[주 문]

1. OOO이 2017.5.11. 청구법인에게 한 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원의 부과처분 및 OOO이 같은 날 청구법인에게 한 부가가치세 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원의 부과처분은 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원을 손금에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 물적분할로 설립되어 OOO를 운영하며 OOO 등을 원료로 OOO을 통하여 생산된 전기를 OOO를 통해 OOO에 공급하고 있는 법인으로,

(1) 2014년 OOO(이하 "쟁점발전소"라 한다) 5·6호기 OOO의 하역 및 이송을 위한 제3연료 하역시설(이하 “쟁점시설”이라 한다)을 건설하고, 쟁점시설을 기계장치로 계상한 후, 법인세 신고시 쟁점시설에 대한 감가상각비를 다음과 같이 산정하였고,

(2) 쟁점발전소 5·6호기 건설과 관련하여 2012∼2015사업연도에 건설공사로 취득한 자산 중 일부에 대한 연평균 지출액을 자본화 대상 지출액에서 제외하였으며, 2012사업연도에는 자본화 이자율 계산시 임포트론을 포함하여 계산하는 등 하여 일반차입금 자본화 회계처리를 하였으나, 법인세 신고시에는 「법인세법 시행령」제52조 제7항에 따라 계산한 일반차입금의 지급이자 불산입액과의 차액에 대해 별도의 세무조정을 하지 아니하였고,

(3) 청구법인, OOO 주식회사(변경 전 상호 “OOO 주식회사”, 청구법인이 지분 100% 소유, 이하 “OOO”라 한다) 및 OOO 주식회사는 OOO 집단에너지사업을 수행하기 위해 2009년 9월 특수목적법인(SPC)인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)를 설립한 후, 청구법인과 OOO 간에는 동 사업을 위한 ‘운전 및 정비용역계약’을, 청구법인과 OOO, OOO 3자 간에는 ‘석탄(OOO)매매계약’을 각 체결하였는데, 위 계약에 따르면 청구법인은 발주자인 OOO에 에너지발전설비 운전 및 정비용역을 제공하고, OOO의 공급개시일로부터 1년 동안은 청구법인과 OOO가 공동으로, 1년이 경과한 후에는 OOO가 단독으로 OOO에게 OOO을 공급하되, OOO가 그 공급의무를 적절히 이행하지 아니할 경우에는 청구법인이 OOO 공급을 지원하기로 약정하였으며, 그 후 OOO가 OOO에게 OOO을 안정적으로 공급하지 못하자, 청구법인은 위 계약에 따라 2012년 4월부터 2015년 4월까지 OOO에 대해 OOO을 공급(이하 "쟁점거래"라 한다)하였고,

(4) 2012년 쟁점발전소 5·6호기 건설과 관련하여 쟁점발전소에 근무하는 종업원들을 위해 국민주택 규모 초과 OOO와 국민주택 규모 이하 OOO(OOO, 이하 "쟁점건물"이라 한다) 등 총 120세대의 사택을 건립하고, 2013사업연도 법인세 신고시에 쟁점건물 공사비 OOO원에 대해 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제94조에 따른 근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제(투자금액의 100분의 7, 이하 "쟁점세액공제1"이라 한다)로 OOO원을 세액공제하였으며,

(5) 쟁점발전소 5·6호기의 전기집진기설비(이하 "쟁점설비"라 한다) 건설공사와 관련하여 다음과 같이 쟁점설비 관련 기자재를 구매하고, 2013사업연도 법인세 신고시 쟁점설비 투자금액 OOO원에 대해 조특법 제25조의3 환경보전시설투자에 대한 세액공제(이하 "쟁점세액공제2"라 한다)를 적용하였다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.12.20.부터 2017.4.20.까지 청구법인의 2012～2015사업연도에 대한 법인통합조사(이하 "이 건 세무조사"라 한다)를 실시하여,

(1) 청구법인이 당초 법인세 신고시 기계장치로 분류한 쟁점시설을 구축물에 해당하는 것으로 보아 2014∼2015사업연도 쟁점시설의 감가상각비와 관련하여 정액법과 내용연수 30년을 적용하여 다음과 같이 감가상각비를 손금부인하였고,

(2) 청구법인이 쟁점발전소의 건설과 관련하여 일반차입금 지급이자의 자본화 회계처리를 하면서 건설중인 자산 중 일부 자산을 특정월에만 누락하여 건설중인 자산의 평균잔액을 과소계산하였으며, 2012년 9월부터 2013년 2월까지 6개월간의 OOO 수입·결제와 관련한 단기차입금(임포트론)의 이자는 자본화 대상 지급이자에서 제외하면서 동 차입금을 차입금의 적수에 포함하여 자본화 이자율이 낮게 계산되게 하는 등의 방법으로 지급이자 자본화 금액을 과소산정한 것으로 보아 지급이자 자본화 금액을 재계산하여 신고한 금액과의 차액 OOO원(2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원)을 손금부인하였으며,

(3) 청구법인이 2012년 4월부터 2013년 7월까지 특수관계법인인 OOO에 OOO을 공급하면서 적정이윤 없이 저가로 공급한 것으로 보아 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제88조의 부당행위계산 부인규정을 적용하여 거래금액에 대한 적정이윤(3%) OOO원(2012년 OOO원, 2013사업연도 OOO원)을 익금에 산입하면서 이에 대해 부가가치세도 과세하는 것으로 하고,

(4) 청구법인이 쟁점건물을 무주택자가 아닌 종업원 36명에게 임대한 것은 쟁점세액공제1 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인이 신고한 쟁점세액공제1 금액 OOO원에서 쟁점건물에 대한 시설투자금액 중 유주택자 종업원에 대한 제공분 OOO원에 대한 쟁점세액공제1 금액 OOO원을 부인하였으며,

(5) 청구법인의 쟁점설비에 대한 쟁점세액공제2 신청액 중 2013.12.30. 세금계산서를 수취한 쟁점설비 매입액(공급가액 OOO원, 이하 “쟁점자재비”라 한다)이 2013사업연도 말까지 대금지급이 완료되지 아니하여 2013사업연도의 쟁점세액공제2 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 그에 해당하는 세액공제액 OOO원을 부인하는 것 등으로 조사하여 이를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2017.5.11. 청구법인에게 법인세 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원, 2015사업연도분 OOO원, 부가가치세 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.8.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점시설은 해상에 설치되어 염해로 인한 부식, 대형 선박의 접안 및 대규모 하역작업으로 인해 발생하는 진동의 위험에 직접적으로 노출되어 「법인세법 시행규칙」[별표5] 제3항의 “기타 진동이 심하거나 부식성 물질에 심하게 노출된” 구축물에 해당하여 기존 부두의 안벽과는 구조와 용도가 상이하므로 동일한 내용연수(30년)을 적용하는 것은 타당하지 아니하다.

쟁점시설은 쟁점발전소의 전력발전에 소요되는 수백만톤의 석탄을 공급하기 위해 대형선박을 접안하고 하역할 수 있는 시설로, 해안으로부터 280m 정도 떨어진 해상에 설치되어 있으며, 하저에 철근을 박아 기본 지지대를 만들고, 상부에 하역설비와 운탄설비를 지지할 수 있게끔 철근 및 콘크리트를 사용하여 설계되었다. 철근콘크리트는 재료특성상 염해에 의한 부식에 매우 취약하고, 이는 OOO에서도 상세히 연구·발표된 바 있다. 실제 청구법인의 경우에도 2017년 2월부터 4월까지 진행된 쟁점발전소 제3연료 하역시설 정밀점검 결과 전체적으로 표면부식로 인한 손상이 대부분이었으며, 일반적인 시공불량, 도장처리 부적절 사유 외에도 염해 및 일교차로 인한 결로 등이 손상원인으로 지적되어 지리적, 환경적 특성이 표면부식에 분명하게 영향을 주고 있다는 것을 알 수 있다.

