[주 문]

OOO세무서장이 2018.3.28. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 정부출연금 OOO원을 익금에 불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010년 지식경제부(현 산업통상자원부)의 OOO(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 주관기관으로 선정되어 2010～2012사업연도에 걸쳐 정부출연금 총 OOO원(이하 “쟁점출연금”이라 한다)을 수령하고, 쟁점출연금을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의2에서 규정하는 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례 적용대상으로 보아 쟁점출연금을 수령한 사업연도에 익금 산입하지 아니하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.2.22.～2018.6.29. 기간 동안 법인세 통합조사(조사대상연도 : 2012～2015사업연도, 이하 “이번 세무조사”라 한다)를 실시하여, 조사청은 쟁점출연금의 지원근거가 쟁점사업의 사업시행 공고에 명시되어 있는 「국가균형발전특별법」(이하 “균특법”이라 한다)이고, 균특법은 조특법 제10조의2, 같은 법 시행령 제9조의2 각 호 및 같은 법 시행규칙 제7조의3 각 호에서 열거하고 있는 법률이 아니므로 쟁점출연금은 조특법 제10조의2의 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례 적용대상이 아니라고 보아 처분청에 과세할 것을 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 청구법인이 2012사업연도에 수령한 쟁점출연금 OOO원 중 참여기관 지급액 OOO원을 제외한 총 OOO원을 익금산입 등을 하여 2018.3.28. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다(부과제척기간의 만료가 임박하여 조사기간 중 경정․고지).

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.6.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점출연금은 조특법 제10조의2 및 같은 법 시행령 제9조의2 제1항 제1호에서 열거하고 있는「산업기술혁신 촉진법」(이하 “촉진법”이라 한다)에 근거한 출연금에 해당하므로 익금 산입하여 과세한 처분은 부당하다.

  (가) 쟁점사업은 촉진법과 균특법에서 정하는 바에 따라 상호 연계하여 운영된 사업으로 두 법 모두를 쟁점사업의 추진 근거법으로 판단하는 것이 타당하다.

  지식경제부의 2012년 세부사업 설명자료 중 고려사항에서 쟁점사업의 추진근거로 지역발전 5개년 계획과 균특법 제11조를 명기하고 있는바, 동 설명자료에서 추진근거로 규정한 지역발전 5개년 계획은 균특법 제4조[지역발전 5개년 계획의 수립]의 개정(2009.4.22, 법률 제 9629호)에 의한 것임을 지식경제부 지역경제총괄과가 발표한 지역발전 5개년 계획에서 확인할 수 있다. 결국 균특법 제4조는 같은 법 제4조 제2항 제3호에서 규정하고 있는 지역산업 육성과 지역경제 활성화에 대한 보다 상세한 내용을 별도로 규정하고 있는 균특법 제11조[지역산업 육성 등 지역경제 활성화 촉진]와 함께 쟁점사업의 추진 근거에 해당하는 것이다.

  그런데, 당시 촉진법 제5조 제3항에서는 “지식경제부장관은 혁신계획 및 시행계획을 수립할 때 「산업발전법」제4조에 따른 중ㆍ장기 산업발전전망, 「국가균형발전 특별법」제4조에 따른 지역발전계획과 같은 법 제5조 제3항에 따른 부문별 지역발전시행계획과 상호 연계될 수 있도록 하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

  즉, 쟁점사업의 시행공고, 사업설명자료, 사업계획서 등에서 비록 쟁점사업의 추진 근거법으로 균특법만을 기재하였더라도 쟁점사업은 촉진법과 연계하여 진행된 사업임이 법령을 통하여 명확하게 확인되므로 쟁점사업의 추진 근거법은 촉진법과 균특법 모두 해당하는 것으로 봄이 타당하다.

  (나) 쟁점사업 관련 운영요령에서도 쟁점사업은 균특법과 촉진법이 동시에 적용되는 사업임이 확인되며 구체적으로 쟁점출연금(사업비) 지급의 근거법은 촉진법임을 관련 운영요령의 내용과 사업협약서를 통해 확인할 수 있다.

  또한, 운영요령과 협약서 내용에 따라 쟁점출연금(사업비)의 추진근거법은 촉진법임을 확인할 수 있다.

