1. 처분개요

가. 청구인은 줄기세포를 활용한 바이오사업을 영위하는 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 대표이사로 2012.4.10. OOO이 발행한 제4회차 신주인수권부사채에서 분리되어 OOO의 주식 약 OOO주를 인수할 수 있는 신주인수권증권을 취득하였고, 해당 신주인수권증권은 2013.2.10. 행사가액 조정OOO으로 OOO의 주식 OOO주를 인수할 수 있게 되었던 한편, 청구인은 2013.4.1. OOO이 청구인에게 자사주 OOO주(행사가액 1주당 OOO원)를 인수할 수 있는 액면가액 OOO원의 제9회차 신주인수권부사채를 발행하여 취득하였고, 이후 신주인수권증권(이하 2012.4.10. 취득한 신주인수권증권과 합하여 “쟁점신주인수권증권”이라 한다)을 분리하여 아래 <표1>과 같이 2014.7.25.부터 2015.8.20.까지 특수관계인 등에게 쟁점신주인수권증권을 양도하고 이 중 OOO주에 해당하는 신주인수권증권에 대한 양도소득세 신고를 하였다.

나. OOO은 2017.8.2.부터 2017.11.29.까지 청구인에 대한 주식변동조사(조사대상 기간 : 2014년 7월, 2015년 1월～2015년 3월)를 실시하여 쟁점신주인수권증권의 양도로 청구인에게 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제40조 제1항 제2호 나목 및 마목에서 규정한 전환 등에 따른 증여이익이 발생한 것으로 보아 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구인에게 2018.3.20. 증여세 합계 OOO원을 결정․고지하였다(처분청은 전환 등에 따른 증여이익으로 산정한 금액을 쟁점신주인수권증권의 취득가액으로 양도가액에서 공제하여 양도소득세 합계 OOO원을 환급하였다).

<표1> 쟁점신주인수권증권 양도 및 이 건 증여세 부과내역

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.6.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 세무조사 범위 확대 통지없이 조사대상 기간을 벗어나 이루어진 조사는 위법하므로 이에 따른 과세처분은 「국세기본법」 제81조의9를 위반한 절차상 하자가 있어 취소되어야 한다.

 OOO은 조사대상 기간을 2014.7.1.～2014.7.31., 2015.1.1.～2015.3.31.로 하였으나, 세무조사시 어떠한 근거도 없이 조사대상 기간 외의 자료를 요청하였고, 조사대상 기간 외의 기간에 대한 세무조사 결과를 통지한 것은 조사범위에 대한 확대 통지없이 수집한 자료에 기반한 과세처분이므로 특별한 사정이 없는 한 위법한 처분이고OOO, 이처럼 수집한 자료가 납세자의 동의에 의한 것이라고 하여도 이에 따른 과세처분은 위법하다고 보아야 한다.

 선결정례OOO는 ‘임의로 세무조사의 범위를 확대하면서 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하지 않고 이루어진 과세처분은 중대한 절차상 하자가 있다’고 설시하였다.

 (2) 청구인의 쟁점신주인수권증권 양도는 상증법 제40조 제1항 제2호 가목 및 나목에서 규정하고 있는 증여세를 부과할 수 있는 요건을 갖추고 있지 못하므로 이 건 증여세 부과처분은 위법하다.

  (가) 청구인이 쟁점신주인수권증권을 인수 등을 한 2012.4.10. 및 2013.4.1. 당시 OOO의 최대주주는 OOO 외 1명으로, 청구인은 당시 최대주주와 특수관계가 아니었고, 주주도 아니었다.

  상증법 제40조 제1항 제2호 나목의 과세요건에 해당하기 위해서는 ‘주주인자가 전환사채 등을 인수 등을 한 경우’에 해당하여야 하나, 청구인은 인수 등 당시 주주가 아니었다.

  주주 여부를 쟁점신주인수권증권을 인수 등을 한 시점을 기준으로 판단하지 않고, 양도 시점을 기준으로 판단할 경우 증권 발행 등의 의사결정을 할 수 있는 자 및 그의 특수관계인에게 발생할 수 있는 변칙증여에 대하여 과세하려는 입법취지에 부합하지 아니하고, 납세자의 예측가능성도 저해하게 된다. 또한, 선결정례OOO에서도 증권의 전환 등(양도)의 시점에 발행법인의 주주에 해당함에도 과세처분이 이루어지지 않았다.