쟁점시설은 대형선박이 접안하는 순간 커다란 힘을 받게 되고 쟁점시설의 상부에서 지속적으로 하역작업을 수행하기 때문에 진동에 대한 노출정도와 빈도수가 훨씬 높다. 쟁점시설은 평균적으로 연 58회, 18만톤 규모의 대형선박의 접안이 반복적으로 이루어지고 있고, 해상에 위치한 관계로 태풍, 해일, 파도에 의한 진동영향에 크게 노출되어 있어 「법인세법 시행규칙」[별표5] 제3항의 진동이 심한 자산에 해당한다.

청구법인의 경우 기타 부식성 물질에 심하게 노출된 유형자산에 대해서는 「법인세법」상의 15년 내용연수를 적용하여 신고하였고, 쟁점시설의 경우에도 철근콘크리트 구조로, 신고된 내용연수 15년을 적용할 수 있으며, 쟁점시설과 동일한 구조의 다른 하역시설의 내용연수를 30년으로 적용한 것은 실무상 오류이므로 이를 근거로 쟁점시설의 내용연수를 적용한 처분은 타당하지 아니하며, 「법인세법」상 내용연수는 실제로 자산이 어떻게 이용되고 있으며, 어떠한 환경에 노출되어 있는지 등의 실질내용에 따라 판단하여야 한다.

처분청이 쟁점시설과 유사한 자산이라고 제시한 ‘OOO 및 OOO’의 경우, 선박이 안전하게 접안하여 화물의 하역 및 승객의 승하선을 행하기 위한 콘크리트로 쌓아올린 벽면을 가진 항만시설로서 「항만법」에서 규정하는 항만시설 중 안벽에 해당하며, 이러한 특성으로 인해 ‘OOO의 하역시설’은 자산단위표상 하역설비에 해당되어 회계 및 세법상 내용연수 30년을 적용한 것인데, 이는 콘크리트 안벽으로서 하부로는 물이 통하지 않으며 후면은 매립되어 육지와 일직선으로 연결되어 있는 구조로 충격을 흡수하는 면적이 넓어 충격에 강한 반면, 쟁점시설은 수중에 위치하여 지리적·환경적 특성상 일반 구축물에 비해 염해에 노출된 면적이 넓고, 이로 인한 부식의 정도 및 훼손의 위험성이 현저히 높아 ‘OOO 하역시설’과 쟁점시설은 구조 및 설계방식, 사용환경이 완전히 상이하므로 그 용도가 유사하다고 하여 동일한 내용연수를 적용하여야 한다는 처분청 의견은 타당하지 않다.

청구법인은 사업개시일인 OOO이 속하는 2001사업연도 법인세 신고시 건축물에 대한 단축내용연수를 적용하는 것으로 아래와 같이 신고하였으므로 쟁점시설에 대해서는 내용연수 15년을 적용하여야 한다.

* ( ) 진동이 심한 자산등의 단축내용연수

(2) 청구법인은 일반차입금의 지급이자에 대해 IFRS에 따라 자본화 회계처리를 수행하고 있다.

처분청은 쟁점발전소 건설기간 중의 사채발행금액 OOO원이 사실상 특정차입금에 해당하여 자본화대상 자산을 임의로 선택할 수 없으므로 자본화대상 건설중인 자산 전체에 대해 건설자금이자를 계상하여야 한다는 의견이나, 청구법인은 주거래계좌 1개를 통해 매출대금, 회사채, 차입금 등 모든 자금을 관리하고 있어 집행자금의 원천이 매출대금인지 차입금인지 특정할 수 없으므로 쟁점발전소의 건설에 직접 사용된 현금의 원천을 구분하는 것은 불가능하다. 따라서 차입금이 신규 발전소 건설에 사용되었다고 단정하는 것은 처분청의 추측에 불과하고, 해당 차입금을 특정차입금으로 보기 위해서는 처분청이 해당 차입금이 쟁점발전소의 건설 등에 소요되었음을 명확하게 입증하여야 한다OOO.

「법인세법」상 일반차입금에 대한 지급이자 손금불산입은 납세자의 선택사항으로, 지급이자 자본화 회계처리 결과 자본화 지급이자가 「법인세법」에 따라 계산한 지급이자에 미달한다고 하여 별도의 세무조정을 통해 손금불산입해야 한다는 처분청의 의견은 관련 법령의 개정취지 및 조세법률주의에 위배되는 것이다.

2010년 IFRS에 일반차입금 지급이자의 자본화가 도입되기 이전까지 특정 고정자산의 취득과 관련성이 분명한 특정차입금에 대해서만 손금불산입을 강제한 반면, 일반차입금 지급이자에 대해서는 손금산입을 원칙으로 하고 있던 「법인세법」은 2010.12.30. 개정시 일반차입금 지급이자를 손금에 산입하지 않을 수 있도록 제28조 제2항이 신설되었는데, 이는 기업회계와 세무회계가 불일치하는 상황에서 기업의 세무조정 부담을 완화시키기 위한 것이다. 따라서 일반차입금에 대한 지급이자 자본화 회계처리를 수행한 경우, 일부 자산취득액이 포함되지 않았거나, 자본화 이자율 계산방식이 세법에 따른 산식과 다르다 하여 이를 별도의 세무조정을 통해 손금불산입하게 되면 위와 같은 「법인세법」의 개정취지에 반하게 되는 것이다.

현행 「법인세법」이 건설자금에 쓰인 일반차입금의 지급이자 등에 대하여 원칙적으로 기간비용으로 하면서, 법인의 임의적인 선택에 따라 그 자본화를 허용하고 있다는 점에서 법인이 일반차입금에 대한 건설자금 이자를 「법인세법」에 의해 계산한 금액보다 과소계상한 경우 그 계상한 건설자금이자를 그대로 용인하면 되고, 별도로 과소계상한 금액을 손금불산입하여서는 아니된다.

가사, 처분청의 의견이 옳다고 하더라도 처분청의 2012년 12월 자본화 이자금액의 계산 과정에 다음과 같은 오류가 있어 해당 부분에 대한 처분은 경정되어야 한다.

(3) 최근 대법원은 세무공무원이 구 「조사사무처리규정」에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따라 1차 조사를 하였다고 하더라도 그것은 실질적으로 납세자의 총매출누락을 확인하기 위해 포괄적으로 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 것이어서 이를 재조사가 금지되는 세무조사로 보아야 한다고 판결OOO하였는바, 이 건의 경우 조사청은 2014년 8월경 쟁점거래와 관련한 사실관계 및 적정 시가의 파악을 위한 자료를 요청하는 등 청구법인에 대해 질문조사권을 행사하였고, 청구법인은 담당 조사관을 방문하여 과세관청이 요청하는 자료를 제출하였다.

청구법인이 제출한 자료는 2012년 4월부터 2014년 7월까지 쟁점거래의 공급가액을 정리한 자료, 2013년 1월부터 2013년 12월까지 국가별 OOO 월별 가격동향을 보여주는 자료, OOO 주주 지분 내역 등이다. 그 후 2014.10.2. 청구법인은 재차 담당조사관의 요청에 따라 ‘시가를 파악할 수 없어 해당 건의 수정신고가 불가능함을 확인한다’는 취지의 확인서를 제출하고 OOO에서 게시하는 월별 OOO 단가를 기초로 산정한 임의적 시가와 실제 OOO의 공급가액을 비교하는 자료를 별도 첨부하였다. 위와 같은 2014년의 조사청의 행위(이하 “쟁점현장확인”이라 한다)는 포괄적으로 질문검사권을 행사하고 과세자료를 획득하는 행위로서 「조사사무처리규정」 소정의 ‘현지확인’ 절차에 해당하고, 이는 「국세기본법」상의 세무조사에 해당한다.

「국세기본법」제81조의4 제2항에서 열거된 특수한 사유가 있는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없는 것인데, 쟁점현장확인 이후인 2016.12.29. 조사청은 2012.1.1.부터 2015.12.31.까지를 조사대상 과세기간으로 하는 법인통합조사를 실시하였는바, 이는 1차 세무조사인 쟁점현장확인 후 2차 세무조사인 이 건 세무조사를 실시하여 이 건 세무조사는 중복된 세무조사에 해당한다. 이 건 세무조사의 경우, 재조사가 허용되는 「국세기본법」제81조의4 제2항의 특수한 사유에도 해당하지 않으므로 결국은 위법한 세무조사이다.

