000세무서장이 2018.5.14. 청구법인에게 한 법인세 합계 000원(0000사업연도분 000원, 000사업연도분 000원)의 부과처분은 000사업연도 000원, 000사업연도 000원을 익금불산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 “OOO”라는 브랜드로 주택건설․분양업을 영위하는 법인사업자로 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다) 건축․분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 시행사로서 청구법인이 100% 지분을 소유하면서 특수관계에 있는 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)를 쟁점사업 시공사로 지정하여 2014.3.5. OOO과 총계약금액 OOO원(순공사원가 OOO원)에 아파트 건설도급 계약(이하 “쟁점도급계약”이라 한다)을 체결하였다.

나. 이후, 쟁점아파트는 당초 임대용 아파트 용도로 건축허가를 받았다가 2014.3.13. 일반분양 용도로 건축허가 변경을 승인받아 자재변경 등 공사원가 상승을 이유로 2015.12.28. OOO과 총계약금액을 OOO원으로 OOO원만큼 증액하는 내용의 건설도급 변경계약(이하 “쟁점변경도급계약”이라 한다)을 체결하였다.

다.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.2.21.～2018.3. 30. 기간 동안 청구법인에 대해 2015․2016사업연도 법인세통합조사를 실시하여 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제4항 제2호 규정에 따라 청구법인 결산서상 쟁점사업 작업진행률 산정시 적용된 순공사원가 OOO원을 건설업협회 원가율 0.908로 나눈 금액 OOO원을 쟁점변경도급계약의 시가로 보고, 시가와 대가와의 차액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 익금산입하는 등 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 위 통보내역 등을 포함하여 2018.5.14. 청구법인에게 법인세 합계 OOO원(2015 사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원)을 각 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.8.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) ｢법인세법｣ 제52조 규정의 부당행위계산부인을 적용함에 있어 시가는 같은 법 시행령 제89조 제1항에 따른 시가를 우선적으로 적용하고, 동 시가를 적용할 수 없는 경우에 같은 조 제4항에서 규정하고 있는 시가를 적용하도록 되어 있는바, 이 건의 경우 ① OOO이 비특수관계자인 OOO과 체결한 아파트 건설 도급계약상 3.3㎡당 건축단가 OOO원, ② OOO에서 2015년 발간한 건물신축단가표상 분양을 목적으로 하는 신축 아파트의 3.3㎡당 평균 건축단가 OOO원은 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제1항에 따른 쟁점아파트 건설공사의 시가로 볼 수 있고, 이 경우 쟁점변경도급계약상 3.3㎡당 쟁점아파트 평균 건축단가 OOO원과 비교할 때 동 계약이 경제적 합리성을 결여한 비정상거래로 볼 수 없는데도 처분청은 합리적인 사유 없이 동 규정상 시가가 불분명한 것으로 보아 같은 법 시행령 제89조 제4항 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

   (가) OOO이 OOO과 체결한 아파트 건설공사 계약은 비특수관계자간 거래에 해당되고, 이 건 쟁점사업 아파트 건설공사와 공사기간이 상당부분 중첩되고 있고, OOO에서 매년 발간하는 건물신축단가표는 대법원 판례(2010.8.26. 선고 2010두8607 판결) 및 다수 조세심판원 선결정례(조심 2015전5611, 2016.5.30., 조심 2014서2736, 2014.12.31. 외 다수)에서도 시가로 인정한바 있다.

   (나) 처분청이 제출한 최초 답변서에 의하면 OOO이 OOO과 체결한 아파트 건설공사 계약금액이 3.3㎡당 OOO원인 것으로 오인하여 이 건 시가로 인정하였다가, 청구법인이 추가적인 사실관계 등을 제출하여 당초부터 3.3㎡당 OOO원으로 계약한 사실이 확인되자 특별한 사정으로 공사손실이 발생된 현장이라는 사유로 시가로 인정하는 것이 어렵다는 취지의 의견을 제시하고 있는바, OOO이 OOO 공사에서 하도급업체의 부도로 인하여 손실이 본 것은 사실이나, 이는 당초 계약 이후 공사진행 과정에서 발생된 것으로 OOO이 감수하여야 할 사항이지 시가로 부인할 사유로 볼 수 없다.

