1. 처분개요

가. 청구인은 OOO에 소재한 OOO 또는 OOO 방식으로 화장품을 제조하여 주요 화장품 브랜드에 공급하는 주식회사 OOO(2004.5.1. 설립, 현재 상호 : OOO 주식회사, 이하 “쟁점법인”이라 한다)을 설립한 쟁점법인의 대주주이자 대표이사로, 2017.4.4. OOO 법인인 OOO 주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에게 쟁점법인 발행주식 OOO주(총 발행주식 OOO주, 이하 청구인이 양도한 OOO주를 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원에 양도하고, 2017.8.22. 양도소득세 예정신고시 양도소득세 과세표준을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. OOO장은 2018.7.30.∼2018.8.28. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점법인의 자산총액 중 부동산 보유비율이 OOO%이고 과점주주인 청구인이 양도한 쟁점주식이 쟁점법인 발행주식의 OOO에 해당하는 사실을 각 확인하고, 쟁점주식을 「소득세법」(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제4호 다목의 기타자산에 해당한다고 보아, 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 청구인이 쟁점주식 양도에 관하여 「소득세법」제104조 제1항 제1호에 따른 기본세율(양도소득세 과세표준이 OOO원을 초과할 경우 OOO원을 초과하는 금액에 대하여 OOO의 세율 적용)이 아닌 비상장주식의 대주주에 해당한다고 보아 OOO의 세율을 적용한 사실을 확인하여, 2018.9.11. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.12.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점법인의 실질적인 자산 내용을 살펴보면, 다음과 같은 이유로 자산총액 중 부동산 보유비율이 OOO를 초과하지 아니하므로, 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다.

  (가) 처분청은 쟁점법인의 자산총액OOO을 산정할 때 쟁점법인의 영업권OOO을 계상하지 아니하였다.

   1) 쟁점주식을 인수한 양수법인의 2017사업연도 반기보고서(2017.4.4.)를 보면, 양수법인은 쟁점법인의 순자산자액과 영업권OOO을 함께 취득한 것으로 공시하고 있는바, 이는 양수법인이 영업권을 보유하고 있음을 인정하는 것이다.

   2) 결국 양수법인은 대주주인 청구인으로부터 쟁점주식을 취득함에 따라 영업권을 함께 양수한 사실을 인정하여, 그 결과 청구인으로부터 양수한 영업권을 재무제표에 계상한 것인바, 이와 같은 영업권은 쟁점법인의 자산총액을 계산할 때 계상되어야 한다.

  (나) 쟁점법인의 기존 공장건물가액 중 2017년초 OOO 소재 공장건물의 리모델링공사 부분OOO은 건설 중인 자산(이하 “건설중인자산”이라 한다)에 해당하는바, 쟁점법인의 건물가액에서 제외되어야 한다.

   1) 쟁점법인은 2017년초부터 OOO 소재 공장건물(사용승인일 : 1991.2.23., 취득일 : 2006.10.30., 취득원가 : 약 OOO원, 이하 “OOO”이라 한다)에 대하여 건물의 기본구조(뼈대)만 남기고 모두 철거하고 실질적으로 대수선이나 리모델링 수준을 초과한 새로운 건물을 신축하는 수준으로 시행된 대규모 리모델링공사를 수행하였고, 실제 기계 등 설비비용 OOO원을 포함하여 약 OOO원을 지출하였다.

   2) OOO은 공사기간 중 건물로서의 기능을 전혀 수행할 수 없었으므로 실질적으로는 건물이 아닌 건설중인자산에 해당하는바, 구건물의 장부가액 중 일부를 건설중인자산 계정OOO으로 대체한 후 투입비용을 집계하였고, 준공 후에 건물계정으로 대체하였는바, 이와 같은 건설중인자산 부분은 쟁점법인의 자산총액을 계산할 때 건물가액에서 제외되어야 한다.

  (다) 쟁점법인의 2015년 신축건물 중 공장건물가액에는 기계장치OOO가 포함되어 있으므로, 건물가액에서 제외되어야 한다.

