[주 문]

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.9.5. 취득한 OOO토지 450.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 2008.1.15. 취득한 그 지상 건물 1,167.8㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2016.1.11. 양도한 후 2016.3.27. 양도소득세 예정신고를 하면서 토지의 취득가액은 실지거래가액으로, 건물의 취득가액은 취득세 과세표준(시가표준액)으로 하여 양도소득세 OOO신고⋅납부하였다.

나. OOO지방국세청장이 2018년 10월에 실시한 처분청에 대한 정기종합감사 결과 쟁점건물의 실지취득가액이 확인되지 아니한다고 보아 취득가액을 기준시가에 의한 환산가액으로 재계산하여 양도소득세를 경정하도록 처분지시하였고,

 처분청은 이에 따라 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 재계산하여 2019.5.10. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO 경정⋅고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.20. 이의신청을 거쳐 2019.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점건물의 취득세 과세표준이 실지거래가액이 아니라는 점은 인정할 수 있으나, 취득세 과세표준은 신축가격 기준액을 기반으로 구조지수 등을 고려하여 산정한 것으로, 통상적으로 실제 건물의 취득원가에 비해 더 낮은 것이 일반적이다.

  청구인은 직접 신축한 쟁점건물을 양도하여 비록 취득원가를 증명할 수는 없으나 최소한 취득세 과세표준 이상의 가액으로 쟁점건물의 신축공사비가 발생되었다 보는 것이 합리적으로, 납세자가 건물 신축시 소요된 취득원가가 취득세 과세표준과 큰 차이가 없을 것으로 합리적으로 예상할 수 있음에도 불구하고 취득원가를 증명하지 못한다고 하여 거액의 세금을 부과하는 것은 실질과세의 원칙에 반한다.

 (2) 처분청은 쟁점부동산에 대하여 쟁점토지의 취득가액은 실지취득가액을 적용하고 쟁점건물의 취득가액은 환산가액을 적용하여 양도소득세를 산정하였으나,

  청구인은 토지 및 건물에 대한 양도금액을 안분하지 아니한 채 쟁점부동산을 일괄하여 양도하였고, 양도대상 자산 중 일부에 대해서만 실지취득가액을 알고 있었을 뿐 양도자산 전체에 대한 실지취득가액을 알고 있지 아니하였는바, 쟁점건물의 취득가액으로 환산가액을 적용하여야 한다면, 양도자산 전체에 대한 실지취득가액이 확인되지 아니하는 경우로 보아 쟁점건물 뿐 아니라 쟁점토지에 대해서도 환산가액을 적용하여 양도소득금액을 산출하여야 하는 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 쟁점건물의 취득세 과세표준을 취득 당시 실지거래가액으로 보아야 한다고 주장하나, 취득세 과세표준은 지방자치단체의 장이 과세대상별 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 결정한 가액일 뿐 「소득세법」제97조에서 규정하고 있는 실지거래가액에 해당하지 아니하고, 양도소득에서 필요경비로 공제되는 취득가액은 원칙적으로 해당 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 하는 것으로, 이와 관련하여 「소득세법」에서 「지방세법」에 규정되어 있는 취득세 과세표준을 실지거래가액으로 인정한다고 별도로 규정하고 있지 아니한 이상 취득세 과세표준을 「소득세법」상 양도소득에서 필요경비로 공제되는 취득가액으로 인정할 수 없으며, 청구인이 쟁점건물의 실지취득가액으로 주장하는 취득세 과세표준, 즉 시가표준액은 신축가격 기준액에 구조⋅용도⋅경과연수 등을 고려하여 산출된 가액일 뿐 자산 취득에 든 실지거래가액인 원재료비, 노무비, 운임, 보험료, 수수료, 공과금, 설치비, 기타 부대비용의 합계액 등 해당 건물의 취득원가를 구성하는 가액이 아니므로, 취득세 과세표준인 시가표준액을 쟁점건물의 실지취득가액으로 볼 수 없다.

 (2) 청구인은 쟁점부동산을 일괄매각하였으므로 양도자산 전체에 대하여 실지취득가액을 확인할 수 없어 쟁점건물 뿐만 아니라 쟁점토지의 취득가액 역시 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 산정하여야 한다고 주장하나, 토지와 건물은 별개의 부동산으로서 각각 양도소득세 부과처분의 대상이 되고, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도하더라도 각각 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것이어서 반드시 동일한 기준에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 하는 것은 아니라 할 것이므로, 어느 일방이 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하였다고 하여 다른 일방의 양도차익을 산정함에 있어서도 반드시 그와 같은 방법을 사용하여야 하는 것은 아닌 것(대법원 1997.12.26. 선고 97누11829 판결, 같은 뜻임)인바, 쟁점부동산의 취득가액 산정시, 쟁점토지는 2007.9.5. 경락받아 OOO취득한 사실이 확인되므로 실지거래가액으로, 쟁점건물은 취득가액이 확인되지 아니하므로 환산취득가액으로, 각각 결정하여야 하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① (주위적) 쟁점건물의 취득가액을 취득세 과세표준액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

 ② (예비적) 쟁점토지의 취득가액을 환산취득가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구인은 2007.9.5. 쟁점토지를 OOO경락받아 취득하였다.

