가. 청구인은 1965.4.23. OOO 임야 3,464㎡에 대하여 소유권보존등기를 경료한 후 보유하다가 2014.5.2. OOO 외 3인에게 양도하고, 위 임야 3,464㎡ 중 건물 면적 625㎡를 제외한 임야 2,839㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」(2014.5.14. 법률 제12570호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정 및 「소득세법」(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제95조 제1항의 장기보유 특별공제 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. OOO국세청장은 청구인의 양도소득세 신고시인 적정여부에 대한 감사를 실시한 결과, 처분청에 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유 특별공제 적용이 부적정하다는 감사결과를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 및 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 장기보유 특별공제를 배제하여 2018.3.9. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점토지는 청구인의 조부(祖父) OOO(1871년생)이 일제강점기인 1919년 이전부터 사망일까지 최소 45년 동안 재촌․자경하여 오던 농지로, 쟁점토지의 우선순위 상속권자인 청구인의 부(父) OOO(1916년생)가 조부 OOO보다 먼저 사망(6.25 전쟁 중인 1951.2.20. 사망)함에 따라 조부의 사망일(1964.7.15.) 이후 청구인이 사실상 상속받은 후 1965.4.23. 소유권보존등기를 하고 1974.9.11. OOO로 전출할 때까지 9년 5개월간(20세～29세) 재촌․자경하였고, 양도일 현재(2014.5.2.) 쟁점토지가 농지로 사용되고 있었음이 쟁점토지 양도일 전후의 항공사진에 나타나므로 쟁점토지의 양도는 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다.

  청구인의 집안은 선대부터 대대로 농업에 종사하였고, 청구인의 중학교 생활기록부에도 모(母) OOO(1916년생으로 1972년 사망)의 직업이 농업으로 기재되어 있으며, 청구인의 부(父) OOO가 6.25 전쟁 중에 사망함에 따라 당시 초등학교(1958년 졸업)에 재학 중인 청구인은 어린 나이에 집안의 가장 역할을 하며 조부(祖父) 및 모(母)를 도와 쟁점토지에서 복숭아 농사 및 밭작물을 재배를 하였고, 어렵게 중학교에 진학하였으나 1961년 중학교 졸업 후에는 고등학교 진학을 포기하고 가족들의 생계유지를 위해 가업인 농사일을 도울 수밖에 없었다.

  그러던 중 청구인은 가업을 이어온 대가로 조부 OOO이 사망하자 쟁점토지를 사실상 상속받은 후 1965.4.23. 소유권보존등기를 하고 1974.9.11. OOO로 주민등록을 이전할 때까지 계속하여 쟁점토지에서 복숭아 농사 및 밭작물을 재배하였으며, 동 기간 중 다른 직업을 가진 사실이 없었다.

  다만, 청구인이 쟁점토지에서 9년 5개월 동안 복숭아 농사와 밭작물을 재배하였다는 구체적인 증빙자료는 없는데, 청구인이 쟁점토지를 자경한 때는 지금으로부터 약 40년～50년 전으로, 전산자료 등이 구축되지 않은 당시의 시대상황을 고려할 때 비료구매 영수증 등 관련 증빙자료를 현재까지 보관하고 있을 것으로 기대하기 어렵다 할 것이다.

  한편, 처분청은 쟁점토지가 실제 농지로 사용하였는지 여부가 불분명하여 공부상 임야로 판단되고, 지상권 설정내역이나 토지형태로 보아 쟁점토지가 사실상 임야나 나대지라는 의견이나, 국토지리정보원에서 1974년 8월 촬영한 항공사진을 살펴보면 쟁점토지에는 나무가 식재된 부분과 밭으로 이용된 부분이 나타나고, OOO 위성사진(2008년, 2009년, 2011년, 2012년, 2015년 촬영)과 2017년 4월 촬영한 OOO의 로드뷰 사진을 보아도 주변보다 약간 높게 보이지만 임야형태가 아니라 평평한 형태로 나타나며, 청구인이 OOO로 이사를 간 이후에도 양도할 때까지 쟁점토지는 밭과 과수원으로 이용되고 있었고, 양도당시에도 역시 농지로 이용되고 있었음을 알 수 있다.

  또한, 처분청은 쟁점토지의 등기부등본상 1998.5.30. 지상권 설정과 관련하여 ‘견고한 건물 및 임목의 소유’라는 표현으로 보아 사실상 임야에 해당한다는 의견이나, 이는 근저당권자인 OOO조합이 지상권 설정시 쟁점토지가 나대지로 되어 있어 대출실행 이후 소유권자가 지상물을 신축하거나 대출 당시 일부 과수나무 처분시에는 대출권자의 동의를 요한다는 의미이지, 쟁점토지에 견고한 건물이 있고 임목이 식재되어 있는 임야라는 의미는 아니다.

