OOO세무서장이 2018.4.19. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제율을 64%로 적용하고, 취․등록세 OOO원을 필요경비로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
이 유
1. 처분개요
가. 청구인은 2001.6.12. OOO을 정OOO과 공동으로 취득하고, 건물철거 후 2002.7.25. 위 토지 중 339.5㎡에 제1종 근린생활시설 및 다가구주택 1,320.5㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 소유하다가 2010.8.30. 쟁점부동산을 OOO원에 양도한 후 2011.9.26. 토지 취득가액을 OOO원 및 건물 취득가액을 OOO원 합계 OOO원으로 하고, 다가구주택 부분 중 401호 78.37㎡를 1세대 1주택 비과세로 하여 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였으나 납부하지 아니하였다(처분청은 2012.1.9. 청구인에게 양도소득세 OOO원을 무납부 경정․고지하였고, 청구인은 2013.5.6. 이를 납부하였음).
나. 처분청은 2018.3.8.～2018.4.11. 기간 동안 양도소득세 조사를 실시하여, 쟁점부동산의 취득가액을 종합소득세 신고서상 장부가액인 OOO원[토지가액 OOO원, 건물가액 OOO원 합계 OOO원(2004년 기준)에서 감가상각비 OOO원을 차감]으로 하고, 다가구주택 부분도 1세대 1주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 장기보유특별공제율을 24%로 적용하여 2018.4.19. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.18. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 쟁점건물의 신축공사에 아래 <표1>과 같이 OOO원의 공사비가 실제 소요되었으므로 감가상각비 OOO원을 차감한 OOO원을 쟁점건물의 취득가액으로 인정하여야 한다.
OOO
(가) 청구인은 쟁점건물 신축시 구건물 철거를 포함하여 모든 공사진행 및 완료업무(신축 인․허가포함)를 OOO(이하 “OOO”이라 한다)와 진행하였는바, 쟁점건물을 당초 OOO원에 신축하는 것으로 하고, 건축설계비용 OOO원을 포함하여 설계변경과 자재추가 등으로 OOO원을 지급하였으며, 민원발생 해결 및 건물외부공사 등으로 OOO원을 추가로 지급하였고, 쟁점건물 4층과 5층의 당초 시공된 창호가 단열창으로 난방효과가 부족하다고 하여 보강공사 대금으로 OOO원을 지급하였으며, 공사감리와 관련하여 OOO원을 OOO의 다른 소장인 권OOO에 감리의뢰하여 지급하였다.
(나) 쟁점건물의 총공사비 OOO원 중 OOO원은 OOO의 직원인 서OOO에 계좌이체(수표지급 포함)하였고, 현장 관리소장인 김OOO에게 OOO원을 계좌이체(수표지급 포함)하였는바, 수표로 지급한 금액은 당시 청구인이 자산취득 등 다른 용도로 지출할 일도 없었고 더욱이 청구인은 쟁점부동산으로 인해 과중한 채무에 시달려 개인회생을 신청하는 계기가 되었기 때문에 굳이 다른 지출이 일어날 수 없는 상황이었으므로 쟁점건물의 신축에 실제 소요되었음을 인정하여야 한다.
(2) 쟁점부동산의 취득과 관련하여 지방세 세목별 과세(납세) 증명서에서 2001년 및 2002년 취․등록세 OOO원이 지출된 것으로 나타나므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다.
(3) 쟁점부동산의 다가구주택 부분(2, 3, 4, 6층) 증 4층 401호 78.37㎡는 1세대 1주택에 해당하므로 이의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제율을 64%로 적용하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 쟁점건물의 실제 신축비용에 관한 객관적인 증빙이 없으므로 청구인이 쟁점건물 임대소득에 대한 종합소득세 신고시 장부가액 OOO원(당초 건물가액 OOO원-감가상각비 OOO원)을 쟁점건물의 취득가액으로 봄이 타당하다.
