[주 문]

OOO장이 2019.1.2. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 소재 토지 위에 건물(1층 428.45㎡, 2층 428.45㎡)의 취득가액을 환산가액으로 하여 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1993.12.29. OOO 소재 토지(대 334.7㎡, 이하 “쟁점①토지”라 한다)를 취득하고, 2001.10.23. 같은 동 987-3소재 토지(대 398.8㎡, 이하 “쟁점②토지”라 한다)를 매매로 각 취득하였다.

나. 청구인은 2001.12.28. 쟁점①토지 및 쟁점②토지 위에 2층 건물(1층 428.45㎡, 2층 428.45㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점①토지, 쟁점②토지 및 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 2001.12.28. 신축하여 임대하다가, 2016.11.2. 쟁점부동산을 양도하고, 2017.1.25. 양도가액을 실지거래가액 OOO원으로, 취득가액을 환산가액으로 하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 2018.9.3.부터 2018.10.12.까지 청구인의 2016년 귀속 양도소득세 조사를 실시하여 전소유자(김ㅇ희)가 쟁점②토지의 양도가액을 실지거래가액인 OOO원으로 신고하였고, 청구인이 관할구청에 쟁점②토지에 대한 취득세를 신고하면서 제출한 검인계약서상 매매거래가액이 OOO원으로 동일한 사실을 확인하여, 쟁점②토지의 취득가액을 OOO원으로 경정하고, 쟁점건물의 취득가액을 신축당시 장부에 기장하여 종합소득세 신고한 OOO원에서 2016년도까지 감가상각비 누계액 OOO원을 차감한 OOO원으로 경정하여 2019.1.2. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.30. 이의신청을 거쳐 2019.8.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 검인계약서 기재금액 OOO원은 쟁점②토지의 취득당시 실지거래가액이 아니다.

  (가) 이 건 쟁점②토지 검인계약서는 실제 매매거래 내용과는 다른 것으로 그 실질이 다운계약서이며, 이는 취득 당시인 2001년의 부동산 거래 관행이었다.

  (나) 매매계약서 및 영수증 등 거래증빙서류가 남아있지 않으나, 실제 쟁점②토지 취득금액(실지거래가액)은 OOO원이다. 청구인은 2001.10.19. 자기앞수표 OOO원, 2001.10.25. 당좌수표 OOO원 합계 OOO원을 계약금으로 전소유자 배우자 임ㅇ호에게 지급하였고, 쟁점건물의 임차인 OOO(주)(이하 “OOO”라 한다)에게 임대보증금으로 받은 자기앞수표 OOO원 및 대출받아 마련한 OOO원으로 잔금 OOO원을 2001.10.23. 법무사 신ㅇ식 사무실에서 지급하였으며, OOO을 중개수수료로 지급하였고, 쟁점②토지 취득과 함께 OOO를 근저당권자로 하고 채권최고액 OOO원으로 쟁점②토지에 근저당이 설정되었다.

  (다) 처분청이 실지거래가액으로 주장하는 검인계약서의 기재금액인 OOO원은 쟁점②토지의 취득 당시 기준시가인 OOO원, 감정평가액인 약 OOO원, 시가표준액인 OOO원 및 근저당 설정금액인 OOO원 등 보다도 낮아 이를 실지거래가액으로 보는 것은 합리적이지 않다.

  (라) 또한 처분청은 쟁점②토지의 전소유자 확인서와 그 배우자인 임ㅇ호의 녹취내역을 근거로 제시하나, 전소유자는 본인이 이미 신고납부한 양도소득세에 대하여 실지거래가액을 낮추어 다운계약서를 작성하였다고 진술할 이유가 없고, 진술내용에 언제 어디서 얼마의 양도가액을 받았는지에 대한 구체적인 내역과 증빙이 없어 청구인은 진술내용을 신뢰할 수 없다.

  (마) 따라서 검인계약서상 기재금액은 「소득세법」상 “취득당시 실지거래한 가액을 확인할 수 없는 경우”에 해당하므로, 취득당시의 환산가액을 적용하는 것이 타당하다.

