주 문

OOO장이 2018.9.14. 청구법인에게 한 2016년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 가산세 OOO을 차감하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 내 표면처리단지(연면적 129,123㎡, 지하 1층∼지상 8층, 공장 216실 등, 이하 “표면처리센터”라 한다)의 분양을 위하여 2011.12.28. 설립된 법인으로, 2015.3.13. 주식회사 OOO(도급인, 이하 “OOO”이라 한다) 및 OOO 주식회사(수급인, 이하 “OOO”이라 한다)와 사이에 위탁자 겸 수익자를 청구법인으로, 수탁자를 OOO으로, 시공사를 OOO로 하는 차입형분양신탁계약(이하 “신탁계약”이라 한다)과 “OOO일반산업단지 친환경표면처리센터 신축공사” 도급계약[총 도급금액 합계 OOO원(부가가치세 포함), 이하 “도급계약”이라 한다]을 각 체결하였다.

나. 청구법인은 위 도급계약에 따라 OOO이 공사기성금을 청구하면 OOO이 기성검사 후 공사기성금을 확정하고, 확정된 금액으로 OOO(공급하는 자)로부터 도급공사비 관련 세금계산서를 수취하였는데, 2016.10.31., 2016.11.30., 2016.12.27. 공급가액 OOO원에 대하여는 환경시설공사비라는 명목으로 OOO으로부터 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다.

다. OOO장은 2018.6.20.∼2018.7.25. 기간 동안 청구법인에 대한 범칙조사를 실시한 결과, 청구법인이 OOO과 별도로 도급계약을 체결한 사실이나, OOO이 청구법인에게 실제 건설용역을 제공한 사실이 없음에도 불구하고, OOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 것을 사실과 다른 세금계산서라고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 관련 매입세액을 불공제하여 2018.9.14. 청구법인에게 2016년 제2기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점세금계산서는 정부지원사업에 따라 청구법인이 OOO 참여기관(OOO)으로부터 적법·타당하게 수취한 것이므로, 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.

  (가) 「부가가치세법」상 사실과 다른 세금계산서라 함은 「부가가치세법」제39조(공제하지 아니하는 매입세액)에서 규정하고 있는 필요적 기재사항이 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 세금계산서(제1항 제1호 및 제2호), 또는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 세금계산서(제1항 제4호)라 할 것인바, 쟁점세금계산서는 OOO과 사업수탁자인 OOO, 사업위탁자인 청구법인 등 상호간의 협약에 따라 이루어진 “환경시설공사비”에 대한 것이어서 사업과 직접 관련이 있을 뿐만 아니라 필요적 기재사항이 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 것으로 볼 수 없다.

  (나) 즉, 정부지원사업에 따라 시공사(OOO)-OOO 참여기관(OOO)-시행사(청구법인)으로 이루어진 3자간 거래에 관련하여 공사대금 OOO원이 정상적으로 지급된 사실이 확인되고, 이는 OOO 지원사업계획서, OOO 지원사업 협약서, OOO OOO 공동활용시설 설치 협약서 등의 자료에 의하여 실제 거래내용과도 명확히 일치한다.

  (다) 사업시행자인 청구법인은 표면처리센터 신축공사와 관련하여 시공사인 OOO로부터 정상적으로 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제하였고, OOO과 OOO 상호간 협약에 따라 2016년 10월～12월 중 진행된 환경시설공사(폐수처리시설 공사비 OOO원)에 관하여는 건축공사비와 구분하여 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제하였다.

   이와 같은 쟁점세금계산서는 표면처리센터공사비와는 별개의 사안으로, 거래당사자간 협약 내용 및 실제 거래사실에 따라 정상적으로 수취한 것이므로, 청구법인이 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제한 것은 적법․타당하다.

