1. 처분개요

가. 청구법인은 1997년 12월 경기도 택지개발 등을 위한 토지 취득, 개발 및 공급과 주택 건설·판매 등을 목적으로 설립되어 경기도가 전액 출자한 지방공기업으로, 경기도･용인시･수원시(이하 “지방자치단체들”이라 한다)와 함께 2005년부터 현재까지 OOO의 택지를 개발하여 공급하는 OOO지구택지개발사업(이하 “OOO개발사업”이라 한다) 등을 수행하고 있다.

나. 청구법인은 OOO개발사업과 관련하여 2006년 4월 지방자치단체들과 사업공동시행협약서(이하 “쟁점협약서”라 한다)를 작성하였고, 쟁점협약서 규정에 따라 사업지구 개발사업의 시행으로 발생한 개발이익을 사업지구 내에 재투자하기로 하여 재투자금액(이하 “쟁점재투자금액”이라 한다)을 손금산입하는 세무조정을 하였다.

다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2018.9.18.부터2018.12.3.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 손금의 귀속시기가 도래하지 않은 쟁점재투자금액을 손금산입하였다고 보아 2013년 귀속분 OOO손금산입, 2014년 귀속분 OOO을 익금산입, 2016년 귀속분 OOO손금산입, 2017년 귀속분 OOO익금산입하는 등의 법인세 과세자료를 처분청에게 통보하였다.

라. 이에 따라 처분청은 2018.12.5. 청구법인에게 법인세 2014사업연도 OOO을 각 경정･고지하였고, 2016사업연도 법인세 OOO을 환급결정(이 건 고지세액에 충당)하였다(이하 “쟁점처분”이라 한다).

마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점재투자금액 중 실제로 지출된 금액은 이미 손금으로 인정되었는바, 쟁점재투자금액은 분양수익에 대응한 사용승낙비율만큼은 수익비용대응의 원칙에 따라 성숙ㆍ확정되었다고 보아 매 사업연도마다 “총 쟁점재투자금액 × 사용승낙비율 - 기손금산입액”만큼의 금액은 당연히 손금에 산입되어야 한다.

  (가) 수익비용대응의 원칙이란 일단 기업활동에 들어가는 경제적 자원의 가치(원가)는 그에 맞서는 수익이 인식될 때 비용으로 인식한다는 것으로서, 대법원은 수익비용대응의 원칙에 따라 자산의 양도로 인한 익금이 조기에 확정되는 경우, 지출이 예상되는 비용을 미리 당해 사업연도 손금에 산입할 수 있음을 인정하고 있다. 즉, 사용승낙이나 인도 등의 원인으로 인하여 자산의 양도에 의한 익금이 조기 확정되는 경우 관련 비용도 함께 확정된다고 보아, 지출이 예상되는 비용은 수익과의 대응성이 인정되는 한 미리 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있다고 판시(2004.10.28. 선고 2003두10831 판결, 2003.7.11. 선고 2001두4511 판결 참조)하였고, 특히 위 사안과 토지분양 개발약정 및 조례에 근거하여 토지개발사업에서 발생하는 이익의 40%를 지방자치단체에 배분하기로 한 사안에 대하여 법원은 “최종지급금액이 구체적으로 정하여지지 아니하더라도, 개발이익 규모를 산정할 수 있는 이상, 지급의무 역시 확정된 것”으로 보아, 개발이익금의 익금산입시점에 배분금액 또한 손금으로 인식하여야 한다고 판시하였다(전주지방법원 2007.2.15. 선고 2006구합405 판결 참조)

  (나) 권리의무확정주의를 손금의 측면에서 살펴보면, ① 사업연도 종료일까지 당해 비용에 해당하는 채무가 성립할 것, ② 사업연도 종료일까지 당해채무에 의하여 구체적인 급부의 원인이 되는 사실이 발생할 것, ③ 사업연도 종료일까지 그 금액을 합리적으로 산정할 수 있는 것을 요한다고 할 것인바, 해당 채무가 성립하고 청구나 지급원인이 되는 사실이 발생하고 그 금액을 합리적으로 계산할 수 있는 시점에 손금이 확정된다고 할 것이다(대법원 2011.9.29. 선고 2009두11157 판결 참조).