 (2) 장부상 기초가액(건물신축가액) OOO원은 쟁점건물의 취득 당시 실제 총공사비를 반영하고 있지 않다.

  (가) 처분청은 장부가액 OOO원을 쟁점건물의 실제 취득가액으로 보았으나, 이는 신축공사와 관련하여 주요자재 매입에 따라 수취한 세금계산서(철골조 등 주요자재 매입) 상의 일부 금액일 뿐이다.

  (나) 쟁점건물은 2002.1.3. 준공된 철골조 연면적 922.9㎡ 평스라브 2층 건물이고, 청구인이 건축주로서 모든 책임과 공사비를 부담하였으며, 임차인인 OOO가 필요에 따라 실질적으로 공사를 진행하였고, 노무비 및 각종 공사간접비 등으로 총 OOO원 정도 소요되었으나, 공사계약서 및 공사 관련 영수증 등 증비서류를 확인할 수 없어 정확한 총 공사비용 산출은 불가능하다.

  (다) OOO와의 임대차 계약서 제1조 제2항을 보면 “5년 치 월세 OOO원을 신축건물 공사비용 지급시 선지급금으로 하여 갑은 이에 세금계산서를 발급한다”고 하여, 쟁점건물 신축비용으로 총공사비 중 일부 금액을 선지급한 금액이 OOO원이며, 따라서 장부가액 OOO원은 쟁점건물 신축의 총공사비가 아닌 사실이 확인된다.

  (라) 또한 처분청이 주장하는 건물기초가액 OOO원은 신축당시의 일반적인 공사비의 최소한의 산정금액 OOO에도 미치지 못하여 비현실적이다.

  (마) 따라서 처분청이 주장하는 쟁점건물의 장부상 기초가액 OOO원은 “취득당시 실지거래한 가액을 확인할 수 없는 경우”에 해당하므로, 취득당시의 환산가액을 적용하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점②토지 매매와 관련하여 청구인이 취득시 신고한 검인계약서의 금액과 전 소유자가 양도가액으로 신고한 금액이 동일하므로 「소득세법」제97조 제1항 제1호 가목 및 제7항과 같은 법 시행령 제163조 제11항에 따라 이를 쟁점②토지의 취득가액으로 결정한 처분은 적법하고, 실제 취득가액이 이와 다르다는 주장의 입증책임은 청구인에게 있으나 청구인이 이를 입증할 객관적인 금융거래내역 등 증빙자료를 제시하지 못하고 있다.

  (가) 「소득세법」제97조 제1항 제1호 가목 및 제7항과 같은 법 시행령 제163조 제11항에 의하면, 거주자가 부동산을 취득하고 거래가격으로 신고한 가액과 전 소유자가 양도소득세 신고한 양도가액이 동일한 경우 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다고 하고 있는바, 이 건의 경우 청구인이 쟁점②토지를 취득하고 취득세 신고시 제출한 검인계약서의 전산자료 조회내역 확인 결과, 2001.10.23. 전소유자로부터 쟁점②토지와 지상의 건물을 거래가격 OOO원에 취득하였다고 신고한 사실이 확인되고, 전소유자가 청구인에게 쟁점②토지를 양도한 후 신고한 양도소득세 신고내역을 살펴보면, 양도가액을 OOO원(실지거래가액)으로 하여 양도소득세를 신고하였고 신고내용과 동일하게 관할서에서 양도소득세 결정된 사실이 확인된다.

   따라서 청구인이 쟁점②토지를 취득하고 거래가격으로 신고한 가액과 전소유자가 양도소득세 신고한 양도가액이 동일하므로, 쟁점②토지의 취득가액을 실지거래가액 OOO원으로 경정한 처분은 적법하다.

