1. 처분개요

가.청구법인은 2006.6.1. 주식회사 OOO(변경 전의 상호는 주식회사 OOO)의 인적분할로 설립되어 화장품 제조․판매업을 영위하고 있고, 2012년～2016년 기간 동안 아래의 거래를 하였다.

 (1)청구법인은 2012년～2016년 기간 동안 매년「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”이라 한다)상 지주회사인 주식회사 OOO(2006.6.1. 인적분할 후의 존속법인이고, 이하 “쟁점모회사”라 한다)과 용역계약(이하 “쟁점전체용역계약”이라 한다)을 체결하여 아래 <표1> 기재와 같이 쟁점모회사의 7개 소속 부서OOO로부터 공급가액 OOO상당의 쉐어드서비스용역(이하 “쟁점전체용역”이라 한다)을 공급받은 후, 부가가치세 신고시 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하고 법인세 신고시 매입액을 손금에 산입하였다.

<표1> 쟁점전체용역계약의 범위

※쟁점전체용역계약서의 제2조에 기재된 것

 (2)청구법인은 2013년 제2기～2015년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO주식회사 등 거래처 4곳으로부터 OOO뷰티사업장의 지상에 건물명이 ‘OOO’인 2층 건물(1층은 OOO2층은 전시실의 용도이고, 이하 “OOO건물”이라 한다) 신축공사용역을 공급받는 것으로 하여 공급가액 OOO상당의 매입세금계산서를 발급받은 후, 부가가치세 신고시 관련된 매입세액 OOO을 매출세액에서 공제하였다.

나.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.9.7.～2017.11.27. 기간 중 법인통합조사를 실시한 결과, 아래 <표2> 기재와 같이 쟁점전체용역 중 합계 OOO이 청구법인의 업무와 무관한 비용에 해당되어 관련된 부가가치세 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하며, OOO건물의 1층 OOO가 부가가치세가 면제되는 미술관 또는 박물관의 용도에 해당되어 관련된 부가가치세를 불공제하여야 한다고 보아 부가가치세 및 법인세를 부과하도록 처분청에게 과세자료를 통지하였고, 처분청은 이에 따라 합계 OOO의 부가가치세 매입세액을 불공제하고 합계 OOO의 매입액을 손금불산입하여 2018.7.6., 2018.7.9 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO(2013년 제1기분 OOO2013년 제2기분 OOO2014년 제1기분 OOO2014년 제2기분 OOO2015년 제1기분 OOO2015년 제2기분 OOO2016년 제1기분 OOO2016년 제2기분 OOO, 법인세 합계 OOO(2013사업연도분 OOO2014사업연도분 OOO2015사업연도분 OOO2016사업연도분 OOO)을 각각 경정․고지하였다.

<표2> 쟁점용역 내역

(단위 : 백만원)

※2012사업연도의 부회장 인건비 OOO백만원 : 이 건 과세처분에서 제외된 것으로 보임

다.청구법인은 이에 불복하여 2018.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점용역비는 청구법인의 업무와 관련하여 지출된 것이므로 그 부가가치세 매입세액과 매입액은 공제대상이다.

 쟁점모회사는 청구법인을 포함한 동일 그룹내 계열사들의 지주회사(공정거래법 공정거래법상 일반지주회사)로, 정관 제2조 제5호․제7호에서 ‘경영자문 및 컨설팅업’, ‘시장조사 및 경영상담업’을 사업목적으로 규정하고 있고 이에 따라 각 계열사들에게 경영자문용역 등을 제공하고 있다. 다른 기업집단의 경우 각 계열사들이 서로 다른 업종을 영위하고 있어서 계열사별로 지원조직을 두고 있는 반면에, 청구법인이 속한 그룹의 경우 계열사들은 화장품사업(제조․판매업)만을 영위하고 업무지원 등 중복기능은 지주회사인 쟁점모회사에 두어 계열사들에게 해당 기능을 제공하고 있고, 이는 계열사들이 하나의 사업(화장품사업)을 영위하고 지주회사가 지원업무를 수행하는 것이 효율적이기 때문이다.

  (가)쟁점모회사의 경영진단1․2팀이 제공한 경영진단컨설팅은 청구법인 소속 부서의 경영개선 등을 위해 제공되었다.

    경영진단컨설팅은 쟁점모회사(경영진단1․2팀)가 아래 <표3> 기재와 같이 2012년～2016년 기간 동안 청구법인의 특정 부서별 경영정보, 사업전략 및 운영상황을 검토하여 파악한 위험요소에 대한 개선방안(솔루션, 사업혁신)을 제안한 것으로, 쟁점모회사가 청구법인에게 ‘컨설팅용역을 제공’한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 이견이 없다. 한편 쟁점모회사는 위 기간 동안 청구법인에게 12건의 용역결과보고서를 제공하였다.

<표3> 쟁점용역 중 경영진단컨설팅의 내역

※2012년․2013년 용역분 : 이 건 과세처분 대상이 아님(이를 제외하면 9건)

    쟁점모회사는 각 계열사들에게 전문적인 경영진단컨설팅을 제공하기 위하여 2015.12.31. 현재 경영진단팀 소속의 직원 14명 중 6명을 외부의 컨설팅전문기관OOO소속으로 근무하던 경력자로, 나머지 8명도 청구법인 또는 다른 계열사의 소속으로 근무한 경력이 있는 직원들로 채용하였다. OOO회계법인으로 별도의 전문적인 컨설팅 조직을 가지고 주로 경영진단 컨설팅 용역을 제공하고 있는바, 쟁점모회사의 경영진단팀은 이러한 컨설팅전문기관에서 근무한 경력자가 소속직원의 30%～40% 상당이고, 나머지 직원들도 그룹내 계열사의 현업부서에서 경험과 전문성을 갖추었다. 더욱이 이처럼 전문컨설팅회사에서의 경력자들과 현업부서에서의 경력자들 간에 서로 지식․경험을 공유하는 시너지효과로 청구법인 등 계열사들에게 더욱 전문적이고, 해당 분야의 특성에 부합하며, 실현 가능한 개선방안을 제시할 수 있었다.

  쟁점모회사는 서류검토만을 거쳐 용역결과를 도출한 것이 아니라 장기간의 진단준비를 거쳐, 청구법인 등 계열사 소속의 임원들과 회의(Kick-off 미팅)를 시작으로 지속적인 협의를 하고, 관련된 자료를 검토하며, 타사의 사례들을 활용하면서 문제점을 파악하고 개선방안을 모색하는 절차를 거치는데, 이는 컨설팅전문회사가 경영자문을 제공하는 방법과 동일함. 또한 경영진단결과가 도출된 후 6개월 후에 그 결과가 어떻게 반영되는지를 점검하고, 다시 그 6개월 후에 최종적인 점검을 하고 있다.

  예컨대 청구법인에는 OOO등과 유사하게 전국에 소재한 OOO매장에서 커피, 녹차 등의 판매를 담당하는 ‘OOO부서’가 있고, 쟁점모회사는 2014년 해당 부서에게 경영진단 컨설팅용역을 제공하고 39쪽에 달하는 용역보고서를 제공하였다. 동 보고서에는 다른 컨설팅전문회사도 사용하는 경영진단기법으로, 판매채널OOO별 손익분석으로 상품의 성장유인을 파악하고 사업부의 운영형태를 분석하고 판매채널별 고객현황 분석 등을 통한 문제점을 분석하여 OOO부서에게 매출확대 및 손익개선을 위한 구체적인 방안으로 ‘주부․대학생 고객층 확대를 위한 상권 출점 계획의 필요, 자가 음용고객을 대상으로 한 포장 방법의 변경 등’을 제시하였다. 청구법인은 쟁점모회사으로부터 경영진단을 받으면 담당부서를 정하여 쟁점모회사가 제안한 개선책을 참고하여 문제점을 해결하고 있는데, OOO부서에 대한 경영진단의 경우 해당 부서로 하여금 구체적인 실행계획을 마련하여 실행하고 그 결과를 보고 하도록 하고 있는 점에서 모사회그룹의 경영진단 컨설팅용역이 형식적인 것이 아니라 실제로 청구법인이 필요로 하는 것이다.

  요컨대 쟁점모회사는 청구법인에게 경영진단컨설팅을 제공하면서 상세한 경영진단 보고서를 작성하여 제공하였고, 청구법인은 실제로 이러한 경영진단의 결과를 사업에 반영하였음을 감안하면, 동일한 용역을 제공한 제3자에게 그 대가를 지급한 것처럼 쟁점모회사에게 해당 용역에 대한 대가를 지급한 것은 당연히 청구법인의 업무와 관련한 비용에 해당한다. 만약 청구법인이 쟁점모회사로부터 이러한 경영진단컨설팅을 제공받고 있음에도 쟁점모회사에게 아무런 대가를 지급하지 않았다면, 오히려 과세관청에서 쟁점모회사가 특수관계인인 청구법인에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하였을 것이다.

  (나)쟁점모회사의 OOO이 제공한 용역은 청구법인의 인사제도 개선 등을 위해 제공하였다.

    해당 용역은 쟁점모회사OOO가 2014년부터 청구법인에게 임원․팀장급에 대한 인사제도의 개선사항(임원 영문호칭 검토, IPE Scoring․임원 Assessment Tool, 임원 선임․승진체계 및 임원 직급체계 개선 등)에 대한 컨설팅을 제공한 것으로, 그 용역결과물로는 2015년 제공된 ‘임원 선임․승진체계 개선’, ‘임원직급체계 개선’, 및 ‘임원 평가제도 개선’ 등이 있고, 직원을 포함한 그룹 전체의 인사제도 개선 및 조직개편을 담당(임원 평가․관리와 더불어 크게 3가지)한다.

   예컨대 이 중 ‘임원직급체계 개선(팀장급 사업부장 이슈 검토)’은 임원으로 승진하기 전에 인사검증이 필요하므로 팀장급(임원의 아래 직급으로 각 사업부의 장)의 운영방향 개선을 위한 컨설팅으로, 쟁점모회사는 다른 회사의 사례를 파악하여 청구법인의 팀장급 운영시 문제점이 무엇인지를 분석․검토하고, 이를 통하여 ‘임원 승진 후 유예기간’을 두도록 하였고, 그 기간 중 팀장과 임원이 각각 받는 연봉의 중간 수준의 급여를 받도록 하며, ‘임원 체계를 직급 및 직무로 나누어 이원화’하는 등의 개선방안을 제시한 점에서 인사제도 개선 등을 위한 용역비도 청구법인의 업무와 관련한 비용에 해당한다.

  (다)쟁점모회사의 부회장 인건비는 쟁점전체용역 중 처분청이 업무관련성을 인정한 부분에 대한 총괄용역을 제공한 것이다.

    쟁점모회사의 부회장은 각 계열사들에게 앞서 제시한 경영진단 컨설팅용역, OOO컨설팅 용역을 포함한 쟁점전체용역을 수행하는 각 팀의 총괄책임자로, 각 팀으로부터 쟁점전체용역을 보고 받고, 각 팀 간의 업무범위 조정 및 용역보고서의 최종 검토․승인을 담당하는 등 실제로 쟁점전체용역에 관여하고 있고, 청구법인이 쟁점모회사로부터 받은 쟁점전체용역에는 이러한 부회장의 총괄적인 용역도 포함되는 점, 특히 처분청은 쟁점전체용역비 중 쟁점용역비를 제외한 나머지를 업무와 관련된 것으로 보았는데 손금인정된 용역의 최종책임자는 부회장인 점 등에서 부회장의 인건비(관련된 간접비 포함)도 청구법인의 업무와 관련된 비용에 해당한다.

  참고로 쟁점모회사는 부회장의 인건비 중 전체 그룹의 운영․투자 등에 대한 의사결정처럼 쟁점모회사의 부회장으로서 수행하는 업무와 관련된 인건비(예컨대 2015년분의 30% 상당)는 청구법인에게 청구하지 않았다.

  (라)쟁점용역비는 세법상 손금의 요건을 충족한다.

   1) 쟁점용역비는 「법인세법」상의 손금요건을 충족한다.

   「법인세법」제19조 제2항에서 손비는 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실․비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있음을 감안하면, 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 비용(사업관련성)으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것(통상성)이거나 수익과 직접 관련(수익관련성)된 손실․비용은 손금으로 인정된다 할 것이다. 또한 효율적인 기업경영을 위하여 다양한 분야(상품구매․판매관리, 재무관리, 전산, 개발․자산관리, 물류, 인사, 마케팅 등)의 전문성을 가진 경영자문회사와 계약을 체결하여 경영자문용역을 제공받는 것은 매우 일반적이므로 법인이 전문경영자문회사에 지급하는 경영자문료는 특별한 사정이 없는 한 사업관련성 및 통상성을 갖춘 손금으로 인정된다 할 것이다.

   쟁점용역은 청구법인의 경영진단, 인사관리의 분석을 통한 개선방안을 제시하는 것을 목적으로, 청구법인이 쟁점모회사로부터 단순히 컨설팅용역을 받은 것에 더하여, 발견된 문제점에 대한 개선방안을 검토하고 실행 가능한 개선방안을 청구법인의 사업에 반영한 점에서 ‘사업관련성’이 있고, 청구법인으로서는 화장품사업에서 뛰어난 기술력 ․노하우로 지속적인 성장을 하여 왔는데, 만약 외부의 업체에 쟁점용역을 위탁하였다면 영업비밀․노하우 등(예컨대 원가자료, 향후 사업계획 등)이 유출될 가능성이 상존하므로 지주회사인 쟁점모회사로부터 쟁점용역을 공급받던 점(만약 영업비밀 등의 유출을 우려하여 제한된 정보만을 제공하는 방법으로 제3자를 통한 컨설팅을 받을 경우 실효성 있는 용역이 되지 못할 것임)에서 ‘통상성’이 있으며, 청구법인은 매년 쟁점모회사로부터 제공받은 쟁점전체용역을 통하여 확인된 문제점을 개선함으로써 경영상의 효익을 얻어 왔고 이러한 경영개선 활동은 기업의 장기적인 수익창출을 위해 필요한 것인 점에서 ‘수익관련성’도 있는 것으로 보아야 한다.

   특히 청구법인은 지주회사인 쟁점모회사로부터 경영자문컨설팅을 받을 유인이 매우 컸던 점, 쟁점모회사는 전문적인 경영자문컨설팅을 제공할 수 있는 충분한 조직과 인력을 갖추고 있었을 뿐만 아니라, 청구법인의 화장품사업과 관련업계에 대한 이해가 깊었음(오랫동안 관련된 노하우를 축적함)을 감안하면 어떤 제3자보다 청구법인에게 전문적인 경영자문컨설팅을 제공할 자격을 갖춘 점, 2011년 9월 현재 일반지주회사(47개) 중 경영자문료를 수령하는 지주회사(25개)의 비율이 53% 상당인 점(조심 2014전4326, 2015.6.26.) 등에서 쟁점용역은 손금의 특성인 ‘통상성’을 갖춘 것이다.

