주 문

 OOO세무서장과 OOO2018.12.20. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO및 지방소득세 OOO각 부과처분은 OOO지상 주택 신축공사 도급계약서 및 영수증의 진위여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2001.12.17. OOO주택(대지 120.74㎡를 포함)을 OOO경매로 취득하여 지상 주택을 멸실한 후, 2004.12.31. 해당 부지에 연면적 229.66㎡ 건물(단독주택 및 근린생활시설, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 부수토지를 포함하여 “쟁점주택”이라 한다)을 신축·사용하다 2016.3.15. 양도하였으나 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점주택의 양도가액은 실제거래가액OOO으로, 취득가액은 건물 신축비용이 객관적으로 확인되지 아니한다고 보아 환산취득가액 등에 의하여 OOO(부수토지 : 실제취득가액 등 OOO쟁점건물 : 환산취득가액 OOO)으로 계산하여 2018.12.20. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO지방소득세 OOO을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.3.8. 이의신청을 거쳐 2019.8.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 쟁점건물 신축공사를 진행하며 신축비용으로 다음 <표1>과 같이 OOO(취등록세 등 OOO별도 지출, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지출하였는바, 쟁점건물의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지취득가액으로 하여야 한다.

   <표1> 쟁점건물 신축비용 지출액 및 관련 증빙서류

(단위 : 원)

  (가) 청구인은 쟁점건물을 직접 신축한 것으로 신고하였으나, 실제로는 2001.12.17. 무면허 건축업자인 OOO과 총 공사대금을 OOO(부가가치세 없음)으로 한 공사도급계약을 체결하여 OOO이 쟁점건물을 신축하도록 하였고, 시공자인 OOO이 소득 노출을 우려하여 모든 공사대금을 현금으로 지급하여 줄 것을 요청함에 따라 이를 현금으로 지급하되 부가가치세를 지급하지 아니하는 것으로 약정하였으며, OOO은 2001.12.17. 청구인으로부터 계약금 OOO을 현금으로 지급받은 후 신축공사를 시작하여 다음 <표2>와 같은 일정으로 공사를 진행하였다.

   <표2> 쟁점건물의 일자별 공사진행 사항

   1) 청구인은 2001년 12월에 신축공사를 시작하여 2003년 12월에 쟁점건물을 1차 완공하였다.

   당초 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례[「조세특례제한법」제99조의3에 따르면 2003년 상반기까지 사용승인을 받아야 과세특례(100% 감면)를 적용]를 적용받기 위하여 시공자인 OOO과 공사기간을 2003년 4월까지로 하여 도급계약을 체결하였으나, OOO은 2003년 12월에 이르러서야 쟁점건물을 1차 완공하였고, 청구인은 쟁점건물을 신축하는 과정에서 건축물 멸실신고 및 착공신고가 이루어지지 아니하였다는 사실을 뒤늦게 확인하고 2003.7.10. 착공신고 등을 지연신고하였다.

   OOO은 2003년 10월 중순경 쟁점건물의 외부 공사를 완료한 후, 2003.10.17.부터 내부인테리어 공사를 시작하여 2003년 12월경 쟁점건물을 1차 완공하였으며, 이와 같은 사실은 청구인이 제출한 카드 지출내역 및 거래명세표에 의해 확인된다.

   2) 청구인은 쟁점건물을 1차 완공한 후 즉시 쟁점건물의 소유권보존등기를 할 수 있을 것으로 판단하여 미등기 상태에서 2004년 3월 및 4월경에 소유권보존등기를 조건으로 임차인OOO들과 쟁점건물의 임대차계약을 체결하였고, 임차인들은 즉시 입주(잔금은 소유권보존등기시 지급 조건)하였는데, 쟁점건물이 「건축법」을 위반(용적률 초과, 소유대지에서 건축물 초과 신축, 주차장법 위반 등)하여 건축된 것으로 밝혀짐에 따라 사용승인이 되지 아니하였고, 2004년 4월경 임차인들이 시공자인 OOO의 부실시공(곰팡이, 침수) 및 미등기에 따른 불만을 제기하며 피해보상을 요구하였으며, 이에 2004년에 추가공사를 실시하여 2004.12.31.에서야 쟁점건물의 사용승인을 받게 되었다.