(4) 처분청은 쟁점거래에 대해 청구법인, OOO, OOO 간 체결된 계약에서 OOO가 기준가격의 3%를 가산하여 석탄매매가격을 산정하도록 약정하고 있는 점에 착안하여 실비로만 구성된 쟁점거래 대가에 3%를 가산한 금액을 시가로 판단하여 이를 기준으로 법인세와 부가가치세를 과세하였는바, OOO와 OOO 간 거래가격을 객관적이고 합리적으로 산정된 「법인세법」상 시가라고 볼 수 없다. 아울러 OOO가 게시하는 OOO의 월별 단가를 기준으로 공급가액을 계산하여 보더라도 청구법인의 공급가액은 저가라고 볼 수 없고, 처분청이 비특수관계인간의 OOO 거래가격을 입증하지 못하고 있다는 점을 고려하면, 쟁점거래의 시가를 확정할 수 없다는 점에서 쟁점거래를 저가양도거래로 보아 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다 할 것이다. 더구나 처분청이 주장하는 시가가 적정한 것이라고 가정하더라도 「법인세법 시행령」제88조 제3항에서는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우에 한하여 부당행위계산 부인규정을 적용하도록 규정하고 있어 쟁점거래의 거래건별로 볼 때, 청구법인의 공급가액에 3%를 가산한 금액과 실제 공급가액의 차이가 3억원 이상인 건이 없으므로 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없는 것이다.

쟁점거래의 경우 계약단위는 다음과 같이 ① 석탄 공급개시일(2012년 4월)부터 1년간(2013년 4월) 공동공급하는 약정 및 ② 그 이후로는 OOO가 단독으로 공급하되, OOO의 공급이 원활하지 않을 경우 청구법인이 OOO를 대체해서 공급하는 약정의 두 가지 단계로 구성되어 있는데, ②단계에 해당하는 공급(2013년 4월 이후)은 ①단계에 따른 공동공급(2012년 4월～2013년 3월)이 이루어진 이후 OOO의 향후 공급 여부에 따라 청구법인의 대체공급 여부가 결정되는 것이기에 처분청이 주장하는 계약 당시(2011년)의 부당성을 판단하는 계약단위에 포함되지 아니한다. 부당행위계산의 부인규정은 ‘거래 당시’를 기준으로 그 부당성을 판단하여 적용하도록 규정하고 있는데, 최초 계약 당시(2011년)에는 OOO가 향후 OOO에 공급계약을 제대로 이행할 수 있을지 여부가 불투명한 상황으로서, 해당 거래의 이행이 확정적이지 않기 때문에 쟁점거래의 부당성은 오직 청구법인이 OOO를 대신하여 당초 계약상 명시한 계약기간인 석탄 공급을 개시한 2012년 4월부터 1년간인 2013년 3월까지의 총 거래분으로 판단해야 하는 것이고, 이 경우 시가와 대가와의 차이금액이 OOO원으로 3억원 미만에 해당하므로 부당행위계산 부인규정 적용대상이 아니다. 부당행위계산 부인규정의 한 유형인 가지급금 인정이자 계산사례에서도 인별로 3억원을 판단할 때 사업연도별 누적금액으로 판단하여 익금에 산입하고 있는 것이지, 수년간의 대여로 인해 발생한 인정이자 누적액이 3억원을 초과할 때까지 관리하다가 3억원이 넘는 시점에서 비로소 소급과세하는 것이 아니며, 「법인세법」 제52조에서 규정하는 부당행위계산의 범위 안에 자산의 저가공급 뿐 아니라 자금의 대여로 인한 인정이자 사례 역시 동일하게 포함하고 있는 바, 부당행위계산 부인규정 적용대상인지 여부를 판단함에 있어 자금대여에 따른 인정이자 사례라고 하여 자산의 저가양도 사례와 동 규정을 달리 적용할 이유가 전혀 없다.

(5) 조특법 제94조에서는 내국법인이 그 종업원의 주거 안정 등 복지 증진을 위하여 종업원용 기숙사를 취득하는 경우에는 해당 시설의 취득가액의 일정금액을 세액공제받을 수 있도록 하고 있는바, 여기서 기숙사란 「건축법 시행령」[별표1]에 따르면, 학교 또는 공장 등의 학생 또는 종업원 등을 위하여 쓰는 것으로서 1개 동의 공동취사시설 이용 세대수가 전체의 50% 이상인 것으로 정의하고 있다. 그러나 국세청은 세액공제 대상이 되는 기숙사에 대해 세법해석에서 “내국법인이 그 종업원의 주거안정 등 복지증진을 위하여 「건축법」상 업무시설에 해당하는 오피스텔을 종업원용 기숙사로 사용하기 위하여 취득한 경우 세액공제가 가능OOO하며, ‘법인이 종업원의 기숙사 용도로 구입한 국민주택규모 이하의 아파트를 실제 현장 근로자들에게 제공하는 경우에는 세액공제 대상에 해당OOO한다고 해석한바 있어 결과적으로 세액공제 대상이 되는 종업원용 기숙사는 「건축법」상 기숙사만 의미하는 것이 아니라 종업원의 주거 안정을 통한 복리증진을 위하여 실질적으로 통상적인 기숙사로 사용되는 시설을 말하는 것으로, 「건축법」상 업무시설에 해당하는 오피스텔이나 아파트 및 단독주택을 취득하여 종업원용 기숙사로 사용하는 경우에도 쟁점세액공제1을 적용가능한 것으로 보아야 한다.

한편, 처분청은 쟁점건물이 무주택 종업원에게 임대하기 위한 국민주택이라고 하나, 청구법인이 쟁점건물을 종업원에게 제공하면서 수령한 임대료는 없는 점, 쟁점건물의 구조는 원룸형으로 그 면적이 43㎡에 불과하여 기숙사와 그 성격이 유사한 점, 실제 거주자는 관리비 성격의 실비만을 부담하였으므로 회사와 종업원간에 별도의 임대계약이 체결된 적이 없는 점 등을 종합하면, 쟁점건물은 종업원용 기숙사로 봄이 타당하고, 종업원에게 임대하기 위한 시설에 해당하지 아니한다.

따라서 청구법인이 2013년에 신규로 취득한 쟁점건물은 단신부임자에게 제공한 종업원용 기숙사로서 쟁점세액공제1 대상에 해당한다.

(6) 쟁점자재비는 2013.12.30. 해당 기자재의 입고 및 검수가 완료되어 세금계산서가 발행되었고, 2014.1.9. 대금지급이 완료되었다. 조특법에서 정하는 쟁점세액공제2의 공제연도는 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 법인세에서 일괄공제하는 것이 원칙이나, 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 그 투자가 이루어지는 각 과세연도의 법인세(투자진행기준)에서 공제할 수 있다.

투자진행기준을 적용함에 있어서 환경보전시설투자세액공제의 투자금액에 관한 준용규정인 조특법 시행령 제4조 제3항에서는 ㉮ 총투자금액에 「법인세법 시행령」제69조 제1항에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 ㉯ 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액에서 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액에서 해당 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 투자금액을 뺀 금액으로 한다고 규정하고 있다. ㉯에서 “지출한 금액”의 의미에 대해 조특법 기본통칙 4-3…2에서는 “지출한 금액이라 함은 당해 과세연도 중 실제로 지출된 현금(어음지급분으로서 당해 과세연도 중에 결제된 것을 포함한다) 지급분(선급금을 제외한다)만을 말한다”라고 정하고 있다.