  (나) 청구인은 쟁점②토지의 취득 전인 2001.10.17. 임차인인 OOO와 보증금 OOO원, 월세 OOO원에 쟁점②토지와 쟁점①토지 및 신축 예정이었던 쟁점건물을 임대하기로 하는 임대차계약을 하고, 전소유자에게 계약금으로 2001.10.19. OOO원, 2001.10.25. OOO원을 지급하였으며, 임차인 OOO에게 받을 보증금 일부인 OOO원과 청구인이 대출받은 OOO원으로 2001.10.23. 잔금을 지급하였다고 주장하나, 먼저 계약금으로 지급했다는 OOO원의 금융거래내역을 살펴보면, 계약금 중 OOO원은 잔금 지급일이 지난 2001.10.25. 인출하여 지급한 것으로 나타나, 통상 잔금일 이후에 등기상 소유권이전이 이루어지는 거래 관행에 비추어 볼 때, 청구인 명의로 등기이전한 2001.10.23. 이후에 전소유자에게 계약금을 지급하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 없고, 오히려 2001.10.19. 각 OOO원의 출금 거래시간이 약 3시간 차이가 있고, 통상적인 계약금은 매매대금의 OOO 정도임을 감안할 때, 전소유자에게 실지거래가액 OOO원의 계약금으로 OOO원을 지급하였다고 볼 수 있다.

   다음으로 잔금으로 지급했다고 주장하는 OOO원에 대하여 살펴보면 2001.10.23. 현금 OOO원이 지급된 사실이 확인되나, 약 6분 후 청구인의 OOO(135-******-08-*39) 계좌로 신규 입금된 사실이 확인되고, 청구인은 쟁점건물 임차인인 OOO에게 임대보증금 OOO원 중 일부인 OOO원을 자기앞 수표로 받아 잔금을 지급하여 금융 증빙이 없다고 주장하지만, 이에 대해 OOO에게 확인을 요청하지 않았으며 이 주장을 뒷받침할 구체적인 증빙서류 등도 제출하지 않았다.

< ㈜OOO (OOO :135-027***-03-510) 계좌거래내역 >

< 청구인 (OOO :135-016***-08-039) 계좌거래내역 >

  (다) 쟁점②토지의 전소유자가 쟁점②토지를 경락받은 취득가액 OOO원에 경비 일부를 포함한 금액인 OOO원에 양도하였다고 확인하고 있다.

   1) 전소유자의 배우자 임ㅇ호는 사업 확장을 목적으로 당시 청구인 소유의 쟁점①토지를 매입하기로 청구인과 약정하고 2001.5.29. 쟁점②토지를 경락받았으나, 청구인이 약정을 해지하면서 쟁점②토지가 필요 없게 되어 쟁점②토지를 경락받은 취득가액 OOO원에 경비 일부를 포함한 금액인 OOO원에 양도하였다고 진술하였다.

   2) 청구인은 취득 당시의 기준시가 및 감정평가액, 시가표준액, 임대차계약 현황 등과 비교해 보아 검인계약서상 거래금액이 이보다 낮기 때문에 이를 실지거래가액으로 볼 수 없다고 주장하지만, 전소유자가 쟁점②토지를 경락으로 취득하여 당시 기준시가 보다 저렴하게 취득한 사실을 청구인은 이미 인지하고 있었고, 전소유자가 보유한 5개월 동안 시세가 급등한 사실 없는 점 등을 고려할 때 청구인이 터무니없이 높은 가격으로 이를 취득할 것이라고 볼 수 없으며, 경락가액에 경비 일부를 더한 금액에 양도하였다는 전소유자의 진술은 신빙성이 있는 것으로 판단된다.

 (2) 청구인이 관할구청에 신고한 쟁점건물의 취득가액과 장부가액이 일치하고, 시공업체로부터 동일한 금액의 세금계산서를 발행한 사실이 확인되므로 이를 취득가액으로 결정한 처분은 적법하다.

  (가) 청구인은 노무비 및 각종 공사간접비 등으로 지출된 금액을 반영하지 않은 금액이므로 장부가액을 실지거래가액으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구인은 2019.3.26. 이의신청 당시에는 임차인인 OOO가 쟁점건물 신축을 전국 OOO 공통 규격에 맞는 방식으로 직접 건설한 후 보증금 OOO원 및 5년 임대료 합계액인 OOO원과 상계한 것으로 쟁점건물의 실제 취득가액은 OOO원이라고 주장하다가, 2019.8.27. 심판청구 시에는 청구인이 건축주로서 모든 책임과 공사비를 부담하였으나 임차인인 OOO가 실질적으로 공사를 진행하였고 노무비 및 각종 공사간접비로 OOO원 이상 지출되어 실제 취득가액은 OOO원이라고 주장하고 있는바, 청구인의 주장에 일관성이 없으며, 이와 관련하여 사실을 확인할 수 있는 자료(도급계약서 및 금융 증빙 등)를 미제출하여 청구인의 주장은 신뢰할 수 없다.