  따라서 청구인은 OOO로부터 전환사채등을 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수 등을 한 경우에 해당하나, 인수 등을 할 당시 주주가 아니므로 이 건 과세처분은 상증법 제40조 제1항 제2호 나목의 과세요건을 충족하지 못하고 있다.

  (나) 처분청은 이 건의 경우 상증법 제40조 제1항 제2호 가목에 해당한다고 답변하여 처분사유를 변경하였는바, 이 건이 같은 호 나목에 해당하지 않는다는 것을 인정하였으나, 청구인은 신주인수권부사채를 인수하였는바, 유통단계에 대한 과세를 규정하고 있는 가목에 해당하지 않고, 쟁점신주인수권증권 중 OOO주에 해당하는 4회차분은 특수관계가 아닌 자로부터 취득하여 이것 또한 가목에 해당하지 않는다.

  상증법 제40조 제1항 제1호는 전환사채 등을 인수․취득한 시점에 일정요건에 해당하는 자가 얻은 이익에 대한 규정으로 발행․유통과정에서의 증여세 과세요건이고, 같은 항 제2호는 전환사채 등을 주식전환 등을 한 시점에 일정요건에 해당하는 자가 얻은 이익에 대한 규정으로 이익 실현․권리 행사 시점에서의 증여세 과세요건인바, 이는 과정별 과세시점을 규정하고 있고,

  제1호 및 제2호의 나목 및 다목은 발행법인으로부터 직접 신주인수권부사채 등을 인수하거나 주간사(인수인)로부터 취득한 경우(인수 또는 인수인을 통한 취득으로 발행단계의 취득을 말하며, 법령에서는 ‘인수 등’으로 표현하고 있다)를 말하고, 가목은 이후 취득한 것(유통단계에서의 취득으로 법령에서는 ‘취득’으로 표현하고 있다)을 말하여 과정별 과세요건을 규정하고 있는바, 상증법은 발행단계의 ‘인수 등’과 유통단계의 ‘취득’을 명확하게 구분하고 있다.

  이렇듯 상증법 제40조 제1항은 ‘과정별 과세요건’에 해당할 경우 ‘과정별 과세시점’에 과세한다는 것으로 이해하는 것이 일반적이고, 국세청에서 발간한 ‘상속세 ․증여세 실무해설(2012)’도 동일하게 해석하고 있으므로 상증법 제40조 제1항 제2호 가목은 유통단계에서의 취득에 한정하여 적용된다고 보는 것이 합리적이다.

  결국, 청구인의 쟁점신주인수권증권의 인수는 상증법 제40조 제1항 제2호 나목 또는 다목의 ‘인수 등’에 해당하나, 청구인은 OOO의 주주가 아니므로 처분청도 인정한 바와 같이 이 건은 과세요건에 해당하지 않는다.

  한편, 상증법은 ‘인수’에 대하여 정의하고 있지 않으므로 가장 일반적인 상거래를 규율하는 「상법」에서 그 개념을 차용한 것으로 보아야 하고, 「상법」은 발행단계에서 발행의 상대개념으로 ‘인수’란 표현을 쓰고 있다.

  따라서 상증법 제40조 제1항 제2호 나목 및 다목의 ‘인수 등’은 발행법인으로부터 전환사채 등을 인수하거나 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」상 ‘인수인’으로부터 취득하는 경우에 한정된다고 보는 것이 합리적이고, 이는 발행단계 또는 실질적 발행단계에 해당하는 한편, 이와 구별하여 사용되는 같은 호 가목의 ‘취득’은 ‘인수 등’ 이후 단계, 즉 유통단계에서 취득에 한정됨을 알 수 있다.

  백 번 양보하여 상증법 제40조 제1항 제1호 또는 제2호 가목의 ‘취득’을 ‘인수’를 포함한 광의의 취득이라고 본다면, 굳이 같은 항 제1호 또는 제2호 나목과 다목은 존재할 필요가 없게 된다.