    청구법인은 OOO개발사업과 관련하여 ① 사용승낙일이 속하는 사업연도의 개별토지에 대한 분양수익 전액을 모두 익금으로 인식하고 있고, ② OOO개발사업과 관련하여 2006년 4월 지방자치단체들과 쟁점협약서를 작성한 시점부터 쟁점재투자금액은 계약상 지출할 수밖에 없는 비용으로서 세법상 손금이라고 할 것이며, ③ 청구법인은 공동시행자합의를 통해 재정소요사업비 명목으로 지출할 예정인 쟁점 재투자금액의 지출목적과 용도 등을 구체적으로 결정하고 있고, ④ 쟁점재투자금액 중 실제로 청구법인이 지출한 금액은 손금산입액(2017년까지 총 OOO기손금산입액)으로 인정받았으며, ⑤ 2017년을 기준으로 총 쟁점재투자금액 예정액은 OOO으로 책정되어 있다.

  (다) 따라서 수익비용대응의 원칙에 따라 분양수익에 대응한 사용승낙비율만큼의 쟁점재투자금액은 성숙ㆍ확정되었다고 보아 매 사업연도마다 "총 쟁점재투자금액 × 사용승낙비율 - 기손금산입액”만큼의 금액은 당연히 손금에 산입되어야 한다.

 (2) 처분청이 청구법인의 쟁점재투자금액에 대하여 과세처분을 한 것은 「국세기본법」제15조에 따른 신의성실의 원칙에 반하는 것이다.

(가) 2013년 조사청의 과세사실판단자문위원회에서는 쟁점재투자금액에 대하여 손금으로 인정하였고, 조세심판원에서도 2012사업연도의 쟁점재투자금액이었던 OOO을 손금으로 인정하는 것을 전제로, 이외의 투자금액에 대한 재조사 결정(2014중1069, 2015.12.16.)을 하였을 뿐만 아니라, 동일한 조사청이었던 OOO지방국세청장은 2016.2.19. “위 OOO에 대하여 수익비용대응의 원칙을 적용하여 손금에 산입하는 것을 인정”하는 과세처분을 유지하는 세무조사 결과통지를 하였다(공적인 견해의 표명 ; 조심 2016중2796, 2016.11.9., 참조).

  (나) 그리고 청구법인은 ➀ 과세관청의 선행조치의 성립에 대하여 부정행위를 행하거나, ➁ 위 선행조치와 관련된 사실에 대하여 은폐하고, ➂ 허위로 보고하거나 허위서류를 제출한 적도 없는바, 청구법인이 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없다고 할 것이다(신뢰의 보호가치성).

  (다) 또한, 청구법인은 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 쟁점재투자금액에 사용승낙비율을 곱한 금액을 손금으로 산입하도록 하는 세무조정을 하였음에도(청구법인의 행위) 2018년 세무조사 후 조사청은 청구법인의 쟁점재투자금액에 대하여 과세처분을 한 것은 과세관청이 이미 표명한 견해에 반하는 처분을 함으로써 실제로 청구법인의 이익을 침해한 것(선행조치에 반하는 과세관청의 후속행위)이므로 쟁점재투자금액에 대한 과세처분은 「국세기본법」제15조에 반하는 부당한 과세처분이라고 할 것이다.

 (3) 쟁점처분에 포함된 가산세는 「국세기본법」제48조의 제1항 제2호에 따른 “정당한 사유”에 해당되는 가산세인바, 설령 본세인 법인세가 취소되지 않는다고 하더라도 가산세는 모두 감면되어야 한다.

(가) 청구법인은 과세사실판단자문위원회의 자문결과에 따라 청구법인에 대한 과세처분(2013년 세무조사에 대한 결과통지, 2015.12.16. 재조사 결정, 2016.2.19. 과세처분)을 신뢰하여 쟁점재투자금액에 대한 세무조정을 수행하였는바, 이 건 부과처분 금액 중 OOO개발이익과 관련된 쟁점재투자금액에 대한 법인세 납부 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있었고, 그 의무의 이행을 청구법인에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결, 같은 뜻임)되므로 가산세는 면제되는 것이 타당하다.