여기서 쟁점이 되고 있는 부분은 “지출한 금액”에 관한 해석으로서 조사청은 위의 기본통칙의 문언 그대로 현금이 거래 상대방에게 전달되어야만 “지출한 금액”으로 인정할 수 있다는 입장이나, 우선 위의 기본통칙에서는 현금으로 지급했음에도 지출한 금액으로 인정하지 않는 항목으로 선급금을 명시하고 있는데, 이는 일반적으로 선급금이 지급의무 없이 지출한 현금을 의미하므로 현금 지출액임에도 불구하고 당기 지출액으로 보지 않는 것일 뿐, 계약에 따른 지급의무가 있어서 지출한 실지급액(계약금이나 중도금)은 투자금액에 포함시키고 있다OOO.

또한, 실제로 지출한 금액에서 지급기일 미도래 어음 지급분을 제외하는 이유는 투자진행기준 적용시 관련 공사 등이 일부만 진행된 상태에서 전체 공사대금 등에 대하여 지급어음을 발행하고 결제일이 도래하지 않는 경우 공사가 진행되지 않아 지급의무가 발생하지도 않은 금액까지도 세액공제를 받을 수 있는 불합리성을 방지하기 위한 것이지, 실제로 자재 등의 설치나 인도가 이루어짐으로써 지급의무가 확정된 부분까지 투자금액에서 제외하고자 의도된 규정은 아니다. 과세관청의 세법해석OOO에서도 “실제로 지출한 금액”을 현금 지급일이 아니라 현금의 지급의무가 확정된 날(전자방식 외상매출채권 발행일, 기업전용구매카드 사용·승인일)을 기준으로 산정한다고 해석하고 있어 “지출된 금액”이란 순수한 의미의 현금주의가 아닌 권리의무 확정주의에 따라 지급의무가 확정된 금액을 의미하는 것으로, 미지급금을 포함하는 것으로 해석함이 타당하다. 따라서 쟁점자재비는 그 지급의무가 확정되어 투자가 이루어진 것이므로 2013사업연도의 투자금액으로 보는 것이 타당하다.

설령, 쟁점자재비를 지출한 금액으로 보지 아니하더라도 총투자금액 중 작업진행률에 의하여 계산한 금액 기준을 적용하면 쟁점자재비는 2013사업연도의 투자금액에 포함되는 것이 타당하다. 작업진행률은 건설 외의 공사에 대해서도 건설인 경우의 진행률 계산방식을 준용하는 것(「법인세법 시행규칙」제34조 제1항 제2호)이므로 해당 사업연도 말까지 발생한 총공사비누적액을 총공사예정비로 나눈 비율로 계산해야 하는데 여기서 총공사비는 당해 공사원가의 구성요소가 되는 재료비, 노무비, 기타 공사경비(법인세법 기본통칙 40-69…3)이므로 쟁점설비에 대한 자재비 및 설치 용역비는 진행률 산정시 총공사비에 해당한다. 2013년 쟁점설비에 대한 작업진행률은 2013년 12월까지 발생한 공사비누적액 OOO원(쟁점자재비 포함)을 시공비, 자재비, 기술지원비를 모두 포함한 총 공사비(실제공사비) OOO원으로 나눈 비율인 83.21%가 되는 것이며, 청구법인은 2013사업연도 법인세 신고시 총투자금액인 OOO원에 83.21%를 곱한 금액 OOO원을 2013년 투자금액으로 보아야 하는 것이다.

쟁점설비 공사는 기자재의 공급과 기자재 설치용역약정이 하나의 계약을 통해 일괄체결되었는바, 기자재의 공급과 설치용역의 제공을 일체로 하여 하나의 건설공사로 보아야 하고, 쟁점기자재의 공급이 설치와 별개로 이루어진다고 볼 수 없으므로 기자재금액이 당초 계약시부터 확정된 금액이고, 설치용역의 기성청구방식에 따라 진행률을 적용할 수 없다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

위와 같이 어느 모로 보나 쟁점자재비는 2013사업연도 투자금액에 포함되어 쟁점세액공제2 대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2001사업연도 법인세 신고시 건축물의 구조 및 부식성 여부에 따라 기준내용연수 또는 단축내용연수를 신고하였고, 구축물의 경우 4가지 유형의 내용연수 중 자산단위별로 부식성 여부를 판단하고 어떤 내용연수를 적용할지에 대한 구분을 청구법인 자체 자산단위표에 의해 내용연수를 정하여 감가상각을 하였는데[청구법인의 자산단위표에 의하여 자산번호를 자산별 클래스(4자리), 일련번호(6자리) 총 10자리로 부여하면서 구축물은 자산클래스를 12개로 분류하고 자산클래스별 내용연수를 달리 적용하고 있고, 철골조등의 에너지원, 전기발생설비, 구조물, 소내설비의 경우 자산별 클래스 ‘OOO’을 적용하여 기준내용연수인 30년을 적용하는 것으로 하고 있음], OOO 준공한 쟁점시설과 유사한 자산인 하역시설(OOO, OOO, OOO, OOO)에 대해 자산클래스를 ‘OOO’으로 분류하여 기준내용연수 30년을 적용하여 감가상각을 하고 있음이 확인된다. 특히 OOO내 OOO 및 OOO 하역부두는 쟁점시설과 유사한 설치장소 및 구조(OOO)를 가지고 있는 것으로 확인되므로 쟁점발전소의 OOO, OOO 기존 하역시설에 대해 내용연수 30년을 적용한 것은 세무상 오류이고, 쟁점시설에 대해 내용연수 30년을 적용하는 것이 타당하지 않다는 청구법인의 주장은 설득력이 없다.

자산은 [별표5] 상 각호의 구조 또는 자산명 단위로 같은 내용연수를 적용하여야 하는 것으로, 예컨대 차량운반구와 공구는 내용연수 범위안에서 각각 다른 내용연수를 선택할 수 있으나, 차량운반구에 속하는 모든 차량은 같은 내용연수를 적용하여야 한다(법인세법 기본통칙 23-28…4). 청구법인이 하역시설에 대해 별도로 내용연수 변경을 신청한 사실이 없는 상태에서 기존 하역시설에 대해서는 기준내용연수를 적용하면서 쟁점시설에 대해서만 부식성이 강하다고 하여 단축내용연수를 적용할 수는 없는 것이고, 그렇게 할 법적 근거도 부족하므로 쟁점시설에 대해서는 청구법인이 하역시설에 대해 당초 법인세 신고시 신고한 기준내용연수를 그대로 적용하여야 하는 것이다.

(2) OOO부터 OOO까지 쟁점발전소 OOO 건설과 관련하여 약 OOO원의 건설비가 투입되었고, 건설기간 중 OOO원의 사채가 발행된 점을 고려하면, 청구법인의 주거래계좌에는 사채발행에 따른 차입금, 일반차입금, 영업활동을 통한 수입금액 등이 혼재하여 특정차입금과 일반차입금의 구분이 불분명한 측면이 있기는 하나, 청구법인의 차입금은 실질적으로 신규 발전소 건설자금으로 특정차입금에 해당한다.

납세자가 차입금 전체를 일반차입금으로 보아 관련 지급이자를 자본화하는 방법을 선택하였다면, 자본화대상 건설중인 자산 전체에 대해 건설자금이자를 계상하는 것이 타당하고, 청구법인과 같이 일부 자산을 제외하는 것을 허용한다면 「법인세법」에서 특정차입금과 일반차입금을 구분하고 특정차입금의 건설자금이자 자본화를 강제하도록 하는 것의 의미가 무의미해지므로 지급이자 자본화에 있어 건설중인 자산 중 일부를 선택적으로 제외하는 것은 허용되지 않는다. 청구법인 회계담당자도 담당자의 실수로 일부자산이 누락되었음을 확인한 바 있다.

과거에는 차입원가를 비용 또는 자산으로 인식하는 두가지 선택적 회계처리가 가능하였으나, 개정된 한국채택 국제기업회계기준에서는 특정차입금 및 일반차입금의 이자 중 적격자산의 취득을 위해 사용된 금액에 대한 이자는 자본화를 강제하도록 개정된 점을 감안하면, 선택적으로 자산화 또는 비용화 회계처리를 하는 것은 허용되지 않는 것이고, 당초 「법인세법」제28조의 개정취지가 기업회계와 세무회계가 불일치하는 상황에서 기업의 세무조정 부담을 완화시키기 위한 것이라는 점을 감안하더라도 회계기준과 명백하게 어긋난 지급이자의 자본화까지 수용할 수는 없다.

