[주 문]

 OOO세무서장이 2018.2.13. 청구인에게 한 부가가치세 합계 OOO(2012년 제1기분 OOO2012년 제2기분 OOO2013년 제1기분 OOO2013년 제2기분 OOO2014년 제1기분 OOO2014년 제2기분 OOO2015년 제1기분 OOO2015년 제2기분 OOO2016년 제1기분 OOO2016년 제2기분 OOO)의 경정청구 거부처분 중

 1. 2012년 제1기 부가가치세 OOO의 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 각하하고,

 2. 2012년 제2기 부가가치세 OOO의 경정청구 거부처분은 공제누락한 매입세액 OOO을 매출세액에서 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며,

 3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2002.5.1.부터 2017.5.2.까지 OOO(이하 “쟁점사업장”라 한다)이라는 상호로 숯 제조업 및 한식업을 영위하던 자로, 2012년 제1기부터 2016년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 쟁점사업장의 임대료 명목으로 매월 공급대가 OOO에 해당하는 공급대가 합계 OOO의 매입세금계산서(이하 “기공제분세금계산서”라 한다)를 수취하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

나. 청구인은 2017.12.20. 처분청에 쟁점사업장의 실제 임대료가 매월 OOO(공급대가)이었으므로 공급대가 합계 OOO의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하였음에도 매월 공급대가 OOO에 해당하는 기공제분매입세금계산서 관련 매입세액 (매월 OOO)만을 공제받음에 따라 매월 공급대가 OOO에 해당하는 매입세액 합계 OOO[공급대가 합계 OOO관련 매입세액으로 이하 “쟁점매입세액”이라 한다]을 공제받지 못하였으므로 추가로 공제하여 줄 것을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2018.2.13. 쟁점매입세금계산서를 과세기간이 경과한 후에 발급받은 것으로 보아 위 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.5.11. 이의신청을 거쳐 2018.10.12. 심판청구를 제기하였다.

<표1> 청구인의 부가가치세 신고 및 경정청구 내용

(단위 : 천원)

<표2> 쟁점사업장 임대료의 경정청구 세부내역

(단위 : 천원)

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점매입세금계산서는 과세기간 내에 발급된 정상적인 것이므로 처분청이 쟁점매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

 (1) 청구인은 쟁점사업장을 임차하여 운영하면서 임대인으로부터 실제 임대차계약금액으로 발급된 쟁점매입세금계산서를 수취한 후 동 금액을 청구인의 사업용계좌에서 임대인 계좌로 임대차계약기간 동안 계속적으로 지급하였다.

 그러나, 임대인은 부가가치세 신고 전에 임대료를 다운한 금액으로 기공제분세금계산서를 발급하고, 동 금액으로 부가가치세를 신고할 것을 종용하여 다운한 금액으로 발급된 기공제분세금계산서에 의하여 부가가치세 신고를 하였다.

 이후, 임대인은 과년도에 임대료를 다운하여 부가가치세 신고한 것을 수정신고하기 위하여 다운 발급된 기공제분세금계산서에 대하여 마이너스 발급한 세금계산서와 과년도 과세기간 내 발급된 쟁점매입세금계산서를 첨부하여 과년도 부가가치세 수정신고를 하였고, 처분청은 위 수정신고에 대하여 정당하다는 신고결정을 하였는바, 이는 기 발급된 쟁점매입세금계산서가 과세기간 내 발급되었다는 선행처분으로 보아야 한다.

 (2) 「부가가치세법」제38조는 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액은 공급받은 시기에 매출세액에서 공제한다”고 규정하고 있고,

 같은 법 시행령 제74조는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하더라도 같은 법 제57조에 따른 경정을 하는 경우 사업자가 같은 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서 또는 법 제46조 제3항에 따라 발급받은 신용카드매출전표 등을 제102조에 따른 경정기관의 확인을 거쳐 해당 경정기관에 제출하는 경우에는 그 매입세액을 공제하도록 규정하고 있다.

 임대인은 기 발급된 쟁점매입세금계산서가 아닌 과소금액으로 발급된 기공제분계산서를 착오로 제출하였다가 스스로 수정신고하고 자진납부하였는데, 매출세액이 자진납부된 상태에서 동 매입세액이 불공제 된다는 것은 현행 「부가가치세법」이 취하고 있는 전단계세액공제법 법리에 어긋날 뿐만 아니라 「부가가치세법 시행령」제74조에도 위배된다.