   1) 쟁점법인이 2015년 신축한 공장건물가액 중에는 건물의 취득가액에 해당되지 않는 기계장치 등의 금액OOO이 건물가액에 포함되어 있다.

   2) 따라서, 이를 건물가액에서 차감하고 기계장치에 가산하되 2017년초까지의 감가상각비OOO를 재계산하여 총자산가액을 계산하여야 한다.

  (라) 쟁점법인이 차입한 결과 증가한 예금OOO도 자산총액에 가산되어야 한다.

   1) 「소득세법 시행령」제158조 제3항 제2호는 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금․금융재산은 자산총액에서 차감하도록 규정하고 있지만, 쟁점법인은 건물의 대규모 리모델링공사 등 회사의 투자계획 및 자금계획에 따라 차입을 진행한 것으로, 외화차입금은 양도일 전 뿐만 아니라 그 이후에도 동일규모 이상의 자금이 차입되었고 집행되었으므로 자산총액에 가산되어야 한다.

   2) 조세심판원도 청구주장과 같은 취지에서 “「소득세법 시행령」제158조 제3항 제2호의 규정 취지는 정상적인 영업활동에 의하지 아니한 인위적인 외부자금 유입을 통하여 자산비율을 조정함으로써 누진세율의 적용을 회피하기 위한 것을 차단하는 데에 있는바, 모든 현금 등의 증가액을 자산총액에서 제외하는 것이 아니라 ‘영업활동’, ‘투자활동’, ‘재무활동’으로 구별되는 기업의 현금 흐름 중 차입이나 증자 등 자산의 유출 없이 현금이 유입되는 ‘재무활동’을 통하여 인위적으로 자산비율을 조정하는 경우에 한하여 제한적으로 현금 등 증가액을 자산총액에서 제외하는 것이 타당하다”는 입장을 밝혔다(조심 2016서2856, 2018.3.16. 참조).

  (마) 따라서, 쟁점법인의 자산총액 중 부동산 보유비율이 OOO를 초과하지 아니하므로, 쟁점주식이 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 기타자산이라고 보아 OOO의 세율을 적용한 이 건 처분은 부당하다.

 (2) 「국세기본법」제48조 제2항 제3호 라목에 따라 가산세 감면대상이 되는 가산세는 “「국세기본법」제47조의2에 따른 가산세”(=납세자가 법정신고기한까지 세법에 따라 신고․납부하여야 할 세액)라고 규정되어 있음에도 불구하고, 처분청은 임의로 신고․납부하여야 할 세액 중 실제 청구인이 과세표준신고서에 기재한 세액에 대해서만 감면을 적용하고 있으므로 부당하다.

  (가) 청구인은 쟁점주식을 양도하고 이를 “주식양도”로 보아 신고기한을 2017.8.31.(실제 2017.8.22. 신고)로 하여 과세표준예정신고를 하였으나, 처분청은 쟁점주식 양도를 “기타자산양도”로 보아 신고기한을 2017.6.30.로 하여 청구인의 과세표준예정신고를 기한후신고로 판단 후 무신고가산세를 부과하였다.

  (나) 이후 처분청은 2019.10.22. 조세심판관회의(쟁점설명기일)가 개최된 직후, 이 건 처분 중 무신고가산세가 감면되어야 한다는 청구주장을 받아들여 무신고가산세를 일부 감면하였다. 그러나, 처분청은 「국세기본법」제48조 제2항 제3호 라목에 따라 가산세 감면의 기준이 되는 “해당 가산세”를 “과세표준신고서상의 신고산출세액에 대한 가산세”로 보아 쟁점설명기일 이후 과세신고금액 범위 내에서 신고불성실가산세를 직권으로 시정하였을 뿐이다.