  (라) 쟁점세금계산서 관련 환경시설공사는 정부지원사업(OOO과 첨단화에 관한 법률 및 OOO 고시 제2013-103호 등)과 관련된 것으로, 국가기관인 OOO(OOO 산하기관)을 주관기관으로 하여 OOO, OOO 등의 협약에 의하여 진행된 것이다.

   이러한 국가적인 지원사업 정책과 관련된 쟁점세금계산서를 국가기관인 처분청 스스로가 사실과 다른 허위의 세금계산서라고 주장하는 것은 잘못이다.

  (마) OOO에서 관리하는 “OOO 지원사업”은 대기환경오염 저감시설 등 환경시설공사와 관련하여 국비를 지원하는 것으로, 이러한 국비의 지원은 OOO이 주관하여 일정 비율 범위(정부 : 민간 및 지방자치단체 자금조달 비율= OOO) 내에서 지원․집행한다.

  이러한 정부의 지원사업에 따라 쟁점세금계산서와 관련된 환경시설공사가 이루어 졌으며, 신탁사업이라는 특성상 건축 및 환경시설공사비의 자금조달과 집행을 맡고 있는 OOO이 “OOO 조성”의 참여기관이 된 것이다.

  즉, 쟁점세금계산서는 “정부지원사업”과 “신탁관계”라는 특성에 따라 OOO을 참여기관으로 하여 “시공사(OOO)-OOO 참여기관(OOO)-시행사(청구법인)”의 3자간 거래에 따른 것이며, 정부 지원사업의 정책 목적(정부지원금의 효율적인 집행)을 달성하기 위한 것이었다.

 (2) 쟁점세금계산서는 “정상적인 3자간 거래”과정에서 청구법인이 적법·타당하게 수취한 것으로, 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다.

  (가) 청구법인이 참여기관인 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취하고 관련 환경시설 건설용역은 시공사(OOO)로부터 직접 공급받았는바, 이와 같은 3자간 거래구조에 따른 쟁점세금계산서는, 물품의 실제 납품이 세금계산서상 중간거래자임 모(母)회사를 거치지 않고 최종매수자인 자(子)회사에게 이뤄졌다고 하더라도 3자 거래에 있어서 중간거래자를 거치지 않고 최종매수자에게 물류가 바로 배송되는 경우를 이례적이라고 볼 수는 없어 모회사에게 발급한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없는 것[서울행정법원 2017구합68141 판결(처분청의 상고포기로 확정됨), 같은 뜻임]과 같이 적법한 세금계산서에 해당한다.

  (나) 위탁판매 등 3자 거래구조에 관한 세금계산서 발급을 규정한 「부가가치세법 시행령」제69조 제14항은 “「전기사업법」에 따른 전기사업자(OOO)가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다”고 규정하고 있다.

  (다) 이와 같이 청구법인이 시공사인 OOO로부터 환경시설 공사용역(공급가액 OOO원)을 실제로 공급받으면서 세금계산서는 OOO 참여기관인 OOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 정상적인 3자간 거래에 해당하고, 이로 인한 세금의 탈루가 전혀 없었으므로, 쟁점세금계산서는 적법·타당하다[국세청 부가46015-1905,(2000.8.5.,), 같은 뜻임].

 (3) OOO 조세범칙위원회 및 OOO은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다는 취지에서 무혐의 종결하였다.

  (가) 「조세범처벌법」제10조 제2항 및 제3항은 “거짓으로 발급된 세금계산서”(제2항 제1호 후문) 및 “재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 발급받은 세금계산서”(제3항 제1호)에 해당하는 경우, 매입세액불공제 뿐만아니라 세금계산서 거래질서 위반으로 「조세범처벌법」이 적용된다.

   OOO 조세범칙위원회는 쟁점세금계산서가 거짓으로 발급된 세금계산서라거나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 발급받은 세금계산서가 아니라고 보아 무혐의 종결하였다.

  (나) OOO 역시 쟁점세금계산서와 관련된 정부지원금(OOO 지원금 OOO원)에 관하여 (국가)「보조금관리에 관한 법률」위반 여부를 수사하였으나, “혐의없음”으로 종결하였다.