   (다) ｢법인세법｣ 제52조 규정의 부당행위계산부인 규정은 경제인의 입장에서 부자연스럽고, 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성 유무의 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 할 것(대법원 2013.9.27. 선고 2013두10335 판결 외 다수, 같은 뜻임)인바, 이 건 쟁점변경도급계약상 평균 건축단가는 위외 같이 OOO이 OOO과 체결한 아파트 건설 도급계약 및 OOO에서 2015년 발간한 건물신축단가표상 분양을 목적으로 하는 신축 아파트의 평균 건축단가와 유사한 수준으로 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래로 볼 수 없다.

  (2) ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제4항 제2호 규정을 적용하여 쟁점아파트 건설공사의 시가를 산정하는 것이 타당하다 하더라도 다음과 같은 근거로 처분청의 시가 산정은 부당하다.

   (가) 처분청은 쟁점변경도급계약 이후 결산서상 쟁점사업의 공사진행률 산정에 적용된 순공사원가 OOO원을 건설업협회 원가율 0.908로 나눈 금액 OOO원을 동 계약의 시가로 계산하였으나, 동 원가율은 ｢건설산업기본법｣ 제7조에 따라 공종별로 분류된 토목, 건축, 산업, 토공, 석공, 비계, 기계설비, 상하수도, 철도, 수중, 철강, 삭도, 준설, 가스, 난방공사 등 30여개의 서로 다른 여러 공종별 유형의 전국 11,220개 종합건설업체 공사실적을 총망라하여 계산된 평균원가율로서 청구법인과 OOO 간에 체결된 아파트 건설공사 업종과 상이하여 시가 산정을 위한 원가율로 적용하는 것은 타당하지 않다.

   (나) 쟁점변경도급계약으로 도급금액을 증액한 것은 당초 임대용주택에서 분양아파트로 용도가 변경되었기 때문으로 이 경우 창호, 타일, 마루판, 주방, 시스템가구공사는 물론 내외부 마감재 특화로 인해 공사원가가 상승하게 되는 것이 일반적이고, 이는 2014년 국토해양부장관이 고시한 공공건설임대주택의 표준건축비인 ㎡당 OOO원과 2014.9.1.자 국토교통부장관이 고시한 분양아파트의 기본형건축비 ㎡당 OOO원과 차이가 발생하는 사실로도 알 수 있다.

   (다) 이 건 조사 및 심판과정에서 청구법인이 제출한 순공사원가명세서 제출 경위를 보면 OOO은 2015년 기준 11개 공사현장이 있었고, 중소규모 법인으로 법인전체를 기준으로 한 회계처리는 외부감사인의 감사를 통해 적정의견을 받았으나, 각 공사현장별 구분된 원가계산을 명확히 분리하여 관리하지 못하고 있다가 조사청의 쟁점변경계약서상 공사원가계산서 제출요구에 순공사원가를 OOO원으로 집계한 원가계산서를 제출하였으나, 위 원가계산서상에는 도배공사 부분에 대한 재료비 약 OOO원이 과다계상 되어 있었고, 이는 쟁점사업 관련 원가를 구분하는 엑셀작업 과정에서 실제 ㎡당 도배공사자재비 단가 OOO원을 OOO원으로 잘못 입력한 오류인 사실을 확인하여 순공사원가를 OOO원으로 집계한 원가계산서를 제출한 사실이 있는바, 처분청도 순공사원가 OOO원을 인정하여 동 가액에 원가율 0.908을 나눈 가액을 시가로 산정하여 과세하였는데도 OOO원으로 집계된 원가계산서를 근거로 처분청이 이 건 부과처분이 정당하다며 제시한 논거는 타당하지 않다.

   (라) 청구법인이 조사청에 제시한 3개 원가계산서상 순공사원가에 자재매입세액(국민주택규모 이하 건축분)이 계상되지 않았고, 이는 처분청의 답변서에도 확인되는 사실인바, 처분청이 시가 산정의 기준으로 삼은 순공사원가 OOO원 원가계산서상 자재 매입세액 OOO원을 추가로 포함하여야 하고, 이 경우 쟁점변경계약상 도급금액은 처분청이 산정한 시가와 사실상 차이가 없어 이 건 쟁점변경도급계약은 부당행위계산부인 대상으로 볼 수 없다.