  (나) 쟁점건물 임대차계약서에 5년간 월세 합계액인 OOO원을 신축공사비용 지급 시 선지급금으로 한다는 내용이 있고, 공사비용 세금계산서는 청구인이 발급받았으며, 청구인이 이를 임대 사업용 자산으로 장부에 기장하고 매년 감가상각비 차감하여 종합소득세 신고한 사실이 확인된다.

   1) 처분청의 실지 조사 과정에서 청구인이 제출한 계약서에는 계약금, 잔금의 금액과 지급일자 및 임대계약 기간이 기재되지 않았고 쟁점건물을 임대인인 청구인의 책임 하에 신축한다고 되어 있고 OOO가 제출한 계약서는 계약금, 잔금, 지급일자, 계약기간이 기재되어 있으며 쟁점건물 신축은 임차인인 OOO의 책임 하에 시공한다고 되어 있어 서로 다른 부분이 있으나, 두 계약서 모두 임차인인 OOO가 월세 OOO원의 5년간 합계액 OOO원을 임대인인 청구인에게 신축 건물의 공사비용으로 선지급한다는 계약 내용은 일치한다.

< 청구인과 OOO가 제출한 임대차계약서 차이점 >

   2) 쟁점건물의 건축물 대장상 공사시공자인 ㈜인ㅇㅇㅇ건설(124-

81-7****)은 OOO의 OOO 대리점을 다수 공사한 업체로, 당시 청구인이 운영하던 OOO(119-**-6**)에 공사비용 OOO원에 대한 세금계산서 발급한 사실이 확인되며, 쟁점건물 취득 관련 도급계약서 등 서류는 공사시공자 및 금천구청이 문서 보존 기간 경과로 폐기하여 이를 확인할 수 없다.

  (3) 청구인이 장부가액이 과소 계상되었다고 주장하면서도 이에 대한 구체적인 증빙이 없고, 납세자가 신고한 내용에 탈루나 오류를 인정할 명백한 자료가 없는 한 납세자가 제출한 신고서 등은 진실한 것으로 추정되는 점 등을 종합하여 볼 때 청구인이 사업용 자산으로 장부에 기장하고, 감가상각비를 필요경비에 산입하여 양도 시점까지 매년 종합소득세 신고한 사실에 따라 쟁점건물의 취득가액을 장부가액으로 결정한 당초 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 검인계약서에 기재된 매매가액을 쟁점②토지의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

 ② 대차대조표에 기재된 장부가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

제96조[양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

제97조[양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자

산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑦ 제1항 제1호 가목을 적용할 때 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우

제100조[양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산 한다.

제114조[양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지] ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 (2) 소득세법 시행령

제163조[양도자산의 필요경비] ⑪ 법 제97조 제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

2. 거주자가 부동산 취득시 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조 제1항에 따른 부동산의 실제거래가격(이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정 신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2[추계결정 및 경정] ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항에 따른 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 아니한다)하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

 (3) 소득세법 시행규칙

제79조[양도자산의 필요경비 계산 등] ③ 영 제163조 제11항 제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 방법"이란 「부동산 거래신고에 관한 법률」 제3조 제1항에 따라 신고(「주택법」 제80조의2에 따른 주택 거래신고를 포함한다)한 실제거래가격을 관할 세무서장이 확인하는 방법을 말한다.

 (4) 부동산 거래신고 등에 관한 법률

제3조[부동산 거래의 신고] ① 거래당사자는 부동산등에 관한 매매계약을 체결한 경우 그 실제 매매가격 등 대통령령으로 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터 60일 이내에 그 부동산등(권리에 관한 매매계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산을 말한다)의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되지 아니한 시의 시장 및 특별자치시장과 특별자치도 행정시의 시장을 말한다. 이하 같다)ㆍ군수 또는 구청장(이하 "등록관청"이라 한다)에게 공동으로 신고하여야 한다. 다만, 거래당사자 중 일방이 신고를 거부하는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 단독으로 신고할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점부동산의 취득가액에 대하여 청구인이 신고하고 처분청이 경정한 가액은 다음과 같다.

