[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.6.25. 취득한 OOO답 1,689㎡ 및 같은 곳 221-2 답 1,912㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2016.7.25. 양도하고, 2016.9.30. 양도소득세 예정신고시 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 적용하여 양도소득세 OOO신고하였다가 2016.11.30. 청구인의 소득금액 기준 초과로 자경농지에 대한 감면을 배제하고 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제, 중과세율을 적용하여 양도소득세 OOO수정신고․납부하였다.

나. 이후 청구인은 2019.5.28. 쟁점토지가 농지로 비사업용 토지에서 제외된다고 보아 2016년 귀속 양도소득세 OOO환급하여 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 청구인이 쟁점토지의 취득일이 속하는 2003년부터 양도일이 속하는 2016년도까지 OOO중학교에서 발생한 근로소득이 연 OOO이상 발생하여 쟁점토지를 자경한 것으로 볼 수 없어 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당된다고 보아 2019.6.14. 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  (1)「조세특례제한법 시행령」(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정된 것, 이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제66조 제14항에서 “제4항․제6항․제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 거주자 각각의 「소득세법」제19조 제2항에 따른 사업소득금액과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 OOO이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.”고 규정되어 있고, 그 부칙에서 2014.7.1.부터 적용하는 것으로 규정되어 있는바, 이는 양도소득세를 감면하기 위한 세금우대조치에서의 소급적용으로 행정기관에 허용되는 세금감면 축소 등 입법 재량권 범위 내이고 헌법이 금하는 소급입법에 해당하지 아니한다.

 그러나 「소득세법 시행령」(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것) 제168조의8 제2항에서 “법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”에 대해 정의하면서 자경한 기간의 판정에 관하여는 조특법 시행령 제66조 제14항을 준용한다고 규정되어 있고, 그 부칙에서 2016.2.17. 이후 양도분부터 적용한다고 규정되어 있는바, 「소득세법」제104조의3은 비사업용 토지의 범위를 규정하여 중과세하는 차별규정이라는 점에서 위 조특법 시행령의 감면 등 시혜규정과는 그 입법 목적 및 취지가 다르다.

 위 「소득세법 시행령」제168조의8 제2항 후단에서 자경한 기간에 대하여 조특법 시행령 제66조 제14항을 “따른다” 또는 “적용한다”가 아닌 “준용한다”로 되어 있고, 특히 경과규정을 두지 아니한 특별한 사정 등의 입법취지에 비추어, “자경한 기간”은 이 영 시행일 이후의 과세기간에 대한 자경한 기간을 의미한다고 해석되어야 한다.

 (2) 만약 소득세 법령에서도 개정된 소득요건의 소급적용이 맞다고 본다면 세금중과를 위한 차별의 소급입법이므로 헌법의 법률불소급원칙에 위배되어 무효이고, 나아가 “중과세라는 불이익을 주기 위한 소급입법”에 비사업용 토지 도입 당시와 같은 경과규정을 두지 아니한 이상 법률불소급의 원칙에 위배되는 진정소급효로서 당연무효이다.

설령 당연무효인 진정소급효에 해당하지 않는다 하더라도, 청구인은 각 과세기간 당시의 세법, 국토이용에 관한 법률 등 구법을 신뢰하여 한 각 과세기간의 “토지의 생산적인 용도(관상수 재배) 사용”이라는 종료된 법률관계가 “비생산적인 용도로 사용”이라는 법률관계로 달라지므로 신뢰보호원칙에 위배되는 부진정소급으로 결국 무효이다.

 (3) 위와 같이 「소득세법」의 비사업용 토지 제도는 중과세하는 차별규정이므로 위 소득세 법령의 소득요건은 시혜규정인 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)과 다르게 “시행일인 2016.2.17. 이후의 경작기간 판정”에 적용되는 규정이고, “2016.2.17. 이전의 경작기간 판정”시에는 구법에 의한다고 봄이 경험칙상 입법취지에 부합하는 해석이라 할 것이며, 신뢰보호원칙상으로도 청구인이 구법에 따라 적극적으로 토지를 생산적인 용도로 사용(2016.2.17. 이전의 사용기간)하였음에도 신법에 따라 비생산적인 용도로 사용한 것으로 소급적용할 수는 없다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 취득일인 2003년부터 양도일인 2016년까지 OOO중학교에서 발생한 근로소득이 연 OOO모두 초과하는바, 농지의 비사업용 토지 판정에서 소득요건OOO은 2016.2.17. 개정된 「소득세법 시행령」제168조의8 제2항 후단에 신설된 조항으로 그 부칙에서 공포된 날인 2016.2.17. 이후 양도하는 분부터 적용되므로 2016.7.25. 양도한 쟁점토지는 전체 소유기간 동안 소득요건을 초과하므로 비사업용 토지에 해당된다.

 (2) 헌법 제13조의 소급입법금지 원칙의 조세법상 구현인 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란, 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있는 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니고(대법원 2009.10.29. 선고2008두2736 판결 참조), 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 위 「소득세법 시행령」제168조의8 제2항 후단 신설 이전에 쟁점토지의 취득·보유·경작이라는 과세요건 사실이 충족되었다고 하더라도 쟁점토지의 양도라는 과세요건은 완성되지 않았는바, 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단해야 하며 양도 행위라는 종료된 사실관계에 소급적용하는 진정 또는 부진정 소급입법에 해당되지 아니한다.