  (다) 즉, 청구인과 처분청은 「국세기본법」제48조 제2항 제3호 라목에 따라 “해당 가산세”가 OOO 감면되어야 한다는 입장에서는 동일하나, 「국세기본법」제48조 제2항 제3호의 “해당 가산세액”에 관하여 입장을 달리하고 있는바, 「국세기본법」제48조 제2항 제3호의 “제47조의2에 따른 가산세”는 ‘납세자가 법정신고기한까지 정당하게 신고․납부하였어야 할 세액’을 의미하므로, 처분청의 무신고가산세 부과처분은 부당하다.

   따라서, 처분청이 과세한 무신고가산세는 당초 OOO원에서 OOO으로 감액되어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점법인의 실질적인 자산 내용을 살펴보면, 다음과 같은 이유로 자산총액 중 부동산 보유비율이 OOO를 초과하는바, 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.

  (가) 내부창설영업권은 당초 재무제표에 반영되어 있지도 아니하였고, 실제 자산으로 인식하지도 않는다.

   1) 청구인은 쟁점주식을 인수한 양수법인이 쟁점법인의 순자산가액과 영업권을 함께 취득한 것으로 공시하고 있으므로, 이 영업권을 쟁점법인의 자산총액에 가산하여야 한다고 주장하나, 아래와 같은 사실 등에 따르면 이러한 영업권은 쟁점법인의 가치평가에 반영되지 아니한 자가창출영업권에 불과하여 자산으로 인식할 수 없다.

   2) 양수법인은 OOO에게 쟁점주식의 가치평가를 의뢰하였고, OOO은 현금흐름할인법을 적용하여 쟁점법인의 가치를 평가하는 과정에서 미래 손익계산서의 매출액을 추정한 가정을 사용하였으며, 자료의 변동사항이 발생하거나 회사의 향후 추정실적 등 제반 가정의 변경이 발생한 경우 평가 결과가 달라질 수 있고 그 차이는 중요할 수 있다고 기술하였다.

   3) 양수법인이 OOO에서 제품생산에 돌입하는 동시에 기존 주력상품인 기능성 화장품 뿐 아니라 색조화장품 제조까지 생산시설을 확충해 OOO생산기지를 거점으로 OOO 등 OOO 진출을 본격화 하는 전략으로 쟁점주식을 매입하는 것으로 확인되므로, 쟁점주식은 미래기간에 대한 현금흐름의 추정으로 산정된 주식가액에 해당하여, 쟁점법인의 자산가액만을 기준으로 산정되지 않았다.

    또한, 양수법인은 청구인등 주주로부터 영업권을 매수한 사실이 없고, 이러한 영업권은 장부에 반영되어 있지 않았으며, 청구인이 주장하는 영업권은 쟁점법인의 자가창설영업권으로 이는 자산으로 인식하지도 않는다.

  (나) 청구인이 주장하는 리모델링으로 인한 건설중인자산 부분은 쟁점주식 양도시점에 장부에 평가되어 있지도 아니하였고, 증축된 면적 역시 저조하므로, 공장건물 전체를 건설중인자산으로 볼 수 없다.

   1) 청구인은 2017년초 리모델링공사 부분은 건설중인자산으로 쟁점법인의 건물가액에서 제외되어야 한다고 주장하나, 청구인과 양수법인이 쟁점주식을 양수도하는 시점(2017.4.4.)에 쟁점법인의 재무제표를 작성한 사실이 없으므로, 쟁점법인에 대한 2016년말 재무제표에 따라 총자산가액 및 건물 등의 가액으로 부동산보유비율을 산정하는 것이 정당하다.

   2) 설령, 쟁점법인 재무제표를 양도시점(2017.4.4.) 이후에 쟁점주식 양도시점을 기준으로 하여 작성하였다고 하더라도, 청구인은 2017년초 리모델링공사를 진행하였다고 하나, 어느 시점에 공장건물을 철거하였고, 뼈대를 제외한 공장건물을 철거함에 있어 보존된 건물가액의 평가액이 얼마인지, 또한 어느 시점에 리모델링공사가 완공되었는지 등에 대한 정보가 전혀 없는 상태에서 기존건물가액 전체를 건설중인자산으로 분류하여야 한다는 주장을 받아들이기 어렵다.

