주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.11.7. OOO(이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 양도하고 2019.1.29. 기본세율(35%)을 적용하여 양도소득세 납부할세액 OOO을 신고･납부하였으며, 2018.11.30. 같은 곳 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 2019.1.31. 조정2주택 중과세율(48%)을 적용하여 양도소득세 OOO을 신고·납부하였으나, 쟁점주택에 대한 양도소득세 신고시 기본세율 적용대상인 쟁점외주택의 양도소득금액도 합산하여 조정2주택 중과세율을 적용하였다는 이유로 2019.7.16. 세율차이에 따른 양도소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 청구인의 경정청구에 따라 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정하면서 쟁점외주택과 쟁점주택의 양도소득금액을 분리한 후 쟁점외주택에 대해서는 기본세율을 적용하였으나 쟁점주택에 대해서는 조정3주택 중과세율(58%)을 적용하여 2019.8.22. 양도소득세 OOO을 환급(환급가산금 포함)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)쟁점주택의 양도는 1세대1주택 비과세 특례에 해당한다.

  (가) 청구인은 2010.6.9. 쟁점주택 소재지에 지상 5층 규모의 다세대주택을 신축한 후 관할 지방자치단체와 처분청에 주택임대 사업자등록을 마쳤다. 다세대주택의 OOO는 청구인이 현재도 계속하여 장기임대를 하고 있으며, OOO는 임대등록 후 6년이 지난 2017.1.4. 같은 세대원인 배우자에게 증여하였으나 임대사항은 증여 전과 동일하게 유지하고 있다.

  (나) ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항은 장기임대주택과 거주주택 1개를 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우 보유기간 2년, 거주기간 2년 이상의 요건을 갖추면 비과세를 적용받도록 규정하고 있는데,

  쟁점주택OOO의 경우 양도 당시 청구인과 배우자가 5년 이상 보유 및 거주하였고, OOO와 OOO는 청구인이 사업자등록 후 임대를 계속하고 있으므로 장기임대주택 요건을 충족하며, OOO는 증여받은 배우자가 동일하게 임대를 하고 있으므로 이 역시 장기임대주택 요건을 충족한 것으로 보아 1세대1주택 비과세 규정이 적용되어야 한다.

 (2) 가사 쟁점주택이 비과세 요건을 충족하지 못하여 양도소득세 과세대상이라 할지라도 1세대3주택 중과세율 적용은 부당하다.

  청구인 세대의 경우 전술한 것과 같이 쟁점주택 양도 당시 청구인 소유의 장기임대주택 2호OOO와 배우자가 소유한 장기임대주택 1호OOO가 있었으므로 쟁점주택을 제외한 소유주택은 모두 장기임대주택에 해당한다. 그럼에도 불구하고 장기임대주택 3호 전부를 중과세율 적용대상 주택 수에 포함하여 1세대3주택의 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하며, 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대2주택 중과세율이 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)쟁점주택이 1세대1주택 비과세 특례에 해당한다는 주장에 대해

 ｢소득세법 시행령｣ 제155조 제20항에 따른 비과세 특례를 적용받기 위해서는 같은 항 제1호에서 정한 요건을 갖춘 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유한 1세대가 그 1주택을 양도하는 경우에 해당하여야 하나,

  청구인의 배우자 OOO이 소유한 OOO의 경우 쟁점주택 양도일 현재 임대사업자등록 내역이 없으므로, 청구인 세대는 요건을 갖춘 장기임대주택 외 2주택을 소유한 경우에 해당하여 쟁점주택의 양도는 1세대1주택 비과세 특례대상에 해당하지 않는다.

 (2) 쟁점주택 양도에 대해 1세대3주택 이상 보유의 중과세율 적용이 부당하다는 청구주장에 대해

 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3 제1항은 국내에 3주택 이상을 소유한 1세대가 각 호에 해당하는 주택을 양도하는 경우 1세대3주택 중과세율을 적용하지 않는 주택의 범위를 규정하고 있는 것이지, 중과대상 주택 수를 계산할 때 합산하지 않는 주택의 범위를 규정한 것이 아니다.

  즉, 국내에 3주택 이상을 소유한 1세대가 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3 제1항 제2호(장기임대주택) 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 일반주택만을 소유하는 경우로서 그 일반주택을 양도하는 경우에 같은 항 제10호의 규정에 의하여 1세대3주택 이상의 양도소득세 중과세율 적용대상에서 제외되나, 2개의 일반주택을 보유하다 1개를 양도하는 경우에는 중과세율이 적용된다.

