주 문

OOO세무서장이 2019.3.27. 청구법인에게 한 2013년 제2기 부가가치세 OOO의 경정청구 거부처분은 실제 미회수 공사금액을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009년 중 OOO주식회사(청구법인과 관계사인 주식회사 OOO50%씩 출자하여 설립한 법인으로서 2011.11.29. 폐업하였으며, 이하 OOO이라 한다)에 건설공사용역을 제공하고 회수하지 못한 공사대금채권 OOO(이하 “쟁점채권”이라 한다)의 소멸시효가 2013년 7월 완성되었다는 사유로 2019.1.23. 처분청에 2013년 제2기 부가가치세 OOO(대손세액 공제액)을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 경정청구 내용을 검토한 결과, 용역의 공급내역 및 대손 발생사실을 객관적으로 확인하기 어렵다는 등의 이유로 2019.3.27. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 「부가가치세법」 제45조 제1항은 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 그 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금이나 그 밖의 매출채권의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 ‘대손금액×10/110’의 계산식에 따라 계산한 금액을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다고 규정하고 있다. 위 규정의 위임을 받은 같은 법 시행령 제87조 제1항은 법 제45조 제1항에서 말하는 ‘파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유’란 「법인세법 시행령」 제19조의2제1항에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다고 규정하고 있다. 한편, 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항은 「상법」에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금(제1호)을 대손 사유로 규정하고 있다. 즉 소멸시효가 완성된 미수금의 경우 해당 채권금액(부가가치세 포함)의 10/110에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다.

 (2) 쟁점채권은 소멸시효가 완성되어 회수할 수 없는 경우에 해당된다.

  (가) 「상법」은 상행위로 인한 채권은 5년간 행사하지 않으면 소멸시효가 완성되지만, 다른 법령에 단기의 시효 규정이 있는 경우에는 그 규정에 의한다고 규정하고 있다(제64조). 그리고 「민법」은 도급받은 자의 공사에 관한 채권은 3년간 행사하지 않으면 소멸시효가 완성된다고 규정하고 있다(제163조 제3호). 쟁점채권은 청구법인이 OOO건설공사용역을 제공한 대가이므로 도급받은 자의 공사에 관한 채권에 해당하여 3년의 소멸시효가 적용된다.

  (나) 한편 동일 당사자간의 계속적인 금전거래로 인하여 수개의 금전채무가 있는 경우에 채무의 일부 변제는 채무의 일부로서 변제한 이상 그 채무전부에 관하여 시효중단의 효력을 발생하는 것으로 보아야 하고, 동일 당사자간에 계속적인 거래관계로 인하여 수개의 금전채무가 있는 경우에 채무자가 전체 채무액을 변제하기에 부족한 금액을 채무의 일부로 변제한 때에는 특별한 사정이 없는 한 기존의 수개의 채무전부에 대하여 승인을 하고 변제한 것으로 보는 것이 타당하다(대법원 1980.5.13 선고 78다1790 판결).

  (다) 청구법인은 OOO으로부터 2010년 7월까지 쟁점채권 이외의 다른 공사대금을 회수하였으므로(거래처별 원장) 쟁점채권은 2010년 7월 소멸시효가 중단되었고, 소멸시효가 중단된 경우 그때부터 새로이 소멸시효가 진행되므로 쟁점채권은 그로부터 3년이 지난 2013년 7월 소멸시효가 완성되었다고 보아야 하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 대손세액 공제를 신청하여 부가가치세를 환급받기 위해서는 납세자가 대손세액이 있다는 점을 입증하여야 하는바, 거래처별 원장에 의하면 세금계산서 발행 이후에도 자금이 회수되어 미수금 및 대여금과 상계된 것으로 나타나나, OOO관련 공사미수금은 2010.12.31. 기말잔액OOO과 2011.1.1. 기초잔액OOO이 일치하지 않는 등 거래처별 원장의 내용을 확인할 수 있는 공사계약서나 기성금 청구서 등이 제출되지 아니하는 이상 매출처별 세금계산서합계표 및 거래처별 원장의 내용만으로 실제 용역의 공급 및 대손 여부를 확인하기 어렵다.

 (2) 또한 청구법인이 당초 대손세액 공제를 신청한 이후에도 OOO에 OOO을 추가로 대여한 사실을 볼 때, 채권을 회수할 의지가 있었는지 불분명하고, 달리 채권회수를 위해 적극적으로 노력한 사실도 확인되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점채권이 대손세액 공제요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법률

 (1) 부가가치세법

제45조(대손세액의 공제특례) ① 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 "대손세액"이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 다만, 그 사업자가 대손되어 회수할 수 없는 금액(이하 "대손금액"이라 한다)의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다.