  (나) 2003년 초부터 부실시공, 공사지연 등의 사유로 청구인과 OOO의 관계가 계속 악화되었고, 이에 청구인과 배우자 OOO은 2003.6.14. OOO에게 2001.12.17.부터 2003.4.8.까지 현금으로 지불한 쟁점건물의 공사대금 OOO대한 중간정산(공사비 지출 영수증, 중간서류를 모두 첨부하여 간인 날인 후 인감증명서 등과 함께 보관하였음)을 하게 되었으며, 계좌인출내역과 영수증 금액이 일자별, 금액별로 정확히 일치하는 것으로 확인된다. 이후로도 계속된 마찰로 인해 청구인은 2003.10.6.부터 2003.12.3.까지 신용카드로 결제한 공사자재대금에 대한 2차 중간정산(공사비 지출 영수증, 중간서류를 모두 첨부하여 간인 날인 후 인감증명서 등과 함께 보관하였음)을 하였다.

   이후 청구인은 OOO의 부실시공 등을 사유로 추가 공사대금 중 일부를 지급하지 않겠다고 통보하였으나, OOO은 공사대금 완제를 요구하며 쟁점건물의 3층과 4층을 점유하였고, 청구인과 배우자 OOO요구한 공사대금 전부를 2005.10.13.까지 단계적으로 지급한 후, 2005.10.13. 1차 중간정산 영수증, 추가지출 영수증, OOO의 신분증과 함께 중간서류를 모두 첨부하여 간인 날인 후 1부씩 보관하였다.

  (다) 청구인이 제출한 쟁점건물 신축비용 관련 공사도급계약서, 영수증, 시공자의 인감증명서·신분증 등은 모두 정산 당시 작성한 것으로, 영수증 정산금액은 계좌인출내역 등과 정확히 일치하고, 원본 종이의 지질 및 인쇄상태 등을 보면 쟁점건물 신축 당시 작성된 사실을 확인할 수 있으며, OOO이 공사대금 OOO백만원에 대한 영수증을 임의로 작성해 주었다면 OOO의 조세부담액은 부가가치세 OOO백만원(가산세 포함), 종합소득세(소득률 30% 기준) OOO백만원 가량으로, 총 OOO백만원에 달하는바, 본인의 조세부담의 위험성을 알고도 임의로 영수증을 작성해 줄 이유가 없는 것이고, 특히 OOO은 2011년 4월경 사망하여 계약서, 영수증 등의 사후 작성이 사실상 불가능하다.

 (2) 처분청은 쟁점건물의 착공신고일(2003.7.10.)에 실제 착공이 이루어졌음을 전제로 그 이전에 지출한 신축비용(1차 중간정산 금액)을 실제 공사비로 인정할 수 없다고 보았으나, 2003년 7월∼8월은 장마기간이고 2003년 9월에는 2003.9.13.까지 계속 비가 내렸으므로, 처분청 판단대로라면 2003년 9월 중순∼10월 중순까지 약 1개월여 만에 건물 멸실∼건물 외부공사까지 완료해야 하는데, 이는 쟁점건물을 신축하기에 사실상 불가능한 기간인 바, 청구인이 착공신고일 이전에 쟁점건물을 실제 착공한 사실을 인정하여 1차 중간정산 금액을 실제 공사비로 인정하여야 한다.

 (3) 처분청은 표준건축비 대비 쟁점건물의 신축비용이 과다하다고 보았으나, 처분청이 계산한 표준건축비(OOO백만원)는 2004년 12월 소유권보존등기 당시 쟁점건물의 연면적(229.66㎡)에 2004년 기준 표준건축비OOO를 적용하여 계산한 것으로, 청구인은 쟁점건물의 공사계약을 체결할 당시 가구, 전자제품, 붙박이장, 에어컨 등 집기 일체를 포함하여 공사대금을 산정하였는데 그 집기비품 등 대금이 총 OOO백만원(1세대당 OOO백만원)이고, OOO이 「건축법」을 위반함에 따라 당초 계약시 공사대금(OOO백만원)보다 OOO백만원을 초과한 OOO백만원을 공사비로 지출한 점 등을 고려할 때, 쟁점건물의 총 건축비용에서 집기비품 금액 및 위 추가공사비용을 제외한 OOO백만원OOO은 처분청이 계산한 표준건축비 대비 과다하게 많지 않다.