  (나) (예비적청구) 청구법인은 2013년에 익금으로 산입하였던 쟁점재투자금액 부분에 대해서는 이미 법인세를 납부하였다고 할 수 있는바, 「국세기본법」제47조의4 제6항에 따라 위 익금산입액에 대한 2015 및 2017사업연도 귀속분의 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

   1) 「국세기본법」제47조의4 제6항에 따르면 “국세의 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 동법 제1항(과소납부 포함)을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다”고 규정하고 있다.

   2) 조세심판원에서는 납부불성실가산세의 산정방식이 납부하지 아니한 세액 또는 미달하게 납부한 세액에 납부하지 아니하고 경과된 일수를 곱하는 기간개념 방식을 취하고 있어 사실상 “자진 납부하는 날”의 의미를 납부사실 그 자체로 보는 것이 타당하므로 해당 사업연도에 신고·납부하였어야 할 것을 미리 납부하거나 다음 사업연도에 납부한 것으로 보아 납부불성실가산세 무납부일수를 계산하도록 하고 있다(조심 2013부2198, 2013.10.14.).

   3) 청구법인은 2013사업연도에 OOO개발사업 쟁점재투자금액 중 세무상 손금으로 인정받을 수 있는 금액인 OOO을 익금산입으로 세무조정하여 그와 관련된 법인세를 납부(2013사업연도 법인세 신고 당시 선익금산입으로 인하여 2013사업연도의 결손금이 감소되고, 결과적으로 청구법인은 2014년도의 과세표준이 증가하여 세금을 과다납부함)하였는바, 이는 「국세기본법」제47조의4 제6항에 따라 국세의 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부하였으므로 위 익금산입액의 과세표준만큼은 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고·납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 보아야 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 분양수익에 대응한 사용승낙비율만큼 손금산입해야 한다는 주장에 대하여

  (가) 권리의무 확정주의와 수익비용 대응의 원칙

    청구법인에 대한 직전 세무조사 관련 수원지방법원의 판결( 2018.1.9. 선고 2016구합63638)에 따르면, 「법인세법」제40조 제1항은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속은 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있고, 「법인세법」상 수익비용 대응의 원칙은 ‘실현된 수익과 그 수익에 관련된 원가, 비용 및 손실을 기간적 또는 대상적으로 대조하여 표시’하는 것이다.

    위 판결에서 약칭한 “이 사건 재투자 금액”은 지방자치단체 “재정소요사업 지원사업비” OOO와 “기타 재투자 추정금액” OOO을 합한 미집행한 재투자금액 전체 즉, OOO을 명백하게 가르키고 있고, “이 사건 재투자 금액”을 분양수익에 직접 대응되는 매출원가로 보기 어렵다고 전제 한 다음, 이 사건 재투자금액은 의무확정주의에 따라 실제 집행되었을 때 손금으로 인식되어야 한다고 판결하였다.

  (나) 쟁점재투자금은 분양수익과는 직접적 관련이 없는 비용이다.

    쟁점재투자금은 공동시행자간에 체결한 쟁점협약서 제8조에 근거하여 지출하는 비용으로, 직전조사 관련 2심인 서울고등법원 판결(2019.1.30. 선고 2018누35294)을 보면 “개발이익이 발생할 경우 지방자치단체들이 부담하여야 할 공공시설 건립비용 등에 전용하는데 합의한 것”으로 재투자금의 성격을 정의하고 있고, “적정 투자수익 규모 등을 고려하여 집행수수료 명목으로 OOO을 우선 지원받기로 하는 등 반대급부가 있어”라고 판단하고 있어, 분양수익을 얻기 위한 지출이라기보다는 공동시행자간 개발이익의 분배를 위해 지출된 비용에 해당한다.

