1. 처분개요

가. 청구인은 199x.9.17. 상속 등으로 취득한 OOO 토지 378㎡, 주택 및 상가건물 1,803.27㎡(이하 “겸용주택”이라 한다)를 201x.9.17. 양도한 후, 모(母) OOO 등과 공동 소유(청구인 지분은 4/9)하고 있는 OOO 임야 882㎡ 및 지상의 단독주택 96.5㎡(청구인 소유, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의4의 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례대상으로 보아 이를 소유주택수에서 제외하고, 201x.11.30. 겸용주택의 주택부분(주택면적 135.41㎡)을 1세대 1주택 비과세로 적용하여 201x년 귀속 양도소득세 OOO을 신고․납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 겸용주택을 양도할 당시, 쟁점주택이 ‘농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례’ 대상(대지면적이 660제곱미터 이내이고 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것)에 해당하지 아니하고, 설령 그 대상요건에 부합한다 하더라도 이를 양도소득세 과세표준신고기한 내에 신고하지 아니하였다는 이유 등으로, 쟁점주택을 청구인의 소유주택수에 포함하고 겸용주택의 주택부분에 대한 1세대 1주택 비과세적용을 배제하여 201x.5.24. 청구인에게 201x년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 201x.8.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 201x.11.30. 겸용주택에 대한 양도소득 과세표준 및 세액 예정신고를 하면서 기타필요경비인 취․등록세(OOO, 이하 “쟁점금액”이라 한다)를 공제누락하였던바, 이를 필요경비에 추가 산입하여야 한다(소득세법 기본통칙 97-0...3, 참조).

 (2) 조특법 제99조의4 ‘농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례’ 규정을 신설한 취지는 정부가 낙후된 농어촌지역의 균형발전을 위하여 도시지역민들로 하여금 농어촌주택을 취득하게 하여 농어촌지역의 발전에 참여하게 하는 동기를 유발하고자 하였으나, 그로 인한 2주택자가 되어 기존주택에 대한 1세대 1주택 비과세혜택이 배제되는 문제점을 해소하고자 하는 데에 있으며, 청구인은 이에 200x.9.23. OOO 임야(대부분 임야로 이용) 882㎡(청구인의 공유 지분은 392㎡) 지상에 쟁점주택(96.5㎡)을 신축하였던 것이고, 전체 임야면적에 대한 청구인 지분의 면적이 660㎡이내이므로 동 주택은 과세특례 대상요건에 부합하는바, 청구인의 소유주택수에서 제외되어야 한다.

 또한 처분청은 청구인의 겸용주택에 대한 양도소득세 신고 이후 5년 6개월이 경과한 201x.5.22.에야 동 주택 양도 당시 쟁점주택을 소유한 것으로 보아 1세대 1세대 비과세 적용을 배제한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된 것이라 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 겸용주택에 대한 양도소득세 신고(201x.11.30.) 당시 쟁점금액을 기타필요경비로 공제누락하였으므로 이를 추가 산입하여 달라고 하나, 심판청구일(201x.8.9.)이 경정 등의 청구기간[법정신고기한부터 5년(201x.11.30.)]을 도과하여 부적법한 청구에 해당되므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.

 (2) OOO 면적재기를 이용하여 측정한 결과, 쟁점주택에 부수된 한 울타리 내의 대지 면적은 898.54㎡인 것으로, OOO 상 쟁점주택에 부수된 대지의 전체가 한 울타리 내에 있는 것으로 각 나타나고, 이는 토지이용계획정보 확인도면 상 면적(882㎡)과도 거의 일치하며, 또한 쟁점주택의 개별주택가격은 201x.4.30. 주거 면적 96.25㎡, 공시(대지) 면적 882㎡를 기준으로 OOO에 최초 고시되었고, 이후 동일한 주거 면적 및 대지 면적을 기준으로 계속하여 고시(아래 <표1> 참조)된 것 등을 감안할 때, 쟁점주택에 부수된 대지 면적(882㎡)이 과세특례 대상요건(660㎡ 이내)에 부합하지 아니하므로 동 주택을 청구인의 소유주택수에 포함하여 겸용주택에 대한 1세대 1주택 비과세적용을 배제한 이 건 처분은 정당하다.

<표1> 개별주택가격 조회화면

  설령 쟁점주택이 관련 법령 상 과세특례 대상요건을 충족하였다 하더라도, 청구인은 겸용주택에 대한 양도소득세 과세표준신고기한 내에 조특법 별지 제63호의4의 서식에 따라 과세특례신청서를 제출하지 아니한바, 청구주장은 받아들이기 어렵다.

  또한 청구인은 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다 주장하나,「국세기본법」제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간에 대하여 ‘국세를 부과할 수 있는 날부터 5년’으로 규정하고 있고,「소득세법」제114조 제3항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다’고 규정하고 있는바, 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점금액(취․등록세)을 필요경비에 산입할 수 있는지 여부

 ② 겸용주택에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 적용함에 있어, 청구인이 소유한 쟁점주택을「조세특례제한법」제99조의4의 ‘농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례대상’으로 보아 이를 소유주택수에서 제외할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

 (1) 국세기본법

제26조의2(국세부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.

