주 문

OOO세무서장이 2018.11.13. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 청구인이 2018.3.27. 양도한 OOO 대지 290.4㎡ 및 그 지상에 소재한 다가구주택의 청구인 지분 2/3에 대하여 「조세특례제한법」 제97조 제1항의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 그 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 1983.12.21. 취득한 OOO 대지 290.4㎡(청구인 지분 2/3, 이하 “쟁점토지”라 한다)에 1996.9.2. 다가구주택 645.96㎡(11가구, 청구인 지분 2/3, 이하 “쟁점주택”이라 하고 쟁점토지와 쟁점주택의 청구인 지분을 “쟁점지분”이라 한다)을 신축한 후 2018.3.27. 양도하고 2018.7.12. 1세대 1주택(고가주택)의 양도로 보아 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 청구인은 2018.9.5. 쟁점지분이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제97조 제1항에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.11.13. 청구인이 2000.12.31. 이전에 5호 이상 주택의 임대를 개시하고 10년 이상 임대하여야 한다는 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  조특법 제97조에서 “1986.1.1.부터 2000.12.31.까지 신축된 국민주택 5호 이상을 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.”고 규정하고 있는바, 청구인은 일부 임대차계약서를 보관하지 못하였으나, 2000.12.31. 이전 임대를 개시한 사실이 확정일자부 등에서 확인되고, 청구인 및 공동소유자인 OOO은 쟁점주택에 거주하지 아니한 채 쟁점주택을 사용승인(1996.8.10.) 받은 직후부터 2018.3.27. 양도시까지 21년 7개월간 장기임대하였으므로 조특법 제97조의 장기임대주택 감면요건을 충족하지 아니하였다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  쟁점주택은 조특법 97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건 중 주택규모(국민주택규모 85㎡ 이하)와 취득요건(2000.12.31.까지 취득)은 충족하나, 조특법 97조 및 같은 법 시행령 제97조 제4항에서 감면요건으로 규정한 임대차계약서 사본, 임차인의 주민등록표등본 등의 객관적인 증빙이 제시되지 아니하였으므로 2000.12.31.까지 5호 이상의 임대를 개시하여야 한다는 요건을 충족하였다고 볼 수 없고, 임대차계약서 일부(2004년 이후)와 사업장현황신고서(2006년～2017년) 만으로는 10년 이상 임대하였는지 여부도 확인되지 아니하므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 가. 쟁점

  쟁점지분의 양도가「조세특례제한법」제97조 제1항에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면적용 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

  (1) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것)

   제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (2) 조세특례제한법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28636호로 개정된 것)

   제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제97조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 「소득세법 시행령」 제122조 제4항 및 제5항을 준용한다.

③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조 제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료

2. 임대차계약서 사본

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

4. 삭제 <2006. 6. 12.>

5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각 호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

2. 삭제

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

3의2. 삭제

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

⑥ 법 제97조 제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기사항증명서 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

  (1) 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 경정청구 검토서(2018.11.5.) 등의 주요내용은 다음과 같다.

   (가) 청구인들의 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같다.

   (나) 쟁점주택은 건축물대장상 사용승인일이 1996.8.10.로 확인되어 조특법 제97조의 장기임대주택 양도소득세 감면규정의 취득요건은 충족하나, 사업자등록 이후의 사업장현황신고서(2006년～2017년)만 제출하고, 2001년 이전의 임대차계약서를 제출하지 아니한 이상 2000.12.31. 이전에 5호 이상 임대를 개시하였다고 보기 어렵고, 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 지방자치단체 임대사업자 등록을 하지 아니하였으므로 조특법 제97조 단서의 ‘「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대주택 양도소득세 감면’도 적용할 수 없다.

   (다) 청구인이 제출한 사업장현황신고서의 임대차내역과 OOO으로부터 송부받은 전입세대 열람자료를 비교해보면, 일부 임차인의 전입이력이 없는 등 일치하지 아니하는 부분이 있으므로 임대차계약서를 통해 임대사실을 반드시 확인하여야 한다.

  (2) 청구인이 제출한 증빙서류의 주요내용은 다음과 같다.

   (가) 청구인의 사업자등록증에 의하면, 청구인과 청구 외 OOO은 2006.5.24. ‘OOO’이라는 상호로 쟁점주택에서 부동산업(주택임대)으로 사업자등록(면세사업자)을 한 것으로 나타난다.

   (나) 쟁점주택의 일반건축물대장, 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1983.12.21. OOO 등과 공동(청구인 지분은 당초 1/3이었다가 1996.5.7. 2/3로 변경됨)으로 쟁점토지를 취득하여 그 지상에 OOO과 공동(청구인 지분 2/3, OOO 지분 1/3)으로 1996.8.10. 쟁점주택을 신축한 것으로 나타나는바, 건축물현황은 아래 <표2>와 같다.

   (다) 청구인은 쟁점주택을 임대하였다는 증빙으로 임대차계약서OOO, 사업장현황신고서 11부(2006년～2012년, 2014년～2017년까지 10호 이상을 임대한 임차인 성명, 주민등록번호, 임대기간, 임차료 등이 확인됨) 등을 제출하였다.

   (라) 청구인과 공동사업자 OOO의 주민등록초본에 의하면, 청구인과 OOO은 쟁점주택 보유 기간 중에 쟁점주택에 전입한 사실이 없는 것으로 나타난다.

   (마) 청구인이 쟁점지분 양도시 OOO과 체결한 매매계약서(2017.11.29.)에 의하면, “매도인은 기존 임차인OOO을 잔금일까지 모두 명도(주민등록까지 퇴거)해 주어야 하고 임대차내역을 별지에 첨부한다”고 기재되어 있다.

   (바) 청구인이 OOO에게 쟁점주택의 1996년 8월부터 2000년 12월까지의 확정일자 내역에 대하여 정보공개를 요청하여 회신받은 확정일자부와 위 임차인들의 주민등록초본 등의 주요내용은 아래 <표3>과 같고, 같은 기간 쟁점주택의 주민등록 전․출입자명부에 의하면, 1996.10.9. OOO이 쟁점주택 102호에 전입하고, 1996.12.14. OOO가 쟁점주택 202호에 전입한 것으로 나타난다.

  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점주택을 2000.12.31. 이전에 임대개시하여 10년 이상 임대한 사실을 입증하지 못하였으므로 조특법 제97조 제1항의 장기임대주택으로 인정할 수 없다는 의견이나, 확정일자부․주민등록자료 등에서 2000.12.31. 이전에 임차인들이 쟁점주택에 전입한 것으로 나타나고, 청구인과 공동소유자 OOO은 1996.9.2. 다가구주택(11가구)인 쟁점주택을 신축한 후 20년 이상 장기간 보유하며 양도시까지 쟁점주택에 전입한 사실이 없으며, 2006.5.24. 주택임대사업자로 신고한 후에는 2013년을 제외한 2017년까지 매년 쟁점주택을 임차한 10호 이상의 임대차현황을 신고하고, 양도계약서에도 양도 당시 1개의 공실을 제외한 10호를 임대하고 있다고 기재되어 있는 점 등에 비추어 청구인이 임대목적으로 1996.9.2. 11가구로 구성된 쟁점주택을 신축하여 2000.12.31. 이전에 임대를 개시한 후 10년 이상 임대하였다는 주장이 상당히 신빙성이 있어 보이므로 처분청이 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.