   이러한 형사사건 무혐의 종결은 형사사건 혐의의 전제가 되는 쟁점세금계산서와 관련된 환경시설공사가 정상적으로 진행되었을 뿐만 아니라, 관련 자금집행도 정상적으로 이루어졌음을 의미하는 것이다.

  (다) 대법원은 “형사판결이 그대로 확정된 이상 행정소송에 있어서 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 볼만한 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없다”고 판시하였는바(대법원 1999.11.26. 선고 98누10424 판결), 쟁점세금계산서 및 관련 환경시설공사, 정부지원금에 관하여 이미 무혐의로 종결된 사실에 비추어, 쟁점세금계산서가 조세범칙 및 형사사건 혐의의 전제가 되는 “사실과 다른 허위의 세금계산서”에 해당하지 아니함이 명백하다.

 (4) 관련 「부가가치세법」규정에 비추어 쟁점세금계산서는 적법․타당하므로, 이 건 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.

  (가)「부가가치세법」상 “사실과 다른 세금계산서”라 함은 「부가가치세법」제39조(공제하지 아니하는 매입세액)에서 규정하고 있는 필요적 기재사항이 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 세금계산서(제1항 제1호 및 2호) 또는 사업과 직접 관련이 없는 지출(제1항 제4호)에 대한 세금계산서라 할 것이다.

  (나) 쟁점세금계산서는 정부지원사업에 따라 시공사(OOO)-OOO 특화단시 참여기관(OOO)-시행사(청구법인)으로 이루어진 제3자간 거래과정에서 정상적으로 수취한 것이어서, 「부가가치세법」상 “필요적 기재사항이 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 세금계산서” 또는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 세금계산서“에 해당하지 아니한다.

  (다) 처분청은 이러한 “신탁사업 및 정부지원사업”이라는 특성에 따라 정상적으로 이루어진 3자간 거래내역을 도외시하여, 관련 「부가가치세법」규정을 잘못 해석 적용하였다.

   결국, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 보아 과세한 이 건 처분은 위법․부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인이 수탁자인 OOO으로부터 수취한 세금계산서는 「부가가치세법」제39조의 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

  (가) 세금계산서란 납세의무자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에 「부가가치세법」제31조에 따라 부가가치세를 거래 징수하고 이를 증명하기 위하여 그 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하는 부가가치세 징수에 대한 영수증을 의미한다고 할 수 있다.

  (나) 청구법인은 쟁점세금계산서는 정부출연금 지급기관인 OOO과 수탁자인 OOO, 위탁자인 청구법인 등의 상호간 협약에 따라 이루어진 “환경시설공사비”에 관한 것이므로 사실과 다르게 적힌 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 표면처리센터 신축공사 사업은 신탁사업 형태로 위탁자 겸 수익자인 청구법인, 수탁자인 OOO, 시공사인 OOO, 3자 사이의 사업 약정에 따라 진행되었다.

   그러나, 공사도급계약은 청구법인의 위탁을 받아 수탁자 겸 도급인 OOO, 수급인 OOO 사이에 체결되었을 뿐, 환경시설공사비와 관련하여 청구법인과 OOO 사이에 별도로 체결한 공사계약은 없다.

   또한, 쟁점세금계산서(공급가액 OOO원)는 OOO 사업 당사자인 OOO(사업주관기관)과 OOO(사업참여기관) 사이에 체결한 OOO 지원사업 협약에 따른 것인데, 국가보조금 수급과정에서 공급받는 자로 OOO이 기재된 세금계산서가 필요하였기 때문에, OOO이 OOO에게 세금계산서를 요청하여 OOO로부터 세금계산서를 수취하고, OOO이 청구법인에게 같은 금액으로 쟁점세금계산서를 발급하여 청구법인이 이를 수취한 것이다.