   2)쟁점용역비는「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라 한다) 상 경영자문용역의 손금요건을 충족한다.

     국조법 시행령 제6조의2 제1항에서 내국법인이 국외특수관계인으로부터 경영자문용역 등을 제공받고 그 대가를 지급하는 경우로서 4가지의 요건을 모두 충족하는 경우에는 그 용역대가를 손금으로 인정하도록 규정하고 있고, 비록 해당 조항이 국제거래에 대한 것이나 해당 요건을 충족한 국내거래도 동 조항에 따른 동일한 용역대가를 손금으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다.

     위 조항을 쟁점용역에 적용하면, 쟁점용역은 청구법인과 용역제공자인 쟁점모회사 간에 매년 업무용역계약을 체결하고 이에 따라 제공된 점에서 동 조항의 ‘용역제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것’을 충족하고, 청구법인은 쟁점용역(특히 경영진단컨설팅)으로 인하여 지속적으로 매출과 영업이익이 증가하는 경영상의 효익을 얻고 있는 점에서 위 조항의 ‘용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것’을 충족하며, 쟁점용역비는 쟁점모회사OOO가 외부에 지출한 자문비에는 이익을 가산하지 않고 그 내부에서 발생한 비용(인건비 등)에 10% 이익을 가산하는 방식(국조법 제5조 제1항 제3호에 따른 원가가산법)으로 산정된 점에서 위 시행령 조항의 ‘제공받은 용역의 대가가 국조법 제5조에 따라 산정될 것’을 충족하고, 청구법인이 이러한 사실을 증명할 수 있는 용역계약서, 컨설팅 결과물, 손익지표, 대가 산정자료 등을 보관하고 있는 점에서 위 시행령 조항의 ‘이러한 요건을 충족한 사실을 증명하는 문서를 보관․비치하고 있을 것’을 충족하므로 쟁점용역비는 국조범 시행령 제6조의2 제1항에 따르더라도 손금으로 인정된다.

   3) 심판결정례에 따르더라도 쟁점용역비는 손금산입 대상이다.

   조세심판원은 과세관청에서 일반지주회사가 자회사에게 경영자문용역을 제공하고 받은 경영자문료에 대하여 실질적인 경영자문을 받은 사실이 없고 경영자문계약에 따라 공급받은 용역이 주주활동의 일환에 불과하다고 보아 업무무관비용으로 손금부인한 사안에 대하여, 법인의 사업관련성이 있는 손실․비용으로서 통상성 또는 수익관련성이 있는 것으로, 법인이 용역을 제공받은 사실이 있고, 제공받은 용역내역 등을 구체적으로 입증하는 경우에는 손금으로 인정하여야 할 것인바, 경영자문영역의 제공자가 공정거래법에 의한 지주회사로서 자회사에 대한 경영자문용역의 제공을 정관상 사업목적으로 규정하고 있는 점, 법인이 지주회사로부터 실제로 제공받은 경영자문 용역을 구체적인 실물과 증빙자료로 제시하고 있는 점에서 경영자문료를 해당 법인의 업무와 관련된 것으로 보았는바(조심 2014전4326, 2015.06.26, 조심 2014서1824, 2015.5.22.), 쟁점용역도 쟁점모회사가 공정거래법에 의한 지주회사로서 정관상 사업목적으로 경영자문․컨설팅업을 명시적으로 규정하고 있는 점, 청구법인이 실제로 쟁점모회사로부터 쟁점용역을 제공받았고, 그 용역내역 등이 증빙서류로 구체적으로 입증되는 점에서 위 심판결정례와 동일하게 컨설팅용역인 쟁점용역을 청구법인의 업무와 관련된 비용에 해당한다.

     또한 조세심판원은 국내자회사가 해외모회사로부터 받은 경영자문용역에 대해서도 국내자회사의 소득발생과의 관련성을 인정하여 그 용역에 대한 대가를 업무무관비용으로 볼 수 없다고 본 점(국심 2005서985, 2006.8.14)에서 청구법인의 업무와 관련성이 있는 쟁점용역도 해당 심판결정례와 동일하게 보아야 한다.

  (마)쟁점용역비가 업무무관비용이라는 처분청의 의견은 부당하다.

   1) 쟁점용역은 쟁점모회사가 지주회사로서 당연히 하는 주주활동(감사․감독)이 아니다.

     주식회사는 ‘소유와 경영이 분리’되고, 그 주주는 원칙적으로 발행주식을 소유할 뿐이지 경영활동에 직접적으로 관여하지 않으며(경영활동은 이사회가 담당함)「상법」에 규정된 주주의 권리(주주총회소집권, 회계장부열람권, 업무 등 검사청구권 등)만을 가지면서 이러한 권리를 행사하기 위한 활동만이 본연의 ‘주주활동’에 해당하는바, 쟁점모회사가 ‘청구법인의 경영정보, 사업전략 및 운영상황을 검토하여 파악한 위험요소에 대한 개선방안을 제안하는 경영자문컨설팅 등인 쟁점용역’은 이러한 주주활동에 해당되지 않는 점에서 쟁점모회사가 청구법인에게 쟁점용역을 제공하고 청구법인으로부터 합당한 대가를 받는 것은 당연하다.

     국조법 시행령 제6조의2 제1항에서 원칙적으로 ‘경영관리’ 등에 관한 용역거래에 대한 대가가 손금으로 인정하도록 규정하면서, 같은 법 기본통칙 4-0…2 제2항에서 ‘주주로서 제공’하는 특정한 용역을 해당 용역거래에서 제외하도록 규정하고 있는데, 그 주주로서 제공하는 용역이란 모회사 소재국의 회계원칙에 따른 재무제표의 작성(1호)․모회사의 보고의무와 관련된 활동(2호)은 ‘모회사 자신의 업무’, 감사․감독업무(3호)는「상법」상 ‘주주의 회계장부열람권․검사청구권’에 각각 대응하는 것인 점, OECD 가이드라인 문단 7.9․7.10에서 주주활동을 ‘다른 계열사에 대한 주주로서의 권한으로, 오직 지분소유의 목적에서만 행하는 활동’으로 정의하고 있고, 이러한 활동으로 지출하는 비용의 예시로서 모회사 자체의 법률적 구조와 관련된 활동비(주주총회, 주권의 발행 및 감독위원회 비용), 연결보고서 작성 등 모회사의 보고․공시의무와 관련된 비용 및 모회사 자신의 지분투자를 위한 자금조달비를 제시하고 있는 점 등에서 자회사(청구법인)가 지주회사(쟁점모회사)에게 지급하는 경영자문에 대한 대가(쟁점용역비)는 해당 용역의 성격이 지주회사의 ‘주주활동’에 해당하지 않는 이상, 자회사의 손금으로 인정되어야 한다.

     이러한 법리와 더불어 쟁점용역은 청구법인에 대한 경영진단, 인사제도 등의 현황분석, 타사 사례 분석 등을 통한 문제점 확인 및 이에 대한 개선책 제시 등으로 구성된 ‘청구법인의 경영환경 개선을 위한 용역’으로, 「상법」또는 국조법 상의 ‘쟁점모회사(주주)의 주주활동’과는 구별되는 점, 앞서 제시하였듯이 쟁점모회사는 보다 전문적인 경영자문컨설팅을 제공하기 위하여 외부의 컨설팅전문기관에서 근무하였던 경력자를 채용하는 한편, 외부업체OOO로부터 특정부분의 용역을 제공받기도 했는데, 만약 쟁점모회사가 단순히 청구법인에 대하여 주주활동(감사․감독업무 등)만을 수행한 것이라면 이러한 노력을 기울일 필요가 전혀 없었을 것인 점, 특히 쟁점모회사는 ‘주주활동’을 수행하는 별도의 부서로서 감사팀(「상법」상 회계장부열람권 등에 해당하는 감사․감독업무 수행)을 두었고, 청구법인은 쟁점모회사에게 감사팀의 업무에 대한 대가를 지급한 사실이 없는 점 등에서 청구법인은 쟁점모회사의 주주활동과 쟁점용역의 제공을 명확히 구별하여 후자에 대해서만 대가를 지급하였으므로 쟁점용역은 지주회사인 쟁점모회사의 주주활동(자회사인 청구법인에 대한 감사․감독)이 아니다.

   2)쟁점모회사가 청구법인의 경영진단 대상부서를 선정한 것을 이유로 경영진단컨설팅 용역의 업무관련성을 부인할 수 없다.

   처분청은 쟁점모회사가 해당 용역의 대상부서를 결정하고, 그 결과를 청구법인이 아니라 쟁점모회사의 최고경영층에 보고하고 있다는 이유로 쟁점용역을 통상적인 경영진단으로 볼 수 없다는 의견이나, 앞서 제시하였듯이 쟁점용역이 지주회사인 쟁점모회사의 주주활동에 해당하지 않는 한, 자회사인 청구법인의 손금으로 인정되어야 할 것인데, 경영진단컨설팅이 주주활동에 해당하는지 여부는 해당 용역의 내용으로 하는 판단하는 것이지 경영진단의 대상부서를 누가 선정하는지 여부로 판단하는 것이 아니다. 청구법인과 쟁점모회사는 매년 계약을 체결하여 쟁점모회사가 청구법인에게 경영진단컨설팅을 제공하고 있는데, 청구법인의 소속 부서 중 어느 곳이 경영진단을 받을지 여부는 청구법인과 쟁점모회사가 서로 협의하여 정하고 있고(각 부서의 의견을 받는 경우도 있음), 설령 쟁점모회사가 이를 정하였다고 하더라도 예컨대 모회사가 자회사의 경영진단이 필요하다고 판단하여 제3자가 해당 용역을 제공하였다면 그 비용은 당연히 자회사가 부담하는 것이지 그 필요성을 모회사가 제기하였다 하여 이를 모회사의 비용으로 볼 수는 없는 점에서 쟁점용역비가 청구법인의 업무와 관련된 것이라는 성격은 변하지 아니한다.

   3)자회사에 대한 관리․통제는 쟁점용역과 무관하다.

   처분청은 경영진단팀이 제공한 경영진단컨설팅이 ‘자회사에 대한 경영성과 평가․내부통제 및 그룹 전체의 사업상 목표설정을 통한 자회사의 가치극대화’에 해당하는 주주활동이라는 의견이나, 쟁점모회사에서 2015.1.1. 전에는 ‘경영관리팀’(그룹기획 부서) 단독으로, 그 이후에는 ‘그룹기획팀’과 ‘그룹운영팀’이 공동으로 처분청이 제시한 역할을 담당하고 있는 점에서 처분청의 의견은 사실과 다르다.

   또한 쟁점모회사에는 주주활동으로, 그룹기획팀과 그룹운영팀이 자회사의 경영성과, 예산, 목표 수립 등을 담당하고 있고, 청구법인은 이러한 주주활동에 대한 비용을 부담하지 아니한다.

   4)쟁점모회사의 2014.1.1. 조직개편을 이유로 경영진단팀이 그 이후에 제공한 경영진단컨설팅비를 손금불산입하는 것은 부당하다.

     처분청은 경영진단팀이 2014.1.1.부터 쟁점모회사의 회장 직속부서인 감사실로 편입되었다는 이유로 경영진단컨설팅이 이때부터 주주활동에 해당되는 것으로 보아 그 용역대가 중 2012․2013년분은 손금으로 인정하고 2014년분부터 손금불산입한 것이 정당하다는 의견이나, 청구법인은 2012년 이전에도 경영진단팀으로부터 해당 용역을 제공받고 있고 그 대가를 지급하고 있는 점, 경영진단팀은 2014.1.1. 이전에는 쟁점모회사의 다른 부서와 동일하게 부회장실 산하였지만 그 후에는 조직개편으로 감사실이 회장의 직속 부서로 변경되면서 경영진단팀도 감사실에 편입되었으나, 이러한 직제변경과 무관하게 청구법인이 경영진단팀으로부터 제공받은 경영진단컨설팅의 내용(제공범위 등), 계약체결 방식(매년 체결) 등은 그 전․후에 모두 동일하였던 점, 2014.1.1. 조직개편은 단지 부회장과 그 산하의 부서들이 경영진단의 대상이 되어서 정확한 용역제공을 필요로 하였기 때문인 점 등에서 처분청의 의견은 부당하다.

   5)경영진단컨설팅을 반드시 외부전문가로부터 받아야만 하는 것은 아니다.

     처분청은 청구법인이 경영진단컨설팅을 외부전문가로부터 받을 필요가 있었다는 의견이나, 앞서 제시하였듯이 국조법 시행령 제6조의2에서 일정한 요건을 충족한 국제거래로서 특수관계인 간의 경영자문료 등을 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있고, 이는 해당 요건을 충족한 국내거래에도 적용된다고 볼 필요가 있음을 감안하면, 쟁점용역 중 청구법인과 쟁점모회사 간의 경영진단컨설팅계약에도 동일하게 보아야 하는 점, 경영진단컨설팅을 제3자로부터 제공받는 경우 많은 비용이 소요되므로 앞서 제시하였듯이 외부의 경력자를 채용하여 내부직원과 더불어 내부에서 해당 용역을 전담하도록 하는 것이 비용절감 및 양질의 용역제공을 가능하도록 하고, 이는 컨설팅 대상이 브랜드별․판매채널별․진출국가별로 매우 다양한 조합이 구성될 수 있어서 그 때마다 항상 제3자로부터 컨설팅을 받는다면 비용 측면에서 비효율이 발생한다는 점에서 더욱 설득력 있는 점, 다른 기업집단에서도 쟁점모회사의 경영진단팀과 같은 조직을 둔 점OOO 등을 볼 때, 처분청의 의견은 부당하다.

   6)경영진단팀은 전문적인 경영진단컨설팅을 제공할 역량을 갖추었다.

     처분청은 경영진단팀의 소속 직원이 회계법인에서 근무하였던 공인회계사 등으로 구성되었다는 이유로 청구법인에게 전문적인 경영진단컨설팅을 제공할 역량을 갖추지 못하였다는 의견이나, 회계법인은 회계감사 외에도 경영자문 업무를 담당하고 있고, 쟁점모회사가 채용하였던 직원의 소속 회계법인으로, OOO은 매출의 3분의 1 상당이 경영자문컨설팅 용역이고, OOO은 매출의 50% 상당이 같은 용역인 점에서 회계법인 소속의 직원은 경영자문컨설팅 용역의 전문가에 해당하고, 쟁점모회사는 이들과 화장품 산업 전문가인 각 계열사(청구법인 등) 소속의 경력직원이 서로 협력함으로써 발생하는 시너지로 높은 수준의 경영진단컨설팅을 제공할 역량을 갖춘 점에서 처분청의 의견은 사실과 다르다. 참고로 회계법인은 이러한 이유로 경력자를 채용할 때 경영자문컨설팅 용역의 경력자만을 모집한다(회계감사․세무의 경력자는 모집대상이 아님).

   7)지속성장 중인 회사도 경영컨설팅이 필요하다.