    따라서 분양수익과 직접 관련이 없이 공동시행자간 합의에 의해 지출하는 쟁점재투자금은 개발사업에 따른 수익과 직접 대응되는 원가로 보기 어려우므로 공사원가로 손금산입할 수 없는 것이며, 이는 실제 집행되었을 때 손금산입해야 하는 것이다.

  (다) 쟁점재투자금의 성숙･확정 시점은 실제 집행되었을 때이다.

    청구법인은 “분양수익에 대응한 사용승낙비율만큼의 재투자금액은 수익비용대응의 원칙에 따라 성숙･확정되었다”고 주장하고 있으나, 쟁점재투자금은 분양수익과 대응되는 비용이 아니기 때문에 분양수익의 조기 확정여부에 따라 대조적으로 손금을 계상할 수 없다.

    한편, 청구법인의 재투자금액 집행과정을 살펴보면, 공동시행자간 기본합의서를 작성한 이후, 기본합의서를 근거로 토지는 용지매매계약을 체결하고, 사업비는 시세 외 수입금 납부고지서를 받아 집행하고 있다.

    또한, 청구법인은 실제 집행했을 때 손금으로 계상하고 있어 실제 집행금액 이외에 추가적으로 손금계상한 미집행재투자금액 손금산입액은 미확정 비용으로 손금산입할 수 없는 것이다.

    청구법인의 회계세무부장은 문답서를 통해 집행금액을 집행시에 손금산입한 사실을 확인하였다.

    또한, 미집행재투자금액은 확정된 비용이 아닌 합리적 추정에 의한 금액이었다고 확인하고 있다.

    결국 청구법인의 미집행재투자금액 손금산입액은 추정에 의해 합의된 금액에 불과하며 확정된 비용으로 볼 수 없어 실제 집행된 금액 이외에는 손금에 산입할 수 없는 것입니다.

 (2) 신의성실의 원칙에 반하는 처분이라는 주장에 대하여

  (가) 청구법인은 과세관청의 과세사실판단자문 등의 결과에 따라 세무조정을 한 사실이 없으므로 이 건의 경우 신의성실의 원칙이 적용될 여지가 없다.

    1) 청구법인은 조사청의 과세사실판단자문 및 조사결과 통지에 따라 세무조정하였다고 주장하나, 위와 같이 청구법인은 과세사실판단자문 및 조사결과통지가 있고 난 다음인 2014년 초에 2013사업연도 법인세 세무조정을 하면서 재투자금 손금산입 누계액을 전액 환입하여 미집행재투자금액 전체를 손금부인하였다.

    따라서 청구법인은 2013사업연도 세무조정시 미집행 재투자금액은 손금대상이 아닌 것으로 본 것이며, 조사청의 과세사실판단자문 및 조사결과통지에 따라 세무조정하였다는 주장은 사실이 아니다.

    2) 청구법인은 2014사업연도 세무조정시 미집행 재투자금액에 대하여 세무조정으로 손금산입하였는데, 위 표에서 보는 바와 같이 2015년초에 행한 청구법인의 세무조정은 조세심판원의 재조사 결정(2015년 12월)과 조사청의 재조사결정통지일(2016년 12월)보다 앞서 있어, 조사결정통지에 따라 세무조정 했다고 볼 수 없다.

    3) 또한, 재투자금 관련 청구법인의 세무조정은 2008사업연도 법인세 신고부터 시작되었으나, 재투자금의 범위 및 손금산입 방법이 일관성 없이 바뀌고 있어 처분청의 공적견해표명에 따라 세무조정했다는 주장은 사실과 다르다.

  (나) 과세관청은 청구법인에게 공적인 견해표명을 한 사실이 없으며, 이에 대하여는 법원도 동일하게 판단하고 있다.

  (다) 또한, ‘명백한 법령위반’은 납세자의 신뢰의 대상이 되지 못하므로 쟁점재투자금액이 실제 집행시에 손금으로 인정되어야 함이 명백하므로 신의성실의 원칙이 청구법인에게 적용될 여지가 없다.