   (마) 처분청은 쟁점변경도급계약의 순공사원가는 OOO원임에도 실제 투입원가는 OOO원이라는 사실을 근거로 청구법인이 쟁점사업 도급급액을 증액하여 OOO에게 이익을 분여하였다는 의견이나, 실제 당초 예상보다 적은 금액의 원가가 투입된 사유는 쟁점변경도급계약상 쟁점아파트 사용검사예정일 기한으로 2017.9.30.이 기재되어 있으나, OOO은 스스로의 노력으로 공기를 단축하여 2017.3.8. 사용검사확인을 받았기 때문으로 처분청 의견은 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

  (1) ｢법인세법｣상 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수 관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 하는 것(대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결)인바, 청구법인이 특수관계에 있는 OOO과 체결한 쟁점변경계약서상 총계약금액은 다음과 같은 이유로 시가로 볼 수 없고, 청구법인 결산서상 총공사예정원가에 동종업종의 평균적인 원가율 등을 감안하여 산정한 시가를 기준으로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 다음과 같은 이유로 정당하다.

   (가) 건설용역의 경우 총도급금액을 결정함에 있어 당해 현장별로 특수한 사정에 따라 인적·물적요소에 대한 가격을 개별적으로 고려하여야 할 것이나, 청구법인이 제시한 OOO이 비특수관계자인 OOO과 체결한 아파트 건설 도급계약상 평균 건축단가 내지 OOO에서 2015년 발간한 건물신축단가표상 분양을 목적으로 하는 신축 아파트의 평균 건축단가의 경우 쟁점사업 공사현장의 특수한 사정(공정내용, 공사자재 등)에 의한 인적·물적 가격 등이 유사한 것으로 볼 수 없어 시가로 인정할 수 없다.

  (나) 청구법인은 OOO과 임대용 아파트 용도의 쟁점도급계약을 체결하였다가 일반 분양아파트로 건축허가가 변경됨에 따라 자재비 단가 변경(노무비, 경비는 변경 없음) 등의 요인이 있어 쟁점변경도급계약을 체결하여 도급금액을 증액한 것으로 쟁점변경도급계약상 도급금액이 시가에 부합하는지 여부는 계약내용대로 증액된 자재비가 정당하게 증액되었는지를 우선적으로 판정한 후, 적정 순공사원가 증가분에 원가율 등을 감안하여 적정 도급금액 증가분을 산정하여야 할 것인바, 처분청은 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제4항 제2호 규정에 따라 청구법인의 감사받은 재무제표상 쟁점공사 공사진행률 산정시 적용된 총공사예정원가를 인정한 후 청구법인이 조사 과정에서 제시한 건설업협회 원가율 0.908을 감안하여 쟁점변경도급계약상 시가를 산정하였다.

   (다) 이 건 쟁점사업 관련 실지 총공사원가는 OOO원(매입세액 포함)으로 청구법인이 공사진행률 산정에 적용된 총공사예정원가보다 오히려 줄어든 것으로 나타나고, 청구법인은 주택 건설업을 전문적으로 시행하는 업체로 총공사예정원가를 실지 원가에 근접하게 추정할 수 있었음에도 위와 같이 별다른 사유 없이 총공사원가를 과다하게 책정하여 도급금액을 증액한 것은 경제적 합리성을 결여한 비정상인 거래행위로 볼 수 있다.

   (라) OOO은 쟁점사업 공사 외의 타 현장에서는 별다른 이익이 발생하지 않았고, 쟁점공사 관련 이익에 상당한 이익이 발생되어 재무구조가 개선됨에 따라 기업평가 등급이 과거에 비해 상향된 것으로 나타나는바, 이는 청구법인이 OOO에 쟁점변경도급계약으로 이익을 분여한 사실을 반증하는 것이다.

OOO

  (2) 처분청이 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제4항 제2호 규정에 따라 쟁점변경도급계약의 시가를 산정하여 과세한 처분은 다음과 같은 이유로 타당하다.

   (가) 청구법인은 처분청이 적용한 건설협회 원가율 0.908을 적용한 것이 부당하다고 주장하나, 처분청이 당초 정상시가 산정을 위해 적용할 원가율을 검토하였는바, 비특수관계자들 간의 거래인 OOO 현장의 경우 공사손실이 발생되어 해당 원가율 적용이 타당하지 않은 것으로 판단하였고, 조사 과정에서 청구법인에 요구하여 제출받은 건설업협회 평균 원가율이 가장 유사하면서도 합리적인 것으로 보아 이를 적용하여 시가를 산정하였으며, 청구법인은 이보다 합리적인 원가율에 대해 제시하지 않은 채 단지, 업종이 상이하다는 사유만으로 이 건 시가산정이 부당하다는 주장은 받아들이기 어렵다.