   3) 청구인은 공장건물을 2017년초 기본구조(뼈대)만 남기고 모두 철거하였다고 하나, 공장건물의 일반건축물대장을 보면, 공장건물 중 A동과 C동을 각 2017.5.31.에 증축완료한 것으로 확인되나, 그 면적(A동 : 113.73㎡, C동 : 16㎡)은 크지 아니하므로, 공장건물을 사실상 거의 철거하고 리모델링 공사를 진행하였다는 주장을 받아들이기 어렵다.

  (다) 2016사업연도 감사보고서 등에서 확인되는 쟁점법인의 총자산가액은 아래와 같이 2015년 신축공장의 건물과 기계장치를 반영하여 계상한 것이다.

   1) 청구인은 쟁점법인이 2015년 신축한 공장건물의 장부상 자산가액에는 기계장치가 포함되어 있다고 주장하나, 쟁점법인의 2016사업연도 감사보고서에 의하면 재무상태표와 주석 내용 중 유형자산의 변동 내역 금액이 일치하고, 당시 재무제표는 공인회계사가 검증한 것이어서, 지금에 와서 이러한 재무제표가 사실과 다르다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

   2) 또한, 쟁점법인의 2016사업연도 감사보고서에 의하면 전기(2015년) 중 유형자산의 변동 내역에서 건물과 기계장치의 증가내역은 각 OOO원으로 확인되므로, 2015년 신축 공장건물의 장부가액에 기계장치가액이 반영되었다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

  (라) 양도일(2017.4.4.)부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 차입금은 자산총액에 포함하지 아니한다. 즉, 「소득세법 시행령」제158조 제3항 제2호(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것)은 “양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금에 의하여 증가된 현금․금융재산은 자산총액에 포함하지 아니한다”라고 규정되어 있으므로, 임의대로 계상한 예금은 자산총액에 포함될 수 없다.

   따라서, 쟁점법인의 자산총액 중 부동산 보유비율이 OOO를 초과하는바, 쟁점주식이 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 기타자산이라고 보아 OOO의 세율을 적용한 처분청의 이 건 처분은 정당하다.

 (2) 「국세기본법」제48조 제2항 제3호 라목에 따라 감면대상이 되는 가산세의 기준세액은 청구인이 기한후신고한 신고산출세액에 대하여 가산세율을 적용하여 계산한 액이라 할 것이므로, 청구주장을 받아들일 수 없다.

  (가) 청구인은 2017.4.4. 양수인에게 쟁점주식을 양도하고, 쟁점주식의 양도가 대주주의 비상장주식양도에 해당한다고 보아 2017.8.31.을 기한으로 하여 2019.8.22.에 양도소득세 과세표준예정신고 하였으나, 쟁점주식양도는 “기타자산양도”에 해당하는바 이에 관한 양도소득세 예정신고기한은 2017.6.30.로 산정된다.

  (나) 즉, 처분청은 당초 조사시 청구인의 과세표준예정신고가 기한후신고에 해당한다고 보아 「국세기본법」제48조 제2항 제2호 나목에 따라 해당가산세액의 OOO를 감면하였지만, 2019.10.22. 조세심판관회의(쟁점설명기일) 이후 같은 법 제48조 제2항 제3호 라목을 적용하여 해당 가산세액(=신고산출세액에 따른 가산세액)의 OOO를 감면하였다.

  (다) 따라서, 처분청의 가산세 감면은 「국세기본법」제48조 제2항 제3호의 “제47조의2에 따른 가산세”를 ‘청구인이 기한후신고한 신고산출세액에 대하여 가산세율을 적용하여 계산한 액’을 의미한다고 해석하여야 하므로, 처분청의 직권시정 후 남은 무신고가산세 부과처분 OOO원은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  (1) 자가창설영업권을 인정할 수 있는지 여부

