[주 문]

춘천세무서장이 2017.12.4. 청구법인에게 <별지>와 같이 한 각 부과처분은 ① 군납수탁채권을 대손충당금 설정대상채권에 포함하고, ②2012사업연도 대손상각비 과다계상액은 2012사업연도말 대손충당금 과다설정액에서 2011사업연도말 대손충당금 과다설정액을 차감하여 산정하며, ③ 2011～2016사업연도 합리적인 대손설정율을 재조사하여 그 결과에 따라 2012～2016사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 「농업협동조합법」에 근거한 축산업협동조합이며, 「조세특례제한법」제72조에 따른 당기순이익 과세법인으로 처분청은 2017.10.10.～11.27. 기간 동안 청구법인에 대하여 법인세 통합조사를 실시하여,

  청구법인이 대손충당금 설정대상 채권이 아닌 군납수탁사업 관련 채권(이하 “쟁점 군납수탁채권”이라 한다)을 대손충당금 설정대상채권에 포함시켰고, 금융업 외의 일반사업 관련 채권(이하 “일반채권”이라 한다)에 대해서도 상호금융업감독규정에서 정하는 대손충당금 적립비율을 적용한 것을 확인하고 이는 기업회계기준에 위배되게 대손충당금을 과다하게 적립하여 당기순이익을 과소신고한 것으로 보아 쟁점 군납수탁채권을 대손충당금 설정채권에서 제외하고, 일반채권에 대한 대손충당금 적립비율을 대손설정율로 적용하여 이를 초과하여 계상한 2012～2016사업연도 대손충당금 OOO원을 손금불산입하는 등으로 하여 2017.12.4. 청구법인에게 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 △OOO원 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 「조세특례제한법」 제72조에 의한 과세특례를 적용받는 법인은 「법인세법」제13조 및 제55조에도 불구하고 해당 법인의 재무제표상 당기순이익에 열거된 특정 세무조정사항만 손금불산입하여 법인세를 부담하는 것인데, 처분청이 손금불산입한 일반채권에 대한 대손충당금은 세무조정대상으로 열거되어 있지 아니한바, 처분청이 「법인세법」 제34조에서 규정하는 대손충당금 조정방법으로 손금불산입한 처분은 조세법률주의에 반한다.

 (2) 「조세특례제한법」 제72조에서 규정하고 있는 “결산재무제표상 당기순이익”이라 함은 「법인세법 시행령」 제79조에 의한 기업회계기준 또는 관행에 의하여 작성한 결산재무제표상 법인세비용차감전순이익을 말하고(조세특례제한법 기본통칙 72-0…1),

  법원에서도 조합법인에 대한 당기순이익과세 규정의 입법취지와 개정과정 등에 비추어 보면, 세무조정의 대상이 될 수 있는 접대비, 과다경비, 업무무관비용, 구상채권의 대손충당금 등과 같은 항목이 아니라면 그것은 경영자의 재량적 판단에 의한 결과물로서 기업회계기준에 명백히 위배된다는 특별한 사정이 없는 한, 과세관청으로서는 그 결산재무제표상의 당기순이익을 법인세 과세표준으로 그대로 사용하는 것이 위 규정의 입법취지에 부합하다고 판시하고 있는바(대구지방법원 2016.11.11. 선고 2016구합20618 판결, 같은 뜻임), 청구법인의 결산재무제표상 당기순이익이 기업회계기준에 명백히 위배된다는 특별한 사정이 없는 한, 처분청은 청구법인의 결산재무제표상의 당기순이익을 법인세 과세표준으로 그대로 사용하여야 한다.

 (3) 청구법인은 당기순이익 과세법인이므로 청구법인의 회계처리상 당기순이익에 오류가 있다고 하더라도 기업회계기준에 따라 재계산하여야 하는데, 처분청의 대손충당금 조정내역은 청구법인이 매년 계상한 대손상각비(대손충당금 연도별 적립금액)를 조정한 것이 아니라, 매 연도말 현재 대손충당금 잔액을 조정한 것인바, 이는 기업회계기준에 위배된 것으로 위법하다.

   처분청의 위와 같은 조정방식은 청구법인이 기초 대손충당금을 익금에 산입하고 기말 대손충당금을 손금에 산입한 것으로 보아 세무조정을 수행한 것인데, 이는 청구법인에게는 적용할 수 없는 「법인세법」제34조 제4항을 적용한 것이므로 부당하다.

