1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.12.31. 모회사인 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 흡수합병하였는데, OOO는 2013.3.7. OOO 법인인 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 합병 전 청구법인의 발행주식 OOO(지분율 30.4%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양수하는 계약을 체결하고 2013.4.25. 양수대금 OOO(이하 “쟁점소득”이라 한다)을 지급하였으며, 당초 OOO를 쟁점소득의 실질귀속자로 보아 유가증권 양도소득에 대하여 비과세를 규정한 한-OOO 조세조약을 적용하여 2013.5.9. OOO에게 비과세․면제신청을 하고 원천징수를 하지 아니하다가 이후 OOO를 100% 간접 소유하고 있는 OOO 소재 유한파트너십인 OOO 및 OOO 소재 유한파트너십인 OOO(이하 “OOO 등”이라 한다)의 투자자(파트너)들을 기준으로 조세조약을 적용하여 2014.10.30. 주식양도에 대한 원천징수세액 OOO을 기한 후 신고․납부하였다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 201x.x.xx.～201x.x.xx. 기간 동안(201x.x.xx.～201x.x.xx. 조사중지) 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점주식의 형식상 양도자인 OOO와 이를 순차지배하는 3개 법인OOO은 도관에 불과하고 쟁점주식 양수시의 역할(매입자금의 실질적 공급처)이나 그 사업목적 및 사업내역 등에 비추어 OOO 등이 「법인세법」상 외국법인으로서 쟁점소득의 실질귀속자에 해당한다고 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.1.3. OOO에게 2013사업연도 법인(원천)세 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.11. 심판청구OOO를 제기하였고, 처분청은 이 건 과세처분이 과세처분일 당시 존재하지 아니하는 납세자인 OOO에 대하여 한 위법한 처분이라는 청구주장을 받아들여 2017.2.23. 이를 직권으로 시정하여 2013사업연도 법인(원천)세 OOO을 환급하는 한편, 2017.7.10. OOO의 승계법인인 청구법인에게 2013사업연도 법인(원천)세 OOO을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 외국에서 과세대상 주체가 아닌 투시사업체(fiscally transparent entity)로 취급되는 유한파트너십의 국내원천소득의 경우 국외투자기구는 실질귀속자에 해당하는지 않는다는 전제 하에 도입된 제한세율 적용신청 관련 규정[국외투자기구(Overseas Investment Vehicle) 제도], 납세의무가 없는 파트너십의 경우 소득원천지국의 취급에 관계없이 파트너들을 기준으로 조세조약을 적용하여야 한다는 기획재정부 및 OECD의 각 유권해석, 최근 조세심판원 결정례 및 학계의 견해, 파트너십이 아닌 파트너들을 기준으로 조세조약을 적용하여 왔던 기존 과세관청의 일관된 유권해석 및 과세실무 등에 비추어 쟁점주식 양도소득의 경우 유한파트너십인 OOO 등이 아닌 그 파트너들을 기준으로 관련 법령 등을 적용함이 타당하다.

(가) 입법당국은 국내원천소득의 실질귀속자 해당 여부 판정에 관한 일반적 기준에 따라 국외투자기구가 국내원천소득의 실질귀속자에 해당하는지 여부를 판단하는 것이 어려운 일임을 감안하여 「법인세법」 및 같은 법 시행령에서 국외투자기구가 수취하는 국내원천소득에 대하여 국외투자기구의 투자자가 실질귀속자임을 전제하는 규정을 신설하였고, 그 도입배경과 취지는 국세청이 발간한 여러 문헌에서 확인 가능하다. 즉, 「법인세법」은 국내원천소득이 국외투자기구를 통해 실질귀속자에게 지급되는 경우에는 국외투자기구가 실질귀속자로부터 배당소득 등에 대한 제한세율적용신청서(2012.7.1. 시행) 또는 주식양도차익 등에 대한 비과세․면제신청서(2014.1.1. 시행)를 제출받아 그 명세가 포함된 국외투자기구신고서를 원천징수의무자에게 제출하도록 하는 규정을 신설하여 국외투자기구는 원칙적으로 실질귀속자가 아님을 확인하고 있다.

  한편, 제한세율(또는 비과세ㆍ면제)을 적용받지 못한 실질귀속자가 제한세율 등을 적용받으려는 경우에는 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 5년 이내에 경정청구할 수 있도록 함으로써 국외투자기구가 아닌 실질귀속자가 한국 과세당국에 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있다. 또한, 위 「법인세법」의 위임을 받은 시행령에서는 국외투자기구를 "투자권유를 하여 모은 금전 등을 재산적 가치가 있는 투자대상자산을 취득, 처분 또는 그 밖의 방법으로 운용하고 그 결과를 투자자에게 배분하여 귀속시키는 투자행위를 하는 기구로서 국외에서 설립된 것"이라고 정의하면서, 이러한 국외투자기구가 수취하는 국내원천소득에 대해 조세조약상 제한세율을 적용하여 원천징수할 것인지 여부(또는 조세조약상 비과세ㆍ면제를 적용받을 수 있는지 여부)와 관련하여 국외투자기구가 ① 국민연금법, 공무원연금법, 군인연금법, 사립학교교직원 연금법 및 근로자퇴직급여 보장법 등에 준하는 체약상대국의 법률에 따라 외국에서 설립된 연금, ② 체약상대국의 법률에 따라 외국에서 설립된 비영리단체로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 기금, ③ 조세조약에서 실질귀속자로 인정되는 것으로 규정된 국외투자기구에 해당하는 경우에는 이를 실질귀속자로 본다고 규정함으로써 그러한 요건에 해당하지 않는 국외투자기구는 반대로 실질귀속자에 해당하지 않음을 전제로 규정하고 있다.

  이와 같은 국외투자기구제도는 국외투자기구 자체는 실질귀속자에 해당하지 않고 국외투자기구가 아닌 그 투자자들을 소득의 실질귀속자로 보는 제도로서 보편적으로 받아들여지고 있는 OECD의 해석을 입법화한 것으로 볼 수 있다. OOO 등과 같은 유한파트너십의 경우 파트너들에게 투자 권유를 하여 조성한 자금으로 투자대상을 취득, 처분, 운용한 후 그 이익을 파트너들에게 배분하므로 「법인세법 시행령」에서 규정하는 국외투자기구의 정의에 정확히 해당한다. 따라서 「법인세법」에 국외투자기구제도가 도입된 후에는 2013.7.11. 대법원 판결OOO에도 불구하고 유한파트너십이 아닌 그 투자자인 파트너를 기준으로 조세조약을 적용함이 타당하고, 유한파트너십이 수취한 국내원천소득에 대해 그 투자자를 기준으로 조세조약을 적용하는 것이 국제규범에도 부합하며, 조세조약 체결국가에 유한파트너십을 설립하여 조세조약상의 혜택을 향유하려는 조세회피 시도도 방지할 수 있다.

  유한파트너십이 아닌 투자자들을 기준으로 조세조약을 적용하는 국외투자기구제도는 현재 유한파트너십에 대한 대법원 판례와는 상치되는 제도이나, 국외투자기구의 실질귀속자 제한세율적용신청서 제출제도가 2012년 7월 시행되었고, 유한파트너십에 대한 판례는 위 제도가 도입되기 전에 발생한 거래에 대한 것이므로, 국외투자기구제도 도입 후에는 대법원의 법리가 아닌 국외투자기구의 투자자를 기준으로 조세조약을 적용하는 개정 법률의 내용이 적용되어야 한다. 양도소득에 관한 국외투자기구제도를 규정한 「법인세법」 제98조의4는 2014.1.1.부터 도입․시행되었으나, 이자소득 및 배당소득에 관해서는 그 이전인 2012.7.1.부터 도입․시행되었다.

  이에 대하여 구체적으로 말하자면 2011.12.31. 개정된 「법인세법」 제98조의6에 “외국법인에 대한 조세조약상 제한세율 적용을 위한 원천징수 절차 특례”라는 표제 아래 제1항에서 국내원천소득(배당소득 등)의 지급자는 이를 실질적으로 귀속 받는 외국법인(실질귀속자)을 기준으로 그 소득에 대한 원천징수의무를 이행하여야 한다고 전제하고, 제2항에 국내원천소득을 지급받는 국외투자기구는 실질귀속자로부터 제한세율 적용신청서를 제출받아 이를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다고 함으로써 실질과세의 원칙에 따라 국외투자기구가 아닌 그 투자자들을 기준으로 하여 국내원천소득의 실질귀속자에게 조세조약을 적용하도록 규정하였다.

