주 문

 OO세무서장이 2018.1.23. 및 2018.3.6. 청구법인에게 한 2012년 제2기부터 2015년 제1기까지의 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은 운행형태가 고속형이라는 시외버스 운송용역에 대하여 부가가치세 면세대상으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1921.3.28. 설립되어, OO시에서 시외버스 운수업을 주업으로 영위하는 법인이다.

나. 처분청은 2017.8.21.~2017.10.31. 기간 동안 청구법인에 대하여 세무조사를 실시(대상기간 : 2012.1.1.～2015.12.31.)한 후, 청구법인이 공급한 여객운송용역 중 운행형태가 고속형인 용역을 부가가치세 과세대상으로 보고, 청구법인이 공급하는 부동산 임대용역에 대한 세금계산서 미발급 및 부동산임대공급가액명세서 미제출에 대한 가산세를 포함하여 2018.1.23. 2012년 제2기 부가가치세 OOO원(위 고속형 여객운송용역 관련 부가가치세는 OOO원이고, 이하 “쟁점부가가치세”라 한다)을 결정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점부가가치세는 부가가치세가 면세되는 직행형 시외버스 운송용역을 제공한 것으로 부가가치세가 과세되는 고속버스 운송용역으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

  (가) 당초 부가가치세법 시행령 제37조에서 ‘고속버스여객자동차사업’에 대하여는 부가가치세를 면세하지 않는 것으로 규정하다가, 자동차운수사업법의 개정으로 1997.1.1. 시행령을 개정하여 ‘운행형태가 고속인 시외버스운송사업’에 대하여 면세하지 않는 것으로 개정하였으며, 2015.4.1. 고속버스가 부가가치세가 면세되고 있는 시외버스 등과 유사한 대중교통 수단인 점을 감안하여 과세형평성 측면에서 고속버스 운송용역에 대하여도 면세로 전환하고 ‘우등고속버스운송사업’에 대하여만 면세하지 않는 것으로 개정하였다.

  (나) 「여객자동차 운수사업법」(이하 “운수법”이라 한다)에서는 시외버스운송사업의 운행형태를 고속형·직행형 및 일반형 등으로 그 운행형태를 구분하면서, 고속형 시외버스(이하 “고속버스”라 한다) 운송사업의 면허는 국토교통부장관이, 직행형 시외버스(이하 “직행버스”라 한다) 및 일반형시외버스 운송사업의 면허는 시·도지사에게 위임하고 있으며, 동 법 제17조에서는 각 운행형태별로 시외버스 자동차의 바깥쪽에 운송사업자의 명칭, 기호와 운행형태인 ‘고속’ 또는 ‘직행’, ‘일반’이라고 표시하도록 규정하고 있고, 청구법인은 설립이후 현재까지 운수법 규정에 따라 OO도지사로부터 직행형여객자동차운송사업 면허를 받은 후 운행하는 버스에 ‘직행’이라는 표시를 하고 여객을 운송하고 있다.

   (다) 과거 운수법 시행령 제2조에서는 자동차운송사업을 시내버스운송사업과, 고속버스운송사업, 시외버스운송사업으로 구분하고 있으며, 「부가가치세법」에서는 과세되는 고속버스운송사업에 대한 명확한 정의를 하고 있지 않으나, 국세청에서는 1980.12.17. 시외버스 허가를 받아 고속직행버스로 여객운송용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것으로 해석(국세청 부가 1265-2704, 1980.12.17.)하고 있다. 이러한 법령해석은 시·도지사로부터 직행버스로 허가를 받은 후 고속버스와 유사한 형태인 고속직행버스로 여객운송용역을 제공하는 경우에는 부가가치세가 면세되고, 국토교통부장관으로부터 고속버스로 허가를 받은 후 공급하는 여객운송용역은 과세되는 것으로 보아야 할 것이다.

    청구법인은 이에 따라 청구법인이 OO도지사로부터 직행버스운송사업에 대한 면허를 받아 제공하는 시외버스 운송용역에 대하여 설립일 이후 현재까지 부가가치세가 면세되는 용역으로 보아 부가가치세를 거래징수 하지 않았으며 신고 또한 면세용역으로 신고하여 왔다.