  따라서, 청구인이 쟁점토지에서 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분은 부당하다.

 (2) 처분청은 조부 OOO의 쟁점토지 취득일이 불분명하고 OOO이 쟁점토지를 8년 이상 보유하였다는 구체적인 증빙자료를 제출하지 못하므로 사업용 토지로 볼 수 없다는 의견이나, 국가기록원의 OOO 임야조사서에 쟁점토지의 전 소유자가 OOO으로 기재되어 있으며, 소유자의 취득시기가 표기되어 있지는 아니하나 일제강점기인 1913년부터 1919년까지 조선총독부 임시토지조사국이 조사한 사실 및 국가기록원 기록정보콘텐츠의 지적아카이브 생산년도가 1919년인 것으로 보아 최소한 1919년 이전에 취득한 것이 명백하며, 이후 OOO은 사망시까지 쟁점토지에서 최소 45년 이상 재촌․자경한 사실이 있고 청구인이 이러한 쟁점토지를 상속받았으므로 쟁점토지는 「소득세법 시행령」 제168조의14 제3항 제1의2호에서 규정한 특례적용대상으로 사업용 토지에 해당한다.

  따라서, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 조부 OOO이 농사를 짓던 쟁점토지를 상속받아 1974.9.11. OOO로 이사가기 전까지 복숭아 농사와 밭작물을 재배하였다고 주장하면서 1974년 8월 국토지리정보원에서 촬영한 항공사진과 OOO 사진(2008년, 2009년, 2011년, 2012년, 2015년 촬영)을 제출하였으나, 1974년 8월 국토지리정보원에서 촬영한 항공사진을 보면 쟁점토지 주변에 있는 농지에는 농작물이 식재되어 있어 임목만 있는 쟁점토지와 확연히 구분되고, 토지형태로 보아 쟁점토지는 사실상 임야로 판단되며, 청구인이 제출한 OOO 사진을 보아도 쟁점토지 주변에 있는 농지에는 농사를 짓기 위한 밭고랑 등이 있어 농지임이 확인되나 쟁점토지에는 나무만 있어 사실상 임야나 나대지로 판단되므로 쟁점토지를 실제 농지로 사용했다는 청구주장을 신뢰하기 어렵다.

  쟁점토지의 등기부등본상 지목은 “임야”이고, 쟁점토지의 재산세 과세내역을 보면 계속적으로 종합합산과세대상 토지인 부재지주 임야로 확인되며, 쟁점토지의 근저당권자인 OOO조합에서 1998.5.30. 지상권을 설정하여 그 목적을 확인한 바 ‘견고한 건물 및 임목의 소유’로 되어 있어 사실상 임목이 식재되어 있는 임야로 확인된다.

  위와 같이 쟁점토지를 직접 농사에 사용했다는 객관적인 증빙없이 항공사진만으로는 실제 농지로 사용하였는지 여부가 불분명하여 쟁점토지의 지목을 등기부등본상 지목인 “임야”로 보아야 하고, 또한 지상권 설정내역이나 토지형태로 보아 사실상 “임야”로 판단된다.

  또한, 청구인은 쟁점토지 소재지에서 9년 5개월 거주(재촌)한 것으로 확인되나, 그 이후 청구인의 주소지는 쟁점토지로부터 직선거리가 20km 요건을 충족하지 못하였다.

  따라서, 처분청이 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

 (2) 쟁점토지는 청구인이 조부 OOO으로부터 상속받은 임야로 판단되지만, 등기부등본이나 임야대장으로는 피상속인의 쟁점토지 취득일이 불분명하고, 피상속인의 8년 이상 보유에 대한 구체적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있으므로 비사업용 토지에 해당하며, 청구인이 쟁점토지를 소유한 49년 중 토지 사용기간이 9년 5개월로 토지 소유기간 중 100분의 80 이상의 기간기준에 충족되지 아니한다.

  따라서, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구인에게 양도소득세 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 쟁점토지의 양도가 「조세특례제한법」 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는지 여부

 ② 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 조세특례제한법(2014.5.14. 법률 제12570호로 개정되기 전의 것)

  제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

 (2) 조세특례제한법 시행령(2014.9.11. 대통령령 제25677호로 개정되기 전의 것)

  제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

  ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

  ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. (단서 생략)

 (3) 소득세법(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것)

  제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

  ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 생략)

  제104조의3(비사업용 토지의 범위) ② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

 (4) 소득세법 시행령(2014.9.26 대통령령 제25641호로 개정되기 전의 것)

  제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

1의2. 직계존속 또는 배우자가 8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지·임야 및 목장용지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속·증여받은 토지. (단서 생략)

 (5) 소득세법 시행규칙(2014.12.19. 기획재정부령 제447호로 개정되기 전의 것)

  제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ③ 영 제168조의14 제3항 제1호의2에서 "8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지·임야·목장용지"란 다음 각 호의 토지를 말한다.

