[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로, 2000.11.30. OOO 법인인 OOO와 내국법인인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)가 65% : 35%의 비율로 출자하여 설립되었으며, 2007년 OOO가 OOO의 지분(35%, 이하 “구주”라 한다)을 인수하여 청구법인은 OOO의 100% 자회사가 되었고,「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의2에 따른 외국인투자에 대한 법인세 감면대상법인으로 외국인투자비율인 65%(최초 투자분)에 대하여 2001～2007사업연도까지 100%의 감면을, 2008～2010사업연도까지 50%의 감면을 적용하여 법인세를 신고하였다.

나. 청구법인은 2013년 및 2014년 아래 <표1>․<표2>과 같이 2007․2008사업연도의 잉여금을 재원으로 하는 배당을 실시하였고, 구 조특법 제121조의2(법률 11614호로 2013.1.1. 시행) 제3항에 따라 외국인투자비율인 65%(최초 투자분)에 대해 2007사업연도 배당에 대하여는 100%의 감면을 적용하고, 2008사업연도 배당에 대하여는 OOO 조세조약 배당에 대한 제한세율을 적용하여 아래 <표3>과 같이 법인세(원천분)를 신고․납부하였다.

 다. 처분청은 2017.9.17. 청구법인에게 외국인투자가에게 지급한 배당에 대한 감면과 관련하여 법인세(원천분) 과소신고 혐의가 있다 하여 해명자료를 제출할 것을 요구하였으며, 청구법인은 이에 따라 관련 자료를 제출하였고, 처분청은 조특법 시행령 제116조의2(대통령령 제24368호로 2013.2.15. 시행) 제13항의 조세조약에 따른 제한세율이 적용되는 외국투자가의 경우 감면을 적용한 후의 전체 배당금 등에 대한 법인세와 「국제조세조정에 관한 법률」제29조에 따라 전체 배당금 등에 대하여 제한세율을 적용하여 계산한 법인세 중 적은 금액을 해당 배당금에 대하여 납부할 세액으로 한다는 규정에 따라 아래 <표4>와 같이 계산하여 「국세기본법」제47조의5에 따른 원천징수납부불성실가산세 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 포함하여 2018.4.19. 청구법인에게 법인세(원천분) OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) 청구법인이 외국인투자감면을 적용한 지분 65%에 해당하는 배당금에 대해서는 감면 규정을 적용하여 원천납부세액을 계산하여야 할 것이나, 외국인투자감면이 적용되지 않는 지분 35%에 해당하는 배당금에 대해서는 조세조약상의 배당에 대한 제한세율을 적용하여 계산하여야 한다.

 (가) OOO가 소유한 청구법인의 주식 중 조특법 제121조의2 제3항이 적용되는 지분 65%에서 발생한 배당금에 대해서는 그 법문대로 같은 법 시행령 제116조의2 제13항이 적용될 것이나, 조특법 제121조의2 제3항이 적용되지 아니하는 구주 35%에서 발생한 배당금에 대해서는 그 법문대로 같은 법 시행령 제116조의2 제13항이 적용될 수 없으며, 그 결과 신주에서 발생한 배당금에 대해서는 같은 법 시행규칙 제70호의4 서식(이하 “쟁점서식”이라 한다) 규정이 적용되고, 구주에서 발생한 배당금에 대해서는 쟁점서식이 적용되지 아니한다.

   (나) 또한, 청구법인이 2013〜2014년 OOO에 배당금을 지급하고 원천징수의무를 이행할 당시 예규(국조 1234-3464, 1978.11.21.)와 국제조세조정에 관한 법률 기본통칙 29-0-1(신설 2009.2.2.) 및 집행기준 29-0-2(생산일자 2010.12.14., 2012.7.27., 2014.11.30., 이하 “기존 예규 등”이라 한다)과 비거주자·외국법인의 국내원천소득 과세제도 해설(2012.5., 발간등록번호11-1210000-000083-14)에서는 “제한세율은 당해 총 배당액에 적용될 수 있는 최고한도율이므로 배당액이 과세소득과 조특법 제121조의2의 규정에 의한 감면소득으로 혼합되어 있는 경우에는 그 배당액 별로 각각 제한세율을 적용하여 계산한 세액 합계액을 납부할 세액으로 한다.”고 일관되게 해석하고 있다.