   (나) 청구법인은 민간아파트로의 사업변경으로 공사비 원가상승이 있다고 주장하면서도 임의로 시가와 관계없는 터무니 없는 금액으로 자재비 단가를 증액시킨 공사원가내역서(2차)외에는 자재비 상승 자료(단가 변경근거), 사업변경에 따른 재하도급업체에 대한 공사변경내역, 시공사 및 시행사간 도급금액 협상자료 등 원가상승 요인이 있었다는 점을 입증할 수 있는 어떠한 근거자료도 제시하지 못하고 있고, 실제 투입원가는 당초 총공사예정원가보다 적은 금액인 사실이 나타나는 등 청구법인은 쟁점변경도급계약시 별다른 원가상승 요인 없는데도 임의로 도급금액을 증액하는 등 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 방법으로 청특수관계에 있는 OOO에 이익을 분여한 것으로 볼 수 있다.

   (다) 조사청 조사 및 심판과정에서 청구법인은 3개의 원가계산서를 제시하였는바, 청구법인은 도급금액 변경시(2015.12.28) 작성한 원가계산서(순공사원가 OOO원)상 도배공사비 단가입력 오류를 인정하고 있는바, 동 원가계산서는 쟁점변경도급계약서의 근거로서 동 계약상 도급금액 또한 그 비율만큼 잘못된 것으로 보아야 하므로 이 건 도급금액이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것으로 보아야 한다.

OOO

   (라) 청구법인은 순공사원가를 OOO원으로 집계한 원가계산서에 자재매입세액 OOO원이 포함되어 있지 않다고 주장하나, 동 순공사원가 관련 세부명세나 내역을 제시한바 없어 그 근거를 확인할 수 없고, 동 순공사원가는 외부감사인의 감사를 받은 재무제표에 계상된 가액으로 작업진행률 계산시에 적용하는 공사총예정원가는 기업회계기준상 계약원가로 계약직접원가, 계약공통원가, 기타원가로 구성되어 있으며, 계약체결일로부터 계약의 최종완료일까지의 기간에 당해 계약에 귀속될 수 있는 원가를 전부 반영한 것으로 보아야 할 것이어서 청구법인 주장대로 자재매입세액이 제외된 순공사원가와 일치되는 금액이 아니라, 자재매입세액을 포함한 당해 계약에 귀속될 수 있는 원가를 전부 반영한 최종공사원가 합계와 대응되는 금액으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인(시행사)이 특수관계에 있는 법인(시공사)에게 시가보다 높은 가액의 아파트건설용역 대가를 지급한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 사정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 법인세법 시행령

 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율․요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. ｢상속세 및 증여세법｣ 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 ｢조세특례제한법｣ 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

다. 사실관계 및 판단

  (1) 처분청이 이 건 과세처분의 근거로 제시한 자료는 다음과 같다.

   (가) 조사청 조사 과정에서 청구법인이 제출한 당초계약(1차)상 원가계산서와 변경계약(2차)상 원가계산서의 공종별 원가내역서 및 자재비 단가 변경내역은 아래 <표3>과 같다.

  (나) 처분청은 이 건 조사청에서 청구법인에게 쟁점변경도급계약시 자재비 등 원가 상승요인과 구체적 증빙을 제출하여 줄 것을 요구하였으나, 청구법인이 어떠한 자료도 제시하지 아니하였다는 의견이다.

   (다) 청구법인이 2014∼2016사업연도 결산서상 작업진행률 계산 에 적용된 총예정원가(계약원가)보다 실제 공사비는 아래 <표5>와 같이 적게 투입되었다.

OOO

   (라) 이 건 쟁점도급계약 및 쟁점변경도급계약상 도급금액에서 실제 투입원가를 차감한 공사이익 내역은 아래 <표6>과 같다.

OOO

   (마) 처분청은 청구법인이 OOO에 이익을 분여하였다는 근거로 쟁점사업 공사 외의 타 현장에서는 별다른 이익이 발생하지 않았으나, 쟁점공사 관련 상당한 이익이 발생되어 재무구조가 개선되었다고 주장하며 그 근거로 OOO의 OOO에 대한 신용평가 내역을 제시하였는바, 주요내용은 아래 <표7>과 같다.

OOO

  (2) 청구법인이 이 건 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하며 제시한 자료는 다음과 같다.

   (가) 청구법인이 제시한 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제1항 규정에 따른 쟁점아파트 건설용역 제공에 대한 시가 및 쟁점변경도급계약상 평균 건축단가 내역 등은 아래 <표8>과 같고, 이에 대한 근거로 OOO 보도자료(2015.9.17.), 국토교통부의 건물신축단가표 발간알림 공문 사본, 국토교통부 고시문(2014.9.1.)을 각 제시하였다.

