[주 문] OOO장이 2018.9.12. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원, 2017사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 및 2019.4.8. 청구법인에게 한 2015사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 <별지> 기재와 같이 양도한 토지들의 택지개발공사 비용이라고 주장하는 OOO원 중 해당 토지들의 양도차익 산정시 차감되는 필요경비에 해당하는 금액이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 「법인세법」제55조의2에 따라 청구법인에게 부과된 토지 등 양도소득에 대한 법인세액에 대한 가산세는 <별지>에 기재된 토지 중 OOO 토지 249㎡를 제외한 나머지 토지의 양도차익에 대해서는 부과하지 아니하는 것으로 하여 세액을 경정하며, 나머지 심판청구는 이를 기각한다. |
[이 유] |
가. 청구법인은 종교보급 및 기타 교화를 목적으로 설립된 교회로서 2007.9.10. OOO㈜로부터 취득한 OOO 양어장 13,370㎡(이하 “당초토지”라 한다)를 아래 <표1>과 같이 3차례에 걸쳐서 분할한 후 그 중 13필지 7,166㎡의 토지(이하 “쟁점토지①”이라 한다)와 같은 날 OOO㈜으로부터 취득한 OOO 토지 249㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고 쟁점토지①과 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 2015∼2017년 기간 동안 24회에 걸쳐서 12명의 매수인에게 총 OOO원에 양도하고, 쟁점토지가 청구법인의 고유목적 사업에 3년 이상 사용된 토지에 해당하므로 쟁점토지의 양도차익이 법인세 비과세대상이라고 보아 2015∼2017사업연도 법인세를 신고하지 아니하였다. <표1> 청구법인이 취득한 당초토지의 분할내역 나. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 과세자료를 검토한 결과, 쟁점토지가 양도차익에 대한 법인세가 면제되는 3년 이상 고유목적사업에 사용된 토지에 해당하지 아니하고, 비사업용 토지에 해당하므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례의 적용대상이라고 보아 쟁점토지의 총 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2018.9.12. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원, 2017사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.3. 이의신청을 제기하였고, 처분청은 이의신청 결과에 따라 쟁점토지의 양도소득의 귀속시기를 변경하고, 쟁점토지의 취득자금과 관련된 대출금의 이자비용 OOO원, 쟁점토지의 취득가액 OOO원을 추가로 손금에 산입하여 2019.4.8. 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하는 한편 2016․2017사업연도 법인세를 감액경정하였으며 이에 따라 남아 있는 청구법인에 대한 법인세 부과세액은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 남아있는 법인세 부과세액 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.3. 이의신청을 거쳐 2019.5.9. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 계속해서 고유목적사업을 위해서 사용하였는바 쟁점토지의 양도차익은 법인세 과세대상이 아니다. (가) 청구법인은 종교행위 등의 고유목적사업에 사용하기 위하여 당초토지를 취득하였고, OOO은 청구법인이 당초토지를 종교행위에 사용하기 위해 취득한 사실을 인정하여 취득세를 면제하고, 2012년부터 쟁점토지의 양도 시까지 재산세를 계속해서 면제하였다. (나) 청구법인은 양어장으로 사용되던 당초토지 위에 교회건물을 신축하기 위해 2008.9.2.∼2011.11.10. 기간 동안 토지매립 및 교회건설공사를 진행하였고, 교회건물의 완공 이후 당초토지 중 3,179㎡는 종교용지로 지목을 변경하였으며, 쟁점토지는 교회 주차장, 교회에서 소요되는 농산물의 경작용지, 야적장 등으로 사용하였다. 따라서, 청구법인이 쟁점토지의 매입일부터 토지매립공사를 거쳐 농작물 경작지 등으로 이용한 2007.9.10.∼2015.10.12. 