주 문

 심판청구를 기각한다

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 종합부동산세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 청구법인이 보유하고 있는 주택, 종합합산토지, 별도합산토지(이하 “주택 등”이라 한다)에 대하여「종합부동산세법」(이하 “종부세법”이라 한다) 제16조 제3항에 따라 2016년～2018 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 신고하면서, 종부세법 시행령(2015.11.3. 대통령령 제26670호로 개정된 것, 이하 “쟁점시행령”이라 한다) 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항에 따라 산정한 금액을 공제할 재산세액으로 하여 납부할 종합부동산세액을 산정하였다.

나. 청구법인은 종합부동산세액에서 공제할 재산세액 산정 시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하도록 규정한 쟁점시행령은 상위법을 위반하여 무효이고, 따라서 재산세 공정시장가액비율만을 적용하여 산정한 금액이 공제할 재산세액이라고 주장하며, 2019.4.9. 아래 <표1>과 같이 2016년～2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 쟁점시행령 제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항 등 규정이 상위법을 위반하였다고 볼 수 없고, 청구법인의 당초 공제할 재산세액 산정내역이 적정하다고 보아 2019.5.30. 경정청구를 거부통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

대법원은 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×종합부동산세 공정시장가액비율’의 산식을 기초로 계산되므로 종합부동산세와 재산세가 중첩되어 부과되는 부분에 대한 재산세액은 종합부동산세에서 공제되어야 하고, 이 때 공제할 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×(재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율)×재산세율’의 산식에 따라 산정하여야 한다고 판결(대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)하였음에도, 쟁점시행령 제4조의2 및 제5조가 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제할 재산세를 계산하도록 규정한 것은 쟁점판결에 반하여 위법하므로 그 효력이 없고, 따라서 쟁점시행령이 위법함을 이유로 쟁점시행령의 적용을 배제하고 종부세법 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 6항에 따라 정당하게 계산한 금액에 기초하여 한 이 건 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점판결은 종부세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것, 이하 “종전시행규칙”이라 한다) ‘별지 제3호 서식’의 작성방법이 종부세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것, 이하 “종전시행령”이라 한다) 제4조의2 및 제5조의3을 따르지 않아 위법하다고 하였을 뿐, 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제할 재산세액을 산정하는 것이 상위법에 위반된다고 한바 없고, 쟁점판결에서 공제될 재산세액의 계산방식에 대하여 언급한 것은 사실이나 쟁점시행령이 이를 따르지 않았다고 하여 그 자체로 위법한 것이라 볼 수도 없으며, 종부세법 제9조 제4항 및 제14조 제7항에서 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령에 위임한다고 되어 있으므로 공제범위도 그 위임의 범위에 포함되는 것으로 보아야할 뿐만 아니라, 종합부동산세 과세표준에 대하여 부과되는 재산세액을 중복부과되는 금액으로 보아 공제하는 것이 합리적인 점 등에 비추어 쟁점시행령이 위법함을 전제로 이 건 거부처분이 부당하다는 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 산정방식에 오류가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지>에 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 기획재정부에서 발간한 2008 간추린 개정세법 해설서에 의하면, 2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된 종부세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위(80%)에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입한 것으로 나타난다.

 (2) 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액 산정 관련, 관련 규정의 개정 경과 및 대법원 판례(쟁점판례) 등의 내용은 다음과 같다.

 (가) 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된 종부세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였고, 이에 따라 종부세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 ‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액×주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 따라 산정하도록 규정하였다가, 종합부동산세 등에 대하여 공정시장가액비율 제도가 도입됨에 따라 종전시행령 제4조의2 및 제5조의3에서 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액×주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액÷주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’(이하 “종전시행령산식”이라 한다)의 산식에 의하도록 변경하였고, 종전시행령산식 중 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 구체적 계산방법과 관련하여 종전시행규칙 ‘별지 제3호 서식’의 작성방법 부분에서 ‘(공시가격-과세기준금액)×종부세공정시장가액비율×재산세공정시장가액비율×재산세율’의 산식에 따르도록 규정하였다.

(나) 대법원은 쟁점판결에서 종전시행령 제4조의2 및 제5조의3이 종전시행령산식에 따라 공제할 재산세액을 산정하도록 한 것이 종전시행령 이전에 비하여 재산세액의 범위를 축소․변경하려는 취지였다고 볼 수 없고, ‘(공시가격-과세기준금액)×재산세 공정시장가액비율’ 부분은 종합부동산세와 재산세가 중복하여 부과되고 있으므로 공제할 재산세액은 ‘(공시가격-과세기준금액)×(재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율)×재산세율’의 산식에 따라 계산하는 것이 타당함에도 법령의 위임 없이 ‘(공시가격-과세기준금액)×종부세공정시장가액비율×재산세공정시장가액비율×재산세율’의 산식에 따르도록 규정한 종전시행규칙은 국민에 대한 대외적 구속력이 없는 것으로 종전시행규칙에 따라 공제할 재산세액을 계산하여 부과한 종합부동산세 부과처분은 위법하다고 하였다.

(다) 기획재정부는 쟁점판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 종부세법 시행령 제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 아래 <표2>와 같이 개정하였다.

<표2> 개정 계산식 내용

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2016～2018년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 계산하면서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 것이 잘못되었다고 주장하나, 종부세법상 재산세액 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있는바, 종부세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 종부세법 시행령 개정․시행으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’을 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점시행령 조항에 따른 청구법인의 당초 종합부동산세 신고 내역을 정당한 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.