 임대인에 대한 선행처분은 정상금액 세금계산서를 과세기간 내 발급한 것으로 처분결정하고, 임차인인 청구인에게는 과세기간 내 세금계산서를 수취하지 않았다고 결정하는 것은 일관성이 결여되고 형평성이 저해된 처분이다.

나. 처분청 의견

 청구인은 당초 과세기간 내에 쟁점매입세금계산서를 발급받았다고 주장하나, 실제 세금계산서 발급시점이 확인되지 않아 이를 인정하기 어렵고, 청구인이 과세기간 경과 후 임대인의 수정신고 시점에서 수정세금계산서를 발급받은 경우에는 그 매입세액은 공제 불가하다.

 (1) 청구인은 특별한 사정으로 당초 쟁점매입세금계산서상 매입세액을 공제신청하지 못하였다고 주장하나, 이중계약이 잘못된 것임을 알면서도 별도의 추가임대료(공급대가 OOO)를 지급하였고, 정정할 기회가 있었음에도 2012년 개업한 이후 임대인의 요구로 인한 임대차계약기간의 만료로 2017년 폐업할 때까지 사업을 영위하면서 이를 정정한 사실이 없다.

 (2) 청구인은 쟁점매입세금계산서를 매월 발급받았으나 임대인의 요구로 신고하지 못하였다고 주장하나, 청구인은 쟁점매입세금계산서 사본만 제출하였을 뿐 원본을 제출한 바 없고, 이 건 심판청구시 “임차개시일부터 이루어진 세금계산서 모두를 보관 중으로 경정청구 시 세무서에 제출하였다”고 하였으나, 청구인이 제출한 사본만으로는 당초 공급시기가 속하는 과세기간에 쟁점매입세금계산서가 발급된 사실이 확인되지 않는다.

 (3) 전단계세액공제법을 채택하고 있는 현행 「부가가치세법」 체계에서 세금계산서의 발급에 의한 상호검증기능을 훼손시키지 않기 위하여, 매입세액을 공제받기 위하여는 세금계산서의 실제 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 할 것(대법원 2004.11.26. 선고 2003두5853 판결 참조)이고,

 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성한 세금계산서는 그 지연사유와 관계없이 구 「부가가치세법」 제17조 제2항 제2호 본문의 “필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 적힌” 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없는 것(대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 참조)인바, 쟁점매입세금계산서가 임대인이 수정신고를 위하여 추후 발급한 세금계산서에 해당하는 경우 매입세액 공제대상으로 볼 수 없다.

 (4) 2007.7.1.부터 매입자발행세금계산서 제도가 시행되었고 이는 청구인과 같은 매입자(임차인)가 거래사실이 있음에도 정상적으로 세금계산서를 교부받지 못한 경우 계약서·입금내역 등을 통하여 실질거래를 세무서에 확인받고 그에 맞는 세금계산서를 세무서를 통하여 교부받아 매입세액 공제를 받을 수 있는 것으로, 이는 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화 또는 용역의 공급자가 과세표준이 노출되는 것을 피하기 위해 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지할 목적으로 입법된 것이다. 이러한 제도가 있음에도 공급시기 및 과세기간이 경과한 이후에 수취한 세금계산서의 매입세액을 공제하여 달라는 경정청구는 거부함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 2012년 제1기 부가가치세 경정청구 거부처분에 대한 불복청구가 적법한 청구인지 여부

 ② 쟁점매입세금계산서를 공급시기가 경과한 후에 공급가액을 변경하여 발급받은 것으로 보아 부가가치세 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인은 쟁점사업장과 관련하여 2012년 제1기부터 2016년 제2기까지의 과세기간에 위 <표2>와 같이 기공제분세금계산서 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 하였다가,

 2017.12.20. 쟁점사업장의 실제 임대료와 관련하여 쟁점매입세금계산서(매월 공급대가 OOO에 해당하는 합계금액)를 수취하였음에도 기공제분세금계산서(매월 공급대가 OOO에 해당하는 합계금액) 관련 매입세액만을 공제받음에 따라 그 차액에 해당하는 매입세액 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

 (2) 처분청은 2018.2.13. 쟁점매입세금계산서를 과세기간이 경과한 후에 발급받은 것으로 보아 <표3>과 같이 위 경정청구를 거부하였다.

<표3> 처분청의 경정청구 처리결과 통지

 (3) 처분청의 경정청구 검토조서에 의하면, 청구인이 기재한 경정청구의 이유와 처분청의 검토의견은 다음과 같다.