 (4) 처분청은 쟁점건물 신축비용 중 현금 출금액이 많고 당해 출금액을 신축공사비로 인정할 만한 객관적인 증빙자료(세금계산서, 현금영수증, 공사세부내역 등)가 없다고 보았으나, 청구인이 무면허 건축업자인 OOO과 쟁점건물 신축공사를 진행함에 따라 적격증빙(세금계산서, 현금영수증 등)을 수취할 수는 없었지만, 공사대금 지급금액에 대한 영수증, 인감증명서, 신분증 등을 수취하였으므로 쟁점금액을 쟁점건물 신축비용으로 지급한 사실을 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

 청구인은 시공자 작성의 중간정산서류, 인감증명서, 금융거래내역, 간이영수증 등을 제출하며 쟁점건물의 신축비용이 OOO이라고 주장하나, 다음과 같은 사유로 쟁점건물의 신축비용이 객관적으로 확인된다고 볼 수 없으므로 처분청에서 환산취득가액을 취득가액으로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

  (가) 쟁점건물의 시공자가 1991.4.13.부터 1996.12.31.까지 건설업 법인을 영위한 적이 있으나, 이후 쟁점건물 신축기간동안 사업자등록을 한 이력이 없이 2011.4.18. 사망하였고, 국세정보시스템에 따르면 시공관련 계산서나 현금영수증 등 적격증빙 발행된 바 없는 것으로 확인되며, 청구인이 현금 지출 관련 대금 지급사실을 증명하기 위해 제출한 2003.6.14.(중간정산 요청일) 발행의 중간정산서류 등과 시공자의 인감증명서에 날인된 도장이 일치하지 않아 시공자가 직접 정산내역을 확인하고 날인한 것인지 불분명하고, 도급계약서 및 영수증 등이 소급 작성되지 않은 것인지 여부를 확인할 수 없어 청구인이 제출한 지출증빙을 신뢰하기 어렵다.

  (나) 쟁점금액의 대부분을 출금한 배우자의 총사업내역과 청구인의 총사업내역을 살펴보면 쟁점건물을 신축한 기간인 2002년 9월부터 2005년 10월까지 독서실, 노래방, 주점 등 다양한 사업을 영위했던 것으로 확인되어 쟁점금액이 쟁점건물 신축비용인지 타 사업관련 비용인지 불분명하고, 쟁점금액이 쟁점건물 신축을 위하여 지출된 비용이 아니라 배우자의 매형이 제천에서 신축한 모텔과 관련한 개인적인 금전대차관계에 따른 출금일 가능성이 있으며, 청구인이 쟁점건물의 신축을 위하여 지출한 비용이라 주장하는 현금지출액 OOO중 금융기관 취급지점이 확인된 OOO취급지점이 일정치 아니하여, 쟁점금액이 쟁점건물의 신축비용으로 지출되었다고 보기 어렵다.

  (다) 쟁점건물에 대한 착공신고가 2003.7.10. 이루어졌으나, 청구인이 주장하는 신축비용 중 착공일 이전에 현금으로 출금된 금액이 OOO(도급계약서상 금액의 53.9%)에 이르고 있어 공사 진행시기와 대금의 지급시기가 불일치하는 것으로 나타난다(이와 관련하여 청구인은 실제로는 건설도급계약 직후 착공되었으나 착공신고가 지연되었다고 주장하며 2003.7.10. 착공되었다면 2003년 7월부터 9월 중순까지 장마기간이어서 2003년 10월 중순경 쟁점건물의 외부공사가 완료되지 못하였을 것이라고 하나, 건축공사를 진행하면서 멸실신고와 착공신고를 누락했다는 주장을 받아들이기 어렵고, 지연신고를 확인할 수 있는 근거자료가 제출되지 아니하였으며, 시공자에게 대금지급방식이 착공신고가 이루어진 시기인 2003.6.16.부터 계좌이체로 변경된 것으로 확인되는 점 등에 비추어 착공신고일 즈음하여 실제 착공이 이루어졌을 것으로 보일 뿐 아니라, 2003년 7월부터 12월까지 일 강수량이 50㎜ 이상이었던 날은 9일에 불과하여 2003.7.10. 착공 후 2003년 10월 중순까지 쟁점건물의 외부공사가 완료될 수 있었을 것으로 보임).

  (라) 건설교통부 고시 표준건축비를 살펴보면, 청구인이 최초 도급계약시점이라고 주장하는 2001.12.17. 기준 쟁점건물의 표준건축비는 OOO이고, 쟁점건물을 준공한 2004년 기준으로 보더라도 OOO이어서 표준건축비보다 OOO(표준공사비의 160% 초과)을 상회하는 쟁점금액 전체를 필요경비로 인정해 달라는 주장은 인정하기 어렵다.