  「광역경제권 선도산업 육성사업 운영요령」과 「지역산업 지원사업 공통운영요령」 등의 운용요령 내용에 따르면 해당 사업의 기획, 평가, 관리 등의 업무를 수행하는 기관을 전담기관이라 칭하면서, 전담기관의 업무 중 하나로서 사업비의 지급 및 정산을 규정하고 있고 해당 전담기관은 “촉진법 제38조의 규정에 따라 설립된 한국산업기술진흥원으로 한다.”라고 규정하고 있다.

  한편, 쟁점사업 협약서에서 ①사업에 참여하는 협약 당사자들은 촉진법과 동법 시행령 및 관련 운영규정, 관련지침에서 정하는 바에 따라 사업을 수행하도록 하고 있는 점, ②정부 출연 사업비 지급에 관한 권한과 책임이 전담기관(갑)인 촉진법 산하 기관인 한국산업기술진흥원에 있는 점, ③ 협약서 상 기재된 내용 이외의 사업비에 관한 내용은 「지식경제 기술혁신사업 사업비 산정, 관리 및 사용, 정산에 관한 요령」을 준용하도록 규정하고 있고 해당 요령은 촉진법에 따른 사업비 산정 등에 관한 공통된 기준과 원칙을 정하기 위해 고시된 운영요령이라는 점에 비추어 볼 때 사업비의 지급 근거법은 촉진법이라고 할 수 있다.

  (다) 복수의 근거법 중 조특법에서 열거하고 있는 법령이 사업의 추진 근거에 포함되는 경우 해당 출연금은 조특법 제10조의2의 적용대상 출연금으로 보는 것이 타당하다.

  서울행정법원 2015.6.18. 선고 2014구합72606 판결에서 “이 사건 운영요령(지역산업 지원사업 공통운영요령) 제3조 제5호는 이 사건 운영요령의 적용 사업범위에 대하여 ‘산집법, 균특법, 촉진법에 의한 산업집적지 경쟁력 강화사업’이라고 규정하고 있어서 복수의 법령이 ‘산업집적지 경쟁력 강화사업’의 추진근거가 될 수 있는 것이고(따라서 촉진법이 위 사업의 추진근거인 이상 다른 법령 역시 그 추진근거에 해당한다고 하더라도 이 사건 지원금은 ‘연구개발출연금 등’에 해당하는 것이다)”라고 판시하면서 이어 “이 사건 운영요령 제3조 제5호가 이 사건 운영요령의 적용 사업의 범위를 정하면서 ‘촉진법에 의한 산업집적지 경쟁력 강화사업’을 그 중 하나로 들고 있는 이상, 촉진법은 ‘산업집적지 경쟁력 강화사업’의 추진근거가 된다고 할 것이고, 따라서 그에 따라 지급된 이 사건 지원금은 조특법 제10조의2 제1항이 정하고 있는 ‘연구개발출연금 등’에 해당한다고 판단된다.”라고 판시하였다.

  동 판례의 핵심 판단근거인 지역산업 지원산업 공통운영요령은 쟁점사업에도 적용되는 운영요령이며 해당 요령 제2조 제1호(지식경제부 고시 제 20111-284호, 추후 개정된 2012-115호에서는 제3조 1항)에서 균특법과 촉진법을 광역경제권선도산업육성사업의 근거법으로 규정하고 있는 이상 두 법령 모두가 쟁점사업의 추진근거에 해당하는 것이고 그 중 하나가 조특법 시행령 제9조의2 제1항에서 열거하는 촉진법이므로 쟁점출연금 역시 조특법 제10조의2 적용 대상 출연금으로 판단하는 것이 타당하다.