  (나) 청구인은 2008.1.15. 쟁점건물(4층, 근린생활시설 1,167.8㎡)을 신축⋅취득(사용승인)한 후, 2008.1.22. 취득가액을 시가표준액OOO으로 하여 취득세 등을 신고하였으며, 청구인이 쟁점건물의 취득가액(시가표준액)을 산정한 근거는 다음 <표1>과 같다.

   <표1> 쟁점건물의 취득가액(시가표준액) 산정내역

(단위 : 원)

  (다) 청구인은 2016.1.11. 쟁점부동산을 OOO일괄매각한 후, 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 신고하면서 양도가액은 실지거래가액, 취득가액은 쟁점토지의 경우 경락가액OOO쟁점건물의 경우 취득세 과세표준(시가표준액 OOO)으로 계산하였다.

  (라) 처분청은 쟁점건물의 실지취득가액이 확인되지 아니한다고 보아 쟁점토지의 취득가액은 실지거래가액OOO으로, 쟁점건물의 취득가액은 다음 <표2>와 같이 환산가액OOO으로 재계산한 후, 2019.5.10. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO(과소신고가산세 OOO납부불성실가산세 OOO을 포함)을 경정⋅고지하였다.

   <표2> 쟁점건물 환산가액 계산내역

(단위 : 원)

   <표3> 쟁점건물 양도가액(안분액) 계산내역

(단위 : 원)

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 취득가액을 취득세 과세표준(시가표준액)으로 하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」제97조 제1항 제1호는 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 취득가액과 관련하여 자산 취득에 든 실지가액(가목)으로 하되, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액(나목)으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제12항은 위 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다고 규정하고 있으며, 제176조의2 제2항에서 환산취득가액 산정방식을 규정하고 있는데, 청구인은 2008.1.15. 쟁점건물을 신축⋅취득(사용승인)하였으나 그 신축비용을 확인할 수 있는 증빙자료가 전혀 제출되지 아니하여 그 실지취득가액을 확인할 수 없으므로, 「소득세법」제97조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제163조 제12항 및 제176조의2 제2항에 따라 환산가액에 의하여 양도가액에서 공제할 취득가액을 계산하여야 하는바, 처분청에서 환산가액에 의하여 쟁점건물의 취득가액을 계산한 데 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산 전체의 실지취득가액을 알지 못하는 경우이므로 쟁점토지의 취득가액 역시 환산취득가액으로 하여야 한다고 주장하나, 토지와 건물은 별개의 부동산으로서 각각 양도소득세 부과처분의 대상이 되고, 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도하더라도 각각 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것으로 반드시 동일한 기준에 의하여 그 양도차익을 산정하여야 하는 것은 아니라고 할 것이므로, 어느 일방이 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하였다고 하여 다른 일방의 양도차익을 산정함에 있어서도 반드시 그와 같은 방법을 사용하여야 하는 것은 아니라 할 것인바(대법원 1997.12.26. 선고 97누11829 판결, 같은 뜻임), 청구인이 쟁점부동산을 일괄하여 양도하였다 하더라도 쟁점토지의 실지취득가액만이 확인될 뿐 쟁점건물의 실지취득가액이 확인되지 아니하는 이상 쟁점토지의 취득가액은 실지거래가액으로, 쟁점건물의 취득가액은 환산가액으로 산정하여야 하는 것이어서, 처분청에서 쟁점토지의 취득가액을 실지거래가액으로, 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 각각 계산하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정되기 전의 것)

 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 따른다.

(각 호 생략)

 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

 가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

 나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

 가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

 나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

④ 삭제

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제100조(양도차익) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부개정되기 전의 것)

   제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제2조 제9호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

(3) 지방세법

 제4조(부동산 등의 시가표준액) ① 이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장이 산정한 가액으로 한다.

② 제1항 외의 건축물(새로 건축하여 건축 당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다), 선박, 항공기 및 그 밖의 과세대상에 대한 시가표준액은 거래가격, 수입가격, 신축ㆍ건조ㆍ제조가격 등을 고려하여 정한 기준가격에 종류, 구조, 용도, 경과연수 등 과세대상별 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액으로 한다.

③ 행정안전부장관은 제2항에 따른 시가표준액의 적정한 기준을 산정하기 위하여 조사ㆍ연구가 필요하다고 인정하는 경우에는 대통령령으로 정하는 관련 전문기관에 의뢰하여 이를 수행하게 할 수 있다.

④ 제1항과 제2항에 따른 시가표준액의 결정은 「지방세기본법」 제147조에 따른 지방세심의위원회에서 심의한다.

 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.