OO

   (나) 청구법인은 처분청이 쟁점변경도급계약의 순공사원가는 OOO원임에도 실제 투입원가는 OOO원이라는 사실을 근거로 이 건 청구법인이 쟁점사업 도급급액을 증액하여 OOO에게 이익을 분여하였다는 의견을 제시하였는바, 실제 당초 예상보다 적은 금액의 원가가 투입된 사유는 청구법인의 공기단축 등 스스로의 노력에 의하여 쟁점변경도급계약상 쟁점아파트 사용검사예정일 기한인 2017.9.30.보다 단축된 기간에 공사를 완료하고, 2017.3.8. 사용검사확인을 받았기 때문이라고 주장하며, 그 근거로 OOO의 “주택건설사업 사용검사 통지문 사본”을 제시하였다.

   (다) 쟁점사업 관련 3개 공사원가계산서(당초계약, 변경, 재무제표)를 제시하였는바, 재무제표상 공사진행률 산정에 적용된 원가계산서(순공사원가 OOO원)에 의하면, 순공사원가에 일반관리비 OOO원(순공사비의 5.98%), 이윤 OOO원[(노무비+경비+일반관리비)의 10%]을 합한 공급가액 OOO원에 자재매입세액 OOO원(OOO원/3.3㎡)을 합한 총공사비 OOO원(OOO원/3.3㎡)으로 각 기재된 사실이 나타난다.

  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

 ｢법인세법｣ 제52조에서 정한 ‘부당행위계산 부인’이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2007.12.13. 선고 2005두14257 판결, 대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결 등 참조).

  한편, ｢법인세법 시행령｣ 제88조 제1항 제7호에서 부당행위계산 부인 사유의 하나로 “금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율․요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우”를 들고 있고, 위 경우 시가로 제89조 제2항 제1호(｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 의한 감정평가법인이 감정한 가액) 및 제2호(｢상속세 및 증여세법｣ 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 ｢조세특례제한법｣ 제101조를 준용하여 평가한 가액)를 적용하되, 이를 적용할 수 없는 경우로서 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(이하 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액을 적용하도록 규정(제89조 제4항 제2호)하고 있다.

  그리고, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ’시가‘에 대한 주장·증명책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에 있다고 할 것이다(대법원 2004.10.15. 선고 2003두5235 판결, 대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

  처분청은 청구법인이 특수관계에 있는 OOO과 2014.3.5. 쟁점도급계약을 체결하였다가 별다른 원가상승 요인없이 쟁점변경도급계약을 체결하여 공사도급금액을 증액하여 주었고, 쟁점사업 건설용역 제공의 시가를 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제4항 제2호 규정에 따라 산정한 금액과 쟁점변경도급계약상 실제 도급금액과의 차액에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금산입하여 과세하였는바, 처분청 의견대로 쟁점변경도급계약이 원가상승 요인이 없는 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래로 본다 하더라도 부당행위계산부인 적용시 익금에 산입할 금액은 시가와 대가와의 차액으로 시가에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것으로, 처분청이 ｢법인세법 시행령｣ 제89조 제4항 제2호 규정에 따라 시가를 산정하기 위해 적용한 ‘건설업협회 원가율’(0.908)은 토목, 건축, 산업, 토공, 석공, 비계, 기계설비, 상하수도, 철도, 수중, 철강, 삭도, 준설, 가스, 난방공사 등 30여개의 서로 다른 여러 공종별 유형의 전국 11,220개 종합건설업체 공사실적을 총망라하여 계산된 평균원가율로서 업종 및 공사규모 등이 상이하여 청구법인이 OOO로부터 제공받은 아파트 건설용역공사에 직접 적용하는 것은 합리적이지 않은 것으로 보이는 점, 부당행위계산 부인 적용시 시가 산정의 입증책임이 있는 처분청은 건설업협회 평균원가율 이외에 이 건에 적용할 합리적인 원가율 등을 제시하지 못하고 있는 점, 청구법인이 특수관계에 있는 OOO과 체결한 쟁점변경도급계약상 3.3㎡당 건축단가(OOO원)는 건설용역 제공기간이 중첩되면서 OOO이 비특수관계자인 OOO과 체결한 아파트 건설 도급계약상 3.3㎡당 건축단가(OOO원) 내지 OOO 보도자료(2015.9.17.)에 의한 3.3㎡당 건축단가(OOO원)와 비교할 때 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래로 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.