  (라) 처분청은 운영요령을 지급근거로 판단할지라도 운영요령 중 하나인 “지역산업 지원사업 공통운영”의 경우 쟁점사업 공고 당시의 운영요령(지식경제부고시 제2010-107호)에 균특법만이 근거법으로 명시되어 있는 이상 사업시행 당시의 출연금의 지원근거는 균특법만 해당하는 것으로 판단하는 것이 법적 안정성과 조세 공평성 측면에서 정당하다는 의견이나, 운영요령(지식경제부 고시 제2011-284, 2011.12.22.) 부칙 제2조 (경과조치)에 따르면 “이 요령 시행 이전에 종전의 요령에 의하여 처리한 사항은 이 요령에 의하여 처리된 것으로 간주한다”라고 규정하고 있는바, 시행공고 당시의 운영요령에는 지원근거법에 균특법만을 규정하고 있었더라도 위 부칙규정에 따라 청구법인의 쟁점사업 또한 청구법인이 제시한 운영요령(지식경제부고시 제2011-284호 등)에 의하여 처리된 것으로 간주되므로 촉진법은 쟁점사업의 지원근거법에 해당하는 것이다.

<지역산업지원사업 공통운영요령 연혁>

 (2) 조사청은 이번 세무조사 이전에 이미 종전 세무조사를 통해 쟁점출연금에 대한 세무조사를 수행한 것으로 판단되므로 이번 세무조사시 쟁점출연금에 대한 조사는 중복조사에 해당하므로 이 건 법인세 과세처분은 취소하여야 한다.

  (가) OOO지방국세청장은 이번 세무조사 이전에 2013.10.15.～2015.11.11. 기간 동안 청구법인에 대해 법인세통합조사(2011사업연도) 및 법인세 부분조사(2010, 2012사업연도)(이하 “종전 세무조사”라 한다)를 실시한바, 종전 세무조사 결과통지서에 따르면 조사대상기간을 당초 2011사업연도로 한정하였으나, 실제 조사과정에서 조사대상기간의 전․후 사업연도에 대한 조사를 수행하였고, 이러한 사실은 담당 조사관의 세무조사 준비사항 안내시 쟁점사업에 대한 토지매입 관련 계약․협약서 등 쟁점사업에 관련한 자료제출을 요구하였음을 통해 알 수 있다.

  (나) 대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결은 “특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 「국세기본법」 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.”라고 판시하고 있는바, 종전 세무조사에서 자료제출요구를 통해 쟁점사업 관련한 조사를 수행하였다는 것이 확인되고 만약 쟁점출연금에 대한 조사가 아니라고 하더라도 2012사업연도에 대한 세무조사 및 과세처분이 이루어진 이상 조사청은 이번 세무조사에서 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 세무조사를 수행하여 중복조사금지의 원칙을 위배한 것이므로 이 건 법인세 과세처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 연구개발관련 출연금 등의 과세특례 규정은 조특법 제10조의2와 같은 법 시행령 제9조의2 각 호 및 같은 법 시행규칙 제7조의3 각 호에서 열거하고 있는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」등 7개 법률의 지원 근거를 둔 출연금에 한하여 적용 가능한 것인데, 쟁점사업의 ‘광역경제권 연계협력사업 시행계획 공고’(지식경제부 2010-240호, 2010.6.11.)에는 쟁점사업의 지원근거로 ‘「국가균형발전특별법」과 같은 법 시행령’이라고 명시되어 있으므로 쟁점출연금에 대해서는 조특법 제10조의2 규정을 적용할 수 없다.

  (가)조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우뿐 아니라 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되어 허용할 수 없는 것이므로 조특법, 같은 법 시행령·시행규칙에서 규정한 법령에 지원근거를 둔 정부출연금만이 과세특례의 대상이 되는 것이다.

  (나) 청구법인은 촉진법 제5조의 “지식경제부 장관은 혁신계획 및 시행계획을 수립할 때, 「산업발전법」제4조에 따른 중·장기 산업발전전망, 「국가균형발전특별법」제4조에 따른 지역발전계획과 같은 법 제5조 제3항에 따른 부문별 지역발전시행 계획과 상호 연계될 수 있도록 하여야 한다.”는 규정을 들어 쟁점출연금의 지원 근거로 촉진법도 해당한다고 주장하고 있으나, 이는 촉진법에 따른 계획을 수립할 때에는 균특법 등과 상호 위배됨이 없도록 하기 위한 것이지 쟁점출연금의 지원근거가 촉진법이라고 할 수 있는 것은 아니고, 쟁점사업의 시행 공고에 지원근거 법령으로서 균특법 및 같은 법 시행령만을 명시하고 있는 이상 다른 법령은 판단 근거로 삼을 여지가 없는 것이다.