<표1> 취득가액에 대한 청구인 신고 및 처분청 경정내역

<표2> 2016년 귀속 양도소득세 계산내역

 (2) 쟁점②토지의 등기부를 보면 쟁점②토지는 지목은 대이고 면적은 398.8㎡이며, 2001.5.29. 임의경매로 인한 낙찰을 원인으로 전소유자 김ㅇ희가 취득하였고, 2001.10.23. 매매를 원인으로 청구인에게 소유권이전된 것으로 나타나며, 쟁점건물의 등기부를 보면 쟁점건물이 2002.1.3. 소유권보존으로 등기접수되어 2016.11.2. 매매로 소유권이전된 것으로 나타나고, 일반건축물대장(갑)에 의하면 2001.12.28. 사용승인된 것으로 나타난다.

 (3) 쟁점②토지의 2001년 취득 당시 개별공시지가는 OOO원으로 검인계약서상 매매가액 OOO원보다 높은 것으로 확인된다.

 (4) 청구인이 제출한 쟁점②토지 검인계약서를 보면 매매대금은 OOO원, 계약금은 OOO원, 계약일은 2001.10.19., 잔금은 OOO원, 잔금 지급일은 2001.10.23.으로 나타난다.

 (5) 처분청이 과세근거로 제시한 심리자료는 다음과 같다.

  (가) 전소유자가 쟁점②토지에 대해 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였으나 매매계약서는 보존되지 않아 국세청 전산 자료로 실거래가액 OOO원이 확인되며, 청구인이 쟁점②토지의 취득 당시 관할구청장에게 제출한 검인계약서도 보존되어 있지 않아 관할구청에서 전산 자료로 조회한 내용을 보면 실지거래가액이 OOO원으로 확인된다.

  (나) OOO에서 확인한 청구인의 쟁점②토지의 취득 당시 취득세 과세표준 및 신고가액은 다음과 같고, 청구인이 신고한 가액 OOO원이 시가표준액 OOO원에 미달하여 구 「지방세법」 제111조 제2항에 따라 취득세는 시가표준액으로 산정되었음이 확인된다.

< OOO에서 회신한 쟁점②토지 취득세 과세표준>

  (다) 처분청이 2018.9.7. 전소유자 김ㅇ희에게 쟁점②토지에 대한 거래 사실 확인을 요청하자 배우자인 임ㅇ호는 유선으로 진술하였고 처분청에서 녹취한 내용은 다음과 같다.

< 전소유자(김ㅇ희)의 배우자(임ㅇ호)의 녹취내역보고서 일부 >

  (라) 전소유자는 2001.5.29. 쟁점②토지를 경락으로 취득하면서 OOO에서 OOO원을 대출(OOO원 근저당권 설정)받았고, 2001.10.23. 청구인에게 양도하면서 동 대출금은 양도와 동시에 상환하였는바, 전소유자 확인서(2018.9.18.) 및 대출내용은 다음과 같다.

< 전소유자 김ㅇ희 확인서 >

<전소유자 예금거래내역서 일부>

 <(해지포함)채무자별 보증/담보현황표 일부>

  (마) 쟁점②토지에 대한 등기부등본상의 근저당설정내역은 다음과 같고, 청구인의 2001.10.23. 쟁점②토지의 취득과 동시에 임차인은 OOO원의 근저당권을 설정하였으며, 이후 2002.1.9. 건물을 담보물건으로 추가로 설정한 것으로 확인된다.

  (바) 청구인의 쟁점②토지의 취득자금과 관련한 금융거래내역을 살펴보면 청구인이 대표이사로 운영 중인 ㈜OOO 명의의 당좌예금계좌에서 쟁점②토지의 계약일인 2001.10.19. 각각 OOO원이 대체지급되었고, 소유권이전등기일인 2001.10.23. OOO원의 현금이 인출되었으나 7분 후 청구인의 OOO 계좌 135-016021-08-***로 신규 입금되었으며, 2001.10.25. OOO원의 당좌수표가 인출된 것으로 확인된다.