  (2) 기존 건물을 리모델링한 경우 건설중인 자산으로 볼 수 있는지 여부

  (3) 장부에 계상한 건물가액을 기계장치로 볼 수 있는지 여부

  (4) 차입금으로 증가된 예금을 총자산가액에 계상할 수 있는지 여부

  (5) 신고산출세액에 따른 가산세액의 OOO 감면이 아닌, 「국세기본법」제48조 제2항 제3호 라목에 따라 “제47조의2에 따른 가산세” 즉, ‘납세자가 법정신고기한까지 정당하게 신고․납부하였어야 할 세액’의 OOO를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

 (1) 국세기본법 제47조의2[무신고가산세] (1) 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함, 이하 생략)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우 : 100분의 40(국제거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우 : 100분의 20

제48조[가산세 감면 등] (2) 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

 가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

 나. 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액

 다. 법정신고기한이 지난 후 1년 초과 2년 이내에 수정신고한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 법정신고기한이 지난 후 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 한 경우(제47조의2에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 결정할 것을 미리 알고 기한후과세표준신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

 가. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

 나. 법정신고기한이 지난 후 1개월 초과 6개월 이내에 기한 후 신고를 한 경우 : 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

 라. 제2호에도 불구하고 세법에 따른 예정신고기한 및 중간신고기한까지 예정신고 및 중간신고를 하지 아니하였으나 확정신고기한까지 과세표준신고를 한 경우(해당 기간에 부과되는 제47조의2에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준신고를 하는 경우는 제외한다)

 (2) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것) 제55조(세율) (1) 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

제94조[양도소득의 범위] (1) 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

 나. 주권비상장법인의 주식등

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

 다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 "과점주주"라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우에 해당 주식등

1) 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)의 가액

2) 해당 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.

제104조[양도소득세의 세율] (1) 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

 제55조 제1항에 따른 세율

 (3) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제158조[과점주주의 범위 등] (3) 법 제94조 제1항 제4호 다목 및 라목과 제1항 및 제2항의 자산총액은 해당 법인의 장부가액(「소득세법」제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다. 이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금·금융재산(「상속세 및 증여세법」 제22조의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액

 (4) 법인세법 제24조[감가상각자산의 범위] (1) 법 제23조 제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산

 가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권

 (5) 법인세법 시행규칙 제12조[감가상각자산의 범위] (1) 영 제24조 제1항 제2호 가목에 따른 영업권에는 다음 각 호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도ㆍ양수과정에서 양도ㆍ양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가ㆍ인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용ㆍ명성ㆍ거래처 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시등과 관련하여 부담한 기금ㆍ입회금등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금등

다. 사실관계 및 판단

 (1) 국세통합전산망에 의하면, 청구인은 2004.5.1. OOO에서 화장품 제조업 등을 영위하는 쟁점법인을 설립하여 대주주이자 대표이사로 운영하다가, 2017.4.4. 쟁점법인이 발행한 보유주식 OOO주를 양수법인에 양도한 사실이 나타나고(다른 주주들 역시 양수법인에게 쟁점법인 주식을 양도하여, 양수법인은 쟁점법인 발행주식 OOO%를 보유하게 됨), 쟁점법인의 사업장 내역, 쟁점법인의 소재지, 상호, 자본금 등 변동 내역, 쟁점법인의 주주현황, 법인세 신고현황 등은 아래 <표1> 내지 <표4>와 같다.

<표1> 쟁점법인의 사업장 내역

<표2> 쟁점법인의 소재지, 상호, 자본금 등 변동 내역

<표3> 쟁점법인의 주주현황

<표4> 쟁점법인의 법인세 신고내용

 (2) 처분청이 과세근거로 제시한 심리자료는 다음과 같다.

  (가) 조사종결보고서(2018년 8월경)를 보면, 쟁점주식의 양도당시 주당 평가액(2016.12.31. 기준)은 「상속세 및 증여세법」상 보충적평가액OOO 보다 고가인 사실OOO이 확인되고, OOO장은 쟁점법인의 자산총액 중 부동산 등의 가액이 차지하는 비율이 OOO 이상인 OOO%에 달하여 쟁점법인의 과점주주인 청구인이 쟁점법인 발행주식 등의 OOO 이상인 OOO 상당을 쟁점법인의 과점주주 이외의 자에게 양도하는 경우에 해당한다고 보아 「소득세법」상 기본세율(양도소득세 과세표준이 OOO원 초과시 OOO 세율 적용) 적용대상이나, 청구인이 비상장주식에 관한 OOO 세율을 적용하여 신고한 것으로 조사한 후 이를 기한후신고로 판단한 것으로 확인된다.