  더욱이 가목의 ‘취득’이 유통단계의 취득이 아니고 발행단계의 취득도 포함하게 되면 여러 가지 문제가 발생할 수 있는바, 예를 들어 모든 주주에게 전환사채를 지분율대로 발행하게 될 경우 30% 이상 소유한 자라는 이유로 특수관계인에 해당하게 되고, 나목 및 다목에 따라 초과인수한 경우에 해당하지 않음에도 불구하고 전환가액 등을 초과함으로써 얻은 이익이 있을 경우 과세되는 결과를 초래하게 될 것이며, 이는 모든 주주에게 지분율대로 발행하여 실제 증여이익이 없음에도 계산상의 증여이익이 발생함에 따라 증여세가 과세되는 모순에 처하게 된다.

 (3) 청구인의 쟁점신주인수권증권 양도는 양도소득세 과세대상이므로 소득세 부과처분을 취소하고 증여세를 부과한 것은 위법하다.

  (가) 상증법 제2조 제2항은 같은 법 제45조의3에 따라 증여로 의제되는 경우를 제외하고 증여재산에 대하여 소득세가 과세되는 경우 증여세 과세대상에서 제외되는 것으로 규정하고 있다.

  처분청은 「소득세법 시행령」 제163조 제1항에 따라 증여재산가액을 취득가액에 가산하여 양도소득세를 환급함으로써 이중과세 문제가 해소되었다는 의견이나, 같은 조 제10항은 미실현이익에 대하여 증여세가 과세된 경우 이익 실현시 취득가액에 가산하도록 규정하고 있는바, 이미 쟁점신주인수권증권을 처분하여 이익이 실현되어 양도소득세 납세의무가 성립한 이 건에는 적용할 수 없고, 해당 조항을 법문 그대로 ‘양도 이전에 증여세를 과세받은 경우’로 해석하여야 함에도 그러하지 아니하고 이중과세를 조정하였으므로 이 건 증여세 부과처분이 정당하다는 처분청의 의견은 부당하다.

  (나) 「소득세법 시행령」 제163조 제10항이 개정됨에 따라 기획재정부에서 발간한 ‘2007년 간추린 개정세법’의 ‘증여세와 소득세 이중과세 조정의 명확화’ 부분을 보면 그 개정이유가 시가보다 낮은 가액으로 자산을 취득하여 시가와의 차액에 대하여 증여세가 과세된 경우에는 해당 증여재산가액을 취득가액에 가산하여 추후 양도소득세 과세시 이중과세가 되지 않도록 조정하기 위한 것임을 명확하게 설명하고 있다.

  즉, 취득시점에 증여세가 과세된 것을 양도시점에 양도소득세에서 조정하여 주기 위한 것이라고 ‘간추린 개정세법’에서 설명하고 있음에도 불구하고 양도시점에 증여세가 과세되고 동시에 양도소득세에서 조정하여 주기 위한 것이라고 확대해석하는 것은 입법취지나 법령의 개정이유를 무시하는 것이고, 이는 타당하지 않은 법령해석이다.

   법문 그대로 ‘증여세를 과세받은 경우’에 적용되는 「소득세법 시행령」 제163조 제10항이 이 건 과세처분의 근거가 될 수가 없음은 자명하다.

 (4) 이 건은 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등 특별한 사정이 있는 경우이므로 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

 청구인은 쟁점신주인수권증권을 양도한 후 세무사 등 세무전문가에게 검토를 요청하였는바, 이들은 쟁점신주인수권증권 양도에 대하여 증여세 과세대상이 될 수 없다고 자문하였고, 국세청의 국세법령정보시스템에도 신주인수권증권 양도에 대하여 증여세를 부과하고 양도소득세를 감액한 사례는 없었으며, 청구인은 이 건 과세처분과 유사한 사례를 접해 본 적이 없다.

 따라서 청구인에게 쟁점신주인수권증권 양도에 대한 증여세 신고․납부의무를 이행할 것은 기대하는 것은 무리이고, 과세관청과 의견이 다르다고 하여 청구인에게 가산세를 부과하는 것은 가혹하므로 이 건은 ‘세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 생기는 등 특별한 사정이 있는 경우’에 해당하므로 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 당초 납세자에게 통지된 조사대상 기간은 2014년 7월, 2015년 1월∼2015년 3월이고, 조사를 실시하면서 2015년 4월 및 2015년 8월 신주인수권 양도에 대한 무신고 사실을 확인하였으며, 이에 대한 증여세 등 제세를 결정하였는바, 이는 당초 통지한 조사대상범위를 넘어서는 것이므로 해당 과세처분은 직권으로 취소하고, 다시 조사대상자로 선정을 하여 관련 제세를 고지하고자 한다.