  (다) 또한, 청구법인은 쟁점사업의 시행계획 공고에서 관련규정으로 언급한 운영요령을 근거로 쟁점출연금 지원의 근거법령이 촉진법이라고 주장하고 있으나, 당해 관련 운영요령은 지원사업 전반을 효율적으로 운영하고 관리하기 위해 시행계획의 공고, 주관기관 등의 선정, 사업비의 산정, 사업비의 관리 및 사용 등 일반적이고 공통된 기준 및 방법을 정함을 목적으로 하는 것이어서 운영요령에 언급되었다하여 촉진법이 쟁점출연금 지원의 직접적인 근거 법률이라고 볼 수는 없고, 쟁점출연금의 지원을 정하는 주체는 지식경제부(現 산업통상자원부)이지 한국산업기술진흥원이 아닐 뿐만 아니라 ‘한국산업기술진흥원’이 촉진법에 따라 설립된 기관이라든가, 협약 당사자들이 산업기술혁신촉진 등에 따라 사업을 수행하도록 규정하고 있다든가 하는 것은 쟁점출연금의 지원근거를 판단하는데 있어 아무런 관련이 없는 내용이다.

  (라)청구법인은 지역산업지원사업 공통운영요령에(지경부 고시 제2012-115호) ‘국가균형발전특별법, 촉진법에 의한 광역경제권선도산업육성사업’이라고 되어있으므로 촉진법도 쟁점출연금의 지급근거가 될 수 있다고 주장하나, 위에서 언급한 바와 같이 관련 운영요령은 지원사업 전반을 효율적으로 운영하고 관리하기 위해 시행계획의 공고, 주관기관 등의 선정, 사업비의 산정, 사업비의 관리 및 사용 등의 일반적이고 공통된 기준 및 방법을 정함을 목적으로 하는 것일 뿐이고, 쟁점출연금의 지원 근거법률을 판단하는 것과는 무관함에도 청구법인은 지나친 유추해석·확장해석을 하고 있는 것이다.

  설령, 공통운영요령을 쟁점출연금의 지급근거로 볼 수 있다하더라도 쟁점사업 시행 이후의 일반적인 운영에 대한 사항은 변경된 운영요령을 적용할 수 있는지 모르나, 적어도 쟁점출연금의 지원근거에 대해서만은 쟁점사업의 공고일을 기준으로 그 당시 법률과 규정으로만 판단해야하는바, ‘지역산업지원사업 공통운영요령(지경부 고시 제2012-115호)’은 쟁점사업에 대한 지원이 확정된 이후에 개정된 것으로서 쟁점출연금의 지원근거를 판단할 수 있는 규정으로 볼 수 없고, 쟁점출연금 지원 당시의 관련 운영요령은 ‘지역산업 지원사업 공통운영요령(지식경제부 고시 제2010-107호)’인 것이고 이 운영요령에는 균특법만을 규정하고 있으며, 사업시행 이후 변경된 운영요령으로 판단하게 될 경우 동일한 사업의 출연금임에도 매년 조특법에서 규정한 과세특례 대상 여부가 바뀌게 되어 법적 안정성과 조세 공평성을 위반하게 될 위험이 있어 쟁점사업의 공고일을 기준으로 그 당시 법률과 규정으로만 특례대상 여부를 판단해야 한다.

더구나 광역경제권선도산업육성사업은 쟁점사업의 시행 이후에도 ‘2단계 광역경제권선도산업육성사업(지식경제부 공고 제2012-167호, 2012.3.27)’, ‘2012년도 광역경제권 거점기관지원사업(지식경제부 공고 제2012-204호, 2012.4.19)’, ‘2012년도 광역경제권연계협력사업(지식경제부 공고 제2012-288호, 2012.6.13)’, ‘2013년도 광역경제권선도산업육성사업비(R&D)지원 프로그램(산자부 공고 제123호, 2013.6.14)’등 그 내용을 서로 달리하는 사업이 지속적으로 시행되어 왔는바, 2011년말 개정된 지역산업지원사업 공통운영요령에 ‘균특법, 촉진법에 의한 광역경제권선도산업육성사업’이라고 되어 있다 하여 그 이전에 시행된 쟁점사업의 지원근거를 균특법만이 아닌 촉진법도 해당한다고 보아 조특법상 과세특례 규정을 적용해야한다는 것은 지나친 확장해석으로서 엄격해석의 원칙에 어긋난다.