     처분청은 청구법인이 중국 내의 한류로 매출증가, 주가상승 등 지속적인 성장을 하고 있다는 이유로 경영진단컨설팅을 받을 필요성이 없다는 의견이나, 성장 중인 회사라도 잠재된 문제점의 개선 또는 지속적인 성장을 위한 경영진단이 필요하고(만약 문제점을 조기에 발견하여 시정하지 않으면 성장을 멈추거나 부실화될 가능성이 있음), 소속 부서 중 매출이 저조하여 손실이 발생하는 부서가 있다면 더욱 그 필요성이 있는바, 청구법인은 실제로 OOO 부서와 같이 영업이익이 저조한 부서에 대한 경영진단이 필요하였다.

   8) OOO은 그룹 전체의 인사업무를 담당하였다.

     OOO은 ‘그룹 전체에 영향을 미치는 인사와 관련한 프로젝트’ 및 수시로 ‘그룹 전체의 인사에 대한 조사․검토 및 개선방안 강구 등’을 담당하였는데, 이러한 업무는 그룹 전체에 영향을 주게 되는 공통업무에 해당하므로 관련된 비용을 각 계열사에 안분하는 것이 타당하다. 예컨대 상향평가(직원이 상급자인 팀장을 평가하는 것) 항목이 무려 100개 상당으로, 그 평가시스템은 OOO이 구축한 것이고, 만약 OOO이 없었다면 청구법인으로서는 전문성을 갖춘 제3자로부터 컨설팅 용역을 제공받았어야 했다는 점에서 해당 평가시스템의 설계는 청구법인의 업무에 해당한다.

   9) 2014.1.1. 그룹의 조직개편 후 그룹의 인사업무는 OOO이 담당하고 있다.

   청구법인이 속한 그룹은 지주회사인 쟁점모회사와 쟁점모회사가 지배하는 화장품 브랜드별 계열사들로 구성되어 있는데, 이 중 가장 큰 규모의 계열사는 청구법인(나머지 계열사들은 청구법인에 비하여 그 규모가 상당히 작음)이고, 쟁점모회사는 각 계열사에 모두 인사부서를 두는 것보다 1개․2개 계열사에만 두어 다른 계열사들에게 인사용역을 제공하는 것이 더 효율적인 것으로 판단하였다. 이에 따라 쟁점모회사와 청구법인에만 인사부서OOO가 있어서 이들이 다른 계열사들에게 인사와 관련한 용역을 제공하였거나 제공하고 있다.

   한편 OOO이 하던 업무(임원의 선임․관리 등)는 당초 청구법인의 OOO에서 하던 것이었으나, 2014.1.1. 그룹의 조직개편을 통하여 쟁점모회사에 OOO이 신설되었고, 종전에 청구법인의 OOO에서 하던 업무는 관련된 인력을 더불어 OOO으로 이관하여 담당하도록 하였다.

   처분청은 종전에 청구법인의 OOO에서 하였던 업무를 조직개편 후에 쟁점모회사의 OOO이 하고 있다는 이유로 이를 주주활동으로 보아야 한다는 의견이나, 조직개편으로 해당 업무의 내용이 달라지지 않는 점, 청구법인의 OOO이 하던 업무를 쟁점모회사의 OOO이 하도록 한 것은 전체 그룹 차원에서 보다 효율적인 업무수행을 기하기 위한 목적이었던 점 등을 감안할 때, 단지 그 수행주체가 지주회사라는 이유만으로 조직개편 전에 계열사인 청구법인이 하던 업무를 주주활동으로 보는 것은 부당하다.

   더욱이 쟁점모회사의 OOO의 ‘임원의 관리’는 임원에 대한 평가의 취합, 정리 및 결과보고이고, 이는 각 계열사들이 해야 하는 업무(이를 지주회사가 하지 않으면 계열사들이 할 수밖에 없음)임에도 지주회사가 해당 업무를 모아서 한다고 하여 주주활동으로 볼 수 없다.

     또한 처분청은 청구법인이 임원관리를 하던 당시에 쟁점모회사로부터 용역비를 수취하지 않았다는 의견이나, 청구법인은 2014.1.1. 조직개편 전에는 OOO에서 임원의 관리업무(현재의 OOO담당)를 수행하고 다른 계열사들과 더불어 쟁점모회사로부터도 용역비를 청구하였던 점에서 처분청의 의견은 사실과 다르다.

   10)쟁점모회사가 회장의 인건비를 청구법인에게 청구하지 않은 것은 부회장 인건비를 손금으로 인정하는 것과 무관하다.

     처분청은 쟁점모회사가 청구법인에게 부회장 인건비만을 청구하고 청구법인이 급여를 지급하고 있는 OOO회장의 인건비를 청구하지 않은 것은 논리적으로 모순되고, 각 계열사들에게 지주회사 소속의 회장과 부회장의 각 인건비 모두를 청구하지 않는 것이 합리적이라는 의견이나, OOO는 지주회사인 쟁점모회사의 회장과 청구법인의 대표이사를 겸직하고 하면서 그룹의 회장으로서 쟁점모회사가 계열사들에게 제공하는 업무를 총괄하고 있는 점에서 쟁점모회사가 계열사인 청구법인에게 청구하여야 할 ‘회장으로서의 OOO인건비’는 청구법인이 이미 ‘대표이사로서의 OOO에게 지급한 급여’에 포함되어 있는 것으로 보아야 한다. 한편 이러한 상황에서 쟁점모회사가 청구법인에게 ‘회장으로서의 OOO인건비’를 청구한다면 청구법인은 이중으로 비용을 부담하는 결과가 된다. 더욱이 청구법인이 OOO에게 ‘대표이사로서의 급여’를 지급하지 않는 대신에 쟁점모회사가 OOO에게 대신 해당 급여를 지급하고 이를 청구법인에게 청구하여 받든지, 청구법인이 OOO에게 직접 해당 급여를 지급하고 쟁점모회사가 청구법인에게 해당 급여를 청구하지 않든지 간에 쟁점모회사와 청구법인의 각 손익에 미치는 영향은 없다.

     쟁점모회사는 부회장의 인건비 중 지주회사의 주주활동에 해당하는 부분은 청구법인에게 청구하지 않고 부회장이 청구법인에 대한 쟁점전체용역(컨설팅)의 제공 및 공통업무를 총괄하는 것과 관련한 비용 중에서 청구법인에게 안분된 것만을 청구하고 있는 점(부회장 인건비의 전체를 청구하는 것이 아님), 부회장은 자신의 산하에 있는 ‘쟁점전체용역의 제공부서’를 관리․감독하고 지주회사인 쟁점모회사가 각 계열사들에게 제공하는 용역을 총괄하고 있는 점 등에서 부회장과 쟁점전체용역의 실무를 담당한 각 팀장을 구분하여 부회장의 인건비는 청구대상이 아니고 팀장의 인건비는 청구대상이라는 처분청의 의견은 부당하다.

 (2)OOO건물의 1층 OOO는 청구법인의 과세사업(화장품 제조 ․도매사업을 위한 기업홍보)의 용도이므로 그 부가가치세 매입세액은 공제대상이고, 최소한 2층 전시실(2,743.48㎡)에 전시되었거나 전시될 전시물을 보관한 면적(1,512.21㎡, 55.12% 상당)에 대해서는 과세사업용으로 보아야 한다.

  (가)1층 OOO는 2층 전시실의 전시품(전시되었거나 전시할 것)을 보관할 목적으로 건축되어 현재 그 목적에 따라 사용 중이므로 2층 전시실과 더불어 그 전체 면적을 과세사업용으로 보아야 한다.

   1) OOO건물의 전체가 면세사업용(박물관․미술관)인지를 판단하여야 하고, 처분청이 2층 전시관을 과세사업용(기업홍보관)으로 인정하였으므로 1층 OOO도 동일하게 보아야 한다.

    OOO는 그 문언 그대로 ‘기록을 보관하는 곳’라는 의미로, 청구법인은 OOO을 준비하는 것을 계기로 청구법인의 사업과 관련한 자료(제품, 내부문서 등)의 수집을 하게 되었는데, 2006년부터 이를 OOO로 명명하였고, OOO건물 전체가 이러한 자료를 보관․전시할 목적으로 건축이 개시되어 2015년 9월 완공되었으며, 2층 전시실에는 6개의 전시실을 두어 청구법인의 그동안 제조․판매한 제품(OOO등 브랜드 화장품, 제품케이스 등)․내부문서(결재문서, 발간지 등)를 전시하고 있고, 처분청은 이를 청구법인의 과세사업용인 ‘기업홍보관’으로 인정하였다(조사당시에는 조사청이 2층 전시실도 면세사업용인 ‘미술관․박물관’으로 보았다가, 과세적부심사의 결정으로 과세사업용으로 인정됨).

    OOO건물 전체가 청구법인 자료의 보관․전시 등을 위한 목적으로 건축된 점에서 그 1층의 OOO도 동일한 목적으로 건축된 것으로 보아야 하고, OOO가 2층 전시실의 아래층에 위치하였다는 점에서 OOO가 전시실에 전시되지 못한 전시물을 보관하기 위한 곳임을 뒷받침한다. 단지 사용초기에 이러한 용도로 전시되지 못한 일부 공간이 남아 있어서 일시적으로 해당 공간에 미술품이 보관되어 있었던 것인 점에서 2층 전시실의 전시품과 동일하게 과세사업용인 ‘기업홍보관’으로 보아야 하는 것이지, 하나의 건물을 1층 OOO와 2층 전시실을 구분하여 전자만 면세사업용으로 볼 수는 없다.

  특히 청구법인은 2017년 12월 서울특별시 용산구 소재의 신사옥을 완공하여 그 안에 미술관을 두었는데, 그 완공시까지 OOO건물의 1층 OOO에 2년 정도(2015년 9월～2017월 12월)의 기간 동안 일시적으로 위 미술관에 이관할 미술품을 보관하였고, 그 보관면적도 전체 OOO면적의 44.9% 상당에 불과하였던 점, 위 미술관 완공 후에는 OOO에 미술품을 보관하지 않은 점 등에서 OOO의 전체 면적은 과세사업용인 기업홍보관으로 보아야 한다.

    한편 청구법인은 위 신사옥의 미술관을 건축하기 전에도 경기도 용인시에 미술관을 두었으나 OOO건물(경기도 오산시 소재)로부터 수십킬로미터 떨어진 경기도 용인시의 미술관의 미술품을 보관할 목적으로 OOO건물의 1층 OOO를 건축하였다고 볼 수는 없다.

   2) 설령 1층 OOO건물에서 분리하여 보더라도 면세사업용인 미술관․박물관의 용도에 해당하지 아니한다.

     「부가가치세법」제26조 제1항 제17호에서 박물관․미술관에 ‘입장’하게 하는 것을 면세대상으로 보도록 규정하고 있으므로, 해당 조항에서는 ‘입장’이 중요한데, OOO건물의 1층 OOO는 박물관 또는 미술관처럼 일반대중의 출입이 금지되어 있는 점에서 해당 조항의 적용여지가 없다.

     「부가가치세법」에는 박물관․미술관에 대한 정의가 없고, 「박물관 및 미술관 진흥법」제2조에서 박물관은 ‘문화·예술·학문의 발전과 일반 공중의 문화향유 및 평생교육 증진에 이바지하기 위하여 역사․고고(考古)․산업 등에 관한 자료를 수집․관리·보존 등을 하는 시설’로, 미술관은 ‘문화·예술의 발전과 일반 공중의 문화향유 및 평생교육 증진에 이바지하기 위하여 박물관 중에서 특히 서화․조각 등 미술에 관한 자료를 수집․관리․보존 등을 하는 시설’로 각각 정의하고 있다. 또한「부가가치세법 시행령」제4조 제1항에서 사업의 구분은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하도록 규정하고 있는데, 한국표준산업분류는 ‘박물관 운영업’을 ‘일반 대중에게 미술 공예품, 조각품 등을 진열하여 관람시키는 일반 또는 전문 박물관 시설을 운영하는 산업활동’으로 정의하고 있고, 이는「박물관 및 미술관 진흥법」에 따른 미술관 및 박물관의 정의와 상통한다. 이러한 박물관과 미술관의 정의를 감안하면 OOO건물 1층의 수장고는 청구법인의 제품․내부기록을 보관하기 위한 목적으로 보는 것이 타당한 점, 일반 대중의 출입이 금지된 점 등에서 박물관 또는 미술관에 해당되지 아니한다.

   박물관․미술관을 설립하기 위해서는「박물관 및 미술관 진흥법」 제16조에 따라 주무부처(문화체육관광부 등)에 설립등록을 하여야 하고, 같은 법 제28조․제29조에 따라 주무부처는 박물관 또는 미술관이 그 시설․관리운영이 같은 법 또는 설립목적에 위배되면 시정요구를 할 수 있으며, 그 등록요건을 유지하지 못하면 등록취소를 할 수 있는 점에서 모든 박물관․미술관이 의무적으로 등록을 하여야 하는데 반하여, OOO는 박물관․미술관에 해당하지 아니하므로 등록의무가 없다. 또한 과세관청은「박물관 및 미술관 진흥법」에 따라 등록된 박물관 ․미술관에 대해서만 그 입장료에 대한 부가가치세가 면제된다고 해석하였는바(국세청 서면3팀-227, 2008.01.29, 서면인터넷방문상담3팀-1089, 2008.05.30), OOO건물은 박물관․미술관으로 등록되어 있지 아니하므로 위 해석이 적용될 여지가 없다.

   국내에는 미술품 보관만을 전문으로 하는 업체들이 있고, 해외에 소재한 일반적인 창고에 보관된 미술품이 상당히 많은바, 처분청의 의견대로라면 이러한 미술품이 보관된 창고를 박물관 또는 미술관으로 보아야 할 것이나, 이는 상식적으로 부합하지 아니한다. 보관업체들이 미술품을 보관하는 장소는 단순히 전문적으로 미술품 보관을 보관하는 창고(특수한 창고)로 보아야 하고, OOO도 같은 목적의 창고로 보아야 하는 것이지, OOO라는 명칭의 창고를 보유하였다고 하여 이를 박물관이나 미술관으로 볼 수 없다.

   더욱이 ‘고미술품, 유물 등을 보관’과 더불어 ’전시’도 하는 시설을 박물관․미술관으로 볼 수 있다 할 것인데, OOO건물의 1층 OOO에 보관되었던 미술품 중 2층 전시실에 전시되었던 것은 없다.