   처분청의 주장이 청구법인의 결산재무제표상 당기순이익이 기업회계기준에 위배된다는 것이라면, 처분청은 청구법인의 연도별 대손충당금 적립액(대손상각비)이 과대 계상됨으로써 연도별로 당기순이익을 과소 계상한 금액만을 대상으로 조정하여야 하는 것인데, 처분청은 위와 같은 잘못된 방식을 통해 2011년 말 청구법인이 당초 계상하였던 대손충당금 잔액 OOO원(부과제척기간이 도과된 2011년까지의 대손상각비)을 2012년도 이후 당기순이익에 가산하는 위법을 범하였고, 이는 대손상각비에 관하여 ‘보충법’에 따라 회계처리하도록 규정한 일반기업회계기준 제6장 문단 6.17의2에 위배되는 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은「법인세법」상 대손충당금 한도초과액 손금불산입 관련 규정에 따라 세무조정하여 법인세를 과세하였다고 주장하나, 기업회계기준에서 ‘회수가 불확실한 채권은 합리적이고 객관적인 기준에 따라 산출한 대손추산액을 대손충당금으로 설정’ 하도록 규정하고 있음에도 청구법인이 객관적 기준 및 근거 없이 임의로 대손설정율을 정하는 등 기업회계기준 등을 명백히 위배하였다고 보아 과다적립한 대손충당금을 부인한 것일 뿐 기업회계기준에 따라 적정하게 작성된 결산재무제표상의 당기순이익에 대하여 추가적인 세무조정을 한 것은 아니다.

 (2) 청구법인은 기업회계기준에 명백히 위배된다는 특별한 사정이 없는 한, 과세관청으로서는 그 결산재무제표상의 당기순이익을 법인세 과세표준으로 그대로 사용하여야 한다고 주장하나,

   청구법인의 대손충당금 설정비율이나 금액이 과거경험율, 예상손실률, 여신규모 등 여러 제반 사항을 고려한 합리적․객관적 기준에 의하지 않고, 금융업 채권이 아닌 일반채권에 대해서 상호금융업감독규정에 의한 대손충당금 적립비율을 그대로 적용하여 대손충당금을 적립하였는바, 이는 기업회계기준에 부합하지 않은 금액이다.

   「조세특례제한법」제72조의 과세특례를 적용받는 당기순이익 과세법인의 당기순이익이란 기업회계기준 또는 관행에 따라 적정하게 산출된 당기순이익을 말하는 것으로, 일반기업회계기준상 회수가 불확실한 채권은 합리적이고 객관적인 기준에 따라 산출한 대손추산액을 대손충당금으로 설정하도록 규정하고 있는바,

   기업회계기준에 따라 과거경험률, 예상손실률, 여신규모 등 여러 제반 사항을 고려하여 회수 불확실성의 정도별로 대손율을 합리적으로 산출하여 대손충당금을 적립하여야 하는데, 청구법인의 경우 다음 <표1>과 같이 2012～2016년까지의 대손발생율은 0%～6.8%에 불과한데 반해 대손충당금 설정비율은 7.09%～13.33%로 현격한 차이가 있어 합리적 기준에 의해 대손충당금을 적립하였다고 보기 어렵다.

<표1> 연도별 대손발생율 및 대손충당금 적립률

(단위 : 천원)

 (3) 청구법인은 대손충당금 조정액 계산에 오류가 있다고 주장하나, 일반기업회계기준에 따르면 대손추산액에서 대손충당금잔액을 차감한 금액을 대손상각비로 계상하도록 규정하고 있는바, 처분청도 대손추산액을 초과하여 적립된 금액을 아래 <표2>와 같이 대손충당금 손금불산입액으로 조정한 것이다.

  청구법인은 대손충당금 조정대상이 연도별 대손충당금 적립액(대손상각비)뿐이라고 주장하나, 일반기업회계기준에 따르면 연도별 대손추산액보다 대손충당금 잔액이 더 큰 경우 그 금액을 환입하여 판매비와 관리비의 부(-)의 금액으로 표시하여야 하고(일반기업회계기준 제6장 문단 6.98 참조), 청구법인 주장대로 대손충당금 적립액(대손상각비)만을 조정대상으로 하는 경우 환입을 통한 당기순이익 증가분이 반영되지 않는 결과가 발생하므로 이에 관한 청구법인의 주장은 부당하다.