 (2) 청구법인은 당초 세무조사를 통해 쟁점출연금에 대한 세무조사를 이미 수행하였으므로 2018년 실시한 법인통합조사를 중복조사라고 주장하나, 당초 세무조사 당시 OOO지방국세청에서 통지한 “조사범위 및 유형전환 통지서”OOO의 조사범위 및 유형전환 사유에 “비수익사업 관련 비용을 수익사업의 손금에 산입하였는지 여부 및 업무무관 부동산 보유와 관련한 지급이자 손금불산입 미반영 여부에 대한 확인”이라고 조사범위가 명시되어 있고, 2012년 법인세 경정결의서를 보더라도 세무조정 항목으로 ‘고유목적사업준비금 익금산입(유보)’와 ‘감가상각비 손금추인(△유보)’ 사항만 있을 뿐이므로, 당초 세무조사는 2011년을 대상으로 한 것이고 2010년과 2012년에 대한 “조사범위 및 유형전환 통지서”는 조사범위 확대에 따라 이루어진 경우로서 대법원 판례에서도 이러한 경우에는 중복조사에 해당하지 않는다고 판시하고 있다.

 따라서 종전 세무조사에서 특정 항목에 대한 범위확대로 부분 조사를 한 경우 당초 부분 범위를 확대한 항목을 제외한 나머지 부분에 대해서는 재조사가 가능한 것이므로 이번 세무조사가 중복조사라는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점출연금이 조특법 제10조의2의 과세특례 적용대상인지 여부

② 이번 세무조사가 중복조사에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

 제10조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】① 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금 등"이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금 등을 구분 경리하는 경우에는 연구개발출연금 등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다.

 (2) 조세특례제한법 시행령

 제9조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】① 법 제10조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 법률"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다.

1. 「산업기술혁신 촉진법」

2. 「정보통신산업 진흥법」

3. 「중소기업기술혁신 촉진법」

4. 그 밖에 연구개발 등을 목적으로 출연금 등을 지급하도록 규정하고 있는 법률로서 기획재정부령이 정하는 법률

 (3) 조세특례제한법 시행규칙

 제7조의3【연구개발 관련 출연금 등】영 제9조의2 제1항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 법률"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다.

1.「부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」

2.「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」

3.「기초연구진흥 및 기술개발 지원에 관한 법률」

 (4) 산업기술혁신 촉진법(2012.1.26. 법률 제11233호로 개정된 것)

 제5조【산업기술혁신계획】

③ 지식경제부장관은 혁신계획 및 시행계획을 수립할 때 「산업발전법」 제4조에 따른 중ㆍ장기 산업발전전망, 「국가균형발전 특별법」 제4조에 따른 지역발전계획과 같은 법 제5조제3항에 따른 부문별 지역발전시행계획과 상호 연계될 수 있도록 하여야 한다

 (5) 국가균형발전특별법(2010.7.23. 법률 제10386호로 개정된 것)

 제4조【지역발전 5개년계획의 수립】① 정부는 지역 간의 연계 및 협력을 증진하고 지역경쟁력을 향상시키기 위하여 제5조 제1항에 따른 부문별 발전계획안과 제6조 제1항에 따른 광역경제권발전계획을 기초로 하여 5년을 단위로 하는 지역발전 5개년계획(이하 "지역발전계획"이라 한다)을 수립한다.

② 지역발전계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

 3. 지역산업 육성 등 지역경제 활성화에 관한 사항

 제11조【지역산업 육성 등 지역경제 활성화 촉진】① 시ㆍ도지사와 광역경제권발전위원회는 관계 중앙행정기관의 장, 관할 구역의 시ㆍ군ㆍ구의 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)과 협의하여 다음 각 호의 요건을 충족하는 산업을 해당 시ㆍ도의 지역전략산업과 해당 광역경제권의 지역선도산업으로 선정할 수 있다.