기간 동안 계속해서 쟁점토지를 고유목적에 사용한 것으로 보아야 한다. (다) 청구법인은 2015년 10월에 교회증축자금이 필요하여 쟁점토지를 택지로 개발하여 양도하기 위한 택지개발공사를 진행하였고, 2015∼2017년 걸쳐 쟁점토지를 양도하고 해당 양도대금을 청구법인의 고유목적사업에 사용하였는바 2015년 10월부터 쟁점토지의 양도일까지의 기간도 쟁점토지가 고유목적에 사용된 것으로 보아야 한다. (2) 쟁점토지는「법인세법」제55조의2에 따라 비사업용에서 제외되는 토지에 해당하므로 토지 양도차익에 대한 법인세를 중과할 수 없다. (가) 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호는 농지, 임야 및 목장용지 외에 기타토지로서 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되는 토지를 비사업용 토지에서 제외하도록 하고 있고, OOO은 쟁점토지①에 대하여 청구법인의 종교행위에 사용되었다는 이유로 2012년부터 계속해서 재산세를 비과세하였는바 쟁점토지①은 2012년부터 양도일까지 비사업용 토지에서 제외된다. 처분청은 OOO의 재산세 비과세 결정이 취소된 사실이 없음에도 임의로 지방자치단체의 확인이 미진하다고 보아 쟁점토지①을 비사업용 토지로 판정하였으나, 이는「법인세법」제55조의2 제2항에 어긋나는 위법한 해석이다. (나) 청구법인이 5년 이상 보유한 쟁점토지가 「법인세법」제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가과세 대상에 해당하려면 “최근 3년간 2년 이상”, “최근 5년 중 3년 이상”, “전체 기간의 OOO 이상”의 기간 동안 모두 비사업용 토지에 해당하여야 하나, 쟁점토지는 아래 <표3>과 같이 2012사업연도부터 비사업용 토지에서 제외되어 쟁점토지의 양도일 직전 최소 3년 이상의 기간은 사업용 토지에 해당하므로 비사업용 토지로 보기 위한 “기간조건”을 충족하지 아니한다. <표3> 청구법인의 기간별 쟁점토지 이용내역 (3) 청구법인이 취득한 당초토지는 양어장이었는바 해당 토지를 메우는 과정에서 발생한 토지매립비용 OOO원 및 이를 위해 차입한 자금에 대한 이자비용 OOO원, 쟁점토지를 분할양도하기 위해 택지로 개발하는 과정에서 발생한 택지개발비용 OOO원 등 총 OOO원의 쟁점토지 관련 자본적 지출액을 청구법인의 손금으로 추가 인정하여야 한다. (가) 청구법인이 취득한 당초토지는 양어장으로 사용되던 토지로 주변 토지보다 4m 이상의 깊이가 있어 해당 토지 위에 교회를 신축하기 위해서는 매립공사를 진행해야 했고, 청구법인은 2008.9.2. 형질변경을 위한 토목공사가 포함된 교회건축 공사를 허가받아 당초토지에 대한 매립공사를 실시하였으며, 총 매립공사비용 OOO은 쟁점토지에 배분될 공사비용이며, 청구법인은 2011.12.31. 당초토지의 매립공사비를 충당하기 위해 OOO으로부터 OOO원 차입하여 OOO원을 토지매립공사비용으로 사용하였는데, 총 이자비용 OOO원 중 쟁점토지에 배분될 금액은 OOO원이다. 처분청은 매립공사비용의 지출사실을 입증할 수 있는 근거자료가 없으므로 청구법인이 주장하는 비용을 손금으로 인정할 수 없다는 의견이나, 실제로 공사비의 발생사실이 명확하다면 해당 비용이 없는 것으로 할 수는 없고, 적정한 공사비용이 얼마인지에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다할 것(대법원 2010.2.7. 선고 2007두15384 판결)이다. (나) 청구법인은 2015년에 교회 증축을 위한 자금이 필요하여 당초토지 중 교회가 있는 면적 외의 토지(쟁점토지)를 양도하기 위하여 해당 토지를 분할하는 등 택지개발공사를 하였고, 이 과정에서 아래와 같이 합계 OOO원의 공사비용을 지출하였다. 1) 청구법인은 쟁점토지를 14개 필지로 분할하기 위하여 경계 복원측량과 토지분할측량을 OOO에 의뢰하였고, OOO의 계좌로 측량공사비 OOO원을 지급하였으며, OOO로부터 세금계산서를 발급받았다. 2) 청구법인은 당초토지를 매립하는 과정에서 쌓은 토사가 무너지지 않도록 ㈜OOO에게 축대공사를 의뢰하였고, ㈜OOO로부터 공사대금 청구서를 교부받는 한편 ㈜OOO의 전무인 OOO의 계좌로 OOO원을 송금하였는데, 축대공사의 총 구간길이 288m 중 180m는 쟁점토지와 관련된 축대이므로 OOO원을 쟁점토지 에 대한 자본적 지출액으로 보아 손금으로 인정해야 한다. 3) 청구법인은 쟁점토지 중 진입도로로 사용되는OOO 669㎡에 대한 도로포장공사를 실시하고 공사비용 OOO원을 ㈜OOO의 전무 OOO의 계좌로 송금하였다. 4) 청구법인은 택지개발을 하면서 전기를 각 세대로 끌어들이기 위해 전기공사를 실시하였고, 공사대금 OOO원을 OOO 대표 OOO의 계좌로 송금한 후 OOO로부터 세금계산서를 교부받았다.
