주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 7. 4.1) 원고에게 한 2012년 제1기 부가가치세 493,168,780원(가산세 포

함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 3. 11. 사업장 소재지를 부산 00구 00동 000-0 및 같은 동

000-00 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다), 사업의 종류를 부동산 신축판매 및 분양, 임

대업으로 한 사업자등록(이하 ‘이 사건 사업자등록’이라 한다)을 한 다음, 이 사건 토지

지상에 지하 1층, 지상 3층 근린생활시설(연면적 2,741.65㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라

한다)을 신축하여 2010. 11. 23. 위 건물에 관한 사용승인을 받았다.

나. 원고는 2012. 3. 14. 정AA, 정BB, 최AA(이하 ‘공동양수인들’이라 한다)과 사

이에 이 사건 토지 및 건물을 54억 원에 매도하기로 하는 내용의 계약을 체결하고(이

하 ‘이 사건 양도’라 한다), 2012. 4. 2. 위 토지 및 건물에 대하여 위 양수인들 명의의

소유권이전등기를 마쳐주었는데, 이 사건 양도에 관하여 부가가치세를 신고‧납부하지

않았다.

다. 피고는 원고가 공동양수인들에게 이 사건 건물을 매도한 행위를 부가가치세의

과세대상인 재화의 공급으로 보고 2017. 7. 4. 원고에 대하여 2012년 제1기분 부가가

치세 493,168,780원(가산세 포함)을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하

였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 대하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 2019. 3. 7. 감사

원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

  원고는 이 사건 건물에서 임대업을 영위하다가 이 사건 토지 및 건물과 이 사건 건

물을 목적으로 한 임대차에 관한 권리의무를 공동양수인들에게 포괄적으로 양도하였으

므로, 위 양도는 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 사업의 양도

에 해당하여 부가가치세의 과세대상이 아니다. 따라서 이 사건 토지, 건물의 양도가 부

가가치세의 과세대상인 재화의 공급임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

  1) 원고는 2007. 12. 26. 주식회사 DD건설로부터 이 사건 토지를 매수(매매대금

2,150,000,000원)한 후 2010. 11. 23. 이 사건 건물을 신축하였고, 2011. 4. 26. 임QQ

과 사이에 임대차 기간 2011. 6. 15.부터 2018. 5. 15.까지, 보증금 70,000,000원, 차임

월 6,800,000원으로 정하여 이 사건 건물 중 3층을 임대하는 내용의 임대차계약을 체

결하였다. 한편 원고는 위 3층의 임대료 수입에 관하여 다음과 같이 부가가치세를 신

고‧납부 하였다.

  2) 원고는 공동양수인들과 사이에 이 사건 양도에 관하여 2012. 1. 30. ‘매매계약

서’(이하 ‘이 사건 매매계약서’라 한다), 2012. 3. 12. ‘협의약정서’(이하 ‘이 사건 협의약

정서’라 한다)를 각 작성하였는데, 위 각 문서에는 다음과 같은 내용이 포함되어 있다.

3) 원고는 2012. 3. 17. 정FF과 사이에 임대차기간 2012. 3. 17.부터 2012. 6. 16.

까지, 보증금 5,000,000원, 차임 월 3,300,000원으로 정하여 이 사건 건물 중 2층을 임

대하는 내용의 임대차계약을 체결하였다.

 4) 공동양수인들은 2012. 3. 30. 사업의 종류를 비주거용 부동산임대업으로 하여 사

업자등록을 하였는데 2012. 11. 30. 위 사업에 대한 폐업신고를 하였고, 2018. 12.경

이 사건 토지 지상에 지하 1층, 지상 14층 공동주택, 업무시설 및 근린생활시설이 신

축되었다.

  5) 한편 원고의 사업자등록이력은 다음과 같고, 이 사건 사업자등록에 관하여는

2012. 8. 16. 폐업신고를 하였다.