  (라) 1998.6.24. 운수법 시행령이 개정되어 시외버스의 운행형태를 고속형, 직행형, 일반형으로 구분한 이후에도 「부가가치세법」에서는 1997.1.1. 운수법 개정에 따라 ‘고속버스여객자동차사업’에서 ‘운행형태가 고속인 시외버스운송사업’으로 조문정리를 하였을 뿐 과세대상이나 과세범위의 변동은 없었으며, 국세청장의 법령해석은 “시외버스운송사업 중 그 운행형태가 운수법 시행규칙 제7조 제5항 제1호에서 규정하는 고속형인 운송용역을 제공하는 경우 과세되는 것으로 해석”(국세청 법규과-2208, 2008.5.20.)하고 있으나, 이러한 해석 내용은 종전 「부가가치 세법」에서 규정하던 고속버스 여객자동차사업이 운수법 개정으로 고속형시외버스로 용어가 변경됨에 따른 것일 뿐 새로이 부가가치세가 과세되는 것으로 변경되었다고 볼 수는 없다.

  (마) 운수법에서 규정하는 고속버스는 국토교통부장관의 면허를 득할 것과 운행거리가 100킬로미터 이상이고, 운행구간의 60퍼센트 이상을 고속국도로 운행하며, 기점과 종점의 중간에서 정차하지 아니할 것 및 운행하는 버스에 ‘고속’이라는 표시를 할 것을 규정하고 있으나, 처분청은 위 요건 중 운행거리가 100킬로미터 이상이고, 운행구간의 60퍼센트 이상을 고속국도로 운행하며, 기점과 종점의 중간에서 정차하지 아니한다는 이유만으로 쟁점부가가치세를 과세하였다.

    처분청의 의견이 타당하다면, 국토교통부장관의 면허를 받아 OOO 등 100킬로미터 미만을 운행하는 고속버스는 운수법에서 규정하는 고속버스의 요건에 부합하지 않으므로 부가가치세가 면세되어야 하나, 부가가치세법 시행이후 2015.4.1. 시행령 개정이전까지 국토교통부장관의 면허를 받은 고속버스라는 이유로 근거리 운송용역에 대하여 부가가치세를 과세하여 왔으며 처분청도 이를 부인하지는 않고 있다.

  (바) 처분청은 청구법인이 제공하는 운송용역의 부가가치세 과세여부에 대하여 국세청에 법령해석을 요청하였고, 국세청장은 청구법인이 제공하는 운송용역이 부가가치세가 과세되는 고속형 시외버스에 해당하는지 여부를 국토교통부에 질의한 후 그 회신 내용에 따라 처리하라고 회신하였으며, 이에 따른 국토교통부장관의 회신 내용은 면허권자인 시·도지사로부터 노선을 받은 후 면허된 사항과 달리 노선을 임의로 단축하여 운행하였다 하여도 이는 여객법령 위반 여부가 문제되는 사항일 뿐 면허권자인 OO도지사가 면허한 노선의 운행형태(직행형 및 일반형)에는 영향을 미치지 않는다고 회신 하여 청구법인의 여객운행형태는 직행형 시외버스에 해당함을 명확히 하였다.

  (사) 따라서, 국토교통부장관이 아닌 OO도지사로부터 직행버스로 면허를 받아 청구법인이 제공하는 운송용역은 운수법 시행규칙 제7조 제5항 제1호에서 규정하는 고속버스에 해당하지 않으므로 부가가치세가 면세되는 것이 타당하나, 처분청은 청구법인의 차량이 일반고속버스와 유사하게 고속도로를 이용하여 여객을 운송한다는 사실에 근거하여 고속버스 여객운송용역으로 보아 과세한 것이므로 쟁점부가가치세는 취소되어야 한다.

 (2) 쟁점부가가치세 부과처분은 「국세기본법」제15조에 따른 신의성실의 원칙 및 「국세기본법」제18조에 따른 세법 해석의 기준 및 소급과세 금지의 원칙을 위배한 것으로 취소되어야 한다.

  (가) 국세청이 1980.12.17 시외버스 허가를 받아 고속직행버스로 여객운송용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것으로 해석한 이 후 청구법인을 비롯하여 국토교통부장관이 아닌 시·도지사로부터 시외버스 운송면허를 받은 전국의 모든 시외버스운송용역 제공 사업자는 청구법인과 동일한 운행형태의 운송용역에 대하여 현재까지 부가가치세가 면세되는 용역으로 보아 신고하고 있다.