 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10

② 제1항은 사업자가 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하는 경우에만 적용한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 제38조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 그 사업자가 폐업하기 전에 재화 또는 용역을 공급하는 자가 제1항에 따른 대손세액공제를 받은 경우에는 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다. 다만, 그 공급을 받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액을 빼지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업자의 관할 세무서장이 빼야 할 매입세액을 결정 또는 경정(更正)하여야 한다.

 (2) 부가가치세법 시행령

제87조(대손세액 공제의 범위) ① 법 제45조 제1항 본문에서 "파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 「소득세법 시행령」 제55조 제2항 및 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항에 따라 대손금(貸損金)으로 인정되는 사유를 말한다.

② 법 제45조에 따른 대손세액 공제의 범위는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일부터 5년이 지난 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 제1항의 사유로 확정되는 대손세액으로 한다.

③ 법 제45조 제1항 본문에 따라 공급자가 대손세액을 매출세액에서 차감한 경우 공급자의 관할 세무서장은 대손세액 공제사실을 공급받는 자의 관할 세무서장에게 통지하여야 하며, 법 제45조 제3항 본문에 따라 공급받은 자가 관련 대손세액에 해당하는 금액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니한 경우 같은 항 단서에 따라 결정하거나 경정하여야 한다.

④ 법 제45조 제1항에 따라 대손세액 공제를 받으려 하거나 법 제45조 제4항에 따라 대손세액을 매입세액에 더하려는 사업자는 제91조 제1항에 따른 부가가치세 확정신고서에 기획재정부령으로 정하는 대손세액 공제(변제)신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

 (3) 법인세법 시행령

제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 「상법」에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

4. 「민법」에 따른 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금

 (4) 상법

제64조(상사시효) 상행위로 인한 채권은 본법에 다른 규정이 없는 때에는 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다. 그러나 다른 법령에 이보다 단기의 시효의 규정이 있는 때에는 그 규정에 의한다.

 (5) 민법

제163조(3년의 단기소멸시효) 다음 각호의 채권은 3년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다.

3. 도급받은 자, 기사 기타 공사의 설계 또는 감독에 종사하는 자의 공사에 관한 채권

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 2008년 제2기∼2009년 제2기 중 OOO등 4개 업체에 건설공사용역을 제공하고 회수하지 못한 공사대금채권 OOO(쟁점채권 포함)이 2011년 제2기부터 2012년 제2기까지의 기간에 3년의 소멸시효가 완성되었다는 사유로 2017.1.10. 처분청에 경정청구(이하 “당초 경정청구”라 한다)를 하였으나, 처분청은 2017.2.20. 재화ㆍ용역의 공급내역 및 대손발생사실을 객관적으로 확인하기 어렵다는 등의 이유로 이를 거부하였다.

 (2) 청구법인은 2017.5.25. 심판청구(조심 2017중2933)를 거쳐 수원지방법원에 행정소송(2017구합2319)을 제기하였으며, 동 법원은 2018.11.27. 청구법인이 작성한 거래처별 원장에 의하면 OOO2009년 9월까지, OOO은 2010년 4월까지, OOO은 2010년 7월까지, OOO은 2011년 7월까지 공사대금 중 일부를 변제한 것으로 나타나므로(소멸시효 중단) 3년의 소멸시효가 완성되었음을 전제로 한 주장은 이유 없고, 청구법인이 제출한 증거만으로는 사업폐지로 인하여 OOO에 대한 공사대금채권의 회수가 불능하다고 보기 어렵다고 판단하였다.

 (3) 청구법인은 수원지방법원의 판결에 따라 OOO에 대한 미회수채권 OOO(쟁점채권)의 소멸시효가 2013년 제2기에 완성되었다는 사유로 2019.1.23. 처분청에 이 건 경정청구를 하였으며, 처분청은 2019.3.27. 당초 경정청구 때와 동일한 이유를 들어 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

 (4) 청구법인은 소송과정에서 쟁점채권의 존재 및 소멸시효 완성시점이 확정되었으며, 쟁점채권을 회수하지 못한 것은 OOO의 경영악화로 인한 것일 뿐 고의로 회수를 지연한 것은 아니라며, 아래 자료를 제출하였다.