5) 청구법인은 택지개발을 하면서 상수도를 각 세대로 끌어들이기 위해 상수도공사에 따른 급수공사 수납금 OOO원을 OOO에게 납부하였는데, 해당 사실은 청구법인의 예금계좌 및 급수공사 수납부에서 확인된다. 6) 청구법인은 택지개발을 하면서 토목공사를 위해 토목설계 및 관련된 인허가 업무를 종석측량 OOO에게 의뢰한 후 토지설계비 OOO원을 OOO의 배우자 OOO의 계좌로 송금하였는데, 토목설계비 중 쟁점토지와 관련된 비용은 OOO이다. 7) 청구법인은 택지개발공사시 쟁점토지와 관련하여 자재비, 인건비 등으로 OOO원을 추가지출하였다. (4) 청구법인은 쟁점토지를 양도한 당해 사업연도에 양도대금 전액을 청구법인의 고유목적사업을 위해 사용하였는바 쟁점토지 양도차익의 OOO를 손금에 산입하여야 한다. (가) 비영리법인은 차후 고유목적사업에 사용하기 위한 용도로 토지 양도차익을 고유목적사업준비금으로 설정할 수 있고, 해당 준비금 설정액 중 토지양도차익의 OOO 이내의 금액은 「법인세법」에 따라 손금으로 인정된다. (나) 청구법인과 같이 계속 영위하는 수익사업이 없고, 토지양도 차익과 같은 일시적인 사업수입만 있는 법인은 당해 수입을 발생한 사업연도에 바로 고유목적사업을 위하여 사용하기 때문에 차후 사업연도에 고유목적사업에 사용할 목적으로 준비금을 설정할 이유가 없다. (다) 법인이 해당 사업연도의 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 고유목적 사업을 위해 지출한 금액이 있는 경우 초과지출액은 해당 사업연도 말에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출된 것으로 보아야 하는바(국세청 법인 46012-2785 1998.9.25.), 청구법인이 고유목적사업을 위해 지출한 쟁점토지의 양도차익 OOO은 당해 사업연도 말에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출된 금액에 해당하므로 「법인세법」상 고유목적사업준비금의 손금한도액(토지의 양도차익 × OOO)인 OOO원을 손금으로 인정하여야 한다. (5) 비록 쟁점토지의 양도차익이 법인세 과세대상이라도 하더라도 청구법인의 납세의무 미이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 감면하여야 한다. (가) 「국세기본법」 제48조는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 때에는 가산세를 부과하지 아니하도록 하고 있다. (나) 청구법인은 당초토지를 종교사용 목적의 토지로 하여 OOO로부터 사전 매수승인을 받아 취득하였고, OOO은 쟁점토지를 종교행위에 직접 사용되는 토지로 인정하여 2012년부터 계속해서 재산세를 면제하였다. 청구법인은 이에 따라 쟁점토지가 「지방세특례제한법」에 따른 고유목적사업에 사용된 것으로 보아 해당 토지의 양도차익이 법인세 과세대상이 아니라고 판단하였고, 청구법인의 OOO 목사는 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세 신고납부안내를 받고 OOO를 방문하였는데, 세무서 직원이 “비영리법인인 청구법인 소유의 토지양도는 세금신고를 하지 않아도 된다”고 하여 법인세를 신고하지 아니하였다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점토지의 양도일부터 소급하여 3년 이상 고유목적사업을 위해 쟁점토지를 사용하지 아니하였는바 쟁점토지의 양도차익은 법인세 과세대상이다. (가) 「법인세법 시행령」제3조 제2항에서 고정자산의 처분일로부터 소급하여 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 비과세 대상으로 규정하고 있으므로 쟁점토지의 양도일부터 3년보다 훨씬 이전에 진행된 쟁점토지에 대한 토지매립공사는 이 건과 관련이 없다. (나) 청구법인은 2011.11.10.～2015.10.12. 기간 동안 쟁점토지를 교회 주차장, 교회에서 사용된 농산물의 경작지로 사용하였다고 주장하나, 쟁점토지의 항공사진을 보면 진입도로가 없고 대지의 고저차이로 인하여 주차장으로 사용이 어려워 보이며, 청구법인은 농산물 경작사실을 입증할 수 있는 증빙을 제시하지 아니하였다. (다) 청구법인은 2015년 이후 쟁점토지를 택지로 개발하기 위해 토지분할 및 진입도로 개설공사를 실시한 사실로 볼 때 청구법인이 고유목적사업인 종교의 보급 및 기타교화를 위해 쟁점토지를 사용하였다고 보기는 어렵다. (2) 쟁점토지는 「법인세법」제55조의2 제2항 제4항에서 규정한 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되는 토지에 실질적으로 해당한다고 볼 수 없으므로 비사업용 토지에 해당한다. (가) 쟁점토지에 대한 항공사진을 보면 쟁점토지는 청구법인의 취득일부터 양도일까지 나대지로 방치된 사실이 확인되는바 쟁점토지가 「지방세법」에 따라 재산세가 비과세되는 청구법인의 종교활동에 사용된 토지에 해당한다고 보기는 어렵다. (나) 청구법인은 쟁점토지에 대한 재산세가 면제되었다고 주장하나, 이는 관할 지방자치단체의 확인이 미진해서 재산세가 부과되지 않은 것으로 보이는바 재산세의 면제를 이유로 쟁점토지를「법인세법」상 비사업용 토지에서 제외할 수는 없다. (3) 청구법인은 쟁점토지의 매립 및 분할․개발을 위하여 공사비를 지출하였다고 주장하나, 공사계약서 등의 구체적인 증빙서류를 제시하지 못하였으므로 청구주장을 수용할 수 없다. (가) 청구법인이 토지매립 공사비에 충당하기 위해 대출받았다고 주장하는 2011.12.9.