<표2> 처분청의 대손충당금 조정내역

(단위, 천원)

* 전기 부인 누계액은 추인

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점 군납수탁매출채권이 대손충당금 설정대상채권인지 여부

 ② 청구법인이 적용한 대손충당금설정율이 기업회계기준을 위배하여 대손충당금을 과다 적립한 것인지 여부

 ③ 처분청이 청구법인의 2012～2016사업연도 대손상각비를 조정함에 있어서 정당하게 산정되었어야 할 대손충당금과 청구법인이 실지 계상한 대손충당금 잔액의 차액을 익금(손금)산입한 것이, 기업회계기준에 위배되었거나 혹은 2011년도까지 익금에 산입하였어야 할 금액을 2012년도 이후에 익금에 산입함으로 부과제척기간을 도과한 처분으로서 위법한 것인지 여부

나. 관련 법령 등

 (1) 조세특례제한법

제72조[조합법인 등에 대한 법인세 과세특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제13조 및 같은 법 제55조에도 불구하고 해당 법인의 결산재무제표상 당기순이익[법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익(당기순이익)을 말한다]에 「법인세법」 제24조에 따른 기부금(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액과 같은 법 제25조에 따른 접대비(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)의 손금불산입액을 합한 금액에 100분의 9의 세율을 적용하여 과세(이하 이 조에서 "당기순이익과세"라 한다)한다. 다만, 해당 법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 경우에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다.

2. ｢농업협동조합법｣에 따라 설립된 조합 및 조합공동사업법인

 (2) 조세특례제한법 시행령

제69조 [조합법인 등에 대한 법인세 과세특례] ① 법 제72조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 손금의 계산에 관한 규정을 적용하여 계산한 금액"이란 「법인세법」 제19조의2 제2항, 제24조부터 제28조까지, 제33조 및 제34조 제3항에 따른 손금불산입액(해당 법인의 수익사업과 관련된 것만 해당한다)을 말한다.

 (3) 법인세법

제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액

제34조[대손충당금의 손금산입] ① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금, 그 밖에 이에 준하는 채권의 대손(貸損)에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

③ 제1항은 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에는 적용하지 아니한다.

제60조[과세표준 등의 신고] ② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표․포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

 (4) 농업협동조합법 제63조[회계의 구분 등] ⑤ 조합의 회계 처리 기준에 관하여 필요한 사항은 회장이 정한다. 다만, 신용사업의 회계 처리 기준에 필요한 사항은 금융위원회가 따로 정할 수 있다.

 (5) 일반기업회계기준

제6장 금융자산․금융부채

대손충당금

6.17의 2회수가 불확실한 금융자산(제2절 ‘유가증권’ 적용대상 금융자산은 제외)은 합리적이고 객관적인 기준에 따라 산출한 대손추산액을 대손충당금으로 설정한다.

            (1) 대손추산액에서 대손충당금잔액을 차감한 금액을 대손상각비로 계상한다. 이 경우 상거래에서 발생한 매출채권에 대한 대손상각비는 판매비와 관리비로 처리하고, 기타 채권에 대한 대손상각비는 영업외비용으로 처리한다.

            (2) 회수가 불가능한 채권은 대손충당금과 상계하고 대손충당금이 부족한 경우에는 그 부족액을 대손상각비로 처리한다.

채권의 조건변경

6.98      채권, 채무조정을 통하여 조건이 변경된 채권에 대한 대손상각비는 채권, 채무조정에 따른 약정상 정해진 미래 현금흐름을 채권 발생시점의 유효이자율로 할인하여 계산된 현재가치와 채권의 대손충당금 차감전 장부금액과의 차이로 계산하며 채권에 대한 대손충당금과 대손상각비를 다음과 같이 조정한다. 이미 설정된 대손충당금이 채권, 채무조정에 따라 결정된 대손상각비 금액보다 작은 경우에는 부족분에 대하여 대손충담금을 추가로 설정하며, 이미 설정된 대손충당금이 채권, 채무조정에 따라 결정된 대손상각비 금액보다 큰 경우에는 초과분에 대하여 대손충당금을 환입한다. 다만, 관측가능한 활성시장에서 거래되는 채권의 시장가격이 있고 그 자산의 처분을 통하여 채권을 회수할 가능성이 매우 높은 경우에는 그 자산의 공정가치에 근거하여 대손상각비를 측정할 수 있다. 대손상각비의 측정방법은 각 채권별로 일관성 있게 적용하여야 하며 측정방법의 변경은 상황이 변하는 경우에만 정당화될 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 「농업협동조합법」에 근거한 축산업협동조합이 「조세특례제한법」제72조에 따른 당기순이익 과세법인에 해당하고, 세무조사 결과에 따라 처분청의 법인세 경정내역은 다음과 같다.