1. 8년 이상 농지의 소재지와 같은 시·군·구(자치구를 말한다. 이하 이 항에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주하면서 주민등록이 되어 있는 자가 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제13항에 따른 자경을 한 농지

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

  (가) 처분청이 OOO국세청장으로부터 통보받은 감사자료에 의해 청구인의 2014년 귀속 양도소득세를 경정한 내역은 아래와 같다.

  (나) 청구인은 OOO에서 1945.4.26. 출생신고를 한 뒤 위 주소지에 거주하다가 1974.9.11. OOO로 전출하였으며, 구체적인 주민등록 이전내역은 아래와 같다.

  (다) 청구인이 2014.5.2. 쟁점토지를 양도할 당시 청구인의 주소지는 OOO로, 이 때 청구인의 주소지와 쟁점토지간 직선거리는 59.09km로 조사되었다.

  (라) 쟁점토지의 등기사항전부증명서 기재내용은 아래와 같다.

  (마) 쟁점토지의 임야대장OOO에는 쟁점토지의 소유자가 OOO에서 청구인으로 변경된 것으로 기재되어 있고, OOO에는 OOO 및 OOO의 묘(墓) 소재지가 OOO로 기재되어 있다.

  (바) 청구인의 OOO 생활기록부에는 청구인의 보호자(母) OOO의 직업란에 “농업”으로, 기타상황란에 “논 3,429평, 밭 300평, 소 1, 돼지 2”로 기재되어 있다.

  (사) 청구인의 동생 OOO은 “본인은 OOO에서 태어났으며, 형 OOO(청구인)이 타지로 이사하고 나서 쟁점토지에서 2003년부터 복숭아 나무 재배, 옥수수, 고구마, 들깨 등 농사를 짓다가 2014년 쟁점토지가 매매된 이후 농사를 그만두었다”는 취지의 확인서를 제출하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였고, 양도당시에도 농지로 이용되고 있었다고 주장하나, 8년 자경 양도소득세 감면 규정은 자경농민에게 예외적으로 양도소득세를 감면하여 조세정책상 특혜를 주는 것으로서 감면요건을 엄격하게 적용하여야 하고 그 입증책임은 이를 주장하는 청구인에게 있다 할 것인 바, 청구인이 쟁점토지에 대하여 1965.4.23. 소유권보존등기를 한 날로부터 1974.9.11. OOO로 주민등록을 이전한 날까지 9년 5개월 동안 쟁점토지에서 재촌한 사실이 인정된다 하더라도, 그러한 사실은 8년 자경을 위한 기본적인 사항일 뿐, 그 사실만으로는 자경 사실이 입증된다고 보기 어렵고, 그 외 자경여부를 판단할 수 있는 증빙자료가 부족한 점, 청구인의 동생 OOO의 확인서와 항공사진 만으로는 양도당시 쟁점토지가 농지라고 인정하기에 부족한 점 등에 비추어 청구인의 주장을 그대로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 「소득세법 시행령」제168조의14 제3항 제1의2호에서 “직계존속 또는 배우자가 8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속ㆍ증여받은 토지”는 사업용 토지로 보도록 규정하고 있는 바, 비록 청구인의 조부 OOO이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다는 주장에 대하여 증빙자료의 제출은 없으나, 1871년 출생하여 일제강점기를 거쳐 1964년경 사망한 조부의 연령대 및 시대적 상황으로 보아 청구인의 조부 OOO이 쟁점토지에서 자경하였다는 증빙자료를 구비하고 있을 것으로 기대하기는 어려워 보이고, OOO에서 청구인의 조부 OOO의 묘(墓) 소재지가 OOO로 기재되어 있는 사실로 보아 이 건의 경우, 청구인의 직계존속인 조부 OOO이 쟁점토지 소재지에 거주하면서 8년 이상 쟁점토지를 직접 경작하였다고 보는데 무리가 없어 보이는 점, 쟁점토지의 임야대장OOO에서 직전 소유자가 조부 OOO으로 기재되어 있고, 청구인의 부 OOO가 1951년 사망한 것으로 보아 청구인이 조부 OOO으로부터 쟁점토지를 직접 상속받은 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점토지를 「소득세법」(2014.12.23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것) 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호에 따라 비사업용토지에서 제외하는 토지로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.