   대법원은 면세사업인 여객운송업과 과세사업인 광고사업을 겸영하는 원고가 버스구입비, 유류비, 수리를 위한 부품비 등에 관한 매입세액이 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액인지 면세사업인 시내버스 여객운송업에만 관련된 매입세액인지가 쟁점인 사건에서, 특정 매입세액이 과․면세사업에 모두 효용을 미치더라도 그 매입세액이 특정사업을 위하여 필수적으로 소요되는 비용인지, 특정사업을 수행하지 않는 경우에 그 매입세액이 발생할 여지가 있는지 여부 등을 감안하여 과․면세사업 중 어느 사업에 관련된 것인지를 판단하는 것이 타당한 점에서 위 매입세액이 모두 면세사업인 여객운송업에만 관련된 매입세액에 해당한다고 보았는바(대법원 2013.12.16. 선고 2013두17336 판결), 앞서 제시하였듯이 OOO건물은 청구법인의 제품 및 내부문서 등을 보관․전시할 목적의 기업홍보관이고, 현재도 그 양이 많아서 2층의 전시실에 모든 자료를 전시할 수 없으므로 그 일부를 전시실 외의 다른 곳에 보관하여야 하며, 시간이 경과할수록 그 양이 더 많아질 것이므로 1층의 OOO는 이처럼 전시하지 못한 자료보관을 위해 필요한 공간인 점에서 그 건축목적은 ‘전시품의 보관’이고, 청구법인이 다른 곳에 미술관을 운영하지 않더라도 전시품 보관을 위한 OOO를 건축할 수밖에 없었을 것인 점에서 위 판결의 취지에 따라 과세사업용인 기업홍보관으로 보아야 한다.

  (나)(예비적으로) 1층 OOO에서 2층 전시실의 전시품을 보관한 면적은 과세사업용으로 보아야 한다.

    OOO는 그 전체 면적(2,743.48㎡, 공용면적 제외)에 미술품이 보관되어 있었던 것이 아니라 그 55.13% 상당인 1,512.21㎡에는 2층 전시실의 전시품이 보관되어 있었던 점, 2층 전시실은 과세전적부심사에서 과세사업용인 기업홍보관으로 인정된 점 등을 감안할 때, 최소한 미술품이 보관된 면적을 제외한 나머지 면적은 과세사업용으로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점용역비는 청구법인의 업무와 무관하게 지출된 것이므로 그 부가가치세 매입세액과 매입액은 불공제대상이다.

  (가)쟁점용역 중 경영진단컨설팅은 쟁점모회사의 주주활동 등으로서 청구법인의 업무와 무관하다.

   1)쟁점용역 중 경영진단컨설팅은 청구법인의 필요․선택에 의하지 않은 것이므로 통상적인 경영진단으로 볼 수 없다.

   청구법인은 경영진단컨설팅이 청구법인의 사업과 관련하여 실제로 쟁점모회사로부터 실제 자문용역을 제공받고 그 대가를 지급하였으므로 청구법인의 업무와 관련된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 경영진단은 스스로 해결하기 어려운 기업경영상의 문제가 발생하거나 장래의 발전방향을 확인하고자 할 때 외부전문가에게 의뢰하는 것으로, 기업진단 ․경영상담․경영지도라고도 하고, 경영진단을 필요로 하는 의뢰인의 요청에 따라 외부전문가(경영컨설턴트 등)가 의뢰인의 기업체 등과 진단내용에 관하여 예비교섭 및 진단계약을 체결하여 구체적인 조사를 개시하며, 그 후에는 진단과정으로 들어가 조사결과를 분석하며, 이를 통하여 의뢰인에 대한 구체적인 개선책과 권고안을 제시하면, 마지막 단계인 팔로우업(followup)에서 의뢰인이 진단결과를 어떻게 실시하는지의 상황을 점검하는 것이다.

   쟁점용역 중 경영진단컨설팅은 청구법인이 화장품사업을 경영하는 과정에서 자체적으로 해결하기 어려운 운영상의 결함․문제점이 발생하여 경영진단의 필요성을 검토하고 쟁점모회사에게 요청하였는지, 진단대상 사업부 선정에 대한 의사결정을 어떻게 하였는지 등을 입증할 구체적․객관적인 증빙자료를 제시하지 못하는 점, 오히려 지주회사인 쟁점모회사가 자체적으로 최고경영자회의 등을 통하여 청구법인 등 계열사의 소속 사업부에 우선순위를 두어 경영진단의 대상으로 선정한 후 해당 사업에 통보하는 방식으로 이루어지고 있는 점, 경영진단에 따른 사후관리 사항을 청구법인의 대표이사가 아니라 쟁점모회사의 최고경영층에 보고하고 있는 점 등에서 경영진단의 의뢰인인 청구법인의 필요나 선택에 따라 이루어진 통상적인 경영 진단으로 보기 어렵다.

   2)쟁점용역은 쟁점모회사의 결정․판단하에 이루어진 자회사인 청구법인의 사업관리․지배 목적으로 지주회사의 고유업무인 주주활동 또는 경영권 행사에 해당한다.

   청구법인을 포함한 계열사들과 쟁점모회사 간에 체결된 쟁점전체용역계약서 상의 위탁업무는 ‘계열사 재무 및 경영정보 상시․수시 진단 자문, 계열사 경영진단 사후개선․관리 및 상시․수시 자문’으로 기재되어 있고, 쟁점모회사가 제공한 경영진단보고서는 조직 신설 후 사업성과를 검토하고 운영현황을 진단하는 목적(사업성과 정체에 따른 진단, 손익․질적 경영관점의 사업성과 점검 등)으로 하고 있으며, 향후 개선과제로 일반적인 사항만을 단순히 열거(매출확대 방안의 보완․구체화 필요, 원가절감 노력 필요 등)하고 있는 등 청구법인 등 계열사의 사업부에서 제공한 자료를 바탕으로 지주회사에서 사업부서별로 주기적으로 경영성과를 평가할 목적으로 작성한 ‘일반적인 내부문서’에 불과하다.

     청구법인은 쟁점모회사가 경영진단컨설팅을 제공한 결과로 청구법인 등 계열사의 수익 창출 및 비용 절감에 직접적인 기여가 있는지에 대한 성과산출물 등 구체적인 증거자료를 제시하지 못하고 있고, 청구법인 등 계열사의 사업상 지위를 제고시키는 경제적 또는 사업적 가치를 제공했는지도 알 수 없으며, 경영진단컨설팅을 제공한 쟁점모회사의 경영진단팀은 2014년부터 그룹 회장 직속의 감사실로 편입되어 있을 뿐만 아니라 진단결과를 최고경영층에 품의 보고하고 진단결과에 대한 개선과제를 도출할 때 감사팀과 협의하고 있다.

     청구법인이 제출한 경영진단컨설팅결과보고서 목록에는 2012년 ～2017년 기간 동안 합계 17건의 경영진단을 한 것으로 기재되어 있었으나 조사청에게 5건(이 건 과세처분의 대상기간인 2014～2016사업연도분은 각 사업연도별 1건씩 합계 3건)만 제출하고 나머지는 제출하지 않았던 점, 통상적인 경영진단의 경우 자체적으로 해결하기 어려운 문제가 발생하였을 경우 등 반드시 경영 진단이 필요한 경우에 한하여 일시적으로 실시됨에도 쟁점용역 중 경영진단컨설팅은 특별한 사유 없이 매년 업무용역 계약을 체결하여 계속․반복적으로 실시되었다.

   통상 지주회사는 계열사의 주식을 소유함으로써 사업활동을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로 지주회사 본연의 업무와 자회사에 대한 경영관리․감독 업무는 주주로서의 고유한 활동에 해당하는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점용역 중 경영진단컨설팅은 청구법인(다른 계약사도 동일함)이 반드시 필요로 하는 것이라기보다는 지주회사인 쟁점모회사가 자회사 등에 대한 경영성과 평가 및 자회사 등에 대한 내부통제, 그룹 전체의 관점에서 사업목표를 설정하여 줌으로써 자회사 등의 기업가치를 극대화하려는 지주회사의 고유업무인 주주활동 또는 경영권 행사에 해당한다.

   3)경영진단팀이 전문적인 경영진단컨설팅을 담당할 능력을 갖추었거나 지속성장하는 청구법인이 해당 용역을 받을 필요성이 있었던 것으로 볼 수 없다.

     쟁점모회사의 경영진단팀은 전문적인 경영진단컨설팅을 수행할 정도의 능력을 갖춘 것으로 볼 수 없고, 2011년부터 한류 열풍으로 회사가 급격하게 성장하는 과정에서 경영진단의 필요성도 없어 보인다.

   청구법인은 쟁점모회사의 경영진단팀이 경영자문용역을 수행하기 위한 별도의 조직과 전문성을 갖춘 인력을 보유하고 있다고 주장하고 있으나, 경영진단팀은 회장 직속의 감사실 소속으로 청구법인 등 계열사들에 대한 경영관리․감독을 수행하고 있는 점, 그 소속 직원은 당초 청구법인 소속으로 근무하던 직원들을 지주회사로 옮겨 근무하도록 하거나, 회계법인 등에서 근무한 경력이 있는 회계사 등을 추가로 채용하여 조직을 구성한 것에 불과할 뿐만 아니라 전문적인 경영컨설팅회사에서 실제로 실무를 경험한 이력도 없는 점 등에서 전문적인 경영진단컨설팅을 제공할 역량을 갖춘 것으로 보기 어렵다.

   또한 청구법인은 국내 화장품 제조업체 중 점유율 순위 1위(32.9%, 2위는 OOO)로 한류열풍에 따른 중국시장 판매 증가로 매출액OOO및 법인세 납부세액OOO이 급격하게 증가하였고, 동일 그룹의 주력 계열사로 1945년 설립되어 70년 이상 화장품사업에 대한 노하우를 축적해 왔으며, 화장품 사업과 관련된 중요업무(브랜드 가치상승을 위한 광고, 해외현지법인 관리, 화장품 연구개발을 위한 기술연구원 운영 등)를 청구법인의 책임 하에 결정․수행하고 있는 것으로 확인되는 점, 쟁점모회사와 별도로 외부컨설팅기관으로부터 사업에 관한 전문컨설팅용역을 제공받고 있는 점, 쟁점용역이 조직․운영상의 문제점을 발견하여 개선방안을 도출하는 실질적인 경영진단이라면 이를 외부컨설팅업체에게 의뢰하는 것이 합리적이라고 보이고, 만약 청구법인의 영업상 기밀유출이 우려되었다면 계약서에 기밀유출에 대한 책임조항을 명시하면 되는 점 등을 감안할 때, 청구법인의 영업비밀 등의 유출이 우려되어 특수관계인인 쟁점모회사에게 경영진단컨설팅을 의뢰하였다거나, 쟁점모회사가 화장품사업 등에 대한 이해가 높고 관련된 노하우를 축적하여서 외부업체보다 나은 경영진단컨설팅을 제공할 수 있었다는 청구주장을 납득하기 어려울 뿐만 아니라, 영업실적이 증가하고 주가가 상승 중인 청구법인이 경영진단컨설팅을 받을 필요성이 있었던 것으로 인정하기도 어렵다.

   4)쟁점용역비 중 경영진단컨설팅비는 쟁점모회사가 부담하여야 할 비용을 청구법인(그룹내 계열사 포함)에게 전가시킨 것이다.

     청구주장대로 사업지주회사는 지주회사 역할과 더불어 사업도 영위할 수 있으나, 쟁점모회사는 쟁점전체용역(쉐어드서비스)의 제공을 개시한 2012년 OOO억원에서 2016년 OOO억원으로 그 규모가 크게 증가하였고, 통상적인 지주회사가 배당금․상표권수익으로 운영되는 반면에, 쟁점전체용역이 상표권수익보다도 훨씬 큰 점, 인건비 지급․직원 현황에 의하면, 쟁점모회사는 쟁점전체용역을 개시한 2012년부터 직원수가 크게 증가하였을 뿐만 아니라, 인건비의 대부분을 쟁점전체용역이라는 명목으로 청구법인 등 계열사에게 부담시킨 것으로 보아야 하는 점, 쟁점모회사의 2012년～2016년 조직도에는 감사, 기업문화 부서 등의 4개팀을 제외한 대부분의 부서는 ‘쉐어드서비스’라는 조직으로 운영되었는데, 처분청은 2012년∼2016년 기간 중 청구법인이 지급한 쟁점전체용역비OOO중 21.7% 상당하는 OOO(쟁점용역비)만을 손금부인한 점, OOO회장이 쟁점모회사의 발생주식 중 51.9% 상당을 소유한 최대주주로 쟁점전체용역에서 발생한 대부분의 이익을 향유하는 점 등에서 쟁점(전체)용역비는 쟁점모회사가 당연히 부담하여야 할 비용을 ‘쉐어드서비스’라는 비즈니스 조직을 통하여 청구법인 등 계열사에게 그 조직의 인건비 등을 전가시킨 것으로, 청구법인의 업무무관비용에 해당한다.

  (나)쟁점용역 중 OOO용역(인사관리 등)은 실제 제공된 용역이 확인되지 않는 점 등에서 청구법인의 업무와 무관하다.

  청구법인은 해당 용역비가 청구법인의 임원․팀장급에 대한 인사제도의 개선사항에 대한 컨설팅에 대한 대가로, 실제로 쟁점모회사로부터 제공받은 용역의 대가를 지급하였으므로 이를 청구법인의 업무와 관련된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 해당 용역을 공급하였다는 쟁점모회사의 OOO은 2014.1.1. 신설되어 청구법인 등 계열사의 임원에 대한 인사관리(임원 평가 등) 업무를 하는 부서로, 쟁점모회사가 OOO에 계열사의 사업영역에 부합하는 유능한 임원을 배치함으로써 계열사의 가치를 극대화하고자 한 것으로 보이는 점에서 지주회사 본연의 업무인 주주활동 또는 경영권 행사를 위한 부서에 해당한다.

  인사제도의 개선 등은 청구법인 소속의 인사팀에서도 충분히 가능하고, 오히려 이를 외부전문가에게 의뢰하여 진단받는 것이 합리적이며, 특수관계인 쟁점모회사가 아니라 제3자와 해당 용역에 관한 계약을 체결할지가 의문이고, 청구법인이 주장하는 임원․팀장급에 대한 인사개선 사항 등은 실제로 어떤 용역을 제공하였는지가 불분명하며, 통상 컨설팅용역은 한번 진단이 이루어지면 그 결과를 시행하는 기간이 지난 후에 다시 문제가 발견되면 해당 용역을 다시 의뢰하여 실시하는 것이 일반적이나 쟁점용역의 경우 2014년부터 현재까지 매년 제공받은 점 등에서 그 대가를 통상적인 컨설팅비용으로서 청구법인의 업무와 관련된 것으로 보기 어렵다.

  (다)쟁점용역 중 부회장 인건비는 일반적인 상거래 관행에 부합하지 않는 점 등에서 청구법인의 업무와 무관하다.