  (가) 법인세 경정내역은 다음 <표3>과 같다.

<표3> 법인세 경정내역

(단위 : 천원)

  (나) 대손충당금 조정내역은 다음 <표4>와 같다.

<표4> 대손충당금 조정내역

(단위 : 천원, %)

*전기부인 누계액은 추인

 (2) 청구법인의 일반채권에 대한 대손충당금 설정현황은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 상호금융사업과 일반사업을 구분경리하고 있고, 상호금융사업과 관련된 금융채권에 대해서는 「법인세법 시행령」 제61조 제2항 제6호 및 상호금융업감독규정에 의한 대손충당금 적립비율을 적용하여 대손충당금을 적정하게 설정하고 있고, 이에 대해서는 처분청도 이견이 없다.

  (나) 청구법인의 상호금융사업 이외의 일반사업은 다음 <표5>와 같이 직접 사업을 운영하는 부분과 농민으로부터 위탁받아 군납매출하는 수탁매출부분으로 구분된다.

<표5> 연도별 기말 일반채권현황

(단위 : 천원)

  (다) 청구법인의 금융채권과 마찬가지로 일반사업과 관련된 채권도 상호금융감독규정에 따라 정상채권, 요주의, 고정, 회수의문, 추정손실로 구분하여 대손충당금을 설정하였고, 상호금융업감독규정의 연도별 적용율과 청구법인의 대손충당금 설정내역은 다음과 같다.

<표6> 자산건전성 분류기준에 따른 요적립잔액 적용율(상호금융업 감독규정)

<표7> 연도별 대손충당금 설정 내역

   (단위 : 천원, %)

(3) 처분청의 대손충당금 조정내역 및 이에 대한 당사자들의 입장은 다음과 같다.

  (가) 대손충당금 설정대상채권 관련하여 처분청은 군납수탁매출은 청구법인의 총수입금에 포함되지 않고 단지 수수료수익만 수익으로 계상하고 있으므로 군납수탁매출채권은 대손충당금 설정대상 채권에서 해당하지 않는다고 보아 대손충당금 설정대상채권을 다음 <표8>과 같이 산정하였다.

<표8> 처분청에서 재산정한 대손충당금 설정대상 채권

(단위 : 천원)

  (나) 대손설정율 산정과 관련하여 청구법인이 일반채권에 대해서도 상호금융감독규정에 따라 채권을 자산건성정을 분류하여 대손충당금을 설정하는 것은 기업회계기준에 따른 객관적이고 합리적인 기준으로 볼 수 없다고 보아 다음 <표9>와 같이 연도별 청구법인의 대손상각비 계상액을 대손실적으로 보아 대손설정율을 산정하였다.

 * 처분청의 대손설정율 산정식 : 대손상각비 계상액 ÷ 전기말 채권

<표9> 처분청의 대손설정율 산정내역

(단위 : 천원)

*법인세 신고서상 2012～2016사업연도 기간 동안 일반채권 중 대손금이 발생한 금액은 2016사업연도 OOO천원만 확인됨

  (다) 사업연도별 대손충당금 조정과 관련하여 위 <표2> 및 다음 <표10>과 같이 처분청은 2012년 대손충당금 조정시 기말 대손충당금 잔액과 처분청이 산정한 대손충당금을 비교하여 그 차액을 전액 손금불산입하였다. 이렇게 산정되는 경우 당기순이익 부인대상은 2012사업연도 이전에 적립한 금액을 포함하여 OOO억원으로 산정되는바, 청구법인은 대손충당금 조정대상은 당기 대손상각비(예컨대, 2012사업연도의 경우 OOO억원)를 한도로 하여야 한다는 입장이다.