  (다) 즉, 청구법인과 OOO 사이에 신탁계약에 따른 사업약정을 체결한 것일 뿐, 청구법인이 OOO으로부터 건설용역을 제공받은 것은 아니고, 청구법인은 도급금액 OOO원에 포함된 금액 중 대부분은 시공사인 OOO로부터 세금계산서를 수취하였으나, 환경시설공사비 관련 쟁점세금계산서는 OOO으로부터 수취하였으므로, 청구법인이 OOO로부터 수취한 쟁점세금계산서는 「부가가치세법」제39조에 따른 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

 (2) 쟁점세금계산서는 OOO 사업주관기관인 OOO과 과제주관기관인 OOO이 체결한 협약을 근거로 발급된 것이어서, 청구법인이 OOO으로부터 발급받은 세금계산서는 정상적인 것이라고 볼 수 없다.

  (가) 청구법인은 쟁점세금계산서가 표면처리센터 신축공사비와 별개의 사안으로 당사자간 협약내용 및 실제 거래사실에 따라 발급된 것이어서, 청구법인이 정상적으로 수취한 세금계산서라고 주장한다.

   그러나, 쟁점세금계산서(공급가액 OOO원)은 표면처리센터 신축공사비(OOO원)에 포함되어 있는 금액으로 별개의 사안이 아니고, 환경시설공사비 명목으로 세금계산서를 발급한 협약당사자 또한 OOO 사업주관기관인 OOO과 과제주관기관인 OOO이 체결한 협약이다.

  (나) 이러한 점에서 청구법인과 공급자인 OOO 사이에 건설용역을 제공하거나 제공받은 사실이 없이 정부지원사업에 대한 보조금의 정산이라는 명목으로 세금계산서를 수수한 것은 용역의 공급이 필수적으로 수반되어야 하는 부가가치세의 기본원리에 반하는 사실과 다른 세금계산서라 할 것이고, 정부지원사업 및 신탁사업이라 해서 예외라 할 것은 아니며, 「부가가치세법」에 열거되어 있지 않는 한 법문을 엄격하게 해석해야 할 것이다.

   따라서, 위 협약을 근거로 협약당사자가 아닌 청구법인이 OOO으로부터 발급받은 세금계산서를 정상적인 것이라고 볼 수는 없다.

 (3) 청구법인은 쟁점세금계산서에 관하여 OOO 및 OOO이 쟁점세금계산서와 관련하여 「조세범처벌법」제10조 제2항 및 제3항 위반한 혐의에 관하여 “혐의없음”으로 종결하였으므로, 정상적인 세금계산서라고 주장하나, 「조세범처벌법」제10조 세금계산서 발급의무를 위반한 사항에 대해서는 범칙혐의자가 범칙(범죄) 구성요건을 인식하고 이를 실현할 고의성이 있었는지를 심의하는 것이어서, “혐의없음”의 내용은 범칙조사결과 고의성이 없다는 내용이지 세금계산서가 정상이라는 것은 아니다.

 (4) 청구법인은 OOO이 “OOO”에 대하여 쟁점세금계산서와 관련된 「보조금에 관한 법률」위반 혐의를 수사한 결과 “혐의없음”으로 종결되었으므로, 쟁점세금계산서가 정상적인 세금계산서라고 주장하나, OOO에서 「보조금 관리에 관한 법률」위반으로 수사한 사건에 관하여, 처분청이 자세한 내용을 알 수 없지만 보조금 부정수급 관련 사건과 쟁점세금계산서가 정상적인 세금계산서라는 문제는 별개의 사안이다.