    청구법인은 쟁점모회사 부회장의 인건비가 부회장이 청구법인 등 계열사들에게 제공하는 쟁점전체용역의 총괄업무에 대한 대가로 지급된 것이므로 청구법인의 업무와 관련된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점모회사의 회장과 부회장은 같은 그룹에 소속된 계열사들의 경영을 총괄하고 그룹을 대표하는 위치에서 그룹의 투자 등 중요한 의사결정을 하는 역할을 하고 있고, 실제 경영실무는 각 부서 팀장들의 책임 하에 주도적으로 이루어지고 있는 점, 쟁점모회사가 회장과 부회장의 인건비를 포함하여 쟁점용역비를 산정한 후 계열사에 배분하였으면서 회장의 인건비는 회장이 청구법인의 대표이사로 급여를 수령하고 있다는 이유로 청구법인에게는 청구하지 않았으나, 청구주장대로 그룹의 회장도 쟁점전체용역의 총괄책임자에 해당한다면 급여수령과 무관하게 당연하게 그 대가를 청구하여야 했음에도 미청구한 것은 논리적으로 모순인 점, 쟁점모회사가 실지로 청구법인 등 계열사들에게 쟁점용역을 공급한다고 하더라도 그룹의 회장과 부회장의 인건비는 업무의 특성상 청구하지 않는 것임에도 각 부서의 실무를 담당하는 팀장과 동일하게 용역대가에 포함하여 청구하는 것은 상식에도 부합하지 않고, 오히려 지주회사가 배당금과 상표권수익으로 운영되는 것임을 감안하면 지주회사인 쟁점모회사가 부담하는 것이 합리적이라고 할 것인 점에서 부회장 인건비는 청구법인의 업무와 무관하다.

  (라)이 건은 공정거래위원회의 조사에 영향을 미칠 수 있다.

    공정거래위원회는 2018년 2월부터 쟁점모회사와 청구법인 등 그 계열사들에 대하여 ‘계열사 부당지원 혐의’에 대한 조사를 진행하고 있는데, 이 건 심판청구가 공정거래위원회의 결정에 영향을 미칠 수 있다.

  (마)청구주장은 아래와 같은 사유로 이유 없다.

   1) 청구법인이 이 건 심판청구시 제출한 경영진단컨설팅결과보고서 6부는 신뢰할 수 없다.

    조사청은 조사기간 중 청구법인에게 경영진단컨설팅이 실제로 제공되었음을 확인할 수 있는 용역보고서를 제출하여 줄 것을 요청하였으나, 9건의 목록이 기재된 내역서와 3건의 용역보고서OOO만을 제출하고 나머지 6건은 조사종료시까지 제출하지 않았다가, 심판청구 후에 제출하였는바, 경영진단컨설팅이 정상적으로 이루어져 용역보고서가 작성되었다는 청구주장을 신뢰하기 어려운 점(청구주장대로라면 조사착수 후 1년이 지난 시점에야 제출하지 않았을 것임), 설령 실제로 용역보고서가 작성되었다 하더라도 앞서 제시하였듯이 쟁점모회사가 청구법인이 제공한 자료를 바탕으로 평가대상인 부서별로 주기적인 경영성과를 평가할 목적으로 작성한 일반적인 서류에 불과한 점에서 제출된 용역보고서를 청구법인의 업무와 관련한 것으로 인정하기 어렵다.

   2) 경영진단컨설팅비 중 2013년 이전분을 손금불산입하지 않았다는 이유로 2014년 이후분을 동일하게 인정할 수 없다.

    경영진단컨설팅비는 2012년․2013년에도 지급되었으나 2014.1.1. 그룹의 조직개편으로 그 수행주체인 경영진단팀이 감사실으로 편입되기 전에는 그 지급액이 미미하였다가, 그 후부터 급격하게 증가한 점, 앞서 제시하였듯이 경영진단팀이 회장 직속의 감사실로 편입되었다는 것은 그룹 소속 계열사의 사업관리 및 지배목적을 위한 조직개편으로 보이는 점, 경영진단에 따른 사후관리 사항을 청구법인의 대표이사가 아니라 쟁점모회사의 최고경영층에 보고하고 진단결과에 대한 개선과제의 도출시 감사팀과 협의하는 등 사실상 감사업무의 일환으로 보이는 점 등에서 처분청은 2012년～2016년 기간 중 발생한 경영진단컨설팅비에 대하여 경영진단팀이 감사실로 편입된 날이 속하는 2014년도 이후분에 대하여만 과세하였을 뿐이므로 처분청에서 2012년∼2013년도분을 손금불산입하지 않았으므로 2014년 이후분도 동일하게 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

   3)쟁점용역비 중 OOO용역비가 청구법인의 업무와 관련된 것이라는 청구주장은 이유 없다.

  청구법인은 쟁점모회사의 OOO이 하는 임원관리는 원래 개별회사들이 하여야 하는 것이어서 주주활동이라고 볼 수 없다고 주장하나, 앞서 제시하였듯이 쟁점모회사가 그룹의 임원에 대한 평가결과를 근거로 자회사의 사업영역에 부합하는 유능한 임원을 배치함으로써 자회사의 기업가치를 극대화하고자 하는 지주회사 본연의 업무인 주주활동 또는 경영권 행사에 해당하는 점, 다른 기업집단에서도 모회사 또는 지주회사가 계열사들에게 그 임원에 대한 인사관리 업무의 대가를 청구하는 사례가 없는 점 등에서 OOO이 제공한 인사관리 등의 용역비는 이례적으로 청구되는 것이므로 손금의 요건인 ‘통상성’이 없는 것으로 보아야 한다.

  쟁점모회사와 청구법인에 투자한 주주가 서로 다른 경우에는 일방이 타방에게 지급할 의무가 없는 비용을 부담하였다면 그 일방의 주식가치가 감소하는 문제가 발생되고, 해당 용역거래를 통하여 쟁점모회사의 최대주주인 OOO회장이 대부분의 이익을 향유하는 점, 청구주장대로 임원 관리업무가 주주활동이 아니라면 청구법인이 그룹의 임원 관리업무를 할 당시에 지주회사인 쟁점모회사로부터도 용역비를 수취하였어야 했음에도 그러한 사실이 없는 점 등에서 그룹OOO이 청구법인에게 청구한 인사관리 등 용역비가 그룹의 공통업무에 해당하여서 쟁점모회사가 청구법인 등 계열사들에게 이를 청구할 수 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

   4) 쟁점용역비 중 부회장 인건비를 쟁점전체용역의 총괄업무에 대한 대가로서 지급하였다면 회장의 인건비도 동일하게 지급했어야 하였다.

   청구법인은 쟁점모회사가 청구법인에게 그룹의 회장이자 청구법인의 대표이사인 OOO의 인건비를 청구하지 않은 것이 정당하다고 주장하나, 그룹의 회장이 각 계열사의 대표이사 등의 임원을 겸직하고 있는 경우에도 해당 계열사로부터 근로제공에 대한 급여를 받을 권리가 있고, 지주회사가 자회사에게 청구하는 경영진단컨설팅의 대가는 인건비와 기타 실비를 기준으로 산정하도록 되어 있으나, 쟁점전체용역계약서의 어디에도 청구주장과 같이 경영진단컨설팅의 대가가 OOO회장의 인건비에 포함되어 있어서 쟁점모회사가 청구법인에게 청구하지 않는다는 내용이 없는 점에서 청구주장은 어떤 근거도 없는 일방적인 것이어서 받아들이기 어렵다. 그렇다면 청구주장은 그룹 회장의 인건비도 경영진단컨설팅비의 청구액에 포함하여도 된다는 의미인데 이는 일반적인 회계 및 세무처리 내용에 반하는 것이어서 납득하기 어렵다.

 (2)OOO건물의 1층 OOO는 청구법인의 면세사업(미술관 또는 박물관의 OOO)의 용도이므로 그 부가가치세 매입세액은 불공제대상이고, 이는 2층 전시실에 전시되었거나 전시될 전시물을 보관한 면적에 대해서도 동일하게 적용된다.

  (가)OOO건물의 1층 OOO는 미술품을 보관할 목적으로 건축되었고, 완공 후 미술품이 보관되었다.

    청구법인은 1층 OOO가 박물관․미술관이 아니라 기업홍보관으로 보아야 한다고 주장하나, 조사청이 현장확인조사를 한 결과, OOO건물은 2개층으로, 1층은 현대․고미술품, 공예품 등의 OOO(박물관 및 미술관 전시실에서 일정기간 노출된 유물이 보관되는 곳으로 항온, 항습 기능을 갖추고 있음)이었고, 2층은 6개의 전시실과 사무공간으로 사용되었으며, 설계와 관련한 견적서에도 1층이 OOO로 기재되어 있었던 점, 1층 OOO에는 경기도 용인시에 소재하는 청구법인의 미술관(1979.12.12. 경기도 용인시에서 건축되어 현재의 상호가 OOO인 사립미술관)에서 소장하는 1만점 정도의 미술품 중 미전시 중인 미술품을 보관하고 있었던 것으로 확인된 점, OOO건물의 시공사였던 OOO주식회사의 ‘건설기록지’ 중 ‘설계의 기본방향’에 의하면, ‘실내환경은 OOO 기능이 요구되는 보존환경 유지, 유사사례조사는 OOO설계 참조’로 기재되어 있었던 점 등에서 OOO건물의 1층 OOO는 미술관 또는 박물관에서 소장하는 미술품 등 중에서 미전시 중인 것을 보관하는 일반적인 OOO해당한다.

  OOO건물이 신축된 경기도 오산시 소재의 뷰티사업장에는 2011년 취득한 식물원․아트갤러리(화장품의 원료인 식물을 식재한 온실, 현대미술을 전시하는 용도), 2013년 취득한 OOO(기업홍보 ․체험관) 및 2015년 취득한 OOO건물이 있고, 조사청은 이러한 3개의 부대시설이 부가가치세 과세사업용인지 아니면 면세사업용인지를 판단하기 위하여 국세청 법령해석을 거쳐 OOO을 과세사업용인 기업홍보관, OOO건물 및 식물원․아트갤러리는 면세사업용으로 판단한 점에서 OOO건물은 면세사업용인 박물관 또는 미술관을 운영하기 위한 용도로 보는 것이 타당하다.

  한편 청구법인은 1층 OOO에 일시적으로 그 일부 면적에만 미술품이 보관되어 있다가 현재는 그 보관을 하지 않고 있으므로 그 전부를 2층 전시실과 같이 기업홍보관으로 보거나, 예비적으로 2층 전시실의 전시물을 보관한 면적만을 기업홍보관으로 보아야 한다고 주장하나, 조사청은 현장확인조사로 1층 OOO가 경기도 용인시에 소재한 미술관의 미술품을 보관할 목적의 OOO로 설계되어 그 목적대로 사용된 사실을 확인한 점, 부가가치세의 면세가 적용되는 용도에 해당하는지 여부는 OOO신축목적 및 조사대상기간의 사용현황을 종합적으로 고려하여 판단하는 것이지 심판청구일 현재를 기준으로 과세요건을 판단하는 등 일정기간이 지난 후 사용현황이 변경되는 것까지 고려하는 것은 아닌 점에서 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다.

  (나)OOO건물의 1층 OOO가 청구법인의 미술관에 소장 중인 미술품 중 미전시된 것을 보관하는 ‘미술관․박물관의 OOO’로 실제 사용된 이상 면세사업용으로 보아야 한다.

  청구법인은「부가가치세법」제26조 제1항 제17호에 따른 박물관 및 미술관은「박물관 및 미술관 진흥법」에 따른 박물관․미술관을 의미하는 점, OOO건물의 운영 목적과 전시자료와 더불어 주무부처에 등록하지 않은 점 등에서 OOO건물 중 1층 OOO가 박물관 또는 미술관에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구법인의 OOO건물에 대한 설명자료에는 ‘OOO과 관련된 모든 자료의 수집․보존․관리․학습․전시를 목적으로 설립되었고, 건물 전체에 최신의 항온․항습 시설을 갖추고 있으며, 1층은 OOO및 분류․촬영실 등의 수장 공간으로 국내 최고의 관리시스템을 갖추고 있는 OOO건물은 기업자료를 체계적으로 수집․관리․보존하는 동시에 기업의 역사와 가치를 세계에 널리 알리고 사회 발전에 기여하고자 하는 것’으로 기재되어 있는 점에서 OOO건물은「박물관 및 미술관 진흥법」에 따른 박물관 또는 미술관에 해당하고,「박물관 및 미술관 진흥법」제16조 제1항에서 박물관․미술관을 설립․운영하려는 자는 국립 박물관․미술관은 문화체육관광부장관에게, 공립 박물관․미술관은 시․도지사에게 등록하여야 하고, 사립․대학 박물관 ․미술관은 시·도지사에게 등록할 수 있도록 규정하고 있음을 감안하면 사립박물관․미술관의 등록은 선택사항인 점에서 OOO건물이 박물관․미술관으로 미등록되었다는 이유로 면세사업용에 해당하지 아니한다는 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ①청구법인이 속한 그룹의 지주회사인 쟁점모회사가 청구법인에게 제공한 경영자문컨설팅 및 인사관리용역의 대가와 쟁점모회사 소속의 그룹 부회장 인건비가 청구법인의 업무무관비용인지 여부

 ②OOO라는 명칭의 OOO건물 1층을 면세사업용(미술관 또는 박물관)으로 보아 관련된 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분과 관련하여, 그 전체 면적을 과세사업용(기업홍보관)으로 보거나, 최소한 2층 전시실(처분청이 기업홍보관으로 인정한 곳)에 전시되지 못한 기업홍보자료를 보관한 면적을 과세사업용으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 법인세법

  제19조[손금의 범위] ①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

②제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 국제조세조정에 관한 법률 시행령

제6조의2[용역거래의 경우 정상가격] ①거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금(損金)으로 인정한다.

1.용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것

2.용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것

3.제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 영 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것. (후단 및 각 목 생략)

4.제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관ㆍ비치하고 있을 것

  제27조[업무와 관련 없는 비용의 손금불산입]내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2.제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

 (3) 법인세법 시행령

  제50조[업무와 관련이 없는 지출] ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3.제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

 (4) 부가가치세법

 제38조[공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

  제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4.사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

7.면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

②제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (5) 부가가치세법 시행령

제4조[사업의 구분] ① 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다.

  제26조[재화 또는 용역의 공급에 대한 면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

17.도서관, 과학관, 박물관, 미술관, 동물원, 식물원, 그 밖에 대통령령으로 정하는 곳에 입장하게 하는 것

 ※한국표준산업분류 해설서(9차 개정, 통계청 고시 제2007-53호, 2007.12.28.)

  박물관 운영업(분류코드 : 90221)

일반 대중에게 미술 공예품, 조각품, 순수 과학물, 응용 과학물, 문화재 등을 진열하여 관림시키는 일반 또는 전문 박물관 시설을 운영하는 산업활동을 말한다.

 (6) 박물관 및 미술관 진흥법

  제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1."박물관"이란 문화·예술·학문의 발전과 일반 공중의 문화향유 및 평생교육 증진에 이바지하기 위하여 역사·고고(考古)·인류·민속·예술·동물·식물·광물·과학·기술·산업 등에 관한 자료를 수집·관리·보존·조사·연구·전시·교육하는 시설을 말한다.

2."미술관"이란 문화·예술의 발전과 일반 공중의 문화향유 및 평생교육 증진에 이바지하기 위하여 박물관 중에서 특히 서화·조각·공예·건축·사진 등 미술에 관한 자료를 수집·관리·보존·조사·연구·전시·교육하는 시설을 말한다.