 (2) 청구인은 상증법 제40조 제1항 제2호 가목의 과세요건에 해당한다.

 상증법 제40조 제1항 제2호 가목은 전환사채 등을 특수관계인으로부터 취득한 경우로서 전환사채 등에 의하여 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환ㆍ교환 또는 인수 가액을 초과함으로써 얻은 이익에 대하여 증여세를 부과하도록 규정하고 있는바, 청구인은 제4회 신주인수권 발행 당시인 2012.4.10. 대표이사, 제9회 발행 당시인 2013.4.1. 임원이었으므로 특수관계인에 해당하여 상증법 제40조에서 정한 과세요건을 충족한다.

 (3) 상증법 제2조 제2항의 ‘소득세 부과시 증여세를 부과하지 않는다’는 규정은 양도소득세 및 증여세의 중복적용을 배제하는 특별한 규정에 해당되지 않고, 「소득세법」에서는 ‘상증법 제40조에 따라 증여세를 부과한 경우 그 증여재산가액 또는 그 증․ 감액을 취득가액에 더하거나 뺀다’고 규정하고 있으므로 쟁점신주인수권증권의 양도에 대하여 주식전환 등에 따른 이익의 증여로 증여세를 부과하는 것은 이중과세에 해당되지 않는다.

  (가) 대법원은 구 상증법 제2조 제2항의 규정에 대하여 ‘증여세와 양도소득세는 납세의무의 성립 요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하는 것이어서 과세관청이 각 부과처분을 할 경우에는 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 할 것으로 각각의 과세요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느 한 쪽의 과세만 가능한 것은 아니라 할 것이다’, ‘상증법 제2조 제2항이 제1항에 규정된 증여재산에 대하여 수증자에게 「소득세법」에 따른 소득세가 부과되는 때에는 증여세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다 하더라도 이는 그 문언 내용이나 증여세가 소득세의 보완세로서의 성격도 가지는 점에 비추어 보면, 수증자에 대하여 증여세를 부과하는 경우 그에 대하여 소득세가 부과되는 때에는 증여세를 부과하지 아니한다는 뜻으로서 양도소득세 규정과 증여세 규정의 중복적용을 배제하는 특별한 규정에 해당하지 않는다’고 판시하고 있다OOO.

  (나) 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 가목은 양도가액에서 공제할 필요경비를 ‘자산취득에 든 실지거래가액’으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제10항은 ‘상증법 제40조에 따라 증여세를 과세 받은 경우에는 해당 증여재산가액 또는 그 증・감액을 취득가액에 더하거나 뺀다’고 규정하고 있는바, 「소득세법」은 신주인수권 양도에 따른 이익의 증여에 해당하는 증여재산가액을 양도자산의 필요경비로 규정하고 있다.

 (4) 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지․착오 등은 신고․납세 등 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것인바OOO, 청구인은 이 건 과세가 단순한 법령의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해의 대립이 생기는 등 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 주장하나, 이 건은 종전에 과세대상이 아니었다가 과세대상으로 변경된 경우가 아니고, 이미 동일한 과세처분에 대하여 법령에 위반되지 않고 중복과세에도 해당하지 않는다는 판례나 해석사례가 존재하고 있으므로 청구인이 법령을 알지 못할 만한 특별한 사정이 있는 것으로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 세무조사 범위 확대 통지없이 조사대상 기간을 벗어나 조사하고 증여세를 부과한 처분의 절차상 하자 여부

 ② 쟁점신주인수권증권 양도가 상증법 제40조 제1항 제2호 가목 또는 나목의 과세요건에 해당하는지 여부

 ③ 양도소득세를 신고․납부하였으므로 상증법 제2조 제2항에 따라 증여세를 부과하지 아니하여야 하는지 여부

 ④ 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

  (가) OOO(구, 주식회사 OOO)은 2012.4.10. 주주가 아닌 OOO 등 4명(회사 또는 최대주주와 관계가 없는 것으로 2012.4.10.자 주요사항보고서상 기재)에게 발행가액(권면총액) OOO원의 제4회 신주인수권부사채를 발행(행사비율 100%, 행사가액 1주당 OOO원)하였는바, 이 중 권면총액 OOO원에 해당하는 신주인수권증권이 같은 날 단가OOO원에 청구인에게 매각되었다.

