1. 처분개요

가. 청구인은 배우자와 공동(각 2분의 1 지분)으로 1988.6.11. OOO 대지 359.4㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 1993.12.6. 같은 곳 22-10 대지 209.2㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 취득하였고, 1997.2.20. 쟁점②토지를 쟁점①토지에 합병하여 위 토지(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 1992.7.20. 근린생활시설 등 1,047.79㎡(이하 “쟁점①건물”이라 한다)를 신축, 1997.3.5. 근린생활시설 등 850.92㎡(이하 “쟁점②건물”이라 하고, 쟁점①·②건물을 합하여 “쟁점건물”이라 한다)를 증축하여 임대업을 영위하였으며, 2017.11.20. 쟁점토지 및 쟁점건물을 일괄 양도한 후, 2018.1.30. 양도가액은 실지거래가액OOO, 취득가액은 환산취득가액OOO으로 하여 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 2018.2.28. 쟁점건물의 감가상각누계액OOO을 취득가액에서 차감하여 수정신고·납부하였다.

나. OOO국세청장은 청구인의 양도소득세 신고내역을 검토한 후, 환산취득가액 산정시 기준시가 적용 오류로 과다하게 산정된 쟁점토지의 환산취득가액을 감액하고, 쟁점②건물의 장부가액을 취득가액으로 적용하여 양도소득세를 경정할 것을 처분청에 지시하였고, 처분청은 이에 따라 2019.1.10. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.4. 쟁점②건물의 장부가액을 취득가액으로 적용하여 과세한 처분에 대하여 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 쟁점②건물의 장부가액이 쟁점②건물 증축시 수취한 것으로 보이는 매입세금계산서의 금액과 유사하여 청구인이 신고한 환산취득가액을 취득가액으로 볼 수 없다는 의견이나, 쟁점②건물의 장부가액OOO과 매입세금계산서의 공급가액OOO이 일치하지 않고 OOO원의 차이가 있다. 또한 쟁점②건물에 대한 설계비, 감리비 및 제세공과금(취득세, 등록세 등) 등이 대차대조표상 장부가액에 반영되어 있지 않았고, 쟁점②건물의 시행사였던 ㈜OOO이 건물 증축 중에 부도가 발생하여 청구인이 나머지 공사를 직접 수행하였으며, 이에 대한 인건비 등 지출금액도 장부가액에 반영되어 있지 않다. 결국 장부가액을 실지거래가액으로 인정하기 위해서는 그 가액이 증빙에 의하여 확인되거나 확인되지 않더라도 일반적이거나 객관적으로 인정되어야 하나, 처분청이 취득가액으로 적용한 장부가액은 일반적으로 객관성이 없으므로 실지거래가액에 해당하지 않는다.

아울러 이 사건 장부가액은 청구인이 임대사업에 대한 감가상각비를 산출하기 위하여 기준시가를 기준으로 임의로 산정한 것이기 때문에 실지거래가액으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 쟁점②건물을 증축한 해인 1997년에 국토해양부장관이 고시한 1㎡당 표준건축비OOO를 적용하여 계산한 쟁점②건물의 표준건축비OOO가 쟁점②건물의 매입세금계산서 공급가액OOO의 1.86배나 되는 것으로 볼 때 실지거래가액으로 볼 수 없다.

 이와 같이 청구인은 쟁점②건물을 신축하면서 실제로 공사비를 지급하였음에도 세금계산서를 수취하지 못하여 양도소득세 신고시 실지취득가액을 적용하지 못한 것이고, 일부 공사대금은 세금계산서를 수취하지 못하였으나 실제로 금융자료 등을 통하여 공사대금을 지급한 사실이 확인되므로 쟁점②건물의 장부가액은 불분명하다. 따라서 쟁점②건물의 장부가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 처분청이 쟁점②건물의 신축비용으로 판단한 매입세금계산서 수취금액과 장부가액이 정확하게 일치하지 않고, 주요부분 이외의 건축은 청구인이 매입자료 없이 직접 실시하였으며, 장부가액은 청구인이 임대사업에 대한 감가상각비를 산출하기 위하여 기준시가를 기준으로 임의로 안분하였다고 주장하나, 쟁점②건물 증축과 관련하여 수취한 매입세금계산서 가액과 대차대조표상 장부가액이 유사하므로 쟁점②건물의 장부가액을 실지거래가액으로 볼 사정은 충분하다. 또한, 청구인은 쟁점②건물을 신축한 이후 부동산임대업을 영위하면서 복식부기의무자로서 양도일까지 발생한 사업소득금액 계산시 계속하여 감가상각비를 계상하였고 이를 필요경비로 공제한 사실이 있으며, 양도일이 속하는 2017년까지 종합소득세 신고서에 계상된 장부가액이 확인되므로 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