(3) 쟁점거래의 세무이슈에 대한 쟁점현장확인은 세무조사에 해당하지 아니한다. 청구법인은 조사청의 세무조사 기간(2016.12.20.∼2017.4.20.) 중 2014년 8월경에 있었던 조사청의 쟁점현장확인에 대해 문제제기를 한 사실이 없고, 쟁점거래에 대해 이 건 처분이 있고 난 후 관련 사실에 대해 문제제기를 하는 것은 조세부과를 회피하기 위한 목적으로 밖에 보이지 아니한다.

청구법인은 청구법인의 감사실이 2014년 4월경 쟁점거래에 대해 법인세 부과가능성을 지적하고, 이를 감사원에 보고하였으며, 감사원이 2014년 8월경 쟁점거래에 대해 조사청에 통보하자, 조사청이 2014년 8월경 쟁점거래에 대해 현장확인을 하였다고 주장하나, 당시 조사청의 쟁점현장확인이 담당공무원에 의해 현장확인에 대한 계획이 수립되어 실시되었다는 것이 확인되지 아니하는 점, 담당공무원이 자료제출을 문서로 요구하였다는 사실이 확인되지 아니하는 점, 담당공무원이 청구법인의 사무실, 사업장, 공장 또는 주소지 등에 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안 장부·서류·물건 등을 검사·조사한 사실이 없으며, 담당공무원의 요청에 따라 청구법인의 직원이 담당공무원을 방문하여 자료를 제출한 점 등을 감안하면, 당시 조사청의 쟁점현장확인은 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 정도여서 이를 세무조사로 볼 수 없고OOO, 따라서 조사청의 이 건 세무조사는 중복조사에 해당하지 아니한다(2018.12.4. 개최된 조세심판관회의에서 청구법인의 대리인은 쟁점③과 관련한 “청구법인 주장이 과하였다”고 스스로 진술하였음).

(4) 쟁점거래의 시가는 청구법인이 이미 신고한 시가로 산정하여 문제가 없다. 쟁점거래에 대한 이 건 과세는 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인이 특수관계법인인 OOO에 OOO을 공급하면서 판매가격을 이윤없이 원가로 판매하여 청구법인의 내부감사에서 지적된 사항으로, 청구법인은 쟁점거래(2012년 4월 ∼2015년 4월) 중 일부 OOO 공급분(2013년 7월 ∼ 2015년 4월)에 대해서는 소급하여 이윤을 OOO에 일괄청구하고, 이에 따른 세금계산서도 발행하였다. 이 때 청구법인은 이윤을 OOO 거래금액의 3%로 하여 시가를 적용하였고, 조사청은 쟁점거래 중 청구법인이 OOO에 이윤을 미청구한 2012년 4월 ∼ 2013년 7월분에 대해 청구법인이 한 대로 3%의 이윤을 가산한 금액을 시가로 보아 시가와 대가와의 차이금액 OOO원을 익금에 산입하여 법인세 및 부가가치세를 과세한 것이므로 이에 대한 청구법인의 주장은 이유 없다.

또한, 청구법인은 쟁점거래의 거래건별로 이윤을 가산한 금액과 실제 공급가액(월별 공급가액)과의 차이가 3억원 이상인 거래건이 없으므로 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다고 주장하나, 이는 청구법인이 법리를 잘못 해석한 것으로, 「법인세법 시행령」제88조 제2항에 의해 청구법인과 OOO간의 거래에서 부당성의 판단시점은 그 행위 당시, 즉 계약시점으로 판단해야 하는바OOO, 청구법인이 체결한 석탄매매계약의 계약단위는 하나의 계약으로, 당초 해당 계약의 계약기간은 공급개시일로부터 25년으로 정하였고, 청구법인은 해당 계약기간 동안 계약서상 의무를 이행하였으며, 계약서상의 계약자 및 그에 따라 공급하는 재화, 공급물량, 가격 및 계약기간 등의 변동이 없는 점에서 쟁점거래의 부당여부는 전체 거래로 판단하여야 하고OOO, 부당행위계산 부인규정의 적용시 3억원의 판단기준은 “개별 사업연도 단위”가 아닌 매매계약체결일 당시의 “계약단위”이므로, 전체 거래가격과 시가를 비교하여 부당행위계산 부인규정을 적용한 처분은 정당하며, 해당 계약의 계약단위를 2개로 나눈다는 것은 계약내용을 자의적으로 해석한 것이고, 이 건은 자산의 저가공급이 문제가 된 유형인데, 자금대여 등으로 인한 가지급금 인정이자 계산사례와 비교하는 것은 법리를 확대해석한 것으로 적절하지 아니하다.

(5) 청구법인은 쟁점건물이 조특법 제94조 제1항 제2호의 종업원용 기숙사에 해당하므로 거주하는 종업원의 무주택 여부에 관계없이 쟁점세액공제1을 적용받을 수 있다고 주장하나, 청구법인의 주장대로 국민주택규모 이하인 쟁점건물이 종업원용 기숙사이라면 국민주택규모를 초과하는 OOO에 대해서도 쟁점세액공제1에 대한 신청을 하였을 것이나, 청구법인은 쟁점건물이 무주택 종업원에게 임대하기 위한 국민주택으로 판단하였기 때문에 쟁점건물에 대해서만 쟁점세액공제1을 신청한 것이다.

청구법인은 신축단계부터 일관되게 쟁점건물을 주택으로 보아 OOO 및 국세청에 신고를 한 사실이 있다. 즉 건물 신축공사 계약시 ‘OOO 직원사택 신축공사’로 공사도급계약을 체결하였고, OOO에 등록된 건축물대장에 쟁점건물의 용도가 기숙사가 아닌 공동주택으로 되어 있으며, 부가가치세 신고시에도 기숙사(과세용역)가 아닌 주택(면세용역)으로 세금계산서가 아닌 계산서를 수취한 것으로 신고하였다. 그럼에도 처분청의 경정을 피하고자 청구법인은 이제와서 쟁점건물의 실제 용도가 기숙사라고 주장하고 있다. 더구나 「건축법」상 기숙사는 공동취사 등을 할 수 있는 구조로, 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것인데 쟁점건물은 이에 해당하지 아니한다.

(6) 쟁점세액공제2의 대상이 되는 투자금액에 포함되기 위해서는 조특법 기본통칙4-3…2(투자금액의 계산)에서도 명시되어 있는바와 같이 비용이 실제 지출되어야 하는 것으로, 이는 법인이 임의로 투자시기를 조절하여 세액공제 받는 사업연도를 선택하는 불합리를 방지하기 위한 것이다.

청구법인은 쟁점설비 건설공사와 관련하여 청구법인이 OOO(주)와 자재공급과 설치용역을 포괄하여 공사계약을 체결하였다고 주장하나, 물품구매계약서를 보면, OOO 기자재 15개 및 OOO 기자재 15개, 공통기자재 등으로, 기자재 금액은 당초 계약시부터 확정된 금액이다.

또한, 쟁점설비의 설치용역비 OOO원은 2013년 10월부터 2015년 3월까지 총 9회에 걸쳐 작업진행률에 의하여 기성부분을 세금계산서 수취한 것으로 확인되므로 자재비와 용역비를 포함하여 작업진행률을 계상하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

각각의 기자재는 납품과 동시에 인수검사를 통하여 개별적으로 납품되고 있고, 전기집진기 설치용역은 쟁점발전소 OOO의 건설 진행일정과 병행하여 설치되는 것이므로 설치용역을 수행한 회사에서도 설치용역 관련된 공사에 대하여만 기성고검사보고서를 통하여 작업진행률에 의하여 세금계산서를 발행하면서 공사비를 청구하였다.

