주 문

1. 피고가 2017. 2. 10. 원고에게 한 2010년 귀속 종합소득세 중 과소기장가산세26,014,076원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 2. 10. 원고에게 한 별지2 기재 각 과소기장가산세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1994. 9.경부터 인천 에서 ‘디ㅁㅁㅁㅁㅁㅁㅁ’이라는 상호로 미국․유럽 등지로부터 유아교구 및 완구 등을 수입하여 이를 어린이집, 유치원 등과 중간도매상에게 판매하는 사업을 하여 왔다.

나. 피고는 2015. 4. 27.부터 2015. 5. 31.까지 원고에 대한 개인통합조사를 실시하여

원고의 ‘◇◇경영DB파일’이라는 매출관리프로그램(이하 ‘이 사건 매출관리프로그램’이

라 한다)에서 2004년 제2기 ~ 2014년 제2기 부가가치세 과세기간의 총수입금액이 88억 428만 원임을 확인하고, 그 금액 중 이미 신고된 수입금액 48억 1,179만 원을 제외한 나머지 수입금액 39억 9,249만 원이 신고 누락되었다고 보아, 10년의 국세부과제척기간 및 부당과소신고가산세를 적용하고 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액감면을 배제하여 2015. 7. 1. 원고에게 2005년 제1기 ~ 2014년 제2기 부가가치세

(일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서미발급가산세 등 포함) 합계 817,225,370원을 경정․고지하고(이하 ‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다), 아래 표1 종합소득세 고지내역과 같이 2004년 ~ 2013년 귀속 종합소득세(부당과소신고 가산세, 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 포함) 합계 2,348,479,620원을 경정․고지하였다.

(표생략)

다. 원고는 2015. 8. 18. 조세심판원에 위 부가가치세 및 종합소득세 부과처분에 대한 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2016. 12. 15. 종합소득세 부과처분에 대하여는 원고의 매출금액을 누락한 행위가 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다고 보기 어렵다는 이유로 5년의 국세부과제척기간 및 일반과소신고가산세를 적용하고 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액 감면을 적용하는 것으로 그 세액을 경정하고 원고의 나머지 심판청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.

라. 피고는 2016. 12. 22. 및 2016. 12. 26. 위 조세심판원 결정에 따라 2004년 ~2009년 귀속 종합소득세를 전부 취소하고 2010년 ~ 2013년 귀속 종합소득세에 대하여 부당과소신고가산세가 아닌 그 범위 내의 일반과소신고가산세를 적용하여 감액경정하고, 2016. 12. 28. 2013년 귀속 종합소득세에 대하여 납부불성실가산세의 계산 오류를 정정하여 추가로 감액경정하였다. 그런데 피고는 2017. 2. 10. 복식부기의무자의 경우 과소신고가산세와 과소기장가산세 중 큰 금액을 적용하여야 하는데, 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용할 경우 과소기장가산세가 더 크므로 일반과소신고가산세가 아닌 과소기장가산세를 적용하여야 한다는 이유로 2010년 ~ 2013년 귀속 종합소득세에 대하여 일반과소신고가산세를 취소하고 과소기장가산세를 추가로 부과․고지하였다. 결국 최종 종합소득세 고지내역은 아래 표2 기재와 같다(이하 2015. 7. 1. 이루어진 원고에 대한 2010년 ~ 2013년 귀속 종합소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 종합소득세 부분을 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 하고, 2017. 2. 10. 이루어진 과소기장가산세 부분을 ‘이 사건 과소기장가산세 부과처분’이라 한다).

<표2> 종합소득세 고지 내역(경정감 반영)

마. 원고는 2017. 5. 10. 조세심판원에 이 사건 과소기장가산세 부과처분에 대한 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2017. 12. 7. 2011년에서 2013년의 과소기장가산세 부과처분에 대한 심판청구를 각하하고, 원고의 나머지 심판청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 8, 9호증, 을 제1호증(가지번호 있는

것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 필요경비 지출

원고는 폐업업체로부터의 유아교구 등 매입비용, 그 밖의 임차료나 인건비 등을 지출하였는데, 이는 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우이거나, 소득을 얻기 위하여 통상적으로 필요로 하는 통상적 경비라고 할 것이어서 피고에게 그 부존재에 대한 입증책임이 있음에도 이를 입증하지 아니하였다. 따라서 이 사건 종합소득세는 소득을 확정할 필요경비에 대한 증명이 없어 그 세액을 산출할 수 없고, 산출세액에 따라 일정한 비율로 부과되는 이 사건 과소기장가산세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 부과제척기간 도과

피고가 2017. 2. 10. 원고에 대하여 한 2010년 과소기장가산세 부과처분은 5년의 제척기간이 지난 후 이루어졌으므로 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관련 법령