 판례 및 심판결정례에서 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족하고, 그러한 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세자에게 입증책임이 있음을 일관되게 판시(결정)하고 있는바, 이 건의 경우 쟁점②건물의 장부가액OOO이 증축 당시 매입세금계산서상 공급가액OOO과 유사하고 그 차이가 중요한 금액에 해당하지 않으며, 청구인이 장부가액을 부인할 만한 명백한 근거를 제시하지 못하고 있으므로 쟁점②건물의 장부가액을 취득가액으로 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점②건물의 환산가액을 취득가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

(1) 소득세법 제96조[양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

 제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산취득에 든 실지거래가액

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

 제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지] ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 (2) 소득세법 시행령 제176조의2[추계결정 및 경정] ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

  (가) 양도소득세 신고서 및 결의서의 주요내용은 아래 <표1>과 같다.

  (나) 처분청이 산출한 쟁점건물의 장부상 취득가액 OOO원은 계산오류로 확인되고, 실제 쟁점건물의 장부상 취득가액은 OOO이며, 산출내용은 아래 <표2>와 같다.

  (다) 청구인이 쟁점②건물 증축공사와 관련하여 수취한 매입세금계산서의 공급가액 합계는 OOO이고, 주요내용은 아래 <표3>과 같다.

  (라) 국토교통부장관이 「수도권정비계획법」 제14조 규정에 따라 고시한 연도별 표준건축비 고시내용은 아래 <표4>와 같다.

  (마) 청구인 대리인은 2019.10.10. 개최된 조세심판관회의에 참석하여, 처분청이 실지조사 없이 양도소득세를 부과한 것은 절차상 문제가 있고, 쟁점②건물의 환산가액을 취득가액으로 적용하여야 한다는 취지로 진술하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 쟁점②건물의 취득가액으로 적용한 장부가액은 설계비 및 감리비, 제세공과금(취득세, 등록세 등) 등이 반영되지 않아 객관성이 없고, 처분청이 장부가액의 근거로 제시한 쟁점②건물의 매입세금계산서상 공급가액 OOO이 국토교통부장관이 고시한 표준건축비를 기준으로 산출한 가액 OOO에 미달한다는 등의 이유로 쟁점②건물의 취득가액을 환산가액OOO으로 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이고(대법원 1999.1.15. 선고 97누20304 판결 등 참조), 「소득세법」상 과세표준을 정하기 위한 실지조사는 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이므로, 근거과세의 원칙에 위반되지 않게 일정한 과세자료에 기초하였다면 적법한 실지조사 방법에 해당한다고 볼 것인바(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결 등 참조), 청구인이 종합소득세 신고시 쟁점②건물의 취득가액 및 감가상각비를 계상한 대차대조표 등 결산서를 스스로 작성하여 첨부한 이상 처분청이 쟁점②건물의 취득가액으로 적용한 장부가액은 명백한 근거 없이 부인하기 어려운 점, 청구인도 위 장부가액이 실지취득가액이 아니라는 구체적이고 객관적인 금융거래내역 및 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점②건물의 환산가액을 취득가액으로 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 한편, 청구인이 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표 등 결산서에 의하면, 1997.3.5. 현재 쟁점②건물의 장부가액은 1997.12.31. 현재 쟁점건물의 장부가액 OOO원 및 1997년분 쟁점건물의 감가상각비 OOO원의 합계 OOO원에서 1996.12.31. 현재 쟁점①건물의 장부가액 OOO원을 차감한 OOO원 중 청구인의 지분(1/2)에 해당하는 OOO원이나, 처분청이 OOO원을 쟁점②건물의 장부가액으로 적용한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.