  (나) 쟁점법인의 공장건물에 관한 건축물대장을 보면, 리모델링으로 인하여 증축된 부분은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 공장건물에 대한 건축물대장 주요 내역

  (다) 쟁점법인의 2016사업연도 재무제표상 전기(2015사업연도) 유형자산 변동 내역은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 2015사업연도 쟁점법인의 유형자산 변동 내역

  (라) 처분청이 작성한 청구인의 2017년 귀속 양도소득세 결정결의서를 보면, 청구인은 당초 양도소득세 과세표준을 OOO원으로, 세율은 OOO로 신고하였으나, 처분청은 양도소득세 과세표준은 청구인의 신고내용을 시인하되, 세율은 OOO로 적용하여 고지세액을 OOO원으로 산정한 사실이 나타난다.

 (3) 청구인이 청구주장에 관한 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다.

  (가) OOO이 쟁점법인 발행주식 및 쟁점주식 양수가액에 대하여 조사하여 작성한 “외부평가기관의 평가의견서”(2017.1.31.)에 의하면, 양수법인은 청구인 등 쟁점법인의 주주로부터 쟁점법인 총발행주식 OOO주를 OOO원(쟁점주식 양도금액 : OOO원)에 양수하기로 하고, 2016.12.22. 지분양수가액의 적정성에 대한 평가를 OOO에 의뢰하였으며, 이에 OOO은 2017.1.31. 현금흐름할인법에 따라 쟁점법인 총발행주식에 대한 가치평가를 실시한 결과(평가기준일 2016.10.31.) 쟁점법인 총발행주식의 평가액이 OOO원 내지 OOO원에 상당한다고 보아, 실제 양수예정가액인 OOO이 적정하다는 의견을 제시한 것으로 나타난다.

  (나) 쟁점법인의 2017사업연도 반기보고서(2017.4.4. 기준)를 보면, 쟁점법인의 2017사업연도 영업권을 OOO원으로 계상한 것으로 나타나고, 2016사업연도말 예금액이 OOO원이고, 2017사업연도 반기말 예금액은 OOO원으로 확인되나, 청구인이 2017사업연도 반기보고서상 예금액 중 일부가 자산총액에 산입되어야 하는지에 관한 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 아니하였다.

  (다) 쟁점법인의 공장건물에 관한 건축물대장을 보면, 공장건물 중 A동과 C동을 각 2017.5.31.에 증축완료한 것으로 확인되나, 청구인은 공장건물을 사실상 거의 철거하고 리모델링 공사를 진행하였다는 청구주장을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 아니하였다.

  (라) 쟁점법인의 2016사업연도 감사보고서에 의하면, 전기(2015년) 중 유형자산의 변동 내역에서 건물과 기계장치의 증가내역은 각 OOO원으로 확인되어 기계장치 증가 내역이 이미 반영된 것으로 보이고, 이와 관련하여 청구인은 2015년 신축 공장건물의 장부가액에 기계장치가액이 반영되었다는 청구주장을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 아니하였다.

 (4) K-IFRS 기준서 제1038호 무형자산 제49조는 자가창설영업권을 인정하지 아니하고 있고, 기업회계 기준상 외부에서 유상으로 구입한 매입영업권만 무형자산으로 인정하고 있을 뿐 자가창설영업권은 인정하지 아니하는 것으로 확인된다.

 (5) 처분청 담당자는 2019.12.10. 조세심판관회의에 출석하여, 아래 와 같이 「국세기본법」제48조 제2항 제3호 라목을 적용하여 청구인에게 부과한 「국세기본법」제47조의2에 따른 무신고가산세액 중 일부(=청구인이 신고한 산출세액에 대하여 가산세율을 적용한 가산세액의 OOO)를 감액경정하였다고 진술하였다.