  한편, 이자소득 및 배당소득에 관하여 국외투자기구제도가 시행된 2012.7.1.부터 2014.1.1. 사이에 발생한 양도소득에 대해서도 국외투자기구의 투자자를 기준으로 조세조약을 적용하여야 한다. 가령, 주식 투자와 관련하여 2012년 12월에 배당 또는 감자대가를 수령하고 2013년 6월에 동 주식을 매각한 경우, 소득의 종류에 따라 국외투자기구제도 도입 시점을 달리하여 조세조약을 적용한다면 배당소득 또는 의제배당소득은 국외투자기구의 투자자를 기준으로 조세조약을 적용하고, 양도소득은 2014.1.1. 이전에 발생하였으므로 국외투자기구를 기준으로 조세조약을 적용하여야 한다는 것인데, 소득의 종류에 따라 소득의 귀속자가 달라진다는 것은 이치에 부합하지 아니하다.

  특히, 감자가 있을 경우 주식의 취득가액이 달라짐에 따라 그 후 주식을 양도할 때에 양도소득이 변경되는데, 소득의 실질은 모두 보유기간 동안의 가치 상승분으로서 동일함에도 이것이 감자를 원인으로 실현되는지, 또는 양도를 원인으로 실현되는지에 따라 소득의 귀속자가 달라짐은 불합리하다. 따라서 이자소득 및 배당소득에 대하여 국외투자기구제도가 도입된 2012년 7월 이후부터 소득의 종류를 막론하고 국외투자기구의 투자자를 소득의 실질귀속자로 보는 국외투자기구제도가 적용된다고 해석함이 타당하다.

  (나) 유한파트너십이 아닌 파트너들을 기준으로 조세조약을 적용하는 것이 기획재정부의 입장, OECD 의견, 학계의 견해, 최근 조세심판원 결정례에도 부합하다. 기획재정부는 「법인세법」 제98조의4 및 제98조의6에 대하여 국외투자기구의 실제 투자자를 기준으로 조세조약을 적용해야 한다고 해석하였고OOO, 이에 대하여 한국국제조세협회가2016.4.28. 발표한 국제조세 예규 동향(외국사모펀드에 대한 조세조약 적용 여부)을 통해 학계 및 외국투자자에게 직접 설명한 바 있는데, 동 발표자료에는 ‘조세조약이 체결되지 않은 국가에 설립된 외국펀드가 국외투자기구에 해당하는 경우에는 동 펀드가 납세의무자에 해당되어 그 투자자에게 조세조약을 적용하지 않는다’는 안과 ‘조세조약이 체결되지 않은 국가에 설립된 외국펀드가 국외투자기구에 해당하는 경우에는 그 투자자에게 조세조약을 적용한다’는 안으로 두 가지 과세방안이 포함되어 있다.

  기획재정부는 1안의 문제점으로, 외국펀드에 대하여 그 동안 일관되게 실질과세원칙을 적용하여 왔는데 1안에 의할 경우 조세조약 적용 여부가 불확실하고 실무상 적용이 어려운 점, 대법원 판결은 2008년 이전 귀속 소득에 대한 사례인데 특례규정을 신설한 2012년 이후 사례에도 동 판결을 그대로 적용할 경우 구 판례가 신법령을 지배하여 특례규정이 사문화되고, 형식적 요건만으로 과세대상이 결정되는 것은 실질과세원칙에 위반되며, 1안에 의할 경우 오히려 더 많은 조세회피 기회의 제공이 가능하다는 점 등을 지적하면서 결론적으로 2안이 타당하다고 판단하였다. 이와 같이 기획재정부는 외국사모펀드가 아닌 그 투자자를 기준으로 조세조약을 적용하여야 하며, 이러한 방식은 조세조약이 체결되지 않은 국가에 설립된 외국펀드의 경우에도 마찬가지로 적용된다는 입장이다.

  한편, OECD는 1999년 파트너십에 대한 조세조약의 적용문제와 관련하여 "The Application of the OECD Model Tax Convention to Partnerships" 제하의 보고서(이하 "OECD파트너십 보고서"이라 한다)를 공표하였고 그 핵심적 결론을 OECD 모델조약 제1조 주석 문단 2 내지 6.7을 비롯한 관련 조문의 주석에 반영하였다. 즉, OECD파트너십 보고서와 모델조약 주석서의 핵심적인 결론은 파트너십이 설립지국에서 투과단체로 취급되는 경우 그 파트너십은 설립지국의 거주자로 취급될 수가 없고, 따라서 그 파트너십에게 지급되는 소득에 대해서는 원천지국과 설립지국의 조세조약 혜택이 적용되지 않으며, 당해 소득이 과세되는 파트너십 파트너의 거주지국과 원천지국간의 조세조약이 적용된다는 것이다.

  현재 위 OECD모델조약 주석에 대하여 OOO 등의 비회원국이 이견을 표명하였다. 이들 나라들의 이견의 요지는 투과단체로 취급되는 파트너십 설립지국과 원천지국 간의 조세조약 혜택이 부인되는 것에는 동의한다고 하여 자동적으로 파트너십 파트너 거주지국(파트너 소득으로 과세하는 국가)과 원천지국 간의 조세조약 혜택이 적용되는 것은 아니라는 것이다. 즉, 이 경우 파트너십 파트너의 거주지국과 원천지국 간의 조세조약이 적용되려면 조세조약 자체에 그러한 취지의 조문이 있어야 한다는 입장이다. 우리나라는 위 국가들과는 달리 이견을 표명하지 않고 있는데, 이는 조세조약에 위와 같은 취지의 조문이 없는 경우에도 원천지국으로서 위 보고서와 주석의 내용처럼 투과단체로 취급되는 파트너십 파트너 거주지국과의 조세조약을 적용하겠다는 입장으로 이해되고, 이러한 조세조약 해석입장을 보다 명료하게 하고 이를 국내법적으로 뒷받침하기 위하여 2012.7.1. 국외투자기구제도를 도입한 것으로 이해된다.

  또한, OECD와 G20은 2013년부터 진행하고 있는 BEPS Project의 Action 2(Hybrid Mismatch) 대책의 하나로 파트너십에 대한 위 OECD파트너십 보고서와 OECD모델조약 주석의 핵심 결론을 OECD모델조약 제1조 "Persons Covered" 본문에 제2항을 신설하여 반영하고 관련 주석도 보강하는(문단 26.2 내지 26.16) 방안을 마련하였고, 그러한 내용은 2016년 말 공표된 ‘BEPS 대책의 조세조약 반영을 위한 다자간 조약 제3조 “Transparent Entities”에도 반영되어 있다. 위 규정은 투과단체의 상위투자자가 거주자인 경우 당해 거주지국과의 조세조약을 적용하여야 한다는 것을 다자간 조약에 반영한 것이며, 상기 제1조 제2항의 “income derived by or through an entity or arrangement (어떤 단체 또는 기구로부터 도래한 소득)”이란 넓은 의미를 가지는데, 체약국 둘 중 한 체약국이라도 파트너십 또는 신탁을 도관으로 취급하는 경우를 포함하고 그 도관이 제3국에 설립되어 있다 하더라도 동일하게 적용되어야 한다는 것이다.

OECD는 비록 파트너십의 투자자를 기준으로 조세조약을 적용하여 관련 세액을 계산하더라도 그렇게 계산된 세액에 대하여 당해 투과단체를 법인으로 취급하여 그 단체에 납세의무 부담을 지우는 것은 별론이라고 설명하고 있다(BEPS보고서 도관체에 대한 조약규정 문단 26.15). 위 규정은 「법인세법」 제98조의4 및 제98조의6의 투자자를 기준으로 조세조약을 적용하라는 국외투자기구 규정과 외국 투자기구를 법인으로 본다는 「법인세법」 제1조와 조화로운 해석을 할 수 있는 근거로서 그 의미가 크다. 즉, 국외투자기구 규정에 따라 세액의 계산은 투자자를 기준으로 정하고 그러한 방법으로 계산된 세액에 대하여는 국외투자기구를 법인으로 보아 납세의무를 지울 수 있다. 다시 말해 국외투자기구를 「법인세법」 제1조에 따라 법인으로 보아야 한다고 하여 세액의 계산도 투자기구를 기준으로 하는 것은 아니라는 점을 BEPS보고서에서 확인하고 있다. 따라서 최근의 BEPS 논의에서도 펀드가 아니라 펀드의 투자자를 기준으로 조세조약상 세율을 적용한다는 것이 확립된 입장이므로 펀드의 투자자가 아니라 펀드를 기준으로 과세한 이 건 처분은 이러한 국제적 과세경향과도 명백히 배치된다.

  학계의 최근 대다수 견해 역시 국외투자기구에 대해서는 특정한 경우를 제외하고는 그 투자자를 실질귀속자로 보아 조세조약을 적용하는 것으로 해석하고 있을 뿐만 아니라 학계의 저명한 교수들 역시 최근 「법인세법」 제98조의4 및 관련 같은 법 시행령과 관련하여 국외투자기구에 해당하는 경우에는 「법인세법 시행령」에서 명시적으로 규정한 경우를 제외하고는 국외투자기구 자체는 실질귀속자에 해당하지 않는 것으로 해석하고 있으며, 최근 조세심판원도 국외투자기구제도(「법인세법」 제98조의4 및 제98조의6) 시행 이전인 2010년 1월에 거래된 사건에 있어서 OOO에 설립된 외국사모펀드를 실질귀속자로 보아 과세한 처분을 취소하였으므로OOO, 국외투자기구제도 시행 이후인 2013년에 발생한 이 건에서 국외투자기구인 OOO 등은 더욱 실질귀속자가 될 수 없다.