  (나) 청구인의 OOO 임원 내역은 아래 <표2>와 같고, OOO은 2013.4.1. 사내이사(등기임원)인 청구인에게 발행가액(권면총액) OOO원의 제9회 신주인수권부사채를 발행(행사비율 100%, 행사가액 1주당 OOO원)하였다(2013.4.1. 당시 대표이사는 OOO이다). 이와 관련하여 처분청 담당자는 2019.6.18. 조세심판관 회의에 출석하여 청구인과 OOO은 2013.4.1. 당시 상증법상 특수관계인에 해당하지 아니하나, 최대주주에 해당한다는 취지로 진술하였다.

<표2> 청구인의 OOO 임원 내역

  (다) OOO의 2013.4.18. 최대주주 변경 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> OOO의 2013.4.18.자 최대주주 변경 내역

  (라) 청구인의 쟁점신주인수권증권 양도 당시 OOO 발행주식 보유내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구인의 쟁점신주인수권증권 양도 당시 OOO 발행주식 보유내역

  (마) 2014.7.30. 증여분 증여세 OOO원 부과처분 관련하여 청구인과 처분청 모두 상증법 제40조 제1항 제2호 마목의 과세요건에 부합한다는 점에 대하여는 다툼이 없다.

  (바) 기획재정부의 ‘2007 간추린 개정세법’ 중 「소득세법 시행령」 제163조 제10항 관련된 부분은 아래와 같다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제81조의9는 예상하지 못한 세무조사에 기한 부과처분으로부터 납세자를 보호하고자 하는 규정인바, 처분청은 청구인에 대한 주식변동조사의 조사대상 기간이 2014년 7월, 2015년 1월～2015년 3월임에도 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하지 아니하고 세무조사의 범위를 임의로 확대하여 과세처분을 하였으므로 이는 처분의 취소사유에 해당하는 중대한 절차상 하자인 점OOO, 처분청 또한 직권 취소 후 재처분 의사를 밝힌 점 등에 비추어 절차상 하자를 보완하여 다시 처분을 하는 것은 별론으로 하더라도 세무조사 범위 확대 통지없이 조사대상 기간을 벗어나 조사하고 청구인에게 증여세를 부과한 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점신주인수권증권 중 제9회차분은 유통단계에서 취득한 것이 아닌 발행단계에서 인수한 것이므로 쟁점신주인수권증권의 양도가 상증법 제40조 제1항 제2호 가목의 과세요건을 갖추지 못하고 있다고 주장하나, 상증법 제40조 제1항에서 정하고 있는 인수인은 전환사채 등의 발행법인을 위하여 제3자에게 취득의 청약을 권유하여 전환사채 등을 취득시킬 목적으로 이를 취득하는 자를 의미할 뿐이고, 이러한 목적없이 단순한 투자 목적으로 취득하는 자는 특별한 사정이 없는 한 인수인에 해당하지 않는바OOO, 청구인이 제3자에게 취득시킬 목적으로 OOO의 제9회차 신주인수권부사채를 취득하였다는 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  다만, 처분청 담당자는 2019.6.18. 조세심판관 회의에 출석하여 청구인과 OOO은 2013.4.1. 당시 상증법상 특수관계인에 해당하지 아니하나, 최대주주에 해당한다는 취지로 진술하여 특수관계인에 해당한다는 처분청의 당초 의견과 배치되는 진술을 하면서 관련 증빙을 제출하지 않았는바, 청구인과 OOO이 2013.4.1. 당시 상증법상 특수관계인에 해당하는지 여부 및 최대주주에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당할 것으로 판단된다.