 (3) 위 「소득세법 시행령」 제168조의8 제2항 후단 신설 이유가 당초 자경농민에 대한 지원취지에 부합하도록 감면 요건을 보완한 사항으로 2014.7.1. 이후 양도분부터 조특법 시행령 제66조 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용시 소득금액 OOO초과연도의 경우 자경하지 않는 것으로 간주한다는 조항을 신설하고, 조특법상 자경판정기준과 「소득세법」상 자경판정기준을 통일하기 위하여 2016.2.17. 양도분부터 「소득세법 시행령」제168조의8 농지의 범위 등에서 비사업용 토지 판정시 자경기준을 보완한 사항에 불과하므로 소급입법으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 경정청구를 거부한 처분이 소급과세금지 원칙을 위배하였는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

 제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다.

제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율

 제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

 (2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부개정된 것)

 제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

 제168조의8[농지의 범위 등] ② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 농지의 소재지와 동일한 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항을 준용한다.

부칙 <제26982호, 2016.2.17.>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분 부터 적용한다.

② 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

 (3) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 일부개정된 것)

 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

부칙 <대통령령 제25211호, 2014.2.21.>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의2의 개정규정은 2014년 4월 1일부터 시행하고, 제66조 제14항, 제66조의2 제13항, 제67조 제1항ㆍ제3항ㆍ제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 및 제116조의2 제5항ㆍ제6항ㆍ제8항ㆍ제19항ㆍ제20항ㆍ제21항의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행하며, 제63조 제1항ㆍ제2항ㆍ제3항ㆍ제7항ㆍ제8항ㆍ제10항, 제64조, 제65조, 제100조의2 제4항 및 제100조의6 제2항 제4호의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인이 쟁점토지를 취득한 날이 속하는 2003년부터 양도한 날이 속하는 2016년까지의 소유기간 동안 OOO관내 중학교에서 발생한 근로소득이 OOO이상인 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

 (2) 기획재정부에서 발간한 ‘2013․2015년 개정세법 해설’ 책자에 의하면 조특법 시행령 제66조 제14항 및 「소득세법 시행령」제168조의8 제2항의 개정취지 등은 아래 <표1>․<표2>와 같이 기재되어 있다.

<표1> 2013년 개정세법 해설 중 일부

<표2> 2015년 개정세법 해설 중 일부

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 사업소득금액과 근로소득 총급여액의 합계액이 OOO이상인 과세기간이 있는 경우 경작한 기간에서 제외하도록 한 조특법 시행령 제66조 제14항의 규정은 자경농지에 대한 감면을 배제한다는 규정일 뿐, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 중과세율을 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 「소득세법」제104조 제1항에 의하면 “제104조의3에 따른 비사업용 토지”에 대하여 같은 항 제1호가 아닌 제8호의 세율(중과세율)을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 및 2016.2.17. 개정된 같은 법 시행령 제168조의8 제2항에 의하면 자경기간의 판정에 관하여 조특법 시행령 제66조 제14항을 준용하도록 규정하면서 2016.2.17. 이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로 부칙규정을 두고 있으며, 기획재정부장관이 발간한 2015년 개정세법 해설책자에서도 세법간 자경 판정기준을 통일하기 위한 것으로 개정이유를 설명하고 있다.

 이 건의 경우 청구인은 쟁점토지 전체 보유기간 동안 근로소득금액이 연 OOO이상인 사실에 청구인과 처분청간 다툼이 없고, 이를 경작기간에서 제외하여 비사업용 토지의 기간기준 판정에 적용하면 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하며, 청구인은 위 「소득세법 시행령」제168조의8 제2항이 개정된 2016.2.17. 이후 쟁점토지를 양도하여 과세요건이 충족되었으므로 위 관련 규정에 따라 쟁점토지를 비사업용 토지로 봄이 타당하다.

 따라서 위 「소득세법 시행령」조항이 중과세 차별규정으로 경과규정을 두지 아니하여 진정소급이라는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

또한 청구인은 「소득세법 시행령」제168조의8 제2항 후단에서 자경한 기간에 대하여 조특법 시행령 제66조 제14항을 “준용한다”로 되어 있고, 경과규정을 두지 아니한 특별한 사정 등의 입법취지에 비추어 “자경한 기간”은 이 영 시행일 이후의 과세기간에 대한 자경한 기간으로 해석되어야 한다고도 주장하나, 세법이 제정되거나 개정된 후에 조세를 납부할 의무가 성립한 경우에는 소급과세금지의 원칙이 적용될 여지가 없다 할 것(대법원 1989.9.29. 선고 88누11957 판결 참조)인바, 쟁점토지의 양도로 인한 청구인의 양도소득세 납세의무는 위 조항 개정 이후에 성립한 점, 헌법 제107조 제2항에서 대통령령이 헌법이나 법률에 위배되는지 여부는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있고, 이 건 심리일 현재 대법원에서 위 규정에 대하여 위헌·위법 여부를 판단한 사실이 없는 점 등에 비추어 위 「소득세법 시행령」규정의 “자경한 기간”을 이 영 시행일 이후의 과세기간에 대한 자경한 기간으로 해석하여야 한다거나 신뢰보호원칙에 위배되는 부진정소급입법이라는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.