<표10> 대손충당금 조정현황

(단위 : 천원)

  (라) 처분청은 각 과세기간별 기업회계기준에 따른 정당한 대손상각비와 실제 청구법인이 장부에 계상한 대손상각비의 차이를 과세조정함에 있어 ① 각 과세기간말 기준 청구법인이 장부에 계상한 대손충당금 누계액(A)에서 기업회계기준상 정당 대손충당금 누계액(B)을 차감하여 해당 과세기간까지 매년 대손상각비 과다(과소)계상액의 누적 합계액(C=A-B)을 산정하고, ② 해당 과세기간만의 소득금액 계산상 순수한 과다(과소) 계상된 대손상각비 과세조정을 위해 직전 과세기간까지 대손상각비 과다계상액 누적 합계액(D)을 차감한 금액(E=C-D)을 각 과세기간별 익금(손금)에 산입하였다. 다만 처분청은 2013사업연도 ～ 2016사업연도의 대손상각비 익금(손금)산입할 금액은 위와 같은 방법으로 계산하였으나, 2012사업연도의 경우 2012년말 대손충당금 과다계상액 누적 합계액(C)을 전액 익금산입하였고, 직전 과세기간까지 대손상각비 과다계상액 누적 합계액(D)을 차감하지 아니하였다.

*상기 A, B, C, D, E는 <표2> 상의 그것과 동일함

  (마) 청구법인은, 처분청의 익금산입액은 청구인이 당초 계상한 대손상각비(손금) 범위 내에서만 가능한데, 2012사업연도～2016사업연도 동안 청구법인이 대손상각비로 손금처리한 금원은 OOO천원임에 반하여 처분청이 익금산입한 금액은 이보다 큰 OOO천원이고, 이는 처분청이 2012사업연도 익금산입액을 계산하면서 2011사업연도까지 청구법인이 비용처리한 대손상각비인 2012사업연도 기초 대손충당금 OOO천원을 포함한 2012사업연도 기말잔액 OOO천원과 처분청 주장 산식에 따라 계상되어야 할 대손충당금 OOO천원의 차액 OOO천원을 모두 익금산입하고 위 OOO천원 중 2011사업연도까지 청구법인이 계상한 연도별 대손상각비 합계잔액인 2012사업연도 대손충당금 기초잔액 OOO원에 포함되어 있는 2011사업연도까지 부인되었어야 할 금원에 대해서 손금산입 처리하지 않음으로써 결과적으로 2012사업연도 익금산입 과정에서 처분청의 의견에 따를 경우 2011사업연도까지 연도별로 익금산입하였어야 할 금원까지 2012사업연도 이후에 과세하게 되었기 때문이라고 주장한다.

    청구법인의 위 주장에 따르면 처분청의 대손상각비 조정방식은 부과제척기한(5년)이 경과한 2011사업연도분까지의 대손상각비 부인대상금액(D)을 2012사업연도 이후분 과세처분에 포함시킨 잘못이 있게 된다.

  (바) 이에 반하여 처분청은, 처분청이 「법인세법」제34조 제4항에 따라 세무조정을 한 것이 아니고, 기업회계기준에 따르면 연도별 대손상각비는 대손추상액에서 대손충당금잔액을 차감한 금액만큼 계상되어야 하는 것이므로(기업회계기준 6.17의 2), 기업회계기준에 의하더라도 계상되어야 할 청구법인의 연도별 대손상각비(또는 그 환입액)는 청구법인이 당해 연도까지 적립한 대손충당금 총액과 처분청이 주장하는 방식에 따라 산정한 당해 연도까지 적립되었어야 할 대손충당금 총액을 비교하여 후자와 전자의 차액만큼 익금산입(또는 손금산입)하는 방식으로 산정될 수밖에 없다는 의견이다.