  한편, 쟁점신주인수권증권 중 제4회차분에 대하여 살펴보면, 청구주장과 같이 청구인은 2012.4.10. 특수관계인 여부가 확인되지 않은 OOO 등으로부터 쟁점신주인수권증권을 취득하였으나, 신주인수권부사채의 발행 및 청구인의 쟁점신주인수권증권 취득이 같은 날 동시에 이루어진 것이므로 우회거래의 여지가 있는바OOO, 청구인과 OOO 등 4명이 2012.4.10. 당시 상증법상 특수관계인에 해당하는지 여부 및 쟁점신주인수권증권 취득이 우회거래에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 합리적이라고 할 것이다.

  (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 상증법 제2조 제2항이 같은 법 제45조의3에 따라 증여로 의제되는 경우를 제외하고 증여재산에 대하여 수증자에게 소득세가 부과되는 경우 증여세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 건 증여세 부과처분이 위법하다고 주장하나,

  상증법 제40조 제1항은 신주인수권부사채(신주인수권증권이 분리된 경우에는 신주인수권증권)를 인수·취득·양도하거나 신주인수권부사채에 의하여 주식의 인수를 함으로써 이익을 얻은 경우 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 하도록 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점신주인수권증권을 제3자에게 양도함으로써 해당 신주인수권을 행사하기 전에 사실상 증여이익이 발생하여 청구인에게 귀속된 것으로 보이는 점, 상증법 시행령 제30조 제5항 제2호 단서규정은 신주인수권증권을 양도한 경우 증여이익을 산정함에 있어 해당 양도가액에서 취득가액을 차감한 금액을 초과하지 못하도록 하고 있고, 청구인과 같이 양도소득으로 보아 양도소득세를 납부한 경우에는 증여세를 계산하면서 기납부세액으로 하여 공제받을 수 있는 점,

  증여세와 양도소득세는 납세의무의 성립 요건과 시기 및 납세의무자를 서로 달리하므로, 과세관청이 증여세와 양도소득세의 각 부과처분을 할 경우에는 각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하여야 할 것으로서 각각의 과세요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느 한 쪽의 과세만 가능한 것은 아니라 할 것이고, 상증법 제2조 제2항은 수증자에 대하여 증여세를 부과하는 경우 그에 대하여 소득세가 부과되는 때에는 증여세를 부과하지 아니한다는 뜻으로서 양도소득세 규정과 증여세 규정의 중복적용을 배제하는 특별한 규정에 해당하지 않는 점OOO, 처분청은 쟁점신주인수권증권 관련 증여재산가액을 취득가액에 포함하여 양도소득세를 환급하였는바, 증여세가 부과되는 부분에 대해서는 소득세를 부과하지 않은 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다OOO.

  (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건이 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바OOO, 이 건은 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 경우 등으로 보기 어렵고 청구인이 법령에 대하여 부지하거나 법령을 오인하고 있는 것에 불과한 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 국세기본법

 제81조의9[세무조사 범위 확대의 제한] ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

 (2) 상속세 및 증여세법(2015.12.15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것)

 제2조[증여세 과세대상] ② 제1항에 규정된 증여재산에 대하여 수증자에게 「소득세법」에 따른 소득세, 「법인세법」에 따른 법인세가 부과되는 경우(제45조의3에 따라 증여로 의제되는 경우는 제외한다)에는 증여세를 부과하지 아니한다. 소득세, 법인세가 「소득세법」, 「법인세법」 또는 다른 법률에 따라 비과세되거나 감면되는 경우에도 또한 같다.

 제4조의2[경제적 실질에 따른 과세] 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 상속세나 증여세를 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래로 보아 이 법에서 정하는 바에 따라 상속세나 증여세를 부과한다.

 제40조[전환사채 등의 주식전환 등에 따른 이익의 증여] ① 전환사채, 신주인수권부사채(신주인수권증권이 분리된 경우에는 신주인수권증권을 말한다) 또는 그 밖의 주식으로 전환·교환하거나, 주식을 인수할 수 있는 권리가 부여된 사채(이하 이 조에서 "전환사채등"이라 한다)를 인수·취득·양도하거나, 전환사채등에 의하여 주식으로의 전환·교환 또는 주식의 인수를 함으로써 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