  (나) 청구법인 또한 설립이후 현재까지 동일한 운송용역에 대하여 부가가치세가 면세되는 것으로 보아 신고하여왔으며, 그동안 수차례 처분청으로부터 세무조사를 받았으나 청구법인이 제공하는 운송용역에 대하여 한차례도 부가가치세 과세처분을 받은 사실이 없으며. 국세청의 법령해석이 있은 1980.12.17.이후 현재까지 청구법인과 동일하게 시·도지사로부터 면허를 받아 여객운송용역을 제공하는 전국의 시외버스여객운송사업자 중 부가가치세가 과세되는 것으로 보아 신고·납부한 여객운송회사도 없었으며, 과세당국에서 세무조사 등으로 과세처분한 사실 또한 전국에서 이 건 과세처분 이외에는 없다.

  (다) 관련 법령의 변경으로 인하여 과세여부가 변경되면 당연히 세법도 그에 맞게 개정되어야 마땅하며, 세법의 개정 없이 운수법의 개정에 따라 과세여부가 결정되는 것은 법적 안정성을 해칠 뿐만 아니라 조세법률주의에도 위배되는 것이다.

  (라) 대법원에서는 신의성실원칙의 적용요건으로, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표방하고, 이에 대한 납세자의 귀책사유가 없을 것과 과세관청이 예전의 견해표명에 반하여 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것(대법 95누 18383, 1997.3.30.)을 요건으로 하고 있는 바, 시외버스 허가를 받아 고속직행버스로 여객운송용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것으로 해석한 과세관청의 공적인 견해표명이 있었고, 이에 따라 청구법인을 포함한 전국의 여객운송사업자가 시·도지사로부터 면허를 받은 직행버스 운송용역은 부가가치세가 면세되는 것으로 알고 부가가치세를 거래징수하지 아니한 것에 대하여 청구법인을 포함한 전국의 직행버스 운송사업자에게 귀책사유가 없음에도 이에 반하여 이 건 과세처분을 하여 청구법인의 이익이 침해되는 결과가 초래된 것이므로 명백하게 신의성실의 원칙을 위배한 것으로 쟁점부가가치세에 대한 과세처분은 마땅히 취소되어야 한다.

  (마) 시외버스 요금의 부가가치세 면제 규정은 서민들의 주요 이동수단인 시외버스의 운임에 부가가치세를 면제해 줌으로써 서민의 교통비 부담을 줄여주기 위한 것으로 2015.4.1. 이후 공급하는 용역부터는 우등고속버스 운송용역을 제외한 일반고속버스 운송용역에 대하여도 부가가치세가 면세되는 것으로 부가가치세법이 개정되었으며, 개정취지에서 고속버스는 부가가치세가 면제되고 있는 시외버스 등과 유사한 대중교통수단인 점을 감안하여 과세형평성 측면에서 면제하는 것으로 밝히고 있는 바, 과세관청도 청구법인의 운송용역과 같이 직행버스로 면허를 받은 후 고속직행버스로 여객운송용역을 공급하는 경우 부가가치세가 면세되는 것으로 인식하고 있었음을 알 수 있으며, 이에 따라 과세 형평성 측면에서 일반고속버스의 운송용역까지 면세범위를 확대 적용하는 것으로 볼 수 있다.

  (바) 따라서, 이러한 입법취지와 달리 세법을 해석 적용함으로서 청구법인과 동일한 운송용역을 제공하고 있는 전국의 운송사업자 중 청구법인에게만 과세하는 것은 과세의 형평성을 위배하는 것임은 물론 해당 법 조항의 합목적성과도 맞지 않을 뿐만 아니라 청구법인의 재산권을 부당하게 침해한 것으로 취소되어야 한다.