(4) 쟁점 군납수탁매출 거래흐름은 청구법인이 군부대와 “물품구매계약”을 체결하여 물품을 납품하게 되는데, 군부대에 납품할 물품은 조합원과 체결한 “군부식 계획생산 납품계약서”에 의거 조합원으로부터 조달받는다. 이와 관련된 물품대금(외상매출금)은 청구법인이 군부대 등으로부터 직접 회수 받은 후, 물품을 납품한 조합원에게 조합 수수료(5%) 및 하역비 등을 공제한 후 지급하는데, “물품구매계약” 제8조에 따라 청구법인은 군부대로부터 선금을 분기별 계약금액의 70%까지 받을 수 있고, “군부식 계획생산 납품계약서” 제15조에 따라 조합원에게 군부대로부터 받은 선수금 범위내에서 납품 계약금액 등을 감안하여 매분기 3개월분을 조합원에게 선급하고 매출 납품액과 정산하도록 하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점 군납수탁매출채권은 청구법인이 수수료 수익만 수익으로 인식하고 있으므로 대손충당금 설정대상채권이 아니라고 주장하나, 대손충당금 설정대상채권에 대해 기업회계기준에서는 별도의 제한을 두고 있지 않을 뿐만 아니라 법인세법에서도 「법인세법」 제19조의2 제2항 각 호에서 열거하고 있는 특정 채권이외에는 대손충당금을 설정하는데 제한을 두지 않고 있고, 국세청 예규(법인 46012-3449,1998.11.11.)에서도 위수탁판매계약에 따른 수탁판매대금에 대해서도 대손금 처리가 가능하다고 해석하고 있으며, 쟁점 군납수탁채권과 관련한 거래흐름을 살펴보더라도 청구법인이 군부대와 물품구매계약을 체결하여 직접 대금을 수령하여 수수료 등을 제외하고 위탁자인 농민에게 정산하여야 하는 것으로 확인되는바, 처분청이 쟁점 군납수탁매출채권을 대손충당금 설정대상채권에서 제외하여 대손충당금 설정액을 산정한 것은 잘못이 있다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 일반기업회계기준에 의하면 합리적이고 객관적인 기준에 따라 산출한 대손추산액을 대손충당금으로 설정하도록 규정하고 있는데, 청구법인은 금융채권 이외의 일반채권의 대손추산액 산정에 있어 일반채권의 대손추산액을 별도 추산하지 않고 상호금융업감독규정에 따른 대손충당금 적립비율을 그대로 적용하여 대손추산액을 산정하여 이는 군납수탁매출채권의 경우 미회수가능성이 전무한 점 등을 고려할 때 일반채권에 대한 합리적인 대손추산방법으로 보기 어렵고, 처분청 역시 청구법인이 사업연도별로 대손충당금을 적립하기 위해 계상한 대손상각비를 대손설정율 산정에 적용한 것은 객관적 기준으로 보기 어려운바, 처분청은 군납수탁채권을 대손충당금 설정대상채권에 포함시키되, 설정대상 일반채권에 대한 합리적이고 객관적인 대손추산액(대손설정율)을 재조사하여 사업연도별 대손충당금 설정액을 산정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

  (다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 「법인세법」제34조 제4항에 따라 세무조정을 한 것이 아니고, 기업회계기준에 따르면 연도별 대손상각비는 대손추산액에서 대손충당금잔액을 차감한 금액만큼 계상되어야 하는 것이므로(기업회계기준 6.17의 2), 기업회계기준에 의하더라도 계상되어야 할 청구법인의 연도별 대손상각비(또는 그 환입액)는 청구법인이 당해 연도까지 적립한 대손충당금 총액과 처분청이 주장하는 방식에 따라 산정한 당해 연도까지 적립되었어야 할 대손충당금 총액을 비교하여 후자와 전자의 차액만큼 익금산입(또는 손금산입)하는 방식으로 산정될 수밖에 없는 것이라는 의견인데, 처분청이 위와 같은 방식으로 익금산입 또는 손금산입한 것 자체가 기업회계기준에 위배된 것이라고 볼 수는 없다. 다만, 처분청은 각 과세기간별 기업회계기준에 따른 정당한 대손상각비와 실제 청구법인이 장부에 계상한 대손상각비의 차이를 과세조정함에 있어 2012사업연도의 경우 2012년말 대손충당금 과다계상액 누적 합계액을 전액 익금산입하였고, 그 직전 과세기간까지 대손상각비 과다계상액 누적 합계액을 차감하지 아니함으로 인해 결과적으로 2011사업연도까지 익금산입되었어야 할 대손상각비 익금산입액을 2012사업연도에 익금산입함으로써 부과제척기간이 경과한 부분까지 과세하였는바, 이와 같이 처분청이 2012사업연도 이전에 과다하게 적립한 대손충당금을 2012사업연도의 당기순이익조정대상에 포함하여 대손충당금 부인액을 산정한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

 4. 결론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.