자 OOO의 대출금은 청구법인의 교회건물 신축공사자금과 연관된 것으로 보이므로 해당 이자비용을 쟁점토지 양도와 관련하여 손금으로 인정할 수는 없다. (나) 청구법인은 쟁점토지의 택지개발 과정에서 축대공사비, 전기·포장 공사비 등을 지출하였다고 주장하나, 공사계약서 등의 구체적인 증빙이 없어 청구법인이 제출한 계좌이체 내역, 일부 거래명세서와 쟁점토지에 대한 택지개발공사가 진행되었다는 정황만을 가지고 청구법인이 주장하는 금액을 쟁점토지와 관련된 손금으로 인정하기 어려우며, 청구법인은 이의신청을 제기하기 전에는 쟁점토지에 대한 자본적 지출액을 확인할 수 있는 서류를 제시하지 아니하였다. (4) 청구법인은 고유목적사업준비금을 설정한 사실이 없으므로 쟁점토지의 양도차익을 손금에 산입할 수 없다. (가) 비영리내국법인이 고유목적사업에 지출하기 위해 고유목적사업준비금을 설정한 경우「법인세법」에 따라 고유목적사업준비금 설정액을 손금으로 보나, 이는 고유목적사업에 대한 지출 그 자체를 손금으로 인정하는 것이 아니라 그 재원이 되는 고유목적사업준비금의 설정액을 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정하는 것이므로 비영리내국법인이 금원을 아무리 고유목적사업 등에 지출하였다고 하더라도 그 금원을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않았다면 곧바로 손금에 산입할 수는 없다할 것(대법원 2013.11.28. 선고 2013두15996 판결 참조)이다. (나) 청구법인은 쟁점토지의 양도차익에 상당하는 금액을 수입 발생 당시는 물론이고 그 후에도 고유목적사업준비금으로 설정한 사실을 입증하지 못하였는바 청구법인의 쟁점토지 양도차익을 고유목적사업준비금 설정액으로 간주하여 손금에 산입할 수는 없다. (5) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다 할 것(대법원 2004.9.24. 선고. 2003두10350판결, 같은 뜻임)이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① (주위적 청구) 청구법인은 쟁점토지를 고유목적사업에 3년 이상 사용하였으므로 쟁점토지의 양도차익은 법인세 비과세대상이라는 청구주장의 당부 ② (예비적 청구) 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 토지 등 양도차익에 대한 법인세를 중과한 처분의 당부 ③ (예비적 청구) 쟁점토지에 대한 자본적 지출액을 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부 ④ (예비적 청구) 쟁점토지의 양도대가를 고유목적사업에 사용하였는바 쟁점토지 양도차익의 OOO를 고유목적사업준비금 설정액으로 보아 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부 ⑤ (예비적 청구) 청구법인이 쟁점토지의 양도차익에 대하여 법인세를 신고하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로 가산세를 감면해야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제3조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득(淸算所得) 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제19조(손금의 범위) ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 1. 다음 각 목의 금액 가. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 나. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다. 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 ② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다. 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다. 2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다. 