  (사) 대법원에서는 과세관청이 과세할 수 있는 점을 알면서도 납세자에 대하여 불과세를 시사하는 언동이 있었고, 또 어떠한 공익상 필요해서 상당기간 이를 부과하지 아니함으로써 납세자가 그것을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정할 만한 사정이 있는 때에 비과세 관행이 성립되었다고 인정할 여지가 있는 것으로 판단(대법원 85누1009, 1986.6.10.)하고 있는 바, 처분청의 주장과 같이 청구법인의 운송용역 제공이 사실상 고속버스운송용역으로 과세대상이 된다고 하여도 시외버스 허가를 받아 고속직행버스로 여객운송용역을 제공하는 것은 부가가치세가 면제되는 것이란 국세청장의 법령해석에 대한 견해표방에 따라 청구법인을 포함한 전국의 직행버스 운송사업자가 부가가치세가 면세되는 용역으로 보아 신고하여 왔으며, 과세관청에서도 부가가치세법 시행 이후 청구법인과 같은 직행버스 운송용역에 대하여 이 건 처분을 제외하고 현재까지 단 한 건의 과세처분 사실도 없었던 것은 청구법인을 포함하여 전국의 운송사업자에게 시·도지사로부터 면허를 받은 직행버스운송용역은 면세되는 것이라는 관행이 일반적으로 전국의 운송업자에게 받아들여졌다고 보아야 하므로 세법의 개정 등 과세에 대한 견해표명 없이 이루어진 이 건 부가가치세 과세처분은 새로운 해석에 따라 과세하겠다는 과세관청의 의견 표명으로 소급과세에 해당하는 것이므로 취소되어야 한다.

(3) 위의 청구주장들이 받아들여지지 않을 경우, 쟁점부가가치세에 대한 가산세는 취소되어야 한다.

  (가) 처분청의 주장과 같이 청구법인의 여객운송용역이 부가가치세가 과세되는 고속버스운송용역에 해당한다 하여도 부가가치세법 시행이후 현재까지 청구법인과 같은 운송용역에 대하여 전국의 모든 여객운송사업자가 부가가치세가 면제되는 것으로 신고하여왔고, 과세관청에서도 과세한 사실이 없어 청구법인을 포함한 전국의 모든 여객운송회사가 시·도지사가 면허한 직행버스의 운송용역이 면세라는 인식을 하고 있다.

  (나) 따라서, 청구법인이 OO도지사로부터 직행버스로 면허를 받은 후 제공한 운송용역에 대하여 청구법인 설립이후 부가가치세가 면세되는 것으로 신고하여 왔으며, 그동안 청구법인에 대한 수차례 세무조사에서도 부가가치세 과세처분을 받은 사실이 없어 청구법인이 제공하는 직행버스운송용역에 대하여 부가가치세가 면세되는 것으로 판단하였으므로 청구법인에게 부가가치세를 거래징수 하지 않고, 신고납부하지 않은 데 대한 정당한 사유가 있는 것이므로 쟁점부가가치세에 포함된 가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인은 시외버스 운송허가를 OO도지사로부터 직행형으로 받고서 고속형으로 운송용역을 제공한 부분은 「부가가치세법」 제26조 제1항 제7호에 따른 과세대상 매출에 해당한다.

  (가) 「부가가치세법」제26조 제1항 제7호에서 여객운송용역 중 고속버스는 부가가치세 면제대상에서 제외하도록 규정하고 있고, 「부가가치세법 시행령」제37조 제1항에서 법 제26조 제1항 제7호 단서에 따른 고속버스에 의한 여객운송용역은 다음 각 호의 용역으로 한다고 규정하고 있고, 같은 항 제2호 및 그 가목에서 운수법에 따른 여객자동차 운수사업 중 운행형태가 고속인 시외버스 운송사업을 명시하고 있어 이는 부가가치세 면세대당에 해당하지 아니한다.

   (나) 청구법인은 2012.7.1∼2015.3.31. 기간 동안 시외버스 운송용역 매출액 약 OOO원을 전액 면세매출로 신고하였으나 처분청이 OO은행 후불고속도로 하이패스자료를 확보하여 시외버스 운행경로를 정밀 분석한 결과, 아래 <표1>와 같이 4개 운행노선에 대하여 당초 OO도지사로부터 시외버스 직행형 허가를 받고서 운행노선을 단축하여 고속형 시외버스 운송사업을 한 매출액 약 OOO원(공급대가)을 확인하였다.

<표1> 청구법인의 고속형 운송용역 내역

  (다) 국세청은 시외버스 허가를 받아 고속직행버스로 공급하는 여객운송용역은 부가가치세 면제대상으로 해석(국세청 부가1265-2704, 1980.12.17)하고, 시외버스 운송사업 중 그 운행형태가 운수법 시행규칙 제7조 제5항 제1호에서 규정하는 고속형인 운송용역을 제공하는 경우 과세됨으로 해석(법규과-2208, 2008.5.20)하고 있어 고속형으로 운행하는 운수용역은 과세매출로 보아 「부가가치세법」제26조 제1항 제7호에 따라 부가가치세를 과세함이 타당하다.