  (2) 처분청의 이 건 처분이 적법한 것이라고 하더라도, 청구법인이 2013〜2014년 OOO에 지급한 배당소득에 대한 원천징수의무를 이행할 당시 유효하게 유지되어 왔던 기존 예규 등에 따라 조특법 제121조의2에 따른 외국인투자가에 대한 배당소득감면과 그에 대한 조세조약상 제한세율의 적용방식에 관한 과세당국의 과세관행을 신뢰하고 그에 따라 배당소득에 대한 원천징수의무를 성실히 이행하였으므로 쟁점가산세를 면제할 정당한 사유가 있다.

  (3) 처분청은 2018.4.19. 위법한 중복조사에 의해 수집한 자료(즉, 청구법인이 제출한 해당 자료)를 토대로 청구법인에게 이 건 처분을 하였으므로 이는 위법한 과세처분에 해당한다.

   (가) OOO국세청장은 2016년 청구법인에 대하여 2013년～2014사업연도분에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, 당시 로열티, 배당 등 해외관계사에게 지급한 금액에 대한 원천세 납부내역에 대한 조사를 한 후, 처분청이 2017.9.17. 또 다시 청구법인에게 외국인투자가에게 지급한 배당에 대한 감면과 관련하여 배당소득세 과소신고 혐의가 있다는 이유로 배당소득세 신고 관련 해명자료를 제출할 것을 요구하였고, 청구법인은 그에 따라 관련 자료를 제출하였으며, 처분청은 청구법인이 제출한 자료를 조사하고 이를 토대로 2018.1.18. 과세예고통지를 하였다.

   이는 이메일이나 공문서 등을 통해 납세자 등을 접촉하고 상당한 시일에 걸쳐 질문검사권을 행사하여 과세요건사실을 조사ㆍ확인하며,일정한 기간 과세에 필요한 직접ㆍ간접의 자료를 검사하고 수집하는 일련의 행위를 한 경우이므로 세무조사에 해당하고 2016년 당초 세무조사에 이은 중복조사에 해당한다.

   (나) OOO국세청장이 2016년 실시한 세무조사에서 배당소득에 대한 법인세(원천분)에 대해 ‘혐의 없음’으로 조사를 종결하는 등 당초 세무조사에서 획득한 자료만으로는 조세탈루의 혐의가 명백하지 아니한데도 2017.9.17. 또 다시 처분청은 청구법인에게 외국인투자가에게 지급한 배당에 대한 감면과 관련하여 배당소득세 과소신고 혐의가 있다는 이유로 배당소득세 신고 관련 해명자료 제출을 요구하는 등 중복조사를 실시하였으므로 이는「국세기본법」제81조의4 제2항을 위반한 중복조사에 해당한다.

나. 처분청 의견

  (1) 외국인 투자감면이 적용되지 않는다 하여 총 배당금액에서 외국인 투자감면이 적용되지 않는 배당금을 임의로 구분해서 제외하여야 한다는 청구주장은 조특법 시행령 제116조의2 제13항의 규정과 쟁점서식의 작성방법을 오해한 것으로, 이 건 처분은 정당하다.

   (가) 정부는 2013년 외국투자가의 배당에 대한 납부세액 계산방식을 개선하기 위해 세법을 개정(조특법 시행령 제116조의2 제13항)하고, 쟁점서식을 신설하여 배당소득에 대한 감면 적용방법을 명확히하였는바, 국내세율을 적용한 감면 후 배당세액과 총 배당액에 제한세율을 적용한 세액 중 적은 금액을 납부세액으로 하도록 규정하였다.

 (나) 기존 예규 등은 총배당액을 과세 소득분과 감면 소득분으로 각각 구분하고 제한세율을 적용하여 납부세액을 산출하는 것으로 해석하고 있었으나, 개정내용은 감면 후 배당세액과 총배당액을 기준으로 제한세율을 적용한 금액 중 적은 금액을 납부세액으로 산출하도록 법으로 명문화 하였으며, 관련한 공제감면세액 및 배당소득세 계산서 서식을 신설하여 2013.2.15. 이후 배당하는 분부터 적용하도록 하였다.

   (다) 청구법인은 감면분 배당금 계산시 지급 배당금 중 외국인 투자가 전체에게 지급한 총액에는 외국인 투자감면이 적용되는 65%지분율에 해당하는 배당금만 포함되고, 외국인 투자감면을 적용하지 않은 35% 지분율에 해당하는 배당금에 대해서는 쟁점서식이 적용되지 아니한다고 주장하나, 쟁점서식의 작성방법 3.을 보면, 1.감면분 배당금 계산의 ②란은 외국인투자가 전체에게 지급한 ‘총액’을 적는 것으로 되어 있다.