  (마) 청구인은 쟁점건물 공사계약 체결시 공사도급금액은 가구, 전자제품, 각종 붙박이장, 빌트인, 에어컨 집기일체를 포함하여 산정된 금액으로 당해 집기비품 등의 금액은 OOO백만원 수준(1세대당 OOO백만원 수준)으로 동 금액은 표준건축비 산정 시 제외되는 금액이라 주장하나, 해당 집기의 명세가 확인되지 않고 양도소득세 과세표준 산정시 필요경비에 산입가능한 항목인지도 불분명할 뿐만 아니라, 소형 임대주택(1세대당 평균면적 53.97㎡)에 1세대당 OOO백만원 수준의 집기비품을 설치하였다는 것도 납득이 가지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점건물의 취득가액을 환산취득가액으로 하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

  (가) 청구인과 배우자 OOO의 사업내역은 다음 <표3>과 같다.

   <표3> 청구인과 배우자의 총사업내역

  (나) 쟁점주택의 신축 및 양도 경과는 다음과 같다.

   1) 청구인은 2001년 10월경 OOO소재 부동산을 경락받아 2001.12.17. 경락대금 OOO납부 후 소유권을 이전 받았다.

   2) OOO소재 부동산의 건축물대장에는 종전 부동산(1970.12.20. 사용승인받은 연면적 58.12㎡의 단층 주택)이 2003.6.20. 건축물철거(멸실)된 것으로 나타나고, 쟁점주택(2004.12.31. 사용승인받은 연면적 229.66㎡의 지상 4층 단독주택 및 제1종근린생활시설)의 주요 현황은 다음 <표4>와 같다.

   <표4> 쟁점주택 건축물대장 주요내용

   3) 청구인이 시공자와 체결한 공사도급계약서의 주요내용은 다음 <표5>와 같다.

   <표5> 공사도급계약서(2001.12.17.) 주요내용

   4) 쟁점건물의 건축허가 진행상황은 다음 <표6>과 같다.

   <표6> 쟁점건물의 건축허가 진행상황

  (다) 청구인이 제출한 쟁점건물 신축비용 지출액 및 관련증빙은 다음 <표7>과 같고, 정산영수증에는 OOO의 인감증명서 및 신분증이 첨부되어 있는 것으로 나타난다.

   <표7> 쟁점건물 신축비용 지출액 및 관련 증빙

(단위 : 원)

   1) 2003.6.14.자 정산영수증에는 OOO이 2001.12.17.부터 2003.4.8.까지 20회에 걸쳐 총 OOO영수한 것으로 기재되어 있다.

    <표7> 영수증(2003.6.14.자)

   2) 2003.12.5.자 정산영수증에는 OOO이 2003.10.16.부터 2003.12.3.까지 12회에 걸쳐 총 OOO영수한 것으로 기재되어 있다.

   <표8> 추가(별도) 공사비 지출내역서(2003.12.5.자)

   3) 2005.10.13.자 완불증에는 OOO이 쟁점건물 신축공사비로 OOO지급받았다는 내용이 기재되어 있다.

   <표9> 완불증(2005.10.13.자)

   4) 청구인이 제출한 금융거래내역에 따르면 영수증 기재 일자에 동일 금액을 현금으로 출금한 것이 확인되고, 청구인이 쟁점건물의 신축을 위하여 지출한 비용이라 주장하는 현금지출액 중 금융기관 취급지점이 확인된 OOO취급지점은 다음 <표10>과 같다.

   <표10> 청구인이 공사기간 동안 현금출금한 금융기관 취급지점

(단위 : 원)

   5) 청구인은 2020.1.9. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 쟁점건물 신축공사 도급계약서 및 영수증 등의 원본 등을 제시하였고, 해당 서류들은 지질이 낡아 10년 이상 경과된 것으로 추정되었다.

  (라) 청구인은 쟁점건물이 실질적으로는 2004년 초에 완공되어 2004년 4월경 임대차계약을 체결한 후 사용을 개시하였다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다.

   1) OOO에서는 2003.3.10. 도로 점용기간을 2003.1.1.부터 2003.12.31.까지로 하여 청구인에게 도로점용료 OOO부과한 것으로 나타난다.