  (라) 처분청은 청구법인이 제공하는 운송용역의 부가가치세 과세여부에 대하여 국세청에 2017.9.27. 과세기준자문을 의뢰하였으나 국토교통부에 질의한 후 그 회신내용에 따라 처리하라고 회신하였고(법령해석과-3117, 2017.10.30), 이에 국토교통부에 질의결과 “청구법인의 운행형태에 따른 부가가치세 과세여부는 부가가치세법 법령에 따라 과세관청인 처분청이 판단할 사항으로 보인다”고 회신(국토교통부 대중교통과-6549, 2017.11.13)하였는바, 해당 운송용역이 「부가가치세법」상 과세대상인지 여부는 처분청이 사실판단할 사항임을 분명히 하였다.

 (2) 과세관청은 고속(형)버스에 의한 운송용역은 부가가치세 과세대상으로 보아 왔는바, 신의성실의 원칙을 위배한 사실이 없고, 개정된 세법의 규정을 소급하여 적용하여야 한다는 청구주장은 새법해석의 기준에 어긋나므로 받아들일 수 없다.

  (가) 청구법인은 국세청의 1980.12.17. 질의회신(국세청 부가 1265-2704) 이후 현재까지 고속형 시외버스 운송용역 제공시 부가가치세 면세대상으로 해석하여 왔으므로 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 위 질의회신문상 부가가치세 면제대상으로 해석한 ‘고속직행버스’의 범위는 당시 운수법에 따라 판단하여야 하고, 동 법령에서 ‘고속버스’는 ‘시외버스’와 별도로 구분하고, 시외버스의 운행형태를 일반형과 직행형으로 구분하고 있었으므로 위 질의회신에서 말하는 ‘고속직행버스’는 직행형 시외버스를 의미하는 것으로 봄이 타당하다.

  (나) 1991년 운수법의 개정으로 개정 전 운송사업의 종류가 시내버스, 시외버스(일반형, 직행형), 고속버스로 구분되어 있던 것이 개정 후 시내버스, 농어촌버스, 마을버스, 시외버스(일반형, 직행형, 고속형)로 구분되면서 고속버스의 별도 구분이 사라지고 시외버스의 운행형태 중 하나인 ‘고속형’ 시외버스로 편입되었고, 「부가가치세법」은 1996년 개정되면서 관련 면세제외 범위가 ‘고속버스’에서 개정 후 ‘실제 운행형태가 고속형인 시외버스’로 개정되었는바, 이는 그 표현만 바뀌었을 뿐 고속버스 운송용역에 대하여 부가가치세가 과세됨을 일관되게 유지하고 있으므로 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙을 위배한 것으로 볼 수 없다.

  (다) 설사, 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못알고 비과세결정을 하였더라도 이를 번복하고 다시 과세처분을 하는 것도 그 부과처분이 신의성실의 원칙이나 금반언의 법리에 반하여 위법하다고 할 수는 없다는 대법원의 판례(대법원 1991.10.22. 선고 90누 9630 판결 등 참조)도 있다.

  (라) 청구법인은 2015.2.3. 「부가가치세법」 개정 후 2015.4.1. 이후 공급분부터 시외버스와 고속버스 간의 과세형평성을 고려하여 우등버스를 제외하고 부가가치세를 면세하도록 하고 있는바, 그 이전 과세기간에 대한 이 건 부과처분이 세법해석의 기준에 어긋나는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 과세형평 등을 이유로 개정세법을 소급적용하여 부가가치세를 면세할 수 없다.

  (마) 또한, 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라 함은 성문화의 여부에 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 확신하게 된 때를 말하며, 명백한 법령위반인 경우는 제외(「국세기본법 기본통칙」18-0···1, 2004.2.19)되는 것인바, 고속형 여객운송용역에 대하여 청구주장과 같은 국세행정의 관행이 존재하지 않고, 설령 그러한 관행이 존재한다고 하더라도 명백한 법령위반이므로 이 건 부과처분이 소급과세금지의 원칙을 위배한 것으로 볼 수 없다.

  (3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 부과하는 행정상 제재이고, 이를 면제할 정당한 사유가 없으므로 이 건 가산세 부과처분은 적법하다.