<청구인 OOO계좌 :135-027940-03-*** 계좌거래내역 일부>

<청구인 OOO계좌 135-016021-08-*** 계좌거래내역>

  (사) 청구인은 쟁점②토지와 쟁점①토지에 건물을 신축하기로 하고 쟁점②토지의 취득 전인 2001.10.17. OOO OOO과 보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원에 임대차 계약을 체결하였고, 처분청이 임차인 OOO에게 임대보증금 지급 관련한 문의사항을 2018.9.19. 메일로 회신받은 주요 내용은 다음과 같다.

  (아) 청구인과 OOO와의 임대차계약에 대해 처분청이 OOO에 요청하여 회신받은 임대차계약서와 청구인이 제출한 임대차계약서는 임대보증금의 계약금, 잔금, 잔금일자 등 일부 내용에 있어 상이한 것으로 나타나고, 청구인이 제출한 2001.10.17. 작성된 임대차계약서(임대인 청구인, 임차인 OOO)의 주요내용은 다음과 같다.

  (자) OOO는 임대보증금 OOO원에 임대차계약하면서 쟁점②토지에 OOO원, 쟁점①토지에 OOO원의 저당권을 설정하였는바, 쟁점건물은 사용승인일인 2001.12.28. 다음해 2002.1.3. 보존등기되었고, 쟁점②토지에 기 설정된 저당권 OOO원에 추가로 공동담보로 근저당이 설정되었다.

  (차) 청구인이 OOO에 신고한 쟁점건물의 신고가액과 취득세· 등록세 납부내역은 다음과 같다.

  (카) 쟁점건물의 건축물대장을 보면 공사시공자는 ㈜인ㅇㅇㅇ건설(124-81-7****)로 나타나고, OOO의 조회결과 OOO의 다른 대리점에게 세금계산서를 다수 발행한 것으로 보아 OOO의 OOO 규격에 맞게 공사하는 업체로 확인되며, 당시 청구인이 운영하던 OOO(119-07-68**6)에 OOO원의 공사비용에 대한 세금계산서를 발급한 사실이 확인된다.

  (타) 국세청 전산자료에 의하면 청구인의 쟁점건물에 대한 임대사업자 등록 내역은 다음과 같다.

 (6) 청구인이 청구주장에 관한 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다.

  (가) 쟁점②토지의 취득자금과 관련하여 청구인이 제출한 금융거래내역을 보면, 청구인이 대표이사로 운영 중인 ㈜OOO 명의의 당좌예금계좌에서 쟁점②토지의 계약일인 2001.10.19. 각각 OOO원과 OOO원이 대체지급되었고, 소유권이전등기일인 2001.10.23. OOO원의 현금이 인출되었으며, 2001.10.25. OOO원의 당좌수표가 인출된 것으로 나타난다.

  (나) 2001.10.17. 쟁점건물의 임대차계약서를 보면, 임대인은 청구인, 임차인은 OOO로 목적물은 OOO 및 신축 예정 2층 건물 중 1, 2층 전부이고, 계약조건은 임대보증금 OOO원, 월세 OOO원으로, 5년치 월세 OOO원을 신축건물의 공사비용 지급시 선지급금으로 하여 지급하며, 이에 대해 청구인은 세금계산서를 발급한다고 나타난다.

 (7) 청구인과 대리인이 2019.11.26. 조세심판관회의에 출석하여 청구인이 쟁점②토지의 취득과정에서 쟁점②토지에 OOO을 개설하려는 OOO로부터 임대보증금 OOO원과 5년치 월세 선수금 OOO원을 지급받아 토지대금 OOO원과 건물신축비용 OOO원을 사용하였는데, 쟁점건물과 관련하여 세금계산서를 발급한 것은 ㈜OOO에서 수행한 골조공사에 대한 부분이고, 나머지 조적공사, 전기공사, 상하수도공사 등 추가로 OOO원 이상 소요된 부분은 증빙이 없어 장부상 계상하지 못하였다는 취지로 진술하였다.