 (3) 「국세기본법」제48조의 제1항 제2호에 따른 “정당한 사유”에 해당하는 가산세로 면제되어야 한다는 주장에 대하여

  (가) 직전조사 1심판결에 따르면 “원고는 당초 2008사업연도 이전까지는 개별 토지가 분양되어 분양수익이 발생하고 있었음에도 개발이익의 추정이 어렵다는 이유로 이를 손금에 산입하지 아니하다가 사용승낙일을 기준으로 개별 토지 분양수익 전액을 익금으로 인식하면서 임의적 추정에 따라 자의적으로 이 사건 재투자금액을 손금 산입하기 시작하였는데, 과세관청 등에 대한 특별한 의견조회절차 없이 이루어진 이와 같은 변경에 원고의 고의 과실이 없다고 단정하기 어렵다”고 판단하여, 청구법인이 법인세 신고․납부의 의무를 게을리한 것에 정당한 사유가 없다고 판단하였다.

   1) 과세사실판단자문은 정당한 사유에 해당하지 않는다.

    직전조사시 조사청에서 과세사실판단자문을 신청하였으나, 청구법인은 과세사실판단자문 결과를 통보받은 바도 없고, 과세사실판단 자문 신청자인 조사청도 과세사실판단자문 결과를 조사업무에 활용할 뿐 반드시 수용해야할 의무를 지고 있지 않으므로 과세사실판단자문은 가산세 면제의 정당한 사유에 해당하지 않는다.

   2) 청구법인은 미집행개발이익금 손금산입 여부를 임의로 선택하여 신고하였다.

    직전조사 이후 청구법인은 2013사업연도 법인세 신고시 전기까지의 미집행재투자금 손금산입 누계액을 익금산입하고, 기말에 손금설정하지 않는 방법으로 모두 환입하였다가 2014년 귀속 법인세 신고부터 다시 손금산입하였다.

    이런 손금산입 여부의 결정은 청구법인은 임의의 판단에 따른 것으로 과세관청의 의견조회절차 등을 거친 것으로 볼 수 없으므로 “그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유”가 있다고 볼 수 없다.

  (나) (예비적)「국세기본법」제47조의4 제6항 규정을 적용할 수 없다.

   1) 청구법인은 “2013사업연도에 OOO개발사업 쟁점재투자금액 중 세무상 손금으로 인정받을 수 있는 금액인 OOO을 익금으로 세무조정하여 그와 관련된 법인세를 납부한 적이 있다”고 주장하나, 청구법인의 경정전 각사업연도 소득 및 법인세 납부액은 아래와 같고, 2013년 익금조정으로 법인세를 납부한 바 없다.

<표1> 경정전 법인세 과세표준 및 납부세액 (단위 : 억원)

   2) 「국세기본법」제47조의4 제6항은 실제 신고･납부한 경우 실제 신고･납부한 범위 내에서 납부한 것을 본다는 것이다.

    앞서본 바와 같이 2013년 과다익금산입액이 있다고 하더라도, 실제 납부세액은 없기 때문에 납부불성실가산세가 과다부과된 사실이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 수익비용대응의 원칙에 따라 쟁점재투자금을 분양수익에 대응한 사용승낙비율만큼 손금으로 인정할 수 있는지 여부

  ② 이 건 부과처분이 신의칙을 위반한 처분에 해당하는지 여부

  ③ 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부 등

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 제15조[신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

 제47조의4[납부지연가산세] ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 이 법 및 세법에 따른 납부기한(이하 “법정납부기한”이라 한다)까지 국세(인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납세고지일부터 납세고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납세고지일부터 납세고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

3. 법정납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100분의 3 (국세를 납세고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다)

⑥ 국세(소득세, 법인세 및 부가가치세만 해당한다)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 제1항을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다. 다만, 해당 국세의 신고가 제47조의 2에 따른 신고 중 부정행위로 무신고한 경우 또는 제47조의 3에 따른 신고 중 부정행위로 과소신고ㆍ초과신고한 경우에는 그러하지 아니하다.

 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 (2) 법인세법

 제15조[익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액

3.「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 소득금액

③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 제43조[기업회계기준과 관행의 적용] 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

 (3) 법인세법 시행령

 제69조[용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의 2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

 (4) 법인세법 시행규칙

 제34조[작업진행률의 계산 등] ① 영 제69조 제1항 본문에서 “건설등을 완료한 정도”란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 “작업시간등”이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각 호의 산식에 의한다.

