1. 처분개요

가. 청구인은 2016.10.4. “OOO”이라는 상호로 개업하여 비철 등 도･소매업을 영위하였고, 2016년 제2기 확정분 부가가치세를 아래와 같이 신고하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO에 대해 2017.6.2.부터 2017.8.10.까지 세무조사를 실시하여, 청구인의 거래내역을 전액 가공으로 확정하여 매출‧매입을 모두 OOO으로 처리하는 한편, 2017.9.5. 청구인에게 2016년 제2기 및 2017년 제1기분 부가가치세(세금계산서불성실가산세) OOO원을 각 경정･고지하였다.

다. 청구인은 2018.9.3. 처분청에 구리 스크랩 등 매입시 구리 스크랩 거래 계좌로 납부한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급을 해 달라는 경정청구를 제기하였고, 이에 대해 처분청은 2018.11.7. 청구인이 모든 구리 스크랩 매입 거래시 매입세액을 매출처에서 입금한 매출세액으로 납부한 것으로 청구인이 실제 납부한 금액은 없으며, 감액 경정에 따라 감액되어 확정된 세액의 환급을 구하는 것은 경정청구로 볼 수 없어 각하하는 것으로 결정하여 거부통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  청구인의 사업장인 OOO의 2016년 제2기분 부가가치세 신고에 대하여 매출 및 매입을 가공으로 본다면, 「조세제한특례법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조의9 제11항에 따라 재화를 공급받은 적이 없는데도 불구하여 매입처 원메탈 등에 구리 스크랩 등 거래계좌를 통하여 납부된 쟁점매입세액은 잘못 납부된 것이기 때문에 즉시 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 매출‧매입을 가공 거래로 본다면 청구인이 기 지급한 쟁점매입세액은 환급되어야 한다는 사유로 경정청구를 하였으나, 이는 감액경정결정을 통해 이미 감액된 부가가치세의 환급을 구하는 것에 지나지 아니하므로 경정청구에 대한 각하 통지는 정당하다(서울고등법원 2018.5.15. 선고 2017누82880 판결 등 참조).

 (2) 또한, 청구인은 조특법 제106조의9 제11항에 따라 잘못 납부한 매입세액이라고 주장하며 환급신청 하였으나, 청구인이 경정청구 시 제출한 부가가치세 매입자납부계좌 거래내역서를 보면 청구인이 매입 거래 시 납부하여야 할 세액은 조특법 제106조의9 제8항에 따라 전액 기 공제 받은 것으로 확인되므로 기 공제받은 세액을 청구인에게 환급해주는 것은 이중환급으로 환급거부 통지는 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

   매입자납부특례에 의하여 청구인이 납부한 쟁점매입세액을 환급해달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

 (1) 국세기본법

 제51조[국세환급금의 충당과 환급] ① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

 (2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것)

 제106조의9[스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 "스크랩등"이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 "스크랩등사업자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 스크랩등 거래계좌(이하 "스크랩등거래계좌"라 한다)를 개설하여야 한다.

2. 구리가 포함된 합금의 웨이스트 및 스크랩으로서 구리함유량이 100분의 40 이상인 물품

② 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 「부가가치세법」제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.

③ 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 때나 세금계산서를 발급받은 때에 구리 스크랩등거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 구리 스크랩등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 구리 스크랩등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.

1. 구리 스크랩등의 가액

2.「부가가치세법」제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다)

⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등 사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.

 (2)-2 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 일부개정된 것)

 제106조의9[구리스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례]

⑪ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 「국세기본법」제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다. <신설 2017.12.19>

 부칙 <제15227호, 2017.12.19.>

 제1조[시행일] 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

 제32조[스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례에 관한 적용례] ② 제106조의9 제11항의 개정규정은 이 법 시행 전에 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 분에 대해서도 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인은 2018.9.3. 처분청에 다음과 같이 2016년 제2기 부가가치세 경정청구를 제기하였다.

 (2) 처분청은 2018.9.3. 청구인이 신청한 위 경정청구에 대해 다음과 같이 처리 결과를 통지하였다.

 (3) 기획재정부는 2017.12.19. 부가가치세 매입자납부특례 과오납금 환급대상을 명확화하기 위해 조특법 제106조의9 제11항을 다음과 같이 신설하였다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 조특법 제106조의9 제11항에 따라 구리 스크랩 등 거래계좌를 통하여 잘못 납부한 쟁점매입세액을 환급해 달라고 처분청에 경정청구를 하였으나, 청구인이 경정청구시 제출한 부가가치세 매입자납부계좌 거래내역서를 보면 청구인이 매입거래시 납부한 매입세액은 조특법 제106조의9 제8항에 따라 청구인이 납부하여야 할 세액에서 전액 기공제 받은 것으로 확인되므로 쟁점매입세액을 과오납금이라 보기 어려운 점, 청구인은 가공매출과 가공매입이 동시에 발생하여 가공매출과 가공매입에 대한 기납부세액이 동시에 경정되었고 결과적으로 가산세만 고지된 점, 쟁점매입세액을 기납부세액에 가산한 것은 최종고지세액에서 쟁점매입세액만큼 차감되어 결과적으로 청구인에게 쟁점매입세액을 환급한 것과 동일한 결과를 초래하는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 이 건 경정청구에 대한 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.