  제16조[등록 등] ① 박물관과 미술관을 설립·운영하려는 자는 그 설립 목적을 달성하기 위하여 필요한 학예사와 박물관자료 또는 미술관자료 및 시설을 갖추어 대통령령으로 정하는 바에 따라 국립 박물관 및 미술관은 문화체육관광부장관에게, 공립 박물관 및 미술관은 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사·특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)에게 등록하여야 한다. 다만, 사립·대학 박물관 및 미술관은 시·도지사에게 등록할 수 있다.

  제24조[경비 보조 등] ① 국가나 지방자치단체는 제18조 제1항에 따라 사립 박물관이나 사립 미술관 설립 계획의 승인을 받은 자에게는 설립에 필요한 경비를, 등록한 박물관이나 미술관에 대하여는 운영에 필요한 경비를 예산의 범위에서 각각 보조할 수 있다.

제28조[시정 요구와 정관] ①문화체육관광부장관 또는 시ㆍ도지사는 박물관이나 미술관이 그 시설과 관리ㆍ운영에 관하여 이 법이나 설립 목적을 위반하면 시정할 것을 요구할 수 있다.

제29조[등록취소] ①문화체육관광부장관 또는 시ㆍ도지사는 등록한 박물관이나 미술관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 등록을 취소할 수 있다. (단서 생략)

4.제21조를 위반하여 제28조 제1항에 따른 시정 요구를 받고도 이에 따르지 아니한 경우

 (7)지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부개정되기 전의 것)

  제44조[평생교육시설 등에 대한 감면] 대통령령으로 정하는 평생교육시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 평생교육시설에 직접 사용하는 부동산(해당 시설을 다른 용도로 함께 사용하는 경우 그 부분은 제외한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다.

 (8)지방세특례제한법 시행령(2015.12.31. 대통령령 제26837호로 일부개정되기 전의 것)

제21조[평생교육시설의 범위] 법 제44조에서 “대통령령으로 정하는 평생교육시설”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2.「박물관 및 미술관 진흥법」 제16조에 따라 등록된 박물관 및 미술관

다. 사실관계 및 판단

 (1)처분청이 제출한 심리자료를 보면, 청구법인은 2012년～2016년 기간 동안 매년 쟁점모회사와 쟁점전체용역계약을 체결하여 위 <표1> 기재와 같은 쟁점전체용역을 공급받은 후 부가가치세․법인세 신고시 각각 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하고 매입액을 손금에 산입하였고, 2013년 제2기～2015년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO 건물 신축공사용역을 공급받는 것으로 하여 공급가액 OOO상당의 매입세금계산서를 발급받은 후 부가가치세 신고시 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하였으나, 조사청은 쟁점용역비가 청구법인의 업무와 무관한 비용에 해당되므로 관련된 부가가치세 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하며, OOO건물의 1층 OOO가 부가가치세가 면제되는 미술관 또는 박물관의 용도에 해당되므로 관련된 부가가치세를 불공제하여야 한다고 보고 부가가치세 및 법인세를 부과하도록 처분청에게 과세자료를 통지하였으며, 처분청은 이에 따라 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

 (2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다.

  (가) 쟁점전체용역계약서에 의하면 보면, 위탁자OOO와 수탁자(지주회사인 쟁점모법인) 간에 위 <표1> 기재의 업무범위로 쟁점전체용역을 위탁하고(제2조), 인건비 및 제반비용을 고려한 공통비용(인건비, 기타실비 등)을 산정하여 각 계열사의 매출액을 안분기준으로 하여 배부하며, 용역대금은 배부된 금액에 10% 상당의 이익(마진)을 합한 금액을 공급가액으로 하여 청구하는 것으로 나타난다.

  (나) 쟁점모회사는 주식소유를 통한 자회사의 사업내용을 지배하고 별도의 사업도 하는 사업지주회사로, OOO회장이 발행주식의 51.9% 상당을 소유(특수관계인 지분을 포함하면 66.9% 상당)하고 있고, 아래 <표4> 기재와 같이 2012사업연도에 대비한 2016사업연도의 쉐어드서비스의 전체 수익대비 비중(8.8%→26.4%)과 직원수(32명→176명)가 급격히 증가하였다.

<표4> 쟁점모회사의 수익 및 직원 등의 현황

① 수익현황

(단위 : 백만원)

※쉐어드서비스 용역수입 : 2012년부터 발생

② 인건비 및 직원 현황

(단위 : 백만원)

  (다) 청구법인은 조사당시 조사청에게 제출한 3건의 경영진단컨설팅보고서OOO를 제출하였고, 이 중 OOO 사업부분에 대한 것을 보면, ‘진단 배경․목적’ 부분에 과거의 진단이력이 없고, 손익․질적 경영 관점의 사업성과를 점검하며 사업의 정착․확산을 위한 사업전략 및 운영의 개선방향을 모색한다는 내용이, ‘진단 영역’ 부분에는 사업성과를 검토하고 OOO의 운영 등을 점검한다는 내용이, ‘진단 요약’ 부분에는 OOO사업이 상품의 고성장 등으로 지속성장 중이나 제조․온라인 부분을 제외한 나머지의 손익수조가 취약하며 OOO사업의 성장․확장을 위해서는 높은 가격대․낮은 인지도의 개선이 필요하다는 등의 내용이 각각 기재되어 있다.

  (라)OOO건물은 2개층의 건물로, 1층은 현대․고 미술품, 공예품 등을 보관하는 OOO2층은 6개의 전시실과 사무공간의 용도이고, 설계도상 1층은 OOO2층은 전시실 및 사무실로 되어 있으며, 설계견적서에는 OOO로 기재되어 있고, 2층 전시장에는 청구법인의 OOO브랜드의 과거부터 현재까지의 제품, 홍보물의 역사와 관련한 물품들이 전시되어 있다.

  (마)조사청이 조사기간 중 OOO건물에 대한 현장확인조사를 실시한 결과, 청구법인의 OOO(경기도 용인시 소재)이 소장 중인 1만점 정도의 미술품 중 미전시 중인 것을 OOO 건물(경기도 오산시 소재의 뷰티사업장 내) 1층 OOO에 보관 중인 것으로 조사하였다.

  (바)시공사인 OOO주식회사의 건설기록지상 ‘설계기본방향’을 보면, 실내환경은 OOO기능이 요구되는 보존환경을 유지하고, 안정성 측면에서 비상시 수장품에 대한 영향을 최소화하고, 기능성 측면에서 OOO건물의 특성에 맞는 최적의 공조설비를 마련하며, 유사사례로서 OOO의 설계를 참조하는 것으로 기재되어 있다.

  (사)OOO건물에 대한 설명자료에 의하면, 청구법인은 1981년 OOO의 발간 준비를 계기로 청구법인과 관련한 자료의 수집을 시작하여 2006년부터 OOO라는 명칭을 사용 중이고, OOO건물은 이러한 청구법인과 관련한 모든 자료의 수집․보존․관리․학습․전시를 목적으로 2015년 경기도 오산시 소재의 뷰티사업장 내에 설립된 것으로, 최신의 항온․항습 시설을 갖추고 있으며, 1층은 OOO분류․촬영실 등의 수장 공간으로, 2층은 6개의 전시실과 사무공간으로 구성되어 있는 것으로 나타난다.

  (아)뷰티사업장에는 2011년 신축된 식물원․아트갤러리, 2013년 신축된 기업스토리텔링 건물 및 2015년 신축된 OOO건물 등이 있고, 조사청은 조사당시 이 중 기업스토리텔링을 과세사업용(기업홍보시설)으로, 나머지를 면세사업용으로 보았다.

  (자)경기도 용인시에 소재한 청구법인의 사립미술관인 OOO은 여성․차․공예와 관련한 미술품을 중심으로 국내의 고미술과 국내․외의 현대미술을 수집․연구․전시하는 등의 목적으로 1979.12.12. OOO이라는 명칭으로 설립되어 여성․차와 관련한 고미술품의 수집을 시작하였고, 2002년 제주특별자치도 소재의 OOO을 설립하였으며, 2004년 OOO2009년 현재의 명칭으로 각각 명칭을 변경하였고, 1979년 개관이래 지속적인 미술품의 구입으로 현재 장신구, 도자기, 목가구, 서화 등 10,000점 정도의 고미술품 및 회화, 조각 등 300점 정도의 현대미술품을 각각 소장하고 있다.

  (차)청구법인은 아래 <표5> 기재와 같이 2013년 제2기～2015년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO건물을 건설과 관련하여 합계 OOO상당의 매입세금계산서 25매를 수취하였다.

<표5> OOO건물의 건설과 관련한 매입세금계산서 수취내역

(단위 : 천원)

 (3) 청구법인이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.

  (가)청구법인은 쟁점모회사가 각 계열사에게 전문적인 경영진단컨설팅을 제공하기 위하여 외부의 전문기관, 내부의 현업부서에서 경험이 있는 사람들을 직원으로 채용하였다고 주장하면서 아래 <표6> 기재의 ‘쟁점모회사의 경영진단1․2팀 소속 직원 현황’을 제시하였다.

<표6> 쟁점모회사의 경영진단1․2팀 소속 직원 현황

  (나)청구법인은 2014.1.1. 쟁점모회사의 조직개편 전․후에 경영진단팀의 업무범위가 동일하였다는 하였다고 주장하면서 2013년 및 2014년에 각각 체결된 쟁점전체용역계약서 상의 경영진단컨설팅 대상으로 보이는 ‘위탁업무범위’를 제시하였고, 이를 보면 각 연도의 위탁업무범위는 ‘계열사 재무․경영정보의 상시․수시 진단 자문’ 항목으로 부정거래 및 비위행위 감독, 경영위험요소의 파악․관리방향 제시, 사업전략 및 운영 검토, 사업혁시 및 프로세스의 개선 제안, 사내 컴플라이언스의 준수 점검 및 개선방안 제시 등이 있고, ‘계열사 경영진단 사후 개선 ․관리에 대한 상시․수시 진단 자문’ 항목으로 개선과제의 진척 관리, 개선 내역의 효과적인 수행방법 자문 등이 있고, 그 내용이 서로 동일한 것으로 나타난다.

  (다)2014.1.1. 현재 쟁점모회사의 조직도를 보면, 쟁점전체용역을 제공한 부서들 중 경영진단1․2팀은 회장실 소속의 감사실 산하에 소속되어 있고, 나머지OOO는 부회장실 산하에 있고, OOO는 2015.1.1. 조직개편시 OOO의 소속으로 신설된 것으로 위 조직도에는 없는 것으로 나타난다.

  (라)청구법인은 다른 기업집단에도 쟁점모회사의 경영진단팀과 유사한 조직둔 사례가 있다고 주장하면서 ㅇㅇ전자 주식회사의 2015사업연도 사업보고서의 일부를 발췌하여 제출하였고, 이에는 부사장이 미래전략실 경영진단팀장을 담당하고 있는 것으로 나타난다.

  (마)청구법인은 쟁점용역을 수행한 경영진단팀과 OOO이 주주활동을 담당하지 않고 주주활동을 담당하는 부서는 따로 있다고 주장하면서 2015년 전․후의 각 쟁점모회사의 조직도를 제출하였고, 이 중 2014년 조직도에는 재무전략팀이, 2015년 조직도에는 그룹기획팀 및 그룹운영팀이 각각 쟁점(전체)용역 외의 주주활동을 수행하는 것으로 하여 붉은 색 실선으로 표시되어 있으며, 그룹기획팀․운영팀의 각 담당업무 내역에는 해당 부서가 경영성과 관리, 경영목표 수립, 예산관리, 자회사 손익관리 등(이상 그룹기획팀)과 자회사 등의 경영관리 지원, 경영목표 수립 등(이상 그룹운영팀)의 업무를 하는 것으로 나타나고, 그룹기획팀의 내부문서에는 2016년 경영목표 등을 제시한 것으로 나타난다. 또한 청구법인은 쟁점모회사가 주주활동인 감사․감독을 전담하는 감사팀을 별도로 두고 있고, 부정적발, 제보 내용 조사 등인 감사팀의 업무가 쟁점용역(경영진단1․2팀이 제공한 경영진단컨설팅 등)과 분명이 구별된다고 주장하면서 감사팀의 업무사례를 제시하였다.

  (바)청구법인은 쟁점모회사의 경영진단팀이 경영진단컨설팅을 제공할 만한 역량을 갖추었다고 주장하면서, OOO의 각 매출액 구성 내역(2018.7.9. 보도된 언론기사의 일부)을 제출하였고, 이에는 이들 회계법인의 2015년～2017년 기간의 수입금액 중 경영자문에 대한 것의 비중이 36.7%～51.1% 상당으로 회계감사․세무자문에 대한 것과 유사하거나 큰 것으로 나타난다.

  (사)청구법인은 쟁점용역 중 9건 경영진단컨설팅의 용역보고서(위 <표3> 기재의 12건 중 2012년․2013년분 합계 3건을 제외한 것)를 제출하였고, 각 보고서는 주요 내용 및 요약, 개선방안의 제시, 사후관리(follow-up) 실행계획 등으로 구성된 것으로 나타난다.

  (아)청구법인은 쟁점용역 중 OOO용역보고서 중 일부의 개요로 보이는 문서를 제출하였고, 이 중 2015년 제공된 ‘임원 선임․승진체계 개선’에는 다른 국내․외 기업의 인력관리 프로그램 조사․검토, 청구법인 등 계열사 소속 임원의 선임․승진․보임 기준의 점검 및 개선방안 제시 등이 있는 것으로 나타나고, 같은 연도에 제공된 ‘임원직급체계 개선’에는 현행 제도의 장․단점 분석, 다른 국내기업의 사례 조사, 현행 제도의 존치 여부 검토 및 인력관리 방안 마련 등이 있는 것으로 나타난다.

  (자)청구법인은 쟁점모회사의 OOO이 그룹 전체의 인사업무를 담당하였다고 주장하면서 OOO용역보고서 중 2015년 9월 제공된 ‘OOO그룹 전략적 인력 운영․채용 시스템 구축 보고서’ 및 2014년 5월 제공된 ‘디지털 전문가 확보 육성 전략 품의서’를 제출하였다.

  (차)2014.1.1. 조직개편으로 청구법인의 인사업무가 쟁점모회사로 이관되었다고 주장하면서 ‘OOO업무 지주사 이관 현황’이라는 제목의 문서를 제출하였다.

  (카)청구법인은 OOO건물의 2층이 과세적부심사의 결정으로 과세사업용인 ‘기업홍보관’으로 인정되었고, 그동안 제조․판매한 제품(OOO등 브랜드 화장품, 제품케이스 등) 및 내부문서(결재문서, 발간지 등) 등을 전시하고 있다고 주장하면서 이를 촬영한 사진을 제출하였다.