1. 전환사채등을 인수·취득함으로써 얻은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

 가. 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계인"이라 한다)으로부터 전환사채등을 시가(제60조와 제63조에 따라 평가한 가액을 말한다)보다 낮은 가액으로 취득함으로써 얻은 이익

 나. 전환사채등을 발행한 법인(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 같은 법 제9조 제7항에 따른 유가증권의 모집방법으로 전환사채등을 발행한 법인은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 최대주주나 그의 특수관계인으로서 주주인 자가 그 법인으로부터 전환사채등을 시가보다 낮은 가액으로 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수·취득(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제12항에 따른 인수인으로부터 인수·취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "인수 등"이라 한다)함으로써 얻은 이익

 다. 전환사채등을 발행한 법인의 주주가 아닌 자로서 그 법인의 최대주주의 특수관계인이 그 법인으로부터 전환사채등을 시가보다 낮은 가액으로 인수등을 함으로써 얻은 이익

2. 전환사채등에 의하여 주식으로의 전환·교환 또는 주식의 인수를 하거나 전환사채등을 양도함으로써 얻은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

 가. 전환사채등을 특수관계인으로부터 취득한 경우로서 전환사채등에 의하여 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환·교환 또는 인수 가액(이하 이 항에서 "전환가액등"이라 한다)을 초과함으로써 얻은 이익

 나. 전환사채등을 발행한 법인의 최대주주나 그의 특수관계인으로서 주주인 자가 그 법인으로부터 전환사채등을 그 소유주식 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 인수등을 한 경우로서 전환사채등에 의하여 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환가액등을 초과함으로써 얻은 이익

 다. 전환사채등을 발행한 법인의 주주가 아닌 자로서 최대주주의 특수관계인이 그 법인으로부터 전환사채등의 인수등을 한 경우로서 전환사채등에 의하여 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환가액등을 초과함으로써 얻은 이익

 라. 전환사채등에 의하여 주식으로 전환·교환하거나 주식을 인수한 경우로서 전환사채등에 의하여 교부받은 주식의 가액이 전환가액등보다 낮게 됨으로써 그 주식을 교부받은 자의 특수관계인이 얻은 이익

 마. 전환사채등을 특수관계인에게 양도한 경우로서 양도가액이 시가를 초과함으로써 얻은 이익

3. 제1호 또는 제2호에서 규정하는 것과 방법 및 이익이 유사한 경우로서 전환사채 등의 거래를 하거나 전환사채등에 의하여 주식으로의 전환 등을 함으로써 특수관계인으로부터 직접 또는 간접적으로 얻은 이익

② 제1항에 따른 최대주주, 교부받았거나 교부받을 주식의 가액, 이익의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (3) 상속세 및 증여세법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26960호로 개정되기 전의 것)

 제12조의2[특수관계인의 범위] ① 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 「국세기본법」 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

2. 사용인(출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 사용인을 포함한다. 이하 같다)이나 사용인 외의 자로서 본인의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

 가. 본인이 개인인 경우 : 본인이 직접 또는 본인과 제1호에 해당하는 관계에 있는 자가 임원에 대한 임면권의 행사 및 사업방침의 결정 등을 통하여 그 경영에 관하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속 기업[해당 기업의 임원(「법인세법 시행령」 제20조 제1항 제4호에 따른 임원과 퇴직 후 5년이 지나지 아니한 그 임원이었던 사람으로서 사외이사가 아니었던 사람을 말한다. 이하 같다)을 포함한다]

6. 본인, 제1호부터 제5호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제5호까지의 자가 공동으로 발행주식총수 또는 출자총액(이하 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

7. 본인, 제1호부터 제6호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제6호까지의 자가 공동으로 발행주식총수등의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인

 제19조[금융재산 상속공제] ② 법 제22조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자"란 주주등 1인과 그의 특수관계인의 보유주식등을 합하여 그 보유주식등의 합계가 가장 많은 경우의 해당 주주등 1인과 그의 특수관계인 모두를 말한다.

 제30조[전환사채등의 주식전환등에 따른 이익의 계산방법 등] ① 법 제40조 제1항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"은 제12조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

② 법 제40조 제1항에서 "최대주주"란 해당 법인의 제19조 제2항에 따른 최대주주를 말한다.

④ 법 제40조 제1항 제2호에서 "교부받았거나 교부받을 주식가액"이란 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 가액을 말한다.