따라서 기자재 구매와 관련한 쟁점세액공제2의 세액공제 방법은 조특법 제25조의3에서 준용한 조특법 제11조, 조특법 시행령 제10조·제4조 제3항 제2호에 따라 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액으로 계산하여 쟁점기자재비는 2014.1.9. 지출되었으므로 2014년 투자금액에 포함되는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 기계장치로 분류된 쟁점시설을 구축물로 보아 정액법과 내용연수 30년을 적용하여 감가상가비를 재계산하여 과세한 처분의 당부

② 차입금 이자비용에 대한 자본화 회계처리와 관련하여 청구법인이 건설중인 자산의 일부를 누락하였고, 임포트론 지급이자의 일부를 누락하여 이자비용 자본화 금액을 과소계상한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

③ 청구법인의 특수관계법인에 대한 OOO공급과 관련하여 조사청이 이미 현지확인을 하였으므로 이 건 세무조사가 중복조사라는 청구주장의 당부

④ 특수관계법인에게 적정이윤을 가산하지 아니한 금액으로 OOO을 공급한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

⑤ 유주택자 종업원에 공급한 사택을 근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제(쟁점세액공제1) 대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

⑥ 발전소의 전기집진기설비 기자재의 대금(쟁점자재비)이 2014년에 지급되어 2013사업연도의 환경보전시설투자에 대한 세액공제(쟁점세액공제2) 대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2017년 2월부터 4월까지 진행된 쟁점시설 정밀점검 결과 다음과 같은 손상이 발견되었고, 전체적으로 표면부식로 인한 손상이 대부분이었다며 쟁점시설에 대한 정밀점검결과표를 제출하였다.

(2) 처분청은 쟁점시설과 유사한 자산인 하역시설(OOO, OOO, OOO, OOO)에 대해 자산클래스를 ‘OOO’으로 분류하여 기준내용연수 30년을 적용하여 감가상각을 하고 있다며, 해당 하역시설들의 감가상각 적용내역을 다음과 같이 제출하였다.

(3) 처분청은 쟁점시설에 대한 감가상각과 관련하여 청구법인 회계세무부 차장 OOO이 위 (1)의 쟁점시설과 유사한 쟁점발전소내 하역시설에 대한 청구법인의 감가상각 적용내역이 사실이고, 청구법인이 쟁점시설을 구축물로 분류하여야 함에도 착오로 기계장치로 분류하였으며, 쟁점시설을 구축물로 분류하고 기존 동종자산에 대한 감가상각방법을 적용할 경우 쟁점시설의 감가상각비 범위액이 조사청이 경정한 감가상각액(“1. 처분개요 나. (1) 표” 참조)과 같고, 쟁점시설과 유사한 쟁점발전소내의 부두하역시설은 OOO으로 유사한 구조를 가지고 있음을 확인한다는 취지의 확인서를 제출하였다.

(4) 청구법인은 2001년 OOO와 분할설립하면서 진동이 심하거나 부식성 물질에 심하게 노출된 자산에 대한 감가상각 방법 신고시 내용연수를 15년으로 하여 신고하였다며, 청구법인이 2002.4.1. 건축물에 대해 내용연수범위 8년∼12년은 신고내용연수 6년, 내용연수범위 15년∼25년은 신고내용연수 15년, 내용연수범위 30년∼50년은 신고내용연수 30년으로 하여 신고한 감가상각방법신고서 사본을 제출하였다.

(5) 처분청은 청구법인 직원 OOO의 확인서를 제출하였는바, 해당 확인서에는 청구법인이 건설중인 자산에 대해 해당 사업연도에 지출한 금액의 적수계산시 일부 건설중인 자산이 누락되거나, 월별 건설중인 자산 평균잔액으로 매월 자본화금액 산정시 특정월의 평균잔액에 대해 적수계산에서 누락하였는바, 건설중인 자산 평균잔액을 과소계상한 유형 중 하나는 자본화가 매월 계속되다가 특정월에는 평균잔액 대상에서 누락하였다가, 다음월에는 평균잔액 대상으로 반영하는 식이었는데, 이는 해당 발전본부 회계 담당자가 평균잔액 대상으로 선택할 때 수동으로 체크하면서 실수로 체크를 하지 않거나 해당 월에 이에 대한 업무를 하지 않아서 발생한 것이고, 또 다른 유형으로는 자본화대상 건설중인 자산임에도 최초월부터 평균잔액 대상에서 누락한 것인데 이는 해당 발전본부 담당자가 매월말에 SAP화면(금융비용 자본화 대상화면)에 평균잔액 대상으로 체크하여야 함에도 업무자체를 하지 않아서 관련 사업본부별 자본화대상 반영이 장기간 방치되어 발생한 것이며, 위와 같이 누락된 건설중인 자산의 자본화 대상 자산의 적수로 평균잔액을 계산하여 해당 사업연도의 자본화이자율을 적용하면 OOO원의 차입원가가 과소계상되었고, 청구법인이 지급이자 자본화 대상 자산의 차입원가 계산시 가중평균차입이자율을 적용하면서 2012년 9월부터 2013년 2월까지 6개월간 OOO 수입·결제와 관련하여 단기차입금(임포트론)의 이자를 지급이자에서 제외하여 계산하면서 차입금 원금은 차입금 적수 계산에 포함하여 적용 이자율을 과소하게 계산하였으며, 임포트론의 차입금 원금을 차입금 적수 계산시 제외하여 적용 이자율을 재계산함으로써 적정하게 산정된 이자율에 의해 재계산한 차입원가 OOO원을 과소하게 계상하였음을 확인한다는 취지의 내용이 기재되어 있다.

(6) 처분청은 청구법인이 지급이자 자본화 회계처리와 관련하여 누락한 건설중인 자산 명세 및 차입원가 과소계상 내역자료를 제출하였다.

(7) 청구법인이 2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 「법인세법」제28조와 관련하여 제출한 간추린 개정세법(기획재정부 발표, 2010년) 내용은 다음과 같다.

(8) 청구법인은 쟁점현장확인시 쟁점거래와 관련하여 조사청 담당공무원의 요청으로 조사청을 방문하여 다음과 같은 자료를 제출하였다며, 해당 자료들의 사본 및 해당 자료의 제출을 보고한 청구법인 내부 보고문서등을 제출하였다.

(9) 처분청은 국세청 통합전산망에는 2014년 당시 청구법인에 대한 현장확인 내용이 조회되지 아니한다며, 국세청 통합전산망 현장확인 조회 화면을 제출하였다.

(10) OOO는 차주로서 2011.3.31. OOO에 전력 및 열 등을 공급할 집단에너지시설의 건설 및 운영에 필요한 자금을 조달하기 위해 대주인 OOO 등 금융기관 및 운영출자자인 청구법인등과 운영출자자 약정서를 체결하였는바, 해당 약정서상 쟁점거래와 관련된 약정내용은 다음과 같다.

(11) 청구법인, OOO, OOO는 OOO 집단에너지사업을 수행하기 위해 2011년 7월경 청구법인과 OOO 간에는 동 사업을 위한 ‘운전 및 정비용역계약’을, OOO(구매자), OOO(판매자), 청구법인(판매자2) 3자 간에는 ‘OOO’을 각 체결하였는데, 쟁점거래와 관련된 것으로 보이는 약정내용은 다음과 같다.

(12) 처분청은 청구법인이 쟁점거래(2012년 4월 ∼2015년 4월) 중 일부 OOO 공급분(2013년 7월 ∼ 2015년 4월)에 대해서는 소급하여 이윤을 OOO에 일괄청구하고 세금계산서도 발행하였다며, 그 내역을 다음과 같이 제출하였다.

(13) 처분청이 제출한 공사도급계약서에 의하면, 청구법인과 OOO(주) 및 주식회사 OOO은 2012.1.27. 쟁점건물 건설과 관련하여 “OOO 직원사택 신축공사”라는 공사명으로, 계약금액 OOO원의 공사도급계약을 체결하였다.