 3. 제1호・제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 (2) 소득세법

제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각 호(같은 조 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

 (3) 조세특례제한법

제99조의4(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2014년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조 제1항 제3호를 적용한다.

 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)

  가. 취득 당시 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서「지방자치법」제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 소재할 것

   1) 수도권지역. 다만,「접경지역지원특별법」제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

   2)「국토의계획및이용에 관한 법률」제6조 및 같은 법 제117조에 따른 도시지역 및 허가구역

   3)「소득세법」제104조의2 제1항에 따른 지정지역

   4) 그 밖에 관광단지 등 부동산 가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역

  나. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것

  다. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

⑥ 제1항 및 제4항에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다.

 (4) 조세특례제한법 시행령

제99조의4(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제99조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 1세대”란「소득세법 시행령」제154조 제1항에 따른 1세대를 말한다.

④ 법 제99조의4 제1항 제1호 나목 및 같은 항 제2호 다목에서 "대통령령으로 정하는 기준 이내"란 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터) 이내를 말한다.

⑨ 법 제99조의4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 과세특례신고서를「소득세법」제105조 또는 같은 법 제110조에 따른 양도소득세 과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다.

 ※ 소득세법 기본통칙

97-0...3(양도차익 계산시 취득가액에 산입하는 필요경비의 범위)

① 취득세는 납부영수증이 없는 경우에도 양도소득금액 계산 시 필요경비로 공제한다. 다만, 지방세법 등에 의하여 취득세가 감면된 경우의 당해 세액은 공제하지 아니한다.

② 양도차익 계산 시 산입되는 취득가액에는 취득시 쟁송으로 인한 명도비용, 소송비용, 인지대 등 취득에 소요된 모든 비용을 포함한다. 이 경우 소송비용은 민사소송법이 정하는 소송비용과 변호사의 보수 등 자산의 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 일체의 비용을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 청구인은 201x.9.17. 겸용주택을 OOO에 양도한 후, 같은 해 11.30. 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 쟁점주택이 조특법 제99조의4 제1항의 과세특례 대상으로 보고, 겸용주택의 주택부분에 대하여 1세대 1주택 비과세적용을 하였다.

  (나) 쟁점주택 등의 등기사항전부증명서 상 임야(실제 용도는 대지임) 면적은 882㎡이고 주택 면적은 96.25㎡이며, 청구인은 주택의 전체 면적 및 부수된 토지의 4/9 지분(2/9는 199x.9.17. 상속, 2/9는 200x.4.10. 매매로 각 취득)을 소유하고 있는 것으로 등재되어 있고, 토지(임야)대장 및 토지이용계획정보 상, 쟁점주택의 부수된 토지 면적은 882㎡로 기재되어 있다.

  (다) 위 (나)의 공부 상 쟁점주택에 부수된 청구인 소유의 면적(4/9의 지분) 이외의 나머지 면적(5/9)을 동 주택의 부수 토지에서 제외하거나 주거 면적과 분할․관리된 내용은 확인되지 않는다.

  (라) 처분청 담당자가 이 건과 관련하여 관할 주무관청인 OOO에게 확인(OOO)한 결과, 임야 면적 882㎡의 전체를 그의 부수토지로 보아 재산세 부과를 하고 있는 것으로 확인된다.

  (마) 조특법 제99조의4 제1항은 농어촌주택에 대하여 제1호에서 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택으로 규정하고 있고, 같은 호 나목에서 ‘대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것’으로 규정하고 있으며, 국세청은 조특법 제99조의4 제1항 제1호에 따른 농어촌주택의 해당 여부는 주택과 그 부수토지의 소유자가 다른 경우에도 그 부수토지 전체의 면적과 가액을 기준으로 판정한다고 해석(서면 2015-부동산-2228, 2015.12.1.)하고 있는 것으로 나타난다.

  (바) 조특법 제99조의4 제6항은 ‘농어촌주택 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과세특례신청을 하여야 한다’고 규정하고 있고, 청구인은 청구기한(양도소득세 과세표준 신고기한)내에 동 특례신청을 하지 아니한 것으로 나타난다.

 (2) 청구인은 이 건과 관련하여 다음과 같이 증빙의 제시 및 항변을 하였다.