 (5) 청구법인은 처분청이 매입세액을 불공제하면서 「부가가치세법」 및 「조세범처벌법」상 사실과 다른 세금계산서 또는 허위세금계산서에 해당하는지에 대하여 명확한 근거를 제시하지 않았다고 주장하나, 처분청은 조사 당시 「부가가치세법」상 “거래처별 등록번호가 사실과 다르게 적힌 경우 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다”라고 설명하였고, 관련 예규 및 판례를 제시해 주었으며, 청구법인에 충분한 소명기회를 제공하였다. 또한 처분청은 세무조사 결과통지를 청구법인의 대표자에게 직접 송달하여 조사결과에 관하여 설명하여 주었다. 또한, 쟁점세금계산서 수취와 관련하여 청구법인과 협의 하에 공급자인 OOO과 국가보조금 집행기관인 OOO으로부터도 쟁점세금계산서를 발급한 경위에 대해 공문을 받은 사실이 있다.

   결국, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 보아 과세한 이 건 처분은 적법․타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

 (1) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

 (2) 부가가치세법 제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

 (3) OOO과 첨단화에 관한 법률 제20조[OOO의 지정ㆍ조성] ① 정부는 OOO의 진흥을 위하여 OOO과 그 지원시설 등이 집단적으로 입주하여 있거나 입주하고자 하는 지역에 대하여 필요한 경우 OOO(이하 "특화단지"라 한다)를 지정하거나 조성할 수 있다.

제21조(특화단지의 지원) ① OOO장관은 특화단지에서 다음 각 호의 사업을 수행할 수 있으며 이에 필요한 예산을 지원할 수 있다.

1. 뿌리산업 집적지 활성화를 위한 산업기반시설 및 공동연구개발 인프라의 설치 및 운영

제22조[국가뿌리산업진흥센터의 지정] ① OOO장관은 뿌리산업 발전에 필요한 연구개발 및 지원사업 등을 효과적으로 추진하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 국가뿌리산업진흥센터(이하 "진흥센터"라 한다)로 지정할 수 있다.

1.「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」제8조 제1항에 따른 OOO

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인에 관한 사업자기본사항을 보면, 청구법인은 OOO 내 표면처리단지 표면처리센터(OOO) 분양을 위하여, 2011.12.28. 설립된 사실이 나타난다.

 (2) 토지신탁 사업약정서(2015년 3월경)를 보면, 청구법인과 OOO, OOO은 위탁자 겸 수익자를 청구법인으로, 수탁자를 OOO으로, 시공사를 OOO로 하는 신탁사업약정을 체결한 사실이 확인된다.

 (3) 공사도급계약서(2015.3.13.)를 보면, 도급인인 OOO과 수급인인 OOO은 “OOO일반산업단지 친환경표면처리센터 신축공사”(=표면처리센터) 관련 공사도급계약을 체결하였고, 총 도급금액은 부가가치세를 포함하여 OOO원으로 나타나고, 공사도급계약에 따라 OOO이 공사기성금을 청구하면 OOO이 기성검사 확정한 후, 확정된 금액으로 OOO이 청구법인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 확인된다.

 (4) 청구법인은 2015년 6월경 제1회 기성금 청구를 시작으로 기성율에 따라 OOO로부터 세금계산서를 발급받았으나, 아래 <표>와 같이 2016.10.31. 제15회, 2016.11.30. 제16회, 2016.12.27. 제17회 기성금 청구액 중 일부(공급가액 합계 OOO원)에 대해서만 환경시설공사비라는 명목으로 OOO을 공급자로 하는 세금계산서를 발급받았다.

<표> 15～17회 기성금 청구액과 쟁점세금계산서 내역

 (5) OOO이 OOO장에게 발송한 “OOO 친환경표면처리센터 세금계산서 수수 관련 요청자료 제출의 건”(2018.7.16.)에 의하면, 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

 (6) OOO이 OOO장에게 발송한 “′15년도 OOO 지원사업 [친환경표면처리센터] 요청자료 제출의 건”(2018.7.16.)의 주요 내용은 아래와 같다.

 (7) 처분청이 과세근거로 제시한 심리자료는 다음과 같다.