라. 판단

1) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가

가치세법’이라 한다) 제6조 제6항 제2호는 ‘사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정

하는 것’은 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령

(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’

이라 한다) 제17조 제2항은 사업의 양도란 ‘사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와

의무를 포괄적으로 승계시키는 것’이라고 규정하고 있다. 따라서 여기서 말하는 '사업

의 양도'라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양

도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 의미하는 것으로

그 사업은 인적·물적시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립

성을 인정받을 수 있어야 하고, 양도대상이 단순한 물적 시설이 아니라 이와 같은 유

기적 결합체라는 사실은 부가가치세에 있어서 과세장해사유로서 그에 대한 증명책임은

납세의무자가 진다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결, 대법원 2006. 4. 28. 선

고 2004두8422 판결 등 참조).

  2) 이 사건 양도가 사업의 포괄적 양도에 해당하는지에 관하여 보건대, 앞서 인정

한 사실, 위 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을

종합하면, 이 사건 양도는 원고가 영위하던 부동산 임대업에 관한 권리의무가 그 동일

성을 유지하면서 포괄적으로 양도된 것이 아니라, 그 사업에 제공되던 특정재화인 이

사건 건물 및 토지가 매도된 것이라고 봄이 타당하다.

   ① 이 사건 양도 과정에서 원고와 공동양수인들 사이에 이 사건 토지 및 건물에

관하여 공동양수인들이 위 토지 및 건물을 매수한다는 내용이 기재된 이 사건 매매계

약서 및 이 사건 협의약정서가 작성되었는데, 위 매매계약서에는 3층 임대료 전세

70,000,000원 및 월 임대료 6,800,000원을 매수인이 승계하기로 한다는 기재가 있을

뿐, 위 각 처분문서에는 이 사건 건물의 임대업에 관련한 자산, 부채, 영업권 또는 인

적설비 등의 평가가 있었다고 볼 만한 기재가 전혀 없고, 위 각 처분문서 어디에도 공

동양수인들이 원고의 사업을 포괄적으로 양수하거나 사업과 관련된 권리‧의무 일체를

양수하는 등의 내용은 없으며, 달리 이 사건 양도 당시 원고와 공동양수인들 사이에

원고가 영위하던 부동산임대사업을 포괄적으로 양도·양수한다는 내용의 약정이 있었음

을 인정할 객관적인 자료가 없다.

   ② 이 사건 협의약정서에 공동매수인들이 재건축사업을 위하여 이 사건 토지 및

건물을 매수한다는 내용이 기재되어 있는바, 이와 같은 기재에 비추어 공동매수인들이

원고의 임대업을 포괄적으로 양수할 의사로 이 사건 건물을 양수하였다고 보기 어렵

다.

   ③ 이 사건 양도 이후 2018. 12.경 이 사건 토지 지상에 지하 1층, 지상 14층 공

동주택, 업무시설 및 근린생활시설이 신축되었음은 앞서 본 바와 같고, 공동매수인들이

위 과정에서 원고의 부동산임대사업을 그 동일성을 유지하면서 지속적으로 유지하였음

을 인정할 만한 뚜렷한 사정이 없다.

   ④ 원고는 2003. 9.경부터 부동산 건물신축판매, 분양, 임대업 등에 관한 사업자

등록을 하였고, 이 사건 사업자등록에 관하여서는 2012. 8. 16. 그 폐업신고를 하였으

며, 공동양수인들은 이 사건 양도 당시인 2012. 3. 30. 사업의 종류를 비주거용 부동산

임대업으로 하여 별도의 사업자등록을 하였음은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 양도

전후로 원고의 사업자등록상의 사업 내역이 변동되지 아니하였다.

   ⑤ 원고가 이 사건 양도 이전에 이 사건 건물 중 3층에 관한 임대차계약을 체결

하였다거나 이 사건 양도 무렵 이 사건 건물 중 2층에 관한 임대차 기간 3개월의 단기

임대차계약을 체결하였다는 점, 공동양수인들이 이 사건 양도 당시 3층에 관한 임대차

계약을 승계하였다는 점 등의 사정만으로 공동양수인들이 원고의 부동산임대사업을 포

괄적으로 양수받아 이 사건 건물을 임대사업에 계속하여 사용하였다고 인정하기 어렵

고, 그 밖에 원고가 제출하는 모든 증거를 살펴보아도 그렇다고 보아 줄 수가 없다.

 3) 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.