또한, 과거 과세관청의 과세방식과 과세실무에서는 유한파트너십이 아닌 파트너들을 기준으로 조세조약 및 국내세법을 적용하였다. 과세관청은 2013.7.11. 대법원 판결OOO이 있기 전까지 일관되게 외국의 유한파트너십이 국내에서 양도소득 또는 배당소득 등을 수취하는 경우 유한파트너십이 아닌 그 파트너십의 파트너들을 기준으로 국내 세법 및 조세조약을 적용하도록 유권해석을 해 왔으며, 실제 세무조사에서도 과세관청은 유한파트너십이 소득의 실질귀속자가 아니라고 전제하고 파트너십의 투자자들을 기준으로 조세조약을 적용하여 배당소득이나 양도소득 등에 대하여 과세를 하였고, 다만 투자자를 공개하지 아니하는 경우에만 유한파트너십을 기준으로 과세하였다.

  (다) 유한파트너십을 실질귀속자로 판단한 대법원 판결을 그대로 수용하는 경우 많은 문제점이 발생할 수 있다. 대법원 2012.1.27. 선고 OOO 판결은 OOO가 OOO 소재 상업용건물인 OOO를 보유한 회사의 주식을 양도한 사안(이하 “OOO”이라 한다)에 대한 판결로, 동 사건은 OOO에서 설립된 유한파트너십에 부과된 소득세가 적법한지 여부가 쟁점이 되었는데, 대법원은 OOO 유한파트너십이 고유의 사업활동을 하는 영리단체로서 구성원의 개성이 강하게 드러나는 인적 결합체라기보다는 구성원들과는 별개로 권리․의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 성격을 가지고 있으므로 「법인세법」상 외국법인에 해당한다고 판단하였다.

  그 후 대법원은 2012.10.25. OOO가 OOO 주식을 양도한 사안(이하 "OOO"이라 한다)에서 위 OOO의 외국법인의 판단기준을 그대로 반복하면서 배당소득 및 양도소득에 대하여 OOO에 설립된 유한파트너십을 납세의무자로 하여 조세조약 또는 국내 세법을 적용해야 한다는 취지의 판결을 내렸다. OOO에서는 OOO가 최종투자자의 공개를 거부하여 과세관청은 조세조약을 적용하지 않고 국내 세법에 따라 과세하였는데, 원심은 OOO 투자 자회사를 도관으로 보아 부인하면서도 원고가 OOO의 최종투자자들에 대해 충분히 입증하였다면 이들을 기준으로 조세조약을 적용할 수 있었음을 전제하여 입증책임의 문제로 접근한 반면, 대법원은 OOO의 유한파트너십이 배당소득 및 양도소득의 실질귀속자로 판단하였다.

  또한, 대법원은 2013.7.11. OOO가 OOO 법인으로부터 OOO 주식을 양수한 사안(이하 "OOO사건"이라 한다)과 관련하여 과세관청이 유한파트너십의 투자자를 기준으로 과세하였음에도 과세관청과 납세자간 다툼의 대상이 아니었던 유한파트너십이 「법인세법」상 원천납세의무가 성립하는 외국법인에 해당하는지, 유한파트너십이 외국법인에 해당한다면 유한파트너십을 기준으로 조세조약을 적용해야 하는지 여부에 대하여 판결하였는데, 앞의 두 판례의 판결논리를 그대로 적용하여 유한파트너십이 우리나라 사법상 법인과 유사하므로 유한파트너십을 납세의무자로 하여 법인세를 과세하여야 한다는 취지의 판결을 하였다.

  OOO에서 납세자가 유한파트너십의 상위에 있는 개별투자자 명세를 제시하지 아니하자 과세관청은 불가피하게 유한파트너십 자체를 납세의무자로 하여 소득세를 과세하였고, 법원은 유한파트너십이 외국법인에 해당하므로 소득세 과세가 아닌 법인세 과세가 타당하다고 판단하였다. 즉, 당시 쟁점은 유한파트너십이 주식양도차익의 실질귀속자에 해당하는지 여부가 아니라 유한파트너십에게 소득세를 부과할 수 있는지 여부였다. 또한, OOO에서도 OOO과 같이 납세자가 유한파트너십의 상위에 있는 개별투자자 명세를 제출하지 아니하자 과세관청은 앞의 OOO의 선례에 따라 유한파트너십을 납세의무자로 하여 법인세를 과세하였고, 법원은 이러한 과세관청의 처분이 적법하다고 본 것이다.

  한편, OOO사건에서는 앞의 두 판결과는 달리 납세자가 유한파트너십의 상위투자자들을 공개하였음에도 법원은 앞의 두 선례에 따라 유한파트너십을 납세의무자로 하여 법인세를 과세하여야 한다고 판단하였고, 이러한 판결은 상위투자자 공개여부에 따라 납세의무자가 달라지는 점에 대하여 법원이 경계한 결과로 보인다. 유한파트너십은 단순히 투자를 위해 설립된 펀드이고, 투자에서 생긴 과실(배당소득, 주식양도차익 등)은 투자자들에게 즉시 분배되어 이를 실질적으로 향유하는 자는 투자자들인 점을 고려할 때 유한파트너십이 투자소득의 실질귀속자라는 취지로 판단한 위 대법원 판결의 적정성에 대한 의문이 제기된다.

또한, 외국투자자들이 일반적으로 사용하는 유한파트너십을 이용한 투자형태에서 투자자들이 전부 한국과 조세조약이 체결된 국가의 거주자로서 직접 투자하였다면 당연히 얻을 수 있었던 조약상의 혜택을 조세조약이 체결되지 않은 OOO 등에 설립된 파트너십을 통해 투자하였다는 이유로 조약상 혜택이 전면 부인되는 결과가 초래된다는 문제점도 발생하고, 해외투자자들은 그 동안의 한국 과세관청의 과세관행 및 OECD의 입장과 동일하게 조세조약이 유한파트너십을 기준으로 적용되지 않는다고 보아 OOO 등의 유한파트너십을 통해 투자하고 있으므로 대법원 판결에 따라 유한파트너십을 과세하는 경우 상당한 혼란이 예상된다.

  (라) 조세심판원이 2019.5.16. 결정한 OOO 사건(이하 “관련 심판결정”이라 한다)의 취지에 비추어 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자를 Fund의 투자자가 아닌 Fund 자체로 보아 이루어진 이 건 처분은 취소되어야 한다. OOO 및 청구법인의 투자구조도에서 드러나듯이 관련 심판결정에서 문제된 투자구조와 이 건 투자구조는 통상의 해외 사모펀드 투자와 대부분 유사하므로 관련 심판결정의 판단부분은 이 건 과세 여부 판단에 있어서 그대로 적용될 수 있다.

  이 건에서 Fund의 투자자들에게 쟁점주식의 양도대금이 실제로 귀속되었음이 금융증빙 등을 통하여 확인된다면 Fund의 투자자들을 기준으로 조세조약이 적용되어야 하고, OOO는 2013.4.25. 쟁점주식의 양도가 있은 후 2013.5.9. OOO에게 쟁점주식 양도소득에 대한 비과세·면제신청서를 제출하였으며, 조사청은 그 후 약 1년이 경과한 2014.7.28. 대법원 2013.7.11. OOO 판결을 참조하여 쟁점주식 양도거래에 대한 세무조사에 착수하였고, OOO가 세무조사 중에 쟁점주식의 양도대금이 OOO 등 Fund를 거쳐 최종적으로 쟁점주식 양도 후 1개월이 지나지 않은 2013.4.30. 개별 투자자(70개 투자자)에게 전액 귀속되었다는 OOO 등의 투자구조 및 투자자 내역, 통장사본 등의 증거자료를 제출함에 따라 조사청은 OOO 등 Fund의 투자자들을 기준으로 쟁점주식 양도소득에 대한 원천징수세액을 납부하도록 권고하였으며, 그에 따라 OOO는 2014.10.30. Fund의 투자자들을 기준으로 하여 원천징수세액을 기한 후 신고·납부하였다.