  (가) OOO이 OOO에게 발송한 공사검사금 청구(제15회～제17회) 및 세금계산서 발급내역을 보면, 제15회 기성금으로 공급가액 OOO원을 청구하고 OOO이 청구법인에게 OOO원(공급가액)을, OOO이 OOO에게 환경시설공사비 명목으로 OOO원(공급가액)을 발급하였고, 제16회 기성금으로 공급가액 OOO원을 청구하고, OOO이 청구법인에게 OOO원(공급가액)을, OOO이 OOO에게 환경시설공사비 명목으로 OOO원(공급가액)을 발급하였으며, 제17회 기성금으로 공급가액 OOO원을 청구하고, OOO이 청구법인에게 OOO원(공급가액)을, OOO이 OOO에게 환경시설공사비 명목으로 OOO원(공급가액)을 발급한 사실이 확인된다.

  (나) OOO장의 청구법인 대표(OOO, 이하 “청구법인 대표”라 한다)에 대한 조세범칙혐의자 신문조서(2018.7.9.)를 보면, 청구법인 대표는 아래와 같이 진술하였다.

   1) 2012년경 OOO지역 도금업체들은 노후된 건물과 설비로 인하여 폐수처리 등 환경관련 단속 및 이에 따른 과태료 부과 및 폐수처리비용이 경제적 부담이 되었고, OOO는 도금업체의 요청에 따라 OOO 내 청정도금사업단지 조성을 약속하였으며(조사 당시 청구법인 대표 OOO은 OOO 청정도금센터 조성계획서를 제출하였음), 표면처리단지에 입주를 희망하는 사업자들이 “OOO(OOO)”을 결성하고 청구법인에게 표면처리센터 시행 및 분양사업 진행을 요청하였다.

   2) 사업을 추진하던 중, 2012년 1월경 「OOO과 첨단화에 관한 법률」이 제정되어, 2013년 OOO가 OOO에 본 사업단지를 특화단지로 지정해 줄 것을 요청하여 2013년 8월경 OOO로부터 전국 최초로 “OOO”로 지정받았고, 이를 근거로 특화단지 지원사업비를 지원받게 되으며, 청구법인은 입주예정자 조합인 OOO과 공동주관으로 “공동폐수시설/공동중앙집중식 열공급설비 수축사업”을 내용으로 국가보조금 OOO원을 지원받게 되었다.

   3) OOO(OOO)에서 요구하길, 이미 제출한 특화단지 지원사업 계획서에 주관기관은 “OOO”이고, 참여기관은 “OOO”이므로, 자금집행 증빙으로 공급받는 자가 OOO인 세금계산서를 요청하였고, 이에 OOO은 시공사인 OOO에 세금계산서를 요청하여 수취한 것으로 알고 있다.

   4) 쟁점세금계산서 관련 환경시설공사비는 별도의 도급공사계약에 따른 것이 아니라, 사업진행시 예정한 총공사비 OOO원에 포함된 금액이다.

   5) 처분청은 OOO 지원사업계획서에 청구법인이 기재되어 있지 아니한데, 청구법인이 이 계획서 등에 따라 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 것이 이해되지 않는다고 질문하였고, 이에 2015년 3월경 최초 사업제안 당시에는 OOO과 청구법인이 공동으로 OOO 지원사업을 시행하는 것으로 되어 있었으나, 2015년 10월경 OOO에서 법률적인 시행사가 누구냐고 물어와서 협의 끝에 「신탁법」상 청구법인의 위탁을 받은 OOO을 참여기관으로 정하여 계획서를 제출하게 되었고, OOO가 사업비정산과정에서도 참여기관인 OOO이 발급한 세금계산서를 요청한 것으로 알고 있다.