 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 검인계약서의 기재금액인 OOO원은 다운계약서의 금액이므로 쟁점②토지의 취득당시 실지거래가액이 아니라고 주장하나, 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 매매계약의 내용대로 작성되었다고 추정되고 검인계약서가 실제 계약 내용과 다르다는 주장에 대한 입증은 청구인에게 있으나, 청구인이 쟁점②토지의 취득 당시 실거래가액이 검인계약서상 기재액과 다르다고 주장하면서 이를 확인할 수 있는 금융거래내역 등 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점, 쟁점②토지를 청구인에게 양도한 전소유자의 양도소득세 신고내용을 처분청이 조회한 바에 의하면, 전소유자가 쟁점②토지를 1년 미만 단기보유(2001.5.29. 경락으로 취득, 2001.10.23. 양도)하고 양도소득세를 실지거래가액으로 신고하면서 양도가액을 OOO원으로 신고한 것으로 나타나고 있어 검인계약서상의 내용과 동일하게 양도가액을 신고한 것으로 확인되며, 전소유자가 쟁점②토지의 대한 거래사실을 확인한 점 등이 비추어 처분청이 검인계약서에 기재된 가액을 쟁점②토지의 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「소득세법」제96조, 제114조 등에서는 양도소득의 과세표준과 세액을 결정함에 있어 양도가액과 취득가액은 실지거래가액에 따라 정하는 것이 원칙이되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있도록 하고 있고, 「소득세법 시행령」제176조의2 제1항에서는 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 가액을 결정 또는 경정할 수 있도록 하고 있다.

   한편, 납세의무자가 작성하여 비치하고 있는 장부에 자산 가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수는 없다 할 것이고(대법원 1988.2.9. 선고 87누536 판결 등 참조), 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있으므로, 청구인이 양도가액에 대하여는 실지거래가액으로 하면서 취득가액에 대하여는 그 증빙의 미비 등으로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 신고한 경우에도 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 관하여는 과세관청이 이를 입증하여야 하고, 이를 입증하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수 밖에 없다 할 것이다(서울고등법원 2015.6.23. 선고 2015누30106 판결 참조).

   이 건의 경우 처분청은 청구인이 관할구청에 신고한 쟁점건물의 취득가액과 장부가액이 일치하고, 시공업체로부터 동일한 금액의 세금계산서를 발행한 사실이 확인되므로 이를 취득가액으로 결정한 처분은 적법하다는 의견이나, 청구인은 쟁점건물이 2002.1.3. 준공된 철골조 연면적 922.9㎡ 평스라브 2층 건물이고, 노무비 및 각종 공사 간접비 등으로 총 OOO원 정도 소요되었으나, 공사계약서 및 공사 관련 영수증 등 증비서류를 확인할 수 없어 정확한 총 공사비용 산출은 불가능하다고 주장하고 있는 점, OOO와의 임대차계약서 제1조 제2항에서 5년 치 월세 OOO원을 신축건물의 공사비용 지급시 선지급금으로 하며 청구인이 세금계산서를 발급한다고 기재되어 있는 점, 청구인은 장부가액이 신축당시의 일반적인 공사비의 최소한의 산정금액인 OOO에도 미치지 못하여 비현실적이라고 주장하고 있고, 장부가액 상 평당 건축비 OOO은 건물신축단가표(OOO, 2000년 4월 발행)상 점포 및 상가용도의 철골조, 슬라브지붕 구조 건물의 평당 공사비인 OOO원과 차이가 있는 점, 청구인과 대리인이 2019.11.26. 조세심판관회의에 출석하여 전체 공사비는 약 OOO원이 소요되었는데, 세금계산서를 발급한 것은 ㈜OOO에서 수행한 골조공사에 대한 부분이고, 나머지 조적공사, 전기공사, 상하수도 공사 등 추가로 소요된 부분은 증빙이 없어 장부에 계상하지 못하였다고 하는 진술한 정황 등으로 보아 쟁점건물의 장부가액은 그 자산의 실지취득가액이라고 보기 어렵다고 보이므로 쟁점건물의 취득가액을 환산가액으로 하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.