  당시 조사청은 기획재정부에 관련 쟁점에 대한 예규를 기다린다는 이유로 약 8개월 동안 세무조사를 중지하였다가 예규가 지연되자 2015.4.26. 세무조사를 종결하고 OOO 등 Fund를 실질귀속자로 하여 이 건 처분에까지 이르게 되었다. 이 건의 경우 객관적인 증빙을 통하여 이 건 Fund의 투자자들이 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자라는 점이 확인되었고, 이 건 Fund의 투자자들을 실질귀속자로 하여 제출된 비과세․면제신청서와 국외투자기구신고서의 적법성 또한 확인된 이상 이 건 Fund의 투자자들을 기준으로 조세조약상 비과세․면제를 적용하여야 함은 명백하다. 특히, 최근 대법원 판례OOO가 설시한 ‘법적 또는 계약상 의무’에 의한 실질귀속자 판단 기준에 의하면 이 건 Fund는 유한파트너십 계약서에 의하여 투자수익을 투자자들에게 출자비율에 따라 분배할 “계약상의 의무”를 부담하므로, 이 건 Fund는 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자가 될 수 없다.

  또한, 관련 심판결정은 Fund의 투자자들에게 소득이 실제로 귀속되었다는 사실이 확인된다면 투자자를 기준으로 조세조약을 적용하여야 한다는 결론을 전제로 관련 심판결정에서는 Fund의 투자자들에게 소득이 실제로 귀속되었는지에 관한 입증이 충분하지 아니하여 재조사를 통하여 밝히도록 하였으나, 이 건의 경우 세무조사 과정에서 쟁점주식 양도대금이 그 투자자들에게 실제로 귀속되었음을 입증하는 객관적 증빙이 모두 제시되었으므로 Fund 투자자에 대한 귀속 여부를 확인하기 위한 재조사를 할 필요가 없다. 이와 같이 이 건 세무조사 과정에서 금융증빙에 의하여 쟁점주식의 양도대금이 이 건 Fund의 투자자들에게 그 투자비율에 따라 실제로 귀속되었음이 확인된 이상 이 건 Fund의 투자자들이 위 양도소득의 ‘실질귀속자’에 해당하므로 그 투자자들을 기준으로 조세조약이 적용되어야 한다는 관련 심판결정의 취지와 동일하게 이 건 처분은 취소되어야 한다.

 (2) 설령, 쟁점주식 양도차익의 실질귀속자가 OOO 등의 파트너들이 아닌 AOF III LP 등이므로 이를 기준으로 원천징수분 법인세를 납부하여야 한다 하더라도 조사청이 청구법인에게 원천징수분 법인세를 부과하면서 원천징수불이행가산세를 가산한 것은 위법․부당하다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으며OOO, 2007년 개정된 「국세기본법」 제48조는 위와 같이 대법원 판례에 의하여 인정되어 오던 “정당한 사유가 있는 때”를 가산세 부과의 예외사유로 명문화하였다.

 OOO는 쟁점주식 양수도거래에 있어서 앞에서 그 동안의 과세관청의 입장, 유권해석 및 과세 실무에 부합하게 유한파트너십인 OOO 등이 아닌 그 파트너들을 기준으로 조세조약 및 국내세법을 적용하여 원천징수를 하였고, 주식양수도 거래시점에 OOO 등을 기준으로 조세조약 및 국내 세법을 적용하여 원천징수할 것을 전혀 기대할 수 없었다. 이는 쟁점주식 양수도거래 시점에서는 세법 규정은 물론이고 관련 세법에 대한 과세관청의 유권해석에 있어서도 이와 같이 처리하여야 한다고 볼 수 있는 근거가 전혀 없었기 때문이다. 또한, 조세법률주의 원칙상 과세관청이 동일한 사건에 대하여 일의적으로 해석하지 못하고 그 해석이 명확하지 못한 조세법 체계의 불비로 인한 책임을 납세자에게 전가하여서는 아니된다.

 따라서 쟁점주식 양도소득과 관련하여 OOO가 기존의 과세당국의 유권해석 및 과세실무에 따라 유한파트너십인 OOO 등이 아닌 그 파트너들을 기준으로 원천징수이행 등을 기한 후 신고를 한 반면, 쟁점주식 양수도 거래 당시 OOO 등을 기준으로 관련 법령 등을 적용하여 원천징수할 것을 기대하는 것은 불가능한 상황인 점 등에 비추어 청구법인에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있다 할 것이므로 처분청이 원천징수불이행가산세를 적용하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) OOO 등은 OOO 등이 피투자회사인 청구법인에 대한 투자, 관리 및 양도를 위하여 설립․운영된 도관에 불과한 점, OOO 등은 독립적인 권리․의무의 주체가 될 수 있는 실질을 갖추고 있으므로 「법인세법」상 외국법인에 해당하는 점, 청구법인이 제시하고 있는 논거 중 외국법인의 주식양도차익에 대한 「법인세법」상 국외투자기구 제도는 2014년부터 적용되므로 본 사안(2013사업연도)은 적용대상에 해당하지 아니하고, OECD파트너십 보고서는 법적 구속력이 없는 조세조약 해석의 단순한 참고사항에 불과할 뿐만 아니라 조세조약이 체결되어 있지 아니한 OOO 소재 OOO 등에 대한 과세건의 경우는 해당 보고서가 적용될 여지가 없으며, 청구법인이 제시한 조세심판원의 결정례OOO도 본 사안과 사실관계가 상이하여 원용하기 부적절한 점 등에 비추어 OOO 등을 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자로 보아 법인(원천)세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

  (가) OOO에 설립된 단체 OOO와 OOO(이하 “OOO”라 한다)는 사업체로서 실체를 갖추고 영업활동을 하지 않았다. 즉, OOO와 OOO는 주소, 전화번호, 임원, 회계 및 세무신고 관리인이 동일하고 사업활동은 financial holdings로 명시되어 있으며 근무하는 종업원 및 감독이사(supervisory directors)도 없고, OOO와 OOO의 재무제표를 확인한 바에 따르면, 동 단체들은 OOO 등의 피투자회사 투자 및 관리만을 위하여 설립 및 운영되었으며, OOO와 OOO의 임원인 OOO와 OOO는 회계 및 세무 등 동 단체들의 관리대행 업무를 담당하였고, 임원인 OOO은 OOO 등의 재무팀 general counsel 직원으로 자금을 담당하였다.

  또한, OOO은 OOO을 중심으로 투자하는 OOO 사모펀드로서 피투자회사를 인수 후 매각하여 수익을 창출하고 있는데, OOO 등을 관리하는 동 캐피탈의 홈페이지에도 OOO에 설립된 단체가 도관임이 등재되어 있다. 즉, OOO 홈페이지에 게시된 피투자회사 내역에서 OOO이 관리하는 펀드에 의하여 소유되고 있는 OOO(OOO 소재)가 청구법인에게 투자하였다는 내용이 등재되어 있다.

한편, 청구법인과 OOO 간에 체결된 이면계약상 권리의무 주체는 OOO로 확인된다. 청구법인과 OOO 간의 주식양수도와 관련하여 OOO는 OOO가 부담하는 진술보증 또는 약정 위반으로 인한 면책배상책임에 대하여 보증서를 제공하기로 하는 각서 및 확약서를 작성(OOO 한도)하였을 뿐만 아니라 OOO가 부담하는 의무(원천징수세 관련)에 대한 보증서를 제공하기로 하는 각서 및 확약서를 작성(OOO 한도)하였으며, 주식매매계약에 따른 원천징수세 납부의무를 담보하기 위해서 OOO의 세금 에스크로 계약서를 작성하였다.

  따라서 주식취득대금 및 양도대금이 1일～6일 사이에 OOO 등에서부터 OOO에 이르기까지 각 계좌로 순차적으로 입금과 동시에 출금된 것으로 확인되고, 청구법인 측에서도 OOO 등이 도관임을 전제로 하여 2014.10.30. 쟁점주식 양도에 대한 원천징수 기한 후 신고를 한 바 있으므로 OOO 등은 OOO의 피투자회사 투자 및 관리만을 위하여 설립된 도관에 불과한 단체이다.

(나) OOO 등은 쟁점주식 매입자금의 실질적인 공급처 역할을 하였고, 청구법인 외에도 아시아지역에서 다수의 투자거래를 수행해 온 사실 등을 종합하여 보면 OOO 등은 청구법인의 기업가치를 증대시킨 후 쟁점주식을 양도하는 방법으로 높은 수익을 얻으려는 뚜렷한 사업목적을 가지고 설립된 영리단체로서, 고유한 투자 목적을 가지고 자금을 운용하면서 구성원들과는 별개의 자산을 보유하며 사업활동을 하고 있어서 구성원의 개성이 강하게 드러나는 인적 결합체가 아니라 구성원들과는 별개로 권리․의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 성격을 가지고 있으므로 내국세법의 취급상 ‘외국법인’에 해당하며, 청구법인과 OOO 간의 주식양수도와 관련한 이면계약서(보증서 등)에서도 실질적인 권리․의무주체는 OOO로 확인되는 등 OOO 등은 독자적 존재로서의 성격을 가진다.