(14) 처분청이 제출한 쟁점건물 집합건축물 대장을 보면, 쟁점건물중 OOO은 주구조가 “철근콘크리트조”, 주용도는 “공동주택(아파트)”, 호수는 “28세대/호/가구”, 층수는 “지하 1층, 지상 7층”으로 기재되어 있고, OOO은 호수가 “32세대/호/가구”, 층수가 “지하 1층, 지상 8층”으로 되어 있으며, 주구조와 주용도는 OOO과 동일하게 기재되어 있다.

(15) 처분청이 쟁점설비 건설공사와 관련하여 제출한 청구법인 직원 OOO의 확인서 내용 중에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

(가) 쟁점설비 관련 기자재 구매내역

(나) 쟁점설비 설치공사 기성내역

(16) 청구법인이 쟁점설비 건설공사와 관련하여 제출한 물품구매계약서에 의하면, 청구법인(구매자)와 OOO 주식회사(계약자)는 2013.2.4. 계약금액 OOO원(부가가치세 별도)의 쟁점설비 구매계약을 체결하면서 기자재는 납품기한을 2013.3.20.부터 2013.12.30.까지로 약정하였다.

(17) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점시설이 진동과 부식에 직접 노출되어 감가상각시 내용연수 15년을 적용해야 하고, OOO 하역시설에 대해 내용연수 30년을 적용한 것은 세무상 오류라고 주장하나, 쟁점시설은 쟁점발선소의 석탄을 하역하기 위해 하저에 철근을 박고, 상부에 철근 및 콘크리트 구조로 건설된 하역시설로, 청구법인이 설립일이 속하는 사업연도의 법인세 신고시 제출한 감가상각방법 신고서를 통해 구축물에 대해 8년, 15년, 30년의 신고내용연수를 신고한 사실이 있고, 쟁점시설OOO과 구조, 용도 및 설치장소가 동일한 쟁점발전소내 OOO 하역시설에 대해 신고한 내용연수(8년, 15년, 30년) 중 내용연수 30년을 적용하여 감가상각하고 있는 점, 그동안 청구법인은 OOO 하역시설에 대한 감가상각에 대해 경정청구를 하거나 내용연수 변경승인신청을 한 사실이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 청구법인은 당초 구축물인 쟁점시설의 감가상각방법에 대해 정액법, 내용연수 30년을 적용하는 것으로 신고한 것으로 보이므로 내용연수 15년을 적용해야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(18) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 처분청은 청구법인의 차입금이 사실상 특정차입금이고, 청구법인이 지급이자 자본화금액 계산시 누락한 자본화대상 자산을 포함하고, 과소적용한 자본화 이자율을 수정하여 지급이자 자본화금액을 재계산한 결과 증가한 자본화 대상 지급이자를 손금불산입한 처분은 정당하다고 주장하나, 처분청도 청구법인의 주거래계좌에는 사채발행에 따른 차입금, 일반차입금, 영업활동을 통한 수입금액 등이 혼재하여 특정차입금과 일반차입금의 구분이 불분명한 측면이 있다고 답변하고 있는 바와 같이, 쟁점발전소 건설자금의 원천이 매출대금인지 차입금인지 특정할 수 없는 점, 처분청이 청구법인의 차입금을 특정차입금으로 보면서도 자본화대상 지급이자는 일반차입금의 자본화 방식의 계산방법에 따라 계산한 점, 2010.12.30. 법률 제10423호로 개정된 「법인세법」제28조와 관련하여 기획재정부에서 발간한 "2010년 간추린 개정세법"에 「법인세법」상 일반차입금 지급이자의 자본화 여부는 법인이 선택할 수 있는 것으로 되어 있고, 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에서 건설자금이자 자본화가 강제사항으로 변경되어 기업의 세무조정 부담완화를 위해 일반차입금도 자본화 선택을 허용하고 있는 것으로 그 개정 이유를 설명하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 지급이자 자본화 금액을 재계산한 금액과 청구법인이 신고한 금액과의 차액을 손금부인하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(19) 다음으로 쟁점③에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점거래에 대해서는 이 건 세무조사 전인 2014년에 조사청이 쟁점현장확인을 하였으므로 이 건 세무조사가 중복조사에 해당한다고 주장하나, 국세청 전산망의 기록에는 2014년 당시 청구법인에 대한 현장확인 내용이 조회되지 아니하여 조사청이 조사사무처리규정 등 내부규정에 의해 수립된 조사계획에 따라 쟁점현장확인을 실시한 것으로는 보이지 아니하고, 조사청 담당공무원이 쟁점현장확인시 쟁점거래에 관한 자료를 요청하기는 하였으나 청구법인을 직접 방문하거나 상당한 시일에 걸쳐 질문, 검사, 조사한 것으로는 보이지 아니하여 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사를 하는 정도에 그친 것으로 보여 이를 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 보기는 어렵다고 하겠다.

(20) 다음으로 쟁점④에 대해 살피건대, 청구법인은 OOO에게 석탄을 공급한 쟁점거래에 대해 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인의 내부감사에서도 청구법인이 특수관계법인인 OOO에 이윤없이 원가로 판매한 것이 지적되어 청구법인이 쟁점거래(2012년 4월 ∼2015년 4월) 중 일부 OOO 공급분(2013년 7월 ∼ 2015년 4월)에 대해 소급하여 거래금액의 3%에 상당하는 이윤을 OOO에 일괄청구하고, 이에 대한 세금계산서도 발행하였고, 처분청은 그 남은 기간의 거래분에 대해 청구법인이 한 대로 거래가액에 3%의 이윤을 가산한 금액을 시가로 보아 거래가액과의 차액에 대해 과세한 점, 청구법인이 체결한 석탄매매계약은 단일 계약으로, 이를 2단계의 계약단위로 나누어 부당행위계산 부인규정의 적용여부를 판단하여야 한다는 청구법인의 주장은 타당성이 없어 보이는 점 등에 비추어 쟁점거래에 대해 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(21) 다음으로 쟁점⑤에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점건물이 회사와 종업원간에 별도의 임대계약을 체결하거나 실비 이외에 별도의 임대료를 받은 적이 없어 종업원에게 임대하기 위한 주택에 해당하지 아니하고, 실질적으로 종업원의 주거안정을 위해 제공되어 기숙사로 사용되었으므로 쟁점세액공제1 적용대상에 해당한다고 주장하나, 「주택법」및 「건축법」상 기숙사에 대하여, 종업원 등을 위하여 쓰는 것으로서 공동취사 등을 할 수 있는 구조를 갖추되, 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것이라고 규정되어 있는바, 쟁점시설은 공동주택으로 주택마다 별도의 취사를 할 수 있고, 독립된 주거의 형태를 갖추고 있어 이를 기숙사로 보기는 어려워 보이는 점, 가족형·단신부임형·합숙소형 모두 직원들의 거주형태에 따라 공제대상이 수시로 바뀔 수 있어 공부상 용도에 따라 조특법 제94조 제1항의 세액공제 대상을 판단하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점시설에 대하여 쟁점세액공제1을 적용하여야 한다는 이 건 청구는 받아들이기 어렵다.

(22) 마지막으로 쟁점⑥에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점자재비가 2013.12.30.에 해당 자재의 입고 및 검수가 완료되어 세금계산서가 발행되는 등 그 지급의무가 2013사업연도에 확정되었으므로 쟁점세액공제2의 공제여부를 판단함에 있어 2013사업연도의 투자금액으로 보아야 한다고 주장하나, 조특법 시행령 제4조 제3항에서 투자세액공제 등의 대상이 되는 투자금액을 총투자금액에 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 당해 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액에서 당해 과세연도 이전에 투자세액공제를 받은 투자금액을 차감한 금액으로 규정하고 있는바, 쟁점자재비의 경우 2014사업연도에 현금으로 실제로 지출된 것으로 확인되므로 2013사업연도의 투자금액으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 일부개정되기 전의 것)

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

(2) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 일부개정되기 전의 것)

제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

② 제1항 본문에도 불구하고 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제13조 제1항 제1호에 따른 회계처리기준(이하 "국제회계기준"이라 한다)을 적용하는 내국법인이 보유한 고정자산 중 유형고정자산과 대통령령으로 정하는 내용연수가 비한정인 무형고정자산의 감가상각비는 개별 자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 금액이 제1항에 따라 손금에 산입한 금액보다 큰 경우 그 차액의 범위에서 추가로 손금에 산입할 수 있다.