  (가) 청구법인은 설립 이후 운수용역을 부가가치세 면세매출로 신고하여 왔고, 그동안 수차례 세무조사에서도 부가가치세가 추징된 사실이 없으므로, 고속형 운송용역 공급대가에 대하여 부가가치세를 신고․납부하지 않은 데에 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인에 대하여 과거 세무조사를 실시하고도 부가가치세 과세하지 못한 것은 버스 운행경로를 정밀하게 확인할 수 있는 전산시스템이 구축되기 이전의 시기여서 실제 운행형태를 조사하기 어려웠기 때문이다.

  (나) 청구법인이 시외버스 운송용역 중 고속형인 운행형태에 해당하는 부가가치세 과세대상 매출을 면세대상으로 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 무지 내지 오해에 불과하여 부가가치세 신고·납부의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 이 건 가산세 부과를 면제하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 청구법인의 여객운송용역 중 운행형태가 고속형인 용역이 부가가치세 과세대상인지 여부

 ② 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 및 세법해석의 기준을 위배하였는지 여부

 ③ 이 건 가산세 부과를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법

제26조[재화 또는 용역의 공급에 대한 면세] ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

7. 여객운송용역. 다만,항공기, 고속버스, 전세버스,택시,특수자동차, 특정선박 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제37조[면세하지 아니하는 항공기, 고속버스 등에 의한 여객운송용역의 범위] 법 제26조 제1항 제7호 단서에 따른 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박 또는 고속철도에 의한 여객운송용역은 다음 각 호의 용역으로 한다.

2.「여객자동차 운수사업법」에 따른 여객자동차 운수사업 중 다음 각 목의 여객자동차 운수사업에 제공되는 자동차에 의한 여객운송용역

 가. 운행형태가 고속인 시외버스운송사업

(3) 여객자동차운수사업법

제4조[면허 등] ① 여객자동차운송사업을 경영하려는 자는 사업계획을 작성하여 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 면허를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 여객자동차운송사업을 경영하려는 자는 사업계획을 작성하여 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사ㆍ특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)의 면허를 받거나 시ㆍ도지사에게 등록하여야 한다.

② 제1항에 따른 면허나 등록을 하는 경우에는 제3조에 따른 여객자동차운송사업의 종류별로 노선이나 사업구역을 정하여야 한다.

③ 국토교통부장관 또는 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 면허나 대통령령으로 정하는 여객자동차운송사업을 등록하는 경우에 필요하다고 인정하면 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 운송할 여객 등에 관한 업무의 범위나 기간을 한정하여 면허(이하 "한정면허"라 한다)를 하거나 여객자동차운송사업의 질서를 확립하기 위하여 필요한 조건을 붙일 수 있다.

제17조[자동차 표시] 운송사업자는 여객자동차운송사업에 사용되는 자동차의 바깥쪽에 운송사업자의 명칭, 기호, 그 밖에 국토해양부령으로 정하는 사항을 표시하여야 한다.

제75조[권한의 위임] ① 국토교통부장관은 이 법에 따른 권한의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 시·도지사에게 위임할 수 있다.

(4) 여객자동차운수사업법 시행령

제3조[여객자동차운송사업의 종류] 법 제3조 제2항에 따라 같은 조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 노선 여객자동차 운송사업과 구역 여객자동차 운송사업은 다음 각 호와 같이 세분한다.

1. 노선 여객자동차운송사업

 라. 시외버스운송사업 : 운행계통을 정하고 국토교통부령으로 정하는 자동차를 사용하여 여객을 운송하는 사업으로서 가목부터 다목까지의 사업에 속하지 아니하는 사업. 이 경우 국토교통부령이 정하는 바에 따라 고속형·직행형 및 일반형 등으로 그 운행형태를 구분한다.

제37조[권한의 위임] ① 국토교통부장관은 법 제75조 제1항에 따라 다음 각 호의 권한을 시·도지사에게 위임한다.

1. 법 제4조에 따른 여객자동차운송사업(운행형태가 광역급행형인 시내버스운송사업 및 고속형인 시외버스운송사업은 제외한다)의 면허

(5) 여객자동차운수사업법 시행규칙

제7조[시내버스운송사업 등의 노선 구역 등] ⑤ 영 제3조 제1호 라목에 따른 시외버스운송사업의 운행형태는 다음 각 호와 같다.