  대법원도 유한파트너십의 투자자가 아닌 유한파트너십 자체가 독립적인 권리․의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 성격을 가지고 있는 「법인세법」상 외국법인에 해당한다고 판시하고 있다. 대법원은 OOO 및 OOO에서 실질과세의 원칙은 「헌법」상의 조세평등주의에 근거한 것으로, 국가 간의 조세조약의 규정을 해석함에 있어서 문언 자체의 의미를 유추 확장하거나 문언에 반하는 것이 아닌 한 그 해석의 기준으로 삼을 수 있다고 판시하면서 조세조약상 거주지국과세원칙 혜택을 받기 위하여 설립한 벨기에 법인의 실체를 도관회사로 보고 한-벨기에 조세조약의 적용을 부인하였을 뿐만 아니라 실질과세원칙에 따라 양도소득의 실질귀속자를 기준으로 조세조약의 적용 여부를 판단하였다.

  또한, 대법원은 OOO을 통하여 유한파트너십은 고유한 투자목적을 가지고 자금을 운용하면서 구성원들과는 별개의 자산을 보유하고 고유의 사업활동을 하는 영리목적의 단체로서 구성원의 개성이 강하게 드러나는 인적 결합체라기보다는 구성원들과는 별개로 권리․의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 성격을 가지고 있다고 판시하여 유한파트너십은 내국세법의 취급에 있어서는 “외국법인”으로 보아야 한다는 원심의 입장을 유지하였고, OOO에서는 내국법인에 주식을 양도한 벨기에법인이 도관일 경우 상위투자자인 OOO 유한파트너십의 구성원들을 소득의 실질귀속자로 보아야 한다는 주장에 대하여 유한파트너십의 구성원들을 납세의무자로 하여 소득세를 과세하여야 한다는 주장은 이유 없고, 유한파트너십 자체는 독립적인 권리․의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 성격을 가지고 있으므로 「법인세법」상 외국법인에 해당되므로 법인세의 납세의무가 있다고 판시함에 따라 OOO 이후 유한파트너십이 「법인세법」상 외국법인임이 재차 확인되었다.

  대법원은 이후에도 OOO사건과 OOO사건OOO 등을 통하여 도관회사를 통한 주식의 양도거래에 있어서 유한파트너십이 주식양도 소득의 실질귀속자이자 외국법인으로서 납세의무가 있다는 판결을 계속하여 유지하고 있다. 따라서 OOO 등은 「법인세법」상 외국법인에 해당하고 양도대금 지급자인 청구법인은 OOO 등을 실질귀속자로 보아 「법인세법」 제98조 제1항의 외국법인에 대한 원천징수규정에 따라 쟁점주식 양도차익에 대한 법인세를 원천징수하여야 하므로 확립된 대법원의 판례를 정면으로 부정하는 청구주장을 경청할 수 없다.

  (다) 2012년 개정된 「법인세법」 제98조의6과 관련 법의 개정취지는 비거주자․외국법인의 조세조약상 제한세율적용 절차를 법령에 명확히 규정한 것으로 청구법인의 경우는 외국법인의 주식 양도소득에 해당하므로 국외투자기구에 관한 관련 법률을 적용할 수 없고, 2014년 개정된 「법인세법」 제98조의4와 관련 법의 개정취지는 비과세․면제신청 절차를 제한세율 적용신청절차와 유사한 방식으로 정비한 것으로 청구법인의 경우는 법 개정 전에 외국법인으로부터 쟁점주식을 취득하였으므로 국외투자기구에 관한 관련 법률을 적용할 수 없다.

  설사, 「법인세법」 제98조의4를 적용할 수 있다고 해석하는 경우에도 대법원 판례에 따라 OOO 등은 외국법인(실질귀속자)에 해당한다. 청구법인은 2014.1.1. 개정된 「법인세법」 제98조의4에 의하여 국외투자기구는 도관이고 실질귀속자가 될 수 없는 것처럼 주장하고 있으나, 국외투자기구라 하더라도 우리나라의 사법(私法)상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리․의무의 귀속주체 즉, 「법인세법」상 외국법인으로 볼 수 있는 경우 그 국외투자기구에 대하여 법인세를 과세하여야 할 것이므로 국외투자기구는 실질귀속자가 될 수 없다거나 실질귀속자의 범위에는 국외투자기구는 포함되지 아니한다는 이분법적인 해석은 동 규정을 잘못 이해한 것이다. 이 건의 경우 OOO 등이 국외투자기구에 해당한다 하더라도 이와 동시에 「법인세법」 제98조의4에서 규정하는 실질귀속자에 해당하므로 쟁점주식 양도소득의 납세의무는 실질귀속자인 OOO 등에게 있는 것이다.

  (라) OECD파트너십 보고서는 법적 구속력 없이 조세조약 해석의 단순한 참고사항이 될 수 있을 뿐이고, 조세조약이 체결되지 아니한 OOO 소재 OOO 등에 대한 과세방법에 있어서는 동 보고서가 적용될 여지가 없다. 청구법인은 OECD파트너십 보고서의 일부 내용을 인용하며 이를 적용하여야 한다고 주장하나, 다수의 확립된 판례에 따르면 OECD모델 조세협약은 「헌법」 제6조 제1항에 의하여 체결・공포된 조약이 아니고 일반적으로 승인된 국제법규라고 볼 수 없다고 판시하고 있으며, 동 모델 조세협약을 설명한 OECD주석 역시 법적 구속력이 없는 것이라고 판시하고 있는데OOO, 이러한 판례들에서 언급한 OECD모델 조세협약의 경우는 OECD 회원국들의 의견을 반영하여 수시로 개정하고 있음에도 단순히 조세조약의 해석상 참고자료에 불과하다는 것이 판례의 일관된 입장이고, 청구법인이 인용한 파트너십 보고서는 1999년 발간된 이후 한 차례도 개정되지 않았으며, 보고서 형태로만 나와 있을 뿐 OECD모델 조세협약의 주석에 명문으로 반영된 것도 아니다.

  또한, OECD모델 조세협약이나 청구법인이 주장하는 파트너십보고서는 모두 조세조약을 해석하는데 있어서의 하나의 기준을 제시한 것이다. 이 건과 같이 케이만 아일랜드에 소재한 외국법인에 대한 과세에 있어서는 조세조약을 적용할 여지가 없으므로 당연히 동 파트너십 보고서를 적용할 수도 없는 것이므로 청구법인은 전제 자체가 다른 사안(조세조약이 체결되어 있는가 여부)에 있어서 무리한 논리를 주장하고 있는 것으로 보인다. OOO와 같이 조세조약이 체결되지 않은 국가의 단체에 대한 과세방법에 대해서는 앞서 살펴본 대법원 판례와 같이 대법원은 펀드형태로 설립된 외국의 유한파트너십은 그 자체로 사법(私法)상 독립적인 권리․의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 성격을 가지고 있는 「법인세법」상 외국법인인 동시에 실질귀속자에 해당하므로 유한파트너십 자체가 법인세 과세대상이라고 판시하였다OOO.

(마) 청구법인이 원용한 심판청구사건OOO과 이 건은 사실관계가 전혀 다른 완전히 별개의 사안으로 이에 대하여 설명하면 다음과 같다. 먼저, 위 사건에서 인용결정의 주요 논거 중 하나는 과세관청이 주식양도소득의 실질귀속자라고 주장한 외국펀드가 「법인세법」상 외국법인인지 여부를 구체적으로 입증하지 못하였다는 데에 있으나, 이 건의 경우 처분청이 전체 사실관계를 구체적으로 조사하여 OOO 등이 독립적인 권리․의무의 주체가 될 수 있는 독자적 존재로서의 성격을 가지고 있는 「법인세법」상 외국법인이며 실질귀속자에 해당함을 입증하였다.

  다음으로, 위 원용사건에 있어서 조세심판원은 청구법인인 OOO이 양도소득의 실질귀속자를 조사․확보하여 원천납세의무자가 누구인지를 가리는 것은 어려웠다고 보았으나, 이 건의 경우 청구법인과 OOO 간의 주식양수도와 관련하여 OOO 등은 OOO가 부담하는 의무(원천징수 관련) 관련 보증서를 제공하기로 하는 각서 및 확약서를 작성(OOO 한도)하는 등 청구법인은 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자를 명확히 인지하고 있었다.

  다음으로, 위 원용사건에서 조세심판원은 과세관청이 펀드투자자를 실질귀속자로 보아 1차 처분을 하였고 그 후 구체적인 조사 없이 대법원 판례 등을 근거로 다시 외국펀드를 실질귀속자로 보아 2차 처분을 한 것은 소급과세금지원칙을 위반한 측면이 있다고 보았으나, 이 건에 있어서는 과세처분이 한번만 있었고 세무조사에 의하여 확인된 사실관계에 따라 OOO 등을 외국법인이자 실질귀속자로 판정하여 과세한 것이므로 소급과세금지의 원칙이 적용될 여지가 없다.