  (가) 경정청구 취지 및 이유 : 세금계산서 발급이 지연되는 경우에도 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급하여야만 매입세액공제를 허용하고 있으나, 이는 거래자에게 귀책사유가 있고 실질 거래여부가 불분명한 경우에 한하며 이와는 달리 거래자에게 귀책사유가 없고 실질거래가 분명한 경우에는 전단계세액공제법을 취하는 부가가치세법에서는 매입세액은 반드시 공제하여야 마땅하다 할 것이다(서울행정법원 2003.8.13. 선고 2003구합10831 판결).

  임대인이 이중계약을 강요하여 ‘을’의 입장에서 요구를 거부할 수 없었고, 임대인이 신고누락한 매출액에 대하여 자진 수정신고․납부한 경우, 동 매출세액에 대응되는 임차인의 매입세액은 공제하는 것이 법리에 충실하다.

  (나) 검토의견 : 청구인은 임대인의 강요에 의한 것으로 귀책사유가 없는 실질거래라고 주장하나, 이중계약이 잘못임을 알면서도 이를 묵인하고 계속하여 임대료(표시 상 부가가치세를 포함한 OOO과 별도의 추가임대료 OOO)를 지급하였다.

청구인이 제시한 판례는 공급시기가 속한 과세기간 안에 공급자로부터 세금계산서를 교부받기 위하여 할 수 있는 모든 노력을 다하였는데도 그 공급시기에 관한 견해차이로 인한 다툼으로 세금계산서를 교부받지 못한 경우 승소한 사례로서, 청구인의 경우와 다르고,

이후 2007.7.1. 매입자발행세금계산서 제도가 시행되어 계약서, 입금내역 등을 통하여 실질거래를 세무서에서 확인받아 해당 매입세액을 공제받을 수 있었음에도 공급시기 및 과세기간이 경과한 이후에 수취한 세금계산서에 의한 경정청구는 매입세액 불공제함이 타당하다.

 (4) 청구인은 당초 매입세금계산서를 과소하게 발급받은 사유는 임대인의 요구에 의한 것으로 부득이한 사유에 해당되므로 당초 누락된 임차료에 대해 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하며, 2016년 9월 임대인이 청구인에게 한 임대기간 만료에 따른 계약연장을 하지 않겠다는 내용증명과 2017.3.30. 및 2017.5.25. 청구인이 임대인에게 발송한 내용증명서를 그 증빙으로 제출하였다.

<표4> 2016.9.28. 임대인 OOO가 발송한 임대차계약 만료 통지서

<표5> 2017.3.30. 청구인이 임대인에게 발송한 내용증명서

<표6> 2017.5.25. 청구인이 임대인에게 발송한 문서

 (5) 국세청 전산시스템에 의하면, 쟁점사업장은 보증금 OOO에 월세 OOO으로 임차한 것으로 나타난다.

 (6) 청구인은 당초부터 기공제분세금계산서와 함께 매월 공급대가 OOO의 세금계산서를 발급받았으나, 부가가치세 신고 시 반영하지 않은 것이므로 쟁점매입세금계산서는 과세기간 내 발급받은 세금계산서라고 주장하며, 기공제분세금계산서에 대한 마이너스 세금계산서 및 쟁점매입세금계산서 사본을 제출하였으나, 쟁점매입세금계산서 원본이나 기공제분세금계산서에 대한 사본은 제출되지 않았다.

<표9> 임대인이 수정신고 시 발급하였다는 마이너스 세금계산서 사본

<표10> 당초 각 과세기간에 발급받은 것이라는 쟁점매입세금계산서 사본

 (7) 처분청의 이의결정서 등에 의하면, 쟁점사업장의 임대인이 임대수입금액 누락금액에 대하여 부가가치세 및 종합소득세를 수정신고․납부하였고, 청구인이 임차료 과소신고금액에 대하여 주소지 관할인 OOO세무서에 경정청구한 결과 필요경비로 인정하여 종합소득세를 환급결정한 것으로 나타나며, 처분청이 임대인 측에 당초 쟁점매입세금계산서를 발급한 사실이 없음을 확인한 것으로 조사되어 있다.

 (8) 청구인이 제출한 부가가치세 신고서 및 매입처별세금계산서 합계표 등에 의하면, 쟁점사업장의 임대료와 관련하여 2012년 제1기에는 2개월분의 공급가액 합계 OOO에 해당하는 매입세액 OOO을, 2013년 제1기부터 2016년 제2기까지는 각 6개월분의 공급가액 합계 OOO에 해당하는 OOO을 각 매출세액에서 공제한 것으로 나타나는 반면, 2012년 제2기에는 공급가액 OOO에 해당하는 매입세액 OOO만을 공제한 것으로 나타나 그 매입세액의 차액인 OOO이 과소공제된 것으로 확인된다.