<무신고가산세 관련 직권 감액경정 내역>

 (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점(1)에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인의 자산총액을 산정할 때 자가창설영업권을 인정하여야 한다고 주장하나, 「법인세법」제24조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행규칙 제12조 제1항 제1호 및 제2호는 영업권을 감가상각자산으로 규정하고 있는데, 모두 영업권을 유상으로 취득한 경우를 전제로 하고 있는 점, K-IFRS 기준서 제1038호 무형자산 제49조는 자가창설영업권을 인정하지 아니하고 있고, 기업회계 기준 역시 외부에서 유상으로 구입한 매입영업권만 무형자산으로 인정하고 있을 뿐, 자가창설영업권을 인정하지 아니하는 점, 기업 스스로 자신의 영업권이 얼마정도 된다고 측정한 금액은 객관적으로 입증이 어렵고 비용조정의 우려가 있어서 공신력 있는 자산만 인정하여야 하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점(2)에 관하여 살피건대, 청구인은 건설중인자산에 해당하는 2017년초 리모델링공사 부분을 쟁점법인의 건물가액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 공장건물의 건축물대장을 보면 공장건물 중 A동과 C동을 각 2017.5.31.에 증축완료한 것으로 확인될 뿐, 그 면적(A동 : 113.73㎡, C동 : 16㎡)은 크지 아니하므로, 공장건물을 사실상 거의 철거하고 리모델링 공사를 진행하였다는 청구주장을 인정하기 어려운 점, 그 외 공장건물을 사실상 거의 철거하고 리모델링 공사를 진행하였다는 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (다) 다음으로 쟁점(3)에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인의 2015년 신축건물 중 공장건물가액에는 기계장치OOO가 포함되어 있으므로 이를 건물가액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점법인의 2016사업연도 감사보고서 및 주석에 의하면 전기(2015년) 중 유형자산의 변동 내역에서 건물과 기계장치의 증가내역이 각 OOO원으로 각 확인되어 기계장치 증가 내역이 건물가액과 별도로 이미 적절히 반영된 것으로 보이는 점, 감사보고서 및 재무제표는 공인회계사가 작성한 것이어서 허위로 작성되었다는 증빙이 없는 이상 이를 사실과 다른 내용이 기재되어 있다고 보기 어려운 점, 그 외 청구인은 2015년 신축 공장건물의 장부가액에 기계장치가액이 반영되었다는 청구주장을 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (라) 다음으로 쟁점(4)에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인의 2017사업연도 반기보고서(2017.4.4. 기준)에 의하면 2016사업연도말 예금액이 OOO원이고, 2017사업연도 반기말 예금액은 OOO원으로 확인되므로 이와 같이 증가한 예금OOO은 차입한 것이어서 자산총액에 가산되어야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」제158조 제3항 제2호는 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금․금융재산은 자산총액에서 차감하도록 규정하고 있고, 우리 원은 “「소득세법 시행령」제158조 제3항 제2호의 규정 취지는 정상적인 영업활동에 의하지 아니한 인위적인 외부자금 유입을 통하여 자산비율을 조정함으로써 누진세율의 적용을 회피하기 위한 것을 차단하는 데에 있는바, 모든 현금 등의 증가액을 자산총액에서 제외하는 것이 아니라 ‘영업활동’, ‘투자활동’, ‘재무활동’으로 구별되는 기업의 현금 흐름 중 차입이나 증자 등 자산의 유출 없이 현금이 유입되는 ‘재무활동’을 통하여 인위적으로 자산비율을 조정하는 경우에 한하여 제한적으로 현금 등 증가액을 자산총액에서 제외하는 것이 타당하다”고 판단(조심 2016서2856, 2018.3.16. 같은 뜻임)하였을 뿐이어서, 청구인은 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금․금융재산이 자산의 유출 없이 현금이 유입되는 ‘재무활동’을 통하여 인위적으로 자산비율을 조정하는 경우가 아니라는 점에 관하여 객관적인 증빙에 따라 입증하여야 할 것이다.