1. 익금

 계약금액×작업진행률－직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

2. 손금

 당해 사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조 제2항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 경우”란 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간 등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인의 이 건 과세처분에 대한 기초 사실관계는 다음과 같다.

  (가) OOO지구 사업시행자 참여과정

    청구법인은 2003∼2004년도 OOO개발사업 협약 체결시 사업대행자 지위로 참여하였으나, 청구법인이 토지보상 업무를 담당하고 사업비 전액을 조달하기로 약정함에 따라 2006년도에 공동사업 시행자로 지위를 변경하고 OOO신도시 개발사업 공동시행 협약을 체결하였다.

  (나) 2013년 조사청의 세무조사

   1) 청구법인은 2008사업연도부터 2012사업연도의 법인세 신고시 쟁점협약서 제8조에 따른 재투자금액을 손금산입하였다.

<표2> (단위: 억원)

   2) 청구법인은 2008년부터 OOO개발사업의 유상토지 사용승낙일을 기준으로 개별토지 분양수익 전액을 익금으로 인식하고, 이에 대응하는 매출원가를 추정하여 계산시 개발이익금(재투자금액)을 포함시켜 손금산입하였다.

<표3> 개발이익금 관련 당초 세무조정 내역 (단위 : %, 원)

   3) 조사청의 2013년 청구법인에 대한 세무조사 결과, 청구법인의 2008∼2012사업연도 개발이익금(재투자금액) OOO중 2010.11.4. 공동사업시행자 회의에서 청구법인과 지방자치단체들간 구체적으로 합의된 지방자치단체 재정소요사업 지원사업비(이하 “재정소요사업비”라 한다) OOO을 제외한 나머지 개발이익금OOO은 미확정 부채로 손금에 산입될 만큼 충분히 성숙･확정된 것으로 보기 어렵다는 이유로 관련 손금산입액을 불산입하였고, 청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 하였으며, 이에 심판원은 2015.12.16. 재조사결정을 하였다.

   4) 심판결정에 따른 조사청의 재조사 결과통지서(2016.2.19.)

   5) 청구법인은 재조사 결과에 불복하여 행정소송을 제기하였고, 이에 대하여 수원지방법원과 서울고등법원에서는 국가승소 판결을 하였으며, 2019.7.11. 대법원에서 심리불속행 기각되었다.

  (다) 2018년 조사청의 이 건 세무조사

   1) 청구법인은 2013년 조사청의 과세처분 논리를 그대로 받아들여 증액된 재정소요사업비에 대하여 세무조정을 수행하였는바, 그 내역은 다음과 같다.

<표4> 청구법인의 개발이익금 관련 당초 세무조정 신고내역 (단위 : %, 원)

1) 청구법인의 유상분양토지면적 중 사용승낙면적 비율

2) 미사용분재투자금액(A-B) × 사용승낙비율 - 기손금산입액

3) 2012년까지의 손금산입누계액을 익금산입하였고, 재투자금액을 손금산입하지 않음

<표5> 청구법인의 재투자금액 결정 내역 (단위 : 백만원)

   2) 조사청은 2018년 세무조사 후 청구법인의 OOO개발사업으로 인하여 발생한 재투자금액 관련 <표4> 세무조정을 모두 부인(반대 세무조정)하여 OOO개발사업 관련 쟁점재투자금액에 대하여 쟁점처분을 하였다.

 (2) 청구법인이 제출한 증빙서류는 다음과 같다.

  (가) 쟁점협약서(2006.4.)

  (나) 2010년 11월 공동시행자회의에서 언급된 지방자치단체들의 지원금액(지원사업비용)은 OOO이고, 실무자협의에서 도출되는 지원사업(추정금액 OOO)에 대하여 2012년 6월 개발이익금 중간정산과 지원대상 토지면적의 정산 등을 통하여 OOO으로 도출한바, ⓛ 용지의 무상공급 OOO(OOO지구 내의 주차장 및 주민센터 부지 등)과 ② 기반시설공사비 예상금액 OOO(OOO지구 연결도로 등 공사비 추정금액)으로 구성되어 있다.

