[주 문]

OOO세무서장이 2018.11.14. 및 2018.11.15. 청구법인에게 한 부가가치세 합계 OOO(2015년 제2기분 OOO2016년 제1기분 OOO2016년 제2기분 OOO2017년 제1기분 OOO)의 부과처분은 가산세를 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015년부터 2017년까지 OOO(이하 OOO한다)에서 시행하는 OOO조성공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 하도급 업체로 사업에 참여하여 제공한 건설용역에 대해 당초 부가가치세 면세대상으로 보아 매출계산서 및 매입계산서를 발행․수취하였다가 쟁점공사와 유사한 택지조성공사는 국민주택에 필수적으로 부수되는 용역에 해당하지 않는다는 취지의 법원 판결(서울고등법원 2017.4.11. 선고 2015누63557, 이하 “쟁점판결”이라 하고, 쟁점판결은 대법원 2017.7.11. 선고 2017두44077 판결로 확정됨) 이후 OOO에서 진행 중인 택지조성공사에 대하여 부가가치세 과세대상으로 계약변경 할 것을 요청함에 따라 청구법인은 쟁점공사 관련 매출 및 매입 세금계산서(이하 “쟁점매입수정세금계산서”라 한다)를 소급하여 발행․수취한 후 쟁점매입수정세금계산서 관련 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하여 2018.8.31. 2015년 제1기～2017년 제1기 부가가치세를 수정신고하였다.

나. 이에 처분청은 청구법인이 당초 쟁점공사 관련 OOO외 2개 업체로부터 매입계산서를 수취하였다가 이를 소급하여 발급받은 쟁점매입수정세금계산서는 필요적 기재사항 중 공급시기가 사실과 다르다는 사유로 쟁점매입세액을 불공제하여 2018.11.14. 및 2018.11.15. 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO(2015년 제2기분 OOO2016년 제1기분 OOO2016년 제2기분 OOO2017년 제1기분 OOO)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.11. 이의신청을 거쳐 2019.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  청구법인은 2015～2017년 기간 동안 OOO에서 시행하는 쟁점공사에 하도급 업체로 참여하였는데, OOO에서 종전 부가가치세 면제대상으로 업무처리 해 오던 사항을 쟁점판결 이후 소급하여 부가가치세 과세대상으로 전환함에 따라 2018년 8월 쟁점공사 관련 거래대상 업체로부터 당초 계산서를 수취한 거래에 대해 소급하여 쟁점매입수정세금계산서를 수취하여 수정신고를 하였는바,

  청구법인은 쟁점공사 관련 건설용역의 제공이 부가가치세 면세대상인지 여부에 따라 별도의 이익을 얻는 것도 없고, 부가가치세 납세의무를 해태할 의도가 없었으며, 이는 오로지 쟁점공사를 발주한 OOO의 관행적인 업무처리 행태에서 비롯된 것으로 OOO로부터 부가가치세를 지급받지 못한 상황에서 쟁점공사 하도급 업체에 불과한 청구법인이 독자적으로 이의를 제기하거나 스스로의 판단으로 부가가치세를 납부할 것을 기대하기는 어렵다 할 것인데도 쟁점매입세액을 불공제하고, 가산세를 가산하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.

 나. 처분청 의견

  사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고, ｢소득세법 시행령｣ 제211조 규정에 따른 계산서를 작성․교부한 경우는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제70조에서 규정에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 교부할 수 없는 것(부가 46015-2405, 1994.11. 28.)으로 처분청이 쟁점매입수정세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하고, 청구법인의 부가가치세 과소신고에 가산세를 감면할 정당한 사유가 존재하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 당초 계산서를 수취한 과세거래에 대해 공급일이 속한 과세기간의 확정신고기한 이후에 소급하여 수정매입세금계산서를 수취한 경우 관련 매입세액 공제가 가능한지 여부

  ② 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 (2) 부가가치세법

 제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자 세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.