   그러나, 청구인은 쟁점법인의 증가된 예금이 차입금에 해당하는 사실 및 차입금이 건물의 대규모 리모델링공사 등 회사의 투자계획 이나 자금계획에 따라 진행된 것인지 여부 등 자산의 유출 없이 현금이 유입되는 ‘재무활동’을 통하여 인위적으로 자산비율을 조정하는 경우가 아닌 사실 등을 확인할 수 있는 객관적 증빙을 제시하지 아니하였으므로, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (마) 마지막으로 쟁점(5)에 관하여 살피건대, 처분청은 「국세기본법」제48조 제2항 제3호의 가산세액 감면의 기준이 되는 “해당 가산세액”을 과세표준신고서상의 신고산출세액에 대한 가산세액으로 보아야 한다는 의견이나, 아래와 같은 사정에 비추어 「국세기본법」제48조 제2항 제3호가 규정하는 가산세액 감면의 기준이 되는 “해당 가산세액”은 납세자가 법정신고기한까지 정당하게 신고․납부하였어야 할 세액에 대하여 가산세율을 적용하여 계산한 가산세액을 의미한다고 보아야 합리적이라 할 것이다.

   1) 「국세기본법」제48조 제2항 각 호 외의 부분은 “이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다”고 규정하고 있고, 처분청이 청구인에게 적용한 같은 법 제48조 제2항 제3호는 괄호 안에 “(「국세기본법」) 제47조의2에 따른 가산세”라고 규정하고 있는바, 「국세기본법」제48조 제2항 각 호 외의 부분의 “해당 가산세액”은 같은 법 제47조의2가 규정하고 있는 가산세액 즉, “납세자가 법정신고기한까지 정당하게 신고․납부하였어야 할 세액에 대하여 가산세율을 적용하여 계산한 가산세액”을 의미하는 것으로 보인다.

   2) 「국세기본법」제48조 제2항 각 호 외의 규정에 따라 가산세 감면사유를 열거하고 있는 각 호 중 제3호의 경우 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세액의 OOO에 상당하는 금액”을 감면한다고 규정하고 있는바, 이 때의 “해당 가산세액”의 의미도 같은 조 제2항 각 호 외의 부분에 관한 해석과 같이 “납세자가 법정신고기한까지 정당하게 신고․납부하였어야 할 세액에 대하여 가산세율을 적용하여 계산한 가산세액”을 의미한다고 해석되는 것으로 보인다.

   3) 또한, 처분청이 과세근거로 제시한 「국세기본법」제48조 제2항 제3호 라목이 예정신고기한 및 중간신고기한까지 예정신고 및 중간신고를 하지 아니하였으나 확정신고기한까지 과세표준신고를 한 경우 무신고가산세에 관하여 해당 가산세액의 OOO를 감면하도록 규정하고 있는바, 청구인과 처분청 사이에 쟁점주식의 법적 성격에 관한 평가에 있어서 이견이 있어 그 결과로 예정신고기한(쟁점주식의 양도를 비상장주식의 양도로 볼 경우 : 2017.8.31., 쟁점주식의 양도를 기타자산의 양도로 볼 경우 : 2017.6.30.)이 달라졌지만, 처분청의 의견대로 쟁점주식 양도를 기타자산 양도로 보더라도 청구인은 기타자산에 관한 양도소득세 예정신고 기한 이후 확정신고기한(2018.5.31.) 이전에 과세표준액에 관하여는 제대로 신고를 한 경우에 해당한다고 볼 수 있고, 처분청도 청구인이 기한 후 과세표준신고를 한 경우로 보아 「국세기본법」제48조 제2항 제3호 라목을 적용한 것으로 보인다.

    따라서 이 건 처분 중 「국세기본법」제47조의2에 따른 무신고가산세액은 청구인이 납부하였어야 할 일반무신고가산세액 OOO원의 OOO를 감면하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.