  (가) 거래처별 원장 및 매출처별 세금계산서합계표

   청구법인이 수원시 망포동 공사와 관련하여 OOO2008.1.31.부터 2010.7.12.까지 기성금을 청구(세금계산서 발행) 및 회수한 것으로 되어 있고, 2010.7.12. 현재 잔액은 OOO으로 되어 있다.

  (나) 서울고등법원 2019.5.16. 선고 2018누78680 판결, 대법원 2019.10.17. 선고 2019두44217 판결

   청구법인은 수원지방법원 판결에 불복하여 항소 및 상고를 하였는바, 판결내용은 다음과 같다.

   1) 소멸시효 완성 여부

    OOO대한 공사대금채권은 2010년 4월∼2011년 7월 소멸시효가 중단되었으므로 소멸시효가 완성되었음을 전제로 한 주장은 이유 없고, OOO대한 공사대금채권은 2012년 9월 소멸시효 완성으로 소멸하였으므로 이유 있다.

   2) 사업폐지로 인한 채권의 회수불능 여부

    청구법인이 제출한 증거만으로는 사업폐지 무렵 OOO에 대한 공사대금채권의 회수가 불능하다거나 회수 불가능한 금액이 특정되었다고 볼 수 없다.

  (다) 청구법인의 OOO채권회수 가능성 등에 대한 검토의뢰(2010.12.7.) 및 검토 의견(2011.1.4.)

   청구법인은 2010.12.7. 법무법인 OOO에, 관계사인 OOO으로부터 받을 채권 OOO이 있으나, OOO이 2009년 12월 결산서 기준으로 부채의 총액이 자산의 총액을 초과하는 등 지불불능의 상태에 있고 분양대금 수입금 계좌OOO에 대해서 OOO은행(질권 주장)과 OOO(최우선수익자 주장) 간에 다툼이 예상되므로 채권 회수가능성과 OOO의 파산신청에 대하여 검토를 의뢰하였으며, 법무법인 OOO는 2011.1.4. OOO에 대한 파산신청을 하더라도 동 법인의 유일한 재산에 해당하는 것으로 보이는 분양수입금계좌 예금채권이 파산재단에 포함되지 아니하고 OOO에 귀속되어 청구법인이 파산절차에서의 배당을 통하여 채권을 회수할 가능성이 낮다고 보이므로 파산신청의 실익이 크지 않다고 판단된다고 회신하였다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 용역의 공급내역 및 대손 발생사실을 객관적으로 확인하기 어렵다는 등의 이유로 경정청구를 거부하였으나,

   청구법인이 작성한 거래처별 원장에 의하면 OOO이 시행한 수원시 망포동 공사와 관련하여 공사미수금의 증감이 구체적으로 기재되어 있으므로 특별한 사정이 없는 한 청구법인이 동 공사와 관련하여 공사대금채권을 보유하고 있었음이 인정되고, 이에 따르면 청구법인이 2010.7.12.까지 공사미수금 중 일부를 회수한 것으로 나타나고 OOO에 대한 채권회수 가능성 등에 대한 검토의뢰서에 의하면 그 이후에도 미회수 공사대금채권의 회수를 검토하였으나 OOO의 자산 부족으로 회수하지 못한 것으로 확인되므로 해당 채권을 임의로 포기하였다고 단정하기도 어렵다 할 것이며,

   또한 「부가가치세법」 제45조 제1항은 “재화 또는 용역을 공급받는 자의 파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 매출채권의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 대손세액을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다”고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제87조 제1항은 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항에서 정한 대손금 사유를 준용하도록 하고 있으며, 「법인세법 시행령」 제19조의2 제1항은 제1호 및 제4호에서 「상법」이나 「민법」에 따른 소멸시효가 완성된 외상매출금, 미수금, 대여금, 선급금을 대손금으로 규정하고 있는바, 청구법인의 미회수 공사대금채권은 2010.7.12. 소멸시효가 중단되어 그로부터 3년이 지난 2013년 7월에는 시효 완성으로 소멸되었으므로 일응 회수불능 채권으로서의 대손금 요건을 충족하였다고 보여진다.

   따라서 처분청이 청구법인의 미회수 공사대금채권이 대손세액 공제 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 할 것이나, 다만 경정청구금액이 거래처별 원장 등 관련증빙상 금액과 상이하므로 실제 미회수 공사금액을 재조사하여 그 결과에 따라 대손세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.