  마지막으로, 위 원용사건에 있어서 조세심판원은 청구법인이 처분청의 견해 표명을 신뢰하여 1차 처분에 따른 법인세를 납부하였기 때문에 양도자에게 2차 처분에 대한 구상권을 행사할 수 없다는 점에서 신의칙에 반하는 측면이 있다고 보았으나, 이 건의 경우 처분청의 과세처분이 일회만 있었을 뿐만 아니라 OOO 등은 OOO가 부담하는 의무(원천징수 관련)와 관련한 보증서를 제공하기로 하는 각서 및 확약서를 작성(OOO 한도)하는 등 구상권을 행사하는데 아무런 제약이 없었으므로 신의칙에 위배될 여지가 없다.

  (바) 청구법인은 2014.10.30. OOO 등의 투자자들을 쟁점소득의 실질적 소유자로 보아 (수정)원천징수이행상황신고서와 3개 펀드의 투자자 및 1개 펀드의 계좌이체 내역을 제시하였으나, 청구법인이 제시한 투자자 명세의 최종 수익적 소유자 여부를 확인할 수 없었다. 먼저, 청구법인은 실질적 수익자가 조세조약에 따른 비과세․면제를 받기 위한 전제조건인 비과세․면제신청서 및 거주자증명서를 제출하지 않았다. 즉, 구「법인세법」 제98조의6(2014.1.1. 법률 12166호로 개정되기 전의 것)에 따르면 국외투자기구를 통하여 지급되는 국내원천소득에 대한 비과세․면제를 받기 위해서는 그 국외투자기구가 실질귀속자로부터 비과세․면제신청서 및 거주자증명서를 제출받아 처분청에 제출하여야 함에도 청구법인은 이를 이행하지 아니하였고, 그로 인하여 처분청은 실질적 소유자 및 비거주자 여부를 확인할 수 없었으며, 비거주자에 대한 원천징수지급명세서 미제출로 인하여 청구법인이 제출한 원천징수이행상황신고서상 과세표준(OOO)의 적정 여부와 양도소득에 대한 원천징수대상자와 제외자의 세부 명세를 확인할 수 없었다.

  또한, 청구법인은 3개 펀드 중 OOO에 대한 투자금 분배 내역만을 제출하였을 뿐 나머지 2개에 대해서는 이마저도 제출하지 아니하여 세무조사시 원천징수의 적정 여부를 확인할 수 없었고, 청구법인은 현재까지도 이를 제시하지 않고 있으며 2014년 10월 원천징수납부에 대한 지급명세서도 제출하지 아니함에 따라 처분청은 OOO 투자금 분배 내역을 타 펀드에도 유추․적용하여 역산하여 보았으나, 조사 당시의 국가별 원천징수대상 분배금의 합계와 청구법인이 자진신고한 원천징수대상의 합계 역시 일치하지 아니하여 현재 제출된 자료만으로는 청구법인의 원천징수 적정 여부에 대한 검증이 불가능한 상황이고, 청구법인이 제시한 투자자 내역과 통장사본을 비교하여 본 결과, OOO 외 9명에 대하여 투자자 명의와 투자분배금이 이체된 계좌의 예금주가 서로 일치하지 아니하는 것으로 확인되어 청구법인이 제시한 투자자들의 국적과 투자약정금 등을 신뢰하기 어렵다.

(2) 청구법인은 쟁점주식의 양수대금을 지급한 후 2013.5.9. 유가증권 양도소득에 대한 원천세 비과세․면제 등을 신청하였으나, OOO 등이 도관이라는 사유로 사실확인이 거부된 점, 청구법인과 OOO 등은 주식양수도와 관련하여 OOO가 부담하는 의무에 대하여 OOO 등이 보증을 제공하기로 각서 및 확약서를 작성한 점 등에 비추어 청구법인은 OOO가 도관에 불과하고 실질적인 권리․의무 주체가 OOO 등이라는 사실을 충분히 인지하고 있었음에도 정당한 사유 없이 원천징수 등을 이행하지 아니하였으므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 특히, 원천징수 관련 각서 및 확약서상 금액이 세법상 정당하게 원천징수하는 경우 납부하여야 할 세액과 유사한 OOO으로 작성되었다는 것이 이를 반증한다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 유한파트너십인 OOO 등을 「법인세법」상 외국법인으로서 쟁점주식 양도차익의 실질귀속자로 보아 청구법인에게 원천징수분 법인세를 과세한 처분의 당부

 ② 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정된 것)

제98조의4[외국법인에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제 적용 신청] ① 제93조에 따른 국내원천소득(같은 조 제5호 및 제6호의 소득은 제외한다)을 실질적으로 귀속받는 외국법인(이하 이 조에서 "실질귀속자"라 한다)이 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 적용받으려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비과세·면제신청서를 국내원천소득을 지급하는 자(이하 이 조에서 "소득지급자"라 한다)에게 제출하고 해당 소득지급자는 그 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

② 제1항을 적용할 때 해당 국내원천소득이 대통령령으로 정하는 국외투자기구(이하 이 조에서 "국외투자기구"라 한다)를 통하여 지급되는 경우에는 그 국외투자기구가 대통령령으로 정하는 바에 따라 실질귀속자로부터 비과세·면제신청서를 제출받아 그 명세가 포함된 국외투자기구 신고서와 제출받은 비과세·면제신청서를 소득지급자에게 제출하고 해당 소득지급자는 그 신고서와 신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 소득지급자는 실질귀속자 또는 국외투자기구로부터 비과세·면제신청서 또는 국외투자기구 신고서를 제출받지 못하거나 제출된 서류를 통해서는 실질귀속자를 파악할 수 없는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 비과세 또는 면제를 적용하지 아니하고 제98조제1항 각 호의 금액을 원천징수하여야 한다.

④ 제3항에 따라 비과세 또는 면제를 적용받지 못한 실질귀속자가 비과세 또는 면제를 적용받으려는 경우에는 실질귀속자 또는 소득지급자가 제3항에 따라 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 3년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득지급자의 납세지 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있다.

⑤ 제4항에 따라 경정을 청구받은 세무서장은 청구를 받은 날부터 6개월 이내에 과세표준과 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 청구인에게 알려야 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정된 사항 외에 비과세·면제신청서 및 국외투자기구 신고서 등 관련 서류의 제출 방법·절차, 제출된 서류의 보관의무, 경정청구의 방법·절차 등 비과세 또는 면제의 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  부칙 제1조[시행일] 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제117조의2의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행한다.

  부칙 제13조[외국법인에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제의 적용 신청에 관한 적용례] 제98조의4의 개정규정은 이 법 시행 후 지급하는 국내원천소득분부터 적용한다.

 (2) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것)

제98조의4[외국법인의 국내원천소득 중 비과세 등을 적용받는 경우 비과세 등의 신청] 제93조에 따른 국내원천소득(같은 조 제5호 및 제6호의 소득은 제외한다)에 대하여 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 받으려는 외국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 그 비과세 또는 면제에 관한 신청을 하여야 한다.

  제98조의6[외국법인에 대한 조세조약상 제한세율 적용을 위한 원천징수 절차 특례] ① 제93조에 따른 국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 외국법인(이하 이 조에서 "실질귀속자"라 한다)이 조세조약에 따른 제한세율(이하 이 조에서 "제한세율"이라 한다)을 적용받으려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제한세율 적용신청서를 제98조 제1항에 따른 원천징수의무자(이하 이 조에서 "원천징수의무자"라 한다)에게 제출하여야 한다.

② 제1항을 적용할 때 해당 국내원천소득이 대통령령으로 정하는 국외투자기구(이하 이 조에서 "국외투자기구"라 한다)를 통하여 지급되는 경우에는 그 국외투자기구가 대통령령으로 정하는 바에 따라 실질귀속자로부터 제한세율 적용신청서를 제출받아 그 명세가 포함된 국외투자기구 신고서를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

③ 원천징수의무자는 실질귀속자 또는 국외투자기구로부터 제한세율 적용신청서 또는 국외투자기구 신고서를 제출받지 못하거나 제출된 서류를 통해서는 실질귀속자를 파악할 수 없는 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 제한세율을 적용하지 아니하고 제98조 제1항 각 호의 금액을 원천징수하여야 한다.

④ 제3항에 따라 제한세율을 적용받지 못한 실질귀속자가 제한세율을 적용받으려는 경우에는 제3항에 따라 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 3년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있다.

⑤ 제4항에 따라 경정을 청구받은 세무서장은 청구를 받은 날부터 6개월 이내에 과세표준과 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 청구인에게 알려야 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정된 사항 외에 제한세율 적용신청서 및 국외투자기구 신고서 등 관련 서류의 제출 방법ㆍ절차, 제출된 서류의 보관의무, 경정청구 방법ㆍ절차 등 제한세율 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (3) 법인세법 시행령

  제138조의7[외국법인에 대한 조세조약상 제한세율 적용을 위한 원천징수절차 특례] ① 법 제98조의6 제1항에 따라 제한세율을 적용받으려는 국내원천소득의 실질귀속자는 기획재정부령으로 정하는 국내원천소득 제한세율 적용신청서(이하 이 조에서 “제한세율 적용신청서”라 한다)를 해당 국내원천소득을 지급받기 전까지 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제296조 제5호에 따른 외국예탁결제기관이 같은 법 제294조에 따른 한국예탁결제원에 개설한 계좌를 통하여 지급받는 국내원천소득의 경우에는 제한세율 적용신청서를 제출하지 아니할 수 있다.