  (가) 법원(OOO)은 당초 신고를 하거나 결정된 세액을 증액하는 경정처분이 있는 경우 종래 대법원은 납세의무자는 원칙적으로 그 증액경정처분만을 쟁송의 대상으로 삼아 취소를 청구할 수 있고 이 경우 당초 신고나 결정이 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 확정되었다 하여도 증액경정처분에 대한 소송절차에서 증액경정처분으로 증액된 세액에 관한 부분만이 아니라 당초 신고하거나 결정된 세액에 대하여도 그 위법 여부를 다툴 수 있다고 판시하고 있는바, 이 건의 청구가 양도소득세 법정신고기한이 지난 후 5년이 경과하였더라도 증액경정처분(당초 신고분 흡수)에 따른 적법한 경정청구이므로 쟁점금액은 필요경비에 산입되어야 한다.

  (나) 청구인은 쟁점주택과 부수된 토지에 대한 현장사진(10매)에 의하면, 전체 면적 중 극히 일부(582.9㎡)를 지목변경 등의 절차없이 임의로 데크를 설치하여 쟁점주택의 부수토지로 사용하여 왔음을 확인할 수 있고, 또한 낙후된 농촌지역 개발참여 등 정부시책에 따라 지목변경도 하지 아니한 채 쟁점주택을 건축하는 과정에서 일부 면적에 한해 동 데크를 설치하였던 것이다.

  (다) 관할 주무관청OOO이 부과한 201x년도～201x년도 지방세 세목별 과세증명서 및 그 과세내역서에 의하면, 토지의 전체 면적(882㎡) 중 582.9㎡에 대해서만 일관적으로 재산세(토지분)를 구분․과세하고 있는바, 쟁점주택에 실제 부수된 토지 면적은 582.9㎡(과세특례 대상요건은 660㎡이내임)이므로 조특법 상 과세특례 대상요건에 부합한다.

  (라) 조특법 제99조의4 제6항은 단순한 협력의무로 신청기한 내에과세특례신청을 하지 아니하였다 하여 동 특례를 배제하는 것은 국가가 국민에게 지방경제 활성화를 위하여 세금혜택으로 농어촌주택의 취득을 권장 또는 장려한 입법의 목적 및 취지에 반하는 것이다.

 (3) 처분청은 청구인의 항변에 대하여 다음과 같이 답변하였다.

  (가) 이 건 청구는 겸용주택에 대한 양도소득세의 법정신고기한이 지난 후 5년이 경과하였으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다.

  (나) 청구인은 관할 주무관청의 지방세 세목별 과세증명서 및 그 과세내역서에 따라 쟁점주택의 실제 부수된 토지 면적은 582.9㎡라고 항변하나, 이는 쟁점주택에 부수된 전체 토지면적(882㎡)과 인근의 OOO의 토지 면적(1,235㎡)을 합한 후, 청구인의 지분(4/9, 2/9)을 적용하여 산정한 면적일 뿐으로, 청구주장은 받아들이기 어렵다.

  (다) 청구인이 쟁점주택에 설치하였다는 ‘데크’는 신발을 신고 나가야 할 마당과 구분된 베란다 정도의 역할을 한 것으로 보이고, 쟁점주택에 부수된 토지면적이 582.9㎡이라거나 동 면적만을 부수토지로 사용하였다고 인정할 만한 객관적인 증빙은 제시되지 아니하였다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 겸용주택에 대한 양도소득세의 법정신고기한이 지난 후 5년이 경과하였으므로 쟁점금액을 기타필요경비에 추가 산입할 수 없다는 의견이나,

이 건 과세처분(201x.5.24.)은 양도소득세 법정신고기한(201x.5.31.)이 지난 후 5년 이내에 이루어졌고, 증액경정처분에 따른 적법한 경정청구에 해당하는 점(대법원 2013.4.18. 선고 2010두11733 판결 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 기타필요경비에 산입하여 이 건 겸용주택에 대한 양도소득과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점주택에 부수된 대지 면적(882㎡)이 과세특례 대상요건(660㎡ 이내)에 부합하지 아니하므로 동 주택을 청구인의 소유주택수에 포함하여 겸용주택에 대한 1세대 1주택 비과세적용을 배제한 이 건 처분은 정당하다는 의견이나,

  조특법 제99조의4(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 신설 취지는 도시지역 거주자가 기존에 1주택을 보유하고 있다 하더라고 농어촌지역에서 농어촌주택의 신축 등을 유도하여 낙후된 농어촌지역의 경제활성화와 국토의 균형발전을 도모하기 위한 것으로서, 쟁점주택 및 그 부수된 토지가 소재한 지역이 농가주택과 임야가 혼재한 농촌지역이고 쟁점주택의 부수된 토지는 공부상 임야이며, 주택면적이 96.25㎡에 불과한 점, 청구인이 제시한 사진을 보면, 쟁점주택 및 그 데크의 정착 면적 이외의 부분은 공부상 용도와 같이 실제 임야로 볼 수 있는 점, 공부상 임야인 전체면적을 쟁점주택의 부수된 사실상의 대지로 보기에는 다소 무리가 있어 보이는 점 등에 비추어 처분청은 쟁점주택에 부수되는 사실상의 대지면적이 조특법 제99조의4의 농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례대상에 부합하는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 같은 법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.