   (라) 청구법인은 외국인 투자감면이 적용되는 지분에 대해서만 배당원천의 감면세액 규정이 적용된다고 주장하나, 이러한 혼란을 줄이고 배당소득세 계산 방법을 명확화하기 위해 법률이 개정되었으며, 입법취지와 달리 법을 해석하고 적용하는 것은 합당하지 아니하고, 동 서식은 조특법 제116조의2 제13항을 풀어서 규정한 계산방법에 해당하므로 서식의 작성방법을 문제 삼을 수는 없다. 즉, 쟁점서식의 ②란의 작성방법에 과세관청과 청구법인이 이견이 있는바, 작성방법 3.에서 ②란에 대하여 ‘외국인투자가 전체에게 지급한 총액으로, 외국인투자가가 2인 이상인 경우에는 각 외국인투자가별로 이 서식을 작성한다’고 적시되어 있으므로 ②란의 금액은 외국인투자가인 OOO에게 지급되는 ‘총액’에 해당하는 금액을 적어야 한다.

  (2) 청구법인은 배당 지급시 기존 예규 등 과세당국의 기존 과세관행이 유효하다고 주장하나, 기존 예규 등은 조특법 시행령 개정 전의 예규이므로 이 건 배당금 지급시에는 유효한 예규로 볼 수 없으므로 쟁점서식 시행일인 2013.2.23. 이후에 지급하고 법인세(원천분)를 신고한 배당금에 대하여는 개정 이후 쟁점서식을 적용하여 세액을 신고하여야 한다.

  (3) 청구법인은 지급명세서 제출시 조특법 시행규칙 별지 제70의 4호 쟁점서식의 제출을 누락하였으며, 동 서식 작성을 누락함으로써 법인세 신고시 오류가 발생하였다.

   이에 처분청은 2017년 9월 청구법인에게 해명안내문을 발송하여 서식 제출 및 세액계산 적정여부에 대한 검토요구를 한 것으로 서면 발송 및 유선통화 외 납세자를 방문한 사실이 없으며, 실제 점검과정에서 대면 접촉하여 질문․조사를 실시한 사실도 없으므로 이는「법인세법」제60조 제6항의 신고 오류에 대한 보정 요구이므로 ‘세무조사’에 해당하지 아니한다.

   법인세 신고시 작성하였어야 하는 쟁점서식을 누락하여 발생한 세액계산의 오류를 경정하는 것은 사실관계에 대한 추가적인 질문․검사와 무관하게 세액계산 착오를 경정하는 것에 불과하고, 이와 같이 세액계산의 착오를 경정하는 것은 당초 처분(신고)의 오류를 경정하는 것으로 대법원 판례(2011.1.27. 선고 2010두6083 판결, 2017.2.23. 선고 2016두60256 판결)와 같이 중복조사에 해당하지 아니한다.

   청구법인이 제출한 공제감면세액 및 배당소득세 계산서를 검토한 결과, 감면세액 계산에 총배당액이 아닌 감면대상 배당액만을 고려하여 작성한 것을 확인하고 관련 제세를 경정하였는바, 이는「국세기본법」제81조의4에서 규정하는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당되므로 이를 근거로 한 이 건 처분은 중복조사 금지규정에 위배되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 외국투자가의 배당소득세 계산시 감면조항이 적용되지 않는 배당금을 구분하지 않고 전체 배당금을 기준으로 배당감면에 따른 원천징수세액을 계산하는 것이 타당한지 여부

 ② 납세의무불이행에 대한 정당한 사유가 있어 가산세 부과처분을 취소하여야 한다는 청구주장의 당부

 ③ 중복조사에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인은 2000.11.30. OOO 법인인 OOO와 내국법인인 OOO가 65% : 35%의 비율로 출자하여 설립되었으며, 2007년 OOO가 OOO의 지분(35%, 구주)을 인수하여 청구법인은 OOO의 100% 자회사가 되었고, 조특법 제121조의2에 따른 외국인투자에 대한 법인세 감면대상법인으로 외국인투자비율인 65%(최초 투자분)에 대하여 2001～2007사업연도까지 100%의 감면을, 2008～2010사업연도까지 50%의 감면을 적용하여 법인세를 신고하였다가, 2013년 및 2014년 중 2007․2008사업연도의 잉여금을 재원으로 하는 배당을 실시하였고, 구 조특법 제121조의2(법률 11614호로 2013.1.1. 시행) 제3항에 따라 외국인투자비율인 65%(최초 투자분)에 대해 2007사업연도 배당에 대하여는 100%의 감면을 적용하고, 2008사업연도 배당에 대하여는 외국인투자관련 감면을 적용하지 아니한 채 법인세(원천분)를 신고․납부하였다.