② 법 제98조의6 제2항에서 "대통령령으로 정하는 국외투자기구"란 투자권유를 하여 모은 금전 등을 재산적 가치가 있는 투자대상자산을 취득, 처분 또는 그 밖의 방법으로 운용하고 그 결과를 투자자에게 배분하여 귀속시키는 투자행위를 하는 기구로서 국외에서 설립된 것(이하 "국외투자기구"라 한다)을 말한다.

③ 제1항을 적용할 때 국내원천소득이 국외투자기구를 통하여 지급되는 경우에는 해당 국외투자기구가 실질귀속자로부터 제한세율 적용신청서를 제출받아 기획재정부령으로 정하는 국외투자기구 신고서(이하 이 조에서 "국외투자기구 신고서"라 한다)에 실질귀속자 명세를 첨부하여 국내원천소득을 지급받기 전까지 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 국외투자기구(이하 이 조에서 "국외공모집합투자기구"라 한다)로서 각 호의 사항을 확인할 수 있는 서류와 해당 국외투자기구의 국가별 실질귀속자의 수 및 총투자금액 명세를 국외투자기구 신고서에 첨부하여 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구와 유사한 국외투자기구로서, 체약상대국의 법률에 따라 등록하거나 승인을 받은 국외투자기구

2. 증권을 사모로 발행하지 아니하고 직전 회계기간 종료일(신규로 설립된 국외투자기구인 경우에는 국외투자기구 신고서 제출일을 말한다) 현재 투자자가 100명(투자자가 다른 국외투자기구인 경우에는 그 국외투자기구를 1명으로 본다) 이상일 것

3. 조세조약에서 조약상 혜택의 적용을 배제하도록 규정된 국외투자기구에 해당되지 아니할 것

④ 국외투자기구(이하 이 조에서 "1차 국외투자기구"라 한다)에 다른 국외투자기구(이하 이 조에서 "2차 국외투자기구"라 한다)가 투자하고 있는 경우 1차 국외투자기구는 2차 국외투자기구로부터 실질귀속자 명세(해당 2차 국외투자기구가 국외공모집합투자기구인 경우에는 이를 확인할 수 있는 서류와 해당 국외투자기구의 국가별 실질귀속자의 수 및 총투자금액 명세를 말한다)를 첨부한 국외투자기구 신고서를 제출받아 이를 함께 제출하여야 한다. 이 경우 다수의 국외투자기구가 연속적으로 투자관계에 있는 경우에는 투자를 받는 직전 국외투자기구를 1차 국외투자기구로, 투자하는 국외투자기구를 2차 국외투자기구로 본다.

⑤ 제1항 및 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 실질귀속자로 본다.

1. 「국민연금법」, 「공무원연금법」, 「군인연금법」, 「사립학교교직원 연금법」 및 「근로자퇴직급여 보장법」 등에 준하는 체약상대국의 법률에 따라 외국에서 설립된 연금

2. 체약상대국의 법률에 따라 외국에서 설립된 비영리단체로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 기금

3. 조세조약에서 실질귀속자로 인정되는 것으로 규정된 국외투자기구

⑥ 제1항 또는 제3항에 따라 제출된 제한세율 적용신청서 또는 국외투자기구 신고서는 최초로 제출된 날부터 3년 이내에는 다시 제출하지 아니할 수 있다. 다만, 그 내용에 변동이 있는 경우에는 변동사유가 발생한 날 이후 최초로 국내원천소득을 지급받기 전까지 그 변동 내역을 제출하여야 한다.

⑦ 법 제98조의6 제3항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나의 사유를 말한다. 이 경우 제2호 또는 제3호는 그 사유가 발생한 부분으로 한정한다.

1. 제한세율 적용신청서 또는 국외투자기구 신고서를 제출받지 못한 경우

2. 제출된 제한세율 적용신청서 또는 국외투자기구 신고서에 기재된 내용의 보완 요구에 응하지 아니하는 경우

3. 제출된 제한세율 적용신청서 또는 국외투자기구 신고서를 통해서는 실질귀속자를 파악할 수 없는 경우(국외공모집합투자기구는 제외한다)

⑧ 원천징수의무자 및 국외투자기구는 제한세율 적용신청서, 국외투자기구 신고서 등 관련 자료를 법 제98조 제1항에 따른 원천징수세액의 납부기한 다음날부터 5년간 보관하여야 하고, 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장이 그 제출을 요구하는 경우에는 이를 제출하여야 한다.

 (4) 국세기본법

  제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) OOO는 OOO로부터 쟁점주식을 양수하고 OOO를 쟁점소득의 실질귀속자로 보아 한-OOO 조세조약을 적용하여 OOO에게 비과세․면제신청을 하였고, OOO은 OOO가 도관이라는 사유로 위 비과세․면제신청에 대한 사실확인을 거부한 것으로 확인되며, 이후 OOO는 쟁점주식 양도소득에 대한 원천징수를 이행하지 아니하다가 OOO를 100% 간접 소유하고 있는 OOO 소재 유한파트너십인 OOO 등의 투자자(파트너)들을 기준으로 조세조약을 적용하여 아래 <표1>과 같이 주식양도에 대한 원천징수분 법인세 OOO에 대하여 기한 후 신고를 하였다.

<표1> OOO의 기한 후 신고 내역

한편, 조사청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점주식의 형식상 양도자인 OOO 등은 도관에 불과하고 OOO 등이 「법인세법」상 외국법인으로서 쟁점소득의 실질귀속자에 해당한다고 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 OOO의 승계법인인 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 원천징수분 법인세 OOO을 경정․고지하였다.

<표2> 이 건 처분 내역

 (2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인은 2012.6.5. OOO의 OOO이 인적분할되어 신설된 법인으로 섬유제품의 생산 및 가공․판매업을 주된 영업으로 하고 있고 2015.12.31. 모사회인 OOO를 흡수합병하였는데, OOO의 2013.12.31. 및 2014.12.31. 현재 청구법인에 대한 지분 보유현황은 아래 <표3>과 같다.

<표3> OOO의 청구법인 지분 보유현황

(나) OOO는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」상 사모투자전문회사가 출자한 투자목적회사로서 관련 법령에 의하여 허용되는 한도 내에서 청구법인의 주식, 지분, 증권, 파생상품 등에의 투자 등을 사업목적으로 2013.1.14. 설립되었고, 2014.12.31. 현재 주주현황은 아래 <표4>와 같다.

<표4> OOO의 주주현황

  (다) OOO 및 OOO 소재 유한파트너십인 OOO 등은 쟁점주식의 양도자인 OOO를 100% 간접 소유하고 있고, 각국의 투자자들로부터 모집한 자금을 주식 취득 및 처분의 방법으로 운용한 후 그 운용결과를 투자자들에게 배분하는 투자기구이며, OOO가 쟁점주식을 양도한 직후인 2013년 4월경 아래 <표5> 투자흐름도상 나타나는 OOO 및 그 상위 회사들을 경유하여 쟁점주식 양도대금을 배당금으로 수령한 후 그 배당금을 다시 투자자들에게 투자비율에 따라 배분한 것으로 나타난다.

<표5> 양도자측 투자흐름도

  (라) 청구법인과 처분청은 OOO가 도관이라는 점에 대하여는 이견이 없으나, OOO 등의 성격에 대하여 아래 <표6>과 같이 청구법인은 도관, 처분청은 외국법인으로 각각 보고 있고, 이로 인하여 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자OOO에 대하여 다툼이 있다.

<표6> OOO 등의 구분

  (마) 「법인세법」 제98조의6에 따르면 국외투자기구를 통하여 지급되는 국내원천소득에 대한 비과세․면제를 적용받기 위해서는 그 국외투자기구가 실질귀속자로부터 비과세․면제신청서 및 거주자 증명서를 제출받아 처분청에 제출하여야 함에도 청구법인은 이를 이행하지 아니한 것으로 나타나고, OOO가 2014.10.30. 쟁점주식 양도소득에 대한 원천징수이행상황신고시 아래 <표7>과 같이 OOO 등의 투자자 및 계좌이체 내역을 제출하였으나, 처분청은 이를 근거로 최종 수익적 소유자를 확인하기는 어렵다는 의견이다.

<표7> 펀드별 제출서류 명세

  (바) 조사청은 OOO가 제출한 위 <표7>의 OOO에 대한 투자자내역과 통장사본을 비교하여 보면, 아래 <표8>과 같이 OOO 외 9명의 투자자 명의와 투자분배금이 이체된 계좌의 예금주가 서로 일치하지 아니하는 것으로 조사하였다.