별지1 관련 법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 필요경비 지출 주장에 대한 판단

과세관청이 실지조사방법에 의하여 납세의무자의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 납세의무자의 당초 신고에서 누락된 수입금을 발견한 경우에 이에 대응하는 비용이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등의 특별한 사정이 없는 한 이는 총수입금에 대응하는 총비용에 이미 포함되었다고 보아야 할 것이고, 그 신고 누락 수입금에 대응하는 비용도 신고 누락되었다는 점에 대하여는 그 별도의 공제를 주장하는 납세의무자가 주장․입증하여야 하며, 또 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정할 수 있는 때에는 추계조사방법으로 결정할 수 없다(대법원 2003. 3. 11. 선고 2001두4399 판결, 대법원 2008. 1. 31. 선고 2006두9535 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 피고가 원고에 대한 개인통합조사 당시 이 사건 매출관리프로그램에 대한 조사를 통하여 총수입금액을 산정하고 거기에 기재된 경비를 인정하는 등 실지조사방법에 의하여 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하였으므로, 원고가 폐업업체로부터의 유아교구 등 매입비용이나, 그 밖의 임차료나 인건비 등을 지출하였다는 사실은 원고가 이를 입증하여야 할 것이다. 그러나 갑 제5, 6, 7호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없으므로, 피고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 부과제척기간 도과 주장에 대한 판단

1) 부과제척기간의 도과 여부

구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간을 정하고 있다. 즉, 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 지난 다음에는 부과할 수 없고(제3호), 다만 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우에는 10년(제1호)이 지난 다음에는 부과할 수 없다. 이와 같은 국세부과의 제척기간이 지난 다음에 이루어진 부과처분은 무효이다(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결 등 참조).

한편 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 기산한다고 정하고, 소득세법 제70조 제1항은 당해 연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 당해 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 정하고 있다. 위 규정을 종합하여 보면, 과세관청은 소득의 귀속자에게 그 소득이 귀속되는 과세기간에 관한 종합소득 과세표준 확정신고기한 다음 날부터 종합소득세를 부과할 수 있으므로 그 부과제척기간은 다음연도 6. 1.부터 기산된다.

이 사건에 관하여 보건대, 2010년 과소기장가산세 부과처분에 대한 부과제척기간은 해당 국세를 부과할 수 있는 날로서 2010년 귀속 종합소득세의 신고기한 다음 날인 2011. 6. 1.로부터 5년이라고 할 것인데, 2017. 2. 10. 이루어진 2010년 과소기장 가산세 부과처분은 그 부과제척기간을 도과하여 이루어졌음이 역수상 명백하므로 위법 하여 취소되어야 한다.

2) 피고의 주장에 대한 판단1)

피고는 2010년 과소기장가산세 부과처분이 2016. 12. 15.에 있었던 조세심판원의 결정이 확정된 날부터 1년 이내에 처분이 이루어졌는데, 이는 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 규정한 ‘그 밖에 필요한 처분’에 해당하므로, 이는 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 따른 특례제척기간 내에 이루어진 적법한 처분에 해당한다는 취지로 주장한다.

구 국세기본법 제26조의2는 제1항에서 국세부과권의 일반제척기간에 관하여 규정한 다음, 제2항에서 이에 대한 특례로서 국세의 부과에 따른 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송의 제기가 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다. 위 규정의 입법취지는 납세의무자의 청구를 인용하는 판결 또는 결정이 있으면 그 내용에 따라 새로운 과세처분이 불가피한 경우가 있는데, 당초의 부과처분에 대한 행정소송 등 쟁송 절차가 장기간 지연되어 그 절차가 진행되는 도중에 제척기간이 경과하면 제척기간에는 징수권의 소멸시효와 달리 그 기간의 중단이나 정지가 없어 새로운 결정이나 증액 경정결정은 물론 감액경정결정 등 그 판결이나 결정의 결과에 따른 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과 위 판결이나 결정은 무의미하게 되므로, 이러한 불합리를 방지하기 위한 것인 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점, 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며, 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 위 규정상의 ‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없는점 등에 비추어 보면, 별개의 과세단위에 대한 과세처분에 대하여 이와 같은 특례제척 기간이 적용되는 것으로 볼 수 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 참조). 한편, 본세의 부과처분과 가산세의 부과처분은 각 별개의 과세처분인 것처럼, 같은 세목에 관하여 여러 종류의 가산세가 부과되면 그 각 가산세 부과처분도 종류별로 각각 별개의 과세처분이라고 보아야 한다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 2016. 12. 15.에 있었던 조세심판원의 결정은 종합소득세 부과처분과 관련하여 원고가 매출금액을 누락한 행위가 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하는지 여부, 즉 부당과소신고가산세 부과 여부가 쟁점이 었던 점, 구 국세기본법상 부당과소신고가산세는 납세의무자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 납부할 세액을 신고할 세액보다 적게 신고한 경우 이를 제재하기 위한 것이고, 소득세법상 과소기장가산세는 근거과세를 실현하기 위하여 사업자가 정당한 이유 없이 기장의무를 위반한 경우 이를 제재하기 위한 것으로서, 그 과세요건을 달리하는 점, 구 국세기본법 제47조의2 제6항은 부당과소신고가산세 또는 일반과소신고가산세와 과소기장가산세 중 높은 금액만을 부과할 수 있게 하고 있으나, 이는 납세자가 과소신고를 한 경우 대체로 장부도 과소하게 기장하여 과소신고 가산세와 과소기장가산세 부과요건에 동시에 해당하게 되고, 이 경우 2가지를 동시에 부과한다면 이중과세가 될 수 있으므로 별도의 규정을 두어 이를 방지한 것에 불과한 점 등을 종합하면, 결국 조세심판원의 위 결정이 2010년 과소기장가산세 부과처분의 근거가 되는 특례제척기간 규정상의 결정에 해당한다고 볼 수 없으므로, 2010년 과소기장가산세 부과처분에 대하여

선행 결정의 확정에 따른 특례제척기간의 적용이 허용되지 않는다고 봄이 상당하다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.