(가) 청구인이 쟁점건물 신축 후 종합소득세 신고시 토지의 취득원가를 OOO원에서 OOO원으로 증액하여 신고한 것에서 드러나듯이 심판청구시 제출한 2001년 지급 상세내역의 OOO원 중 상당부분이 토지의 취득원가에 포함된 것으로 보이고, 청구인이 김OOO에게 이체 또는 수표로 지급하였다는 OOO원은 김OOO이 쟁점건물 신축공사에 어떻게 관여하였는지 알 수 없으며, 청구인이 쟁점건물을 신축한 동일한 시기에 청구인의 여동생인 정OOO이 쟁점건물과 연접하여 OOO의 다가구 및 근린생활시설(이하 “OOO“이라 한다)을 신축한 점, 청구인의 쟁점건물과 동일한 시공자인 OOO에서 OOO을 시공한 점 등 여러 가지 사정을 살펴보면, 청구인이 제출한 2001～2003년 수표이체 및 귀속 불명확한 금액이 모두 실제 쟁점건물 신축에 소요된 공사비용인지 알 수 없고, 정OOO과의 금전거래에 의한 것이거나 특별한 사정에 의한 제3자에게 지급한 것일 가능성을 배제할 수 없다.
(나) 청구인은 당초 세무조사시 최초공사비 OOO원과 추가공사비 OOO원의 합계 OOO원을 공사비용이라고 소명한 점, 심판청구시 청구인이 주장하는 총 공사비용 합계 OOO원 중 지급 상세내역상 2002.9.23. 수표 이체한 OOO원은 당초 조사시 소명자료에도 없는 금액인 점, 심판청구시 제출한 공사비 총괄견적서상 총합계 금액(OOO원)과 조사시 제출한 공사비 총괄표상의 금액(OOO원)이 다른 점, 2000년 초반 쟁점건물의 평당 공사비용이 OOO원에 육박하여 지나치게 높은 점, 2002년도에 쟁점건물이 준공되었으나 2001～2004년까지 4년에 걸쳐 공사비를 지급한다는 것이 통상적이지 아니한 점, 쟁점건물 신축공사의 공사비 내역상 건축, 전기, 기계(설비), 토목공사 복사본은 당초 조사시에 제출하지 아니하고 육안상으로도 실제 공사당시 작성된 것으로 보이지 않는 점 등에 비추어 청구인이 주장하는 쟁점건물의 공사비를 취득가액으로 인정할 수 없다.
(2) 쟁점부동산의 취득과 관련하여 지방세 세목별 과세(납세) 증명서에서 2001년 및 2002년 취․등록세 OOO원이 지출된 것으로 나타나므로 당초 필요경비로 인정한 OOO원에서 추가하여 OOO원을 필요경비로 보아 양도소득세를 경정할 예정이다.
(3) 쟁점부동산의 다가구 주택 부분(2, 3, 4, 6층, 실질적으로는 4층 이상이어서 다세대 주택임) 증 4층 401호 78.37㎡는 청구인이 2년 이상 거주요건을 갖추지 아니하여 비과세 대상이 아니나, 1세대 1주택에는 해당하므로 이의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제율을 64%로 적용함이 타당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 쟁점건물의 취득가액을 종합소득세 신고시 장부가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
② 쟁점부동산의 취․등록세를 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장의 당부
③ 쟁점부동산의 401호가 1세대 1주택으로 장기보유특별공제율 64%를 적용함이 타당한지 여부
나. 관련 법령
(1) 소득세법
제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 소득세법 시행령
제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점건물의 건축물관리대장 및 처분청의 조사복명서 등에 의하면, 쟁점건물은 2002.4.8. 건축허가를 받아 2002.7.25. 사용승인 되었고 면적 및 용도는 아래 <표2>와 같이 나타난다.
OOO
(2) 처분청은 청구인이 아래 <표3>과 같이 복식부기의무자로서 재무제표를 일관되게 기장하였고 그것을 기초로 종합소득세를 신고하면서 쟁점건물부분에 대한 감가상각비 계상액을 필요경비로 산입하였으며, 기장한 장부가액을 실지거래가액으로 볼 수 없는 객관적인 증빙자료의 제시가 없는 점 등을 종합하여 볼 때 쟁점건물의 취득가액을 감가상각비를 차감한 장부가액으로 산정함이 적정하다는 의견이다.