  ※ 공동사업시행자회의 문서(2010.11.4.)

  (다) 2015.9.18. 공동사업시행자 회의에서는 개발이익금 지원확정금 OOO 외에 OOO을 추가 투입하여 OOO지구 내에 문화, 복지, 체육 및 전시시설, 잔디광장 등과 같이 도시 인프라 시설을 확충하기로 의결하였다.

 ※ 공동사업시행자회의 문서(2015.9.18.)

  (라) 2017.5.11. 공동사업시행자 회의에서는 OOO복합개발 추정수익 OOO환승주차장 사업비OOO에 투입하여 청구법인이 잔디광장 지하에 건립한 후 도 주차장과 통합운영 하기로 의결하였다.

※ 공동사업시행자회의 문서(2017.5.11.)

  (마) 공동시행사업자회의에서 합의된 재정소요사업에 대하여 청구법인의 집행 현황은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 2019년 6월 현재 (단위 : 원, %)

※2019년 6월 현재 청구법인의 수익사업(토지분양) 진행률은 95.75%임

 (3) 처분청이 제출한 증빙서류는 다음과 같다.

  (가) 청구법인이 조사청의 재조사 결과에 불복하여 제기한 행정소송에서 1･2심 법원의 판결서에 따르면, "원고(청구법인)가 이 사건 재투자금액을 지출하여야 할 의무가 그 실현가능성에 있어서 상당히 높은 정도로 성숙되었다고 할 수 없으므로 이를 손금에 산입할 수 없다고 봄이 타당하다"고 하여 원고 패소판결을 하였다.

  (나) 청구법인의 회계세무부장인 OOO의 진술서(2018.11.9.)

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「법인세법」상 손익과 귀속시점을 정하는 기준은 권리·의무확정주의를 원칙으로 하고 있는 것으로서 익금과 손금의 확정된 날을 확정하는 기준은 대외적인 권리·의무관계 이외의 거래 즉 기업내부거래에 있어서는 손익발생의 인식과 그 금액의 범위가 정해지면 그 발생된 기간에 배분하는 것이므로 손익의 발생이 인식되고 그 내용을 계수적으로 확정시킬 수 있다면 손비로 인정할 수 있다 할 것(조심 2015광982, 2015.6.25.)인바, 법원도 쟁점재투자금액과 관련하여 의무확정주의에 따라 의무가 성숙･확정되는 시점에 손금으로 인식되어야 한다고 판시하고 있는 점, 쟁점협약서에 의하면 청구법인과 지방자치단체들은 상호 협의하여 정책적 사항을 결정하고, 청구법인은 결정된 정책사항 등 관련 업무를 집행하며, OOO개발사업으로 발생한 개발이익은 사업지구 내에 사용하는 것을 원칙으로 하되, 필요시 공공사업 등에 협의하여 사용할 수 있도록 규정하고 있는 점, 청구법인과 지방자치단체들은 공동사업시행자회의를 통해서 재정소요사업비 명목으로 지출할 쟁점재투자금액의 지출목적과 용도･금액 등을 구체적으로 결정하고, 청구법인은 동 결정에 따라 확정된 쟁점재투자금액을 위 <표6>과 같이 실제 집행하고 있는 점, 조사청은 2013년 실시한 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인의 2008∼2012사업연도 개발이익금(재투자금액) OOO중 공동사업시행자회의에서 청구법인과 지방자치단체들 간에 구체적으로 합의된 재정소요사업비 OOO을 의무확정주의에 따라 손금에 산입될 만큼 충분히 성숙･확정되었다고 보아 결과통지를 하였고, 우리 원의 재조사 결정에 따른 재조사시에도 시행자간 사용처 및 용도를 합의한 OOO을 확정된 비용으로 보아 동일하게 손금으로 인정한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점재투자금액에 대해 손금의 귀속시기가 도래하지 않았다고 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②･③에 대하여 살피건대, 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없어 생략한다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.