   6) 이 건 OOO 지원사업은 개별업체가 아닌 특화단지의 공동이용설비를 지원하는 사업으로 표면처리센터 건축주인 OOO과 표면처리센터에 입주할 OOO의 공동사업방식으로 제안되었고, 분양대금에 포함된 폐수처리시설 공사대금 즉, 환경시설공사비 OOO원은 OOO이, 공동중앙집중식열공급공사사업의 공사비 OOO원 및 환경시설공사비에 추가 설비한 질소저감시설 공사비 OOO원은 OOO이 진행하는 것으로 하였다.

   7) OOO 지원사업 계획서상 총 사업비는 국가보조금 OOO원을 포함하여 처음에는 OOO원이었으나, 2015년 10월경 사업비가 증액되어 OOO원으로 변경되었고, 사업비의 구성은 국가보조금 OOO원, 민간부담금 OOO원으로, OOO원 중 OOO원은 토지처분 등 현물출자이고, 문제된 OOO원은 기존 공사비 OOO원에 포함되어 있으며, 나머지 OOO원은 OOO에서 별도로 발주한 공사비이어서, 이 건 국가보조금 OOO원은 특정인에게 주는 보조금이 아니라, 특화단지 지원사업에 주는 보조금이기 때문에 표면처리센터 총 공사비에 폐수처리시설 공사비(환경시설공사비)를 산입해도 문제없다고 진술하였다.

 (8) 청구법인이 청구주장에 관한 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다.

  (가) 2015년도 OOO 산업기반실장 명의의 OOO 사업비 지급내역(2018.7.16.)을 보면, OOO은 2015.11.3. 협동조합명의의 OOO 계좌로 OOO원의 국가보조금을 지급받은 것으로 확인된다.

  (나) OOO장 명의의 조세범칙조사 무혐의통지서(2018.8.20.)를 보면, 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 「조세범처벌법 」위반 혐의에 관하여 혐의없음(무혐의) 처분 받은 것으로 나타난다.

  (다) OOO의 피의사건 처분결과 통지서(2018.2.20.)를 보면, OOO은 「보조금관리에 관한 법률」위반과 관련하여 혐의없음(증거불충분) 처분 받은 것으로 확인된다.

  (라) OOO 지원사업 계획서(2015년 10월경) 및 OOO 지원사업 협약서 및 공동활용시설 설치 협약서(2015.10.29.)를 보면, 주관기관은 OOO, 참여기관은 OOO으로 나타나고, 사업기간은 2015.10.1.～2016.6.30., 정부출연금은 OOO원, 민간부담금은 현금 OOO원, 현물 약 OOO원 합계 OOO원으로 확인된다.

 (9) 처분청은 쟁점세금계산서가 사실과 다르다고 보아 쟁점세금계산서 수취인인 청구법인에게 관련 매입세액을 불공제하는 처분을 하였으나, 국세청 전산자료상 2019.7.15. 현재 OOO 관할세무서장은 OOO에게 별다른 처분(환급)을 하지 아니한 것으로 나타난다.

 (10) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 청구법인은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구법인과 OOO 사이에 건설용역계약이 존재하지 아니하고 OOO이 청구법인에게 환경시설공사용역을 제공하였다고 보기도 어려워서, 청구법인이 OOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 「부가가치세법」제39조에 따른 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하겠다.

  (나) 다만, 처분청은 환경시설공사용역을 제외한 나머지 건설용역의 경우 도급계약상의 건축주가 OOO임에도 불구하고 공사용역 제공의 실질에 따라 시공사인 OOO이 시행사인 청구법인에게 공사용역을 제공한 것으로 보아 기발급된 세금계산서를 문제 삼지 않고 있으나, 이 건 환경시설공사의 경우 실질적으로 공사용역을 제공받는 자는 시행사인 청구법인이고, 환경시설공사비를 실제 부담하는 자도 청구법인이므로(쟁점세금계산서상의 환경시설공사비는 당초부터 총 공사비에 포함되어 있어 청구법인이 부담할 예정이었음), 다음과 같은 이유로 청구법인에게 「국세기본법」제48조의 제1항에 따른 가산세 감면의 정당한 사유가 있다 하겠다.