1. 2013년 12월 31일 이전 취득분 : 국제회계기준을 적용하지 아니하고 종전의 방식에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 경우 제1항 본문에 따라 손금에 산입할 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "종전감가상각비"라 한다)

2. 2014년 1월 1일 이후 취득분 : 기획재정부령으로 정하는 기준내용연수를 적용하여 계산한 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "기준감가상각비"라 한다)

③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다.

④ 제1항 또는 제2항에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 채권자가 불분명한 사채의 이자

2. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호·제2호·제5호 및 제8호에 따른 채권·증권의 이자·할인액 또는 차익 중 그 지급받은 자가 불분명한 채권·증권의 이자·할인액 또는 차익으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호에 해당하는 자산

나. 제52조 제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금(假支給金) 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 건설자금에 충당한 차입금의 이자에서 제1항 제3호에 따른 이자를 뺀 금액으로서 대통령령으로 정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하지 아니할 수 있다.

(3) 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 일부개정되기 전의 것)

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ①법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

(4) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 일부개정되기 전의 것)

제26조(상각범위액의 계산) ① 법 제23조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.

1. 건축물과 무형고정자산(제3호 및 제6호 내지 제8호의 자산을 제외한다) : 정액법

2. 건축물외의 유형고정자산(제4호의 광업용 유형고정자산을 제외한다) : 정률법 또는 정액법

3. 광업권(「해저광물자원 개발법」에 의한 채취권을 포함한다) 또는 폐기물매립시설(「폐기물관리법 시행령」 별표 3 제2호 가목의 매립시설을 말한다) : 생산량비례법 또는 정액법

4. 광업용 유형고정자산 : 생산량비례법ㆍ정률법 또는 정액법

(5) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 일부개정되기 전의 것)

제52조(건설자금에 충당한 차입금의 이자의 범위) ① 법 제28조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자"란 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입ㆍ제작 또는 건설(이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설등에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외한다. 이하 이 조에서 "특정차입금"이라 한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금(이하 이 조에서 "지급이자등"이라 한다)을 말한다.

② 특정차입금에 대한 지급이자등은 건설등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 특정차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감한다.

③ 특정차입금의 일부를 운영자금에 전용한 경우에는 그 부분에 상당하는 지급이자는 이를 손금으로 한다.

⑦ 법 제28조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 해당 사업연도의 개별 사업용 고정자산의 건설등에 대하여 제2호의 금액과 제3호의 비율을 곱한 금액과 제1호의 금액 중 적은 금액을 말한다.

1. 해당 사업연도 중 건설등에 소요된 기간에 실제로 발생한 일반차입금(해당 사업연도에 상환하거나 상환하지 아니한 차입금 중 특정차입금을 제외한 금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 지급이자등의 합계

해당 건설등에 대하여 해당 사업연도 해당 사업연도의

에 지출한 금액의 적수 - 특정차입금의 적수

_________________________________ _______________________

해당 사업연도 일수 해당 사업연도 일수

2. 다음 산식에 따라 계산한 금액

3. 다음 산식에 따라 계산한 비율

일반 차입금에서 발생한 해당 사업연도의 일반차입금의 적수

                         ÷ ___________________________________

지급이자등의 합계액 해당 사업연도 일수

(6) 법인세법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제480호로 일부개정되기 전의 것)

제34조(작업진행률의 계산등) ① 영 제69조 제1항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

                     해당 사업연도말까지 발행한 총공사비 누계액

작업진행률 = _____________________________________________

                                    총공사예정비

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각 호의 산식에 의한다.

계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

1. 익금

2. 손금

당해사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조 제2항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 경우"란 법인이 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

(7) 법인세법 시행규칙(2002.10.28. 재정경제부령 제281호로 일부개정되기 전의 것)

[별표 5] ＜개정 2000.3.9, 2002.3.30＞

건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수범위표(제15조 제3항관련)

1. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물이 기준내용연수 및 내용연수범위가 서로 다른 2 이상의 복합구조로 구성되어 있는 경우에는 주된 구조에 의한 기준내용연수 및 내용연수범위를 적용한다.

2. 구분 3과 구분 4를 적용함에 있어서 부속설비에는 당해 건물과 관련된 전기설비, 급배수·위생설비, 가스설비, 냉방·난방·통풍 및 보일러설비, 승강기설비 등 모든 부속설비를 포함하고, 구축물에는 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로, 교량, 도크, 방벽, 철탑, 터널 기타 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다.

3. 구분 3과 구분 4를 적용함에 있어서 건물중 변전소, 발전소, 공장, 창고, 정거장 ·정류장·차고용 건물, 폐수 및 폐기물처리용 건물, 유통산업발전법시행령에 의한 대형점용 건물(당해 건물의 지상층에 주차장이 있는 경우에 한한다), 구축물중 하수도, 굴뚝, 경륜장, 포장도로와 폐수 및 폐기물처리용 구축물과 기타 진동이 심하거나 부식성 물질에 심하게 노출된 것은 기준내용연수를 각각 10년, 20년으로 하고, 내용연수범위를 각각(8년∼12년), (15년∼25년)으로 하여 신고내용연수를 선택적용할 수 있다.

(8) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것)

제94조(근로자복지 증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 내국인이 그 종업원의 주거 안정 등 복지 증진을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 2015년 12월 31일까지 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 경우에는 해당 시설의 취득금액(해당 시설에 딸린 토지의 매입대금은 제외한다)의 100분의 7(제1호 또는 제2호의 시설로서 수도권 밖의 지역에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택과 제3호의 시설을 취득한 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세로 한정한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 무주택 종업원(출자자인 임원은 제외한다)에게 임대하기 위한 국민주택

2. 종업원용 기숙사

(9) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 일부개정되기 전의 것)

제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 2015년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.

④ 제3항에 따른 투자금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제) ①내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다

③ 제1항 또는 제2항에 따른 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항·제3항 및 제4항을 준용한다.

제25조의2(에너지절약시설 투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 대통령령으로 정하는 에너지절약시설에 2016년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항을 적용할 때 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항·제3항 및 제4항을 준용한다

제25조의3(환경보전시설 투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 대통령령으로 정하는 환경보전시설에 2016년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법은 제11조를 준용한다.

② 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

(10) 조세특례제한법 시행령(2014.11.4. 대통령령 제25677호로 일부개정되기 전의 것)

제4조(중소기업 등 투자세액공제) ③ 법 제5조 제2항 및 제3항에 따른 투자금액은 제1호 및 제2호의 금액 중 큰 금액에서 제3호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

1. 총투자금액에 「법인세법 시행령」 제69조 제1항에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액

2. 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액

제10조(연구시험용시설의 범위 등) ⑥ 법 제11조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 투자금액을 계산함에 있어서는 제4조 제3항의 규정을 준용한다.

※ 조사사무처리규정(국세청)

제3조(정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “현장확인”이라 각 세법에 규정하는 질문검사권 또는 질문검사권에 따라 세원관리, 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목의 어느 하나에 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 세무조사에 의하지 아니하고 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말한다.

가. 자료상혐의자료, 위장가공자료, 조세범칙조사 파생자료로서 단순사실확인만으로 처리할 수 있는 업무

나. 위장가맹점 확인 및 신용카드 고액매출자료 등 변칙거래 혐의 자료의 처리를 위한 현장출장·확인업무

다. 세무조사 과정에서 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여부 확인업무

라. 민원처리 등을 위한 현장출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무

마. 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무

바. 거래사실 확인 등을 위한 게좌 등 금융거래 확인업무