<표8> 투자자와 계좌주 명의 비교

  (사) 「법인세법」 제98조의6은 비거주자 및 외국법인의 이자․배당소득 등에 대한 조세조약상 제한세율 적용절차를 명확하게 하기 위하여 2011.12.31. 법률 제11128호로 신설되어 2012.7.1. 이후 최초로 원천징수하는 분부터 적용하게 되었으나, 양도소득에 대한 조세조약상 비과세․면제 신청절차에 대하여 규정한 「법인세법」 제98조의4는 2014.1.1. 법률 제12166호로 다음과 같이 개정되어 제한세율적용 신청철차와 유사하게 정비되었으며, 동 신설 법률은 2014.1.1. 이후 국내원천소득을 지급하는 분부터 적용한다.

  (아) 그 밖에 기획재정부는 국외투자기구에 해당하는 경우 그 투자자에 대한 조세조약 적용이 가능한지 여부에 대하여 다음과 같이 해석하였다.

(3) 청구법인은 국외투자기구제도, 납세의무가 없는 파트너십의 경우 소득원천지국의 취급에 관계없이 파트너들을 기준으로 조세조약을 적용하여야 한다는 기획재정부 및 OECD의 각 유권해석, 최근 심판결정례 및 학계의 견해 등에 비추어 쟁점소득의 실질귀속자는 유한파트너십인 OOO 등이 아닌 주식양도대금이 귀속된 그 파트너들이므로 이를 기준으로 조세조약 등을 적용함이 타당하고, OOO는 기존의 과세당국의 유권해석 및 과세실무에 따라 OOO 등이 아닌 그 파트너들을 기준으로 원천징수를 이행하여 기한 후 신고를 한 반면, OOO가 쟁점주식 거래 당시 OOO 등을 기준으로 관련 법령 등을 적용하여 원천징수할 것을 기대하는 것은 불가능한 상황인 점 등에 비추어 청구법인에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 주장하며 추가로 투자자별 양도대금 배분 및 송금 내역, 원천징수 납부영수증 등을 각각 제시하고 있다.

 (4) 한편, 처분청은 쟁점주식의 형식상 양도자인 OOO와 이를 순차지배하는 3개 법인은 도관에 불과하고, 쟁점주식 양수시의 역할이나 그 사업목적 및 내역 등에 비추어 OOO 등을 독립적인 권리․의무의 주체가 될 수 있는 「법인세법」상 외국법인으로서 쟁점소득의 실질귀속자로 보아야 하며, 외국법인의 주식양도차익에 대한 「법인세법」상 국외투자기구제도는 2014.1.1. 신설되어 2013.4.25. 발생한 쟁점소득에 대하여는 적용되지 아니하고, 청구법인은 OOO가 도관에 불과하고 실질적인 권리․의무 주체가 OOO 등이라는 사실을 충분히 인지하고 있었음에도 정당한 사유 없이 원천징수 등을 이행하지 아니하였으므로 청구법인에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다는 의견 등을 제시하고 있다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점주식의 형식상 양도자인 OOO와 이를 순차지배하는 3개 법인은 도관에 불과하고, 쟁점주식 양수시의 역할이나 그 사업목적 및 내역 등에 비추어 OOO 등을 독립적인 권리․의무의 주체가 될 수 있는 「법인세법」상 외국법인으로서 쟁점소득의 실질귀속자로 보아야 한다는 의견이나,

「법인세법」 제98조의4에서 국내원천소득을 지급하는 국외투자기구는 실질귀속자로부터 제한세율 적용신청서를 제출받아 이를 원천징수의무자에게 제출할 것을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제138조의7 제5항 제1호에서 「국민연금법」,「공무원연금법」,「군인연금법」,「사립학교교직원연금법」및 「근로자퇴직급여보장법」 등에 준하는 체약상대국의 법률에 따라 외국에서 설립된 연금에 해당하는 경우에는 이를 실질귀속자로 본다고 규정하고 있으며, 여기서 실질귀속자는 수익적 소유자로서 당해 소득을 지급받은 자가 타인에게 이를 다시 이전할 법적 또는 계약상의 의무 등이 없는 사용·수익권을 갖는 경우를 뜻하고, 이러한 수익적 소유자에 해당하는지는 해당 소득에 관련된 사업활동의 내용과 현황, 그 소득의 실제 사용과 운용 내역 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 할 것OOO인바,

 이 건의 경우 OOO 등은 유한파트너십계약상 펀드의 배분가능한 현금을 수취하여 최종투자자에게 분배하기로 약정하고 각국의 투자자들로부터 모집한 자금을 주식 취득 및 처분의 방법으로 운용한 후 위 약정대로 쟁점주식 양도대금을 2013년 4월경 OOO 및 그 상위 회사들을 경유하여 배당금으로 수령한 후 동 배당금을 곧바로 최종투자자들에게 투자비율에 따라 분배하였으며, OOO는 이를 기준으로 조세조약을 적용하여 최종투자자명세, 분배내역 및 송금증빙 등을 첨부하여 주식양도에 대한 원천징수세액을 기한 후 신고․납부한 것으로 확인되고, 기획재정부OOO도 펀드가 외국법인에 해당하더라도 소득의 실질귀속자가 아니고 그 투자자가 소득의 실질 귀속자인 경우에는 투자자에게 조세조약을 적용한다고 해석하고 있는 점을 감안하면 OOO 등을 쟁점소득에 대한 사용수익권을 가진 수익적 소유자로 보기보다는 그 투자자들이 쟁점소득의 수익적 소유자에 해당한다고 볼 여지가 충분하다 할 것이나,

「법인세법」 제98조의4는 국외투자기구를 통한 투자시 그 실질귀속자를 항상 그 투자자로 보아야 한다는 것은 아니고 국외투자기구가 실질귀속자로 입증되면 국외투자기구를 실질귀속자로 보아 그 거주지국과 체결한 조세조약을 적용하겠다는 것OOO인바, 청구법인은 2014.10.30. OOO 등의 투자자들을 쟁점소득의 실질귀속자로 보아 (수정)원천징수이행상황신고서, 3개 펀드의 투자자명세 및 1개 펀드의 계좌이체 내역을 각각 제시하였으나, 나머지 2개 펀드에 대한 자료는 제시하지 아니하다가 이 건 심판청구에 이르러 제시하고 있는데, 동 자료에 의하면 투자자명세에 실질귀속자로 인정될 수 있는 단체인 연금 및 기금이 다수 포함되어 있어서 이에 대한 추가 확인이 필요하고, 처분청도 위 자료에 대하여 조사한 사실이 없을 뿐만 아니라 투자자 명의와 투자금 이체계좌의 명의가 서로 일치하지 아니하는 것이 혼재되어 있는 등을 이유로 하여 그 진위 여부를 객관적으로 파악할 수 없다고 진술하고 있으므로 이에 대한 추가적인 조사가 필요하다 할 것이다.

 따라서 처분청은 청구법인이 제시한 투자자명세 및 계좌이체내역 등을 근거로 쟁점주식 양도대금의 최종 수익적 소유자가 누구인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 OOO는 OOO가 도관에 불과하고 실질적인 권리․의무 주체가 OOO 등이라는 사실을 충분히 인지하고 있었음에도 정당한 사유 없이 원천징수 등을 이행하지 아니하였으므로 가산세를 면할 정당한 사유가 없다는 의견이나,

세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상 제재라고 할 것이므로, 설령 본세의 부과처분은 적법하더라도 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 볼 사정이 있는 경우에는 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있다고 할 것인바OOO,

 OOO로서는 쟁점소득의 실질귀속자를 그 법률적 소유자이자 쟁점주식 양도대금의 대외적 수령자인 OOO로 판단할 수밖에 없고, 이와 달리 OOO에게 수익적 소유자를 달리 판별하여 원천징수하도록 요구하는 것은 현실적으로 불가능하며, 과세관청도 쟁점주식 양도소득이 원천징수대상인지 여부를 쉽게 판별할 수 없는 상황에서 납세자에게 완전한 판단을 기대하는 것은 무리가 있는 점, OOO는 2013.5.9. OOO에게 비과세․면제신청을 하고 한-OOO 조세조약에 따라 원천징수를 하지 아니하다가 2014.10.30. 세무조사 과정에서 조사청의 권고로 유한파트너십인 OOO 등이 아닌 그 파트너들을 기준으로 원천징수를 이행하여 기한 후 신고․납부를 하는 등 원천징수의무자로서 요구되는 절차를 모두 수행한 점 등에 비추어 OOO에게 원천징수불이행에 대한 귀책사유가 있다고 보기는 어려우므로 그 의무 불이행에 관하여 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다 할 것이다.

 따라서 처분청이 청구법인에게 법인(원천)세를 과세하면서 원천징수납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.