ff의료재단은 비영리 의

료법인으로 영리를 목적으로 하는 부동산임대업 자체를 할 수 없는 점, ③ 원고는 피

고에게 폐업신고를 접수하면서 폐업사유를 ‘양도․양수’가 아니라 ‘기타(폐업)’로 표시

하였던 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 부담부증여는 원고가 사업의 동일성을 유지하

면서 경영주체만을 교체시킨 것으로 볼 수 없으므로 구 부가가치세법 제10조 제8항

2호가 정하는 ‘사업양도’에 해당하지 않는다.

라) 이중과세원칙․실질과세원칙 위반 및 과세권 남용 여부

아래의 사정들을 종합하면 이 사건 처분이 이중과세원칙이나 실질과세

원칙을 위반하였다고 보기 어렵고, 피고가 과세권을 남용하였다고 볼 수도 없다.

(1) 양도소득세는 자산 보유기간 동안의 이익 증가분을 과세표준으로

하여 부과하는 것인 반면, 부가가치세는 재화나 용역의 생산․제공․유통의 모든 단계

에서 기업이 창출한 부가가치를 과세표준으로 하여 부과하는 것이어서 그 각 납세의무

의 성립요건과 시기 및 과세대상이 서로 다르므로, 과세관청은 각 부과처분을 할 때에

각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하면 된다. 따라서 각각의 과

세요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느

한 쪽의 과세만 가능하다고 볼 것은 아니다(대법원 1997. 2. 25. 선고 96누10881 판결,

대법원 2018. 7. 27. 선고 2018두41259 판결 참조).

(2) 원고에게 이 사건 각 부동산을 매도한 사람이 매출세액을 납부하였

고, 원고가 이에 대한 매입세액을 공제받지 못하였음에도 매출세액을 납부한다고 하더

라도, 위 매출세액은 별개의 ‘재화의 공급’에 대한 부가가치세로 이중과세에 해당한다

- 13 -

고 보기 어려울 뿐 아니라, 원고가 매입세액을 공제받지 못한 것은 앞서 본 바와 같이

부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 따라 면세사업인 요양병원 운영과 관련한 매

입세액이었기 때문이므로, 이를 두고 실질과세의 원칙에 위배된다거나 과세권의 남용

에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 예비적 주장에 관한 판단

가) 먼저 이 사건이 면세사업자에 사업을 양도하는 경우로서 사업의 양도를

폐업으로 보아 ‘잔존재화에 대하여 공급의제’하여야 한다는 주장과 관련하여, 앞서 본

바와 같이 이 사건 부담부증여를 사업의 양도로 볼 수 없는 이상, 이 주장은 더 나아

가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다.

나) 다음으로 이 사건 부담부증여의 부담에 해당하는 채무액 상당이 공급가

액으로서 양도차익이 없으므로 양도소득세가 환급되어야 한다는 주장과 관련하여서도,

앞서 정리한 주위적 주장에 일부 포함된 주장일 뿐만 아니라 그 주장의 방향 자체로

이 사건 처분과의 관련성이 희박하여 이를 받아들일 수 없다.

다) 마지막으로 이 사건 건물에 관한 과세표준이 1,585,158,789원이어야 한

다는 주장에 관하여 살펴본다.

이 사건 각 부동산에 관한 양도소득세를 산정하기 위해서는 구 부가가치세법 시행

령 제64조 제1호에 따라 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 토지와 건물의 가

액에 비례하여 안분(按分)하여야 하는데, 을 제3호증의 기재에 의하면, 2016년 기준 이

사건 건물의 기준시가는 2,338,080,240원, 이 사건 토지의 공시지가는 410,256,0600원

인 사실이 인정된다.

이 때 부가가치세의 과세표준이 되는 공급가액은 구 부가가치세법 시행령 제64조

따라 [총 거래가액 × 건물 등의 기준시가 ÷ (토지의 기준시가+ 건물의 기준시가 +

건물의 기준시가 × 10/100) ] 식에 따라 산정된다. 따라서 이 사건 건물의 거래가액에

부가가치세가 포함되어 있다면, 건물의 거래가액에서 부가가치세를 제외하는 방식으로

계산하는 것이 아니라 공급가액을 계산하기 위한 토지와 건물의 안분액 산정방식에서

분모(分母)에 건물 등의 기준시가의 10/100를 가산함으로써 부가가치세를 반영하는 것

이고, 피고는 위와 같은 방식에 따라 이 사건 건물의 거래가액에 포함된 부가가치세를

반영하여 아래 표와 같이 과세표준을 산정하였다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 부

분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.