  (2) 처분청은 2017.9.17. 청구법인에게 외국인투자가에게 지급한 배당에 대한 감면과 관련하여 배당소득세 과소신고 혐의가 있다 하여 해명자료를 제출할 것을 요구하였으며, 청구법인은 이에 따라 관련 자료를 제출하였고, 처분청은 조특법 시행령 제116조의2(대통령령 제24368호로 2013.2.15. 시행) 제13항의 조세조약에 따른 제한세율이 적용되는 외국투자가의 경우 감면을 적용한 후의 전체 배당금 등에 대한 법인세와 「국제조세조정에 관한 법률」제29조에 따라 전체 배당금 등에 대하여 제한세율을 적용하여 계산한 법인세 중 적은 금액을 해당 배당금에 대하여 납부할 세액으로 한다는 규정에 따라 쟁점가산세를 포함하여 이 건 처분을 하였다.

  (3) 한편, 청구법인은 2016년 OOO국세청장으로부터 2013․2014사업연도분에 대한 법인세 통합조사를 받았으며, 당시 로열티, 배당 등 해외관계사에게 지급한 금액에 대한 법인세(원천분) 납부내역에 대한 조사를 받은 바 있다.

 (4) 쟁점①과 관련하여 규정 및 쟁점서식 등의 주요내용은 다음과 같다.

   (가) 구 조특법 제121조의2 제9항은 “「외국인투자촉진법」제6조에 따른 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항을 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있는데,「외국인투자촉진법」제6조에서는 ‘기존주식 등의 취득에 의한 외국인투자’라는 제목 하에 “외국인이 대한민국국민 또는 대한민국법인이 경영하는 기업이 이미 발행한 주식 또는 지분의 취득에 의한 외국인투자”를 규정하고 있다.

   (나) 구 조특법 제121조의2 제3항은 “외국투자가가 취득한 주식 또는 출자지분에서 생기는 배당금에 대한 법인세 또는 소득세는 외국인투자기업의 각 과세연도의 소득에 대하여 제1항에 따른 감면대상사업을 영위함으로써 발생한 소득의 비율에 따라 감면하되, 제2항에 따라 법인세 감면대상세액의 전액이 감면되는 동안은 세액의 전액을, 법인세 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액이 감면되는 동안은 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하고 있었는데, 동 규정은 외국인투자에 대한 과도한 조세지원 정비의 일환으로 2014.1.1. 이후 조세감면 신청분부터 삭제되었다.

   (다) 기획재정부는 2013.2.15. 조특법 시행령 제116조의2 제13항 및 2013.2.23. 같은 법 시행규칙 별지 제70호의4 서식(쟁점서식)을 신설하여 외국투자가 배당소득에 대한 납부세액의 구체적 계산방식을 명문화하였는바, 동 규정의 개정취지와 쟁점서식은 아래 <표5>, <표6>과 같다.

<표5> 개정세법 해설 주요내용

<표6> 쟁점서식

   (라) 청구법인은 조특법 제121조의2 제9항에서 「외국인투자촉진법」 제6조에 따른 외국인투자(기존주식의 추가취득에 따른 외국인투자, 청구법인의 경우 추가취득한 지분인 35%)에 대해서는 배당소득에 대한 법인세 감면조항인 조특법 제121조의2 제3항을 적용하지 않는다고 규정하고 있고, 조특법 시행령 제116조의2 제13항은 법 제121조의2 제3항에 따른 외국투자가의 배당금만을 대상으로 하고 있으므로 추가취득분 35%에 대한 배당금은 조특법 시행령 제116조의2 제13항의 적용대상이 될 수 없으며, 쟁점서식 역시 감면대상이 되는 배당금 지급시 제출하는 것이고, 조특법 시행령 제116조의2 제13항에 따른 서식이므로 추가취득분 35%에 대한 배당금에는 적용되지 아니하므로 아래 <표7>과 같이 재계산하여야 한다고 주장하고 있다.