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지(단서 및 각 목 생략) 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가.「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지 (2) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 고정자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (3) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. 1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우 2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (4) 지방세특례제한법 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2007.9.10. 취득한 당초토지 중 OOO 토지 3,179㎡에 교회를 설립하고 아래 <표4>와 같이 지목을 종교용지로 변경하였고, 나머지 토지 7,166㎡ 및 같은 동 177-8 토지 249㎡를 합한 쟁점토지의 지목을 대지로 변경하여 2015〜2017년에 양도하였다. <표4> 쟁점토지와 그 외 토지의 등기부등본상 현황 (2) 청구법인은 아래와 같이 2008.9.2.부터 OOO에 교회건물 신축공사를 하였고, 2017.5.3.부터 교회건물의 증축공사를 진행하였다. (3) 청구법인 및 처분청이 쟁점토지를 고유목적사업를 위해 사용했는지 여부 및 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하는지에 관한 다툼과 관련하여 제시한 자료는 다음과 같다. (가) 처분청은 2008․2009․2011․2015․2016년에 쟁점토지를 촬영한 항공사진을 증빙으로 제시하였는데, 2016년의 항공사진에서는 쟁점토지 중 일부에 한 채의 주택이 지어진 것으로 보이나 대부분의 기간 동안 쟁점토지는 나대지 상태였던 것으로 보이고, 2015년의 항공사진에서는 일부 수목이 쟁점토지에서 자란 흔적이 나타난다. (나) 청구법인은 아래 <표5>와 같이 쟁점토지와 관련된 ‘지방세과세표준 증명원’을 증빙으로 제시하였다. <표5> 쟁점토지와 관련된 지방세 과세내역 (4) 청구법인은 쟁점토지의 매립공사시 발생한 공사비용 OOO원 및 관련 이자비용 OOO원, 쟁점토지의 택지개발공사비용 OOO원을 손금에 산입하여 달라고 주장하며 다음과 같은 증빙을 제시하였다. (가) 청구법인은 양어장으로 사용된 당초토지의 형질을 변경하기 위해 매립공사를 실시하였다고 주장하며, 매립공사비의 산출내역을 아래 <표6>과 같이 정리하여 제출하였다. <표6> 청구법인이 제시한 쟁점토지와 관련된 매립공사비 산출내역 (나) 청구법인은 2011년에 쟁점토지의 매립공사 비용에 사용하기 위해 OOO으로부터 OOO원을 대출받아 OOO원을 토지매립공사비용으로 사용하였다고 주장하며 이자지급 및 원금상환내역을 제시하였고, 총 이자지급액은 OOO원인데 이를 면적기준으로 안분하면 쟁점토지에 배분될 금액은 OOO이다. (다) 청구법인은 택지개발공사비로 지출한 금액과 관련하여 지출상대방, 공사내역, 청구법인의 금융계좌에서의 송금내역(2015.101.∼2016.9.30.)을 증빙으로 제시하였고, 이를 정리하면 아래 <표7>과 같다. <표7> 청구법인이 제시한 쟁점토지 관련 택지개발공사비 지출내역 (5) 청구법인 및 처분청이 쟁점토지 양도차익의 OOO 상당액을 고유목적사업준비금 설정액으로 보아 손금에 산입할 수 있는지에 대한 다툼과 관련하여 제시한 자료는 다음과 같다. (가) 처분청이 제시한 자료에 따르면 청구법인은 설립 이후 고유목적사업준비금을 설정한 사실이 없는 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 쟁점토지의 양도대금 전액을 청구법인의 고유목적사업을 위해 지출하였다고 주장하며 아래 <표8>과 같이 쟁점토지 양도대금의 사용내역을 제출하였고, 이에 대한 증빙으로 청구법인의 대출원리금 상환내역, 청구법인 계좌의 금융거래내역을 첨부하였다. <표8> 쟁점토지의 양도대금 사용내역 (6) 청구법인의 장로 및 대리인은 2019.12.17. 