 (9) 먼저, 2012년 제1기 부가가치세 경정청구 거부처분에 대한 심판청구의 적법성(쟁점①)에 대하여 살펴본다.

「부가가치세법」상 법정신고기한은 해당 과세기간이 끝난 후 25일로 2012년 제1기 부가가치세의 경정청구기한은 신고기한인 2012.7.25.로부터 5년이 되는 2017.7.25.까지이다.

 그러나, 청구인은 이를 도과한 2017.12.20. 경정청구를 제기하였으므로 이에 대한 처분청의 경정청구거부 통지는 민원회신으로서 불복청구 대상에 해당하지 아니하고 이러한 거부통지에 대하여 제기한 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다(조심 2019중74, 2019.2.19. 등 다수, 같은 뜻임).

 (10) 다음으로, 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점②에 대하여 살펴본다.

 청구인은 쟁점매입세금계산서는 과세기간 내에 정상적으로 발급받은 것이므로 쟁점매입세액을 환급하여야 한다고 주장하나,

 쟁점사업장의 임차인인 청구인 뿐만 아니라 임대인도 당초 쟁점매입세금계산서에 대하여 신고하지 아니하였다가 임대인이 수정신고하면서 청구인이 경정청구를 제기한 점, 기공제분세금계산서는 부가가치세가 포함된 공급대가가 매월 OOO인 것과 달리 기 신고에 반영되지 아니한 차액분은 매월 OOO으로 부가가치세를 별도로 산정하지 아니한 것으로 보이는 점, 기공제분세금계산서에 대한 마이너스 세금계산서 및 쟁점매입세금계산서 사본은 제출되었으나, 달리 쟁점매입세금계산서 원본이나 기공제분세금계산서에 대한 사본은 제출되지 아니한 점, 처분청의 이의결정서에 의하면 처분청이 임대인 측에 당초 쟁점매입세금계산서를 발급한 사실이 없음을 확인한 것으로 조사된 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

 다만, 2012년 제2기 부가가치세 과세기간의 경우, 해당 과세기간의 6개월분 임대료가 공급가액 합계 OOO으로 이에 대한 매입세액이 OOO임에도 당초 부가가치세 신고 시 공급가액 OOO에 대한 매입세액 OOO만을 공제받은 것으로 확인되므로 공제누락한 매입세액 OOO을 해당 과세기간의 매출세액에서 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것)

 제5조【과세기간】① 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 다음 각 호와 같다.

1. 간이과세자: 1월 1일부터 12월 31일까지

2. 일반과세자

 제34조【세금계산서 발급시기】① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제49조【확정신고와 납부】① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조 제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조 제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.

 (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 것)

 제74조【매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 등에 대한 매입세액 공제】법 제39조 제1항 제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 법 제46조 제1항에 따른 신용카드매출전표등의 수령명세서(정보처리시스템으로 처리된 전산매체를 포함하며, 이하 "신용카드매출전표등 수령명세서"라 한다)를 「국세기본법 시행령」 제25조 제1항에 따라 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의3에 따라 경정청구서와 함께 제출하여 제102조에 따른 경정기관이 경정하는 경우

3. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등 수령명세서를 「국세기본법 시행령」 제25조의4에 따른 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할 세무서장이 결정하는 경우

4. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별 세금계산서합계표의 거래처별 등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

5. 법 제57조에 따른 경정을 하는 경우 사업자가 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서 또는 법 제46조 제3항에 따라 발급받은 신용카드매출전표등을 제102조에 따른 경정기관의 확인을 거쳐 해당 경정기관에 제출하는 경우

 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(법 제34조 제3항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

4. 법 제32조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급(법 제34조 제3항에 따른 발급을 포함한다)받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

 제102조【결정·경정 기관】① 법 제57조에 따른 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액의 결정·경정은 각 납세지 관할 세무서장이 한다. 다만, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 경우에는 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장이 결정하거나 경정할 수 있다.

② 법 제51조에 따라 주사업장 총괄 납부를 하는 경우 각 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장이 제1항에 따라 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정하거나 경정하였을 때에는 지체 없이 납세지 관할 세무서장 또는 총괄 납부를 하는 주된 사업장의 관할 세무서장에게 통지하여야 한다.

 (3) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 일부개정되기 전의 것)

 제126조의4【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례】 ① 「부가가치세법」 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다. ③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (4) 국세기본법(2014.12.23. 법률 제12848호로 일부개정된 것)

 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 <부칙>

 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

 제7조(경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등) ① 제45조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.

② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.