   이에 대하여, 처분청은 2013.2.15. 조특법 시행령 제13항을 개정하고 쟁점서식을 신설하면서 외국투자가 배당소득에 대한 납부세액의 계산방식을 구체적으로 규정하였는바, 동 규정과 쟁점서식에 의하면, 감면후 배당세액(총배당액에서 감면대상배당액을 차감한 후 국내세율을 곱한 금액)과 총배당액을 기준으로 제한세액을 적용한 금액 중 적은 금액으로 납부세액을 산출하도록 하였으므로 감면대상이 되는 배당액이 아니라 총배당액을 기준으로 쟁점서식을 작성하여 배당에 대한 납부세액을 계산하여야 한다는 의견이다.

  (5) 「국세기본법」제48조 제1항 제2호에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 대에 정당한 사유가 있는 경우 가산세를 감면하고, 같은 법 시행령 제28조 제2항에서는 법 48조 제1항에 의한 가산세 감면을 받으려는 자는 감면신청서를 제출하도록 규정되어 있다.

  (6) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 2016년 청구법인에 대한 통합조사시 제출요구자료에 ‘원천세 신고서 및 지급명세서’가 포함되 있으나, 조사종결보고서상 배당 감면분에 대하여는 적출내용이 없는 것으로 나타난다.

  (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여

   (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 외국투자가 배당소득세 계산시 총 배당금에서 해당 외국투자가의 조세감면 비승인분 해당금액을 제외하여 배당소득세를 계산하여야 한다고 주장하나, 2013.2.15. 개정된 조특법 시행령 제116조의2 제13항에서 “법 제121조의2 제3항에 따른 외국투자가의 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세의 감면액은 해당 외국인투자기업의 각 과세연도 소득 중 감면대상사업에서 발생한 소득의 비율에 따른 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세에 해당 과세연도의 감면율을 곱하여 계산된 금액으로 하되, 조세조약에 따른 제한세율이 적용되는 외국투자가의 경우에는 감면을 적용한 후의 전체 배당금등에 대한 법인세 또는 소득세와 「국제조세조정에 관한 법률」 제29조에 따라 전체 배당금등에 대하여 제한세율을 적용하여 계산한 법인세 또는 소득세 중 적은 금액을 해당 배당금등에 대하여 납부할 세액으로 한다.”고 되어 있고, 같은 법 시행규칙 제70조의4에 따른 쟁점서식의 작성방법에도 ‘외국투자가 전체에 지급한 총액’에 대하여 “해당 사업연도에 외국인투자기업이 지급한 배당금 총액 및 외국투자가 전체에게 지급한 총액을 적는다”고 되어 있는바, 감면분 배당금은 외국투자자에게 지급한 총 배당액을 기준으로 계산하는 것이 법문상 명확하므로 총 배당금 기재시 외국인 투자감면이 적용되지 않는 배당금을 제외하는 것으로 해석하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

   (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 기존 예규 등을 믿고 그 신고․납부 의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없으므로 청구법인이 주장하는 위와 같은 사정은 가산세의 면책사유로서의 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 기존 예규 등은 과세관청의 일반론적인 견해표명에 불과하며, 그와 배치되는 관련 법령 및 쟁점서식이 2013.2.15. 개정되어 적용되고 있었으므로 기존 예규 등을 믿고서 신고의무를 의행하지 않았는지 여부도 객관적으로 확인되지 아니하므로 처분청이 청구법인에 대하여 쟁점가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

   (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO국세청장이 2016년 청구법인에 대하여 2013～2014사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하였음에도 처분청이 과소신고를 이유로 다시 조사하여 이 건 처분을 한 것은 중복조사에 해당하므로 위법하다고 주장하나, 세무조사란 조사공무원이 조사계획에 의해 세무조사에 대한 사전통지 등을 실시한 후 질문 및 검사조사하거나 서류 제출 등을 명하는 행위를 말하는바, 감면대상이 되는 배당금등을 지급하는 외국인투자기업은 조특법 시행령 제116조의2 제13항에 따라 ‘공제감면세액 및 배당소득세 계산서’를 제출하여야 하나, 청구법인은 이를 제출하지 아니하여 관련 자료의 제출을 요구한 것이므로 이는 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 불과하여 「국세기본법」에서 금지하는 중복조사에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이므로 중복조사에 해당한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.