조세심판관회의에 참석하여 청구법인은 2007년에 쟁점토지①을 매입했는데, 2011년에 교회를 신축하기 전까지는 계속 재산세가 부과되었으나, OOO 공무원이 교회의 준공 이후 현지확인을 나와 쟁점토지①은 교회용지에 포함된 토지이므로 재산세가 부과되지 않을 것이라고 하였는데, 실제로 2012년부터 계속해서 쟁점토지①에 대한 재산세가 부과되지 않았다는 취지로 진술하였고, 처분청은 OOO의 잘못된 재산세 비과세처분을 근거로 쟁점토지①을 비사업용토지에서 제외할 수는 없으며, OOO에게 “쟁점토지①은 종교행위를 위해 직접 사용되지 않았다”는 내용의 공문을 통보하였다고 답변하였다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항은 비영리법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 법인세 비과세대상으로 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구법인은 쟁점토지를 청구법인의 종교행위를 위해 사용하였으므로 쟁점토지는 청구법인의 고유목적사업에 사용된 고정자산에 해당한다고 주장하나, 처분청이 제시한 항공사진을 보면 청구법인은 쟁점토지를 분할해서 양도하기 위해 택지개발을 하고 나대지 상태에서 양도한 사실이 나타나고, 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 참조)인바 쟁점토지를 양도일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업인 종교의 보급 및 기타 교화를 위해 사용된 토지로 보기 어려우므로 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 각 사업연도의 소득금액에 포함하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 「법인세법」제55조의2 제1항 제3호에서 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하도록 하고 있고, 같은 법 제2항 제4호에서 농지, 임야 및 목장용지 외의 기타토지 중 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지는 비사업용토지에서 제외하고 있다. 이 건의 경우 처분청이 제시한 항공사진상 쟁점토지의 취득일부터 양도일까지 쟁점토지 위에 교회와 관련된 건축물이 없고, 청구법인은 2012.1.1.부터 2015.10.12.까지 쟁점토지에서 농작물을 재배하여 교회를 위해 사용하였다고 주장할 뿐 농작물의 경작사실을 입증할 수 있는 자료를 제시하지 못하는 등 쟁점토지의 구체적인 이용내역을 확인할 수 없는 점, 「지방세특례제한법」제50조 제2항은 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 부동산만을 재산세의 면제대상으로 하고 있는데 쟁점토지는 청구법인의 종교행위에 직접 사용된 자산으로 보기 어려운바 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 실질적으로 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 「법인세법」제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 중과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 당초토지를 매립하는 과정에서 발생한 공사비용 중 쟁점토지에 배분될 금액 OOO원, 매립공사비로 사용하기 위해 차입한 자금에 대한 이자비용 OOO원, 쟁점토지를 택지로 개발하는 과정에서 발생한 택지개발공사비용 OOO원 등 총 OOO원을 쟁점토지의 양도차익 산정과 관련하여 필요경비로 인정하여 달라고 주장하나, 청구법인은 당초토지에 대한 매립공사시 지출하였을 것으로 추정되는 비용의 계산내역만을 제시하였을 뿐 이를 입증할 수 있는 근거자료를 제시하지 못한바 청구법인이 주장하는 매립공사비용을 손금으로 인정하기 어렵고, 매립공사비용이 얼마인지를 확인할 수 없는바 청구법인이 주장하는 차입금이 실제 매립공사를 위해 사용되었다고 볼 수 있는 근거가 부족한 점 등에 비추어 청구법인이 토지매립과 관련된 비용이라고 주장하는 공사비용 OOO원 및 이자비용 OOO원을 필요경비로 인정하기는 어렵다고 판단된다. 다만, 쟁점토지에 대한 택지개발공사비용과 관련하여 청구법인은 쟁점토지를 분할해서 양도하기 위해 택지를 개발하는 과정에서 OOO원을 공사비용으로 지출하였다고 주장하며 해당 공사비를 지출한 거래상대방, 공사내역, 거래상대방 계좌로의 송금내역 등을 정리하여 제출한 점, 청구법인은 당초 취득한 1개 필지의 토지를 양도하기 전에 여러 개의 필지로 분할하였고, 처분청 역시 청구법인이 쟁점토지를 택지로 개발하여 양도한 사실에 대해서는 별다른 이견을 제시하지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지의 택지개발공사비용으로 OOO원을 지출하였을 개연성이 있어 보인다. 