1. 고속형 : 별표 1 제2호 가목 또는 나목에 따른 시외고속버스 또는 시외우등고속버스를 사용하여 운행거리가 100킬로미터 이상이고, 운행구간의 OOO트 이상을 고속도로로 운행하며, 기점과 종점의 중간에서 정차하지 아니하는 운행형태. 다만, 다음 각 목의 경우에는 운행계통의 기점과 종점의 중간에서 정차할 수 있다.

 가. 고속국도 주변이용자의 편의를 위하여 고속국도변의 정류소에 중간 정차하는 경우

 나. 국토교통부장관이 이용자의 교통편의를 위하여 필요하다고 인정하여 기점 또는 종점이 있는 특별시·광역시 ·특별자치시 또는 시·군의 행정구역안의 각 1개소에만 중간정차하는 경우. 다만 특별시·광역시 ·특별자치시 또는 시·군의 행정구역 안의 중간 정차지와 기점 간 또는 중간정차지와 종점간의 이용승객은 승·하차시킬 수 없다.

 다. 고속국도 휴게소의 환승정류소에서 중간정차하는 경우

2. 직행형 : 별표 1 제2호 다목 또는 라목에 따른 시외우등직행버스 또는 시외직행버스를 사용하여 기점 또는 종점이 있는 특별시·광역시 ·특별자치시 또는 시·군의 행정구역이 아닌 다른 행정구역에 있는 1개소 이상의 정류소에 정차하면서 운행하는 형태. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 경우에는 정류소에 정차하지 않고 운행할 수 있다.

 가. 운행거리가 100킬로미터 미만인 경우

 나. 운행구간의 OOO 미만을 고속국도를 운행하는 경우

3. 일반형 : 별표 1 제2호 마목 또는 바목에 따른 시외우등일반버스 또는 시외일반버스를 사용하여 각 정류소에 정차하면서 운행하는 형태

제39조[자동차에 표시하여야 하는 사항] ① 법 제17조에서 "그 밖에 국토교통부령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 구분에 따른 사항을 말한다.

1. 시외버스의 경우에는 다음 각 목의 사항

 가. 고속형 : "고속"

 나. 우등고속형 : "우등고속"

 다. 직행형 : "직행"

 라. 일반형 : "일반"

(6) 국세기본법

제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청 청구법인에 대하여 2017.8.21.~2017.10.31. 기간 동안 세무조사(대상기간 : 2012.1.1.~2015.12.31.)를 실시하여 청구법인이 공급한 여객운송용역 중 운행형태가 고속형(무정차, 운행거리 100km 이상, 고속도로 경유 60% 이상, 승차인원 30인 이상)인 4개 운행노선의 운송용역OOO을 부가가치세 과세대상으로 보고 청구법인에게 2012년 제2기분～2015년 제1기 예정분 이 건 쟁점부가가치세를 부과하였다.

 (2) 위 부가가치세 과세기간에 시행되던 「부가가치세법」제26조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제37조 제1항 제2호 가목에서 운수법에 따른 여객자동차 운수사업 중 운행형태가 고속인 시외버스 운송사업에 대하여는 부가가가치세를 면제하지 않도록 규정하고 있었다.

 (3) 국세청은 1980.12.17. 시외버스 허가를 받아 ‘고속직행버스’로 여객운송용역을 공급하는 경우 부가가치세가 면제된다고 해석(국세청 부가1265-2704)한 바 있고, 국세청은 2008.5.20. 사업자가 운수법 시행령 제3조 제1호 라목에서 규정한 시외버스 운송사업 중 그 운행형태가 같은 법 시행규적 제7조 제5항 제1호에서 규정하는 고속형인 운송용역을 제공하는 경우 「부가가치세법 시행령」제31조 제2호 가목의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이라고 해석(국세청 법규과-2208, 2008.5.20.)한 바 있다.

 (4) 운수법상 고속형과 직행형 시외버스의 구분 기준은 다음과 같다.

 (5) 1998.6.24. 개정된 운수법 시행령 제3조에서 시외버스 운행형태를 고속형, 직행형, 일반형으로 구분하고 있고, 동 개정 전에는 운수법상 운행형태를 고속, 직행, 일반으로 구분하고 있었다.