   1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 쟁점세금계산서 발급 및 수취의 경위의 측면에서 쟁점세금계산서를 OOO이 아닌 OOO이 발급하게 된 이유가 청구법인의 의사에 따른 것이라거나 청구법인이 의도한 것이 아니라, 국가보조금 집행기관인 OOO인 OOO의 요구에 따른 불가피한 사정에 의한 것임이 확인된다.

    즉, 「뿌OOO과 첨단화에 관한 법률」에 따른 국가보조금 지급과 관련하여 OOO인 OOO의 요구가 아니었다면 시공사인 OOO은 시행사인 청구법인에게 환경시설공사용역을 제공하고 청구법인은 이미 총 공사비에 반영되어 있었던 환경시설공사비 OOO원을 OOO에게 지급하였을 것이고, 이에 따라 OOO은 청구법인에게 환경시설공사용역 관련 세금계산서를 발급하여 주었을 것이다.

    그러나, OOO이 OOO장에게 발송한 “OOO 친환경표면처리센터 세금계산서 수수 관련 요청자료 제출의 건”(2018.7.16.)과 OOO이 OOO장에게 발송한 “′15년도 OOO 지원사업 [OOO] 요청자료 제출의 건”(2018.7.16.)을 보면, OOO인 OOO은 OOO 지원금을 관리함에 있어 참여기관(이 건의 경우 OOO)에게 별도의 계정과 통장을 설정․관리하도록 요구하였고, 이에 OOO에 입주할 예정인 OOO은 국가로부터 OOO 지원금OOO을 보조받기 위하여, OOO의 요구와 같이 OOO에게 별도의 계정으로 OOO에게 환경시설공사비OOO를 지급한 뒤 세금계산서를 OOO이 OOO에게 발급하도록 요청하였기 때문에, 결과적으로 이미 총 공사비에 반영되어 있어서 환경시설공사비를 부담하여야 하는 청구법인이 OOO으로부터 환경시설공사비와 관련하여 불가피하게 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 확인된다.

    청구법인 입장에서는 실제적으로는 시공사인 OOO로부터 환경시설공사용역을 제공받았고 그에 따른 환경시설공사비도 부담함에도 불구하고, OOO로부터 환경시설공사 관련 세금계산서를 발급받지 못하여 매입세액까지 공제받지 못하게 되자, 불가피하게 비자발적으로 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취하였다고 보인다.

    나아가, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라면 공급받는 자인 청구법인 뿐만 아니라 공급하는 자인 OOO에 대하여도 동일한 내용의 과세처분[매입세액 부인에 따른 매출세액 부인(환급)]이 있어야 할 것인데, 청구법인에 대한 조사 후 1년 이상이 지난 시점까지 OOO의 관할세무서장은 OOO에게 별다른 처분(환급)을 하지 않고 있는바, 만일 환경시설공사용역이 제공된 실질과 비용부담의 주체에 따라 환경시설공사비 외 다른 공사비와 같은 방식으로 청구법인이 OOO로부터 세금계산서를 수취하였다면 처분청은 이 역시 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세하였을 가능성도 배제할 수 없다.

   2) 또한, 쟁점세금계산서와 관련한 탈루세액도 존재하지 아니한다. 이 건 환경시설공사와 관련하여 OOO이 OOO에게 세금계산서(공급가액 OOO원)를 발급하였고, OOO이 청구법인에게 쟁점세금계산서(공급가액 OOO원)를 발급하였는바, 전체적으로 탈루된 부가가치세는 없고, OOO 조세범칙위원회에서도 청구법인에게 조세탈루의 고의가 없다고 보아 무혐의 결정하였다.

  (다) 따라서, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도 청구법인에게 쟁점세금계산서 수취에 따른 귀책사유를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이므로 처분청이 청구법인에게 가산세를 부과한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.