1. 교부받은 주식가액 : 전환사채등에 의하여 주식으로 전환·교환하거나 주식을 인수(이하 이 조에서 "전환등"이라 한다)한 경우 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액. 이 경우 주권상장법인등의 주식으로 전환등을 한 경우로서 전환등 후의 1주당 평가가액이 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액보다 적은 경우(법 제40조제1항 제2호 라목의 경우에는 높은 경우를 말한다)에는 당해 가액

2. 교부받을 주식가액 : 양도일 현재 주식으로의 전환등이 가능한 전환사채등을 양도한 경우로서 당해 전환사채등의 양도일 현재 주식으로 전환등을 할 경우 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액. 이 경우 주권상장법인등의 경우로서 양도일을 기준으로 한 1주당 평가가액이 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액보다 적은 경우에는 당해 가액

⑤ 법 제40조 제1항의 규정에 의한 이익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 이익으로 한다.

1. 법 제40조 제1항 제1호 각 목에서 규정하고 있는 이익 : 전환사채등의 시가에서 전환사채등의 인수·취득가액을 차감한 가액이 전환사채등의 시가의 100분의 30 이상이거나 1억원 이상인 경우의 당해 금액

2. 법 제40조 제1항 제2호 가목 내지 다목에서 규정하고 있는 이익 : 가목의 규정에 의한 가액에서 나목의 규정에 의한 가액을 차감한 가액에 다목의 규정에 의한 주식수를 곱하여 계산한 가액에서 기획재정부령이 정하는 바에 따라 계산한 이자손실분 및 제1호의 규정에 의한 이익(해당되는 이익이 있는 경우에 한한다)을 차감하여 계산한 금액(당해 금액이 1억원 이상인 경우에 한한다). 다만, 전환사채등을 양도한 경우에는 전환사채등의 양도가액에서 취득가액을 차감한 금액을 초과하지 못한다.

 가. 제4항 제1호의 규정에 의한 교부받은 주식가액(전환사채등을 양도한 경우에는 제4항 제2호의 규정에 의한 교부받을 주식가액을 말한다)

 나. 주식 1주당 전환가액등

 다. 교부받거나 교부받을 주식수

4. 법 제40조 제1항 제2호 마목에서 규정하고 있는 이익 : 전환사채등의 양도가액에서 전환사채등의 시가를 차감한 가액이 전환사채등의 시가의 100분의 30 이상이거나 1억원 이상인 경우의 당해 금액

 (4) 상속세 및 증여세법 시행규칙(2016.3.21. 기획재정부령 제557호로 개정되기 전의 것)

 제9조[특수관계인의 범위] ① 영 제12조의2 제1항 제3호 및 영 제38조 제12항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속기업"이란 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제3조 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업집단에 속하는 계열회사를 말한다.

 (5) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것)

 제163조[양도자산의 필요경비] ⑩ 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문은 다음 각 호에 따라 적용한다.

1. 「상속세 및 증여세법」 제3조 제1항 단서, 제33조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조, 제41조의3부터 제41조의5까지, 제42조 및 제45조의3에 따라 상속세나 증여세를 과세받은 경우에는 해당 상속재산가액이나 증여재산가액(같은 법 제45조의3에 따라 증여세를 과세받은 경우에는 증여의제이익을 말한다) 또는 그 증ㆍ감액을 취득가액에 더하거나 뺀다.

 (6) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2015.7.24. 법률 제13448호로 개정되기 전의 것)

 제9조[그 밖의 용어의 정의] ⑪ 이 법에서 "인수"란 제삼자에게 증권을 취득시킬 목적으로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하거나 그 행위를 전제로 발행인 또는 매출인을 위하여 증권의 모집·사모·매출을 하는 것을 말한다.

1. 그 증권의 전부 또는 일부를 취득하거나 취득하는 것을 내용으로 하는 계약을 체결하는 것

2. 그 증권의 전부 또는 일부에 대하여 이를 취득하는 자가 없는 때에 그 나머지를 취득하는 것을 내용으로 하는 계약을 체결하는 것

⑫ 이 법에서 "인수인"이란 증권을 모집·사모·매출하는 경우 인수를 하는 자를 말한다.