OOO
(3) 청구인은 쟁점건물 신축공사에 실제 공사비로 OOO원이 소요되었다고 주장하며, 당해 대금을 아래와 같이 OOO의 직원인 서OOO에게 OOO원, 현장관리소장이었던 김OOO에게 OOO원을 계좌이체하거나 수표로 지급하였다고 소명하고 있다.
(가) 청구인은 서OOO이 OOO의 직원이므로 개인계좌로 송금하여도 무방할 것이라고 생각하여 아래 <표4>～<표7>과 같이 계좌이체 또는 수표 등으로 지급하였다.
OOO
OOO
OOO
OOO
(나) 쟁점건물 신축공사의 현장 관리소장이었던 김OOO에게 아래 <표8>과 같이 OOO원을 계좌이체 또는 수표로 지급하였다.
OOO
(3) 청구인은 쟁점부동산의 다가구주택 부분(2, 3, 4, 6층) 중 4층 401호(78.37㎡)는 1세대 1주택에 해당하므로 이의 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제율을 64%로 적용하여야 한다고 주장하며, 아래 <표9>～<표10>과 같이 401호의 취득가액 및 양도가액을 면적비율로 안분하여 산정하고 있다.
OOO
OOO
(4) 청구인이 쟁점건물의 401호에서 2년 이상 거주하지 아니하였으나 동 호가 1세대 1주택에 해당한다는 사실과 청구인이 쟁점부동산의 취득과 관련하여 2001년 및 2002년 취․등록세 OOO원을 납부한 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없다.
(5) 청구인이 제출한 OOO중앙지방법원의 결정(2009회단78, 2009.7.10. 선고)에 따르면, 청구인은 자산으로 쟁점부동산 OOO원 상당이 있고, 임대사업 준비 및 동생 정OOO 사업장에 사업자금 제공 등을 위하여 부담한 총부채는 OOO원에 이르러 부채가 자산을 초과하여 파산의 원인이 생겼으므로 회생절차를 개시한 것으로 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있는바, 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자가 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수 있는 것은 아니다(대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결).
그러나 납세의무자는 양수도거래 당사자로서 매매계약서, 영수증, 대금지급자료 등을 직접 소지하고 있거나 손쉽게 구하여 실지거래가액을 증명할 수 있을 것으로 기대되므로 과세관청은 반드시 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재를 실지거래가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 입증하면 족하다고 할 것이며, 그러한 상당한 사정이 입증된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세의무자 측에서 장부의 기재가 실지거래가액에 대한 다른 증빙자료를 제시하거나 장부를 실제와 달리 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 장부가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없는 사정을 입증하여야 한다고 봄이 상당하다.
이 건의 경우 청구인이 쟁점부동산을 사업용 자산으로 사용하면서 장부에 취득원가와 감가상각비 등을 계상하여 온 사실이 있고, 청구인이 제출한 최종공사비 총괄견적 정산서, 공사총괄표, 건축철거․설계․감리계약서 및 공사대금 지급내역서 등에서 거래상대방이나 금액 등이 모두 확인되는 것은 아니며, 쟁점건물의 완공시기와 공사대금 지급시기가 상이한 점, 쟁점건물의 신축시에 청구인의 여동생이 인접하여 건물을 신축하였고 시공자가 같은 점 등에 비추어 위 증빙자료에 의한 공사금액이 쟁점부동산의 실제 건축에 소요된 공사비라고 보기는 어려우므로, 처분청이 쟁점부동산의 취득가액을 종합소득세 신고서상 장부가액으로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인이 제출한 지방세 세목별 과세(납세)증명서에서 쟁점부동산과 관련하여 2001년 및 2002년 취․등록세 OOO원이 납부된 것으로 나타나므로 처분청이 이미 인정한 OOO원에서 추가하여 OOO원을 필요경비로 하여 이 건 양도소득세를 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 쟁점부동산의 주택 부분(2, 3, 4, 6층) 증 4층 401호 78.37㎡는 청구인이 2년 이상 거주요건을 갖추지 아니하여 비과세 대상이 아니나, 1세대 1주택에는 해당하므로 장기보유특별공제율을 64%로 적용하여 이 건 양도소득세를 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