   2) 임대차계약서에 따르면, 청구인은 임차인 OOO등과 2004년 4월경 쟁점주택의 OOO에 대한 임대차계약을 체결하면서 입주일을 2004.4.20. 등으로 하였고, 특약사항에는 잔금일 전까지 소유권보존등기를 완료하기로 약정한 것으로 나타난다.

   3) 청구인이 제출한 쟁점주택의 전기요금사용내역에는 쟁점주택의 가구수를 3가구, TV대수를 1대로 하여 2004.8.10.부터 2004.9.9.까지 704㎾, OOO전기요금이 발생(미납요금 OOO별도)된 것으로 나타난다.

   4) OOO2004.12.8. 발송한 내용증명 우편에는 OOO이 2004.4.6. 쟁점주택의 2층 전체를 보증금 OOO억원(실지급액 OOO천만원)에 임차하기로 하면서 2004.4.10. 우선 OOO천만원을 지불하고, 2004.4.20. 쟁점건물 준공 및 소유권보존등기 완료시 나머지 잔금 OOO천만원을 지불하기로 약정하였는데, 2004.4.30. 입주하였음에도 2004.12.8. 현재까지 미준공 상태이고, 마무리 공사가 제대로 되지 않아 습기와 곰팡이로 생활이 어려운 상황이므로 물질적·정신적 피해보상을 요구함과 동시에 형사고발 조치를 할 것임을 통지한 것으로 나타난다.

  (마) 처분청은 청구인이 제출한 증빙자료에 날인된 OOO의 인감이 인감증명서상의 인감과 상이한 것으로 나타나는 등 청구인이 제출한 증빙자료를 신뢰하기 어렵고, 청구인이 제출한 증빙으로는 쟁점건물의 실제취득가액이 확인되지 않는 것으로 보아 쟁점건물의 취득가액을 환산취득가액으로 계산하여 다음 <표11>과 같이 양도소득세를 결정·고지하였다.

   <표11> 양도소득세 결정·고지내역

(단위 : 원)

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점건물 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 취득가액을 환산가액으로 하여 양도차익을 계산하였으나,

  청구인이 제출한 쟁점건물 신축공사 도급계약서에 청구인이 OOO에게 쟁점건물 신축공사를 도급주어 공사기간을 2001.12.17.∼2003.4.5., 총 공사대금을 OOO(부가가치세 없음)으로 각각 약정한 것으로 나타나고, 영수증 및 계좌인출내역 등에 의해 청구인이 OOO에게 위 도급계약 체결 당일인 2001.12.17.에 OOO을 지급한 이후 2003.4.8.까지 총 OOO을 지급하고, 이후 신용카드 결제금액 및 추가 공사비로 OOO이 추가 지출되어 총 OOO을 지급한 것으로 확인되며, 시공자인 OOO이 위 금액을 쟁점건물 신축공사비로 지급받았음을 확인한 것으로 나타나는 점, 2002.4.4. 쟁점건물에 대한 건축허가가 있은 후 2004년 3월∼4월경 쟁점주택의 1⋅2층에 대한 임대차계약이 체결되었고 이후 전기사용량 등이 발생되었는바, 2004년 4월경에 실제 쟁점건물이 완공되어 실제 사용이 개시된 것으로 보이며, 착공신고일(2003.7.10.) 이후 위 사용개시일(2004년 4월경)까지 발생한 공사비OOO가 4층 연면적 229.66㎡인 쟁점건물의 규모에 비추어 과소하여 쟁점건물 신축공사의 실제 착공일은 착공신고일보다 앞설 것으로 보이는 점, OOO이 2011.4.18. 사망하였는바, 인감증명서를 첨부하여 공사도급계약서, 영수증 등을 사후적으로 작성하는 것이 사실상 불가능해 보이는 점 등에 비추어 쟁점건물 착공신고일 이전에 공사비가 지급되었다고 하여 해당 공사비를 쟁점건물 신축공사비가 아니라고 단정할 수는 없는 측면이 있어 보인다.

 다만 청구인이 제출한 공사도급계약서 및 영수증 등의 증빙자료가 사후적으로 작성된 것인지 여부를 확인하기 어려우므로 문서감정 등 재조사를 통해 해당 문서의 진위가 확인되면 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부개정되기 이전의 것)

 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

(중략)

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

(중략)

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 (2016.12.5. 대통령령 제27653호로 일부개정되기 전의 것)

 제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(「법인세법」 제16조 제1항 제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.

② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

④ 삭제

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

 가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

 다. 공증비용, 인지대 및 소개비

 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.