  (타)청구법인은 OOO건물의 1층이 2층 전시실에 전시하지 못한 전시품을 보관할 목적으로 신축되었으나, 사용 초기의 일부 빈 공간에 미술품을 보관하였다가, 2017년 12월 완공된 서울특별시 용산구 소재의 신사옥에 부속된 미술관으로 이관하였고, 그 후에는 2층의 전시품만을 보관하고 있다고 주장하면서 이를 촬영한 사진을 제출하였고, 이에는 선반 위에 미술품이 아니라 일정한 간격으로 세워진 선반에 서류, 책자, 화장품류 등이 보관되어 있는 것으로 나타난다.

  (파)청구법인은 조사청의 조사당시 OOO건물 1층 OOO보관하던 미술품을 서울특별시 소재의 신축미술관으로 모두 이관하였다고 주장하면서 2017.11.30. 시행된 ‘OOO미술품 이동 관련 품의서’ 및 <별지> 기재의 ‘OOO면적별 용도 현황’을 제출하였고, 후자에는 전체 13개의 공간(공용부분 10곳 제외, 2,743.48㎡) 중 6개 공간(1,231.26㎡로, 전체 면적의 44.87% 상당)을 미술품 보관에 직접 사용한 것으로 나타난다.

 (4) 청구법인과 처분청이 추가로 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.

  (가)청구법인은 쟁점모회사로부터 제공받은 경영진단컨설팅(2014년 2월～2017년 5월 기간 중 9건) 및 OOO(2014년 4월～2016년 7월 기간 중 20건)에 대한 구체적인 사후관리(follow-up)를 하였다고 주장하면서 아래 <표7> 기재와 같이 경영진단컨설팅의 사후관리 절차(2014년 2월～2018년 2월 기간 중 사후관리의 계획, 중간․최종 점검) 및 내용을 입증하는 내부결재선과 결재자료 각 3부(경영진단컨설팅용역) 및 OOO용역보고서 20부OOO를 제출하였다.

<표7> 경영진단컨설팅의 사후관리 및 OOO용역보고서 내역

① 경영진단컨설팅의 사후관리 내역

(단위 : 쪽)

1)이 건 심판청구시 기제출

② OOO용역보고서 내역

(단위 : 쪽)

1)OOO컨설팅 전문기업

2)평가대상자의 행동․태도 등을 관찰․평가하는 과정 또는 시스템으로, 직무상황에서 평가대상자의 대처․행동, 개인역량 및 조직 적합성 등을 평가하는 것

3)글로벌 전략 컨설팅 전문 기업

  (나)청구법인은 경영진단컨설팅의 경우 특정 사업부문에 대한 것OOO및 특정 지원부서에 대한 것(개발․구매, 구매지원, 물류, 디지털, 정보기술, TR Division)으로 구분되고, 이 건 심판청구시 모든 용역보고서를 제출하였으며, 그 용역결과를 경영에 반영(사후관리)한 내역을 추가로 제출하였고, 각 용역결과를 반영한 결과 경영진단컨설팅이 경영상황을 개선하는 등 청구법인의 경영실적에 직․간접적인 기여를 하였으며, 이 중 디지털 지원부서에 대한 용역의 경우 쟁점모회사가 OOO라는 외부의 전문컨설팅업체와 컨설팅계약을 체결하고 공동으로 해당 용역을 수행한 후에 OOO에게 공급가액 OOO 상당의 용역비를 지급하였고 청구법인이 그 상당액을 청구받아 쟁점모회사에게 지급하였는데 처분청이 그 지급액을 청구법인의 손금으로 인정하였다는 주장을 추가로 제시하였으며, 경영진단컨설팅 중 OOO사업부문 및 디지털 지원부서에 대한 각 용역보고서 및 이에 대한 사후관리 내역의 주요 내용은 아래와 같다.

   1) OOO사업부문에 대한 것

    가) 청구법인의 OOO사업부문은 2011년 경영진단이 이루진 후 매출․영업이익 성장 둔화, 리테일 사업환경의 변화 및 경쟁심화에 따라 그 운영역량을 점검할 목적으로 2016년 다시 경영진단 대상으로 선정되었다.

    나) 쟁점모회사는 OOO부서에 대하여 실적점검 및 운영데이터 분석을 통한 사업 성과 분석, 사업부의 임직원과 현장 점주․판매사원에 대한 인터뷰, 고객 설문조사 및 인터뷰, 글로벌 선도기업에 대한 벤치마킹 등의 방법으로 경영진단을 하였다.

    다) 쟁점모회사는 ‘핵심 브랜드로의 성장정체로 인한 매출․이익 성장의 둔화, 로드샵 간의 경쟁심화로 인한 점포 경쟁력의 저하, 가맹사업자와의 관계로 인한 온라인 채널의 추가적인 성장여력의 제한 등’을 경영진단의 결과로 제시하면서, ‘핵심적인 3대 브랜드 중심의 전략적인 운영 및 육성, 고객의 요구 관점의 리테일 역량 추가 개선, 온라인․오프라인을 통합한 사업운영의 필요성 등의 개선방안(세부 개선방안 포함)’ 등을 개선방안으로 제시하였다.

    라) 청구법인은 용역보고서를 제출받은 2016년 1월의 다음 달인 2016년 2월 경영진단에서 제시된 개선방안을 경영에 반영할 목적으로 ‘대과제별’로 비중 및 주관 부서의 선정, 세부 실행 과제 및 계획의 수립, 목표 산출물 및 검증 방법을 정하는 등의 사후관리 계획을 수립하였고, 2016년 10월 그 동안 지속적으로 ‘개선방안을 경영에 반영한 현황’에 대한 보고를 하였는바(계획수립 후 8개월 후), 그 당시 작성된 OOO를 보면 각 실행 과제별 세부실행 내역 및 진행률이 기재되어 있고, 예컨대 ‘브랜드 체험서비스 확대’라는 실행과제는 ‘2016년 목표인 30개 매장 중 18개 매장에서 브랜드서비스 운영을 시작하였다’는 내용의 실제 경영상 개선방안의 반영 내역이 나타나며, 2017년 6월 개선방안을 경영에 반영한 현황에 대한 최종 보고를 하였는바(중간점검 후 8개월 후), 해당 보고를 보면 앞서 제시한 중간점검의 경우와 동일하게 각 실행 과제별 세부실행 내역이 기재되어 있다.

   2) 디지털 지원부서에 대한 것

    가) 청구법인의 디지털 지원부서는 ‘디지털 경로 사업부문’이 개시된 후에 경영진단을 받은 이력이 없었고, 홈쇼핑 및 e-커머스 시장의 규모 및 전략적인 중요도가 확대됨에 따라 2015년 경영진단 대상으로 선정되었다.

    나) 쟁점모회사는 외부의 전문컨설팅업체인 OOO와 컨설팅계약을 체결하고 공동으로 청구법인의 디지털 지원부서에 대한 경영진단용역을 수행하였고, OOO에게 공급가액 OOO상당의 용역비용을 지급하였고, 실적점검 및 유관부서가 제출한 자료의 분석, 사업부의 임직원과 외부의 유통관계자에 대한 인터뷰, 글로벌 선도기업에 대한 벤치마킹 등의 방법으로 경영진단을 하였다.

    다) 쟁점모회사는 ‘홈쇼핑 운영의 최적화, e-커머스 B2C 역량의 강화, 조직관리체계의 개선, 중장기 디지털전략의 수립 등’을 경영진단의 결과로 제시하였다.

    라) 청구법인은 앞서 제시한 OOO지원부서에 대한 경영진단 사례와 유사하게 2016년 12월 경영진단에서 제시된 개선방안에 대한 사후관리 계획을 수립하였고, 이에 대한 중간․최종점검을 하였다.

  (다)청구법인은 20건의 OOO용역보고서는 숨은 인재 발굴․보상체계 수립 프로젝트(D-Project), 2015년 전체 그룹차원의 임원 인사제도 개선 프로젝트에 관한 각종 보고서, 임원 평가자료(임원 인사제도 개선 프로젝트의 수행 결과로 수립된 임원 평가제도/직급체계를 반영한 것), 그룹 조직체계 개편 업무 관련 자료(R&D 조직․인력 고도화 계획 등)로 구성되고, 이러한 OOO(임원관리, 인사관리체계 개선 등)는 청구법인이 했어야 하는 것이나 개별 회사별로 중복된 OOO를 두어 해당 업무를 수행하는 것은 매우 비효율적이므로 지주회사인 쟁점모회사에 전문인력으로 구성된 부서OOO를 두어 해당 부서로 하여금 청구법인을 포함한 전체 계열사들을 OOO를 수행하도록 한 것이라는 주장을 추가로 제시하였다.

  또한 청구법인은 앞서 제시한 디지털 지원부서에 대한 경영진단 사례와 유사하게, 2015년 실시된 ‘임원 인사제도 개선 프로젝트’의 경우 쟁점모회사가 2015년 9월 외부의 전문컨설팅업체인 OOO와 컨설팅계약을 체결하고 공동으로 수행한 것으로, OOO에게 공급가액 OOO억원 상당의 용역비용을 지급하였고 청구법인이 그 상당액을 청구받아 쟁점모회사에게 지급하였는데 처분청은 그 지급액을 청구법인의 손금으로 인정하였고, ‘인사제도 개선’, ‘임원 평가 등’은 그 특성상 경영상의 직접적인 성과로 곧바로 반영되지는 않지만 기업경영에 있어서 필수적이고 중요한 점에서 청구법인의 경영에 직․간접적으로 기여한 것에 해당한다는 주장을 추가로 제시하였다.

  (라)청구법인은 쟁점모회사가 쟁점전체용역(쉐어드서비스)을 제공하는 부서에서 발생한 인건비(급여, 상여, 퇴직급여 등), 복리후생비, 감가상각비 및 부대비용(여비교통비 등)’을 집계하고, 특히 부회장 인건비의 경우에는 ‘쉐어드서비스 부서의 인원수’를 ‘쟁점모회사의 총인원수’로 나눈 비율(평균 70% 정도) 상당액만을 각 그룹사에게 안분할 금액으로 하며, 이렇게 집계된 금액에서 OOO용역비는 ‘소속 임원의 직급별 업무가중도 비율’(팀장 1, 상무 2, 전무 3, 부사장～부회장 4, 회장 5)을, 나머지(경영진단컨설팅 등)의 대부분은 ‘매출액’(OOO의 용역비는 ‘주재원 수’ 등을 적용)을 기준으로 각 계열사에게 배분할 대상금액을 산정한 후에 그 10% 상당을 이윤 명목으로 합하여 각 계열사에게 청구한다는 주장을 추가로 제시하면서, 실제로 2016년 청구법인에게 청구된 쟁점용역의 산출내역을 제출하였다.

  (마)처분청은 부회장이 쟁점모회사에서 인건비를 지급받고 있고, 지급받을 총 인건비 중 감사, 경영관리, 재무전략, 기업문화 등 4개 부서관련 인건비를 계열사에 배부하지 않으며, 각 계열사로부터 쟁점전체용역계약에 따른 대가를 받고 있는 점, 쟁점모회사가 이러한 부회장 인건비를 용역의 대가로 하여 청구법인 등 계열사에 청구․수취한 금액을 부회장의 인건비로 지급한 점에서 그 실질은 청구법인 등 계열사가 쟁점모회사를 대신하여 지급의무가 없는 부회장 인건비를 대신 부담한 것으로 보아야 한다는 의견을 추가로 제시하였다.

  (바)청구법인은 조사청의 세무조사 당시에는 ‘용역의 실재성’이 아니라 ‘용역이 주주활동에 해당하는지 여부’가 쟁점이었으므로 청구법인이 경영진단컨설팅용역을 실제로 제공 받았음을 입증하기 위한 목적으로 각 연도별 1건씩 합계 3건의 용역보고서를 ‘예시(샘플)’로 제출하였던 것이지 나머지 6건을 감추려고 한 것이 아니고, 청구법인이 내부적으로 용역결과를 보고한 품의서를 보면 각 용역의 직후에 용역보고서의 내용을 요약하여 보고한 사실이 확인되고, 각 용역보고서 파일(컴퓨터에 저장된 것)의 속성 기록을 보면 각 파일의 ‘마지막 편집일’이 확인된다는 주장을 추가로 제시하면서 해당 품의서 및 파일 속성기록의 각 9건을 제출하였다.

  (사)청구법인은 경영진단컨설팅의 대상인 청구법인의 소속 부서가 사업부서(화장품 판매) 및 지원부서로 대별되는 50개 정도에 이르고, 해당 용역을 수행하는 쟁점모회사 소속 경영진단팀의 인력․업무량을 감안하면, 계열사 중 청구법인만을 대상으로 하더라도 연간 3개 정도의 부서만을 대상으로 용역을 수행하고 있어서 해당 용역이 매년 지속적으로 이루어질 수밖에 없는 점, 이는 화장품 제조업은 ‘유행에 민감’한 특성이 있으므로 항상 최신 트렌드(판매채널 포함)를 파악하여야 하고, 청구법인에는 화장품의 브랜드별․판매채널별로 소속 부서들이 있는바, 이들 부서는 통상 4년～5년 정도의 주기로 경영진단이 필요하므로 우선순위(경영진단을 받은 기간, 사업성과 등)를 두어 매년 컨설팅을 받고 있다는 점(예컨대 2015년 실시된 ‘디지털 지원부서에 대한 경영진단’은 당시 온라인 등 디지털 채널을 통한 판매의 비중이 커져서 경영진단을 하게 된 것임)에서 경영진단컨설팅용역을 ‘매년’ 계약을 체결하여 제공받을 수밖에 없는 불가피한 사유가 있다는 주장을 추가로 제시하였다.

  (아)청구법인은 처분청에서 경영진단팀이 2014.1.1. 조직개편에 따라 감사실 소속으로 이전하였다는 이유로 같은 날부터 경영진단팀의 활동이 주주활동으로 변경된 것으로 보아 2014년 이후의 쟁점용역비를 손금부인하였으나, 해당 조직변경으로 경영진단팀 내의 변동(1팀이 2팀, 2팀이 1팀이 됨)만이 있었을 뿐이지, 인원이 유사(방판 TF팀 인원이 소속되어 증가하는 등의 변화만 있었음)하고 조직변경 전․후에 제공하는 용역의 성격도 동일하였다는 주장을 추가로 제시하면서 ‘쟁점모회사 경영진단1․2팀 소속 팀장과 팀원의 변동내역’을 제출하였고, 쟁점모회사의 해당 부서가 하는 업무는 당초 청구법인이 하던 것인데, 2014.1.1. 청구법인의 OOO소속 인력(6명)을 쟁점모회사로 이전하여 동일한 업무를 수행하고 있다는 주장을 추가로 제시하면서 ‘쟁점모회사로 옮긴 청구법인의 OOO소속 인력 현황’ 및 2014.1.1. 조직개편 전․후의 (그룹)OOO의 업무 내역‘을 제출하였다.