그러나 청구법인은 처분청의 과세처분 이전에는 택지개발공사비의 지출사실을 입증할 수 있는 증빙을 제출하지 아니하였다가 불복제기시제출한 점, 청구법인이 택지개발공사비로 지출하였다고 주장하는 금액 중 세금계산서 등의 법적 증빙을 수취한 금액이 일부에 불과하여 거래상대방이 해당 금액을 수입금액으로 신고했는지가 불분명한 점 등에 비추어 처분청은 청구법인이 제시한 택지개발공사비의 내역을 근거로 해당 비용이 실제 쟁점토지에 대한 택지개발공사와 관련하여 지출된 금액이 맞는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 택지개발공사비로 확인되는 금액을 쟁점토지의 양도차익에서 차감하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (라) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 「법인세법」제29조 제1항에 따라 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 설정하여 이를 손금으로 계상하는 경우에는 일정한 범위 내의 금액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 미리 손금으로 인정하되, 이 때 고유목적사업에 대한 지출 그 자체를 손금으로 인정하는 것이 아니라 그 재원이 되는 고유목적사업준비금의 설정액을 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정하는 것이므로 비영리내국법인이 아무리 고유목적사업 등에 금원을 지출하더라도 그 금원을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않았다면 곧바로 손금에 산입할 수는 없다 할 것(조심 2016서3759 2017.6.16., 참조)이다. 이 건의 경우 청구법인은 쟁점토지의 양도차익에 대한 고유목적사업준비금을 쟁점토지의 양도 당시는 물론이고 그 이후에도 설정하지 아니한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 법인세 경정결정시 쟁점토지 양도차익의 OOO를 고유목적사업준비금 설정액으로 보아 손금으로 산입하여 달라는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (마) 마지막으로 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 같은 뜻임)이다. 이 건의 경우 청구법인은 쟁점토지에 대한 재산세가 면제되어 쟁점토지를 양도일 현재 3년 이상 고유목적사업에 사용된 재산으로 판단하여 쟁점토지의 양도차익을 각 사업연도의 소득금액에 포함시켜 법인세를 신고하지 아니하였다고 주장하나 가산세의 부과에 있어서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없고(조심 2018부608, 2018.6.19., 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점토지에 교회 관련 시설물을 건축하지도 아니한 채 나대지 상태에서 양도하였는바 쟁점토지는 양도일부터 소급하여 3년 이상 청구법인의 종교행위에 사용된 고정자산이 아니므로 쟁점토지에 대한 재산세가 면제되었다는 사실만으로는 청구법인에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지의 양도차익을 각 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 신고하지 아니한 데에 가산세를 감면할만한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다. 다만, 토지 등 양도차익에 대한 법인세 중과의 경우「법인세법」제55조의2 제1항 제3호에서 내국법인이 비사업용 토지를 양도하면 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 중과하도록 하면서 같은 조 제2항 제4호에서 기타토지는 「지방세법」에서 재산세가 면제되는 경우 비사업용 토지에서 제외하도록 하고 있고, 해당 법률의 문리해석상 쟁점토지①은 나대지 등의 기타토지로서 2012년부터 재산세가 면제된 토지에 해당하여 비사업용 토지에서 제외되기 위한 기간조건을 충족한다고 볼 수 있는 점, OOO은 쟁점토지①의 분할 전의 토지인 당초토지에 대하여 2009〜2011년까지 재산세를 부과하다가 2012년부터 재산세를 면제하였는바 OOO 공무원이 청구법인의 2011년 교회 준공 이후 현지확인을 나와 쟁점토지①을 교회용지에 포함된 토지로 보아 재산세를 부과하지 않았다는 청구법인의 진술내용이 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지①의 양도차익과 관련하여 「법인세법」제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 정상적으로 신고·납부할 것을 기대하는 것은 무리여서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다할 것이므로 처분청이 쟁점토지①의 양도차익에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 과세하면서 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 쟁점토지의 양도내역 |