 (6) 국토교통부의 처분청 질의에 대한 회신문(국토교통부 대중교통과-6549, 2017.11.13.)을 보면,

   “운수법 제4조 제1항에 따르면 여객자동차운송사업을 경영하려는 자는 사업계획을 작성하여 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 면허를 받아야 하며, 운수법 제75조 제1항 및 같은 법 시행령 제37조 제1항 제1호, 같은 호 시행규칙 제3조 제1항에 따라 일반형․직행형 시외버스 운송사업의 면허권은 운송사업자의 주사무소 소재지의 도지사에게 위임되어 있습니다.

   운수법의 법리에 따른다면 면허권자가 면허한 노선의 운행형태와 실제 운행형태는 별개의 사항으로 법인사업자 A(청구법인)가 OOO로부터 노선면허를 받은 후, 면허된 사항과 달리 노선을 임의로 단축하여 운행하였다면 면허권자의 인허가를 받지 아니한 사업계획 변경으로 여객법령 위반 여부가 문제되는 사항일 뿐 면허권자인 OO도지사가 면허한 노선의 운행형태에는 영향을 미치지 않는다고 보아야 합니다.

   이와 별도로 해당 법인 사업자가 A의 운행형태에 따른 부가가치세 과세여부는 「부가가치세법」 법령에 따라 과세관청인 처분청이 판단할 사항으로 보인다”고 회신한 것으로 나타난다.

 (7) 기획재정부 발간 2016년 개정세법 해설을 보면, 「부가가치세법 시행령」제37조 제2호를 개정하여 2018.3.31.까지 한시적으로 시외 우등 고속버스를 제외한 일반 고속버스는 부가가치세를 면세(2015.4.1. 이후 공급하는 분부터 적용)한다고 되어 있고, 그 개정취지에 의하면 고속버스는 현재 부가가치세가 면제되고 있는 시외버스 등과 유사한 대중교통수단인 점을 감안하여 과세형평성 측면에서 면제하도록 개정하면서 시외버스와 비교하여 요금이 상대적으로 비싼 우등 고속버스는 과세로 유지하고, 일반 고속버스에 대해서만 면세로 전환한다고 되어 있다.

 (8) 현행 「부가가치세법 시행령」제37조 제2호는 운행 형태가 고속인 시외버스운송사업은 부가가치세 과세대상으로 규정하면서 다만, 2020.12.31.까지는 시외 우등 고속버스에 의한 여객운송 용역을 공급한 분으로 한정한다고 규정(일몰기한 연장)하고 있다.

 (9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 운수법에서는 시외버스 운송사업의 운행형태를 고속형·직행형 및 일반형 등으로 그 운행형태를 구분하면서, 고속형 시외버스 운송사업의 면허는 국토교통부장관이, 직행형 시외버스 및 일반형 시외버스 운송사업의 면허는 시·도지사에게 위임하고 있는데 청구법인은 OO도지사로부터 운송사업 면허를 받은 점,

   1997.1.1.부터 「부가가치세법 시행령」제37조 제2호 가목에서 운행형태가 고속인 시외버스 운송사업은 부가가치세를 면세하지 아니하는 여객운송용역으로 규정하고 있었고, 이후 2015.3.31.까지 개정되지 아니한 점,

   운수법상 고속, 직행, 일반의 용어 정의가 1991.9.27. 같은 법 시행규칙 제5조 제3항 제1호가 개정되어 고속은 고속버스를 사용하여 기점 과 종점간 무정차하는 운행형태로 규정하였고, 1995.3.2. 해당 조항이 개정되어 고속의 해당요건에 운행형태가 운행구간의 60% 이상을 고속국도로 운행하는 것을 추가하였으며,

   1998.6.24. 운수법 시행령 제3조를 개정하여 시외버스 운행형태를 고속형, 직행형, 일반형으로 구분하는 한편, 1998.8.20. 같은 법 시행규칙 제7조 제4항 제1호가 개정되어 고속형은 운행거리가 100km이상이고, 운행구간의 60% 이상을 고속국도로 운행하며, 기점과 종점간 무정차하는 운행형태로 규정하고 있는 점,

   처분청은 청구법인의 시외버스 운송용역 중 운행형태가 1998.8.20. 개정된 운수법상 고속형에 해당하는 운송용역을 부가가치세 과세대상으로 보았으나, 부가가치세 과세대상 운송용역의 범위가 「부가가치세법」의 개정이 아니라 운수법의 개정에 따라 달라지는 것은 적절하지 아니한 점 등을 고려할 때, 처분청이 청구법인에게 쟁점부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(나머지 청구주장은 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다).

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.