  따라서 쟁점주택 양도일 현재 장기임대주택 2개, 쟁점주택을 포함한 일반주택 2개를 보유한 청구인의 경우 1세대3주택 이상 중과세율 적용 대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점주택의 양도는 1세대1주택 비과세특례 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

 ②쟁점주택의 양도에 대하여 1세대3주택 이상 보유의 중과세율 적용대상으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것)

  제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정탁된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

  제104조[양도소득세의 세율] ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. <신설 2017.12.19>

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

 (2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 법률 제29523호로 개정되기 전의 것)

  제155조[1세대1주택의 특례] ⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

  제167조의3[1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 범위] ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항·제4항에 따른 읍·면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」제6조 제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

 가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 예정신고 및 경정청구, 처분청의 경정내용을 요약하면 다음 <표1>과 같다.

<표1> 청구인 신고 및 처분청 경정내용

 (2) 쟁점주택 양도일 현재 청구인의 세대별 주택보유 현황 등은 <표2>와 같으며, 쟁점주택이 양도 당시 ｢소득세법｣ 제104조 제7항의 조정대상지역에 있는 주택에 해당한다는 점에 대하여 처분청과 청구인 사이에 다툼은 없다.

<표2> 청구인의 세대별 주택 보유 현황

  한편, ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3 제1항은 주택의 수를 계산함에 있어 수도권 및 광역시‧특별자치시 외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 부수토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시OOO을 초과하지 아니하는 경우 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다고 규정하고 있는데, 청구인과 그의 세대원이 소유한 주택은 모두 수도권에 소재하고 있으므로 주택 수 계산에 산입되고, 결과적으로 쟁점주택 양도시 청구인의 세대가 4주택을 소유하고 있는 것으로 나타난다.

 (3) 처분청이 제출한 집합건물 등기사항전부증명서와 주민등록표초본을 보면, 청구인은 2000.3.20. OOO 건물 3층으로 주소지를 이전하였고, 2010.11.17. 같은 곳에 지상 5층 규모의 다세대주택을 신축한 후 소유권보존등기를 경료하였으며, 2016.5.4.부터 2018.5.23.까지 그리고 2018.10.15.부터 2018.11.29.까지 같은 곳 OOO(쟁점주택)에 주소를 둔 것으로 나타난다.

 (4) 2019.7.22. OOO구청장이 발급하고 처분청이 제출한 청구인 명의의 임대사업자등록증OOO에 따르면, 최초 등록일은 2010.11.3.이고, 임대시작일은 2010.11.9.이며, 종류는 5년 임대주택(민간)으로서 발급일 현재 청구인의 임대사업자등록 호수는 2호OOO로 나타난다.

  한편, 2017.1.4. 청구인으로부터 OOO를 증여받은 청구인의 배우자 OOO의 경우 쟁점주택 양도일 현재 관할 지방자치단체나 처분청에 임대사업자등록을 한 내역이 없다는 점에 청구인과 처분청 간 다툼은 없다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 소득세 법령을 보면, 법 제89조 제1항 제3호에서 1세대1주택과 이에 딸린 토지에 대해 ‘비과세 양도소득’으로 규정하면서 시행령 제154조에서 1세대1주택의 정의, 보유 및 거주요건 등 ‘1세대 1주택의 범위’를 규정하고, 시행령 제155조에서 복수의 주택을 소유하였을 경우 1세대1주택으로 보는 ‘1세대1주택의 특례’ 사항을 열거하고 있으며, 같은 영 제20항은 각 호의 요건을 충족한 장기임대주택과 그 밖의 1주택(거주주택)을 국내에 소유하고 있는 1세대가 거주주택을 양도하는 경우 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 비과세 특례를 적용하도록 규정하고 있다.

  살피건대, 쟁점주택 양도일 현재 청구인 세대원(배우자) 소유의 401호는 시행령 제155조 제2항 제2호에서 규정한 장기임대주택의 요건(｢소득세법｣ 제168조에 따른 사업자등록을 하고, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것)을 충족하지 못하여 쟁점주택의 양도는 1세대1주택 비과세 특례에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

  (나) ｢소득세법｣ 제104조 제7항은 조정대상지역 다주택자에 대한 양도소득세 중과세율을 규정하고 있으며, ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3 제1항은 국내에 3주택 이상을 소유한 1세대가 각 호에 해당하는 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용하지 않는 주택의 범위를 열거하고 있는바,

  청구인 및 세대원 소유의 쟁점주택과 임대주택 3호는 모두 수도권(조정대상지역 내)에 소재하여 주택 수 계산 시 합산대상인 점, 세대원OOO이 소유한 401호는 ｢소득세법 시행령｣ 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택 요건을 충족하지 못한 점, 그로 인하여 쟁점주택은 같은 영 제10호의 중과세율 적용배제 대상 일반주택(장기임대주택을 제외하고 1개의 일반주택만을 소유한 경우 그 일반주택)에 해당하지 아니하게 된 점으로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대3주택 이상 보유의 중과세율을 적용하여 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.