  (자)청구법인은 아래 <표8> 기재와 같이 쟁점모회사 및 그룹 내 각 계열사들과 ‘재무기능 부분에 관한 용역’에 대한 계약을 체결하였고, 다른 계열사들에는 재무부서가 없다는 주장을 추가로 제시하면서 쟁점용역비 지급기간인 2015년 쟁점모회사 및 각 계열사와 체결한 용역계약서 및 그룹 전체의 조직도를 제출하였고, 동 계약서의 ‘별지 1호’를 보면 재무부문(재경)의 위탁업무의 범위(재무․세무․관리회계 및 재무전략과 관련한 각 업무관련 업무)가 기재되고, 동 조직도에는 예컨대 OOO라는 상호의 계열사에는 재무부서가 없는 것으로 나타난다.

<표8> 청구법인이 제공한 재무 관련 용역에 대한 계약 체결 내역

  (차)청구법인은 2012년～2016년 기간 중 쟁점용역(쉐어드서비스)의 총괄책임자가 아래 <표9> 기재와 같이 OOO부회장, OOO사장, OOO사장이었고, 이들은 OOO회장과 특수관계(혈연관계 포함)가 아니라는 주장을 추가로 제시하였다.

<표9> 2012년～2016년 기간 중 쟁점용역(쉐어드서비스)의 총괄책임자

  (카)청구법인은 아래 <표10> 기재와 같이 2014년 5월～2015년 11월 기간 중 쟁점모회사의 부회장OOO이 쟁점전체용역의 총괄책임자로서 그 내용을 최종적으로 검토․승인하였다는 주장을 추가로 제시하면서 9건의 결재․승인내역(그 출력물 포함)을 제출하였다.

<표10> 쟁점모회사 부회장의 쟁점전체용역 중 일부의 결재 내역

  (타)청구법인은 OOO회장이 쟁점모회사 및 청구법인의 각 대표이사를 겸직하고 있으므로 이들 법인으로부터 각각 급여를 받는다는 주장을 추가로 제시하면서 2012년～2016년 기간 중 회장 및 부회장의 각 급여 및 지급 주체 내역을 제출하였다.

  (파)처분청은 경영진단컨설팅비 중 2012년분은 OOO2013년분은 OOO억원인데, 청구법인이 한류 열풍으로 화장품 매출액이 급격하게 증가OOO하여 그룹의 규모가 커지자, 2014년 쟁점모회사의 조직을 개편하여 경영진단1·2팀을 사장 직속에서 회장 직속의 감사실로 편입한 점, 용역결과를 최고경영층에 보고하고 그 결과에 대한 개선과제의 도출시 감사팀과 협의하는 등 사실상 지주회사의 고유업무인 감사업무의 일환으로 보이는 점, 이러한 조직개편을 하여 그룹(쟁점모회사) 회장이 자회사의 사업관리․지배를 강화하기 위한 것으로 판단되는 점, 경영진단컨설팅용역비의 업무관련성 여부는 사실판단 사항으로 과세처분 사유에 대하여 합리적으로 납세자에게 설명이 가능하여야 하는 점, 향후 불복단계에서도 최소한의 범위 내에서 과세처분의 유지가 될 수 있도록 과세시점을 특정할 필요도 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 회장 직속의 감사실로 편입된 2014년도부터 과세하였던 점 등에서 처분청이 2012․2013사업연도분을 과세제외한 것이므로 나머지 사업연도분도 과세할 수 없다는 청구주장을 받아들이기 어렵다는 의견을 추가로 제시하였다.

  (하)청구법인은 OOO건물 1층에 미술품이 보관된 기간이 2015년 9월(동 건물 완공)～2017년 11월이고, 그 1층은 OOO로 구분되는데, OOO에는 OOO의 전시품인 기업홍보자료가, OOO에는 미술품이 각각 보관되어 있었으므로 전체 OOO면적 중 전자의 면적만큼을 과세사업용으로 인정하여야 한다는 내용의 예비적 청구에 대한 주장을 추가로 제시하면서 OOO건물 1층의 도면(1층 방화구역 계획도)을 제출하였고, 이를 보면 도면의 좌측은 OOO우측은 OOO로 표시되어 있는 것으로 나타난다.

  (거)청구법인은 OOO건물이 미술관․박물관에 해당할 경우 「지방세특례제한법」제44조에 따라 취득세가 면제되나, 해당 건물이 미술관․박물관이 아니라고 보아 취득세 감면을 받지 않고 2015년 완공당시인 2015년 8월 OOO상당의 취득세를 납부하였으며, 만약 OOO건물 또는 1층 OOO를 박물관․미술관으로 등록하고 취득세 신고를 하였다면 취득세를 감면 받을 수 있었을 것이나 해당 건물은 ‘기업홍보관’으로 사용할 목적으로 건축된 것이므로 해당 감면을 받지 않은 것이라는 주장을 추가로 제시하면서 취득세 납부영수증을 제출하였다.

  (너)청구법인은 조사청이 조사당시 OOO건물의 1층 OOO를 방문한 목적은 OOO가 미술관․박물관인지 여부를 구분하기 위함이 아니라 청구법인의 미술품 관리장부에 기재된 미술품이 누락없이 그대로 보관되어 있는지를 확인하기 위함이어서 그 1층의 OOO에만 들어가서 확인하였을 뿐이지 기업홍보자료가 보관되어 있던 반대편의 OOO에 들어간 사실이 없는데, OOO가 서로 격리된 별도의 공간이고, OOO의 안에 들어가지 않는다면 그곳에 보관 중인 기업홍보자료를 볼 수 없는 구조이며, 청구법인이 OOO건물의 완공 전인 2015년 6월 1층 OOO에 기업홍보자료를 보관하기 위한 진열대를 설치하고, 그 완공 당시인 2015년 9월 기업홍보자료를 보관하였다는 주장을 추가로 제시하면서 진열대의 설치 및 기업홍보자료의 보관을 각각 촬영한 사진 각 1매 및 그 사진파일의 속성기록, 2015년 8월～2015년 12월 기간 중 OOO로 이관된 기업홍보자료 목록을 제출하였다.

  (더)처분청은 조사청이 조사당시 OOO건물 1층에 대한 현장확인조사를 실시한 결과, OOO에 현대․고미술품, 공예품 등의 미술품만 보관하고 있는 OOO로 확인하였고, OOO에 대해서는 확인하지 못한 점에서 OOO의 사용용도가 불분명하다고 보이고, 조사당시에 작성된 출장보고서 및 촬영된 사진은 없으나, 당시 OOO에서 보관 중인 미술품 보관 목록을 보관하고 있다는 의견을 추가로 제시하면서 해당 목록(엑셀자료)을 제출하였다.

  (러)청구법인은 OOO건물이 ‘OOO와 전시실’로 구성되고 기업홍보자료를 수집, 보존, 전시할 목적으로 건축한 곳이라는 주장을 추가로 제시하면서 ‘OOO건물에 대한 팜플렛’ 일부를 제출하였고, 처분청은 OOO건물의 1층 OOO가 미술품을 보관할 목적으로 신축되었음은 기제출한 건설기록지, 공사계약서 등으로 입증된다는 의견을 추가로 제시하였다.

  (머)청구법인은 OOO부서의 영업이익이 저조하여 경영진단을 받았다는 주장을 뒷받침한다는 주장을 추가로 제시하면서 OOO부서의 2013년～2015년 기간 중 구분손익계산서를 제출하였다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가)먼저, 쟁점①의 쟁점용역 중

   1)경영자문컨설팅 및 OOO에 대하여 살펴본다.

    법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로, 법인이 용역을 실제로 제공받은 사실이 있고, 거래상대방으로부터 제공받은 용역내역 등을 관련 증빙자료에 의하여 구체적으로 제시하는 경우 이를 손금으로 인정하여야 할 것이다. 또한 구체적으로 용역결과에 대한 사후관리를 한 것으로 인정된다면 설령 해당 용역이 법인의 경영에 미치는 성과를 구체적인 수치로 제공할 수 없더라도 해당 법인의 업무와 무관한 것으로 단정할 수는 없다 할 것이다.

     처분청은 경영자문컨설팅의 경우 위탁자인 청구법인의 필요로 선택한 것이 아니라 형식상 수탁자인 쟁점모회사가 주주활동 또는 경영권 행사를 한 것으로 특히 2014년 조직개편 후 그 수행부서인 경여진단팀이 회장 직속의 감사실에 소속된 점, 그 구체적인 경제적 ․사업적 가치를 제공하지 못한 채 매년 계약을 체결하여 반복 제공된 점, 이를 제공한 경영진단팀이 전문적인 제공능력을 갖춘 것으로 볼 수 없는 점, 조사당시 9건의 용역보고서 중 6건을 제출하지 못한 점 등을 이유로, OOO의 경우 2013년까지 청구법인이 하던 것으로 2014년 조직개편 이후에도 청구법인 스스로 하거나 외부전문가에게 위탁하는 것이 합리적인 점, 쟁점모회사의 OOO에 유능한 임원을 배치하여 계열사의 가치를 극대화 하는 주주활동 또는 경영권 행사에 해당하는 점 등을 이유로 각각 청구법인의 업무와 무관한 용역에 해당한다는 의견이다.

     그러나, 청구법인이 조사청에게 전체 9건 중 3건의 용역보고서만을 제출한 것은 과세대상기간인 2014～2016사업연도 중 각 사업연도별로 1건씩을 제출하여 경영진단컨설팅의 내용을 소명하기 위함이지 용역의 미제공 또는 지연제공 등의 사유가 있어서 이를 은폐하기 위한 목적이라고 보기는 어려운 면이 있는 점, 청구법인이 쟁점전체용역계약서 상의 '2014년 전․후 경영진단팀의 업무내용'에 의하면 조직개편이 있었던 해당 연도의 전․후에 해당 부서의 업무가 사실상 동일함을 감안하면 단지 조직개편으로 해당 부서가 부회장 소속에서 회장 산하의 감사실 산하로 소속되었다는 이유로 경영진단팀이 하는 업무를 '주주활동 또는 경영권 행사'로만 보는 것은 불합리한 점, 이러한 용역을 제공한 부서의 특성만을 제외하면 쟁점용역(경영진단컨설팅 및 OOO)을 포함한 7건의 쟁점전체용역 전부는 쟁점모회사가 제공한 것으로 경영자문 또는 연구용역 등의 성격이 있고 처분청이 쟁점용역을 제외한 나머지를 청구법인의 업무와 관련된 것으로 인정한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점용역 중 경영진단컨설팅 및 OOO의 실체가 없고 청구법인의 업무와 무관한 것으로 단정할 수는 없다 하겠다.

     다만 청구법인이 이 건 심판청구 이후에 경영자문컨설팅 6건 및 OOO20건의 각 용역보고서와 경영자문컨설팅의 사후관리 내역, 그 작성시기를 알 수 있는 결재자료 및 파일 속성자료를 제출하였고 이 중 OOO사업부문 및 디지털 지원부서에 대한 경영진단컨설팅의 내용을 보면 이들 용역의 실체가 있고 청구법인의 경영에 반영(예컨대 OOO사업부문에 대한 것의 경우 용역제공이 완료된 2016년 1월의 다음 달인 2016년 2월 사후관리 계획수립, 그 8개월 후인 2016년 10월 중간점검, 다시 그 8개월 후인 2017년 6월 최종 점검 실시)된 것으로 보이나, 제출된 자료가 1,000쪽이 넘는 방대한 양으로 조사청의 조사당시에 제출되지 아니한 점에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인이 제출한 자료를 토대로 쟁점용역보고서의 작성시기 및 그 내용, 청구법인의 경영상 반영 여부 등을 확인하는 방법으로 경영자문컨설팅 및 OOO의 청구법인 업무관련성을 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

   2)부회장 인건비에 대하여 살펴본다.

     청구법인은 쟁점모회사 소속의 부회장이 쟁점전체용역에 대한 총괄책임자로서 그 수행부서의 업무범위 조정, 용역보고서의 최종 검토 ․승인을 담당하는 등 쟁점전체용역에 관여하였고, 부회장의 인건비에서 전체 부서 중 쟁점전체용역을 수행하는 부서의 비중 상당액을 청구법인 등 계열사에게 청구하는 등 용역비 산정이 합리적이라는 점 등을 이유로 부회장 인건비를 청구법인의 업무와 관련된 것이라고 주장한다.

   그러나 부회장은 쟁점모회사의 소속으로 회장과 더불어 청구법인 등 계열사들과 더불어 자신의 소속인 쟁점전체용역의 수행부서를 총괄하는 것이 본연의 업무이고 쟁점전체용역과 관련한 업무조정 및 결과보고서의 최종 검토․승인은 이러한 본연의 업무에 속한 것이라고 보이는 점, 부회장이 실제로 쟁점전체용역에 기여한 구체적인 업무(예컨대 동종․유사업체의 사례, 대상부서의 문제점 등의 조사․분석, 대안의 제시) 내역이 제시되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 부회장 인건비는 쟁점전체용역의 대가라기보다는 쟁점모회사가 지급하여야 할 급여의 성격이 있다고 보는 것이 합리적이므로 이에 대한 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

  (나)다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  처분청은 OOO건물 1층이 설계당시 견적서 및 건설기록지에 '미술관 OOO'라는 명칭으로 다른 미술관의 설계를 참조하여 건설된 것으로 기재되어 있고, 실제로 조사청의 현장확인조사당시 그 내부에 경기도 용인시에 소재한 청구법인 미술관의 소장미술품이 보관된 것으로 확인되었다는 등의 이유로 면세사업용인 '미술관 또는 박물관'의 용도로 보아야 한다는 의견이다.

  그러나 설령 OOO건물 1층이 그 설계․건설 당시 형식적으로 미술관의 OOO와 같은 명칭의 OOO로 명명하였다고 하더라도 실질과세원칙상 그 건축 이후에 실제로 사용한 현황에 따르는 것이 타당한 점,조사청이 현장확인조사 당시 1층 OOO중 미술품이 보관된 OOO만을 확인하여 청구법인이 2층에 보관하지 못한 기업홍보자료를 보관하였다는 OOO를 현장확인하지 못하였고 이외에 그 당시의 실제 사용현황을 입증할 자료를 제출하지 못한 반면에, 청구법인은 그 당시의 OOO의 면적 중 실제로 기업홍보자료를 보관한 부분을 <별지> 기재와 같은 OOO건물의 1층 OOO중 기업홍보자료를 보관한 면적’ 자료를 제시한 점, 이에 대한 재조사를 하더라도 조사청이 현장확인 당시에 OOO를 확인하지 아니하였고 관련된 사진, 보관목록 등도 소급하여 제출받을 수 없는 상황에서 재조사의 실익이 없을 뿐만 아니라 달리 해당 자료가 조작된 것으로 보이지 아니하는 점 등 등에 비추어 볼 때, 쟁점매입세금계산서의 매입세액에서 과세전적부심사에서 과세사업용으로 인정된 OOO건물 2층분을 제외한 금액에 ‘1층 OOO의 면적 중 공용부분을 제외한 면적인 2,743.48㎡’에서 기업홍보자료를 보관하였다는 1,512.21㎡의 면적 비율을 곱한 금액만큼은 청구법인의 업무인 과세사업과 관련된 것으로 하여 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.