 (6) 국세기본법

 제81조의2【납세자권리헌장의 제정 및 교부】

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다

1. 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 이 장에서 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 경우(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 장에서 "세무조사"라 한다)

 제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 (7) 국세기본법 시행령

 제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 「조세범 처벌절차법」 제2조제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2제2항제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조제1항제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO 비영리법인으로 산업 전 분야에 대한 종합 시험·인증·기술컨설팅을 수행하는 국제공인시험 인증기관이고, OOO 본원을 비롯해 OOO 등의 지사와 OOO 등에 해외현지법인을 두고 있다.

 (2) 청구법인은 2010년 지식경제부 주관 OOO의 주관기관으로 선정되어 2010년～2012년에 걸쳐 쟁점출연금 OOO원을 수령하였고, 수령한 쟁점출연금에 대해서 자본잉여금으로 계상하고, 지출한 관련 자산·비용은 건설중인자산(건설가계정)으로 계상 후 사업 종료시 본 계정 대체를 통해 관련 비용을 처리하였는바, 2010년 7월부터 2013년 4월말까지 34개월의 쟁점사업기간 동안 총사업비 구성 내역은 아래와 같고, 국비와 지방비로 수령한 출연금에 대하여 조세특례제한법 제10조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세 특례】적용하여 전액 익금불산입하였으며, 2013년 건물 취득이 완료되자 그동안 수령한 정부출연금 등으로 취득한 자산OOO에 대하여 회계상 감가상각비를 계상하면서 동 금액을 손금불산입하는 세무조정을 하였다.

 (3) 쟁점사업의 모사업인 광역경제권 연계협력사업의 시행계획 공고(지식경제부 2010-240호, 2010.6.11.) 중 관련 법령 및 규정은 다음과 같다.

(4) 쟁점사업의 사업계획서는 다음과 같다.

 (5) 쟁점사업 협약서(2012년)의 관련 법령내용은 다음과 같다.

 (6) 종전 세무조사와 관련하여 OOO지방국세청장이 2013.11.7. 교부한 조사범위 및 유형전환통지서를 보면, 아래와 같이 조사대상기간과 조사유형 등이 전환되었음이 나타나고, 조사담당공무원은 세무조사 준비사항 추가안내에서 OOO 신축관련서류(토지매입 관련 계약․협약서, 건물신축 관련 계약서 등)를 준비하도록 요구한 것으로 나타나며, 2012년 법인세경정결의서에 세무조정 항목으로 ‘고유목적사업준비금 익금산입(유보)’와 ‘감가상각비 손금추인(△유보)’ 사항만 적출한 것으로 되어 있다.

 (7) 조사청이 2018.2.21. 청구법인에게 한 세무조사통지 내용을 보면, 법인통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고․납부의무가 있는 모든 세목)로서 조사대상기간은 2012.1.1.～2015.12.31.이고, 조사기간은 2018.2.22.～2018.4.30.이며, 조사사유는 ‘「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 신고 내용에 탈루가 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 오류가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시’로 되어 있다.

 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점사업의 사업시행 공고에 지원근거 법령을 균특법만을 명시하고 있다 하더라도 쟁점사업 관련 광역경제권 선도산업 육성사업 운영요령, 지역산업지원사업 공통운영요령 등에서 쟁점사업을 균특법, 촉진법에 의한 광역경제권선도산업육성사업으로 구분하고 있어 두 법령 모두가 쟁점사업의 추진근거가 될 수 있다고 보이는 점, 복수의 근거법 중 조특법에서 열거하고 있는 법령이 사업의 추진 근거에 포함되는 경우 해당 출연금은 조특법 제10조의2의 적용대상 출연금으로 봄이 상당한 점, 국세청도 내국법인이 “광역경제권 선도산업 육성사업”에 따른 지원 대상으로 선정되어 정부 출연금을 수령한 경우로서 해당 출연금이 조특법 제10조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제9조의2 제1항, 같은 법 시행규칙 제7조의3에 규정된 법률에 따라 받은 경우에는 익금에 산입하지 아니한다고 해석OOO하고 있는 점 등에 비추어 쟁점출연금은 조특법 제10조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제9조의2 제1항 제1호의 촉진법에 따라 받은 연구개발출연금으로서 익금에 산입하지 아니함이 타당하다고 판단된다.

 다음으로 쟁점②에 대하여는 쟁점①에서 청구주장이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.