 제34조【세금계산서 발급시기】① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 (3) 부가가치세법 시행령

 제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금 계산서의 발급사유 및 발급절차】① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다) : 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금 계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나, 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인은 OOO로부터 하도급을 받아 시행한 다른 택지개발사업 조성공사가 부가가치세 과세대상이라는 취지의 쟁점판결에 따라 면세 계산서 발급분을 과세 매출 전자세금계산서로 소급하여 발행하는 한편, 쟁점매입수정세금계산서를 수취하여 2018년 8월 2015년 제1기～2017년 제1기 부가가치세 수정신고를 하였다.

(2) 처분청은 당초 면세분 거래로 교부받은 계산서에 대한 쟁점매입수정세금계산서를 당초 작성일자로 소급 발급받아 제출한 부가가치세 수정신고는 확정신고기한 이후 발급받은 세금계산서로 공제받지 못할 매입세액으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 경정․고지하였다.

  (3) 청구법인은 OOO외 2개 업체로부터 2015년 제2기부터 2017년 제1기까지 당초 면세 관련 매입계산서를 교부 받은 후 면세 매출이 과세매출로 전환됨에 따라 당초 계산서 작성일자로 소급하여 수취한 쟁점매입수정세금계산서 내역은 다음과 같다.

              (단위 : 원)

  (4) 청구법인은 당초 부가가치세 면세 계산서로 발급된 면세매출을 부가가치세 과세매출로 변경하여 세금계산서를 발행하게 한 OOO 관련 공문을 제시하였다.

  (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입수정세금계산서를 소급하여 수취하였으므로 쟁점매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나,

  청구법인은 과세거래의 거래상대방으로부터 당초 계산서를 수취하였다가 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한 이후에 소급하여 쟁점매입수정세금계산서를 수취한 사실에 대해서는 인정하고 있는바, 이는 ｢부가가치세법｣ 제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항에서 규정하고 있는 수정세금계산서 발급사유 및 발급절차에 해당되지 않고, 같은 법 제39조 제1항 제2호 단서 및 같은 법 시행령 제75조에서 규정하고 있는 세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등이 있어 매입세액 공제 적용대상으로 정하고 있는 사유에도 해당되지 않으므로 처분청이 쟁점매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

  처분청은 이 건 청구법인의 부가가치세 과소신고에 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 없다는 의견이나,

  쟁점공사는 국민주택단지가 건설될 예정인 사업지구 내에서 이루어지고 있었고, 공사비가 택지조성원가의 조성비에 포함되어 국민주택공급가격에 반영되는 만큼 청구법인으로서는 택지조성공사가 국민주택의 건설용역에 필수적으로 부수하여 제공되는 용역으로 면세대상이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하였다고 볼 수 있는 점, 청구법인은 단순히 OOO내부방침에 따라 부가가치세 상당액을 징수하여 이를 그대로 과세관청에 납부하는 지위에 있을 뿐 쟁점공사에 대한 부가가치세 납부 여부에 따라 별도의 이익을 얻는 것이 아니므로 청구법인에게 부가가치세의 신고납부를 해태할 의도가 있었다고 보기 어려운 점, 청구법인으로서는 원도급자인 OOO에게 계약내용에 대해 이의를 제기하거나, 부가가치세 상당액을 지급받지 못한 상황에서 스스로의 판단과 부담으로 이를 납부할 것을 기대하기 어려웠다고 할 것인 점, OOO쟁점공사와 같은 종류의 공사를 면세로 분류하여 도급금액을 정한 후 공사도급계약을 체결해 온 데 대해 과세관청도 한 동안 이에 대해 별도의 부과처분을 하지 않는 등 쟁점공사가 부가가치세 면제대상인지 여부를 명확히 판단하지 못하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인에게는 이 건 부가가치세 납세 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것이다(조심 2016부3709, 2017.10.13. 같은 뜻임).

  따라서, 처분청이 청구법인에게 가산세를 가산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.